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药物基因组学
药物基因组学是一门新兴的科学研究领域，它将基因组学和药物研究相结合，探讨药物与基因组的相互作用，寻求新的疗法。
药物基因组学的发展可以把药物研究带入新的阶段，发挥重要作用。
药物基因组学是一种系统性研究，结合统计学、生物信息学、生物化学和计算生物学，融合了基因组学、药物研究等各种科学和技术，并结合疾病的遗传基础、金融风险的投资成本，发展药物的设计和研发。
药物基因组学的发展和应用有三个基本步骤：第一步，利用双向基因芯片技术，获取样本的基因表达信息，分析基因的功能；第二步，利用药物筛选技术，筛选新药物的活性靶点；第三步，转化药物筛选发现的药物靶标，开发新药物。
药物基因组学能够为社会带来重要的意义。
首先，药物基因组学可以加强分子示踪的研究，深入的了解药物的作用机制和作用途径，为目标药物的开发和应用提供重要的理论支持；其次，药物基因组学可以增强医学治疗的精准性，针对患者不同的基因组水平，实现药物精准应用，进一步开发出更好的疗法；最后，药物基因组学也可以改善药物发现的过程，缩短药物开发和上市的时间，节省研发费用，提高药物的质量和使用效率。
药物基因组学是一个新的发展方向，在药物研究的多个环节都能发挥重要作用，它将带来全新的视角，不仅能为疾病的治疗提供新的疗法，还能使药物研发过程更加高效。
但是，尽管药物基因组学在
研究药物和疾病之间关系上有着重要作用，但还存在着一些技术难点和实际应用方面的问题，因此需要对药物基因组学的原理、方法及其应用等问题进行深入的研究和总结，以便更快更好的发展和应用药物基因组学。
药物基因组学的发展为药物研究和疾病治疗带来了新的机遇，希望未来能够继续深入研究，发现更有效的疗法，为人类疾病治疗和健康促进做出更大贡献。
药物基因组学PART 01 药物基因组学一、药物基因组学药物基因组学：是研究人类基因变异和药物反应的关系，利用基因组学信息解答不同个体对同一药物反应存在差异的原因。
基因组（genome）：是指生物体单倍细胞中一套完整的遗传物质，包括所有的基因和基因间区域（即编码区和非编码区）。
人类基因组计划是由序列（结构）基因组学向功能基因组学的转移。
开启了人类的“后基因组时代”。
后基因组时代研究的重要方向：功能基因组学比较基因组学结构基因组学蛋白质组学药物基因组学……PART 02 基因多态性二、基因多态性基因多态性是指在一个生物群体中，呈不连续多峰曲线分布的一个或多个等位基因发生突变而产生的遗传变异。
CYP450酶超大家族共涉及1000种药物的代谢（拓展）12种亚型：CYP1、CYP2、CYP3……15个亚家族：A～Q如：CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6、CYP3A5等药物转运蛋白－MDR1（多药耐药基因）（拓展）调控许多药物吸收、分布和排泄过程与胆红素、抗癌化疗药物、强心苷、免疫抑制剂、糖皮质激素、HIVⅠ型蛋白抑制剂有关药物靶蛋白－ADRB2编码人β2肾上腺受体人类白血球抗原－HLA－BHLA－B变异，将引起某些药物的严重皮肤反应内容：1.药物代谢酶的多态性同一基因位点上具有多个等位基因引起，其多态性决定表型多态性和药物代谢酶的活性，造成不同个体间药物代谢反应的差异。
是产生药物毒副作用、降低或丧失药效的主要原因之一。
细胞色素P450酶（CYP）是药物代谢的主要酶系。
在细胞色素P450的亚群中，CYP2D6、CYP2C9和CYP2C19对许多药物的效应非常重要。
（拓展）例：奥美拉唑、兰索拉唑和泮托拉唑等质子泵抑制剂由P450酶代谢，主要由CYP2C19，部分由CYP3A4代谢。
因此，CYP2C19的基因多态性会影响质子泵抑制剂的药动学，从而影响后者治疗相关疾病的临床效果。
艾司奥美拉唑仅经CYP3A4代谢。
目录第五章药物基因组学第一节药物基因组学基础一、遗传药理学的发展二、药物基因组学的遗传学基础三、基因多态性的类型四、多态性研究的整体思路第二节药物代谢酶的遗传药理学一、I相代谢酶二、II相代谢酶第三节药物转运体基因多态性一、ABC转运体二、SLC超家族第四节药物受体基因多态性一、 肾上腺素受体基因多态性二、血管紧张素Ⅱ型受体三、过氧化物酶体增殖物激活受体四、μ阿片受体五、磺脲类受体六、维生素K环氧化物还原酶复合体1第五节基因芯片技术在药物基因组学研究中的应用一、基因芯片的原理二、基因芯片的分类三、基因芯片的产品四、基因芯片的应用前景第六节药物基因组学临床应用的机遇与挑战第五章药物基因组学影响患者对药物反应的因素有很多，包括患者本身的内在因素如年龄、性别、种族/民族、遗传、疾病状态和器官功能，还有其它生理变化，包括怀孕、哺乳,以及外源性因素如吸烟和饮食。
基因变异可导致疾病表现和药物反应的多样性这一观念目前已得到广泛认可，并经许多的研究证实。
对于一些遗传因素影响研究比较明确的药物，在治疗上可以根据基因信息的指导进行给药，避免其毒性并使治疗效果达到最优化。
此外，对于药物反应个体化差异的遗传机制的研究，有助于降低新药研发中不可预期毒性的风险，明确哪些病人将会有最好的治疗效果，收益程度最大；或者淘汰那些对患者疗效不佳、容易出现严重不良反应的新药。
越来越多的经美国FDA批准的药品说明书中都提供了药物基因组学方面的信息。
生物学信息在药物的研发、管理和临床应用方面的融合和使用在以后将会继续增长。
药物基因组学为临床医生和临床药师提供了很大程度上改善几百万患者药物治疗效果的机会。
但是，这个机会的利用却受到阻碍和挑战，并且新的知识还在不断的更新。
本章节将通过药物基因组学基础知识和具体疾病结合应用的学习帮助临床药师迎接这一挑战，提高将药物基因组学知识运用到日常临床实践中的能力。
第一节药物基因组学基础一、遗传药理学的提出美国药学科学家协会（AAPS）将遗传药理学（Pharmacogenetics）定义为一门研究药物反应个体差异遗传机制的科学。
遗传药理学的研究历史可以追溯到公元前510年，当时Pythagoras 发现有一些人摄入蚕豆后会发生致死性的发应，而其它大部分人则不会有这种反应。
从那时起，许多里程碑性的发现（见表1）逐渐形成了现在的研究领域。
遗传药理学较重要的发展时期是在20世纪50年代，Motulsky和Vogel正式将遗传药理学作为一门药理学分支提出来。
Motulsky在1957年认为对药物的异常反应有时是由遗传决定的酶缺损而引起的，V ogel则首先使用“遗传药理学（Pharmacogenetics）”这一名词。
20世纪90年代，药物基因组学（pharmacogenomics）这一术语开始出现在一些科学著作中。
它的出现源于全基因组学技术的出现和兴起。
美国药学科学家协会对药物基因组学的定义是“全基因组水平分析药物效应和毒性的遗传标记”。
遗传药理学主要着重于染色体上单个或少量基因的研究，从药物代谢动力学和药物效应动力学两方面研究DNA序列的变异在药物反应个体变异中的作用。
机体内药物作用靶点（受体）、药物转运体和药物代谢酶是在一定基因指导下合成的，所以遗传基因的变异是构成药物反应差异的决定因素。
而药物基因组学的研究范畴更大，包括全基因组上决定药物效应的所有基因。
药物基因组学的目的在于系统性的评价基因的相互作用系统如何影响疾病的易感性、药理学功能、药物处置和药物治疗反应。
其最初的一个目的是去发现可能在疾病的诊断、分期和分类上给予协助的遗传标记。
另外也寻求新药研发的完善，产生最理想的药理效应。
药物基因组学有望对目前的一些大的制药公司的新药研发模式产生影响。
从本质上来说遗传药理学是药物基因组学的一个分支。
表1.遗传药理学和药物基因组学历史事件回顾年代人物里程碑事件510B.C Pythagoras 认识到食蚕豆的危险，后来阐明是由于G6PD的缺乏1866 Mendel 建立遗传定律1906 Garrod 出版了“先天性代谢紊乱”1932 Snyder 明确苯硫脲味盲为常染色体隐性遗传1956 Carson 发现G6PD的缺陷1957 Motulsky 提出代谢的遗传缺陷可以解释药物反应的个体化差异1957 Kalow & Genest 描述了血浆胆碱脂酶缺乏现象1957 Vogel 首次应用“遗传药理学”这一术语1960 Price Evans 明确了乙酰化多态性的的存在1962 Kalow 发表了“遗传药理学－遗传和药物效应”一文发现了异喹胍羟化酶和司巴丁氧化酶的多态现象1977/79 Mahgoub和Eichelbaum1988 Gonzalez 发现了异喹胍羟化酶的基因缺陷，后来确定了CYP2D6 1988–2000 Various 确定了I相和II相代谢酶，以及后来的转运体的多态性完成人类基因组草图2000 Public-privatepartnership2000 The完成了包含142万SNPs的人类基因组序列的鉴定InternationalSNP Map WorkingGroup二、药物基因组学的遗传学基础遗传的主要物质基础是细胞核染色体上的DNA，DNA是携带遗传基因、传递遗传信息最基本的物质。
正常人细胞中有23对染色体。
其中22对常染色体，一对性染色体。
储有遗传信息的DNA 片段称为基因。
DNA分子是由2条平行的多核苷酸链围绕同一中心轴构成的双螺旋结构，多核苷酸的方向由核苷酸间的磷酸二酯键的走向决定，一条从5'→3'，另一条从3'→5'，两条链呈反向平行排列，彼此由氢键相连。
每个核苷酸由1个磷酸、1个五碳糖和1个碱基三部分组成。
DNA分子中存在4种碱基，2个嘧啶碱基是胸腺嘧啶（T）和胞嘧啶（C）,2个嘌呤碱基是腺嘌呤（A）和鸟嘌呤（G）。
在所有DNA分子中，一条链上的A总是与另一条链上的T互补配对（A＝T），而C总是与G配对（C G）。
碱基对的顺序决定了DNA的序列，进而氨基酸的序列也由此决定。
自然界中，某一群体同种生物常在某些方面有所不同，存在两种或两种以上变异型的现象，成为多态性（polymorphism）。
多态性的产生是多个不同等位基因作用的结果，一般认为变异频率超过1％为遗传多态性。
多态性的存在形式有几种，单个核苷酸碱基的变异称为单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism ，SNP），其它多态性的形式包括基因缺失变异和基因重复序列变异等。
多态性可以影响基因的表达，蛋白的功能和活性。
另外，在DNA序列未改变的情况下也可以发生基因表达的改变，例如表观遗传（epigenetics).由于没有一个被大家普遍接受的SNP统一命名法，对于SNPs的描述方法有很多种。
有根据特定基因和变异的位置用数字和字母进行表示的，比如ABCB1 3435 C>T，ABCB1是基因的名称－三磷酸腺苷结合盒蛋白B1( Adenosine-triphosphate binding cassette protein B1,ABCB1),其编码P-糖蛋白（P-glycoprotein ，P-gp)，数字3435表示SNP在DNA上的位置，C代表原始或参考核苷胞嘧啶，字母T是指改变了的核苷胸腺嘧啶（突变核苷）。
也可以根据等位基因来表示SNP。
等位基因(allele)是指在染色体某一特定位置上基因多个变异形式中的一种。
等位基因也可以表述为基因的原始（或参考）形式。
人类是二倍体生物，每个染色体和特定的基因都有两个拷贝，因此人类具有两个等位基因。
一个等位基因来自于生物学上的父亲，一条来自于生物学上的母亲，一个蛋白可以有两个不同的等位基因亚型。
以CYP2C19来说，CYP2C19*1, CYP2C19*2和CYP2C19*3是三个不同的等位基因亚型，前面几个字母CYP2C19是指蛋白，*和后面的数字是表示等位基因亚型。
亚型的识别与每一个等位基因的功能影响相关。
The CYP2C19*1等位基因使得个体的酶活性表现为正常（或野生型），相反，具有CYP2C19*2 和CYP2C19*3 等位基因的个体酶活性缺失。
个体的基因型是由两个等位基因共同决定的。
以CYP2C19来说，如果两个等位基因均是CYP2C19*2,那么这个个体的基因型是纯合子，命名为CYP2C19*2/*2。
相反，如果一个等位基因是CYP2C19*2，另一个等位基因是CYP2C19*3，那么这个人的基因型是杂合子CYP2C19*2/*3。
酶的活性由基因型决定，CYP2C19*1/*1基因型的酶活性正常，CYP2C19*1/*2和CYP2C19*1/*3基因型的酶活性降低，CYP2C19*2/*2、CYP2C19*2/*3和CYP2C19*3/*3基因型的个体则CYP2C19酶活性缺失。
以上两种SNP的命名法都是基于单个基因的多态性，在某些情况下，蛋白功能的影响因素不只来自于单个基因，要根据单倍型来进行分析。
单倍型是指在同一染色体上进行共同遗传的多个紧密连锁的等位基因的组合。
三、基因多态性的类型（一）非同义SNP非同义SNP是指核苷酸的变化改变了mRNA上的遗传密码，导致相应的氨基酸也发生了变化。
有些非同义SNP不影响蛋白质或酶的生物活性，不表现出明显的表型效应，这种突变属于中性突变，一般对人体并无影响。
但在某些情况下也会发生严重后果。
硫代嘌呤甲基转移酶(TPMT)主要代谢嘌呤类药物（如硫唑嘌呤，6-巯嘌呤），TPMT*3A就是一个非同义SNP，DNA上的G被A取代，导致相应的丙氨酸转变为苏氨酸，TMPT的活性降低，相应的嘌呤类药物的毒性增加。
（二）同义SNP同义SNP是指核苷酸的替换没有导致氨基酸的改变。
这是由于密码子具有兼并性，mRNA的密码子改变前后所编码的氨基酸一样。
同义SNP有时也称为沉默SNP。
ABCB1 3435 C>T就是一个同义SNP，胞嘧啶（C）被胸腺嘧啶(T)所取代，但所编码的氨基酸没有改变。
实验表明ABCB13435 C>T 可导致P-gp表达和功能降低，这一现象有可能是通过降低mRNA的稳定性来实现的。
在一项HIV感染病人的病例对照研究中发现，依法韦仑肝毒性的降低与ABCB1 3435 C>T的多态性相关。
但相反的是，携带ABCB1 3435 C>T变异的病人环孢素的药动学和毒性风险都没有显著性改变。
依法韦仑和环孢素结果的不一致性有可能是这一“沉默”的多态性改变了P-gp底物的相互作用位点。
最近的研究也证实了P-gp通过部分重叠但又不同的结合位点来识别多种底物。
（三）未成熟终止密码多态性未成熟终止密码是指当核苷酸发生变化时，不再编码相应的氨基酸，蛋白的合成也被终止。
