实验二 微生物基因组DNA提取和鉴定
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细菌基因组DNA的提取方法综述1 快速微量提取法A.取1.5ml菌体培养物于一灭菌Ep管中,12000rpm离心1min, 丢去上清夜,收集菌体。
B.加入400ul裂解液(40mMTris-醋酸,20mM醋酸钠,1mMEDTA,1%SDS,pH7.8)混匀,置于37oC水浴1hr。
C.然后加入200ul5mol/L的氯化钠溶液,混匀后于13000rpm离心15min。
D.取上清液,用苯酚抽提2次,氯仿抽提1次。
E.加两倍体积无水乙醇,1/10体积醋酸钾(3M ,pH8.0),-20度保存1小时后,13000rpm离心15min,弃上清液,沉淀用70%乙醇洗2次;置于室温干燥后,溶于50ulTE溶液中,置4oC保存备用。
2 蛋白酶/SDS法制备先用10ml含适当抗生素的GBM过夜培养Delftia sp.,第二天4000rpm离心10min收集菌体,用Washing TE(50mmol/LTris-HCl pH8.0,10mmol/LEDTA pH8.0)洗菌体2次,之后将菌体充分悬浮在5ml 1×TE缓冲液中,先后加入0.5ml 5mg/L的蛋白酶、0.5ml 10% SDS,轻轻混匀后50℃放置3h~5h,接着用等体积的Tris饱和苯酚抽提2次,苯酚/氯仿/异戊醇抽提一次,氯仿抽提一次后,乙醇沉淀DNA,用自动移液器吸管头将絮状DNA沉淀块吸附到Ep管中,70%乙醇洗2次,干燥后溶于适当1×TE或ddH2O中。
31) 细菌培养:细菌接种于5ml液体培养基中,37℃摇床(300rpm)培养过液。
2) 细菌收集:取1ml培养物于1.5ml EP管中,室温8000rpm离心5min,弃上清,沉淀重新悬浮于1ml TE(pH8.0)中(用ddH2O也行)。
3) 菌体裂解:加入6μl 50mg/ml的溶菌酶,37℃作用2h。
再加2mol/LNaCl50μl,10%SDS 110μl,20mg/ml的蛋白酶K 3μl,50℃作用3h或37℃过夜。
基因组dna提取实验报告基因组 DNA 提取实验报告一、实验目的本次实验的主要目的是从不同的生物样本中提取高质量的基因组DNA,以便进行后续的分子生物学实验,如 PCR 扩增、基因测序等。
通过本次实验,掌握基因组 DNA 提取的基本原理和操作方法,了解影响 DNA 提取质量的因素,并对提取的 DNA 进行质量检测和分析。
二、实验原理基因组DNA 提取的基本原理是利用细胞裂解液破坏细胞膜和核膜,使细胞内的物质释放出来,然后通过蛋白酶 K 消化蛋白质,去除 RNA 等杂质,再利用酚/氯仿等有机溶剂抽提,将蛋白质、多糖等杂质去除,最后通过乙醇沉淀或异丙醇沉淀得到纯净的基因组 DNA。
三、实验材料与试剂(一)实验材料1、新鲜的动物组织(如肝脏、肌肉等)2、植物叶片3、细菌培养物(二)实验试剂1、细胞裂解液(含 TrisHCl、EDTA、NaCl、SDS 等)2、蛋白酶 K3、酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)4、无水乙醇5、 70%乙醇6、 RNA 酶 A7、 3M 醋酸钠(pH 52)8、 TE 缓冲液(10 mM TrisHCl,1 mM EDTA,pH 80)(三)实验仪器1、离心机2、移液器3、恒温水浴锅4、紫外分光光度计5、电泳仪及电泳槽四、实验步骤(一)动物组织基因组 DNA 提取1、取约 01g 新鲜的动物组织,放入 15ml 离心管中,加入 1ml 细胞裂解液,用剪刀将组织剪碎,然后在冰上放置 10min。
2、向离心管中加入20μl 蛋白酶 K(20mg/ml),充分混匀,在 55℃水浴锅中孵育过夜,直至组织完全消化。
3、加入等体积的酚/氯仿/异戊醇(25:24:1),轻轻颠倒离心管10min,使溶液充分混匀。
4、 12000rpm 离心 10min,将上清液转移到新的离心管中。
5、重复步骤 3 和 4 一次。
6、向上清液中加入 1/10 体积的 3M 醋酸钠(pH 52)和 2 倍体积的无水乙醇,轻轻颠倒离心管,可见白色的 DNA 沉淀出现。
细菌基因组DNA提取及分光光度法定量一、目的1. 熟悉并掌握SDS裂解法提取细菌基因组DNA的基本方法。
2. 了解基因组DNA的分光光度法定量及荧光检测。
二、原理基因工程实验所需要的基因组DNA通常要求分子量尽可能大,以此增加外源基因获得率,但要获得大片段的DNA非易事。
细菌基因组是环状DNA,在抽提过程中,不可避免的机械剪切力必将切断DNA。
因此要尽可能地温和操作,减少剪切力,减少切断DNA分子的可能性;分子热运动也会减少所抽提到的DNA分子量,所以提取过程也要尽可能在低温下进行。
另外细胞内及抽提器皿中污染的核酸酶也会降解制备过程中的DNA,所以制备过程要抑制其核酸酶的活性。
在提取过程中EDTA的作用就是螯合二价金属离子,起到抑制核酸酶活性的作用。
制备的细菌染色体DNA 必须是高纯度的,以满足基因工程中各种酶反应的需要,制备的样品必须没有蛋白污染,没有RNA,各种离子浓度应符合要求,这些在染色体制备时都应考虑到。
大肠杆菌染色体DNA抽提首先收集对数生长期的细胞,然后用离子型表面活性剂十二烷基磺酸钠(SDS)及CTAB破裂细胞,SDS具有的主要功能是:(1)溶解细胞膜上的脂类和蛋白质,因而溶解膜蛋白而破坏细胞膜;(2)解聚细胞膜上的脂类和蛋白质,有助于消除染色体DNA上的蛋白质;(3)SDS 能与蛋白质结合成为R1-O-SO3R2-蛋白质的复合物,使蛋白质变性而沉淀下来。
但是SDS能抑制核糖核酸酶的作用,所以在以后的提取过程中,必须把它除干净。
“CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)是一种阳离子去污剂,可以从低离子强度的溶液中沉淀核酸和酸性多聚糖的特性,在这种条件下,蛋白质和中性多聚糖仍留在溶液里,在高离子强度的溶液里,CTAB与蛋白质和大多数酸性多聚糖以外的多聚糖形成复合物,只是不能沉淀核酸。
因此,CTAB可以用于从大量产生粘多糖的有机体如植物以及某些革兰氏阴性菌(包括E.coli的某些株)中制备纯化DNA”破细胞后蛋白质经等体积苯酚、氯仿:异戊醇抽提除去,之后用洒精沉淀回收DNA。
DNA提取与测序实验报告一、实验目的1、掌握从生物样本中提取 DNA 的基本原理和方法。
2、熟悉 DNA 测序的基本流程和操作要点。
3、学会对 DNA 提取和测序结果进行分析和评估。
二、实验原理DNA 提取原理DNA 在细胞中以与蛋白质结合的状态存在。
提取 DNA 的基本思路是通过裂解细胞,使细胞膜和核膜破裂,释放出 DNA,然后去除蛋白质、RNA 等杂质,得到纯净的 DNA。
常用的裂解方法包括物理方法(如研磨、超声破碎)、化学方法(如使用去污剂)和酶解法(如使用蛋白酶K)。
去除杂质的方法则包括使用酚/氯仿抽提、乙醇沉淀等。
DNA 测序原理目前常用的 DNA 测序技术是 Sanger 测序法。
其基本原理是在DNA 合成过程中,通过掺入特定的双脱氧核苷酸(ddNTP)来终止DNA 链的延伸。
由于 ddNTP 缺少3’OH 基团,一旦掺入到 DNA 链中,链的延伸就会终止。
通过在多个反应中分别加入不同的 ddNTP,可以得到一系列不同长度的 DNA 片段。
这些片段经过电泳分离,根据条带的位置可以读取 DNA 的碱基序列。
三、实验材料与设备实验材料1、新鲜的动物组织(如肝脏、肌肉)或植物组织(如叶片)。
2、细胞培养物(如细菌、酵母)。
实验试剂1、细胞裂解液(包含去污剂、蛋白酶 K 等)。
2、酚/氯仿/异戊醇混合液(25:24:1)。
3、无水乙醇、70%乙醇。
4、 TE 缓冲液(10 mM TrisHCl,1 mM EDTA,pH 80)。
5、 DNA 测序试剂盒(包含引物、dNTP、ddNTP、DNA 聚合酶等)。
实验设备1、离心机。
2、移液器。
3、恒温水浴锅。
4、电泳仪。
5、凝胶成像系统。
6、 DNA 测序仪。
四、实验步骤DNA 提取步骤1、样本处理对于动物组织,将其剪碎后加入适量的裂解液,在匀浆器中匀浆。
对于植物组织,先在液氮中研磨成粉末,然后加入裂解液。
对于细胞培养物,离心收集细胞,加入裂解液重悬。