第八章线粒体DNA及其多态性
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第十二章生物信息学及其在分子生物技术中的应用第一节概述一、生物信息学的概念生物信息学(bioinformatics)是生命研究领域的一门新兴学科,它诞生的渊源在于20世纪生命科学和计算机科学的快速发展,特别是在分子生物学、国际互联网(world wide web,WWW)和生物医药的发展前提推动下,生物信息学以其快速发展的态势而备受世人的瞩目,并在人类基因组计划(human genome project,HGP)实施及后基因组计划中占有重要的地位。
生物信息学的概念有许多版本,其一,生物信息学是采用计算机技术和信息论方法研究蛋白质及核酸序列等各种生物信息的采集、贮存、传递、检索、分析和解读的科学,是现代生命科学与计算机科学、数学、统计学、物理学和化学等学科相互渗透而形成的交叉学科。
其二,生物信息学的内涵十分具体,范围非常明确,由于生物信息学是伴随基因组研究的产生而产生,发展而发展的,因此它主要履行对基因组研究相关生物信息的获取、加工、贮存、分配、分析和解释等职责。
其三,生物信息学所研究的材料是生物学的数据,进行研究的方法是从各种计算技术衍生而来。
然而,无论是详尽描述还是简单概括,诸多观点对于生物信息学的研究目的和方法都是相对一致的。
生物信息学的内涵包括多个层面。
从生物学视角理解:生物信息学研究的是生物体内遗传信息的自然运动规律和变化,基因组数据是其研究的起点,通过破译基因序列的遗传规律、归纳转录调控规律和蛋白质谱数据,揭示生物体的发育、生长和代谢的过程;在后基因组时代,基因功能表达谱的研究是探讨基因在特定时空中的表达;确立核酸序列中编码蛋白质的基因,了解蛋白质的功能及其分子基础,采用蛋白质结构模拟与分子设计进行功能预测;对于已知的各种代谢途径和相关的生物分子的结构、功能及它们之间的相互作用进行整理,用以研究细胞发育、分化途径和疾病发生与发展的路径。
从信息学视角理解:生物信息学包括构建数据库和开发应用分析软件等多个方面。
第一节 线粒体DNA的结构和功能特征一、mtDNA的结构特征mtDNA是惟一存在于人类细胞质中的DNA分子,独立于细胞核染色体外的基因组,具有自我复制、转录和编码功能。
人mtDNA由16 569bp组成,双链闭合环状,其中外环DNA单链由于含G较多,C较少,使整个外环DNA分子量较大,称为重链(heavy chain)或H链;而内环DNA单链则C含量高,G含量低,故分子量小,称为轻链(light chain)或L链。
mtDNA的两条链都有编码功能,除与复制及转录有关的一小段D环区(displacement loop)无编码基因外,基因间无内含子序列;部分基因有重叠现象,即前一个基因的最后一段碱基与下一个基因的第一段碱基相重叠(图6-1)。
因此,mtDNA的任何突变都会累及到基因组中的一个重要功能区域。
mtDNA含有37个基因,其中两个rRNA基因(16SrRNA,12SrRNA),22个tRNA基因,13个蛋白质基因(包括1个细胞色素b基因,2个ATP酶亚单位的基因。
图6-1 人线粒体基因图谱Figure 6-1 Map of the human mitochondrial genomeBox 6.1 The limited autonomy of the mitochondrial genome Encoded by Encoded by Mitochondrial nuclear genome genome Components of oxidativephosphorylation systemⅠ NADH dehydrogenaseⅡ Succinate CoQ reductase Ⅲ Cytochrome b-c1 complexⅣ Cytochrome c oxidase complexⅤ ATP synthase complex Components of protein synthesis apparatustRNA componentsrRNA components Ribosomal proteinsOther mitochondrial proteins 13 subunits7 subunits0 subunits1 subunits3 subunits2 subunits2422 tRNAs2 rRNAsNoneNone>80 subunits>41 subunits4subunits10 subunits10 subunits14 subunits~80NoneNone~80All, e.g.mitochondrialenzymes andproteins和7个呼吸链脱氢酶亚单位的基因)。
线粒体遗传的特点可以归纳为以下几个方面:
1. **母系遗传**:线粒体DNA只来自母亲,不会通过性细胞遗传给后代,只能通过精卵结合后,随母亲的卵细胞一起遗传给后代。
这一特点也解释了线粒体DNA的突变可以导致一些母系遗传疾病。
2. **传递特性**:线粒体DNA的突变或多态性可影响细胞的呼吸和能量代谢功能,进而影响胚胎发育和母亲孕期。
这种个体间的差异使线粒体DNA的变化可反映出来。
3. **突变率**:线粒体DNA受到很高的选择压力,因为其复制和表达是高度忠实的,这使得突变率相对较高。
这也影响了线粒体遗传的特性。
4. **突变的影响**:线粒体DNA的突变可以影响个体的所有后代,包括表型不同的个体。
这使得线粒体DNA成为研究物种进化和群体结构的重要工具。
5. **进化速度**:由于线粒体DNA受到的选择压力更大,其进化速度远高于核DNA。
这使得线粒体DNA成为研究物种进化的重要工具。
6. **种群大小**:由于线粒体DNA的母系遗传特性,其种群大小相对较小且稳定,这使得研究结果更具有可靠性和可预测性。
7. **基因组结构**:线粒体基因组为环状结构,这就意味着新的变异可以被更快的传播开,而不是受到同种病毒的其他个体压力的影响。
总结起来,线粒体遗传的特点主要包括母系遗传、突变率高、进化速度快、种群大小相对稳定以及结构特殊等。
这些特点使得线粒体遗传成为研究物种进化和群体结构的重要工具。
在遗传学研究中,了解并利用这些特点有助于提高研究的准确性和可靠性。
线粒体分型原理及应用线粒体分型是指通过对线粒体基因组的分析,将个体或种群的线粒体基因组分为不同的类型或亚型。
线粒体是细胞内的一个重要细胞器,其主要功能是产生能量。
线粒体基因组相对较小,具有高度保守性和遗传稳定性,因此可以作为研究个体或种群遗传关系、进化历史和种群动态的重要工具。
线粒体分型的原理主要基于线粒体基因组的遗传变异。
线粒体基因组主要由线粒体DNA(mtDNA)组成,mtDNA具有高度保守性和遗传稳定性,但也存在一定的变异。
这些变异主要包括单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(indel)和重复序列等。
通过对这些变异位点的分析,可以将个体或种群的线粒体基因组分为不同的类型或亚型。
线粒体分型的应用非常广泛。
首先,线粒体分型可以用于研究个体或种群的遗传关系。
由于线粒体基因组主要通过母系遗传,因此线粒体分型可以用于追溯个体或种群的母系遗传关系,比如研究家族的族谱、人类的迁徙历史等。
其次,线粒体分型还可以用于研究个体或种群的进化历史。
由于线粒体基因组的遗传稳定性较高,线粒体分型可以用于研究不同物种或种群的进化关系、起源和分化时间等。
此外,线粒体分型还可以用于研究个体或种群的遗传多样性和种群动态。
通过对不同个体或种群的线粒体分型进行比较,可以评估个体或种群的遗传多样性水平,以及种群的遗传结构和遗传漂变情况。
线粒体分型的方法主要包括限制性片段长度多态性(RFLP)、序列分析和单倍型分析等。
RFLP是最早应用于线粒体分型的方法之一,它通过对线粒体基因组的限制性酶切位点进行分析,得到不同的限制性片段长度,从而确定个体或种群的线粒体类型。
序列分析是目前应用最广泛的线粒体分型方法,它通过对线粒体基因组的序列进行测序,得到不同个体或种群的线粒体序列,从而确定其线粒体类型。
单倍型分析是一种基于SNP位点的线粒体分型方法,它通过对线粒体基因组的SNP位点进行分析,得到不同的单倍型,从而确定个体或种群的线粒体类型。
总之,线粒体分型是一种重要的遗传分析方法,可以用于研究个体或种群的遗传关系、进化历史和种群动态等。
人类进化中的线粒体DNA遗传变异研究人类进化是一个漫长而不断发展的过程,其中线粒体DNA遗传变异在说人类进化的过程中起到了重要的作用。
线粒体DNA是指富含能量的细胞器中的DNA,因为其遗传特征稳定、易于检测、数量众多等特点,而成为了研究进化的一种重要途径。
也是现代人类进化学研究的热点之一。
1、线粒体DNA遗传特点线粒体DNA采用的是常规的三联密码子方式编码,但是在无性系传递过程中却有其独特性。
线粒体DNA遗传是母系遗传,即母亲将自己的线粒体和其它细胞器一起传给子代,而父亲只能传递核DNA,而不能传递线粒体DNA。
因此,线粒体DNA相对于核DNA而言更加稳定,因为其传递方式极为单一。
其在一定程度上具有不受基因重组和大多数突变的影响,从而成为了生物物种进化史的重要见证和重要证据。
2、线粒体DNA的遗传变异线粒体DNA遗传变异包括基因突变、基因重组、插入和删减等现象。
线粒体DNA突变比核DNA突变更加常见,其中大部分都是单核苷酸多态性变异(SNPs)。
SNPs在人种群之间广泛分布,基于不同的SNP位点可以将不同的人种分开。
这种特性是研究人群遗传学,特别是人群进化历史和迁徙历史的重要工具之一。
3、线粒体DNA遗传变异的应用线粒体DNA变异对区分人类个体或群体起到了重要的作用。
在人类进化历史研究中,其在确定人类远古祖先、确定人类迁徙路线、探究人类亲缘关系等方面有着重要的应用价值。
如在现代人类起源的研究中,发现三大不同的线粒体DNA类型,这说明我们的祖先来源非常多样化。
此外,线粒体DNA变异在人类健康膳食和治疗方面也有着很重要的应用价值。
线粒体DNA变异在诊断和评估某些常见疾病的风险方面具有潜在的作用,例如糖尿病、中风、肺水肿等疾病。
4、结论线粒体DNA的遗传变异是探索人类进化历史和基因学重要的工具之一。
虽然它不能完全代表整个人类的遗传特征,但是它对于研究人类进化的历史和人类的祖先有着非常重要的意义。
此外,线粒体DNA变异也对疾病的诊断和评估具有潜在的作用,值得我们进一步深入研究。
线粒体遗传体系知识点总结一、线粒体的结构和功能线粒体是一个圆柱形的细胞器,内部含有线粒体基因组、线粒体的内膜和外膜、线粒体的内质网等结构。
线粒体的主要功能是细胞能量的生产,它通过氧化磷酸化反应将氧和营养物质转化成ATP,为细胞提供能量。
线粒体还参与细胞的新陈代谢、细胞凋亡、钙离子平衡等生理过程。
二、线粒体DNA的特点线粒体DNA是一种环状的双链DNA,其大小和形态与细胞核DNA有所不同。
线粒体DNA含有编码蛋白质的基因、tRNA的基因和rRNA的基因,它具有自主的复制与转录机制,能够在细胞分裂时自主独立地复制和传递给后代细胞。
三、线粒体DNA的复制和转录线粒体DNA的复制与细胞核的复制机制存在差异,线粒体内含有多个拷贝的线粒体DNA,但是在细胞分裂时并不遵循严格的复制规律,而是由线粒体自主地复制自身的DNA。
线粒体DNA的转录过程也有所不同,线粒体内含有自己的转录系统和翻译系统,它能够将线粒体DNA中的基因信息转录成mRNA,然后翻译成蛋白质,以维持线粒体内蛋白质的合成。
四、线粒体遗传病的发生原因线粒体遗传病是由于线粒体DNA的突变或缺陷所导致的一类遗传疾病,它与线粒体的结构和功能紊乱有关。
线粒体遗传病具有特殊的遗传方式,它通常是由母亲传递给子代,而父系的线粒体DNA并不会传递到子代中。
线粒体遗传病的临床表现多种多样,包括肌肉无力、神经系统疾病、心脏病等,并且它在遗传学和临床医学中具有较高的研究和应用价值。
五、线粒体遗传体系在细胞生理过程中的作用线粒体遗传体系在细胞的生理过程中起着重要的作用,它不仅负责细胞的能量产生和呼吸作用,还参与细胞的代谢调节、钙离子的动态平衡、细胞凋亡等生理功能。
同时,线粒体遗传体系的异常也可能导致细胞的功能受损,从而引发多种疾病的发生。
综上所述,线粒体遗传体系是细胞内的一个重要组成部分,其含有的线粒体DNA和线粒体RNA对细胞的生理功能有着重要的影响。
线粒体遗传体系的研究具有重要的理论和应用价值,它对于了解细胞代谢、线粒体的结构和功能、线粒体遗传病的发生机制等方面有着重要的意义。
中国牦牛线粒体DNA多态性及遗传分化研究本试验测定了中国5个牦牛品种34个个体的线粒体D-loop全序列,长度为891bp~895bp,有55个变异位点,24种单倍型,核苷酸多样度和群体单倍型多样度分别为1.315%、0.9697。
变异位点有转换、颠换、插入/缺失四种类型,其中转换的频率明显高于颠换。
D-loop全序列每个位点突变率并不相同,在131~500bp、701~751bp间存在突变热点,为D-loop的两个高变区。
牦牛D-loop碱基G+C(39%)含量小于A+T 含量(61%),表现出碱基的偏倚性。
牦牛各品种核苷酸分歧度Dxy为0.480%~2.106%,净遗传距离Da为-0.094%~0.809%,麦洼牦牛与其它牦牛群体的Dxy、Da值较高,牦牛单倍型间的平均距离为0.014。
麦洼牦牛和天祝牦牛、犏牛之间有较高程度的遗传差异。
九龙牦牛与其它牦牛间基因流较大(Nm=3.40~1.58),麦洼牦牛和天祝牦牛、犏牛之间基因交流(Nm=0.46~0.52)的程度相当小,遗传漂变是它们之间遗传分化的主要因素。
整个来说,我国牦牛多态性丰富,遗传分化明显。
本试验的牦牛序列经Tajima′s D中性检验不显著(P>0.10),符合中性突变。
根据牦牛各品种线粒体D-loop的一致序列构建的NJ树,九龙牦牛和犏牛之间的遗传距离为0,因而聚在一支上,而麦洼牦牛和其它4个牦牛品种(类群)间的亲缘关系相对较远。
用本试验中的牦牛单倍型和GenBank中序列结合起来构建的单倍型NJ树,所有序列分成4大支,即聚类簇Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ,本次研究的牦牛序列全部分散在聚类簇Ⅰ。
从NJ树中可以看出牦牛和野牛亲缘关系较近,而和普通牛、瘤牛关系较远。
根据聚类簇Ⅰ中牦牛的24种单倍型间的碱基差异构建的网络关系图可以看出,牦牛的单倍型明显分为两支,和单倍型的NJ树得出一致的结论,表明我国牦牛可能存在两个驯化地点。
线粒体dna名词解释细胞生物学
线粒体DNA(mtDNA)是一种位于线粒体内的环状双链DNA,其主要功能是编码产生线粒体所需的一些蛋白质。
线粒体是细胞内的细胞器,主要负责产生细胞所需的能量,即三磷酸腺苷(ATP)。
线粒体DNA的独特之处在于它具有自主复制和自主转录的能力,与细胞核内的染色体DNA有所不同。
线粒体DNA的特殊性表现在以下几个方面:
1. 高度保守性:不同物种间的线粒体DNA序列差异相对较小,因此mtDNA被广泛用于物种起源和进化研究。
此外,由于mtDNA在细胞内的高浓度和多个拷贝数,其突变率相对较高,因此也被用于研究疾病遗传和人类进化。
2. 独立遗传性:线粒体DNA仅通过母系遗传,也就是说,儿女只能从母亲那里获得其线粒体DNA。
这种遗传方式可以追溯到人类起源的早期,因此线粒体DNA 被用来研究人类的起源、人类迁移和人口遗传学。
3. 缺乏修复机制:由于线粒体DNA在产生能量的过程中经受着氧化应激等损伤,线粒体DNA的突变率相对较高。
然而,线粒体DNA缺乏核糖体修复机制,因此与细胞核DNA相比,它更容易积累突变。
研究线粒体DNA对于理解细胞生物学、进化和遗传疾病具有重要意义。
通过对线粒体DNA的序列分析,可以揭示物种之间的亲缘关系、进化历程和种群结构。
此外,线粒体DNA的突变和功能异常与许多疾病的发生有关,如线粒体疾病、癌症、神经退行性疾病等。
因此,线粒体DNA的研究不仅有助于推动细胞生物学的发展,还为人类健康提供了重要的指导。
遗传学研究中的多态性遗传学是一门探究基因遗传规律和遗传现象的学科,是现代生物学的重要分支之一。
而遗传学研究中多态性也成为研究人类遗传相关疾病的一个重要内容。
多态性是指基因或染色体上同一位点存在两种或两种以上等位基因的现象,而不同基因型表现不同的现象称为基因型多态性,不同表现型的现象称为表现型多态性。
多态性在遗传变异和多样性中起到了重要作用,它的存在不仅使得基因组具有了更多的变异可能,同时也反映了生物种群分化和发展的历程与现状。
而在人类遗传疾病研究中,多态性也发挥了重要的作用。
它可以为疾病的发生和发展提供理论基础,对疾病的防治和治疗提供重要参考。
DNA多态性是遗传学研究中最重要的多态性之一。
DNA多态性是基因组中重复序列的变异,包括微卫星DNA重复序列、线粒体DNA控制区变异、单核苷酸多态性等。
其中,微卫星DNA重复序列具有高度多态性和较强的稳定性,在不同基因型中高度变异,可以用于遗传学疾病的分子诊断、个体遗传分析及个体鉴定等方面。
另外,基因多态性也是人类遗传疾病研究中一个重要的方向。
基因的多态性和疾病的发生风险密切相关。
例如,丙戊酸脱氢酶遗传性疾病就与其基因多态性相关,而光敏性白癜风的发生和发展与多种遗传学因素有关,其中的基因多态性也是 a>影响因素之一。
这些研究结果表明,基因多态性在人类遗传疾病研究中发挥着重要的作用。
除此之外,人类遗传疾病的遗传模式也是研究多态性的一个方向。
单基因疾病的遗传模式包括常染色体显性、常染色体隐性、X-连锁显性、X-连锁隐性、常染色体显性遗传等。
了解遗传模式以及遗传载体的变异是进行基因诊断的基础。
总之,多态性在遗传学研究中具有十分重要的意义,能够为疾病的治疗和预防提供重要的依据。
随着技术的发展,多态性还将在遗传学领域发挥更重要的作用。
希望有更多的科学家投入到这一领域的研究之中,为人类健康事业做出更大的贡献。
一、单选题1、()是动物细胞中除细胞核外,唯一含有DNA的细胞器。
A.高尔基体B.中心体C.溶酶体D.线粒体正确答案:D2、线粒体基因组具有()个基因。
A.29B.48C.66D.37正确答案:D3、D-环区序列更容易发生变异,大约每100bp中就有()个碱基变异。
A.40~50B.1~3C.70~100D.10~20正确答案:B4、重链编码产生()种不同的RNA。
A.0C.3D.1正确答案:C5、在线粒体DNA的复制过程中,被置换的亲代H链、新生链和亲代L链形成一个三联结构,形如大写字母A.EB.CC.BD.D正确答案:D11、1999年对线粒体DNA进行重新测序中发现的错误主要集中在A.非编码区B.D环区C.控制区D.编码区正确答案:D12、1999年,对线粒体DNA进行重新测序更正了最初公布序列中的( )处碱基错误A.25B.11C.21正确答案:B13、523位碱基位置缺失了碱基A,记录为A.delA-523B.del-523AC.523A-delD.del-523A正确答案:C14、样本序列为TTTACCCAT,参考序列为TTTTGCCCAT,根据线粒体DNA的命名原则,应命名为A.4. T-del, 5A-GB.4 T-A, 5G-delC.4 T-A, G-5delD.4 T-A, 5del-G正确答案:A15、mtDNA分析的实质是A.获得碱基的排列情况B.以上均不正确C.提取细胞中的线粒体DNAD.序列比对正确答案:D二、多选题1、常规的DNA-STR分型系统往往无法获得信息的检材有A.高度降解的样本B.微量的DNA样本C.带毛根的毛发D.不含有核DNA的样本正确答案:A、B、D2、关于线粒体DNA的遗传方式,正确的是A.女性可以把她的线粒体DNA传递给她的女儿B.女性可以把她的线粒体DNA传递给她的儿子C.这种遗传方式称为母系遗传D.人类受精卵中的线粒体绝大部分来自卵母细胞正确答案:A、B、C、D3、mtDNAA.mtDNA所有的序列变异呈单倍型特性B.不具备类似核DNA的同源基因座关系C.具有单克隆特征D.不存在同源基因间的重组与交换正确答案:A、B、C、D4、关于mtDNA的转录,正确的描述为A.重链编码1个mRNA和8个tRNAB.轻链编码2个rRNA、12个mRNA和14个tRNAC.它的两条链H链和L链均有编码功能D.线粒体DNA还能独立地进行转录正确答案:C、D5、线粒体DNA的突变率A.约比核DNA高10-20倍B.不高C.约比核DNA低10-20倍D.很高正确答案:A、D6、()为一组有一个或几个共同的单核苷酸多态性祖先的类似单倍型A.以上均不正确B.单倍体基因型C.单倍群D.单倍体正确答案:C7、从遗传来源来说,核DNAA.一个拷贝来自父亲,一个拷贝来自母亲B.来自母亲C.来自父亲D.部分拷贝来自父亲,部分拷贝来自母亲正确答案:A8、一组有一个或几个共同的SNP祖先的类似单倍型,称为B.以上均不正确C.单倍型类群D.单倍群(haplogroup)正确答案:C、D9、mtDNA的( )提高了从严重降解的检材中得到足量mtDNA的成功率A.异质性B.环状结构C.母系遗传D.高拷贝数正确答案:B、D10、下列描述正确的包括A.同一母系家族成员具有相同的线粒体DNAB.在失踪人员寻找或大型灾难事故调查时,mtDNA分析增加了可以用于失踪人员和遇难者识别的参考样本数C.线粒体DNA分析在母系亲缘关系鉴定中有重要作用D.mtDNA具有母系遗传特征正确答案:A、B、C、D11、证据样本可以来自A.母系亲属B.重大灾难事故现场D.犯罪调查的嫌疑人正确答案:B、C12、线粒体DNA的局限性包括A.线粒体DNA的匹配概率远不足以作为同一性的证据B.整个线粒体基因组相当于一个遗传标记C.mtDNA的母系遗传特征使mtDNA序列不具有个体特异性D.个体识别中又很难明确被鉴定个体间有无共同的母系祖先正确答案:A、B、C、D13、待测样本和参照样本的线粒体DNA的序列比对结果,不能排除两样本来自具有母系亲缘关系的两个个体的情况包括A.两个序列在两个位点有不确定的碱基B.两个序列在两个位点有碱基差异C.两个序列在同一位点有相同的异质性,其余位点相同D.两个序列的所有碱基都一致正确答案:C、D14、法医线粒体DNA分析中的测序,通常A.需要进行双向测序B.通过PCR扩增制备测序模板C.通过比对两条链相应碱基的互补性,可以获得更准确的序列结果D.单向测序即可正确答案:A、B、C15、下列对线粒体DNA序列变异的命名和记录正确的是A.524del-CB.315.1CC.315.C2D.523A-del正确答案:B、D三、判断题1、常规的STR分型系统在所有检材的分析中都能发挥作用。
线粒体基因组线粒体基因组是指一个生物体中细胞组织之外的一类线粒体的特有DNA,它是一个由37个基因组成的独立微小的DNA分子,存在于每个生物体细胞核和细胞外空间中。
它在生物进化和学习中起到至关重要的作用,因为它包含了一些重要的遗传信息。
线粒体基因组的发现可以追溯到上世纪八十年代,当时研究发现,线粒体基因组不像核基因组那样是由核DNA链组成的,而是由一个类似丝状的DNA结构构成的。
这种结构的发现表明,线粒体基因组不仅与普通的核基因组不同,而且它也有自身的功能及遗传学特点。
线粒体基因组包括多种不同类型的DNA,其中包括促炎症因子、细胞粘附分子等多种基因,这些基因可以调节细胞之间的关系,可以使细胞保持有效的维护性,以防止感染和炎症性病变。
此外,线粒体基因组还具有细胞呼吸和热能生成的功能,原则上可以帮助细胞产生更多的能量,维持正常的代谢活动。
研究发现,线粒体基因组的功能不同于核基因组,它是一个介于核基因组和由细胞质组成的复杂系统之间的来源。
研究也表明,线粒体基因组不仅与细胞代谢,而且还会影响激素水平,细胞凋亡等多种过程,例如,线粒体基因组中的基因A易位变异会影响细胞的代谢平衡,从而降低细胞的抗炎能力,进而导致炎症或感染病变。
此外,研究发现,线粒体基因组的多态性也可能与一些疾病有关,例如心脏病、糖尿病和肝病等。
研究者发现,心血管疾病的患者,在线粒体基因组中可能存在特定染色体变异。
此外,线粒体基因组在肝病和糖尿病患者中也可能存在变异,这可能有助于改善这些疾病的治疗。
总之,线粒体基因组是一个独立的DNA分子,包含了一些重要的遗传信息,对于生物进化和学习至关重要。
它具有多种功能,可以调节细胞之间的关系,调节细胞抗炎能力,可以帮助细胞产生更多的能量,保持正常的代谢活动。
此外,线粒体基因组的多态性也可能与一些疾病有关,因此,研究线粒体基因组及其多态性对疾病的发病机制具有重要意义。
法医物证学_河北医科大学中国大学mooc课后章节答案期末考试题库2023年1.法医物证学的主要任务是答案:个体识别和亲子鉴定2.法医物证的特点有答案:容易受环境因素影响,具有不确定性3.Let A对Let a基因为显性,存在的频率分别为p和q,在一杂交群体中p+q=1,若隐性表型占总数的16%,则杂合体中的隐性基因占总的隐性基因的比例为答案:60%4.Let A对Let a基因为显性,存在的频率分别为p和q,在一杂交群体中p+q=1,若隐性表型占总数的16%,则该基因座在该群体中的杂合度为答案:48%5.遗传多态性的衡量指标不包括答案:似然率6.以下哪种遗传标记更适合检验高度降解检材答案:SNP7.短串联重复序列的形成机制是答案:DNA复制滑动8.关于法医DNA技术,以下说法错误的是答案:PCR体系中DNA量越多,检测结果越好9.以下DNA提取方法中,提取过程在同一管内完成的是答案:Chelex-100方法10.D21S11基因座,已知等位基因24的核心重复序列结构为[TCTA]4[TCTG]6[TCTA]3TA[TCTA]3TCA[TCTA]2TCCA TA[TCTA]6,另一等位基因的核心序列为[TCTA]5[TCTG]6[TCTA]3TCA[TCTA]2TCCATA[TCTA]10,应命名为答案:25.211.D12S391基因座,已知等位基因15的核心重复序列结构为[AGAT]8[AGAC]6[AGAT],另一等位基因的核心序列为[AGAT]GAT[AGAT]8[AGAC]7[AGAT],应命名为答案:17.312.下列关于STR自动分型技术描述正确的是答案:必须使用相同的荧光染料标记STR基因座引物和其Ladder13.关于STR图谱分析,描述正确的是答案:stutter峰一般出现在主要等位基因之前少一个重复单位的位置,峰高低于主峰的15%14.关于Y-STR的法医学应用,以下说法错误的是答案:只要有一个Y-STR分型不一致,即可排除嫌疑人来自该父系家族15.关于X-STR的法医学应用价值不包括:答案:母系家系溯源16.在美国路易斯安那州发生的强奸杀人案侦破过程中,法医通过SNP分析,发现犯罪嫌疑人具有85%非裔美国人的血统及15%美国印第安人的血统。
线粒体DNA的结构和功能特征线粒体是细胞内的一种细胞器,它具有自己独特的DNA,称为线粒体DNA(mtDNA)。
线粒体DNA在结构和功能特征上与细胞核DNA存在差异,下面将对线粒体DNA的结构和功能特征进行详细讲解。
一、结构特征:线粒体DNA是一个轮状闭合的双链线性DNA分子,其完全的长度约为16.6 kb(千碱基)到17.6 kb。
线粒体DNA相对较小,与细胞核DNA相比,线粒体DNA的大小只相当于其1/10到1/100。
线粒体DNA中包含有37个基因,其中13个编码蛋白质,其他的编码tRNA(转运RNA)和rRNA (核糖体RNA)。
二、功能特征:1.导电子链呼吸:线粒体是细胞内的能量中心,其主要功能是参与细胞的呼吸和产生能量。
线粒体DNA编码的13个蛋白质是催化呼吸链反应的重要酶,其中包括线粒体复合体Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ,它们与细胞色素c还原酶、辅酶Q还原酶、线粒体赖氨酸和甲硫氨酸二氢酶等蛋白质一起形成呼吸链。
在线粒体呼吸链中,经过一系列的氧化还原反应,电子从葡萄糖等化合物释放出来,最终与O2结合,形成H2O。
在这个过程中,产生了足够的能量用于细胞的活动。
2.线粒体产生ATP:线粒体内存在一个重要的酶复合物ATP合酶。
该酶复合物通过将腺苷二磷酸(ADP)和磷酸结合生成三磷酸腺苷(ATP),从而为细胞提供能量。
在这个过程中,线粒体内的葡萄糖分别经过糖酵解和三羧酸循环,产生高能电子,在线粒体内的呼吸链中释放。
3.线粒体DNA维护线粒体功能:线粒体DNA不仅编码了线粒体呼吸链所需要的重要蛋白质,还编码了线粒体自身的复制和维护所需的蛋白质。
线粒体DNA相关的蛋白质包括DNA聚合酶γ(polymerase γ),该酶在线粒体DNA复制和修复过程中起到重要的作用。
线粒体DNA的复制和修复过程是复杂的,不仅包括DNA聚合酶γ的作用,还包括其他辅助酶的参与。
此外,线粒体DNA还与一些疾病的发生和发展密切相关。
例如,一些类型的线粒体病与线粒体DNA的突变有关,导致线粒体功能障碍。
线粒体DNA和Y染色体主要基因的研究进展线粒体DNA和Y染色体是人类基因组中的两个非常重要的部分。
线粒体DNA主要存在于线粒体内,是人类细胞内进行能量合成的重要组成部分。
Y染色体则是男性特有的性染色体,负责决定男性的性别和传递给后代的男性特征。
研究这两个基因的变异和功能对于了解人类进化、疾病发生和家族遗传等方面具有重要意义。
以下将对线粒体DNA和Y染色体主要基因的研究进展进行详细介绍。
线粒体DNA是细胞中作为线粒体的内膜上的循环DNA。
线粒体DNA在功能上主要参与能量合成过程,它编码的蛋白质参与线粒体呼吸链中的ATP合成过程。
线粒体DNA具有许多特殊的特征,如高水平的突变率、不依赖细胞周期的复制和遗传方式的单亲遗传等。
研究表明,线粒体DNA的突变与许多遗传性疾病以及一些老年疾病的发生相关联。
通过研究线粒体DNA的突变和功能,可以为疾病的诊断和治疗提供重要的参考依据。
目前,对线粒体DNA的研究主要集中在两个方面。
一方面,研究人类个体之间线粒体DNA序列的差异,以了解个体之间的亲缘关系和群体间的遗传关系。
人类线粒体DNA有高度的多态性,并且遗传方式为单亲遗传,这意味着线粒体DNA的遗传基因组能够在人类群体中形成一定的遗传结构。
通过对多个群体的线粒体DNA进行深入研究,可以揭示不同人群之间的人类进化历史以及迁徙和遗传漂变等过程。
研究线粒体DNA的突变和功能异常与疾病之间的关联。
许多疾病,如线粒体疾病、帕金森病、癌症等,与线粒体DNA的突变和功能异常有关。
研究发现,线粒体DNA的突变与人类衰老、细胞凋亡、炎症反应等过程密切相关。
通过对线粒体DNA的突变及其所编码的蛋白质的功能进行研究,可以为疾病的预防、诊断和治疗提供新的思路和方法。
与线粒体DNA相比,Y染色体主要存在于男性细胞中,并且只依赖父亲传递给后代。
研究发现,Y染色体中存在着大量的单倍型多态性。
单倍型是指Y染色体上多个位点上的等位基因组合,不同的单倍型代表了不同群体和个体之间的遗传差异。
第十二章生物信息学及其在分子生物技术中的应用第一节概述一、生物信息学的概念生物信息学(bioinformatics)是生命研究领域的一门新兴学科,它诞生的渊源在于20世纪生命科学和计算机科学的快速发展,特别是在分子生物学、国际互联网(world wide web,WWW)和生物医药的发展前提推动下,生物信息学以其快速发展的态势而备受世人的瞩目,并在人类基因组计划(human genome project,HGP)实施及后基因组计划中占有重要的地位。
生物信息学的概念有许多版本,其一,生物信息学是采用计算机技术和信息论方法研究蛋白质及核酸序列等各种生物信息的采集、贮存、传递、检索、分析和解读的科学,是现代生命科学与计算机科学、数学、统计学、物理学和化学等学科相互渗透而形成的交叉学科。
其二,生物信息学的内涵十分具体,范围非常明确,由于生物信息学是伴随基因组研究的产生而产生,发展而发展的,因此它主要履行对基因组研究相关生物信息的获取、加工、贮存、分配、分析和解释等职责。
其三,生物信息学所研究的材料是生物学的数据,进行研究的方法是从各种计算技术衍生而来。
然而,无论是详尽描述还是简单概括,诸多观点对于生物信息学的研究目的和方法都是相对一致的。
生物信息学的内涵包括多个层面。
从生物学视角理解:生物信息学研究的是生物体内遗传信息的自然运动规律和变化,基因组数据是其研究的起点,通过破译基因序列的遗传规律、归纳转录调控规律和蛋白质谱数据,揭示生物体的发育、生长和代谢的过程;在后基因组时代,基因功能表达谱的研究是探讨基因在特定时空中的表达;确立核酸序列中编码蛋白质的基因,了解蛋白质的功能及其分子基础,采用蛋白质结构模拟与分子设计进行功能预测;对于已知的各种代谢途径和相关的生物分子的结构、功能及它们之间的相互作用进行整理,用以研究细胞发育、分化途径和疾病发生与发展的路径。
从信息学视角理解:生物信息学包括构建数据库和开发应用分析软件等多个方面。
面对大量的信息资源,数据库的作用不仅仅是数据的储存,还含有数据分类、注释、分析及相关链接、数据库的查询和搜索、数据资源的交流和更新,具有广泛的使用价值;生物学数据的分析和处理是生物信息学的主要研究手段,核酸序列的获得、氨基酸序列的获得、序列间的比对、数据库的查询、序列的分析、结构的可视化都需要相应专业软件工具的支持。
总之,生物信息学是结合了生物学、应用数学和计算机学等多个学科的一门研究生命自身规律的综合性学科。
二、生物信息学的发展(一)生物信息学的产生生物信息学作为一门综合学科,它的发生及发展是在一定的物质基础和特定的外部条件前提下产生的。
它产生的物质基础是20世纪高速发展的生命科学,生命科学领域中产生了大批先进的实验技术和高效的科学仪器,加速了科学研究的进程。
例如,全自动高效毛细管电泳测序仪的出现,替代部分平板胶测序方法,使人类基因组计划比预期提前完成任务。
生物信息学产生和发展的前提条件包括:①分子生物学者提供了大量的有关生物分子的原始数据。
②随着人类基因组计划的开展,急剧增长的原始数据需要专门的技术对其采集、整理和管理。
③大量的原始数据需要进行数据的科学分析和研、究。
④后基因组时期的研究工作要求对蛋白质结构和功能进行预测。
⑤目前,计算机的计算速率不断提高,能够适应数据信息的快速增长,国际互联网的广泛应用为研究者提供了便利的获取数据资源途径。
⑥全球各个学科学者相互交流,共同协作,共享资源,提高了资源的可利用率。
⑦应用数学与生物学相结合开发的各种算法适用于生物信息数据的处理和分析。
⑧生物学软件的早期开发为生物信息学提供了研究工具。
如果说是生命科学技术的进步孕育了生物信息学,那么诸多其他科学技术的进步促进了它的发生和发展,生物信息学是多种学科共同发展的产物。
(二)与分子生物技术发展的关系分子生物学是20世纪推动生物学技术飞速发展的主要因素之一,分子生物学的发展进程中孕育着生物信息学的萌芽,生物信息学的应用又对分子生物学的进一步发展做出积极贡献。
1953年8月James Watson和Francis Crick提出了DNA的双螺旋结构模型,阐明了它是遗传信息的携带者。
1956年10月,在美国召开了“生物学中的信息理论研讨会”。
1961年,Jacob和Monod发现大肠杆菌的lac操纵子中存在调控元件,证实非编码序列并非垃圾序列。
1962年,Khesin等人发现噬菌体中的基因转录表达具有定时调节机制。
1964年,开始蛋白质结构预测工作。
1970年,((Computer Methods and Programs in Biomedicine》杂志问世,是生物技术由单一的操作实验进入与计算实验并存时代的标志。
同年,Needleman和Wunsch发布了著名的双序列比对算法,从全局的角度计算两条序列的对齐;Gibbs等发表了单序列分析方法。
1972年10月,Paul Berg和他的同事构建了第一个重组DNA分子。
同年,蛋白质序列数据库出现。
1974年,Ratner首先对分子遗传调控系统进行理论处理。
,1975年Pipas等提出使用计算机技术分析RNA的二级结构。
1976年,Fiers等测得RNA噬菌体MS2的全部序列;生物多序列比对算法开始出现。
1977年,Allan Maxam和Walter Gilbert与Frederick Sanger分别完成DNA测序方法的改进。
同时,以DNA序列为基础翻译成蛋白质序列的算法出现。
1978年,核酸序列数据库出现;限制酶切位点计算机预测软件出现。
1980年5月,David Botstein,Ronald Davis和Ray White建立了以限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为基础的人类全基因组图谱的方法。
1982年,欧洲分子生物实验室EMBL (European Molecular Biology Laboratory)数据库和美国GenBank数据库相继建立。
1984年,Charles Cantor和David Schwartz研制了脉冲场电泳。
英国医学理事研究会破译了Epstein-Barr病毒的DNA全序列,共170 000个碱基。
1985年,Katy Mullis建立大量复制DNA的PCR技术。
在这一年,生物信息学专业期刊((Computer Application in the Biosciences))创刊。
1986年,日本核酸序列数据库(DNA Data Base of Japan,DDBJ)建立。
Hood和Loyd Smith 以及他们的同事宣布研制出第一台DNA自动测序仪。
这是使测序技术从繁重低效的手工操作中摆脱出来转折点。
1987年,David Burke,Maynard Olson和George Carle发展T酵母人工染色体(yease artifical chromosome,YAC)克隆技术。
同年,双脱氧荧光标记快速DNA测序技术问世。
1989年Olson, Hood, Botstein和Cantor使用序列标签位点(sequence tag sites,STSs )作为新的制图策略。
STS是目前生物信息数据库常用的物理图谱定位数据库。
(三)与人类基因组计划的关系人类基因组计划的主要目的是获取人类基因组的全部序列信息,为生物信息学提供了丰富的研究材料,包含几十亿碱基对的核酸序列像一片数据的汪洋,它需要利用生物信息学的方法在数据海洋中导航。
生物信息学伴随着人类基因组计划的进程不断完善和发展,并在后基因组时代担负着更重要的任务。
目前已知人类基因组大约有30亿个碱基对,其中可能含有3万^- 7万个左右的基因。
人类基因组计划是美国科学家于1985年率先提出的,旨在阐明人类基因组的序列,发现所有人类基因及其染色体上的物理定位,破译人类全部遗传密码,在分子水平上全面地认识人类自身。
1990年,美国国会正式批准美国的人类基因组计划于1990年10月1日正式启动,这一价值30亿美元的计划的目标是,为由30亿个碱基对构成的人类基因组精确测序,最终确定每种基因所对应的蛋白质及其作用。
在此之前,1987年,意大利国家研究委员会组织了近30个实验室开展人类基因组计划研究。
1989年,英国开始人类基因组计划,成立了“英国人类基因组资源中心”,从事酵母人工染色体(YAC)库的筛选与克隆、cDNA文库、基因组DNA、比较基因组生物序列和信息分析的研究。
Sanger中心以线虫基因组研究为起点,改进了大规模基因测序技术。
1990年6月,法国的国家人类基因组计划启动。
研究方向是整体基因组、cDNA和自动化方法。
诺贝尔获奖者Dausset在全基因组YAC重叠群、微卫星标记的构建等方面做出了杰出贡献。
1993年3月,欧洲生物信息研究所(European Bioinformatics institute, EB1)成立。
8月,专业蛋白质分析系统网络服务器诞生。
1995年2月,德国成立了资源中心和基因扫描定位中心,开始人类21号染色体的大规模测序。
Marc Wilkins等首次提出蛋白质组的概念。
1997年,中国北京大学生物信息中心成立。
1999年9月,中国获准加入人类基因组计划,负责测定人类基因组全部序列的1%,即位于3号染色体的3000万个碱基对。
1999年12月1日,人类首次成功地完成人体染色体基因完整序列的测定。
2000年4月底,中国科学家完成1%人类基因组的工作框架图。
2000年5月8日,由德国和日本等国科学家组成的国际科研小组宣布,他们已基本完成了人体第21对染色体的测序工作。
2000年6月26日,科学家公布人类基因组工作草图。
12月14日,英美等国科学家宣布绘制出拟南芥基因组的完整图谱。
2001年2月12日,人类基因组图谱及初步分析结果首次公布。
中、美、日、德、法、英等6国科学家和美国塞莱拉公司联合公布人类基因组图谱及初步分析结果。
这次公布的人类基因组图谱是在原“工作框架图”的基础上,经过整理、分类和排列后得到的,它更加准确、清晰、完整。
2003年4月14日,中、美、日、德、法、英六国科学家宣布人类基因组序列图绘制成功,人类基因组计划的所有目标全部实现。
已完成序列图覆盖人类基因组所含基因区域的99%,精确率达到99. 99%,比原计划提前两年多。
随着人类基因组和其他模式生物基因组的大规模测序的完成,生物信息学的比较基因组学和生物进化研究方法被广泛应用,功能基因的研究日益成为生物信息学研究的主要方向。
三、生物信息学的研究现状2002年GenBank创立20周年,1月,数据库报告已有1700万个生物体的DNA(大多是细菌)完成测序。