甘蔗MYB2转录因子的电子克隆和生物信息学分析

甘蔗F2KP基因的克隆与表达的开题报告
一、研究背景与意义
甘蔗是一种重要的经济作物，广泛分布于亚洲、非洲和美洲等地区。

杂交育种是甘蔗品种改良的主要手段，然而甘蔗的生殖力较低，难以进行有效的杂交育种。

近年来，基因编辑技术的出现为甘蔗的育种提供了新的思路。

F2KP (Forkhead-associated (FHA) and 2 Kelch repeats (KELCH)-containing Protein)基因是近年来被发现的一种参与开花发育的关键基因，在水稻、拟南芥等模式植物中已有不少研究，但在甘蔗中尚未进行深入研究。

因此，本研究旨在克隆甘蔗F2KP基因，并进行初步表达分析，为进一步探究F2KP基因在甘蔗花发育中的作用奠定基础。

二、研究内容与方法
本研究将采用RT-PCR技术克隆甘蔗中的F2KP基因，并对该基因进行基本的生物信息学分析。

同时，利用qRT-PCR技术对F2KP基因在不同组织和不同生长阶段的甘蔗中的表达水平进行分析。

最后，利用原核表达系统对该基因进行初步功能验证。

三、预期结果
本研究将成功克隆甘蔗中的F2KP基因，并进行初步的生物信息学分析。

利用qRT-PCR技术将揭示F2KP基因在不同组织和不同生长阶段的表达水平，为后续进一步探究该基因在甘蔗中的作用提供参考。

四、研究意义
本研究将在一定程度上揭示F2KP基因在甘蔗花发育中的作用及分子机制，对于探究甘蔗的遗传调控机制，促进甘蔗育种以及提高甘蔗生产具有一定的意义。

甘蔗MYB2转录因子的电子克隆和生物信息学分析李国印;阙友雄;许莉萍;郭晋隆;闫学兵;陈如凯【摘要】用电子克隆方法获得甘蔗MYB2基因,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析.结果表明:甘蔗MYB2基因全长991 bp,包含570 bp的ORF,编码189个氨基酸.甘蔗MYB2基因包含有MYB功能域,在序列组成、高级结构及活性位点等方面,与玉米等其它植物的MYB2基因具有高度的相似性.研究结果为该基因的实验克隆奠定基础.%An novel MYB2 gene from Saccharum officinarum was cloned in silico based on the EST seqences from Unigene of NCBL Some characters of the MYB2 encodes amino acid were analyzed and predicted by the tools of bioinformatics in the following aspects, including the compositon of amino acid sequence, hydrophobicity or hydrophilicity, secondary and tertiary structure of protein and funcion. Bioinformatical analysis showed that the full length of MYB2 gene from S. officinarum was 991 bp and it contained a complete ORF which encoded 189 amino acid. The MYB2 gene contained an typical MYB domain and was highly conservative compared with MYB2 from several different plant species in sequence compositon, advanced structure and activity sites. The results will provide the basis for MYB2 gene cloning in experiment.【期刊名称】《生物信息学》【年(卷),期】2011(009)001【总页数】4页(P24-27)【关键词】甘蔗;MYB2基因;电子克隆;生物信息学【作者】李国印;阙友雄;许莉萍;郭晋隆;闫学兵;陈如凯【作者单位】福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002;福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002;福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002;福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002;福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002;福建农林大学,农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建,福州,350002【正文语种】中文【中图分类】Q785在植物中首先从玉米中克隆了含有MYB结构域的转录因子C1基因［1］，此后在植物中发现的MYB相关基因的数量迅速增加。

作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2015, 41(5): 717-724/ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9E-mail: xbzw@ DOI: 10.3724/SP.J.1006.2015.00717甘蔗转录激活因子ScCBF1基因的克隆与表达分析成伟郑艳茹葛丹凤程光远翟玉山邓宇晴彭磊谭向尧徐景升*福建农林大学 / 农业部福建甘蔗生物学与遗传改良重点实验室, 福建福州 350002摘要: 植物在受到低温、高盐、干旱等非生物逆境胁迫后, CBF结合因子(C-repeat/dehydration-responsive element binding factor)会诱导一系列非生物胁迫应答基因的表达, 在提高植物抗逆性方面具有重要作用。

本研究利用生物信息学和RT-PCR (reverse transcription-polymerase chain reaction)方法从甘蔗中克隆到1个新的CBF类基因, 命名为ScCBF1。

该基因的开放读码框(open reading frame, ORF)长度为603 bp, 编码200个氨基酸, 编码蛋白相对分子质量为22.80 kD, 理论等电点为10.31。

氨基酸序列比对结果表明, ScCBF1与高粱(Sorghum bicolor)和玉米(Zea mays)中该蛋白相似度分别是96%和94%。

进化分析表明ScCBF1与高粱的亲缘关系最近。

qRT-PCR表达分析结果表明, ScCBF1在甘蔗根、茎、叶中均有表达, 在根中表达量最高。

ScCBF1在低温、干旱、脱落酸(ABA)胁迫下诱导表达, 而高盐抑制ScCBF1的表达。

成功构建了原核表达载体pGEX-6P-1-ScCBF1, 通过IPTG诱导, 实现了ScCBF1蛋白在大肠杆菌中的表达。

关键词:甘蔗; CBF结合因子; 荧光定量PCR; 原核表达Molecular Cloning and Expression Analysis of Transcriptional Activators ScCBF1 Gene from SugarcaneCHENG Wei, ZHENG Yan-Ru, GE Dan-Feng, CHENG Guang-Yuan, ZHAI Yu-Shan, DENG Yu-Qing, PENG Lei, TAN Xiang-Yao, and XU Jing-Sheng*Fujian Agriculture and Forestry University / Key Laboratory of Sugarcane Biology and Genetic Breeding, Ministry of Agriculture, Fuzhou 350002, ChinaAbstract: C-repeat/dehydration-responsive element binding factor (CBF) plays an important role in improving plant stress resis-tance. The CBF can induce a series of abiotic stress responsive gene expression when the plants are subjected to low temperature, high salt, drought or other abiotic stresses. In this paper, a new CBF-like gene, designed as ScCBF1, was cloned by bioinformatics and RT-PCR method from sugarcane. Sequence analysis showed that ScCBF1 contained a 603 bp open reading frame (ORF) and encoded a deduced protein of 200 amino acids. Its molecular weight and isoelectric point were predicted as 22.80 kD and 10.31, respectively. The amino acid sequence alignment results showed that ScCBF1 shared the similarity of 96% and 94% with the CBF1 protein from Sorghum bicolor and Zea mays, respectively. Phylogenetic tree analysis revealed that ScCBF1 had closer rela-tionships with Sorghum bicolor. qRT-PCR showed that ScCBF1 expressed in root, stem and leaf in sugarcane with the highest expression level in roots. ScCBF1 gene was induced by low temperature, drought or abscisic acid (ABA), but was downregulated under high salinity. The protokaryotic expression vector pGEX-6P-1-ScCBF1 was successfully constructed and transformed into E. coli. Under the induction of IPTG, ScCBF1was successfully expressed in E. coli. This study sheds light on the understanding ofthe function of ScCBF1.Keywords: Sugarcane; C-repeat/Dehydration-responsive element binding factor; Quantitative Real-time PCR; Prokaryotic ex-pression本研究由国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2013AA102604)和国家自然科学基金(31171605, 31371688)资助。

植物MYC转录因子的克隆与功能研究进展作者：王颜那杰来源：《安徽农业科学》2021年第12期摘要 MYC转录因子属于植物bHLH类转录因子家族，为该家族中研究较多的转录因子。

综述了不同植物分离克隆的MYC转录因子的结构与特性，分析了其在植物的生长发育、抗逆反应、次生代谢产物合成、激素信号途径中起着重要的作用，为MYC转录因子在不同植物基因工程和代谢工程中改造应用，提高非生物胁迫耐受性以及药用活性成分的产量等研究提供参考。

关键词植物MYC转录因子;克隆;调控中图分类号 Q-943 文献标识码 A文章编号 0517-6611（2021）12-0013-03doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2021.12.004开放科学（资源服务）标识码（OSID）：Advances on Cloning and Function Study of Plant MYC Transcription FactorWANG Yan，NA Jie （School of Life Sciences，Liaoning Normal University，Dalian，Liaoning 116081）Abstract As one member of the plant bHLH family，MYC transcription factor，which is studied widely，plays vital roles in plant growth and development，stress tolerance，secondary metabolite synthesis and hormone signaling pathway.With the gradually cloning of MYC transcription factor from different plants，some researches such as applications in gene engineering and metabolism engineering，improvement of tolerence against non biological stress and production output of active pharmaceutical ingredients in order to meet the need of current production become research highlights.Advances on studies in recent years on cloning methods and diversity regulating functions of plant MYC transcription factor were reviewed in this paper.Key words Plant MYC transcription factor;Clone;Regulation转录因子又称反式作用因子，定位于细胞核，能识别并特异性结合真核生物基因启动子顺式作用元件。

作物学报 ACTA AGRONOMICA SINICA 2009, 35(6): 1161−1166/zwxb/ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9E-mail: xbzw@本研究由国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2007AA100701), 农业部引进国际先进农业科学技术计划(948计划)项目(2006-G37), 国家自然科学基金项目(30170639), 福建省科技厅国家科技项目备案(F2007AA100701), 现代农业产业技术体系建设专项资助。

*通讯作者(Corresponding author): 许莉萍, E-mail: xlpmail@第一作者联系方式: E-mail: queyouxiong@Received(收稿日期): 2008-09-13; Accepted(接受日期): 2008-12-13.DOI: 10.3724/SP.J.1006.2009.01161甘蔗中一个NBS-LRR 类基因的全长克隆与表达分析阙友雄 许莉萍* 张木清 徐景升 张积森 陈如凯福建农林大学 / 农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室, 福建福州350002摘 要: 采用RACE 技术, 从甘蔗高抗黑穗病品种NCo376中克隆了一个NBS-LRR 类基因的cDNA 全长序列, 命名为SNLR 。

生物信息学分析显示, 甘蔗SNLR 基因的cDNA 全长为2 985 bp (GenBank 登录号为EF155654), 包括一个2 661 bp 的完整开放读码框以及一个典型的29 bp poly-A 。

同时, 还具有NBS-LRR 类抗病基因的所有保守结构域, 包括4个NBS 区域保守结构域和6个潜在LRR 结构域; 蛋白疏水性分析和二级、三级结构分析表明, 该基因编码的蛋白质为弱碱性蛋白, p I 为7.76, 无明显的疏水结构域, 以卷曲结构和螺旋结构为骨架, 三级结构未见明显的跨膜信号蛋白区。

甘蔗eEF1A基因表达及遗传转化的研究的开题报告一、选题背景甘蔗是热带地区重要的经济作物之一，其主要用途为制糖、酿酒等，具有广阔的应用前景。

目前，基因工程技术在甘蔗育种、改良中发挥着重要的作用。

其中，外源基因的遗传转化技术对于甘蔗植株抗病性、抗逆性等的提高有重要的意义。

而基因表达也是外源基因的表现与作用的关键因素之一。

在甘蔗eEF1A基因及其表达与遗传转化的研究方面，也是一个热点和难点问题。

二、选题目的本研究的目的在于：1、探究甘蔗eEF1A基因的基础信息及其与甘蔗发育和抗病抗逆方面的关系；2、研究甘蔗eEF1A基因的表达调控机制和异源表达效果；3、探究甘蔗eEF1A基因的遗传转化技术，并对其在甘蔗遗传改良中的应用进行探讨。

通过这些研究，旨在为甘蔗育种和甘蔗病虫害等问题的解决提供理论依据和实践应用。

三、研究内容及方案1、甘蔗eEF1A基因的基础信息及其与发育和抗病抗逆性的关系（1）甘蔗eEF1A基因的克隆和生物信息学分析；（2）研究甘蔗eEF1A基因在发育过程中的表达变化；（3）研究甘蔗eEF1A基因在病、虫害等胁迫条件下的表达变化。

2、甘蔗eEF1A基因的表达调控机制和异源表达效果（1）研究甘蔗eEF1A基因的转录调控机制，分析其启动子和编码序列的特点；（2）构建甘蔗eEF1A基因的表达载体，并在转化后的植株中检测异源表达效果。

3、甘蔗eEF1A基因的遗传转化技术（1）研究甘蔗遗传转化技术的最优条件及其效率的影响因素；（2）构建植物表达甘蔗eEF1A基因的遗传转化载体；（3）通过遗传转化技术将甘蔗eEF1A基因导入到目的植物中，并检测其遗传稳定性及对植物生长、发育的影响。

四、研究预期结果1、获得甘蔗eEF1A基因的序列信息及其表达调控机制，明确该基因在甘蔗发育和抗病抗逆方面的潜在作用；2、构建甘蔗eEF1A基因的表达载体，并成功实现其在转化后的植株中的异源表达；3、探究甘蔗eEF1A基因的遗传转化技术，并在目的植物中成功导入该基因，检测到其在植物体内的表达情况，为甘蔗遗传改良提供有力支持和理论基础。

作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2024, 50(1): 110 125 / ISSN 0496-3490; CN 11-1809/S; CODEN TSHPA9E-mail:***************DOI: 10.3724/SP.J.1006.2024.34037甘蔗割手密种转录因子NAP亚家族的鉴定及SsNAP2a参与叶片衰老的功能分析王恒波1,**冯春燕1,**张以星1谢婉婕1杜翠翠1吴明星1张积森2,*1 福建农林大学农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室 / 国家甘蔗工程技术研究中心 / 福建农林大学生命科学学院, 福建福州 3500022；2 广西大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室，广西南宁，530004摘要: NAP (NAC-like, activated by apetala3/pistillata)是转录因子NAC基因家族中一类参与调控植物生长发育、叶片衰老及响应激素和非生物胁迫应答的亚家族。

本研究利用甘蔗割手密种基因组数据和生物信息学方法, 首先, 基于比较基因组学对NAP亚家族成员进行鉴定、系统进化分析、保守结构域及顺式调控元件预测; 其次, 克隆获得割手密种SsNAP2的等位基因SsNAP2a, 分析该基因在不同生长发育阶段的表达及其在激素和非生物胁迫下的表达特征;最后, 利用瞬时表达和亚细胞定位分析SsNAP2a基因的功能。

结果表明, 在割手密种基因组中共鉴定5个NAP亚家族成员, 亚细胞定位预测所有成员编码蛋白均定位于细胞核上, 这些基因的K a/K s比值均小于1, 表明纯化选择在演化中起到关键作用。

系统聚类分析表明, 5个代表性的被子植物(拟南芥、菠萝、水稻、玉米和高粱)与已报道的12个物种及甘蔗的NAP亚家族成员, 共计46个, 分为4个Clade, 其演化的顺序Clade I > Clade II> Clade III > Clade IV。

───────────────收稿日期：2019-05-29；修回日期：2019-06-20作者简介：李美(1988-)，女，硕士，研究方向：植物保护；E-mail ：lim2850@ *通讯作者：胡朝晖(1970-)，男，高级工程师，从事甘蔗制糖及其管理信息化技术与应用研究；E-mail ：auto_hu@ 引文格式：李美，凌婉阳，邓丹丹，等. 生物信息学在甘蔗研究中的应用概述[J]. 甘蔗糖业，2019(3)：40-45.甘蔗糖业 2019年第3期，2019年6月 Sugarcane and Canesugar No. 3, Jun. 2019生物信息学在甘蔗研究中的应用概述李 美，凌婉阳，邓丹丹，胡朝晖*(广东省生物工程研究所(广州甘蔗糖业研究所) 广东省甘蔗改良与生物炼制重点实验室，广东广州510316)摘 要：在甘蔗糖业研究过程中，生物信息学的应用为甘蔗产业带来了新的研究方向。

科研工作者和生产者可以结合现有常用数据库和生物信息学技术探测甘蔗深层研究机理，将其用于调控新品种选育及建立甘蔗防控体系。

本篇文章对目前生物信息学在甘蔗品种选育和甘蔗防控体系中的研究现状进行了总结和综合分析，希望对甘蔗研究和生产提供一些新思路。

关键词：生物信息学；甘蔗；数据库；品种选育；甘蔗防控体系中图分类号：S566.1 文献标识码：A 文章编号：1005-9695(2019)03-0040-06The Application of Bioinformatics in Sugarcane ResearchLI Mei, LING Wan-yang, DENG Dan-dan, HU Zhao-hui(Guangdong Provincial Bioengineering Institute (Guangzhou Sugarcane Industry Research Institute)/Guangdong Key Lab ofSugarcane Improvement & Biorefinery, Guangzhou 510316)Abstract: In the process of sugarcane industry research, the application of bioinformatics has brought a new research direction for the sugarcane industry. Combining common database and bioinformatics techniques to detect the mechanism of deep research on sugarcane, in order to regulate the breeding new varieties and establish sugarcane prevention and control system. Through the comprehensive analysis of the current research status of bioinformatics in sugarcane variety selection and sugarcane prevention and control system, hope to provide some new ideas for sugarcane research and production.Keywords: Bioinformatics; Sugarcane; Database; Breeding; Sugarcane prevention and control system0 引言随着现代技术的发展，生物信息学逐渐走向成熟并且能够不断降低成本大量生成序列信息。

MYB转录因子功能与调控研究进展郭弘光;吴繁花【摘要】综述了MYB蛋白家族的结构、功能和调控机制的研究进展,为分析、预测和阐明植物多物种中的NYB家族成员的功能打下良好的基础.%The structure,functions and regulation mechanisms of MYB protein were summarized,laying foundation for analyzing,predicting and e-lucidating the MYB proteins in plant species.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2012(040)020【总页数】4页(P10381-10383,10516)【关键词】MYB;结构和功能;转录因子;调控【作者】郭弘光;吴繁花【作者单位】海南大学农学院,海南海口570228;海南大学农学院,海南海口570228【正文语种】中文【中图分类】S188;Q943植物MYB转录因子家族是功能多样、数量众多的转录因子之一，参与调控植物发育、代谢和对生物与非生物胁迫的反应等多种生理过程。

1987年，从玉米谷粒糊粉中克隆了COLORED1（C1）基因，编码一个具有MYB结构域的蛋白，参与花青素合成［1］。

拟南芥基因组测序成功后，第一次全面地对植物MYB基因家族进行描述和分类，为系统研究MYB转录因子家族在植物中的作用打下良好基础［2－3］。

目前，随着遗传学和分子生物学方法的应用，已在拟南芥、大豆［4］、玉米、水稻、葡萄、杨树等多种植物物种中研究了MYB蛋白家族成员的功能。

在控制MYB蛋白活性的调控机制、基因表达规律和靶标基因研究中取得一定进展［5－7］。

然而，MYB结构域中仅有少数DNA结合位点的功能得到阐明。

因此，笔者综述了MYB转录因子家族的分类、结构、生物功能以及调控机制的最新进展，结合更多的植物基因组测序结果，以阐明这一大类转录因子的进化规律和家族各成员的功能。