2 核酸和蛋白质的生物合成
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核酸控制蛋白质的生物合成摘要除了RNA病毒之外,DNA几乎是所有生物遗传信息的载体[1]。
遗传信息贮存在DNA核苷碱基序列当中,通过DNA半保留复制,将遗传信息由亲代准确地传递至子代。
再以DNA为模板,根据碱基互补配对的原理转录成RNA(mRNA、tRNA、rRNA),将DNA中的遗传信息传递到RNA分子中,最终以mRNA为模板,根据密码与反密码互补配对的原理,将mRNA中的核苷酸排列顺序翻译成多肽链上的氨基酸排列顺序。
多肽链经盘绕、折叠成为具有特定构象,并表现出特定的生物学功能的蛋白质,使子代表现出与亲代相同或相似的生物性状。
关键词核酸; 复制; 转录; 翻译; 蛋白质Summary : Besides RNA virus, DNA is nearly the carriers of all biological hereditary information. Hereditary information store , among DNA nucleoside base array , keeps and duplicates through half DNA, transmit hereditary information to the subgeneration accuratly by the parental generation. And then regard DNA as the template , duplicate into RNA(mRNA, tRNA, rRNA) according to the complementary principle that mates of base, transmit hereditary information in DNA to RNA of the member , regard mRNA as the template finally, according to the password with against the complementary principle that mates of the password, arrange nucleotide of mRNA order amino acid to translate into poly- chain arrange the order. Poly- chain twine , fold , become , have particular conformation , demonstrate particular biological protein of function, make sub representatives dimple similar biological properties the same as parental generation.Keyword: Nuclear acid ; Duplicate; Duplicate; Translation ; Protein自然界中的生物多种多样,其遗传物质主要是DNA。
生物化学各章知识要点及复习参考题蛋白质的酶促降解、氨基酸代谢、核苷酸代谢知识要点蛋白质和核酸是生物体中有重要功能的含氮有机化合物,它们共同决定和参与多种多样的生命活动。
在自然界的氮素循环中,大气是氮的主要储库,微生物通过固氮酶的作用将大气中的分子态氮转化成氨,硝酸还原酶和亚硝酸还原酶也可以将硝态氮还原为氨,在生物体中氨通过同化作用和转氨基作用等方式转化成有机氮,进而参与蛋白质和核酸的合成。
(一)蛋白质和氨基酸的酶促降解在蛋白质分解过程中,蛋白质被蛋白酶和肽酶降解成氨基酸。
氨基酸用于合成新的蛋白质或转变成其它含氮化合物(如卟啉、激素等),也有部分氨基酸通过脱氨和脱羧作用产生其它活性物质或为机体提供能量,脱下的氨可被重新利用或经尿素循环转变成尿素排出体外。
(二)核酸的酶促降解核酸通过核酸酶降解成核苷酸,核苷酸在核苷酸酶的作用下可进一步降解为碱基、戊糖和磷酸。
戊糖参与糖代谢,嘌呤碱经脱氨、氧化生成尿酸,尿酸是人类和灵长类动物嘌呤代谢的终产物。
其它哺乳动物可将尿酸进一步氧化生成尿囊酸。
植物体内嘌呤代谢途径与动物相似,但产生的尿囊酸不是被排出体外,而是经运输并贮藏起来,被重新利用。
嘧啶的降解过程比较复杂。
胞嘧啶脱氨后转变成尿嘧啶,尿嘧啶和胸腺嘧啶经还原、水解、脱氨、脱羧分别产生β-丙氨酸和β-氨基异丁酸,两者经脱氨后转变成相应的酮酸,进入TCA循环进行分解和转化。
β-丙氨酸还参与辅酶A的合成。
(三)核苷酸的生物合成生物能利用一些简单的前体物质从头合成嘌呤核苷酸和嘧啶核苷酸。
嘌呤核苷酸的合成起始于5-磷酸核糖经磷酸化产生的5-磷酸核糖焦磷酸(PRPP)。
合成原料是二氧化碳、甲酸盐、甘氨酸、天冬氨酸和谷氨酰氨。
首先合成次黄嘌呤核苷酸,再转变成腺嘌呤核苷酸和鸟嘌呤核苷酸。
嘧啶核苷酸的合成原料是二氧化碳、氨、天冬氨酸和PRPP,首先合成尿苷酸,再转变成UDP、UTP和CTP。
在二磷酸核苷水平上,核糖核苷二磷酸(NDP)可转变成相应的脱氧核糖核苷二磷酸。
核酸与蛋白质相互作用在生物体内,核酸与蛋白质是两种重要的生物大分子,它们的相互作用在细胞的正常生理过程中起着重要的调控作用。
核酸主要通过与蛋白质相互作用来实现对基因表达的调控,而蛋白质则通过与核酸相互作用来参与多种细胞功能的实现。
本文将从不同层面介绍核酸与蛋白质的相互作用。
一、基础概念核酸是由核苷酸连接形成的生物大分子,包括DNA(脱氧核酸)和RNA(核糖核酸)两种类型。
蛋白质是由氨基酸通过肽键连接而成的生物大分子。
在细胞内,核酸负责存储和传递遗传信息,而蛋白质则负责细胞代谢、信号传导和结构支持等多种功能。
二、核酸与蛋白质的结合方式1. 电荷相互作用:核酸和蛋白质都带有电荷,它们之间可以通过静电作用力相互结合。
主要有两种方式,即亲和吸附和静电直接作用。
亲和吸附是指蛋白质通过与核酸特定区域的结合域相互作用,从而形成稳定的复合物。
静电直接作用则是指核酸和蛋白质之间的静电吸引力和静电排斥力之间的平衡,从而形成局部的结合。
2. 氢键形成:氢键是水分子中的氢原子与氧、氮等非金属原子之间的键。
核酸和蛋白质都含有含氮和氧原子的官能团,通过氢键可以形成相互作用。
氢键的形成对于核酸和蛋白质复合物的结构稳定性起着重要的作用。
3. 疏水效应:核酸在水中形成的双螺旋结构具有疏水性,而蛋白质的结构中也存在疏水性的氨基酸残基。
在水中,核酸和蛋白质会通过疏水效应来相互结合,并形成稳定的复合物。
三、核酸与蛋白质的相互调控作用核酸与蛋白质的相互作用在细胞的生理过程中起着重要的调控作用。
具体包括以下几个方面:1. 转录调控:转录是指DNA合成RNA的过程。
转录调控是指在转录过程中,核酸与蛋白质之间的相互作用可以调控基因的转录水平。
这种调控方式包括转录因子与DNA结合、转录抑制子与转录因子竞争结合等。
2. 翻译调控:翻译是指RNA合成蛋白质的过程。
在翻译过程中,核酸与蛋白质之间的相互作用可以调控蛋白质的合成水平。
这种调控方式主要通过核酸序列与蛋白质结合来实现。
第十一章核酸及蛋白质的生物合成1. DNA的生物合成:以亲代DNA双链为模板按碱基配对原则合成出与亲代链相同的两个DNA双链。
1)半保留复制:DNA复制时以亲代DNA两条链为模板指导合成与其互补的DNA链,在子代DNA 中,一条链来于亲代DNA,另一条链是新合成的。
Cl加入大肠杆菌的培养基中培养12①同位素实验:Meselson 和Stahl将同位素15N标记的15NH4代,使大肠杆菌的DNA都带上15N的标记,然后将该大肠杆菌转入14N的普通培养基中培养后,分离子一代、子二代、子三代、子四代DNA,进行氯化铯密度梯度离心,实验证明DNA的半保留复制。
②意义:表明DNA在代谢上的稳定性,保证亲代的遗传信息稳定地传递给后代。
2)DNA复制的起点和方向:能独立复制的单位叫复制子,每个复制子都含有控制复制起始的起始点。
原核生物的染色体只有一个复制子;真核生物DNA有多个复制子。
双链DNA解开形成两条单链,分别作模板进行复制,此结构为复制叉。
大多数生物的DNA复制是双向、对称的。
3)半不连续复制:DNA复制时,两条链都能作为模板同时合成两条新的互补链,一条连续复制,另一条则不连续。
领头链是不间断延长的,随从链则生成一个个冈崎片段后连接成一条。
①前导链/领头链:两条链均按5’→3’方向合成,一条链3’末端的方向朝复制叉前进的方向,可连续合成;②滞后链/随从链:另一条5’末端朝着复制叉前进的方向,不连续合成。
4)DNA复制的酶系四种脱氧三磷酸核苷酸DNA pol/DDDP催化dNTP聚合到核酸链①5’→3’聚合活性②核酸外切酶活性5)DNA聚合酶:原核生物DNA polⅠ——聚合作用5´→3´外切酶活性:切除引物、切除突变的片段;3’→5’外切酶活性:校对功能。
引物酶:一种特殊的RNA聚合酶;在DNA复制开始时,在5´–端(5´3´方向)合成一小段RNA引物,确定起始部位、引导复制开始。
第十一章核酸生物合成第十二章蛋白质的生物合成练习参考答案1.名词解释:1)复制:DNA的生物合成,以亲本DNA为模板,根据碱基互补原则,合成与亲代DNA相同分子的过程。
2)冈崎片段:DNA复制过程中,合成方向与复制叉移动方向相反的DNA片断。
3)半保留复制:DNA生物合成过程中,子代双链DNA分子中有一条DNA链来自亲本。
这种合成方式称为半保留复制。
4)半不连续复制:DNA复制过程中,一条链复制是连续的,另一条是不连续的,这种复制方式称为半不连续复制。
5)前导链:DNA复制过程中,复制方向与复制叉移动方向相同,连续合成的DNA链称为前导链;6)滞后链:在复制过程中,复制方向与复制叉移动方向相反,形成不连续的片断,后连接成完整链的DNA链,称为滞后链。
7)转录:以DNA为模板,在RNA聚合酶指导下,合成RNA并把遗传信息传给RNA的过程,称为转录。
8)遗传密码:即指核苷酸三联体决定氨基酸的对应关系,这种编码氨基酸序列的核苷酸称为密码子。
2. 写出原核生物DNA复制过程;原核生物与真核生物DNA复制的区别?答:(1)原核生物DNA复制过程可分为:起始,延伸和终止。
1)复制的起始;2)复制的延伸;3)复制的终止(请分别说明)(2)原核生物与真核生物DNA复制的区别:1)聚合酶的不同;2)复制的起点不同;3)复制的速度不同4)DNA复制的调节;(详细内容看课件及参考书)3.比较原核生物和真核生物转录过程有哪些不同点?答:1)聚合酶的不同;2)启动子的不同;3)终止过程的不同;4)转录的调节控制;4)转录后加工不同。
(详细内容看课件及参考书)4.哪些理化因素能引起DNA分子损伤?体内有何种DNA修复机制?答:(1)某些理化因素,如紫外线照射、电离辐射和化学诱变剂等等。
(2)修复机制有:错配修复,直接修复,切除修复,重组修复和易错修复。
5.大肠杆菌蛋白质合成体系由哪些物质组成?各起什么作用?答:参与蛋白质生物合成的物质:(1)20 基本氨基酸作为材料。
第九章 核酸和蛋白质的生物合成教学目的:掌握中心法则的主要内容、掌握DNA的半保留复制、RNA的转录和蛋白质的生物合成过程,了解基因工程基础知识教学重点:DNA的半保留复制、RNA的转录、蛋白质的合成核酸和蛋白质都是生命的物质基础。
核酸是生物性状的内在决定因素,蛋白质则是其外在表现。
DNA是储存遗传信息的物质, DNA分子通过复制成完全相同的两个拷贝,亲代的遗传信息真实地传给子代;DNA分子中的遗传信息又如何表达呢?在生物的个体发育中,遗传信息由DNA通过转录传递到RNA,最后翻译成特异的蛋白质;在某些情况下RNA也能通过逆转录将信息传递到DNA。
这就是中心法则的主要内容。
第一节 DNA的生物合成一、半保留复制Watson和Crick于1953年提出的DNA双螺旋模型,碱基互补配对的原则,为DNA分子的复制提供了理论基础,DNA复制时,亲代DNA 的双螺旋先行解旋和分开,然后以每条链为模板,按照碱基配对原则,在这两条链上各形成一条互补链,这样便形成了两个新的子代DNA分子。
在新复制的DNA双链中,有一条是来自亲代DNA分子,另一条是新合成的,这种复制方式叫半保留复制。
这个半保留复制首先是由Meselson与Stahl在1958年用同位素15N 在大肠杆菌培养试验中发现的,后来在其他生物细胞内也证实了其存在。
二、DNA的复制过程DNA复制按一定的程序进行,双螺旋的DNA是边解开边合成新链的。
复制从特定位点开始双向进行。
DNA双链的合成延伸均为5’→3’的方向,所以复制是半不连续的方式进行,即其中一条链相对地连续合成,称之为前导链。
另一条链的合成则是不连续的,称为滞后链。
整个合成过程如下:1、双链的解开实验证明:DNA的复制都是从某一特定位置开始的,这一位置叫做复制原点。
该区域一般富含A、T两种碱基。
首先由单链结合蛋白与复制原点相结合,然后双链被解开,形成一个“眼”状结构,在眼的两端出现两个叉子状的生长点,叫复制叉。
原核生物基因组一般只有一个复制叉,而真核生物一般有多个,并且复制时可以在多个位点同时进行。
2、RNA引物的合成在每一个复制原点,DNA的合成必须要一段RNA作为引物。
引物是以亲代DNA的单链为模板,在RNA聚合酶的催化下,合成一段含有50-100个核苷酸的RNA短链。
方向为5’→3’,与亲代DNA单链成逆向平行。
3、DNA链的合成和延长亲代DNA双链分子是反向,一条链是沿5’→3’,而互补链则沿3’→5’方向。
当原始的双链DNA在复制叉处打开时,新生DNA逆着模板链产生,即一个子代DNA链的生成方向为5’→3’,而另一个则为3’→5’。
实际上,在以3’→5’链为模板时, 新生的DNA链以5’→3’方向连续合成,这条新生DNA链称为前导链。
在另一条模板链(方向为5’→3’)上, DNA聚合酶以5’→3’方向合成小片段DNA(长度约1000个核苷酸), 然后将这些片段连接起来。
这些片段根据发现者命名为冈崎片段。
不连续合成的DNA链称为滞后链。
3’5’ 前导链5’冈崎片段3’滞后链5’4、切除引物、填补缺口,连接修复当新形成的冈崎片段延长至一定长度,其上的RNA引物在核酸酶的催化下,先后被水解切掉。
引物脱落后所留下的缺口,在DNA聚合酶催化下,用脱氧核苷酸配对填补上,再由DNA连接酶催化,把各短片段连接起来,并修复掺入DNA链的错配碱基。
这样以两条亲代DNA链为模板,各自形成了一条新的DNA互补链,结果是形成了两个DNA双螺旋分子,每个分子中一条链来自亲代DNA,另一条链则是新合成的,故称为半保留复制。
三、逆转录一般情况下,遗传信息流传递的方向是从DNA到RNA,即通过转录以DNA为模板生成RNA分子。
在一些病毒体内,如鸟类劳氏肉瘤病毒,小鼠白血病病毒等,在这些病毒中都存在有逆转录酶,可以以RNA为模板,按照RNA中的核苷酸顺序合成DNA,这个过程叫逆转录。
逆转录酶除需要以RNA为模板外,另外还需要以4种dNTP为原料,以短链RNA或DNA为引物,此外还需要适当浓度的二价阳离子Mg2+和Mn2+,沿5’→3’方向合成DNA,形成RNA-DNA杂交分子。
以后,再以RNA-DNA杂交分子中的DNA链为模板,在寄生细胞的DNA聚合酶作用下,可合成另一条DNA互补链,这样便形成了新的双链DNA分子。
几乎所有的真核生物的mRNA分子的3’末端都有一段多聚腺苷酸。
当加入寡聚dT作引物时,mRNA就可以成为逆转录酶的模板,在体外合成与其互补的DNA,称为cDNA。
这种方法已成为生物技术和分子生物学研究中最常见的方法之一,使逆转录酶得到广泛的应用。
四、基因突变和DNA的损伤修复1、基因突变基因突变是指DNA碱基顺序发生突然而永久性的变化。
其结果使DNA的转录和翻译也跟着转变,因而表现出异常的遗传特征。
DNA的突变可以有以下几种形式:(1)一个或几个碱基对被置换;(2)插入一个或几个碱基对;(3)一个或多个碱基对缺失。
最常见的突变形式是碱基对的置换。
突变有自发突变和诱发突变。
自发突发主要发生在复制过程中,几率很低;诱发突变可以有物理、化学因素引起,如:电离辐射、紫外光、化学试剂脱氨剂和烷化剂等都可诱发突变。
2、DNA的损伤修复由于复制差错或外来理化因素的作用,使DNA分子中的碱基对遭到破坏的现象,称为DNA分子的损伤。
其结果必将阻碍DNA分子的复制和转录,引起错股合成,最终导致细胞死亡。
然而在生物细胞内存在着许多修复机制,对DNA的损伤具有一定修复能力。
目前已知有4种途径:(1)光复活。
这是一种高度专一的修复形式,其机制是利用光能激活光复活酶,切除嘧啶二聚体之间的C-C键,而恢复原来的状态。
它只作用于紫外线照射形成的产物。
(2)切除修复。
如果DNA损伤较严重,则必须进行切除修复,即在一系列酶的作用下,将DNA分子中受损的部分切除掉,并以另一条完整的链为模板,合成切去的部分,使DNA恢复正常。
(3)重组修复。
在重组修复酶的作用下,含有损伤的DNA仍可进行复制,但在子代DNA链与损伤链相对应部位出现缺口,通过分子间重组,从完整的亲代或子代DNA链将相应的碱基顺序片段移至缺口处,然后用再合成的多核苷酸补上缺口。
(4)诱导修复。
许多能造成DNA损伤或抑制复制的处理,均能引起一系列复杂的诱导效应,称为应急反应(SOS反应)。
它包括DNA 修复和导致变异两个方面。
应急反应能诱导切除修复和重组修复中某些关健酶和蛋白质的产生,加强修复能力。
此外应急还能诱导产物缺乏校对功能的DNA聚合酶,它能在DNA损伤部位进行复制而避免了死亡,但却带来了高的变异率。
以上几种修复系统只有光复活是利用光能,其余均利用ATP水解释放的能量。
第二节 DNA指导下RNA的生物合成1、概述DNA指导的RNA合成,即转录,RNA链的转录起始于模板DNA链的一个特定起点,并在另一终点处终止。
此转录区域称为转录单位,一个转录单位可以是一个基因,也可以是多个基因。
真核细胞是在细胞核中进行转录的,其中mRNA和tRNA在核质中被转录,rRNA在核仁中被转录。
原核细胞中没有细胞核,它是在含有DNA的拟核区进行转录的。
在转录时,DNA双链中仅有一条链可作为转录的模板,其中用作模板的链称为反义链,另一条链则称为有义链,因为有义链的DNA序列正好与转录出的RNA的序列相同(只是T和U的区别),所以也被称为编码链。
但各个基因的有义链不一定在同一条DNA链上。
RNA的合成沿5’→3’方向进行,催化转录的酶主要是RNA聚合酶,它由核心酶与σ因子可逆地结合为全酶。
核心酶+σ因子─→全酶核心酶主要催化RNA链的合成,而σ因子则起着在DNA上识别起始位点的作用。
转录的反应物是四种三磷酸核苷,它们之间以磷酸二酯键相结合。
2、转录过程(以原核细胞为例)(1)转录的启动。
RNA的转录是从DNA模板上的特定部位开始的。
RNA聚合酶的σ因子识别启动子特殊碱基顺序,导致RNA聚合酶与启动子特殊部位紧密结合,并局部打开DNA双螺旋,第一个核苷三磷酸底物插入转录起点部位,与模板配对结合,转录从此开始。
所谓启动子,是指RNA聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA序列。
(2)RNA链的延伸。
模板上转录起始点第一位碱基一般是嘧啶,RNA新链5’端第一个掺入的核苷酸则多为嘌呤核苷三磷酸,当与模板碱基互补的第二个核苷三磷酸的5’-磷酸基与第一个核苷酸的3’-羟基形成3’,5’磷酸二酯键,并释放出焦磷酸则开始了RNA链的延伸。
随着RNA聚合酶沿模板3’→5’方向移动,DNA双链不断解开,与模板碱基互补的核苷三磷酸不断掺入,新生的RNA链就不断延伸。
当新生的RNA延长到10-20个核苷酸后,σ亚基从全酶上脱落,核心酶继续催化链的延伸。
新生RNA链与模板DNA链形成的RNA-DNA杂交双链不稳定,核心酶移动过后留下的两条单链DNA有更强的复性能力,从而取代了杂交链中的新生RNA链,双链DNA模板恢复原来的双螺旋,RNA新生链便游离出来。
(3)转录终止。
在DNA分子上(基因末端)有终止转录的特殊碱基顺序称为终止子,它具有使RNA聚合酶停止合成RNA和释放RNA链的作用。
所有原核生物的终止子在终止点之前均有一个回文结构,其产物的RNA可形成由茎环构成的发夹结构,该结构可使聚合酶减慢移动或暂停RNA的合成。
大肠杆菌的终止子有两类:一类称依赖于ρ因子的终止子;另一类是不依赖于ρ因子的终止子;ρ因子能与RNA聚合酶结合但不是酶的组分。
它的作用是阻止RNA聚合酶向前移动,于是转录终止,并释放出合成的RNA链。
对于不依赖于ρ因子的终止子,它转录的RNA链的末端为一边串的U。
寡聚U可能提供信号使RNA聚合酶脱离模板,并使RNA链释放。
3、mRNA的转录后加工原核生物中,多基因的mRNA生成后,绝大部分直接作为模板去翻译各个基因所编码的蛋白质,不再需要加工。
真核生物编码蛋白质的基因以单个基因作为转录单位,不像原核生物那样组成操纵子,其转录产物为单顺反子,而不是多顺反子。
真核生物里转录和翻译的时间和空间都不相同,mRNA的合成是在细胞核内,而蛋白质的翻译是在胞质中进行,而且许多真核生物的基因是不连续的。
不边续基因中的不编码蛋白质部分,称为内含子;被内含子隔开的部分称为外显子。
外显子和内含子一起被转录在一条很大的原初转录物RNA分子中,在核内加工过程中形成分子大小不等的中间物,因此它们被称为核内不均一RNA(hnRNA),其中至少有一部分可转变为细胞质的成熟mRNA。
真核细胞mRNA的加工包括:(1)hnRNA被剪接,除去由内含子转录来的序列,将外显子的转录序列连接起来。
(2)在3’末端连接上一段约有20-30个腺苷酸的多聚腺苷酸(polyA)的“尾巴”结构。
(3)在5’末端连接上一个“帽子”结构m7GpppmNp。