一、桃山时代园林（1573-1603年）在室町时代的后期，日本经过长期的战乱，成就了另一批武将，他们是织田信长（1534-1582年）、丰臣秀吉（1536-1598年）和德川家康（1542-1616年）在军事上的霸业。
织田信长在1573年破浅井长政、朝仓义景，流放室町末代将军足利义昭，宣告室町幕府的结束。
虽然1593年他在支授部将丰臣秀吉的途中于京都被家臣明智光秀袭击而自杀，但他统一了京畿及周边地区，为丰臣氏统一全国打下了基础。
丰臣秀吉秉承他的遗志，在1592年消灭各地军阀，结束了百年战争，完成了日本的统一，其功绩相当于中国的秦始皇结束战国时代的功绩。
他开创了桃山时代（1573-1603年，又称安土桃山时代或织丰时代），虽历时不长，只有三十年三代将军，而且一直处于战争之中，但在社会改革中措施得当有力，废除庄园制，确立一地一作人原则，推进兵农分离，收缴武器，废除商业座，实行东市乐座，促进商品经济发展，鼓励对外贸易，实行朱印制，统一货币和度量衡，发动侵朝战争等。
这一时期在中国相当于明神宗万历元年（1573年）-明神宗万历31年（1603年）。
在文化方面，茶道的发展，从精神落实到实践，那就是草庵风茶室和朴素简洁的茶庭，以园林意境的简约朴素、和寂清静及宾主真诚与大将军的壮观辉煌、绚丽多彩和飞扬跋扈相抗衡。
从建筑的发展期上看，日本建筑有四大转期。
第一个转期是引进中国隋唐建筑的飞鸟时代，第二个转期是引进南宋建筑的镰仓时代，第三个是自身发展的桃山时代，第四个是引进西方文明的明治时代。
桃山时代的建筑与前朝室町时代的"潇洒飘逸之风"相比，显出喜欢强烈刺激和豪放辉煌。
它是以人为中心的时代，而不是以宗教为中心的时代。
于是，人情味进入了建筑和园林。
在建筑上完成了前代形成的书院造，在园林上进一步完善书院造园林。
首先是武家园林表现得最强烈，然后影响到皇家园林。
滥用夸张的巨石，显示主人搬运的力量。
雄健的石桥和浓绿的苏铁，以及龟鹤形和蓬莱式岛屿综合地表达吉祥和繁荣。
京都的醍醐寺三宝院庭园是酷爱庭园的丰臣秀吉与寺院主持义演准后合作建造的庭园，园林为书院造庭园，即把池泉园林书院结合，大量布置景石的庭园。
园中有一池三岛，有石桥、木桥和石桥，有泷口石组，置石达700余个，个个巨大无比，石名有守护石、藤户石等，池北为书院，书院前有观景平台，曲折进退，面对池边景石和桥梁。
丰臣秀吉没等到工程完工就死于暴病，义演准后请当时造园名家贤庭继续营建，历时25年，终于江户时代的1623年完工。
园中景石巨大，书院辉煌显出丰臣氏的武家气魄。
京都的西本愿寺滴翠园建于1583年，园中以沧浪池为中心，主体建筑飞云阁临水而建，高达三层，在一层可登舟而游，石组刚健有力，跨水建龟背桥，池边有醒泉（此字酉字旁）泉、艳雪林、啸月坡、踏花坞等十个景点。
飞云阁临水手法显出与室町初期相承的关系，龟背桥显示了祈寿文化，沧浪池显出老庄文化，其余景点显出文人化倾向，表明桃山时代园林的从武家强健向世俗化、人情化方向发展的趋势。
在室町末产生的茶庭在这一时代得到发展，涌现了茶道六宗匠：村田珠光（1423-1502年）、武野绍鸥（1502-1555年）、千利休（1522-1591）、古田织部（1544-1615年）、小堀远州（1579-1647年）、片桐石州（1605-1673年）。
千利休师从村田珠光和武野绍鸥的佗茶，成为桃山时代最伟大的茶道宗匠，织田信长和丰臣秀吉封之为茶头，他创立了草庵风茶室，应用于茶庭（茶庭也称露地）之中，提倡枯寂精神本位，用草庵茶室、飞石和圆形路线的茶庭布局。
他的弟子古田织部，继承佗茶精神，提倡六分观景四分实用，用曲折路线增长游览路线，他的茶庭作品也大致形成于桃山末江户初。
古田织部的弟子小堀远州生于桃山时代，其园林活动却大部分集中于江户时代，他尊从书院风茶室，创造远州流茶庭，提倡蹲踞本位。
茶庭开始定型，以茶室为茶庭主体建筑，置于茶庭最后部，到达茶室须经过朴素露地门，主人与客人在腰挂处等待见面，显出主人诚意，而客人须经厕所净身、蹲踞或洗手钵净手，经曲折铺满松针的点石道路到达茶室，在室外脱鞋、挂刀折腰躬身方能入茶室进行饮茶。
在京都的表千家(不审庵)露地是千利休的儿子少庵根据其父的茶道精神在1593年创立的茶庭，茶庭分为内露地和外露地两重，外露地有露地口、外腰挂、蹲踞、中潜门、点雪堂等，内露地有梅见门、不审庵、内腰挂、蹲踞、砂雪隐等。
这一时期的园林有传统的池庭、豪华的平庭、枯寂的石庭、朴素的茶庭。
桃山时代不长，武家园林中的人的力量的表现是有所加强，书院造建筑与园林结合使得园林的文人味渐浓。
这一倾向也影响了后来江户时代皇家和私家园林。
但是，由于皇家园林和武家园林仍旧以池泉为主题，且这一时期持续时间不长，且只露出个苗头就灭亡了。
而且从茶室露地的形态看来，园林的枯味和寂味仍旧弥漫在园林之中，与明朝的以建筑为主的诗画园林相比，显而易见地是自然意味和枯寂意味重多了。
造园名家贤庭、千利休、古田织部、小堀远州等都在这一时代产生。
此期的理论著作有矶部甫元的《钓雪堂庭图卷》和菱河吉兵卫的《诸国茶庭名迹图会》。
二、江户时代园林（1603-1867年）战将德川家康（1542-1616年）在桃山时代一直是威镇一方的诸侯，与丰臣秀吉对峙，在丰臣秀吉统一全国之时与丰臣氏讲和而相安几十年，秀吉死后，他成为五大老的首席，再经三年征战，确立霸主地位，于1603年在江户（今东京）建立新幕府，至1615年灭丰臣氏势力而再次统一全国。
江户时代相当于明神宗朱翊钧万历31年至清穆宗同治6年，经明朝41年和清朝220年，历15代将军共持续了265年。
江户时期，政治上实行幕藩体制，各藩大名分割统治辖区，对外闭关锁国，因财政危机而于1854年被迫开国之后，民族危机造成农民运动和讨幕运动，最后只有大政奉还于天皇，结束近682年的武家政治。
江户时代也是以人为中心的时代，封建文化的发展在近三百年的历程中到了顶点。
日本三大哲学支柱的发展到江户时代又有新的变化。
佛教自552年传入日本后，经历初传和南都六宗时期（列入宪法，与政治紧密，政教不分）、平安时代的北岭时期（天台真言两宗创立，佛教在精神和经济上独立）、镰仓时期（净土宗、净土真宗、临济禅宗、曹洞禅宗、日莲宗兴起，转向民间）。
到江户时代，儒家取代佛家在思想上居于统治地位，天皇为中心的政体把神道教抬到国教地位，明治天皇的"神佛分离令"和"废佛毁释"运动两度打击佛教，使佛教受到重创，居国教一千多年的佛教降格。
而道家思想因其尚无为和背仁义而受排斥，没有成为官学，但在平民、文人和武士当中却流行，后与神道教结合成为神道教的内容，江户时代的国学派贺茂真渊、徂徕学派的宇佐美惠子、海保青陵、气一元论者三浦梅园皆尊道家真义，又因神道教的得势而重受重视。
因此，江户时代是三家均衡时代，但时尚儒道二家。
人文精神的发展、个性思想的抬头、文学艺术的发展使园林的儒家味道也渐渐地显露出来。
儒家的中庸思想，和《易经》中的天人合一终于把池泉园、枯山水、茶庭等园林形式进一步地综合到一起。
回游园林进一步发展。
此时综合性的武家园林代表有小石川后乐园、六义园、金泽兼六园、冈山后乐园、水户的偕乐园、高松的栗林园、广岛的缩景园、彦根的玄宫乐乐园、熊本的成趣园、鹿儿岛的仙岩园、白河的南湖园等。
综合性的皇家园林有修学院离宫、仙洞御所庭园、京都御所庭园、桂离宫、旧浜离宫园、旧芝离宫园。
寺社由于宗教权势的确立而建造了以真山水和枯山水为主的各式园林。
至今保存下来的有金地院庭园、大德寺方丈庭园、孤蓬庵庭园、东海庵庭园、曼殊院庭园、妙心寺庭园、圆通寺庭园、高台寺庭园、桂春院庭园、南禅寺方丈寺庭园、真珠庵庭园、当麻寺庭园、圆德院庭园、善法院庭园等。
另外，还有以茶道为主的茶庭，如，不审庵庭园、今日庵庭园、燕庵庭园、管田瘪庭园、慈光院庭园等。
皇家园林的三个代作是桂离宫、修学院离宫和仙洞御所。
京都的桂离宫是智仁亲王携其子智忠亲王两人，在小堀远州之弟小堀正春的协助之下完成的，从1617动工到1625年完工历时九年。
园林是舟游与回游结合的池泉园林，其中还有书院和茶室，显出当时造园的综合性。
全园面积42 900平方米，在一池五岛之中构筑有洲浜、半岛、土山、缓坡等地形景观，石组、园桥、古书院、新书院、月波楼、松琴亭、笑意轩、园林堂、赏花亭、卍字亭等，仿有日本景观的天桥立，又依白居易和苏东坡诗意和诗意命名景点，其中的洲浜、书院雁行布局的书院建筑群和草庵风茶庭成为江户时代的经典。
京都的仙洞御所是后水尾上皇退位后依庄子姑射山仙人岛之典而于1828年建造的池泉回游园林，面积约4 000平方米，设计师是小堀远州，以北池和南池为中心，两池之间东西出半岛，连以红叶桥，北部真式，南部草式，园景有御田社、御田、镇守社、山神社、人丸社、寿山御茶屋、芝御茶屋、阿古濑洲、六枚桥、八字桥、又新亭、醒花亭、悠然台、红叶山、苏铁山、螺山、洲浜、葭岛、仙洞御所、大宫御所、桥殿、钓殿、泷殿等。
园内的神社显出日本皇家园林的宗教信仰，醒花亭、又新亭、悠然台、仙洞御所显出与中国道家文化的关系，当然阿古濑洲、洲浜、半岛和钓殿则是日本池泉园发展的轨迹。
京都的修学院离宫是皇水尾上皇在退位后亲自指导，于1656年开工，1659年完工的皇家园林，面积8 000平方米。
园林是日本唯一具有园中园特点的例子，分为上御茶屋、中御茶屋和下茶屋。
皆为书院式池泉回游园式样。
上御茶屋为一池三山格局，有浴龙池、万松岛、西浜、上御茶屋、止止斋、邻云亭、穷邃亭，中御茶屋有中御茶屋、客殿、乐只轩、林丘尼寺，下御茶屋有寿月观、御成门等。
主体建筑采用书院式，为此桃山和江户时代书院造园林的特征，一池三山、乐只轩、止止斋显出中国文化影响。
京都的二条城庭园是江户时代开创都德川家康在1601年（江户初期）始建，四年后完工的武家园林，面积273 900平方米，小堀远州指导设计建造，其内的二之丸大书院西庭为书院造池泉园，东面是曲折大书院，西面格局为一池三岛，三岛中为蓬莱岛、侧为龟岛和鹤岛，通称入陈庭，西北有三段式瀑布，巨石林立。
书院及龟鹤岛的流行是上代的遗风发展，巨石布置是武家气势的表现。
香川县的栗林园是旧藩主生驹亲正在桃山时代1587年建的旧园，1643年由藩主松平赖重重修的池泉回游园，面积76公顷，在日本古园中面积最大，园中景点多中国式，如芙蓉池、群鸭池、池中三岛（杜鹃屿、天女岛、枫屿）、周围濠沟、园中栗林、涌泉等。
东京的小石川后乐园是水户藩主德川赖房于1669年请明朝遗臣朱舜水设计的池泉回游园，面积23 000平方米，有中日两种风格的缩景，如西湖、小庐山为中国景，渡月桥、大堰川、木曾山、寐觉床、龙田川、通天桥、爱宕坂、清水观音、唐崎松为日本景，取名自范仲淹的"先天下之忧而忧，后天下之乐而乐"。
