生物化学简明教程第四版15章蛋白质的生物合成
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生物化学简明教程(第四版)课后习题————————————————————————————————作者: ————————————————————————————————日期:2蛋白质化学1.用于测定蛋白质多肽链N端、C端的常用方法有哪些?基本原理是什么?解答:(1) N-末端测定法:常采用2,4―二硝基氟苯法、Edman降解法、丹磺酰氯法。
①2,4―二硝基氟苯(DNFB或FDNB)法:多肽或蛋白质的游离末端氨基与2,4―二硝基氟苯(2,4―DNFB)反应(Sanger反应),生成DNP―多肽或DNP―蛋白质。
由于DNFB与氨基形成的键对酸水解远比肽键稳定,因此DNP―多肽经酸水解后,只有N―末端氨基酸为黄色DNP―氨基酸衍生物,其余的都是游离氨基酸。
②丹磺酰氯(DNS)法:多肽或蛋白质的游离末端氨基与与丹磺酰氯(DNS―Cl)反应生成DNS―多肽或DNS―蛋白质。
由于DNS与氨基形成的键对酸水解远比肽键稳定,因此DNS―多肽经酸水解后,只有N―末端氨基酸为强烈的荧光物质DNS―氨基酸,其余的都是游离氨基酸。
③苯异硫氰酸脂(PITC或Edman降解)法:多肽或蛋白质的游离末端氨基与异硫氰酸苯酯(PITC)反应(Edman反应),生成苯氨基硫甲酰多肽或蛋白质。
在酸性有机溶剂中加热时,N―末端的PTC―氨基酸发生环化,生成苯乙内酰硫脲的衍生物并从肽链上掉下来,除去N―末端氨基酸后剩下的肽链仍然是完整的。
④氨肽酶法:氨肽酶是一类肽链外切酶或叫外肽酶,能从多肽链的N端逐个地向里切。
根据不同的反应时间测出酶水解释放的氨基酸种类和数量,按反应时间和残基释放量作动力学曲线,就能知道该蛋白质的N端残基序列。
(2)C―末端测定法:常采用肼解法、还原法、羧肽酶法。
肼解法:蛋白质或多肽与无水肼加热发生肼解,反应中除C端氨基酸以游离形式存在外,其他氨基酸都转变为相应的氨基酸酰肼化物。
②还原法:肽链C端氨基酸可用硼氢化锂还原成相应的α―氨基醇。
1 绪论1.生物化学研究的对象和内容是什么?解答:生物化学主要研究:(1)生物机体的化学组成、生物分子的结构、性质及功能;(2)生物分子分解与合成及反应过程中的能量变化;(3)生物遗传信息的储存、传递和表达;(4)生物体新陈代谢的调节与控制。
2.你已经学过的课程中哪些内容与生物化学有关。
提示:生物化学是生命科学的基础学科,注意从不同的角度,去理解并运用生物化学的知识。
3.说明生物分子的元素组成和分子组成有哪些相似的规侓。
解答:生物大分子在元素组成上有相似的规侓性。
碳、氢、氧、氮、磷、硫等6种是蛋白质、核酸、糖和脂的主要组成元素。
碳原子具有特殊的成键性质,即碳原子最外层的4个电子可使碳与自身形成共价单键、共价双键和共价三键,碳还可与氮、氧和氢原子形成共价键。
碳与被键合原子形成4个共价键的性质,使得碳骨架可形成线性、分支以及环状的多种多性的化合物。
特殊的成键性质适应了生物大分子多样性的需要。
氮、氧、硫、磷元素构成了生物分子碳骨架上的氨基(-NH2)、羟基(-OH)、羰基()、羧基(-COOH)、巯基(-SH)、磷酸基(-PO4 )等功能基团。
这些功能基团因氮、硫和磷有着可变的氧化数及氮和氧有着较强的电负性而与生命物质的许多关键作用密切相关。
生物大分子在结构上也有着共同的规律性。
生物大分子均由相同类型的构件通过一定的共价键聚合成链状,其主链骨架呈现周期性重复。
构成蛋白质的构件是20种基本氨基酸。
氨基酸之间通过肽键相连。
肽链具有方向性(N 端→C端),蛋白质主链骨架呈"肽单位"重复;核酸的构件是核苷酸,核苷酸通过3′, 5′-磷酸二酯键相连,核酸链也具有方向性(5′、→3′ ),核酸的主链骨架呈"磷酸-核糖(或脱氧核糖)"重复;构成脂质的构件是甘油、脂肪酸和胆碱,其非极性烃长链也是一种重复结构;构成多糖的构件是单糖,单糖间通过糖苷键相连,淀粉、纤维素、糖原的糖链骨架均呈葡萄糖基的重复。
15 蛋白质的生物合成1.一个编码蛋白质的基因,由于插入一段4个核苷酸序列而被破坏的功能,是否可被一个核苷酸的缺失所恢复?解释原因。
解答:一个编码蛋白质的基因,如果插入4个核苷酸序列,就会发生移码突变,即从插入处开始此蛋白质的氨基酸顺序都发生了变化,导致此蛋白质功能的丧失。
但如果在此插入段相邻处缺失一个核苷酸,此蛋白质仅在插入处的几个氨基酸发生了改变,如果此变异不是蛋白质发挥功能必需的部位,那么此蛋白质可能恢复其功能。
2.一个双螺旋DNA片段的模板链含有顺序:5GTTAACACCCCTGACTTCGCGCCGTCG 3(a)写出从这条链转录产生的mRNA的碱基顺序;(b)从(a)中的mRNA的5-末端开始翻译产生的肽链的氨基酸顺序是什么?(参考密码表)(c)合成此多肽需消耗多少ATP解答:(a)转录产生mRNA的碱基顺序为:5-CGACGGCGCGAAGUCAGGGGUGUUAAC-3(b) Arg-Arg-Arg-Glu-Val-Arg-Gly-Val-Lys(不考虑起始密码和终止密码)(c) 在蛋白质合成过程中,每个氨基酸活化消耗2个高能键(ATP→AMP),进位和转肽各需要1个GTP,每往肽链中加入1个氨基酸要消耗4个ATP,所以以上肽链合成需要9×4=36个ATP(不考虑起始和终止)。
3.原核生物是如何区分AUG是起始密码还是多肽链内部Met的密码的?解答:原核生物在起始密码上游约10个核苷酸处(即-10区)通常有一段富含嘌呤的序列,称为SD序列(Shine-Dalgain sequence)。
SD序列可以与小亚基16S rRNA 3′-末端的序列互补,使mRNA与小亚基结合,使得核糖体能够识别正确的起始密码AUG。
而多肽链内部Met的密码前没有SD序列。
4.原核生物蛋白质合成体系由哪些物质组成?各起什么作用?解答:原核生物蛋白质合成体系的物质组成和作用。
详见15.1。
5.简述蛋白质合成的起始、延长和终止过程。
生物化学1.绪论1.1生物化学的研究内容1、生物化学:是指用化学的理论和方法从分子水平来研究生物体的化学组成和生命过程中化学变化的规律的科学。
(重点)2、研究范畴主要是:a、生物体的化学组成,生物分子的结构,性质及功能。
b.生物分子的分解与合成,反应过程中的能量变化,及新陈代谢的调节与控制。
c.生物信息分子的合成及其调控,也就是遗传信息的贮存、传递和表达。
1.2生物化学发展简史1.2.1蛋白质的研究历程1.2.2核酸的研究历程1.3生物化学的知识框架和学习方法1.3.1生命物质主要元素组成的规律1.3.2生物大分子组成的共同规律1.3.3物质代谢与能量代谢的规律性1.3.4生物界遗传信息传递的统一性2.蛋白质(重点)蛋白质的主要元素组成:C、H、O、N、S及P(主要元素)Fe、Cu、Zn、Mo、I、Se(微量元素)不同蛋白质的氮含量很相近的,平均含量为16%,这是凯氏定氮法测蛋白质含量的理论依据:蛋白质含量=(总含氮量—无机含氮量)*6。
252.1蛋白质的分类(重点)2.1.1根据分子形状分类1、球状蛋白质2、纤维状蛋白质3、膜蛋白质2.1.2根据分子组成分类1、简单蛋白质(仅由肽链组成,不包含其他辅助成分的蛋白质称简单蛋白质。
)如:清蛋白2、结合蛋白质(又称缀合蛋白质。
由简单蛋白质和辅助成份组成,其辅助成分通常称为辅基/辅助因子)2.1.3根据功能分类酶调节蛋白贮藏蛋白质转运蛋白质运动蛋白防御蛋白和毒蛋白受体蛋白支架蛋白结构蛋白异常蛋白2.2蛋白质的组成单位—氨基酸1、蛋白质的水解产物为氨基酸,说明氨基酸是蛋白质的基本组成单位。
2、氨基酸是指分子中既有氨基又有羧基的化合物。
3、生物体用于合成蛋白质的氨基酸有20种,除脯氨酸外(不是氨基酸,而是亚氨基酸),其余19种都是氨基位于α—碳原子上的α—氨基酸。
2.2.1氨基酸的结构通式(重点)1、结构通式:从结构上看:除甘氨酸外,所有α—氨基酸分子中的α—碳原子都为不对称的碳原子。
15 蛋白质的生物合成
1.一个编码蛋白质的基因,由于插入一段4个核苷酸序列而被破坏的功能,是否可被一个核苷酸的缺失所恢复解释原因。
解答:一个编码蛋白质的基因,如果插入4个核苷酸序列,就会发生移码突变,即从插入处开始此蛋白质的氨基酸顺序都发生了变化,导致此蛋白质功能的丧失。
但如果在此插入段相邻处缺失一个核苷酸,此蛋白质仅在插入处的几个氨基酸发生了改变,如果此变异不是蛋白质发挥功能必需的部位,那么此蛋白质可能恢复其功能。
2.一个双螺旋DNA片段的模板链含有顺序:
5'GTTAACACCCCTGACTTCGCGCCGTCG 3'
(a)写出从这条链转录产生的mRNA的碱基顺序;
(b)从(a)中的mRNA的5-末端开始翻译产生的肽链的氨基酸顺序是什么(参考密码表)
(c)合成此多肽需消耗多少ATP
解答:(a)转录产生mRNA的碱基顺序为:
5-CGACGGCGCGAAGUCAGGGGUGUUAAC-3
(b) Arg-Arg-Arg-Glu-Val-Arg-Gly-Val-Lys(不考虑起始密码和终止密码)
(c) 在蛋白质合成过程中,每个氨基酸活化消耗2个高能键(ATP→AMP),进位和转肽各需要1个GTP,每往肽链中加入1个氨基酸要消耗4个ATP,所以以上肽链合成需要9×4=36个ATP (不考虑起始和终止)。
3.原核生物是如何区分AUG是起始密码还是多肽链内部Met的密码的
解答:原核生物在起始密码上游约10个核苷酸处(即-10区)通常有一段富含嘌呤的序列,称为SD序列(Shine-Dalgain sequence)。
SD序列可以与小亚基16S rRNA 3′-末端的序列互补,使mRNA与小亚基结合,使得核糖体能够识别正确的起始密码AUG。
而多肽链内部Met的密码前没有SD序列。
4.原核生物蛋白质合成体系由哪些物质组成各起什么作用
解答:原核生物蛋白质合成体系的物质组成和作用。
详见。
5.简述蛋白质合成的起始、延长和终止过程。
解答:详见15.2.3,,。
6.试比较原核生物与真核生物在蛋白质合成上的差异。
解答:(1)原核生物转录和翻译同步进行,真核生物转录产物要加工后才进行翻译。
(2)原核生物核糖体为70S,由50S与30S两个亚基组成;真核生物核糖体为80S,由60S与40S两个亚基组成。
(3)原核生物的蛋白质合成起始于甲酰甲硫氨酸,需起始因子IF-1、IF-2、 IF-3及GTP、Mg2+参加。
真核生物的蛋白质合成起始于甲硫氨酸,起始因子为 eIF-1、eIF-2、eIF-3、
eIF-4、eIF-5和eIF-6。
(4)原核生物在起始密码上游的SD序列可以与小亚基16S rRNA 3′-末端的序列互补,从而确定起始密码的位置。
真核生物核糖体与mRNA 5′-末端的帽子结构结合之后,通过消耗ATP的扫描机制向3端移动来寻找起始密码。
(5)原核生物的延长因子有EF-Ts、EF-Tu和EF-G。
真核生物的延长因子是eEF-1和eEF-2。
(6)肽链合成的终止需要有肽链释放因子。
原核生物释放因子有3种:RF-1、RF-2、RF-3。
RF-1识别终止密码UAA、UAG,RF-2识别终止密码UAA、UGA,RF-3是一种与GTP形成复合体的GTP结合蛋白,它不参与终止密码的识别,但是可促进核糖体与RF-1、RF-2的结合。
在真核生物中,仅1种释放因子eRF,它可以识别3种终止密码。
7.何谓信号肽理论
解答:蛋白质的定向转运机制,普遍被人接受的是和提出的信号肽理论。
此理论认为多肽链中的信号序列控制蛋白质在细胞内的转移与定位。
详见。
8.密码子的简并性和摆动性有何生物学意义
解答:tRNA上的反密码子与mRNA的密码子配对时,密码子的第一位、第二位碱基是严格按照碱基配对原则进行的,而第三位碱基配对则可以不按照碱基配对原则进行,这种现象称为摆动性(wobble)。
详见15.1.1.2。
由于摆动性的存在,合理的解释了密码子的简并性,同时也使基因突变造成的危害程度降至最低。
9.蛋白质合成后的加工有哪些方式
解答:蛋白质合成后要经历下述加工过程才能成为有生物活性的蛋白质。
① N端甲酰基或N端氨基酸的切除;②信号肽的切除;③氨基酸的修饰;④二硫键的形成;⑤糖链的连接;⑥蛋白质的剪切;⑦辅基的附加;⑧多肽链的正确折叠。
详见。