病毒基因组的构建与序列分析

滇重楼辣椒轻斑驳病毒分离物的鉴定及全基因组序列分析作者：杨林毅陈潞陈泽历来源：《湖北农业科学》2020年第13期摘要：滇重楼（Paris polyphylla var. yunnanensis）是多年生草本植物，其药用部位为地下根茎，是一种重要的中药材。

为明确侵染滇重楼的病毒病原，对采自云南省曲靖市的滇重楼进行透射电镜观察、DAS-ELISA和RT-PCR技术检测。

在透射电镜下观察到杆状病毒粒子，大小为（200～300） nm×（20～36） nm。

对采集到的7份病样进行DAS-ELISA检测，结果表明，其中5份病样呈阳性。

通过RT-PCR技术扩增、克隆获得1个全长为6 357 bp的曲靖分离物PMMoV-QJ的全基因组序列。

将PMMoV-QJ的全基因组序列与国内外已经报道的10个PMMoV分离物进行同源性分析比对，其同源性为99.42%～99.81%。

基于全基因序列的系统发育分析表明，PMMoV-QJ与韩国分离物亲缘关系密切。

本研究明确了该分离物的亲缘关系，从分子水平鉴定该分离物，为后续滇重楼病毒病的预防提供理论依据。

关键词：滇重楼（Paris polyphylla var. yunnanensis）;辣椒轻斑驳病毒（PMMoV）;鉴定;序列分析Abstract： Paris polyphylla var. yunnanensis is a perennial herb， and its medicinal part is underground rhizomes. It is an important chinese medicinal material. In order to clarify the viral pathogens infecting the Paris polyphylla， the transmission electron microscopy， DAS-ELISA and RT-PCR techniques were performed on the Paris polyphylla collected from Qujing， Yunnan province. Baculovirus particles were observed under transmission electron microscopy and were （200～300）nm ×（20～36）nm in size. The results of DAS-ELISA on 7 samples collected showed that 5 of them were positive. A whole genome sequence of a 6 357 bp Qujing isolate （PMMoV-QJ， accession number MK784568） was cloned by RT-PCR amplification. The homologous sequence of PMMoV-QJ were analyzed by homology with 10 PMMoV isolates reported at home and abroad， and the homology was between 99.42% and 99.81%. Phylogenetic analysis based on the whole gene sequence showed that PMMoV-QJ was closely related to Korean isolates.This study clarifies the genetic relationship of the isolate， and identifies the isolate from the molecular level， which provides a theoretical basis for the prevention of the subsequent viral disease.Key words： Paris polyphylla var. yunnanensis; pepper mild mottle virus（PMMoV）; identification; sequence analysis滇重樓（Paris polyphylla var.yunnanensis）又称独角莲，属延龄草科重楼属（Paris）多年生草本植物，其药用部位为地下根状茎，分布于亚欧大陆温带和热带地区，在中国主要集中在西南地区，其中以云南省滇中、滇东和滇东北、滇西和滇西北为主[1]。

猪嵴病毒CH441株和猪博卡病毒CH437株全基因组克隆及序列分析猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)是影响猪只健康和免疫系统的两种重要病毒。

证明和理解这两种病毒的基因组结构和序列分析对于预防和控制相关病毒性疾病具有重要意义。

本研究旨在克隆和进行猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的全基因组序列分析，为进一步研究和防治相关疾病提供基础依据。

首先，我们从感染了猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的猪组织中提取了病毒基因组RNA。

利用反转录酶将RNA转录为cDNA，然后进行PCR扩增。

我们设计了特异性引物，使得能够扩增整个猪嵴病毒和猪博卡病毒的全基因组。

接下来，我们进行了扩增产物的克隆和测序。

将扩增产物与载体进行酶切，然后将目标基因组和载体连接。

通过转化感受态细胞，得到包含目标基因组的质粒。

我们通过测序验证了所得质粒的完整性和正确性。

然后，我们对所得序列进行了分析。

利用生物信息学工具，我们进行了序列比对和相似性分析。

通过比对已知类似病毒的基因组序列，我们发现猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的基因组序列与已知病毒具有高度相似性。

此外，我们还进行了基因组结构和功能分析。

猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的基因组序列包含了多个编码外膜蛋白、RNA复制酶和结构蛋白的开放阅读框。

进一步的功能预测表明，这些蛋白在病毒的感染、复制和组装过程中发挥着重要作用。

最后，我们对猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的基因组序列进行了系统进化分析。

根据序列比对结果，我们构建了系统发生树，揭示了猪嵴病毒和猪博卡病毒之间的进化关系。

综上所述，我们成功克隆并进行了猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的全基因组序列分析。

结果表明这两种病毒的基因组序列与已知类似病毒具有高度相似性，并具有多个重要功能蛋白编码区。

这些研究结果为进一步研究和防治相关病毒性疾病提供了基础依据，并有望为开发相关疫苗和防控措施提供重要参考综上所述，我们成功克隆并进行了猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的全基因组序列分析。

利用高通量测序快速检测H7N9禽流感病毒及基因组序列分析裴广倩;范航;安小平;王伟;徐晓蒙;史套兴;童贻刚【摘要】目的探索用高通量测序技术检测咽拭子样本中H7N9禽流感病毒的方法.方法分别提取编号为106、089及024 3份样本RNA,反转录,eDNA扩增,用Ion Torrent进行高通量测序,对测序结果进行生物信息学分析.结果 3个咽拭子样本的测序结果中均能检测出禽流感病毒,拼接出的基因组序列可以进行生物信息学分析.结论利用高通量测序技术可以快速地检测H7N9禽流感病毒,并可用生物信息学软件拼接基因组序列及进行序列分析.【期刊名称】《安徽医科大学学报》【年(卷),期】2014(049)008【总页数】6页(P1033-1038)【关键词】高通量测序;H7N9禽流感病毒;生物信息学分析【作者】裴广倩;范航;安小平;王伟;徐晓蒙;史套兴;童贻刚【作者单位】安徽医科大学,合肥230032;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071【正文语种】中文【中图分类】R373.19;Q7禽流感病毒是一种引起禽类、部分哺乳动物及人类传染性疾病的甲型流感病毒，两个宿主相同的甲型流感病毒之间的8个RNA片段经常发生重配［1］，而且其依赖于RNA的RNA聚合酶缺少校对功能，导致其在复制过程中基因组的高突变率，这2个特性使得甲型流感病毒不断进化，引起人类感染，有时发生大爆发，感染人的禽流感病毒亚型主要为H5N1［2－3］、H9N2、H7N7。

·研究论文·Chinese Journal of Animal Infectious Diseases中国动物传染病学报E 亚群禽白血病病毒分离株的全基因组序列分析摘 要：为了弄清江苏省某一地方品种种鸡场病死鸡的死亡原因，采集病死鸡组织，检测显示仅为ALV 阳性；通过CEF 和DF-1细胞培养、p27抗原检测和间接免疫荧光（IFA ）对病毒进行鉴定；对病毒分离株前病毒DNA 序列进行全基因组序列测定与分析。

结果显示：分离株能够在CEF 上生长，上清液中可检测到p27抗原，CEF 出现特异性绿色荧光，DF-1细胞培养物以上检测均为阴性，初步表明分离株为ALV-E ，命名为JY202106；其基因组大小为7529 bp ，符合复制完整型C 型反转录病毒特征，缺乏肿瘤基因；序列分析显示，分离株与参考株同源性为84.3%~98.7%，gp85进化分析分离株与ALV-E 同属一个进化分支，与ev-1株同源性高达99.2%。

研究表明地方品种鸡中存在内源性ALV ，为该病的防控提供了参考和依据，也丰富了ALV 基因组数据资料。

关键词：禽白血病病毒；E 亚群；分离鉴定；基因组分析中图分类号：S852.65文献标志码：A文章编号：1674-6422（2023）03-0134-08Whole Genome Sequencing of an Avian Leukosis Virus Subgroup E IsolateWU Zhi 1,2, WU Shuang 2, YUAN Huisha 2, ZHANG Cong 2, ZHU Shanyuan 2, FAN Hongjie 1(1. Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China; 2. Jiangsu Key Laboratory for High-Tech Research and Development of Veterinary Biopharmaceuticals, Engineering Technology Research Center for Modern Animal Science and Novel Veterinary PharmaceuticDevelopment, Jiangsu Agri-Animal Husbandry Vocational College, Taizhou 225300, China)收稿日期：2022-11-19基金项目：江苏高校“青蓝工程”项目[苏教师函（2020）10号]；江苏省高等学校自然科学研究重大项目（21KJA230001）；江苏省2019年度高交优秀科技创新团队“动物疫病防控技术研究”项目（苏教科函[2019] 7号）作者简介：吴植，男，硕士，副教授，主要从事畜禽疫病防控技术研究通信作者：范红结，E-mail：************.cn2023,31(3):134-141吴 植1,2，吴 双2，袁慧莎2，张 聪2，朱善元2，范红结1（1.南京农业大学，南京200241；2.江苏农牧科技职业学院 江苏省兽用生物制药高技术研究重点实验室江苏现代畜牧与新兽药工程技术中心，泰州225300）Abstract: To determine the cause of death of breeders without significant clinical signs on a chicken farm in Jiangsu province and analyze genomic characteristics and evolution, heart, liver, lungs, kidney and bursa were collected for detection of Avian leukemia virus (ALV). The tissue samples were inoculated onto CEF and DF-1 cells. The results showed that the virus isolate was only cultured on CEF cells and the p27 antigen was detected in the supernatant. The inoculated CEF cells showed specifi c green fl uorescence in indirect immunofl uorescence assay. The isolated virus was designated as JY202106 isolate. The whole genome of this isolate was sequenced with the full length of 7529 nt, which had a genetic organization typical of replication-competent C retroviruses lacking oncogenes. In addition, sequence analysis showed that the JY202106 isolate shared 84.3%-98.7% nucleotide homology of the whole genome with the subgroup reference strains. The gp85 gene of the JY202106 isolate had the highest identity to that of ev-1, the prototype of ALV-E. This study provided additional data for understanding the genetic evolution of ALV and provided a reference for ALV prevention and control.Key words: Avian leukemia virus; subgroup E; isolation and identifi cation; genome sequence analysis吴 植等：E亚群禽白血病病毒分离株的全基因组序列分析· 135 ·第31卷第3期禽白血病病毒（Avian leukosis virus, ALV），又称Rous相关病毒[1]（Rous associated viruses, RAVs），属于逆转录病毒科正逆转录病毒科α逆转录病毒属成员[2]，其基因组结构为5'LTR-5'UTR-gag-pol-env-3'UTR-3'LTR，主要引起淋巴白血病、骨硬化病、骨髓成细胞增多症、血管瘤等多种肿瘤性疾病[3-4]，给我国养禽业造成了严重的经济损失，目前尚无有效药物和疫苗可供使用，控制该病最有效的措施是对种鸡核心群开展净化[5-6]。

病毒基因组的序列分析近年来，随着高通量测序技术的发展，病毒基因组的测序成为了一项非常重要的研究内容之一。

病毒基因组的序列分析可以帮助研究人员更好地理解病毒的特征和演化，为病毒研究和药物研发提供重要的数据支持。

一、病毒基因组的测序病毒基因组的测序是通过使用高通量测序技术对病毒基因组进行分析。

病毒基因组的测序需要进行样品提取，DNA或RNA的提取、文库构建、数据分析等多个步骤。

病毒基因组的测序有助于研究人员更好地理解病毒的基因组结构、基因编码的蛋白质功能、基因组中的序列变异情况等，为病毒的研究提供了非常重要的数据支持。

二、病毒基因组序列的比对病毒基因组序列的比对是病毒基因组研究中的一个重要环节。

通过比对不同基因序列的异同，可以帮助研究人员更好地理解病毒基因组的结构和功能。

在病毒基因组序列的比对过程中，常常采用多序列比对方法，从而可以将多个病毒基因组进行对比分析，找出共有的序列部分和不同的序列部分。

比对结果可以提供病毒基因组的演化情况、细节特征等重要信息。

三、病毒基因组的功能注释病毒基因组功能注释是为了帮助研究人员更好地理解病毒基因组的结构与功能。

通过功能注释可以为研究人员提供病毒基因组的基本信息，包括基因的编码、基因在生物学过程中所扮演的作用等。

病毒基因组的功能注释可以帮助研究人员更好地理解病毒的感染机制与演化进程。

对于药物研发方面也有重要的意义，因为药物研发需要更好地理解病毒基因组编码蛋白质的作用。

四、病毒基因组的结构分析病毒基因组的结构分析是指对不同病毒基因组中的基因结构进行分析。

病毒基因组中基因的组织方式表明基因间序列的相对位置、基因数目、长度、位置、注释和表达方式等信息，是研究病毒感染机制和演化过程的重要内容。

通过病毒基因组结构分析可以更好地了解病毒基因组结构的演化和变异规律，为病毒研究和药物研发提供有益的数据支持。

五、病毒基因组序列分析的应用病毒基因组序列分析在科学研究、病毒监测等方面有着广泛的应用。

猫杯状病毒全基因组的克隆及序列分析郑翠玲;向华;宣华;王延树;严悌昆【摘要】采用RT-PCR和重组PCR扩增了猫杯状病毒(felinecalicivirus,FCV)CH-GD株的全基因,并进行了序列测定,用DNAStar软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行比较分析.结果表明,首次分离于中国广东的CH-GD株与各参考毒株有较大的差异.CH-GD株与各参考毒株之间的同源性仅为75.4%～77.1%,明显低于各参考毒株之间的同源性(78.9%～99.9%).同时遗传进化树显示,14个分离株形成两大分支,CH-GD株独自在一分支,各分离株无明显的地域性差异.对FCV衣壳蛋白6个区(A～F)的分析结果发现,CH-GD株中A～F区的特点与报道的相符.此外还发现,CH-GD株有3个区域的3个连续的氨基酸发生了变异,与参考毒株相比,CH-GD株在这3个区域的抗原性和亲水性也都发生了相应的变化.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2010(037)003【总页数】3页(P109-111)【关键词】猫杯状病毒;全基因组;克隆;序列分析【作者】郑翠玲;向华;宣华;王延树;严悌昆【作者单位】广东省农业科学院兽医研究所,广州,510640;河北唐山职业技术学院,唐山,063004;吉林大学畜牧兽医学院,长春,130062;广东省农业科学院兽医研究所,广州,510640;吉林大学畜牧兽医学院,长春,130062;广东省农业科学院兽医研究所,广州,510640;吉林大学畜牧兽医学院,长春,130062;广东省农业科学院兽医研究所,广州,510640;吉林大学畜牧兽医学院,长春,130062;广东省农业科学院兽医研究所,广州,510640;吉林大学畜牧兽医学院,长春,130062【正文语种】中文【中图分类】Q78猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV)基因组全长7684 nt,为单股正链线性RNA(ssRNA),分子质量为2.4×106～2.6×106ku,它既可以作为mRNA直接翻译病毒蛋白,又可作为负股RNA的模板进行复制。

猪伪狂犬病病毒主要功能蛋白基因序列分析摘要：根据Genbank中已发表的猪伪狂犬病病毒（PRV）gE、TK基因的序列各设计了1对引物，对分离得到的PRV毒株的gE、gG、TK基因进行了PCR扩增、回收、克隆、测序，测序结果与预期的PRV gE、gG、TK基因片段相符。

遗传进化树分析和氨基酸序列比对结果发现PRV毒株的gE、gG、TK氨基酸序列发生变化的位点与2012年国内分离到的PRV 流行株相同，从而推测该毒株为PRV变异毒株。

关键词：伪狂犬病毒；gE基因；TK基因；序列分析猪伪狂犬（Pseudorabies，PR）是由伪狂犬病毒（Peudorabies virus，PRV）引起的以家畜和多种野生动物发热、奇痒及脑脊髓炎为特征的急性传染病[1]。

该病在我国发生较为严重，是严重危害我国养猪业的疫病之一。

我国目前广泛应用的是自然缺失弱毒活疫苗Bartha-k61株，使猪伪狂犬病得到了很好的控制。

但是，2011年底至2012年该病在中国东北部分省份流行，甚至在许多使用基因缺失活疫苗免疫的规模化猪场出现了猪伪狂犬病疫情，给中国的养猪业造成了巨大的经济损失[2-6]。

伪狂犬病病毒(猪疱疹病毒1型)属于双股线性DNA病毒，大小约150kb，DNA基因组中G+C的含量高达73%，可编码100种蛋白质。

基因组由独特的长节段(UL)、独特的短节段(US)、内部倒转重复序列(IRs)和末端倒转重复序列(TRs)组成。

在病毒的结构蛋白中，gE糖蛋白是主要毒力因子之一，并作为标志基因用来区分疫苗免疫和野毒感染。

TK基因不仅是最主要的毒力基因，而且也是决定病毒持续感染的重要因素[7]。

一旦TK基因缺失，PＲV变异株对宿主的毒力将丧失或明显降低。

2013年至2014年上海市农业科学院畜牧兽医研究所繁殖障碍研究室从山西某免疫猪伪狂犬病（Bartha）疫苗的规模化猪场成功分离并鉴定出四株PRV，命名为SX1，SX2，SX3，SX4株，为明确该四株分离株是否属于PRV抗原变异毒株，本研究对PRV SX株的gE、gG、TK全基因进行克隆和测序，通过与国内外其他已公布PRV分离株的gE、gG、TK推导的氨基酸序列进行比对，构建核苷酸序列遗传进化树，以期为丰富PRV分子流行病学和开发科学有效的新型猪伪狂犬病疫苗提供重要科学依据。

新冠病毒的基因组序列分析与比对新冠病毒（SARS-CoV-2）是引发全球大流行的冠状病毒，导致COVID-19（新冠肺炎）。

了解新冠病毒的基因组序列是研究其起源、传播和病理机制的重要一步。

本文将对新冠病毒基因组序列的分析与比对进行详细介绍。

基因组序列分析是通过识别和解读DNA中的基因和其他功能性元素来了解其结构和功能的过程。

与其他冠状病毒相比，新冠病毒的基因组大约有30,000个碱基对，包含多个基因，这些基因编码构成病毒的不同蛋白质。

通过对新冠病毒基因组序列的分析，科学家可以了解其基本结构和可能与病毒相关的特征。

首先，新冠病毒的基因组序列需要进行序列比对。

序列比对是将待比对的序列与已知序列进行对比，以了解它们之间的相似性和差异性。

在新冠病毒的基因组序列中，可以使用多种比对算法，如BLAST、ClustalW和MAFFT等。

这些算法将病毒的基因组序列与已知冠状病毒的序列进行比对，以确定它们之间的相似性程度。

接下来，通过基因组序列的比对分析，可以发现新冠病毒与其他冠状病毒之间的差异。

比对结果可以呈现出新冠病毒与其他冠状病毒在基因组中的共同序列以及特有序列。

这些差异可能代表新冠病毒的独特特征，如其传播途径、病毒宿主相关性和治疗方法的潜在靶点。

此外，新冠病毒基因组序列的比对还可以帮助鉴定病毒的株系。

不同地区和时间收集的新冠病毒样本可能具有不同的基因组序列变异。

通过比对分析，科学家可以确定特定株系的变异情况和传播途径。

这为病毒溯源以及流行病学调查提供了重要线索。

除了比对分析，新冠病毒基因组序列的进化分析也是关键。

通过比对来自不同地区和时间的新冠病毒序列，科学家可以追踪病毒的进化过程。

这有助于了解病毒的变异和适应力，以及可能出现的新流行株系。

值得注意的是，由于新冠病毒的复杂性和基因组序列的多样性，深入的分析需要综合使用各种生物信息学工具和方法。

此外，全球科学家共享病毒基因组序列数据，促进了对新冠病毒的研究和理解。