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B细胞抗原表位预测方法的研究进展
马凡舒;张蕾;王洋;孙彦刚;闫喜军
【期刊名称】《中国畜牧兽医》
【年(卷),期】2016(043)001
【摘要】抗原表位是抗原分子的主要功能单位.B细胞抗原表位的准确定位对疫苗设计、诊断试剂的研发及高通量抗体的制备均具有重要意义.作者对目前常用的B 细胞线性表位预测方法和B细胞构象表位预测方法进行概述,并对不同预测方法进行比较,旨在为病原微生物抗原表位研究提供一定的理论参考.
【总页数】5页(P63-67)
【作者】马凡舒;张蕾;王洋;孙彦刚;闫喜军
【作者单位】中国农业科学院特产研究所,长春130112;中国农业科学院特产研究所,长春130112;中国农业科学院特产研究所,长春130112;中国农业科学院特产研究所,长春130112;中国农业科学院特产研究所,长春130112
【正文语种】中文
【中图分类】S852.4
【相关文献】
1.线性B细胞表位预测方法研究进展 [J], 程华;成彬;羊红光
2.结核分枝杆菌蛋白抗原T细胞表位的研究进展 [J], 彭美玉;李柏青
3.肿瘤抗原细胞毒性T淋巴细胞表位鉴定和多肽疫苗的研究进展 [J], 吴亚红;高艳锋;祁元明
4.B 细胞抗原表位的研究进展及其应用 [J], 郭春艳;赵向绒;胡军
5.抗原表位预测方法的研究进展 [J], 王艳华;张德林;殷宏;付宝权
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细胞与分子免疫学杂志（Chin J Cell M ol Immunol)2020, 36( 10)953•综述.文章编号：1007 -8738(2020)10 -0953 -06黏蛋白1(MUC1)在肿瘤免疫中的作用研究进展曾艳芳，卢琦，王张智，刘兴，雷婷，严诗佳，陶炳灼，秦鑫*(湖北文理学院医学院生物化学与分子生物学学部，湖北襄阳441056)[摘要]黏蛋白l(MU C l)是抗肿瘤药物设计的重要耙点。
我们主要总结了MUC1的生物学特点和生物学功能，特别是MUC1在参与肿瘤细胞的增殖、上皮间质转化、免疫逃逸以及肿瘤细胞表观遗传学重塑等方面的作用；并对基于MUC1的抗肿瘤策 略：疫苗设计策略、靶向MUC1的抗体研究、以MUC1为耙点的嵌合抗原受体T(CAR-T)细胞，树突状细胞（DC)等免疫治疗策 略以及联合免疫检査点抑制剂的临床治疗策略等方面的研究进展进行了讨论，以期为基于MUC1粑点的肿瘤免疫治疗策略提 供参考。
[关键词]黏蛋白l(M U C l);肿瘤；免疫治疗；综述[中图分类号]R730.3, R730.51, G353.ll [文献标志码]A肿瘤的免疫治疗是继手术、放疗和化疗之后第 四种肿瘤治疗策略，其通过激活机体自身免疫系统 从而达到消除肿瘤的目的[1_2]。
黏蛋白1(m u c i n antigen 1，M U C1)是黏蛋白家族中最早被发现的蛋 白，在正常生理环境中，M U C1可表达于许多组织器 官中上皮细胞近管腔面或腺腔面，呈顶端表达，极性 分布[3]。
在肿瘤细胞中，M U C1则呈现出表达上调、糖基化异常和极性消失等特点，并且通过调控肿瘤 细胞的增殖，上皮间质转化和表观遗传学等过程在 肿瘤的发生发展中发挥重要作用，尤其是近年来的 研究表明M U C1还可以通过和肿瘤微环境中的免疫 细胞相互作用进而促进肿瘤的免疫逃逸。
M U C1的这些特点使其成为肿瘤免疫治疗领域中一个具有良 好前景的靶点，我们总结了 M U C1的生物学特点和 其在肿瘤发生发展中的作用，并对M U C1在肿瘤免 疫治疗领域的研究进展进行讨论，以期为以M U C1为靶点的肿瘤免疫治疗策略提供可能的参考。
B细胞表位预测研究进展羊红光; 张立佳; 成彬【期刊名称】《《河北省科学院学报》》【年(卷),期】2019(036)003【总页数】7页(P21-27)【关键词】B细胞表位; 表位鉴定; 表位预测; 计算方法【作者】羊红光; 张立佳; 成彬【作者单位】河北省科学院应用数学研究所河北石家庄 050018; 河北省科学院河北石家庄 050081; 河北省信息安全认证工程技术研究中心河北石家庄050018【正文语种】中文【中图分类】R392.9许多微生物菌株对抗生素的耐药性日益增加，化疗药物的副作用日益严重，使得人们需要寻找有效的诊断方法和新的预防策略，特别是通过接种疫苗进行预防。
理解表位/抗体相互作用是构建有效疫苗和有效诊断的关键。
B细胞表位定位是鉴定微生物主要抗原决定簇的一种有前途的方法，特别是不连续构象的决定簇。
基于表位的疫苗比传统疫苗具有显著的优势，因为它们具有特异性，能够避免不良免疫反应，能产生更持久的免疫保护[1]。
“表位”一词在20世纪60年代开始普遍使用[2]，是指“抗体与其抗原结合的地方”。
B细胞表位由抗原的一组氨基酸残基组成，这些残基与属于抗体的残基直接接触。
从结构上看，B细胞表位分为线性表位(也称为连续表位)和构象性表位(也非线性称为或不连续表位)[3]。
线性表位由抗原序列的单个连续片段组成，在蛋白质变性后或在小肽片段中持续存在。
构象表位仅存在于正确折叠的蛋白质或大的折叠片段中。
1 表位的鉴定与预测表位的认识严格来讲，分为鉴定和预测两种方式。
鉴定是准确确定表位的方法，预测是为鉴定表位提供可能的结果的方法，是一种表位筛选方法。
目前，表位鉴定有多种方法可以实现，这些方法有各自的优势，也存在自身的缺点。
下面简要的介绍一下这几种方法[4]。
(1)基于结晶学的方法。
该方法能够检测连续的线性表位，但是复杂和昂贵，因为它需要大量高纯度的、已知结构的蛋白单克隆抗体(单克隆抗体)复合物。
在这种技术中，首先需要获得高度纯化的抗原，并使其与相应的抗体共结晶。
肺癌疫苗研究进展黄真;王洁【摘要】全球范围内肺癌发病率及死亡率均位居前列，是对人类健康和生命危害威胁最大的恶性肿瘤之一。
尽管新的化疗药物不断问世，但肺癌的预后仍不尽人意，5年生存率仅15％。
学界正以不同的视角关注肺癌的研究。
近年来随着医学免疫学及分子遗传学迅速发展，人们发现肺癌的发生与基因改变及免疫功能异常密切相关，故免疫治疗再次激发人们浓厚的兴趣并成为肺癌的研究热点。
其中肺癌疫苗在早期临床研究中因能激活宿主免疫系统而具有高度的靶向性、安全性及良好的生活质量，显示出令人鼓舞的前景。
【期刊名称】《中国肺癌杂志》【年(卷),期】2008(011)001【总页数】3页(P43-45)【关键词】肺癌疫苗;免疫功能异常;5年生存率;分子遗传学;医学免疫学;癌发病率;恶性肿瘤;人类健康【作者】黄真;王洁【作者单位】100036,北京大学临床肿瘤学院北京肿瘤医院;100036,北京大学临床肿瘤学院北京肿瘤医院【正文语种】中文【中图分类】R734.2全球范围内肺癌发病率及死亡率均位居前列，是对人类健康和生命危害威胁最大的恶性肿瘤之一。
尽管新的化疗药物不断问世,但肺癌的预后仍不尽人意，5年生存率仅15%。
学界正以不同的视角关注肺癌的研究。
近年来随着医学免疫学及分子遗传学迅速发展,人们发现肺癌的发生与基因改变及免疫功能异常密切相关,故免疫治疗再次激发人们浓厚的兴趣并成为肺癌的研究热点。
其中肺癌疫苗在早期临床研究中因能激活宿主免疫系统而具有高度的靶向性、安全性及良好的生活质量，显示出令人鼓舞的前景。
1 GVAX肺癌疫苗临床试验中GVAX疫苗为多种肿瘤疫苗，对肾癌、黑色素瘤、前列腺癌、胰腺癌、肺癌均具抗癌活性。
GVAX疫苗是由经过基因修饰的肿瘤细胞组成，修饰目的是使肿瘤细胞分泌粒细胞-巨嗜细胞集落刺激因子（GM-CSF），在刺激机体对疫苗的免疫反应中起关键作用，然后辐射处理经遗传学修饰的细胞以便减弱毒性，增加安全性。
肾癌、胰腺癌GVAX疫苗研究较多。
1、B细胞表位预测对于多种免疫学研究是必不可少的。
针对不同的蛋白,应选择不同的方法。
一般来说，蛋白质的C端具有较好的亲水性、表面可及性和柔性，所以是很好的抗原决定簇区域。
本课题选用的蛋白质C—末端序列标签都是唯一的、或是其家族中的几个成员所共有的.在人蛋白质中，约81%的蛋白质其C末端的5个氨基酸残基的小肽是该蛋白质所特有的，制备针对蛋白质C末端小肽的抗体,常常能得到特异性识别该全蛋白的抗体。
另外，蛋白的二级结构是B细胞表位计算机预测的重要参数之一，β转角为凸出结构,多出现在蛋白质抗原表面，有利于与抗体结合,较可能成为抗原表位.而α螺旋和β折叠结构规则不易变形,较难结合抗体，一般不作为抗原表位.含有5个以上的氨基酸残基的转角又常称为环（loop）。
以往的研究表明，蛋白表面的loop区可能为功能性抗体的识别位点，特异性好，可及性强。
本课题选用的HPO、G-CSF、HSA空间结构已明确，所以直接选择loop区或无规卷曲作为B细胞表位.举例：人Pif1基因编码至少两种蛋白亚型，分子量分别为74kDa和80kDa，与酵母具有高度的同源性,α型和β型Pif1只有C末端不同[20］，其余部分完全相同，并且二者的C末端在蛋白数据库中都是唯一的，选择α型和β型的C末端作为B细胞表位,既满足特异性的需要,也能区分亚型.GPAA1是一种跨膜蛋白，原核表达非常困难，形成包涵体，且包涵体难以溶解和复性。
对这一类型的蛋白，非常适合选择其特有的B细胞表位免疫动物，来最终制备识别全蛋白质的抗体。
ABCpred是基于人工神经网络模型的线性B细胞表位预测工具，该系统检验了源于Bcipep数据库的700个非冗余B细胞表位和源于Swiss—Prot数据库的700个长度为10~20个氨基酸的随机选择多肽，准确率近66%。
Bepipred结合隐马尔科夫模型和亲水性参数评分预测线性B细胞表位，AROC评分达到0.671。
将两种预测方法得到的预测结果进行比较，其共有的预测表位是真正B细胞表位的几率更大，如果能进一步结合蛋白质二级结构预测结果,就可以选出可信度更高的B细胞表位。
噬菌体随机肽库筛选MUC1抗原模拟表位杨清浩;王祥卫;金燕;张立新【期刊名称】《第三军医大学学报》【年(卷),期】2005(27)13【摘要】目的噬菌体随机多肽文库筛选及鉴定MUC1抗原的模拟表位。
方法利用纯化获得的BC2抗体筛选噬菌体随机7肽库,通过夹心ELISA分析噬菌体克隆,测定阳性克隆DNA序列并进行同源性及氨基酸分析,竞争性抑制实验鉴定噬菌体克隆。
结果经3轮筛选,获得了30个阳性克隆,DNA序列分析并推导出氨基酸序列:TAPDLRP、SAPDLRP、AAPDSRP及LAPDFRP。
鉴定结果表明:4个噬菌体展示肽克隆抑制率均在50%以上。
结论所得序列TAPDLRP、SAPDLRPAAPDSRP 及LAPDFRP模拟MUC1抗原表位。
【总页数】3页(P1332-1334)【关键词】MCU1抗原;模拟表位;噬菌体随机7肽库;抗体【作者】杨清浩;王祥卫;金燕;张立新【作者单位】第三军医大学新桥医院泌尿外科;北京军事医学科学院附属307医院肿瘤分子室【正文语种】中文【中图分类】R373.9;R392.11【相关文献】1.利用噬菌体随机肽库筛选抗原模拟表位的研究进展 [J], 裴亚峰;胡骁飞;王耀;侯玉泽;张改平;邓瑞广2.应用噬菌体随机肽库技术筛选丙肝病毒NS3抗原模拟表位 [J], 钟彦伟;成军;陈新华;王刚;洪源;王琳;李莉;张玲霞;陈菊梅3.利用噬菌体随机9肽库筛选寻常型天疱疮抗原模拟表位 [J], 黄丽群;姚刚;薛峰;潘萌;孙兵;郑捷4.利用噬菌体随机肽库筛选Rh (D)血型抗原的模拟表位 [J], 刘淑均;沈继龙;卞茂红;张循善;闻慧琴5.用噬菌体随机12肽库筛选单纯疱疹病毒2型gD基因模拟抗原表位的研究 [J], 于爱莲;焦凤萍;王玉;洪源;成军;庄东明因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
doi：10.3969/j.issn.1000-484X.2023.06.037MUC1模拟表位肽致敏DC对宫颈癌荷瘤小鼠肿瘤生长及免疫微环境的影响汪祖春王烈宏祁青玲（青海红十字医院妇科，西宁 810000）中图分类号R392 R73-362 文献标志码 A 文章编号1000-484X（2023）06-1285-05［摘要］目的：研究黏蛋白1（MUC1）模拟表位肽致敏树突状细胞（DC）对宫颈癌荷瘤小鼠生长和免疫微环境的影响。
方法：培养小鼠骨髓细胞，诱导并刺激DC成熟，MUC1模拟表位肽处理构建负载MUC1模拟表位肽的DC。
构建稳定表达MUC1的宫颈癌U14细胞株的荷瘤BALB/c小鼠模型，随机分为3组：空白对照组（注射0.2 ml生理盐水）、DC组（注射2×105个未加MUC1模拟表位肽的DCs）和DC+MUC1组（注射2×105个负载MUC1模拟表位肽的DCs），免疫1周后进行二次免疫。
治疗前和二次免疫1周后测量肿瘤体积；二次免疫1周后取小鼠肿瘤组织称重并计算抑瘤率；取小鼠外周血，流式细胞术检测CD3+T、CD4+T、CD8+T细胞、CD4+CD25+Foxp3+Treg水平；ELISA检测小鼠血清IL-6、IL-10、TGF-β、VEGF浓度。
结果：与治疗前比较，空白对照组、DC组和DC+MUC1组肿瘤体积增大（P<0.05），治疗前各组差异无统计学意义（P>0.05），二次免疫1周后，DC+MUC1组肿瘤体积小于空白对照组和DC组（P<0.05），空白对照组和DC组差异无统计学意义（P>0.05）；DC组和DC+MUC1组小鼠抑瘤率均高于空白对照组（P<0.05），DC+MUC1组小鼠抑瘤率高于DC组（P<0.05）；DC+MUC1组小鼠外周血CD3+T、CD4+T、CD8+T 细胞水平高于空白对照组和DC组（P<0.05），空白对照组和DC组差异无统计学意义（P>0.05）；DC+MUC1组CD4+CD25+Foxp3+Treg 和血清IL-6、IL-10、TGF-β、VEGF水平低于空白对照组和DC组，空白对照组和DC组差异无统计学意义（P>0.05）。
