微卫星不稳定性

肿瘤微卫星不稳定性（MSI）检测每年可以指导约 5.8 万 MSI-H 的中国肿瘤患者进行免疫药物治疗。

微卫星不稳定性（Microsatellite Instability, MSI）微卫星 (Microsatellite) 是遍布于人类基因组中的短串联重复序列, 有单核苷酸、双核苷酸或高位核苷酸的重复，重复次数10-50 次。

与正常细胞相比，肿瘤细胞内的微卫星由于重复单位的插入或缺失而导致微卫星长度的改变，就叫做微卫星不稳定性。

大量研究表明，MSI 是由错配修复 (MMR) 基因发生缺陷引起的，与肿瘤的发生密切相关。

临床上已将MSI 作为结直肠癌及其他实体瘤预后和制定辅助治疗方案的重要分子标志物，并应用于协助 Lynch 综合征筛查。

对于不同肿瘤，其存在dMMR/MSI-H 的比率是不同的，具体比例如下图所示：检测意义据文献报道，大约 15% 的结直肠癌中存在 MSI-H 现象，与 MSS 特征的结直肠癌相比，其发病机制、预后和对药物的敏感性均不同。

在非结直肠癌的实体瘤中，也存在着不同比例的 MSI-H 现象，MSI 状态不同的实体瘤在对 Keytruda 响应率方面存在显著性差异。

1. 转移性结直肠癌（mCRC）患者对 PD-1 免疫治疗获益预测2015 年在新英格兰医学杂志发表的 NCT01876511 研究结果表明，PD-1 单抗治疗对 MSI-H 的 mCRC 表现出高缓解率，因此 Keytruda 单抗治疗 MSI-H 的 mCRC 获得 FDA 突破性疗法认定。

右图即是 FDA 批准 Keytruda 治疗 MSI-H 的 mCRC 的临床证据。

图中黑线、红线分别代表 MSI-H 和 MSS 的患者，无论是从无进展生存期还是总体生存率来看，同样是接受 Keytruda 治疗的情况下，具有 MSI-H 特征的比具有 MSS(微卫星稳定性) 特征的 mCRC 患者生存期更长。

2. MSI-H 的实体瘤（非结直肠癌）抗 PD-1 免疫治疗获益预测2017 年，FDA 批准 Keytuda 用于治疗 MSI-H 或 dMMR 的实体瘤患者。

深度解析：关于MSI（微卫星不稳定性）图1 MSI在肿瘤细胞中序列长度发⽣改变根据造成结直肠癌MSI分⼦机制的不同可分为两类：）：常由MLH1启动⼦区域⾼DNA甲基化造成MMR功1. 偶发性MSI结直肠癌（sporadicCRC）：能缺陷引起MSI。

偶发性MSI结直肠癌约占所有结肠癌患者的12%，易发⽣在⽆明显家族遗传史的⽼龄化个体中，MMR缺陷直接发⽣在结直肠癌体细胞中；）：⼜称Lynch综合症，占所有结直肠癌患者的2%-2. 遗传⾮息⾁病性结直肠癌（HNPCC）：5%，家族遗传性疾病，由于⽣殖细胞中携带有MMR基因突变，因⽽MMR功能易缺陷导致MSI结直肠癌出现。

常见Lynch综合症患者中MMR基因突变位点易发⽣在四个相关基因中：MLH1，MSH2，MSH6，PMS2。

根据结直肠癌中MSI被检测出的频率可以将其分为三类（图2）：MSS，⽆明显的MSI出现；MSI-L，MSI出现频率低，⼀般低于30%；MSI-H，MSI出现频率低，⼀般⾼于30%。

图2 美国NCI机构制定的MSI检测分类标准⼀、MSI常⽤检测⽅法：MSI常由MMR基因突变及功能缺失导致。

因此，在检测癌细胞中MSI时，既可以直接检测MSI序列变化，也可以通过检测MMR基因缺失来确定是否发⽣MSI。

两种检测⼀致性很好，MSI检测发现的结直肠癌中近93%也适⽤于MMR基因缺陷检测。

不同的是技术⼿段，MMR基因缺陷检测常依赖于免疫组化（蛋⽩⽔平），⽽MSI检测⼀般依赖于分⼦⼿段，PCR检测(DNA⽔平)（图3）。

图3 MMR免疫组化检测与MSI分⼦检测结果免疫组化检测的优势是可以直接鉴定出导致MSI发⽣的MMR缺陷基因，但是，约5%-11%的MSI发⽣并不会出现MMR蛋⽩的缺陷。

某些MMR蛋⽩错义突变，会损失MMR功能，但能被抗体检测识别，因此这是分⼦检测的优势，⽬前常⽤的检测MSI的⽅法是分⼦检测结合免疫组化检测。

⼆、MSI检测——NCCN指南解读1、MSI检测应在所有结直肠癌史的病⼈中进⾏针对结直肠癌患者的MSI检测准确度⾼图4 MSI分⼦检测结直肠癌常⽤marker⽬前，近15%的偶发结直肠癌及Lynch综合症结直肠癌患者含有MSI特征，通过MSI分⼦检测可以精准的检测结直肠癌中的MSI，尤以对MSI-H患者的检测，近100%准确度。

微卫星不稳定性的检测和意义秦皇岛第四医院病理科康文喜岳秀杰杨崔航1981年Miesfeld从人类基因文库中发现一段长约2-10个核苷酸片段，他将这一小段核苷酸片段命名为“微卫星”(microsatellite,MS)。

人体在正常状态下，微卫星的长度和排序保持不变，并且稳定遗传。

但在某些因素作用下，微卫星的 DNA在复制过程中由于滑动等因素，导致双链分子的碱基发生错配、插入或缺失，引起微卫星的结构发生改变，这种结构上发生改变的微卫星就叫做微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)。

近年来的研究表明，微卫星不稳定性尤其是高度微卫星不稳定性与许多肿瘤的发生和发展关系密切。

研究认为微卫星不稳定性在肿瘤的发生、发展中发挥重要作用，是肿瘤形成又一机制。

在正常人体细胞内，微卫星的分子结构保持稳定不变，其原因是在人体细胞内有一种能够修复微卫星的安全保障体系，这种安全保障体系是由一系列特异性修复微卫星碱基错配的酶分子组成，叫做微卫星错配修复系统(mismatch repair system,MMR)。

人体细胞中由于错配修复系统系统的存在，才能避免遗传物质发生改变，保证DNA复制的高保真度。

微卫星突变后会使正常细胞向恶性肿瘤细胞转化，最终发生恶性肿瘤。

进一步的研究表明，很多肿瘤的发生如肺癌、食道癌、膀胱癌、胃癌、甲状腺癌……等均与微卫星不稳定性密切相关。

在对多种癌组织进行微卫星不稳定性检测后发现，其微卫星不稳定性的突变率明显增高。

在遗传性非息肉性结直肠癌（HNPCC）中微卫星不稳定性的突变率可高达70-90%，散发性大肠癌微卫星不稳定性的突变率也高达28.85%。

因此，微卫星不稳定性的检测已经成为筛选恶性肿瘤的重要诊断指标。

目前临床上微卫星不稳定性的检测主要利用免疫组化或多聚酶链反应方法，检测项目有MLH1、MSH2、MSH6和PMS2。

微卫星不稳定性检测的意义：1、判断预后：目前大量证据表明，错配修复基因缺失/高度微卫星不稳定性是Ⅰ期结直肠癌患者预后良好的一个标志物。

结直肠癌微卫星不稳定性作用的进展微卫星不稳定性：定义MMR对校正DNA复制过程中发生的错误配对非常重要，该修复系统主要包括4个蛋白，MLH、MSH2、MSH6和PMS2。

微卫星是包含1-6个碱基的重复DNA序列，分布于整个基因组，微卫星对复制错误易感，正常时可由MMR系统修复，缺失一个MMR蛋白功能时导致MMR系统缺陷，致微卫星复制错误累积，造成遗传不稳定性。

MSI发生在关键细胞功能与途径的编码区时具有致癌潜能，可以通过PCR扩增特异的微卫星标志或是免疫组化检测MMR蛋白缺失来发现MSI。

LS时MSI通常与一个MMR基因胚系突变有关（多为MLH1或MSH2），而散发MSI CRCs 通常是由hMLH1启动子甲基化表观失活所致。

林奇综合征LS是最常见的遗传性CRC，是高度不完全外显性常染色体疾病，特征是早期发作的结直肠癌和子宫内膜癌，某些结肠外癌症发生风险增加，包括其它部位的胃肠道肿瘤、泌尿道系统肿瘤以及女性生殖系统肿瘤，女性发生CRC风险52.2%，男性68.7%，中位诊断年龄61.2岁。

Amsterdam和Bethesda标准用于鉴别可能为L S的患者以进一步行遗传学检查，如表1和2所示。

现在许多指南建议采用二种方法排除LS：一种普遍适用，每个CRC患者均进行检测，另一种是＜70岁诊断CRC患者进行检测以及≥70岁、但满足Bethesda标准患者进行检测，超过1/4的LS患者漏诊（图1）。

表1 修订后Bethesda关于LS相关CRC 指南表2 Amsterdam II标准图1 林奇综合征诊断流程免疫组化与遗传学检查结果的吻合性很好，新专家共识推荐使用一组5个单核苷酸重复序列（BAT-25、BAT-26、NR21、NR24和NR27），其特征是不同个体间的单核苷酸重复序列数量和大小恒定。

根据MSI多少，CRCs分成高度微卫星不稳定性（MSI-H）、低度微卫星不稳定性（MSI-L）。

MSI-H 表型是5个标志中至少有2个不稳定标志，而多数散发CRCs 为微卫星稳定性（MSS），缺少MSI特征。

（综述）结直肠癌中的微卫星不稳定性结直肠癌至今依然是西方国家最主要的公共卫生问题，在男性和女性常见癌症中均排在前三位。

结直肠癌的5年总生存率接近65%，根据疾病的等级略有差别（Ⅰ期生存率达90%，而Ⅳ期生存率仅为15%）。

随着新筛查手段的出现，2015年有超过70%的新发患者实施预防性的切除手术。

尽管传统的临床病理分期仍用于结果的预测，但病理结果表现为同期的结直肠癌，在预后和治疗应答上有显著的异质性。

这种临床异质性至少有部分是与结直肠癌发病过程中的遗传变异有关：85%的结直肠癌是由染色体改变驱动（染色体不稳定性通路），15%是由DNA 错配修复系统（MMR）功能缺失驱动（微卫星不稳定性（MSI）通路）。

MSI是遗传性非息肉型结直肠癌（也称林奇综合征）的分子标记，通常与MMR基因的胚系突变相关。

然而，绝大部分MSI的案例都是散发的结直肠癌，更常见的是由hMLH1的表观遗传失活导致。

不同级别的结直肠癌表现出MSI的比例也是不同的：Ⅱ、Ⅲ期中有15%（更常见于Ⅱ期），Ⅳ期中有4%-5%。

该综述总结了具有MSI的结直肠癌的临床病理特征，MSI状态在早期和转移性结直肠癌中的预后和预测意义，以及对新药研发的影响。

微卫星不稳定性的定义错配修复系统对DNA复制过程中DNA序列错配的校正至关重要。

这种修复系统主要由四个蛋白（MLH1, MSH2, MSH6 和PMS2）构成，它们相互配合检测并切断错配，使DNA聚合酶和DNA连接酶能够重新合成并重新连接正确的DNA链。

微卫星是遍布于人类基因组中（编码区和非编码区）的1-6个碱基的短串联重复序列，由于它们的重复结构，微卫星特别容易发生由MMR系统负责修复的复制错误。

MMR任一蛋白的功能丧失都会引起MMR系统缺陷，进而导致微卫星错误的累积，例如插入或缺失导致遗传不稳定性。

当MSI发生在关键的细胞功能区或关键通路上基因的编码区时，其可能具有致癌潜能。

林奇综合征患者的MSI与MMR基因的胚系突变有关（通常表现在MLH1或MSH2），而散发的结直肠癌患者的MSI通常与hMLH1基因启动子甲基化导致的表观遗传失活有关。

微卫星不稳定性MSIMMR（错配修复）的检测MSI/MMR检测可用于有效地评估PD-1单抗免疫治疗在癌细胞治疗中的效益。

MSI（Microsatellite instability，微卫星不稳定性），是指由于在DNA复制时插入或缺失突变引起的微卫星序列长度改变的现象，常由错配修复(MMR)功能缺陷引起。

MSI现象于1993年被Jacobs等人在结直肠癌中首次发现，与癌症发生有关，可用于癌症检测。

微卫星序列（MS），又称简单重复序列（SSR），是一些短而重复的DNA序列，一般由1-6个核苷酸组成，串联重复排列，常见类型为双碱基CA／GA或单碱基A／T等，存在于内含子等非编码区，多态性分布于整个基因组，个体差异大。

MMR（DNA mismatch repair，DNA错配修复），这种DNA修复机制能够准确地识别及修复在DNA复制或重组过程中产生的碱基错配，小范围的碱基缺失或插入，对维持基因组稳定性，遗传后代的精确性有着重要的作用。

MSI常由MMR基因突变及功能缺失导致。

因此，在检测癌细胞中MSI时，既可以直接检测MSI序列变化，也可以通过检测MMR基因缺失来确定是否发生MSI。

两种检测一致性很好，MSI检测发现的结直肠癌中近93%也适用于MMR基因缺陷检测。

不同的是技术手段，MMR基因缺陷检测常依赖于免疫组化（蛋白水平），而MSI检测一般依赖于分子手段，PCR检测(DNA水平)。

MMR通过IHC（免疫组化）检测的目标蛋白是MLH1、MSH2、MSH6和PMS2。

免疫组化检测的优势是可以直接鉴定出导致MSI发生的MMR缺陷基因，但是，约5%-11%的MSI发生并不会出现MMR蛋白的缺陷。

某些MMR蛋白错义突变，会损失MMR功能，但能被抗体检测识别，因此这是分子检测的优势，目前常用的检测MSI的方法是分子检测结合免疫组化检测。

MSI状态可通过聚合酶链式反应（PCR）方法检测。

通过检测6个。

微卫星不稳定性（MSI）在结直肠癌诊断及预后中的应⽤1 微卫星（microsatellites）不稳定性微卫星（microsatellites）⼜称简单重复序列，是存在于基因组中的⼀些⼩⽚段核苷酸的重复序列，重复单位⼀般由1~6个核苷酸组成，重复次数不超过60次，具有⾼突变性。

DNA 在复制过程中，尤其是微卫星，可能会出现碱基错配等错误，这些错误累积起来并⼀代代的传递下去，最终会产⽣基因突变进⽽导致细胞癌变。

这种在DNA复制过程中产⽣的⼀些简单重复序列的插⼊或缺失，被称为微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）[1]。

2 MSI与错配修复（MMR）蛋⽩间的关系DNA错配修复（Mismath repair, MMR）系统由⼀系列特异性修复DNA碱基错配的酶分⼦(MMR蛋⽩）组成。

MMR蛋⽩的主要功能是修复DNA复制过程中产⽣的错配，包括单碱基错配和2个以上的插⼊/缺失错配，从⽽保持遗传物质的完整性和稳定性，避免遗传物质发⽣突变。

据⽬前报道：涉及⼈类DNA错配修复的MMR蛋⽩主要有5个，其编码基因分别为MLH1、 PMS1 、PMS2、MSH2和 MSH6。

MMR系统会对在DNA复制过程中的碱基错配等错误进⾏纠正，⼀旦修复系统失效，基因突变的风险便会提⾼。

因此，MMR基因突变后， DNA复制时的过程中便会发⽣MSI[2, 3]。

3 MSI判定标准MSI的检测⽅法很多。

⽬前较常使⽤的检测技术为聚合酶链反应（PCR）和免疫组化（IHC）检测[4]。

PCR检测，⽬前公认的标志物套餐由BAT25、BAT26、NR21、NR24、NR22或NR27组成。

当检测的微卫星标志物中没有发现异常，标本定义为微卫星稳定性（MSS）；如果有⼀个标志物或低于40%的标志物显⽰异常，则标本被认定为低⽔平微卫星不稳定性(MSI-L)；当测试标志物的40%或超过40%异常时，标本被认定为⾼⽔平微卫星不稳定性（MSI-H）。

肺癌中微卫星不稳定性的病理异质性及临床应用引言肺癌是全球范围内最常见的恶性肿瘤之一，其发病率和死亡率都相当高。

随着分子生物学和遗传学的发展，研究人员发现肺癌中微卫星不稳定性（MSI）的存在，并且发现了其在肺癌发生和发展过程中的重要作用。

MSI是一种遗传学上的现象，指的是微卫星序列（通常为1-6个核苷酸重复的DNA序列）在肿瘤细胞中发生插入或删除等改变。

本文将探讨肺癌中MSI的病理异质性以及其在临床上的应用。

肺癌中微卫星不稳定性的病理异质性原因与发生机制肺癌中MSI的发生与一系列的遗传事件相关，包括DNA错配修复系统（MMR）缺陷、DNA甲基化、基因突变等。

MMR缺陷是导致MSI最常见的原因之一，它可以导致肿瘤细胞中的突变累积。

此外，DNA甲基化异常也与肺癌中MSI的发生密切相关。

异质性表现肺癌中MSI的病理异质性主要表现在两个方面：肿瘤细胞中微卫星序列的改变类型和肿瘤组织中不同区域之间的异质性。

- 改变类型：肺癌中MSI的改变类型主要包括插入、删除和重复等。

这些改变会导致肿瘤细胞中一系列的突变和基因组重构。

- 异质性：肺癌组织中不同区域之间的异质性也是肺癌中MSI的一个显著特点。

不同区域的肿瘤细胞中微卫星序列的改变类型和程度可能存在差异，这对于肿瘤的治疗和预后预测都具有重要意义。

肺癌中微卫星不稳定性的临床意义诊断价值肺癌中MSI的检测已经被证明是一种可靠的诊断方法。

通过检测肺癌中MSI的状态，可以帮助临床医生确定肺癌的类型和预后，并指导个体化治疗方案的选择。

预后评估肺癌中MSI的存在与肿瘤的预后密切相关。

一些研究表明，肺癌中MSI的阳性与患者的生存率显著相关，MSI高度不稳定性的肺癌患者具有更好的生存率和预后。

治疗指导肺癌中MSI的检测结果可以指导肺癌患者的个体化治疗方案的选择。

一些研究表明，MSI高度不稳定性的肺癌对一些免疫治疗方法可能更为敏感。

临床应用前景肺癌中MSI的临床应用前景非常广阔。

ngs检测微卫星不稳定的原理
NGS（Next-Generation Sequencing，下一代测序）技术可以用
于检测微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）。

微卫星不稳定性是由于DNA序列中的微卫星（短重复序列）
发生插入或缺失而导致的。

通常情况下，微卫星会经过DNA
修复系统的修复，使其保持稳定。

然而，在某些情况下，
DNA修复系统发生错误或缺陷，导致微卫星不稳定性的产生。

NGS技术可以通过同时测序多个DNA片段来检测微卫星不稳
定性。

具体步骤如下：
1. 样品制备：将DNA从病人或样品中提取出来。

2. 片段富集：使用特定的引物来扩增含有微卫星序列的DNA
片段。

3. 文库构建：将富集的DNA片段转化为一个可测序的文库。

4. 高通量测序：使用NGS技术对文库进行测序。

5. 数据分析：将测序数据与参考基因组进行比对，并检测微卫星序列的插入、缺失或变异。

6. 结果解读：根据微卫星序列的变异情况以及临床信息，确定微卫星不稳定性的状态。

NGS技术具有高通量、高分辨率和高灵敏度的特点，能够同时检测多个微卫星序列，提高检测效率和准确性。

因此，NGS技术在微卫星不稳定性的检测中被广泛应用。

微卫星不稳定性在多种癌症中的分子肖像在本研究中，研究组利用来自癌症基因组图谱（TCGA）的数据分析了约8000个外显子组和约1000个跨越23种肿瘤的全基因组的MSI状态和特征。

研究人员系统地分析了细胞核和线粒体DNA中MSI 突变的模式和表征受影响的途径，最终发现了与表观基因组特征的关联。

这些分析揭示了具有不同程度的癌症类型特异性的携带移码突变MSI的新基因，并且产生迄今为止最大的编码和非编码频繁改变人类癌症的MS位点。

该组通过全基因组测序揭示了基因组的非编码部分中的基因座。

最后，该项研究还建立了基于外显子组数据描述高精度的MSI-H状态的预测模型。

文章题目：A molecular portrait of microsatelliteinstability across multiple cancers研究人员：Isidro Cortes-Ciriano,Sejoon Lee, et al.发表时间：2017. 06期刊名称：Nature Communications影响因子：12.124研究背景微卫星（MS）是短的DNA串联重复序列，在人类基因组中含量丰富。

因为其突变率高，所以被广泛用作人体遗传学和法医学中的多态性标记。

微卫星不稳定性（MSI）是由DNA错配修复机制（MMR）受损所导致的，其特征在于DNA聚合酶滑移以及单核苷酸变异（SNV）频率升高引起MS重复序列的长度广泛多态性。

MSI在个别病例中是由于体细胞突变使MMR基因（例如MLH1，MSH2，MSH3，MSH6和PMS2）失活所导致的，对于遗传性非息肉病性结直肠癌（即Lynch 综合征）患者而言，癌症的风险增加。

MSI也能通过MLH1启动子的超甲基化，MSH2的表观遗传性失活或MMR基因使miRNA下调来发生。

而编码区内MSI的发生则通过改变阅读框或转录来获得短的且功能受损的蛋白质。

二十多年前有推测，MSI肿瘤的侵袭性较差是由于它们体细胞突变的发生率高，从而可能产生诱导抗肿瘤免疫应答的突变基因。

207.《结直肠癌及其他相关实体瘤微卫星不稳定性检测中国专家共识》（2019）要点１微卫星不稳定性的定义微卫星（MS）是指细胞基因组中以少数几个核苷酸（多为1～６个）为单位串联重复的DNA序列，又称短串联重复（STR）。

DNA错配修复（MMR）功能出现异常时，微卫星出现的复制错误得不到纠正并不断累积，使得微卫星序列长度或碱基组成发生改变，称为微卫星不稳定性（MSI），同时导致基因组呈现高突变表型。

肿瘤中，MMR功能缺陷往往由于MMR基因（MLH１、MSH２、MSH６及PMS２）及其相关基因EPCAM的致病性突变导致，也可能由于MLH１启动子区高甲基化引起的MLH１表达缺失导致。

MSI现象于1993年在结直肠癌中被首次发现。

MSI根据程度可以被分成３类：微卫星高度不稳定性（MSI-H）、微卫星低度不稳定性（MSI-L）、微卫星稳定（MSS）。

MSI-H在不同癌种中的发生率存在较大差异。

目前已知MSI-H发生率较高的实体瘤包括子宫内膜癌（20％～30％）、胃癌（15％～20％）和结直肠癌（12％～15％，其中期结直肠癌4％～5％）等。

２MSI的临床意义MSI是MMR蛋白功能缺陷导致的结果。

MMR蛋白功能缺陷同时也会导致基因组呈现高突变表型，进而导致肿瘤发生风险增加。

目前，MSI检测被美国国立综合癌症网络（NCCN）结直肠癌临床实践指南及中国临床肿瘤学会（CSCO）结直肠癌诊疗指南推荐用于所有结肠直肠癌（CRC）患者。

MSI检测对于包括CRC和子宫内膜癌（EC）在内的多种实体瘤患者均具有重要临床意义。

2.1MSI检测作为林奇综合征初筛手段2.2MSI是期结直肠癌预后因子2.3MSI是期结直肠癌辅助化疗疗效预测因子2.4MSI是晚期实体瘤免疫治疗疗效预测因子3MSI状态检测方法及其对比3.1IHC检测MMR蛋白3.2多重荧光PCR毛细管电泳法检测MS3.3二代测序（NGS）检测MSI3.4不同检测方法的比较3.4.1IHC法与PCR法比较3.4.2NGS与PCR法比较4MSI检测专家共识【推荐意见１】：所有结直肠癌患者均应进行MSI状态筛查越来越多的数据提示，不论家族史还是发病年龄，对CRC患者进行林奇综合征的普筛有助于发现更多的林奇综合征患者，特别是在现代社会较小的家庭规模和型林奇综合征家系（发生肠内及肠外肿瘤）的背景下。

GeneMarker软件MSI应用概念：微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)是指与正常组织相比，在肿瘤中某一微卫星由于重复单位的获得或缺失而造成的微卫星长度的任何改变，出现新的微卫星等位基因现象。

近年来, 随着微卫星不稳定概念在肿瘤分子生物学中的提出, 越来越多的研究认为肿瘤的发生和发展与微卫星不稳定密切相关, 并在其预后过程中起着重要的作用。

主要机制：①DNA多聚酶的滑动导致重复序列中1个或多个碱基的错配②MS同源重组导致碱基对的丢失和插入微卫星不稳定的检测方法与判断：微卫星不稳定性的研究方法，目前主要以PCR技术为基础研究微卫星不稳定性改变，步骤为：①首先需确定特定染色体上特定微卫星位点标记，并根据其序列合成特异性引物。

引物序列一般可根据特定位点直接从基因库中查询；②收集肿瘤组织及相应正常组织标本，，提取基因组DNA；③PCR扩增；④扩增产物的检测。

⑤判断结果。

GeneMarker软件MSI应用：GeneMarker中，通过肿瘤DNA与正常DNA扩增产物的峰的比对，以直方图（增加/减少）展示出不同。

在电泳图中，肿瘤样本的峰以浅红色与正常样本的峰一起显示，增加或减少的部分用红色直方图显示，极大的方便了用户对微卫星不稳定的检测。

GeneMarker软件MSI应用中，用户可自定义设置，以满足分析要求。

用户自定义设置1：Stutter Filter设置：用户可根据实际需求对Stutter Filter进行设置，若Stutter峰范围设置较小，则“不稳定”峰就会较多；反之亦然。

低Stutter filter(Left: 60, Right: 40)与高 stutter filter (Left: 99, Right: 99).用户自定义设置2：MSI Score设置：MSI Score值为肿瘤样本和参考样本的log2比率，MSI Score设置越小，“不稳定”峰就会越多；反之亦然。