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蛋白质修饰位点预测
蛋白质修饰位点预测是生物信息学领域的一个重要研究方向。
蛋白质修饰是一种在蛋白质翻译后发生的化学变化，对蛋白质的功能和活性产生重要影响。
目前，许多生物信息学方法已经被开发用于预测蛋白质修饰位点，主要包括以下几种：
1. 基于机器学习的方法：这类方法通过训练一个分类器（如支持向量机（SVM）、神经网络等）来预测蛋白质修饰位点。
这类方法通常需要大量的已知修饰位点和非修饰位点的蛋白质序列作为训练数据。
例如，研究人员针对水稻蛋白质磷酸化位点开发了一种基于SVM的预测工具[1]。
2. 基于氨基酸序列特征的方法：这类方法通过分析蛋白质序列中的氨基酸特征（如氨基酸频率、组成等）来预测修饰位点。
这类方法不需要依赖蛋白质结构信息，仅通过序列信息进行预测。
例如，研究人员利用氨基酸频率计算方法来进行特征提取，并结合SVM算法构建了一种针对水稻蛋白质磷酸化位点的预测工具[2]。
3. 基于结构的方法：这类方法通过分析蛋白质三维结构来预测修饰位点。
由于蛋白质结构与功能密切相关，这类方法具有较高的预测准确性。
然而，结构信息通常不易获取，且计算成本较高。
4. 集成学习方法：这类方法将多个预测模型进行集成，以提高预测准确性。
例如，研究人员将多个基于机器学习的预测模型进行集成，构建了一种针对蛋白质翻译后修饰位点的预测工具[3]。
总之，蛋白质修饰位点预测是一个具有挑战性的课题。
随着生物信息学技术的发展，未来可能会出现更多高效、准确的预测方法。
同时，蛋白质修饰位点预测在生物学研究中的应用也将越来越广泛，有助于揭示蛋白质功能和调控机制。
ie、db抗原表位在科学研究领域中，抗原表位是指能够与免疫系统中的抗体或T细胞受体结合的特定区域。
在这个主题下，我们将讨论IE和DB两种抗原表位的重要性和研究进展。
下面将从抗原表位的定义、IE抗原表位的研究和DB抗原表位的研究三个方面来展开论述。
抗原表位是指能够被抗体或T细胞受体识别并结合的特定区域，也称为免疫表位。
抗原表位通常负责诱导免疫系统产生针对特定抗原的免疫应答。
抗原表位可以是蛋白质、多肽、糖类、核酸等生物分子的一部分，其结构决定了是否能够与免疫系统中的免疫分子结合。
研究抗原表位有助于我们更好地理解免疫系统的功能和机制，并为疫苗研发以及免疫诊断和治疗提供理论依据。
一、IE抗原表位的研究IE抗原表位指的是能够与IE抗体结合的特定区域。
IE抗原表位在病毒感染和免疫应答中起着重要作用。
研究人员通过使用不同的方法，如免疫沉淀、质谱分析和生物信息学等，成功地鉴定出多个IE抗原表位。
这些研究成果为了解病毒感染的机制以及开发相关疫苗提供了重要依据。
二、DB抗原表位的研究DB抗原表位指的是与DB抗体结合的特定区域。
DB抗体在自身免疫性疾病的发生和免疫调节中扮演着重要角色。
随着人们对自身免疫性疾病的研究深入，DB抗原表位的研究也越来越受到关注。
通过使用免疫学实验和分子生物学技术，研究人员已经鉴定出多个与DB抗体结合的抗原表位。
这些研究有助于我们更好地理解自身免疫性疾病的免疫机制，并为疾病的早期诊断和治疗提供理论基础。
三、IE和DB抗原表位的重要性和研究进展IE和DB抗原表位的研究对于免疫系统的功能和疾病的防治具有重要意义。
通过深入研究IE和DB抗原表位，可以揭示不同病原体和免疫相关疾病的抗原表位特征，为相关疫苗的设计和开发提供指导。
同时，IE和DB抗原表位的研究也为免疫诊断和治疗提供了新的思路和方法。
近年来，随着生物技术和研究方法的不断发展，IE和DB抗原表位的研究也取得了许多重要进展。
通过结合分子生物学、免疫学和生物信息学等技术手段，研究人员可以更精确、快速地鉴定出抗原表位。
蛋白质位点鉴定是指确定蛋白质分子中特定化学基团或氨基酸残基的位置。
以下是一些常用的蛋白质位点鉴定方法：
1. 质谱法：质谱法是一种常用的蛋白质鉴定方法，可以确定蛋白质的分子量、氨基酸序列以及修饰位点等信息。
其中，质谱肽谱技术可以通过测量蛋白质酶解产生的肽段质量，确定蛋白质的氨基酸序列和修饰位点。
2. 核磁共振光谱法：核磁共振光谱法可以提供蛋白质分子中原子的化学环境和空间结构信息，从而确定蛋白质的修饰位点。
3. 抗体结合法：利用特异性抗体与蛋白质上的特定表位结合，通过检测抗体与蛋白质的结合情况，可以确定蛋白质的修饰位点。
4. 蛋白质组学技术：蛋白质组学技术可以同时分析大量蛋白质，包括蛋白质的表达量、修饰情况和相互作用等。
其中，质谱蛋白质组学技术可以用于鉴定蛋白质的修饰位点。
5. 生物信息学分析：通过生物信息学分析，可以预测蛋白质的结构和功能，从而推测可能的修饰位点。
这些方法各有优缺点，需要根据具体情况选择合适的方法进行蛋白质位点鉴定。
抗体引物设计摘要：一、抗体引物设计概述二、抗体引物设计的重要性三、抗体引物设计的方法与步骤四、抗体引物设计的应用领域五、抗体引物设计的未来发展六、总结正文：抗体引物设计是生物医学研究中的重要环节，它对于研究抗体结构和功能、筛选特定抗体以及研究抗体与其靶标的相互作用具有重要意义。
本文将详细介绍抗体引物设计的方法、应用领域以及未来发展。
一、抗体引物设计概述抗体引物设计是指根据抗体可变区（V区）的序列信息，预测并合成一段具有抗原识别功能的抗原结合片段（抗原结合域），该片段可用于筛选具有特定表位的抗体。
抗原结合域的设计依赖于对抗体结构和功能的深入了解，以及生物信息学技术的应用。
二、抗体引物设计的重要性抗体引物设计在抗体药物研发、疫苗制备以及诊断试剂开发等领域具有广泛应用。
通过抗体引物设计，可以有针对性地筛选出具有特定功能的抗体，为疾病治疗、预防以及诊断提供重要依据。
三、抗体引物设计的方法与步骤1.获取抗体序列：从已知抗体库或数据库中获取抗体可变区的序列信息。
2.分析抗体序列：对抗体序列进行生物信息学分析，包括抗原表位预测、抗体结构预测等。
3.设计抗原结合域：根据分析结果，设计一段具有抗原识别功能的抗原结合域。
4.合成与筛选：将设计的抗原结合域合成出来，并对其进行筛选，以确定具有最佳抗原结合能力的候选抗体。
四、抗体引物设计的应用领域1.抗体药物研发：通过抗体引物设计，筛选出具有特定表位的抗体，用于治疗或预防疾病。
2.疫苗制备：利用抗体引物设计技术，筛选出能诱导保护性免疫应答的抗原表位，为疫苗研发提供依据。
3.诊断试剂开发：通过抗体引物设计，筛选出具有特异性的抗原结合抗体，用于疾病诊断。
五、抗体引物设计的未来发展随着生物信息学技术的不断发展，抗体引物设计将更加精确和高效。
人工智能和深度学习等技术的应用，有望提高抗体引物设计的预测准确率，为抗体研究和应用带来更多突破。
六、总结抗体引物设计在生物医学领域具有重要意义。
第一章绪言生物信息学的主要信息载体：DNA和蛋白质生物主要的遗传物质DNA生物的物质基础蛋白质一、生物信息学概述1、定义生物信息学（Bioinformatics）是生命科学、现代信息科学、数学、物理学以及化学等多个学科交叉结合形成的一门学科，是利用信息技术和数学方法对生命科学研究中的生物学数据进行存储、检索和分析的科学。
2、特点⁕以计算机为主要工具，以大量生物数据库和分析软件为基础⁕依赖于Internet⁕为人类揭示生命的奥秘提供了一条新的途径二、生物信息学的发展前基因组时代——生物数据库的建立、检索工具的开发、DNA和蛋白质序列分析、全局和局部的序列对位排列基因组时代——基因寻找和识别、网络数据库系统的建立、交互界面的开发后基因组时代——大规模基因组分析、蛋白质组分析三、生物信息学应用基础研究和教学：分子生物学研究的重要手段之一；生命科学的教学药物开发：新药筛选、药靶设计、分子药理学研究疾病诊断：利用疑难病症的病原DNA序列诊断疾病；遗传病的筛查其他：环境监测；食品安全检测；海关检测第二章数据库及其检索生物信息学数据库的建立及定义生物信息数据库：生物分子数据、分子结构结构及功能等实验证据一级数据库是直接来源于实验室获得的数据，即DNA和蛋白质数据库（X）在生物信息学中数据库查询是指对数据库中的注释信息进行基于关键词匹配查找，而数据库检索是指通过特定的序列相似性比对算法，在核酸或蛋白质序列数据库中获得序列信息（√）一、数据库定义数据库（database）是一类用于存储和管理数据的计算机文档，是统一管理的相关数据的集合，其存储形式有利于数据信息的检索与调用。
数据库的每一条记录（record）,也可以称为条目（entry），包含了多个描述某一类型数据特性或属性的字段（field），如基因名、来源物种、序列的创建日期等；值（value）则是指每条记录中某个字段的具体内容。
二、生物信息数据库的分类（1）按照数据来源一级数据库：数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释二级数据库：对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。
bli检测抗原表位竞争实验流程
Bli检测抗原表位竞争实验是一项重要的生物技术，用于对抗体对多种不同的抗原表位的竞争能力进行分析。
以下是该实验的详细流程：
1. 确定抗原表位数量：首先，需要确定要测定的抗原表位数目。
这个步骤通常通过生物信息学分析和结构筛选方法实现。
2. 制备抗体和抗原：制备每个表位的抗体和相应的抗原。
这些抗原应包含所需的所有突变位点。
3. 建立竞争ELISA实验：选择适当的ELISA实验方法，利用每个表位的抗原进行竞争性ELISA实验。
在这些实验中，抗体将同时暴露于多种不同的互不竞争的表位上。
4. 分析ELISA实验：记录每个抗体对每个表位的亲和力值和抗原表位的竞争情况。
5. 统计分析：将ELISA实验的结果进行统计学分析，包括对不同表位之间的互竞争程度的评估以及抗体对它们的相对亲和力值的比较。
总结：
Bli检测抗原表位竞争实验是一种适用于研究不同抗原表位之间的互竞争程度和抗体对它们的相对亲和力值的重要生物技术。
通过利用竞争ELISA实验和统计分析，这种技术可以提供有关多种不同抗原表位之间竞争程度的详细信息，为研究人员提供了一个了解抗原抗体相互作用的有力工具。
动物医学进展,2010,31(12):87-91Pr ogress in Veterinary Medicine抗原表位研究方法进展宋 帅,李春玲*,贾爱卿,杨冬霞,李 淼(广东省农业科学院兽医研究所 广东省兽医公共卫生实验室,广东广州510640)收稿日期:2010-05-18基金项目:广东省农业攻关项目(2007A020300005-11)作者简介:宋 帅(1982-),男,河南汝州人,研究实习员,硕士,主要从事动物疫病及综合防控技术研究。
*通讯作者摘 要:抗原表位是抗原分子中的主要功能单位,能有效刺激机体的细胞免疫和体液免疫。
随着免疫学和生物信息学技术的不断发展,用于研究T 细胞表位和B 细胞表位的方法得到了很大的提高。
论文中概述了近几年用于研究T 细胞表位的预测方法和鉴定方法,以及在B 细胞表位研究中所用的表位肽扫描技术、蛋白质/切割0法、噬菌体展示技术、X -衍射与核磁共振、表位预测方法等技术,并对每种研究方法进行了比较,为从事抗原表位研究的人员提供参考,从而更有利于表位肽疫苗的研制和诊断方法的建立。
关键词:T 细胞表位;B 细胞表位;预测;鉴定中图分类号:S852.4文献标识码:A文章编号:1007-5038(2010)12-0087-05抗原表位又称抗原决定簇,是指抗原分子表面具有特殊结构和免疫活性的化学基团,具有刺激机体产生抗体或致敏淋巴细胞并能够被其识别的一个免疫活性区。
根据抗原表位特异性免疫应答的程度,可将抗原表位分为免疫优势表位、亚优势表位和隐性表位。
根据与抗原受体结合细胞的不同,分为B 细胞抗原表位和T 细胞抗原表位;其中B 细胞抗原表位则往往为亲水性肽段,一般位于抗原三维大分子的氨基酸长链折叠处[1],而T 细胞抗原表位往往仅为埋藏在蛋白质空间结构内部的疏水性肽段[2]。
根据表位对机体的影响,可分为保护性表位(免疫位)、致病性表位(变应位)和耐受性表位(耐受位)。
按抗原表位结构的不同分为连续性抗原表位和非连续性抗原表位,前者又称线型表位,是由肽链上顺序连续的氨基酸组成,后者又称构象型表位,是由那些空间邻近但顺序上不连续的氨基酸组成。
抗原表位设计及其在疫苗研发中的应用随着科技的不断发展，医疗健康方面的研究也在不断深入。
疫苗研究和疾病预防尤其备受关注。
在疫苗研发中，抗原表位设计技术被广泛应用，成为疫苗研究的重要一环。
抗原表位是指抗原分子上能够与免疫系统中抗体或者T细胞受体结合的特定区域。
这些区域具有高度特异性和免疫原性，是疫苗研究中的关键点。
抗原表位设计是指利用分子生物学、生物信息学和结构生物学等手段来寻找和设计具有免疫原性的抗原表位。
这项技术可以大大提高疫苗的免疫原性，从而提升疫苗的质量和效果。
在抗原表位设计中，主要包括以下几个步骤：首先，通过生物信息学手段对抗原分子进行分析，确定抗原表位的位置和特征；其次，通过分子生物学技术构建和表达含有抗原表位的重组抗原蛋白；最后，通过动物实验和临床试验验证疫苗的免疫原性和保护效果。
目前，抗原表位设计技术主要应用于疫苗研究中。
例如，在研究流感病毒疫苗时，通过抗原表位设计可以针对流感病毒上的表位进行分析，并根据不同流感毒株的表位差异设计出更具有免疫原性的疫苗。
此外，抗原表位设计也被应用于艾滋病、乙肝等疫苗的研究中，并取得了一定的进展。
除了在疫苗研究中的应用，抗原表位设计技术还有其他潜在的应用。
例如，在药物研发中，利用抗原表位设计技术，可以设计出更具有特异性和选择性的药物分子，从而提高药物疗效和降低不良反应；在医疗诊断中，利用抗原表位设计技术，可以设计出更为敏感和特异的检测试剂盒，从而提高诊断的准确性和精度。
总的来说，抗原表位设计技术在疫苗研究中发挥了重要作用，为疫苗的研发和推广提供了有力支持。
随着人们对健康和疾病预防的重视，抗原表位设计技术也将得到更多的应用。
未来，科技的不断发展将会进一步推动抗原表位设计技术的发展和应用，为人类健康事业做出更大的贡献。
南方医科大学硕士学位论文登革病毒E蛋白的生物信息学分析，B细胞和T细胞表位的研究姓名：仲华申请学位级别：硕士专业：病原生物学指导教师：曹虹;赵卫20080601硕士学位论文登革病毒Ｅ蛋白的生物信息学分析，Ｂ细胞和Ｔ细胞表位的研究
硕士研究生：仲华指导教师：曹虹教授，赵卫副教授
摘要登革病毒（Ｄｅｎｇｕｅｖｉｒｕｓ，ＤＥＮ）为单股正链ＲＮＡ病毒，是急性蚊媒传染病一
登革热的病原体，属于黄病毒科（Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ）黄病毒属（Ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓ）。登革病毒基因组长约ｌｌｋｂ，由单一的开放读码框架依次编码３个结构蛋白（ＰｒＭ，，Ｍ、Ｅ和Ｃ）和７个非结构蛋白。按生物学和免疫学特性分为ＤＥＮ．１、ＤＥＮ一２、ＤＥＮ．３和ＤＥＮ．４四种血清型。各血清型均可引起登革热（Ｄｅｎｇｕｅｆｅｖｅｒ，ＤＦ）和致死率很高的登革出血热（Ｄｅｎｇｕｅｈｅｍｏｒｒｈａｇｉｃｆｅｖｅｒ，ＤＨＦ）以及登革休克综合征（Ｄｅｎｇｕｅｓｈｏｃｋｓｙｎｄｒｏｍｅ，ＤＳＳ）。南太平洋和东南亚地区几乎每年爆发登革热，其流行趋势也日益严峻，尤其是近期发生在巴西等地逾３万人感染的大规模流行，使得登革疫苗的研制受到人们的密切关注，但目前登革的预防主要依赖于切断蚊媒传播，尚无有效的疫苗用于其预防。登革疫苗研制的主要困难在于：一、ＤＨＦ／ＤＳＳ的发病机理（尤其是Ｂ细胞和Ｔ细胞免疫反应效应）尚未明确，多种假说如二次感染时可能存在的抗体依赖的感染增强作用（Ａｎｔｉｂｏｄｙｄｅｐｅｎｄａｎｔ
ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ，ＡＤＥ）假说、病毒毒力假说
和免疫病理学假说未获一致认可。ＡＤＥ效应学说认为感染ＤＥＮ后，Ｂ细胞表位可刺激Ｂ淋巴细胞产生中和抗体和增强感染并导致ＤＨＦ／ＤＳＳ的非中和抗体，而免疫病理学说认为异常的Ｔ细胞免疫反应和异常的细胞因子也参与了ＤＨＦ／ＤＳＳ的发病，即Ｔ细胞免疫诱导机体产生ＤＥＮ型特异性Ｔ细胞和血清型交叉反应性Ｔ细胞；前者保护机体免受同型病毒再次感染后者除了清除病毒也参与ＤＨＦ／ＤＳＳ发病。中文摘要诱生中和抗体和非中和抗体的Ｂ细胞表位的尚未区分以及产生保护性细胞免疫的ＤＥＮ型特异性Ｔ细胞表位的尚未鉴定严重阻碍了ＤＥＮ疫苗研发；二、没有可供使用的ＤＥＮ感染动物模型以模拟ＤＨＦ／ＤＳＳ的发病过程；三、研制的疫苗需针对四个血清型的ＤＥＮ感染有全面的保护作用，增加研制难度；四、常规疫苗因研制周期长、产量低和潜在的副作用限制其应用。新型的表位多肽疫苗是目前研发的ＤＥＮ疫苗的新方向，它是基于Ｂ细胞表位或Ｔ细胞表位合成的多肽，既能激活Ｂ细胞产生特异性抗体，保护机体免受特异病原的攻击，又能激活ＣＴＬ（细胞毒性Ｔ淋巴细胞ＣＤ８＋Ｔ细胞）清除病毒感染的靶细胞，也能激活ＣＤ４＋Ｔ细胞辅助体液免疫应答。常规疫苗如亚单位疫苗、嵌合体疫苗等多以Ｅ蛋白为其靶位，因为Ｅ蛋白是病毒体最大的结构蛋白和主要包膜糖蛋白，构成病毒粒表面的突起。它决定着病毒的组织嗜性，介导病毒与细胞受体的结合，同时它还影响病毒毒力、引起保护性免疫反应和免疫病理损伤。因此我们在本课题中以Ｅ蛋白作为研究靶位，以期通过筛选并鉴定Ｅ蛋白上潜在的型特异性保护性Ｂ细胞和Ｔ细胞抗原表位从而为表位多肽疫苗研制提供重要信息。Ｅ蛋白结构与功能的研究也一直是人们关注的焦点，近年来，通过生物信息学及序列分析软件的预测，可获得基因和蛋白质序列中蕴含的重要的信息，本文综合利用网络服务器、数据库及生物信息学软件对登革２型病毒国际标准ＮＧＣ株Ｅ蛋白的理化性质、二级结构、穿膜螺旋、结构域、空间结构、柔韧性、表面可及性、亲水性等参数进行生物信息学的分析，可全面了解Ｅ蛋白与病毒感染、毒力和免疫相关的结构特征，同时运用新型表位多肽疫苗的研究策略，预测Ｅ蛋白Ｂ细胞和Ｔ细胞抗原表位所在位置，并运用体外免疫学实验加以筛选和鉴定。
一、登革２型病毒Ｅ蛋白的生物信息学分析根据ＤＥＮ２ＮＧＣ株Ｅ蛋白氨基酸序列（ＧｅｎＢａｎｋＡｃｃｅｓｓＮｕｍｂｅｒ：
ＢＡＡ００２５５），利用在线的网络服务器ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ经Ｔａｇｌｄｅｎｔ程序分析登革病毒Ｅ蛋白分子量，等电点；经ＡＡＣｏｍｐｌｄｅｎｔ程序分析，可得到Ｅ蛋白各硕士学位论文氨基酸所占比例。运用ＤＮＡｓｔａｒ软件包中Ｐｒｏｔｅａｎ软件的Ｃｈｏｕ．Ｆａｓｍａｎ和Ｇａｍｉｅｒ－Ｒｏｂｓｏｎ方法分析Ｅ蛋白的ａ螺旋、ｐ折叠、ｐ转角和Ｃｏｉｌ卷曲所在区段。服务器ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ中分别使用ＴＭＨＭＭ软件和ｓｉｇａｌＰ２．０软件分别预测Ｅ蛋白的穿膜螺旋和信号肽切割位点，可知蛋白在第４４３＂－４６５位氨基酸和第４７２＂－＇４９４位氨基酸之间有两段穿膜结构而Ｅ蛋白并无信号肽切割位点。在免疫信息学网站ｈｔｔｐ：／／ｔｏｏｌｓ．ｉｍｍｕｎｅｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇ中分别采用Ｋａｒｐｌｕｓ＆Ｓｃｈｕｌｚ、Ｅｍｉｎｉ及Ｐａｒｋｅｒ方法分别对柔韧性、表面可及性及亲水性进行分析。通过三种方案的综合运用，发现三种参数所位于的氨基酸区段较多而且较为密集，其中表面可及性和亲水性皆可获得较高的分值。运用ｐｅｐｗｈｅｅｌ程序对Ｅ蛋白肽链作螺旋状轮图，识别疏水和亲水的区域，显示序列螺旋的横切面，反应序列的性质。Ｅ蛋白的肽轮状图可显示疏水性氨基酸；．所占比例较大，与Ｅ蛋白为包膜蛋白符合。在Ｐｒｏｓｉｔｅ数据库中分析Ｅ蛋白的结构域（Ｄｏｍａｉｎ）和空间结构可知Ｅ蛋自由３个Ｄｏｍｍｎ组成，其中ＤｏｍａｉｎＩ所在的氨基酸区段为第１＂－５２，３２～１９１
和２７８＂－－＇２９４位氨基酸。ＤｏｍａｉｎＩＩ所在的氨基酸区段为第５３，－－，１３１和１９２＂－２７７位氨基酸，而ＤｏｍｍｎＩＩＩ所在的氨基酸区段为第２９４＂－＇４９３位氨基酸。预测所得７到的激酶的磷酸化位点是信号转导的重要通路，糖基化位点可能是登革病毒包膜糖蛋白Ｅ潜在的修饰位点。Ｅ蛋白在成熟的病毒颗粒中被包装并排列成紧密的鲱鱼骨架形态，包含３０个类似救生筏状的结构，每个筏状结构由３个平行的二聚体组成。
二、登革２型病毒Ｅ蛋白的Ｂ、１ｌ细胞表位分析和多肽设计在哈佛大学网站ｈｔｔｐ：／／ｍｉｆ．ｄｆｃｉ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ采用Ｋｏｌａｓｋａｒ＆Ｔｏｎｇａｏｎｋａｒ进行Ｂ细胞抗原表位的预测。Ｅ蛋白的Ｂ细胞抗原趋势最高分值为１．２５５，位于第４８１位氨基酸残基亮氨酸（Ｌｅｕ）上。在第２５、６０、１２０、１４０、２２０、２５０、３２０、４５０和４９０左右的氨基酸存在几个Ｂ细胞抗原趋势值较高的区域。
利用免疫信息学网站ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｔｅｃｈ．ｒｅｓ．ｉｎ／提供的软件ＰｒｏＰｒｅｄ．Ｉ和
ＩＩＩ中文摘要Ｐｒ０Ｐｒｅｄ和在哈佛大学网站ｈｔｔｐ：／／ｂｉｏ．ｄｆｃｉ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ＲＡＮＫＰＥＰ／提供的软件Ｒａｎｋｐｅｐ分别进行ＨＬＡ．Ｉ和ＨＬＡ．ＩＩ类分子限制性的Ｔ细胞表位进行预测；并从中选择在我国ＨＬＡ基因分布频率最高的等位基因进行预测。综合ＰｒｏＰｒｅｄ—Ｉ、ＰｒｏＰｒｅｄ和ＲａｎｋｐｅｐＴ细胞表位预测三种软件和用于预测Ｂ细胞表位的Ｋｏｌａｓｋａｒ＆Ｔｏｎｇａｏｋａｒ方法的结果获得Ｔ细胞和Ｂ细胞候选抗原表位。综合Ｂ细胞和Ｔ细胞表位分析的结果，设计并送广州杰特伟生物有限公司合成，运用Ｆｍｏｅ－ｂｕｔｙｌ固相合成侧链保护策略，在ＡＢＩ多肽合成仪上合成抗原多肽，ＨＰＬＣ纯化和分析。得到两条登革２型病毒合成肽Ｐ１和Ｐ２，均为１５个氨基酸，具体序列为ⅪⅣＬＧＲＬＩｎ小ＰＩＶＴＥ３４５～３５９；ＥＰＧＱＬＫＬＮＷＦＫＫＧＳＳ
Ｅ３９３～３９７；纯度分别为９４．９７％；９９．１７％。同时合成一条登革ｌ型病毒的多肽作为对照（序列为ＱＨＧＴＶＬＶＱＶＫ，Ｅ３１６￣３２５），纯度为８７％。
三、登革２型病毒候选Ｂ细胞和Ｔ细胞表位多肽免疫学的研究合成肽的动物学实验：合成肽偶联载体蛋白分别与其相应组的小鼠在免疫前、第２次免疫以及末次免疫后，随机抽取的８只小鼠经间接ＥＬＩＳＡ法检测在一系列稀释度下的ＯＤ盯咖值，绘制免疫前、２次免疫后及未次免疫后的曲线变化图。合成肽的特异性实验：间接ＥＬＩＳＡ法检测将合成肽分别与已感染登革２型病毒的小鼠血清、小鼠多抗腹水及正常小鼠血清进行ＥＬＩＳＡ反应并检测其ＯＤ值，统计学处理采用ＳＰＳＳｌ３．０软件进行单因素方差分析。经单因素方差分析（Ｏｎｅ．ｗａｙＡＮＯＶＡ），合成肽Ｐｌ、Ｐ２分别与已感染登革２型病毒的小鼠血清、小鼠多抗腹水及正常小鼠血清进行ＥＬＩＳＡ反应的ＯＤ值之间的差异有统计学意义（Ｆ＝５０．８０７，Ｐ＝０．０００；Ｆ＝２３２．０５０，Ｐ＝０．ｏｏｏ）。合成肽的血清学实验：间接ＥＬＩＳＡ法检测合成肽与１０份Ｊ下常人血清及登革病毒感染恢复期患者血清的反应，统计学处理采用ＳＰＳＳｌ３．０软件进行两样本ｆ检验。经两样本ｔ检验，合成肽Ｐ１、Ｐ２分别与恢复期患者血清及正常人血清的
ＩＶ硕士学位论文ＥＬＩＳＡ结果比较，差异有统计学意义（产８．３７４，Ｐ＝０。０００；ｔ＝６．５０４，Ｐ＝０．０００）。合成肽的ＥＬＩＳＰＯＴ实验：建立登革病毒感染小鼠模型后，分离小鼠脾脏淋巴细胞，采用酶联免疫斑点（ＥＬＩＳＰＯＴ）实验用ＩＦＮ吖ＥＬＩＳＰＯＴ试剂盒检测抗原表位多肽能否刺激机体产生细胞免疫，刺激Ｔ淋巴细胞分泌细胞因子如ＩＦＮ－１，，记数斑点形成细胞即ＩＦＮ．丫分泌细胞数量，统计学处理采用ＳＰＳＳｌ３．０软件进行析因设计的方差分析，确定抗原多肽是否为ＤＥＮ型特异性Ｔ细胞表位。ＩＦＮ吖ＥＬＩＳＰＯＴ试剂盒检测ＩＦＮ吖生成细胞，接种病毒组比正常组产生较多ＩＦＮ吖生成细胞，正常组产生细胞为０／１ｘ１０５个细胞，且接种病毒组中合成肽刺激组ＩＦＮ吖生成细胞数目为１５￣４５／ｌ×１０５个细胞和１１３～１８０／４ｘ１０５个细胞，与无肽刺激组（空白对照）、无关多肽刺激组（阴性对照）和ＰＨＡ刺激组（阳性对照）相比，差异有统计学意义。因无肽刺激组（空白对照）和无关多肽刺激组（阴性对照）的斑点数量均为０，故比较在两种细胞浓度下，另外两种不同处理ＰＨＡ刺激组（阳性对照）和实验组（合成肽Ｐｌ刺激组）的ＥＬＩＳＰＯＴ数目的差异。析因分析结果表明，两种不同处理的主效应即合成肽Ｐｌ刺激组与ＰＨＡ刺激组间差异有统计学意义（Ｆ＝９８４８．８１８，Ｐ＝０．０００）；两种细胞浓度的主效应有统计学意义（庐１３６７．７１７，Ｐ＝－０．０００）；不同处理组问和细胞浓度的交互效应有统计学意义（Ｆ＝１７．０８１，Ｐ＝０．０００）。以上结果表明，我们的筛选设计并合成的合成肽ＰＩＥ３４５～３５９在表位预测软件中Ｂ细胞表位和Ｔ细胞表位预测均获得较高分值，经生物信息学分析其可能同时包含Ｂ细胞和Ｔ细胞表位，同时合成肽Ｐ２Ｅ３ｓ３￣３孵也在Ｂ细胞表位预测软件中预测为潜在的Ｂ细胞表位，而在体外免疫学实验研究中，应用ＥＬＩＳＡ方法检测的动物学实验、特异性实验和血清学结合实验中两合成肽Ｐ１、Ｐ２均比对照组具有良好的免疫原性、特异性和结合性，在ＥＬＩＳＰＯＴ实验中，，合成肽Ｐ１也能良好地诱发Ｔｈｌ型细胞免疫并刺激已感染ＤＥＮ并获得免疫记忆的小鼠脾脏Ｔ淋巴细胞分泌较高水平的ＩＦＮ吖，与阴性对照、空白对照和阳性对照的差别有统计学意义（Ｐ＜Ｏ．０１）。
