锦鲤疱疹病毒-CJ株-i-ORF-_i-81基因的克隆及生物信息学分析
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锦鲤疱疹病毒病的研究进展作者:吕大成来源:《吉林农业》2011年第09期我国是水产养殖大国,近30年来水产业发展尤为迅速,目前水产养殖产量已经超过捕捞产量,约占养殖业的70%以上。
但是,随着水产养殖业的迅速发展,一些水产疾病的爆发也越来越频繁。
据统计,至2002年全国水产病害达到185种,直接造成经济损失141亿元。
目前,水生动物疾病种类繁多,且发病时间延长、传播速度快,危害程度大,发病后死亡率高。
更严重的是已经有所控制的严重疾病有返强趋势,近年来,在吉林、辽宁等地区的网箱养殖发展迅速。
随着淡水养殖业的迅速发展,各种疾病造成的损失也迅速上升。
尤其是近年来发生的锦鲤疱疹病毒病,给鲤鱼养殖业带来了巨大的经济损失。
2007年,我国质检总局要求停止从日本和印尼进口锦鲤和鲤鱼,将锦鲤疱疹病毒作为必检项目。
锦鲤疱疹病毒病是由锦鲤疱疹病毒(KHV)引起的锦鲤、鲤鱼及其普通变种发生鳃坏死和间质性肾炎的一种高致病性和高死亡率的疾病。
该病多发生在水温为18℃~28℃的春秋季节,但目前有低温下发病的趋势。
该病具有高度传染性,发病率和死亡率均高达80%~100%。
在锦鲤和鲤鱼的国际贸易中,由于缺乏相关的检疫制度,促使了该病在世界范围内暴发性流行,给锦鲤和鲤鱼养殖业带来了破坏性影响。
1.国内外流行现状自从锦鲤疱疹病毒病暴发以来,各个国家和地区几乎每年都发生。
2003年以来,我国东北地区的框镜鲤和普通鲤鱼发生暴发性疾病,死亡率高达80~90%,经PCR检测为KHV阳性;近两年来,KHV检测也均为阳性。
另外,有报道,近年来在菲律宾非法进入的锦鲤中检测到KHV。
2008年,中国台湾地区检测KHV阳性率为7%;据2010年鱼病统计结果显示,泰国也有KHV的发生。
锦鲤疱疹病毒病的全球性暴发,给锦鲤观赏业、鲤鱼养殖业以及国际贸易等造成了极大的经济损失,并引起了各国的高度重视,因此,各国家和地区应加强合作,严格控制KHV的发生与流行。
一株锦鲤疱疹病毒的分离与鉴定朱霞;李新伟;王好;吕文亮;周井祥【期刊名称】《中国预防兽医学报》【年(卷),期】2011(033)005【摘要】本实验对患病鲤鱼进行病毒分离及鉴定,将表现典型锦锂疱疹病毒(KHV)病症状的鲤鱼肾细胞与单层框镜鲤鱼鳍细胞(KFC)共培养,5d~6d后出现典型的KHV细胞病变,即细胞体积增大并出现空泡化;在电镜下观察到典型的KHV病毒粒子;并应用PCR方法扩增获得KHV ORF25基因的849bp基因片段,连接至pMD18-T载体中,经酶切鉴定后序列分析表明,与GenBank登录的3株KHV同源性均为99.9%,命名为KHV-cj.基因进化比较显示,与KHV-J株关系较近.将病毒培养物(10-6.75TCID50)腹腔注射接种实验鱼可使其100%发病,并且症状和病理变化与自然感染KHV的鱼一致,死亡率为75%.表明本研究在国内首次分离到KHV.%A Koi herpesvirus (KHV) was isolated from carp suffering gill necrosis by co-cultivation of the affceted kidney cells with carp fin cells (CFC).Cytopathic effects (CPE) were presented 5 days to 6 days post co-cultivation.The KHV particles were observed under electron microscope by negatively stained the sediment of virus culture with 0.5% phosphotungstate.A 849 bp DNA fragment of ORF25 gene was amplified by PCR and sequencing result indicated that the sequence of nucleotide acid homology was 99.9% with the reference strains of KHV in GenBank.The some clinic signs as nature infection were presented in fish artificially infected with 10-6.75 TCID50 by intraperitoneal injection and the morbility and mortality were 100% and75%,respectively.This result demonstrated that the KHV was isolated for the first time from the naturally infected fish in China.【总页数】4页(P340-343)【作者】朱霞;李新伟;王好;吕文亮;周井祥【作者单位】吉林农业大学动物生产及产品质量安全教育部重点实验室,吉林,长春,130118;吉林农业大学动物生产及产品质量安全教育部重点实验室,吉林,长春,130118;吉林农业大学动物生产及产品质量安全教育部重点实验室,吉林,长春,130118;吉林农业大学动物生产及产品质量安全教育部重点实验室,吉林,长春,130118;吉林农业大学动物科技学院,吉林,长春,130118【正文语种】中文【中图分类】S852.65【相关文献】1.四川地区一株锦鲤疱疹病毒的分离鉴定及系统进化分析 [J], 陈俊杰;李媛瑗;阳瑞雪;汪开毓;耿毅;黄小丽;陈德芳;欧阳萍2.锦鲤疱疹病毒天津株的分离与鉴定 [J], 罗璋;郝爽;张振国;孟一耕;史谢尧;冯守明3.锦鲤疱疹病毒GZ1301株的分离与鉴定 [J], 李莹莹;王庆;曾伟伟;潘厚军;王英英;刘春;梁红茹;石存斌;吴淑勤4.东北红豆杉一株产三尖杉宁碱内生真菌Xylaria Primorskensis Y32的分离与鉴定 [J], 张智慧;郑文艺;崔海超;罗朝辉;袁肖寒;顾成波5.一株猪繁殖与呼吸综合征病毒高致病株的分离与鉴定 [J], 芮雪;申贞彦;贺晓霜;张永红;宋勤叶;周双海因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
锦鲤疱疹病毒―CJ株ORF108基因的克隆及生物信息学分析摘要:为研究我国锦鲤疱疹病毒的基因背景信息,从锦鲤疱疹病毒中国吉林株(KHV-CJ株)获得ORF108基因,应用生物信息学方法分析KHV-CJ株ORF108基因结构和功能。
结果显示,ORF108基因长588bp,为一完整的开放阅读框,编码196个氨基酸,理论分子质量为21207.37Da。
KHV-CJ 株与美国株(KHV-U)的ORF108基因的序列一致性为99%,在第564位的碱基A突变为G。
但该突变位置编码的氨基酸并没有发生改变,同为丝氨酸。
ORF108基因编码蛋白的1-61位氨基酸位于细胞膜表面,62-84位氨基酸之间形成一个典型的跨膜螺旋区。
该蛋白的表面抗原决定簇位点区域广泛、峰值高,预示该基因可作为基因工程疫苗的重要候选基因。
关键词:锦鲤疱疹病毒;ORF108基因;生物信息学分析基金项目:长春市科学技术局先进实用技术的示范推广项目(12XN35)中图分类号:S941.41文献标识码: A DOI编号:10.14025/ki.jlny.2015.22.043自从20世纪90年代末,锦鲤疱疹病毒病(Kioherpesvirusdisease,KHVD)就在普通鲤鱼和观赏锦鲤上发现并报道[1-2]。
感染本病毒后病鱼聚集在进水口,身体出现白色斑块,皮肤呈现砂纸状纹理并变得粗糙。
病鱼出现鳃和眼睛凹陷坏死等症状。
引起本病的病原较早称锦鲤疱疹病毒(Kio herpesvirus,KHV)。
有人根据其病理变化又称为鲤肾炎鳃坏死病毒。
2012年ICTV(国际病毒命名委员会)发布的第九次分类报告将本病毒命名为鲤疱疹病毒3型(Cyprinid herpesvirus 3,CyHV-3)。
本病毒隶属于疱疹病毒目(Herpesvirales)异样疱疹病毒科(Alloherpesviridae)鲤疱疹病毒属(Cyprinivirus)成员。
相关文献一般仍沿用锦鲤疱疹病毒这个名字。
利用PCR方法检测锦鲤疱疹病毒3个主要靶基因孟庆峰;张琼;宋战昀;肖成蕊;刘阳;蔡阳;张艳;钱爱东;王伟利【期刊名称】《中国预防兽医学报》【年(卷),期】2011(033)004【摘要】为建立锦鲤疱疹病毒(KHV)多靶基因PCR检测方法,本实验将KHV接种鲤鱼鳍条细胞,收获病变细胞悬液,提取DNA,根据GenBank中登录的KHV基因序列及出入境检验检疫行业标准推荐的基因(ORF7),设计合成3对特异性引物,针对胸苷激酶基因(TK)、聚合酶基因(Sph)和ORF7基因进行PCR检测.通过优化后的反应体系进行特异性、敏感性试验和样品检测.结果表明:3对引物能够分别特异性扩增出409bp、292 bp和484bp片段;敏感性试验表明对TK基因检测的敏感性高于Sph和ORF7基因,其最低检测量为1.9×106copies/μL;采用优化的3个PCR方法对8个有临床症状的样品进行检测,其中3份样品的3个基因PCR扩增结果均为阳性.因此,本研究选取的3个基因均可用于KHV的检测及确证实验.%To exploratory the feasibility of multiple gene detection of koi herpesvirus (KHV) by PCR, the PCR detections were conducted to amplify the TK and Sph genes of KHV to comparing with the amplification of ORF7 which was recommended by inspection and quarantine standard for KHV detection. The three genes were amplified with the spcefic primers and the the template DNA of virus extracted from the KHV infected KF cells. The results showed that the fragments of 409 bp (TK), 292 bp (Sph), and 484 bp (ORF7) could be specifically amplified with a detection limit at 1.9×l06 copies/μLof KHV. It was evident that the all of these gene could be used to detection of KHV.【总页数】4页(P316-318,330)【作者】孟庆峰;张琼;宋战昀;肖成蕊;刘阳;蔡阳;张艳;钱爱东;王伟利【作者单位】吉林农业大学动物科技学院,吉林长春130118;吉林出入境检验检疫局,吉林长春130062;辽宁出入境检验检疫局,辽宁大连116001;吉林出入境检验检疫局,吉林长春130062;吉林出入境检验检疫局,吉林长春130062;吉林出入境检验检疫局,吉林长春130062;吉林出入境检验检疫局,吉林长春130062;吉林农业大学动物科技学院,吉林长春130118;吉林农业大学动物科技学院,吉林长春130118;吉林出入境检验检疫局,吉林长春130062【正文语种】中文【中图分类】S852.65【相关文献】1.利用多重PCR方法检测7种转基因卡诺拉油菜籽品种(系)研究 [J], 张耀川;许亮;张洁;田锦;李玉舒;石进朝2.PCR方法快速检测锦鲤疱疹病毒基因 [J], 乌日琴;刘中勇;黄宝春3.多重PCR方法检测锦鲤疱疹病毒基因 [J], 乌日琴;陈芳;张艺宜;刘芸莉;刘中勇;林志雄4.利用PCR方法检测转基因大豆加工食品中的修饰基因 [J], 邓鸿铃5.PCR方法检测食品中致病菌常用的靶基因及其引物 [J], 段莹;陶景玉;卢行安;陈明生;崔秀云因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
锦鲤疱疹病毒病免疫学检测方法——单克隆抗体技术研究进展于慧;袁海延;金晔;黄冬冬【期刊名称】《科学养鱼》【年(卷),期】2016(000)003【总页数】2页(P54-55)【作者】于慧;袁海延;金晔;黄冬冬【作者单位】吉林农业大学动物科学技术学院,吉林长春130118;吉林农业大学动物科学技术学院,吉林长春130118;吉林农业大学动物科学技术学院,吉林长春130118;吉林农业大学动物科学技术学院,吉林长春130118【正文语种】中文锦鲤疱疹病毒病(KHVD)是由锦鲤疱疹病毒(KHV)引起的一种非常严重的、法定的传染病。
它通过锦鲤、鲤鱼的贸易传播。
该病死亡率高达80%~100%。
被感染的鱼常见的临床症状为有白色斑,眼凹陷,脾脏和肾脏肿大,鳃部坏死。
CyHV-3在温度15~25℃易感染,可从死鱼的肾、鳃、脾、小肠、肝脏和大脑中分离,其基因组包含约29.5万个碱基对(kb),编码156个开放性阅读框。
目前还没有有效的药物和疫苗可以抑制锦鲤疱疹病毒的感染。
因此控制该病原的流行主要依靠检验、检疫和隔离等手段。
现在针对KHV检测方法的研究主要包括分子生物学技术和细胞培养法。
细胞培养法检测流程至少需要2周,敏感细胞系繁殖难度大、灵敏度低;分子生物学方法除OIE列举的PCR方法外,还先后建立了4种环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)的检测方法,我国的科研工作者也建立了两种荧光定量PCR检测方法。
不过分子生物学方法只能检测病毒核酸,不能直接检测活病毒,且容易产生DNA污染,导致检测结果呈假阳性。
免疫学技术作为一种可以检测到活病毒的技术,弥补了以上方法的不足。
该技术的研究需要以抗原和抗体为基础。
对于CyHV-3,目前已经有几项研究利用免疫化学技术的抗体对抗原亲和力。
在2005年Adkinson Oren和Hendrick成功用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测CyHV-3,在最近的一项研究中,CyHV-3的多克隆抗体被用于检测目的病毒,研究表明该技术可能比其他传统PCR方法更敏感。
锦鲤疱疹病毒囊膜蛋白ORF132的克隆及分析刘振兴;柯浩;孟轩;林敏;陈棠堂;颜远义【期刊名称】《广东农业科学》【年(卷),期】2011(038)006【摘要】提取感染锦鲤疱疹病毒(KHV)的锦鲤(Cyprinus carpio koi)肾脏组织DNA,通过PCR扩增了KHV ORF132基因.该基因全长513 bp,所编码的蛋白包含170个氨基酸,分子量18.5 ku,等电点8.11,有信号肽以及2个潜在的O糖基化位点.应用DNA Star程序,通过综合分析二级结构柔性区、蛋白的亲水性、表面可能性、抗原性指数,预测KHV ORF132蛋白主要B细胞表位区段位于Leu40~Ala45、Asn53~Pr066、Arg97~Thr 118、Ala125~Pr0136、Glu140~Arg145、Asn160~Arg170.【总页数】3页(P134-136)【作者】刘振兴;柯浩;孟轩;林敏;陈棠堂;颜远义【作者单位】广东省农科院兽医研究所,广东广州510640;广东省兽医公共卫生公共实验室,广东广州510640;广东省农科院兽医研究所,广东广州510640;广东省兽医公共卫生公共实验室,广东广州510640;广东省农科院兽医研究所,广东广州510640;广东省兽医公共卫生公共实验室,广东广州510640;广东省农科院兽医研究所,广东广州510640;广东省兽医公共卫生公共实验室,广东广州510640;中山市海洋与渔业局,广东中山528400;广东省水生动物疫病预防控制中心,广东广州510222【正文语种】中文【中图分类】S965.116;Q785【相关文献】1.羊痘病毒属病毒ORF132的克隆及序列分析 [J], 丁森;李应国;蔡家利;聂福平;王昱;肖进文;周雪梅;肖雯;黄鹤;刘生峰;周庆2.羊传染性脓疱病毒吉林株主要囊膜蛋白B2L基因的克隆与序列分析 [J], 程荣华;刘云志;毛文智;孙健;邵洪泽;呼延含蓉;杨金生3.CSFV囊膜蛋白E2单克隆抗体识别表(拟)位基序的差异性分析 [J], 张富强;李志华;张念祖4.锦鲤疱疹病毒囊膜蛋白ORF59的克隆、分析及其主要B细胞表位区的原核表达[J], 柯浩;刘振兴;林敏;孟轩;陈棠堂5.马动脉炎病毒大囊膜蛋白和膜蛋白基因的克隆与序列分析 [J], 杜建;王志亮;宋厚辉;金宁一;张念祖因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
!""# $$$%&'()*+,-%'.第!"卷第#$期$%##年#$月&水&产&学&报'()*+,-(../012*/20(.31/+,4567!" +57#$89:7 $%##文章编号 #%%%;%<#" $%## #$;#=B%;%=8(/ #%7!=$?@0A 7'7#$!#7$%##7#=<!?收稿日期 $%##%=#"&&&修回日期 $%##%>#?资助项目 国家自然科学基金项目 !%<=#<$#o周井祥 李新伟为同等贡献作者通讯作者 周井祥 2E F G H 6 a ]m MJPN#$<7:5F锦鲤疱疹病毒I 0S 株;!<N'基因的克隆及生物信息学分析周井祥 o &李新伟o &王&好 &吕文亮 &朱&霞吉林农业大学动物科技学院 动物生产及产品质量安全教育部重点实验室 吉林长春&#!%##B摘要 为了解锦鲤疱疹病毒中国吉林株 D 14E 3' (*.B#蛋白的结构特征和进化关系 用框镜鲤尾鳍原代细胞增殖D14E 3' 提取其8+, 经A 3*扩增 获得<!A B#基因 将其克隆到SY8#BE T 载体中 构建重组质粒 应用生物信息学方法初步分析D 14E 3'<!A B#基因的结构和功能 并与Z9J[G JV 上已公布的!株D 14构建系统进化树 结果显示 获得了长==#OS 的<!A B#基因 编码$"<个氨基酸 预测<!A B#基因的理论分子量为$B $?<7"%L 等电点为B7?%? 疏水性大于亲水性 信号肽切割部位最可能位于$>位的0 丝氨酸 有?个跨膜区 抗原表位预测显示抗原性良好 结构预测显示 不存在+E 糖基化位点 存在<个(E 糖基化位点和##个磷酸化位点 系统进化树分析显示 与锦鲤疱疹病毒以色列株属同一分支关键词 锦鲤疱疹病毒 <!A B#基因 克隆测序 生物信息学分析中图分类号 0>#= X=B"&&&&&&&文献标志码 ,&&锦鲤疱疹病毒病 V5H ]9Q S9W _H Q LWPH W 9G W 9 D 148 是由锦鲤疱疹病毒 V5H]9Q S9W _H Q LW D 14 感染锦鲤 /=7-)2+'*&-7).B .) 鲤 /=7-)2+'*&-7).*&-7). 及其普通变种如框镜鲤等而导致的一种具有高度传染性和致死性的疾病 #>>B 年D 14首次在以色列的Y G \G J Y H :]G 96地区和美国暴发 # $%%%年传至英国 德国和比利时 $ $%%$年?月 印度尼西亚发生此病 同年中国广东省和台湾省的锦鲤疑似发生此病 !;? $%%!年#%月日本证实该病已在本国存在 " 目前 该病在我国的鲤养殖中频繁发生 造成鲤的大量死亡 给鲤养殖业带来了严重危害 $%%=年国家质检总局发布警示预报 要求将D 14作为必检项目 并加强对其他国家进口的锦鲤和鲤的检测D 14是双股线形8+,病毒 是鱼类疱疹病毒属中基因组最大的病毒 < 目前 Z 9J[G JV 已经公布了!株分别来自日本 美国和以色列锦鲤疱疹病毒的基因序列 = 基因组大小为$>"VO 并含有$$VO 的末端同向重复序列 有#"<个开放性阅读框 (*. B 个末端重复序列 D 14的#"<个(*.的功能只有少数已经确定其功能 <!A $"和<!A >>编码膜糖蛋白 <!A B#和<!A B!编码主要囊膜蛋白 主要在细胞质中合成 B研究发现 <!A B#在大量表达时出现细胞核缩小 细胞从瓶壁脱落的现象 *(02+D *,+g 等 > 对<!A B#重组研究表明 其重组体蛋白的表达可作为免疫荧光试验和2-/0,检测D 14特异性血清抗体的诊断性抗原 还可以用于抗D 14的亚单位或8+,疫苗的研究 <!A =$和<!A >$编码衣壳蛋白 邱芮瑜 #% 研究表明 D 14的<!A =$和<!A >$可分别表达?=7<VL 和#?"VL 的蛋白 且二者表达量较大 可用于D 14的快速#$期周井祥"等!锦鲤疱疹病毒E3'株<!A B#基因的克隆及生物信息学分析&&检测)目前国内尚无有效控制D14的方法)本研究以本实验室在国内首次分离到的锦鲤疱疹病毒吉林株#D14E3'$基因组为模板"成功克隆到D14主要囊膜蛋白基因***<!A B#基因"并分析其生物学信息"旨在为锦鲤疱疹病毒的基因背景信息(发病机理(分子流行病学及基因工程疫苗的研究奠定基础)#&材料与方法'(')细胞与病毒锦鲤疱疹病毒中国吉林株#D14E3'$(锦鲤疱疹病毒尾鳍原代细胞由吉林农业大学动物生产及产品质量安全教育部重点实验室分离保存或提供&##')'(*)菌株与载体SY8#BE T载体购自大连宝生物工程有限公司":@*.1)81"!购自北京全式金生物技术有限公司)'(!)主要试剂新生牛血清(Z H O:5Y#>>培养基为/J_H R Q5\9J公司产品%2M8&98+,聚合酶(限制性内切酶#,&)和"%&)(8+,Y G Q V9Q等购自大连宝生物工程有限公司%凝胶回收试剂盒和质粒小提试剂盒购自天根生化有限公司)'(,)引物的设计与合成根据Z9J[G JV上登录的锦鲤疱疹病毒<!A B#基因序列"利用A Q H F9Q A Q9F H9Q W"7%软件设计#对引物"上游引物!A#"U E 333Z Z Z,T Z Z3,Z T3,33,,,Z3T E!U"下游引物!A$"U E T3T,Z,T3,33,3,T3T T Z33Z Z E!U"分别引入#,&)和"%&)限制性酶切位点#划线部位$"由上海生工生物工程技术服务有限公司合成)'(-)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I0S ;!<N'基因的/0+扩增按照1,02Z,i,等&#$'和+2)D/*31等&#!'的方法培养细胞)将D14E3'病毒液接种框镜鲤尾鳍原代细胞单层"逐日观察细胞病变情况"收集细胞病变达=%b`B%b的细胞及上清液"收集病毒后常规方法提取病毒8+,"采用$"$-反应体系进行A3*扩增"反应条件如下!>"c预变性"F H J">?c?%W"">7!c!%W"=$c# F H J"!"个循环)'(L)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I0S ;!<N'基因的克隆及鉴定将目的片段纯化回收后"与SY8#BE T载体连接"转化至81"!感受态细胞"氨苄青霉素筛选单菌落"提取重组质粒后以#,&)和"%&)双酶切鉴定阳性重组质粒"命名为SY8#BE T E B#"送至上海生工生物工程技术服务有限公司测序)'(M)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I0S ;!<N'基因编码蛋白的生物信息学分析利用8+,0R G Q软件翻译出<!A B#基因的核苷酸序列%利用0H J\G6A_!7%#]R R S! f f f7:OW7 PR L7PV@W9Q_H:9W@0H\JG6A@$软件进行氨基酸序列的信号肽分析%利用T Y1YY09Q_9Q_7$7% #]R R S! f f f7:OW7PR L7PV@W9Q_H:9W@T Y1YY@$软件进行跨膜区分析%利用A Q5R0:G69#]R R S!f f f79MSG W K7:]@R556W@SQ5R W:G697]R F6$软件分析蛋白的疏水性%利用[9SH A Q9P#7%09Q_9Q#]R R S!f f f7:OW7PR L7PV@W9Q_H:9W@[9SH A Q9P@$软件和8+,0R G Q<7%#A Q5R9G J$对(*.B#序列编码的蛋白进行抗原表位分析%分别利用+9R+Z6K:#7% #]R R S! f f f7:OW7PR L7PV@W9Q_H:9W@+9R+Z6K:@$和e H J(e G J\#7$#]R R S! f f f7:OW7PR L7PV@ W9Q_H:9W@e H J(e G J\@$在线分析软件进行+E糖基化位点和(E糖基化位点预测"利用+9R A]5W$7% #]R R S! f f f7:OW7PR L7PV@W9Q_H:9W@+9R A]5W@$进行磷酸化位点预测)'(N)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I0S ;!<N'基因的系统进化树分析从Z9J[G JV上分别下载锦鲤疱疹病毒日本株(美国株和以色列株的基因序列"利用8+,0R G Q<7%#Y9\,6H\9J$构建不同锦鲤疱疹病毒株的<!A B#基因进化树"分析其进化关系)$&结果*(')框镜鲤尾鳍原代细胞 =;0 接种J P T后细胞病变Y.3接种D14后""`<P出现细胞体积增大及少量的细胞空泡化"#%P后病变更加明显"且$(#$!""#! $$$%&'()*+,-%'.!""# $$$%&'()*+,-%'.&&&水&产&学&报!"卷细胞开始从瓶壁脱落图')J P T 在=;0产生的细胞病变;5<(')0E?A@2?D 5#7B B 7#?5:98#793E J P T*(*);!<N'基因的/0+扩增和鉴定A 3*扩增出一条与目的片段大小相符的8+,片段 图$ SY8#BE T E B#用#,&)和"%&)进行双酶切 获得一段约==#OS 的片段 图! 说明<!A B#基因片段已成功克隆至载体中*(!)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I 0S ;!<N'基因的生物信息学分析基因的序列测定和编码蛋白质分子特征&测序结果表明 <!A B#基因长==#OS 为一完整的开放阅读框 编码$"<个氨基酸 预测(*.B#的理论分子量为$B $?<7"%L 等电点为B7?%? 含有$"个强碱性氨基酸 D * $#个强酸性氨基酸 8 2 #%"个疏水氨基酸 , / - . i 4 <!个极性氨基酸 + 3 X 0 T e信号肽分析&&将测得的(*.B#氨基酸序列在丹麦技术大学生物序列分析中心 3[0 的网站]R R S f f f 7:OW 7PR L7PV @W 9Q _H :9W @0H \JG 6A 进行在线分析 通过0H J\G 6A _!7%进行信号肽切割位点的预测 使用+9LQ G 6J9R E f 5Q V ++ 和1H PP9J YG Q V5_ 1YY 两种模型进行预测 前者能够对信号肽的分泌途径以及切割位点进行预测 预测值标示为0F 9G J 后者主要是对该氨基酸序列是否具有信号肽进行分析和预测 同时也对信号肽切割位点及分布进行预测 预测值表示为0SQ 5O 结果显示 图? ++和1YY 显示信号肽切割部位最可能位于$>位的0 丝氨酸图*)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I 0S;!<N'基因的/0+扩增Y 8+,分子量标准 # $ A 3*产物;5<(*)/0+26@>5B 5#2?5A:AB U A5D 74@7.H548.0D 5:2S5>5:.?425:;!<N'<7:7Y 8-$%%%8+,Y G Q V9Q W # $ SQ 5PL:R 5^A 3*7图!)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I 0S;!<N'基因的双酶切鉴定Y 8+,分子量标准 # SY 8#BE T E B#的双酶切产物;5<(!)1D 7597:?5B 5#2?5A:AB U A5D 74@7.H548.0D 5:2S5>5:.?425:;!<N'<7:78.5:<9A83>747.?45#?5A:7:V E67.95<7.?5A:Y B%%%8+,Y G Q V9Q W # SQ 5PL:R ^Q 5FSY 8#BE T E B#PH \9W R 9P OK #,&)G JP "%&)&&跨膜区分析&&T Y 1Y Y 预测(*.B#分别在??`<<位 B#`#%!位 #$%`#?$位 #<$`#B?位有?个跨膜区 图" 其中+末端和3末端都位于病毒膜内区疏水性分析&&通过A Q 5R 0:G 69在线分析表明 该蛋白具有一定疏水性 提示该蛋白高疏水性区与膜蛋白跨膜区有明显相关性 图<!(#$!""# $$$%&'()*+,-%'.#$期周井祥 等 锦鲤疱疹病毒E 3'株<!A B#基因的克隆及生物信息学分析&&图,)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I 0S ;!<N'的信号肽预测G 0H \JG 6A ;++预测 9LV 在线分析 序列 O 0H \JG 6A ;11Y 预测 9LV 在线分析 序列;5<(,)1D 7@4795#?5A:AB .5<:2>@7@?597AB U A5D 74@7.H548.0D 5:2S5>5:.?425:;!<N'<7:7G 0H \JG 6A ;++SQ 9PH :R H 5J 9LV J9R f 5Q VW W 9IL9J:9 O 0H \JG 6A ;11Y SQ 9PH :R H 5J 9LV J9R f 5Q VW W 9IL9J:97图-)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I 0S;!<N'的跨膜区分析序列的T Y 1Y Y 预测后概率;5<(-)142:.676342:79A625:2:2>E.5.AB U A5D 74@7.H548.0D 5:2S5>5:.?425:;!<N'<7:7T Y 1Y Y S5W R K9Q H 5Q SQ 5OG OH 6H R H 9W ^5Q W 9IL9J:97&&抗原表位分析&&用]R R S f f f 7:OW 7PR L7PV @W 9Q _H :9W @[9SH A Q 9P @在线软件及8+,0R G Q <7% A Q 5R 9G J 对锦鲤疱疹病毒<!A B#基因编码的蛋白进行抗原表位分析得出其抗原表位主要集中图L)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I 0S;!<N'基因的疏水性分析序列的A Q 5R W :G 69分析输出信息;5<(L)P E94A@D A35#5?E 2:2>E.5.ABU A5D 74@7.H548.0D 5:2S5>5:.?425:;!<N'<7:7A Q 5R W :G 695LR SLR ^5Q LW 9Q W 9IL9J:97%(#$!""# $$$%&'()*+,-%'.&&&水&产&学&报!"卷在第=`#? $#`$B <B `== #%"`### #B?`$#$ $#B `$!>和$?"`$"?位氨基酸 图= 表明该蛋白的表面抗原决定簇主要位于这些区域 预示这些抗原表位可能与该病毒的致病性有关图M)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I 0S ;!<N'基因的抗原表位分析;5<(M)1D 7@4795#?5A:AB ?D 72:?5<7:5#97?7465:2:?.AB U A5D 74@7.H548.0D 5:2S5>5:.?425:;!<N'<7:7&&糖基化及磷酸化位点的预测&&分别通过+9R +Z 6K:#7%在线分析软件和e H J(e G J\#7$在线分析软件对锦鲤疱疹病毒中国吉林株 D 14E 3' <!A B#进行+E 糖基化位点和(E 糖基化位点预测 结果表明 其氨基酸序列不存在潜在的+E 糖基化位点 分别在? #?B #"= $"$位存在?个潜在的(E 糖基化位点 用+9R A ]5W $7%在线分析软件对锦鲤疱疹病毒中国吉林株 D14E 3' (*.B#进行磷酸化位点进行预测 结果显示 当阈值取%7"时 其氨基酸存在##个潜在的磷酸化位点 包括?个09Q E 丝氨酸 #个T ]Q E 苏氨酸和<个T KQ E 酪氨酸位点*(,)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I 0S ;!<N'基因的系统进化树分析从Z 9J[G JV 上分别下载锦鲤疱疹病毒日本株 D 14E ' 美国株 D 14E ) 和以色列株 D 14E / 的<!A B#基因 和中国吉林株 D 14E 3' <!A B#基因构建了系统进化树 图B 结果显示 D 14E 3'与D 14E /处于一个分支图N)锦鲤疱疹病毒中国吉林株 J P T I 0S;!<N'基因的系统进化树;5<(N)/D E>A<7:7?5#?477AB U A5D 74@7.H548.0D 5:2S5>5:.?425:;!<N'<7:7!&讨论锦鲤疱疹病毒病是由锦鲤疱疹病毒 D 14 引起的锦鲤和鲤的一种高致病性疾病 该病多发生在水温为#B `$B c 的春秋季节 具有高度传染性 发病率和死亡率均可高达B%b `#%%b B 目前 锦鲤疱疹病毒病已在多国爆发 造成了巨大的经济损失 防治病毒性传染病的有效方法是疫苗免疫 目前 该病较为有效的疫苗是减毒疫苗 免疫锦鲤和鲤 免疫保护率可达B%b 以上 #? 但是弱毒苗存在散播病毒和病毒变异的可能 而且在国内还没有研制出有效的弱毒疫苗 因此 需要进一步研究安全有效的基因工程疫苗 避免病毒的散播并消除病毒变异的可能性 并填补目前国内没有有效疫苗的空白 控制D14在我国暴发流行 而本研究选用D14E 3'<!A B#基因进行克隆和生物信息学分析 正是为基因工程疫苗的研制打下基础本实验成功获得了长==#OS 的<!A B#基因 生物信息学分析表明 其编码的蛋白具有?个跨膜区 抗原表位预测显示抗原性良好 使用+9LQ G 6J9R E f 5Q V ++ 和1H PP9J Y G Q V5_ 1Y Y 两种模型对其信号肽进行预测 显示信号肽切割部位最可能位于$>位的0 丝氨酸 氨基酸 信号肽是引导翻译出的前体蛋白通过细胞膜分泌到胞外的一段序列 只有切除信号肽序列后前体蛋白才能进入到分泌信号区 变成具有正常功能的成熟蛋白 #" 因此预测信号肽切割位点 可以对进行表达研究的引物设计和表达载体的构建提供有价值的信息 另外 含有信号肽的蛋白质一般都是分泌到细胞外 可能作为重要的细胞因子起作用 从而具有潜在的应用价值 通过分析软件分析表明 其氨基酸序列不存在潜在的+E 糖基化位点 具有?个潜在的(E 糖基化位点 糖基化是真核生物蛋白质翻译前或翻译后的一个重要修饰过程 并可提高蛋白基因组的多样性 #< 其中+E 糖基化作用位点与抗原性和免疫原性有关 #=系统进化树分析表明 锦鲤疱疹病毒中国吉林株 D 14E 3' <!A B#基因与以色列株的进化关系最近 同源性为#%%b 所以可怀疑D 14是由以色列等欧美国家传播至我国 这为D 14有效疫苗的引进 以及研究资料的参考提供了依据本研究以在我国首次分离到的锦鲤疱疹病毒&(#$#$期周井祥 等 锦鲤疱疹病毒E3'株<!A B#基因的克隆及生物信息学分析&&中国吉林株的8+,作为模板 成功将其<!A B#基因克隆 并采用生物信息学方法对<!A B#的结构和功能进行了分析 为我国锦鲤疱疹病毒的基因背景信息 发病机理 分子流行病学及基因工程疫苗的研究奠定了基础参考文献# &128*/3D*A Z/-,8( e)+0 $(&17, ]9Q S9W_H Q LW G W W5:H G R9P f H R]F G W W F5Q R G6H R K5^m L_9JH69G JP G PL6R V5H G W R Q G H J5^:5F F5J:G Q S ' 7'5LQ JG65^,ILG R LQ96,JH F G619G6R] $%%% #$ # ??;"=7$ &1,2+2+(Y i,e D [2*Z Y,++0Y $(&17 T]99F9Q\9J:95^V5H]9Q S9W_H Q LW G JP H R W W H\JH^H:G J:9R52LQ5S9G J G ILG:L6R LQ9 ' 7[L669R H J5^R]92LQ5S9G J,W W5:H G R H5J5^.H W]A G R]565\H W R W $%%? $? <$>!;!%=7! &刘荭 史秀杰 高隆英 等7进口锦鲤暴发病病原的J9W R9PE A3*鉴定 ' 7华中农业大学学报 $%%$ $#" ?#?;?#B7? &徐达 涂坚7锦鲤疱疹病毒传播媒介之探讨 ' 7台湾兽医志 $%%= !! $ BB;>"7" &//8,T 0,+(Y7D5H]9Q S9W_H Q LWPH W9G W9 ' 7 )H Q LW L $%%" "" # #?";"#7< &A/D,*0D e2 *(+2+, ,[*,Y(i/T g' $(&17A G R]5\9J9W H W5^G:LR9_H Q G6PH W9G W9H JPL:9P H J^H W]OK:G Q S H JR9Q W R H R H G6J9S]Q H R H W G JP\H66J9:Q5W H W_H Q LW ' 7'5LQ JG65^4H Q565\K $%%? =B #= >"??;>""#7= &,(D/T 1/*(+(/ D)*(D,i,D $(&17 Z9J5F9W9IL9J:9W5^R]Q99V5H]9Q S9W_H Q LWH W56G R9WQ9SQ9W9JR H J\R]99MSG JPH J\PH W R Q H OLR H5J5^G J9F9Q\H J\PH W9G W9R]Q9G R9JH J\V5H G JP:5F F5J:G Q Sf5Q6Pf H P9 ' 7'5LQ JG65^4H Q565\K $%%= B# #%"%"B;"%<"7B &朱霞 王好 李新伟 等7锦鲤疱疹病毒病的研究进展 ' 7中国兽医科学 $%## ?# # #%<;##%7 > &*(02+D*,+g8 D-)A A[Z T2/.D2'A $(&17 /P9JR H^H:G R H5J5^9J_965S9SQ5R9H J S(*.B#5^V5H]9Q S9W_H Q LW ' 7'5LQ JG65^Z9J9Q G64H Q565\K $%%BB> ? B><;>%%7#% &邱芮瑜7锦鲤疱疹病毒结构蛋白之表现 ' 7家畜卫试所学术研讨专讯 $%%B $ =;#%7## &朱霞 李新伟 王好 等7一株锦鲤疱疹病毒的分离与鉴定 ' 7中国预防兽医学报 $%## !! "!?%;!?!7#$ &1,02Z,i,0 0(Y,Y(T(T +,D,e,0)3 $(&17,:9666H J9 3.D ^Q5F^H J5^H W5\9J9H:\H JOLJG:Q LW H G J:G Q S ' 7.H W]A G R]565\K #>>= !$ $#$=;#$B7#! &+2)D/*31Y [(T T312*D [)++,'/*,D)-07/W56G R H5J5^G_H Q LW^Q5F D5H f H R]G6R9Q9P\H66W' 7[L669R H J5^R]92LQ5S9G J,W W5:H G R H5J5^.H W]A G R]565\H W R W #>>> #> " $$#;$$?7#? &A2*2-[2*Z, *(+2+, 8/01(+, $(&17 3]G Q G:R9Q H a G R H5J5^R]9_H Q LW:G LW H J\:G Q S F G W WF5Q R G6H R K 3K14E! 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