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选择性必修一免疫——艾滋病专题1．HIV能通过细胞表面的CD4（一种受体蛋白）识别T细胞，如果给AIDS患者大量注射用CD4修饰过的红细胞，红细胞也会被HIV识别、入侵。
因HIV在红细胞内无法增殖，红细胞成为HIV的“陷阱细胞”，这为治疗AIDS提供了新的思路。
下列相关叙述正确的是（）A．吡罗红能使HIV的遗传物质呈现红色B．入侵到成熟红细胞内的HIV会利用其核糖体合成蛋白质C．由于成熟红细胞内没有线粒体，HIV缺少能量而无法增殖D．CD4是成熟红细胞合成的一种抗体，与双缩脲试剂反应呈紫色2．人类免疫缺陷病毒（HIV）属于逆转录病毒，其遗传物质具有高度变异性。
下列相关叙述错误的是（）A．HIV的高度变异性，导致疫苗效果难以持久B．HIV的遗传物质可以直接整合到人体细胞的染色体上C．某些逆转录酶抑制剂可以用于治疗艾滋病D．感染了HIV病毒不一定是艾滋病患者3．示意图甲、乙、丙、丁为某实验动物感染HIV后的情况．下列说法错误的是（）A．从图甲可以看出，HIV侵入后机体能产生体液免疫B．从图乙可以推测，HIV造成人体的免疫能力全部丧失C．从图丙可以推测，HIV可能对实验药物敏感D．从图丁可以看出，HIV感染过程中存在逆转录现象4．热敏感病毒“甲型H1N1流感病毒”的H和N分别指的是病毒表面的两大类蛋白质﹣﹣血细胞凝集素和神经氨酸酶，病毒结构如图所示．下列叙述正确的是（）A．病毒表面的两类蛋白质是在类脂层内合成的B．该病毒遗传信息储存在脱氧核苷酸的排列顺序中C．甲型H1N1流感病毒具有较强的变异能力D．利用高温等常规方法不能杀灭甲型H1N1流感病毒5．艾滋病是由HIV（RNA病毒）引起的一种致死率极高的恶性传染病，目前单纯依靠药物无法完全治愈。
如图是HIV感染T细胞的过程，请回答问题：（1）由图可知，HIV进入人体后，特异性识别靶细胞表面的，并在CCR5的帮助下与靶细胞膜融合，体现了细胞膜具有一定的。
HIV向胞内注入及能催化②过程的，以周围游离的4种为原料合成相应产物。
甲型流感的病遗传与变异演化甲型流感的病原遗传与变异演化甲型流感，又称豬流感或H1N1流感，是一种由H1N1亞型流感病毒引起的急性呼吸道传染病。
甲型流感病毒自2009年首次爆发以来，引起了全球范围内的关注和担忧。
了解甲型流感的病原遗传和变异演化对于预防与控制这一流行病至关重要。
一、甲型流感病毒的遗传特征甲型流感病毒属于正粘液病毒科，是一种单股RNA病毒。
其基因组由8段RNA负链编码的蛋白质序列组成，包括衣壳蛋白（HA）、神经氨酸酶抑制剂（NA）、核蛋白（NP）、聚合酶复合物（PA、PB1、PB2）等。
病毒的HA和NA蛋白质是其表面抗原的主要组成部分，也是病毒感染与免疫抗原应答的关键因素。
二、甲型流感病毒的遗传变异甲型流感病毒具有高变异性，主要表现为抗原漂变和抗原变异。
抗原漂变是指由于点突变和框架偏移等因素导致病毒表面抗原发生突变，导致鉴定该抗原的中和抗体无效。
抗原变异则是指由于基因重配和基因重组等因素导致病毒表面抗原的基因重组或变异，导致新的毒株的出现。
甲型流感病毒的抗原漂变和抗原变异是其在广泛传播和免疫选择下的必然结果。
这种变异使得疫苗的研发和流行病的控制变得更加困难。
据观察，甲型流感病毒的表面抗原HA和NA会定期发生变异，使得免疫系统对这些新型毒株失去免疫力，进而导致流感的再次爆发。
三、甲型流感病毒的变异演化甲型流感病毒的变异演化是一个持续不断的过程。
这一过程中，病毒会与宿主细胞的基因材料发生相互作用，导致病毒基因组的改变。
这些改变可能包括点突变、框架偏移、基因重配和基因重组等。
病毒的变异演化使得新的流行毒株不断涌现，引起了新的疫情和流感大流行。
近年来，通过对甲型流感病毒基因组的测序分析和研究，科学家们发现了许多有关病毒变异和演化的重要信息。
这些研究结果有助于预测流感病毒的变异趋势，为疫苗的研发和流感疫情的控制提供重要参考。
结语甲型流感的病原遗传与变异演化是一个复杂而关键的研究领域。
了解病毒的遗传特征，抗原漂变和抗原变异的机制，以及病毒的变异演化过程，有助于预防和控制流感病毒的传播。
禽波氏杆菌HagA蛋白基因的序列分析及抗原表位预测袁朋;朱瑞良;崔晨晨;杨萍萍【摘要】试验旨在对禽波氏杆菌的血凝素HagA蛋白的二级结构与B细胞抗原优势表位进行预测,探讨以血凝素HagA蛋白制作单克隆抗体的可能性.首先对禽波氏杆菌的血凝素hagA基因进行了PCR扩增以及序列测定,利用生物信息学的相关软件与分析方法,对血凝素HagA蛋白的二级结构以及B细胞抗原表位进行分析预测.经综合分析表明,禽波氏杆菌的HagA蛋白氨基酸序列中存在7个B细胞优势抗原表位区域,6个可能的糖基化位点.研究结果为进一步分析禽波氏杆菌HagA蛋白的生物学功能、制备单抗和研制疫苗等奠定了基础.%This article is carried out to predict the secondary structure of Bordetella avium HagA and the dominant epitope of B cell antigen , in order to discuss the possibility of HagA protein in the production of monoclonal antibod -ies.In this study, hagA gene of B.avium was amplified, cloned and sequenced .The secondary structure and B cell epitopes of the HagA protein of B.avium were analyzed and predicted subsequently by using bioinformatics software . The results showed that the B.avium HagA protein was supposed to include 7 potential antigen epitopes and 6 poten-tial glycosylated sites .The results provide a theoretical basis for the further study of immune mechanisms , mono-clonal antibodies preparation and epitope vaccine design .【期刊名称】《浙江农业学报》【年(卷),期】2017(029)010【总页数】6页(P1642-1647)【关键词】禽波氏杆菌;HagA蛋白;二级结构;B细胞抗原表位预测【作者】袁朋;朱瑞良;崔晨晨;杨萍萍【作者单位】山东农业大学动物科技学院,山东泰安271018;山东农业大学动物科技学院,山东泰安271018;山东农业大学动物科技学院,山东泰安271018;山东农业大学动物科技学院,山东泰安271018【正文语种】中文【中图分类】S858.3禽波氏杆菌病是一种高度接触传染性疫病，是由禽波氏杆菌引起的，可以造成禽类的鼻炎、眼炎等呼吸道症状，最早于1967年在加拿大的火鸡体内分离，国内由朱瑞良等在发病的雏鸡和鸡胚中分离[1-2]。
H1N1基因序列概述H1N1是一种流行性感冒病毒，属于A型流感病毒。
其基因序列是研究该病毒的重要依据，可以帮助科学家了解病毒的起源、演化和传播方式。
本文将介绍H1N1基因序列的相关知识，包括其结构、功能以及在流感疫苗研发中的应用。
结构H1N1病毒的基因组由8个分子RNA链组成，分别编码了11个蛋白质。
这些蛋白质包括衣壳蛋白(HA)、神经氨酸酶(NA)、聚合酶(PB1、PB2、PA)、核衣壳蛋白(NP)、M1、M2和非结构蛋白(NS1、NS2)。
其中，HA和NA是病毒表面的两种糖蛋白，起着与宿主细胞受体结合和病毒释放的关键作用。
PB1、PB2和PA是聚合酶的三个亚单位，参与病毒基因组的复制和转录。
NP、M1和M2参与病毒组装和释放，而NS1和NS2则干扰宿主细胞的免疫反应。
功能H1N1基因序列编码的蛋白质在病毒的生命周期中发挥着不同的功能。
衣壳蛋白HA 和NA决定了病毒的抗原性和传播能力，是流感疫苗中的重要靶点。
聚合酶PB1、PB2和PA参与病毒基因组的复制和转录，是病毒复制的关键酶。
核衣壳蛋白NP参与病毒基因组的包装和保护。
M1和M2参与病毒的组装和释放，是病毒颗粒的重要组成部分。
非结构蛋白NS1和NS2干扰宿主细胞的免疫反应，帮助病毒逃避宿主免疫系统的攻击。
流感疫苗研发中的应用H1N1基因序列的研究对于流感疫苗的研发具有重要意义。
通过了解H1N1病毒的基因组结构和功能，科学家可以设计针对特定蛋白质的疫苗。
目前，流感疫苗中常用的是基于衣壳蛋白HA的疫苗。
疫苗中的HA可以激发人体产生免疫反应，形成对H1N1病毒的保护性抗体。
此外，疫苗中还包含了其他蛋白质或病毒成分，以提高疫苗的效果。
研究H1N1基因序列还可以帮助科学家了解病毒的演化和传播方式。
通过比较不同地区、不同时间段的H1N1基因序列，可以揭示病毒的起源和传播路径，为流感的预防和控制提供重要参考。
总结H1N1基因序列是研究该病毒的重要工具，可以帮助科学家了解其结构、功能以及在流感疫苗研发中的应用。
论文范文：流感病毒多重序列比对数据库构建与重配规律分析第一章流感病毒重配及其挖掘方法研究进展目前却没有专门提供流感病毒大规模序列比对数据的数据库，为加快流感病毒序列相关数据的快速收集与处理工作，因此构建一个专门针对流感病毒序列比对数据的数据库将变得十分有意义。
另外，流感病毒基因组是分节段的，不同毒株之间的重配现象比较频繁，同时流感病毒重配往往伴随着重大的流感疫情(Cox et al. 2000; Horimoto et al.200动。
因此，对甲型流感病毒基因组不同片段之间重配规律的深入探讨，有助十人类进一步了解甲型流感病毒重配机制，为预测流感大流行暴发提供一定理论基础，同时为研制有效的流感疫苗提供一定的理论支持。
1. 1流感病毒简介1.1.1流感病毒的分类与命名流感病毒属十正勃液病毒科，是一类带囊膜、基因组分节段的单股负链RNA病毒。
依据核蛋白(Nucleocapsid protein, NP)和基质蛋白(Matrix protein, MP)抗原特性的差异，流感病毒可细分为甲(CA)、乙(B)和丙(C) 3型，fU依据表面抗原血球凝集素(Hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase, NA)的不同，甲型流感病毒可进一步细分为多种业型，其中HA包含16个业型:Hl-H16, NA包含9个业型:Nl-N9o 如甲型H1N1流感病毒表示其HA与NA分别为Hl型和Nl型，甲型H3N2则表示其HA与NA分别为H3型和N2型。
(de Jong et al. 2007)根据世界卫生组织(WHO) 1980年通过的流感病毒毒株命名法修正案，流感病毒毒株的命名结构主要分为6部分:型别/宿主/分离地区/毒株序号/分离年份(HnNn)，其中第一部分定义流感病毒属十甲(A)、乙(B)和丙(C) 3型中的哪一型，第二部分定义毒株的宿主，第二部分定义样本采集地信息，第四部分为毒株序号(用十区分同一条件下采集的多个毒株)，第五部分定义样本采集时间，第六部分定义毒株的业型信息。
甲型H1N1流感预防控制诊疗方案(2023版)甲型(A型)流感病毒引起的猪或人的一种急性、人畜共患呼吸道传染性疾病。
这种病在猪中经常发生，很少导致猪的死亡(猪的病死率为l_4％)。
人类很少感染猪流感病毒，但也发现一些人类感染猪流感的病例，大多数是与病猪有过直接接触的人。
2 0 09年3月，墨西哥和美国等先后发生人感染猪流感病毒，为A型流感病毒，HlNl亚型猪流感病毒毒株，该毒株包含有猪流感、禽流感和人流感三种流感病毒的基因片断，是一种新型猪流感病毒，可以人传染人。
人感染猪流感后的临床早期症状与流感类似，有发烧、咳嗽、疲劳、食欲不振等，还可以出现腹泻或呕吐等症状。
病情可迅速进展，突然高热、肺炎，重者可以出现呼吸衰竭、多器官损伤，导致死亡。
一、病原学猪流感病毒属于正粘病毒科，甲型流感病毒属。
典型病毒颗粒呈球状，直径为8 0 nm～1 2 0 nm，有囊膜。
囊膜上有许多放射状排列的突起糖蛋白，分别是血凝素HA、神经氨酸酶NA和M2蛋白。
病毒颗粒内为核衣壳，呈螺旋状对称，直径为l onm。
猪流感病毒为单股负链RNA病毒，基因组约为l 3．6 kb，由大小不等的8个独立片段组成。
尽管不同亚型之间可以组成很多种流感病毒血清型，但是可造成人感染猪流感病毒的血清型主要有HlNl、HlN2和H 3N2。
猪流感病毒为有囊膜病毒，故对乙醚、氯仿、丙酮等有机溶剂均敏感，2 0 0 mL／L乙醚4℃过夜，病毒感染力被破坏；对氧化剂、卤素化合物、重金属、乙醇和甲醛也均敏感，l 0 9／L高锰酸钾、1 mL／L升汞处理3mi n，7 5 0 mL／L乙醇5mi n，1 mL／L碘酊5mi n，1 mL／L盐酸3mi n和lmL／L甲醛3 0mi n，均可灭活猪流感病毒。
猪流感病毒对热敏感，5 6℃条件下，3 0mi n可灭活；对紫外线敏感，但用紫外线灭活猪流感病毒能引起病毒的多重复、d，涪。
二、流行病学在1 9 7 6年美国发生所谓的“新泽西事件”中，大约5 0 0人感染了猪流感Hl Nl亚型病毒，该病毒与当时从猪体内分离的病毒相同，首次证实了在自然条件下，猪流感病毒可从猪传播给人。
甲型肝炎病毒的基因分型与序列比对甲型肝炎病毒（Hepatitis A virus，HAV）是一种引起甲型肝炎的病毒，主要通过粪-口途径传播。
甲型肝炎是一种全球性公共卫生问题，尤其在发展中国家具有较高的感染率。
了解甲型肝炎病毒的基因分型和序列比对有助于深入研究其流行病学特征、传播途径以及疫苗的设计。
甲型肝炎病毒的基因组由单股正链RNA组成，长度约为7.5 kb。
该基因组包含一个开放阅读框（ORF），编码一系列的蛋白质。
根据ORF的序列变异，甲型肝炎病毒可以分为七个基因型（I-VII）。
这些基因型在全球范围内广泛分布，但其地理分布存在一定的差异。
例如，基因型I和III主要在发达国家流行，而基因型II和VII则主要在发展中国家流行。
基因分型的研究对于了解甲型肝炎病毒的流行病学特征至关重要。
通过分析不同地区、不同年代的甲型肝炎病毒基因型分布情况，可以揭示其传播途径和流行趋势。
例如，一项研究发现，中国大陆地区的甲型肝炎病毒主要为基因型I和IV，而台湾地区则以基因型II和III为主。
这种差异可能与地理位置、卫生条件和人群流动性等因素有关。
此外，基因分型还可以为疫苗的设计提供重要参考。
甲型肝炎病毒疫苗的开发是预防和控制甲型肝炎的重要手段。
根据不同基因型的序列变异，研究人员可以确定疫苗的抗原性差异，并针对性地设计疫苗，以提高其效力和广谱性。
例如，一些研究表明，基因型I的甲型肝炎病毒对目前使用的疫苗具有较高的抗原性，而基因型III则对疫苗的效力较低。
因此，在开发疫苗时，需要考虑不同基因型的差异，以确保疫苗的有效性。
序列比对是研究甲型肝炎病毒基因型的重要方法之一。
通过比对不同基因型的序列，可以发现其差异和变异位点。
这些差异和变异位点可以提供关于基因型间的进化关系和亲缘关系的信息。
此外，序列比对还可以用于研究甲型肝炎病毒的变异和演化趋势。
例如，一些研究发现，甲型肝炎病毒的基因组在不同地区和不同年代存在一定的变异，这可能与人口迁移和病毒演化有关。
甲流分子结构甲型流感病毒(即H1N1流感病毒)是一种RNA病毒，属于正轴病毒科，在其外层的膜蛋白中有两种糖蛋白，其中HA(Hemagglutinin)和NA(Neuraminidase)是最显著的两种糖蛋白。
HA包括16个亚型，抽象表示为H1-H16，NA包括9个亚型，抽象表示为N1-N9。
H1N1病毒是由HA亚型1和NA亚型1组成的病毒。
H1N1病毒的基因组长约13,600个碱基对，在其基因组中由8条RNA片段编码。
这些RNA片段包括：包装蛋白性质的NP和M1；HA、NA、内部蛋白性质的PA、PB1和PB2。
这8个RNA片段在单个RNA链上是可变的，它们在一个病毒感染周期中可以重新组合，从而产生新的病毒株。
H1N1病毒颗粒直径为80至120纳米，由外至内可分为以下四部分：包膜、糖蛋白、核心蛋白和核酸。
包膜是一个双层脂质膜，由宿主细胞膜分离而来，在膜表面还覆盖有HA和NA糖蛋白。
这些糖蛋白是H1N1病毒与宿主细胞之间的桥梁，它们可以与宿主细胞表面的糖蛋白结合，从而进入宿主细胞。
糖蛋白是一种分子量很高的构成，分布在包膜表面。
HA糖蛋白有550个氨基酸，NA糖蛋白有470个氨基酸。
这些糖蛋白具有抗原性，是识别病毒株的关键。
HA糖蛋白能够与外部病毒颗粒上的SA(酸性氨基酸)结合，从而使病毒颗粒能够进入宿主细胞。
NA糖蛋白能够使病毒颗粒从宿主细胞中退出。
核心蛋白包括NP、PA、PB1和PB2。
它们形成一个贮存病毒基因组的核酸蛋白复合物，将病毒基因组封装在内。
H1N1病毒的核酸是RNA，并非DNA。
它被起折点负责对内核苷酸碱基对的双向转录，从而形成mRNA以便蛋白质合成。
RNA也是病毒的一种遗传物质，不同于我们人类的DNA，病毒拥有了另一种共存的遗传物质。
总之，H1N1病毒是一种RNA病毒，具有包膜、糖蛋白、核心蛋白和核酸四部分。
其中，糖蛋白的HA和NA是病毒与宿主细胞之间的桥梁，有着关键的抗原性。
通过阐述H1N1病毒的分子结构，我们可以更好地了解这种病毒的致病原理和防治措施。
流感病毒编号中H和N表示的意思
H和N，是流感病毒外面裹的两种糖蛋白，一种是血凝素（hemagglutinin，HA）即“H”，一种是神经氨酸酶（neuraminidase，NA）即“N”。
后面的数字用来表示这种蛋白的不同亚型。
甲型流感病毒是一种正粘病毒科病毒，结构由内向外分为三层。
最外层的包膜其实就相当于病毒在释放出细胞的时候，从宿主细胞上偷了一块“布料”当“衣服”（脂质双层膜），上面嵌有三种突起：血凝素（HA）、神经氨酸酶（NA）和M2基质蛋白。
其中HA有16种亚型，NA有9种亚型，人们就是通过辨别病毒包膜上的这两种刺突来确认该种病毒的亚型。
所以，H7N9指的就是这种病毒亚型有第7种血凝素蛋白和第9种神经氨酸酶，这里的数字既是编号（蛋白的编号），也是对病毒的描述（描述其刺突特征）。
从理论上说，流感病毒可以有144种HN分型（16×9＝144）。
但实际上，因为一方面HN抗原不是随机组合的，另一方面，即使HN分型一样的病毒，也可以再分成不同的毒株，所以流感病毒的分型数量其实少于这个数字。
其实，流感病毒的名字并不仅仅是H7N9那么简单。
根据世界卫生组织1980年通过的流感病毒毒株命名法修正案，流感毒株的命名包含6个要素：型别/宿主/分离地区/毒株序号/分离年份（HnNn），其中对于人类流感病毒，省略宿主信息，对于乙型和丙型流感病毒省略亚型信息。
甲型H1N1病毒HA、NA氨基酸序列比较及抗原性表位预测作者：邹泽红等来源：《中国医学创新》2013年第19期【摘要】目的：比较新型甲型H1N1流感病毒分离株HA、NA氨基酸序列之间的差异，分析HA、NA蛋白可能的抗原性细胞表位。
方法：从GenBank中选取28株世界各地的新型甲型H1N1流感病毒分离株并下载各株HA、NA的氨基酸序列；使用Clustal X和MEGA 2.0软件对氨基酸序列的进行进化树分析；用Protean软件预测HA、NA蛋白的B细胞表位；用NetMHCⅡ 2.2预测T细胞抗原表位。
结果：世界范围的毒株之间氨基酸序列相对保守，HA及NA均只有少数位点的变异，HA蛋白氨基酸序列之间较NA蛋白氨基酸序列之间变异较大；预测HA蛋白具有8个B细胞表位和10个T细胞表位；NA蛋白有12个B细胞表位和7个T 细胞表位。
结论：HA、NA蛋白的少数区域抗原性相对比较稳定，可以作为检测以及疫苗研究的靶区域。
【关键词】 H1N1流感病毒；抗原表位；血凝素；神经氨酸酶2009年4月，在美国首次报道了两例感染新型甲型H1N1流感病毒患者[1]，同时在墨西哥出现了呼吸道感染的流行[2]。
美国爆发的甲型H1N1流感迅速在北美洲地区蔓延，并很快波及亚洲、欧洲。
新型甲型H1N1流感病毒是由禽流感、猪流感和人流感三种流感病毒的基因片段间的变异或重组产生的[3]，已经引起世界性的大流行。
甲型H1N1流感能不断引起流行是由于其抗原性不断发生漂移所致[4]，其中最重要是血凝素（hemagglutinin，HA）和神经氨酸酶（neuraminidase，NA）的变异[5]。
血凝素是流感病毒最重要的蛋白，它的裂解性、受体特异性和糖基化是决定流感病毒感染性和致病性的重要因素。
神经氨酸酶是病毒囊膜表面的另一种重要的糖蛋白，在决定病毒毒力和宿主特异性方面也具有重要作用，与HA共为流感病毒亚型分型的主要依据，NA同时也是抗流感病毒的重要作用靶点[6]。
目前，国内虽然已经开发了H1N1流感疫苗并接种了2000多万人，但是，接种所致的不良反应事例的出现同样给健康的人们带来了灾难。
有针对性地改造毒素的相应蛋白、获得更为安全有效的疫苗成为解决问题的关键，而解析甲型H1N1流感病毒HA、NA蛋白的抗原性表位成为关键的突破口。
本研究分析了甲型H1N1流感病毒HA、NA蛋白抗原性变化的情况，并对其可能的抗原性表位进行了分析预测，为新型甲型流感疫苗的制备提供依据，以便更有效及时地控制甲型流感的传播。
1 材料与方法1.1 新型甲型H1N1流感病毒株HA和NA基因序列与氨基酸序列从NCBI（http：///genomes/FLU/SwineFlu.html）网站下载新近公布的新发甲型H1N1流感病毒的核酸序列与氨基酸序列。
从不同国家和地区随机挑选28株新型甲型H1N1流感病毒株来进行接下来的序列比较和抗原性分析。
1.2 新型甲型H1N1流感病毒的细胞抗原表位预测用Clustal X软件分别对28例HA、NA 氨基酸序列进行多序列比较，然后使用MEGA2.0的邻接法（neighbor-joining method，NJ）构建进化树，分析彼此之间序列的变异大小。
对比序列比对分析结果，选取其中代表性的序列作为基准株，用Protean软件对基准序列的亲水性、表面可能性、抗原指数进行综合分析，分析各指数值得到B细胞抗原表位预测结果；使用NetMHCⅡ 2.2在线表位预测服务器，选定服务器包含的所有MHC classⅡ等位基因，以9个连续氨基酸为测定单位，根据各序列与MHC classⅡ等位基因的亲和能力不同，预测出其可能的T细胞抗原表位。
2 结果2.1 新型甲型H1N1流感病毒分离株HA、NA氨基酸比较用MEGA 2.0进行进化树分析，所得结果见图1、图2。
从图1和2可以看出，28例HA以及NA氨基酸序列可以分为两个大的族群，通过对这两个族群的氨基酸序列进行分析发现，HA氨基酸序列按220位氨基酸为苏氨酸或者丝氨酸分为两个族群；NA氨基酸序列按106位异亮氨酸突变成缬氨酸、248位天冬氨酸突变成天冬氨酰分成两个大的族群；分别选取两种蛋白的两个族群中较有代表性的HA氨基酸序列CY046475与CY044869和NA氨基酸序列CY046477与GQ149691为基准序列以便进行下一步的细胞抗原性表位预测。
图1 28例甲型流感病毒H1N1 HA氨基酸序列进化树2.2 Protean软件分析基准株HA、NA蛋白B细胞抗原性特征用Plot-Kyte-Doolittle亲水性[7]、Plot-Emini表面可能性[8]、Jameson-Wolf抗原指数[9]三参数综合考虑预测方案进行B细胞表位预测，HA氨基酸序列CY046475与CY044869的B细胞表位预测结果并没有明显差别，同样，NA氨基酸序列CY046477与GQ149691的B细胞表位预测结果也没有注：进化树后的名称为GeneBank的登录号图2 28例甲型流感病毒H1N1 NA氨基酸序列进化树注：进化树后的名称为GeneBank的登录号明显差别，因此，只选取HA氨基酸序列CY046475和NA氨基酸序列CY046477的结果列出。
对各个参数进行综合分析，发现在HA蛋白中50-55、110-120、137-141、175-179、208-222、361-369、457-460、478-500各项指数均较高，提示可能是抗原性表位，见图3。
综合各参数分析，发现在NA蛋白中1-9、57-60、97-105、137-141、143-150、162-168、210-215、219-222、258-263、273-280、310-323、415-425各项指数均较高，提示为抗原性表位，见图4。
图3 HA蛋白（CY046475） B细胞表位分析结果图4 NA蛋白（CY046477） B细胞表位分析结果2.3 NetMHCⅡ 2.2软件分析基准株HA、NA蛋白T细胞抗原性特征使用NetMHCⅡ 2.2在线T细胞抗原表位预测服务器分析了基准株HA、NA蛋白T细胞抗原性表位，发现HA蛋白中8-16、41-49、61-69、96-104、155-169、215-223、259-267、309-331、346-354、532-542氨基酸区段抗原值较高，见图5；NA蛋白中32-40、74-85、132-140、155-163、177-185、256-264、351-359氨基酸区域抗原值较高，见图6，可能为T细胞抗原性表位。
图5 HA蛋白（CY046475） T细胞表位分析结果注：纵坐标的分值表示NetMHCⅡ 2.2软件预测的9氨基酸滑动肽与各MHC class Ⅱ等位基因的亲和力大小图6 NA蛋白（CY046477） T细胞表位分析结果注：纵坐标的分值表示NetMHCⅡ 2.2软件预测的9氨基酸滑动肽与各MHC class Ⅱ等位基因的亲和力大小3 讨论甲型（A）流感病毒（influenza virus A）基因组含有8个RNA片段[10]，第1、2、3个节段编码的是RNA多聚合酶；第4个节段负责编码血凝素（hemagglutinin， HA）蛋白；第5个节段负责编码核蛋白（nucleoprotein， NP）；第6个节段编码的是神经氨酸酶（neuraminidase， NA）；第7个节段编码基质蛋白（matrix protein， MP）；第8个节段编码的是一种能起到拼接RNA功能的非结构蛋白，这种蛋白的其他功能尚不得而知。
血凝素蛋白和神经氨酸酶被认为是最重要的免疫原性位点[11]。
经过对选自世界各国不同流感病毒株的HA、NA蛋白序列进行Clustal X分析，发现不同株之间氨基酸序列相对保守。
HA蛋白最具特征性的变异为220位氨基酸的差别，28株中有15株为丝氨酸和13株为苏氨酸。
对28例NA蛋白中有8例同时发生了106位异亮氨酸突变成缬氨酸、248位天冬氨酸突变成天冬氨酰。
总体上来看，HA蛋白的变异性相对于NA蛋白较大。
利用Protean软件对基准株的HA、NA抗原表位进行预测，联合使用Kyte-Doolittle的亲水性方案，Plot-Emini的蛋白质表面可能性方案及Jameson-Wolf的抗原指数方案进行综合分析，发现HA蛋白有8段序列，NA蛋白有12段序列是可能的B细胞抗原表位。
对220位氨基酸为苏氨酸的HA蛋白和106位氨基酸为缬氨酸、248位为天冬氨酰的NA蛋白与未发生相应变异的蛋白序列进行比较，发现变异位点并不影响HA、NA蛋白的B细胞表位特征。
利用NetMHCⅡ 2.2软件分析T细胞抗原表位也同样发现，上述变异位点并不影响HA、NA蛋白的T细胞表位特征。
根据以上分析，提示新型甲型H1N1流感病毒关键蛋白HA、NA的一些区域抗原性相对比较稳定，可以作为检测以及疫苗研发的靶区域。
随着计算机技术的不断发展，细胞抗原性表位预测方法也得到了很大的进步与广泛的应用，如表位疫苗的设计、新的诊断试剂开发等。
但是细胞抗原性表位预测仍然不够完善。
目前，几乎所有的细胞抗原性表位预测的算法都是预测连续氨基酸组成的线性表位，而较少涉及构象性表位的研究。
本研究仅是对新型H1N1流感病毒的HA和NA蛋白的细胞抗原性表位进行初步筛选，预测结果需要进一步用实验结果来证实。
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