舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cytb基因全序列克隆分析

基于线粒体Cytb和ITS1部分序列分析鲭科鱼类分子系统进化关系邱凡;苏永全;傅蒙娜;王军【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2010(017)002【摘要】鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类.目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征.为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS 1)的1个含644～692个碱基的序列区.采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2 parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数.Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C 为31.2%、T为29.5%和A为13.5%、G为31.3%、C为38.7%、T为16.5%.基于Cyt b计算的鲭科鱼类种间遗传距离为0.006 5～0.333 5,平均遗传距离为0.168 9;基于ITS1计算的金枪鱼族鱼类种间遗传距离为0.003 2～0.266 8,平均遗传距离为0.202 5.Cyt b和ITS1序列的转换/颠换比分别为1.8和0.9.以竹荚鱼(Trachurus trachurus)和花鲈(Lateolabrax japonicus)为外群,并结合GenBank 上鲭科24种鱼类的同源序列,构建NJ、ML和ME系统树.研究结果确认了金枪鱼属处于系统进化树的顶端,代表着最新演化的种类,是鲭科中最繁盛的一属,也是目前系统发育的高峰.所有分子系统树都表明鲣属、鲔属和舵鲣属显示与金枪鱼属很近的亲缘关系,它们均归入金枪鱼族.然而,研究结果与形态学上将金枪鱼属分为2个亚属的分类结果存在分歧.同时,本研究关于狐鲣属、平鲣属、刺鲅属和双线鲅属进化地位上的结果也不同于形态学的结果.故鲭科鱼类客观、科学的分类地位还需通过形态学、生态学和分子生物学的深入研究加以确认.【总页数】11页(P201-211)【作者】邱凡;苏永全;傅蒙娜;王军【作者单位】厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学海洋与环境学院,福建,厦门,361005【正文语种】中文【中图分类】S959【相关文献】1.基于16S rRNA部分序列探讨部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系 [J], 张源真;王伟;姜志强;张钊2.基于线粒体COⅠ基因序列的中国鲷科鱼类系统进化关系 [J], 陈咏霞;吴仁协;梁娜;刘静3.基于线粒体16S rRNA基因部分序列探讨贵州9种菊头蝠(翼手目:菊头蝠科)的分子系统进化关系 [J], 宋华;王会;陈学平;谷晓明4.基于部分线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mtCOI)DNA 序列的6种蝙蝠(翼手目:蝙蝠科)的分子系统进化关系 [J], 何淑艳;敖磊;李娜;谷晓明5.基于16S rRNA部分序列探讨12种鲹科鱼类的分子系统进化关系 [J], 郑文娟;朱世华;邹记兴;杨迎春;沈锡权因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

几种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列比较及分子系统
学的分析
江世贵;刘红艳
【期刊名称】《广西水产科技》
【年(卷),期】2003(000)001
【摘要】@@ 鲷科(Sparide)属鲈形目(Percoiformes),鲈亚目(Percoide),为世界性的鱼类.现有记载的世界上的鲷科鱼类大致分为30多个属,而我国的鲷科鱼大致分为6～8个属,其属间和种间的系统分类关系混乱.虽然在形态学水平上做了不少工作,但有关其分类和系统仍存在较多争议.因此,从DNA水平上提供新的证据,对于澄清鲷科鱼类的分类和系统中存在的问题是十分必要的.
【总页数】4页(P14-17)
【作者】江世贵;刘红艳
【作者单位】中国水产科学研究院南海水产研究所,广州,510030;中国水产科学研究院南海水产研究所,广州,510030
【正文语种】中文
【中图分类】S9
【相关文献】
1.基于线粒体细胞色素b基因序列的骨舌鱼科鱼类分子系统发育的研究 [J], 牟希东;王培欣;胡隐昌;汪学杰;宋红梅;李小慧;罗建仁
2.基于线粒体细胞色素b基因序列的蜻亚科部分种类分子系统学研究(蜻蜓目:蜻科)
[J], 张大治;杨贵军;郑哲民
3.笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析 [J], 刘楚吾;徐田军;刘丽;郭昱嵩;董秋芬
4.舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cyt b基因全序列克隆分析 [J], 徐田军;王日昕;王健鑫
5.4种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列及分子系统学分析 [J], 江世贵;刘红艳;苏天凤;龚世园
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基于mtDNA COⅠ和Cytb基因序列对南中国海不同海域波纹唇鱼群体遗传多样性的研究胡静;侯新远;尹绍武;祝斐;贾一何;王小军【期刊名称】《水生生物学报》【年(卷),期】2014(000)006【摘要】研究以海南陵水、马来西亚、西沙、南沙4个海域共101尾波纹唇鱼作为研究对象,通过线粒体DNA的COⅠ和 Cytb基因序列分析方法对波纹唇鱼进行了遗传多样性研究。

经 PCR扩增、克隆与序列测定,分别获得1560 bp COⅠ基因和1141 bp Cytb基因序列。

两者多态性遗传参数统计显示,101尾个体分别存在23(COⅠ)和30(Cytb)个变异位点,分别检测出20(COⅠ)和27(Cytb)个单倍型,总群体单倍型多样性(Hd)分别为0.629(COⅠ)和0.755(Cytb),平均核苷酸差异数(K)分别为1.195(COⅠ)和1.424(Cytb),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.00077(COⅠ)和0.00126(Cytb)。

分子方差分析(AMOVA)结果分别为26.26%(COⅠ)和4.22%(Cytb)的变异来自群体间,73.74%(COⅠ)和95.78%(Cytb)的变异来自群体内。

同时,两个基因的单倍型网络图呈星状放射结构,不同地理来源的单倍型无明显分支,呈交错分布,没有体现地理差异性。

研究初步认为,波纹唇鱼的遗传多样性处于较低水平,遗传分化存在但不显著,该结果可为今后波纹唇鱼的种质资源保护工作提供必要的科学依据。

【总页数】9页(P1008-1016)【作者】胡静;侯新远;尹绍武;祝斐;贾一何;王小军【作者单位】南京师范大学生命科学学院，南京 210023; 中国水产科学院南海水产研究所热带水产研究中心，三亚 572018;南京师范大学生命科学学院，南京210023;南京师范大学生命科学学院，南京 210023;南京师范大学生命科学学院，南京 210023;南京师范大学生命科学学院，南京 210023;南京师范大学生命科学学院，南京 210023【正文语种】中文【中图分类】Q346+.5【相关文献】1.基于mtDNA控制区的波纹唇鱼的4个不同地理群体的遗传多样性 [J], 李雨欣;王秀英;张国庆2.基于mtDNA ND1基因序列研究不同地理群体波纹唇鱼的遗传多样性和遗传分化 [J], 胡静;侯新远;尹绍武;祝斐;贾一何;胡亚丽3.基于Cytb基因序列的南海北部蓝圆鲹群体遗传多样性研究 [J], 牛素芳;吴仁协;张丽艳;张浩冉;梁锐;李忠炉4.基于mtDNA Cytb序列分析齐口裂腹鱼群体遗传多样性 [J], 张争世;胡冰洁;叶祥益;刘桂嘉;郑曙明;叶华5.基于mtDNA Cytb基因序列的我国北方地区甜菜夜蛾遗传多样性与种群历史分析 [J], 王兴亚;周俐宏因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

淡水渔业& 2018, 48(3): 13 -18 Freshwater Fisheries 2018年5月May.2018基于线粒体和基因序列的6种锦鲤Koi)遗传多样性分析李梦荣，田雪，庞小磊，王良炎，胡菊，董传举，李学军，王团记(河南师范大学水产学院，河南新乡453007)摘要：实验利用线粒体C O/基因和基因的片段序列分析比较了黑锦鲤（C y)+Karasugoi Koi)、三色锦魅（C.T a i s l i o Sansliobu Koi)、红白锦魅（C.K o h a b u Koi)、黄金锦鲤（C.K i g o i Koi)、全白锦鲤(C. Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤（C. Higoi Koi)6个锦鲤（C y)+Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。

结果显示：基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。

6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。

群体间遗传分化系数F t、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异，黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异，其余品系间差异显著。

根据C O/和C$&基因单倍型构建的品系间4系统进化树得到相同结果，黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近，聚为一支。

三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近，聚为一支。

全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远，单独形成一个分支。

关键词：锦鲤（C y)+—r p) Koi); C0/基因；C$&基因；遗传多样性；体色中图分类号：6917.4 文献标识码：A 文章编号：1000Y907-!2018)03-0013-06Genetic diversity of six species of Koi basedon mitochondrial and gene sequencesLI Meng-rong，T I^V N Xue，PANG Xiao-lei，WANG Liang-yan，HU Ju，DONG Chuan-ju，LI Xue-jun，WANG Tuan-ji(College o f Fisheries，Henan Normal University，Xinxiang 453007，Henan，China)Abstract ：The genetic diversity and phylogenetic relationships of six varieties of C C. carpio Karasugoi Koi，C. carpio Taishio Sanshobu Koi，C. carpii Kohabu Koi，C. carpii Kigoi Koi，C. carpii PlatinumOgon Koi，and C. carpio Higoi Koi，were analyzed by mitochondrial CO/gene and C yt% gene sequences in this study. Theresults showed that the haplotype numbers were 7 and 6，respectively. The results of g that 6varieties had h igh haplotype diversity index and lownucleotide diversity index. The results of genetic differentiation coefficient (Fst)，genetic distance and AMOVA analysis showed that genetic distance bet^veen each 2 varieties was higherthan that withiin varieties. C. carpio Karasugoi Koi and C. carpii Kigoi Koi， C. carpii Kohabu Ko shobu Koi did not had significant genetic differences between the two species，and there were s the other cultivars. The NJ phylogenetic tree of CO/ and Cp& gene haplotypes demonstrated the same results，the relation­ship bet^veen C. carpio Karasugoi Koi and C. carpio Higoi Koi were close and divided into a group，C. carpii Taishio 6an-shobu Koi，C. carpio Kohabu Koi，C. carpio Kigoi Koi shared the same group，the C. carpii Platinum Ogon Koi was far a­way from other strains.Key words ：Cyprinus carpio Koi ；CO/gene ；Cytt gene ；genetic diversity ；bodycolor锦鲤（Cppnus car'o Koi)属于鲤形目（Cyprini-formes)鲤科（Cyprinidae)鲤属（Cyprinu)。

4种鲷科鱼种内细胞色素b基因序列的保守性刘红艳;苏天凤;周发林;吕俊霖;江世贵【期刊名称】《广东海洋大学学报》【年(卷),期】2003(023)001【摘要】对真鲷(Pagrosomus major)、黄鳍鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalus)和平鲷(Rhabdosargus sarba )的线粒体DNA细胞色素b 405 bp序列进行测定.结果发现,4种鲷科鱼种内碱基的变异较低,真鲷为0.25%,黄鳍鲷为0.74%,黑鲷和平鲷均为0;真鲷有4种单倍型,黄鳍鲷有2种单倍型,黑鲷和平鲷分别为1种单倍型,且单倍型间变异位点很少,真鲷有3个变异位点,黄鳍鲷仅有1个变异位点,而黑鲷和平鲷无变异位点.结果表明,细胞色素b基因在这4种鲷科鱼种内是相当保守的.【总页数】5页(P8-12)【作者】刘红艳;苏天凤;周发林;吕俊霖;江世贵【作者单位】中国水产科学研究院南海水产研究所,广东,广州,510030;华中农业大学水产学院,湖北,武汉,430070;华中农业大学水产学院,湖北,武汉,430070;华中农业大学水产学院,湖北,武汉,430070;华中农业大学水产学院,湖北,武汉,430070;华中农业大学水产学院,湖北,武汉,430070【正文语种】中文【中图分类】Q959.483.3【相关文献】1.基于线粒体细胞色素b基因序列的骨舌鱼科鱼类分子系统发育的研究 [J], 牟希东;王培欣;胡隐昌;汪学杰;宋红梅;李小慧;罗建仁2.二长棘犁齿鲷线粒体细胞色素b基因序列和分子系统发育分析 [J], 张殿昌;邵燕卿;苏天凤;江世贵3.4种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列及分子系统学分析 [J], 江世贵;刘红艳;苏天凤;龚世园4.几种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列比较及分子系统学的分析 [J], 江世贵;刘红艳5.南方鲇细胞色素b基因序列的保守性 [J], 王庆容;喻晓丹因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

第53卷 第6期 2023年6月中国海洋大学学报P E R I O D I C A LO FO C E A N U N I V E R S I T YO FC H I N A53(6):050~058J u n e ,2023基于线粒体D N A 控制区序列的黑鲷亲鱼㊁放流及海捕群体遗传多样性比较分析❋杨艳艳1,史赟荣2,张 虎3,潘 玉1,祖凯伟3,高天翔4,宋 娜1❋❋(1.中国海洋大学水产学院,山东青岛266003;2.中国水产科学研究院东海水产研究所,上海200090;3.江苏省海洋水产研究所,江苏南通226007;4.浙江海洋大学水产学院,浙江舟山316022)摘 要: 为了解黑鲷(A c a n t h o p a y r u s s c h l e g e l i i )种质资源现状以及放流群体可能对野生群体产生的遗传学影响,本研究采用线粒体D N A 控制区序列对采自舟山㊁莱州和南通的黑鲷亲鱼㊁放流群体和海捕群体进行了遗传学比较研究㊂研究显示:764尾黑鲷个体共检测到69个单倍型,其中亲鱼群体与放流群体的共享单倍型为5个㊁亲鱼群体与海捕群体的共享单倍型为6个,放流群体与海捕群体的共享单倍型为27个㊂亲鱼群体㊁放流群体和海捕群体的单倍型多样度分别为0.849,0.786~0.935和0.850~0.951,核苷酸多样度分别为0.011,0.005~0.009和0.008~0.009㊂群体间遗传分化指数F S T 显示,黑鲷亲鱼群体与放流群体㊁放流群体间以及放流群体与海捕群体均产生中等程度的遗传分化㊂研究结果表明,黑鲷亲鱼群体㊁放流群体以及海捕群体的遗传多样性均较高,说明放流群体的种质资源良好,但黑鲷苗种与海捕群体间存在较大的遗传分化,仍需开展其遗传多样性监测工作,以保护黑鲷的优质种质资源㊂关键词: 黑鲷;遗传多样性;增殖放流;线粒体D N A 控制区;种质资源中图法分类号: S 93 文献标志码: A 文章编号: 1672-5174(2023)06-050-09D O I : 10.16441/j .c n k i .h d x b .20220208引用格式: 杨艳艳,史赟荣,张虎,等.基于线粒体D N A 控制区序列的黑鲷亲鱼㊁放流及海捕群体遗传多样性比较分析[J ].中国海洋大学学报(自然科学版),2023,53(6):50-58.Y a n g Y a n y a n ,S h i Y u n r o n g ,Z h a n g H u ,e t a l .C o m p a r a t i v e a n a l y s e s o f g e n e t i c d i v e r s i t y o f b r o o d s t o c k ,h a t c h e r y-r e l e a s e d a n d c a p t u r e d p o p u l a t i o n s o f A c a n t h o p a g r u s s c h l e ge l i i b a s e d o n t h em i t o c h o n d r i a l D N Ac o n t r o l r e g i o n s e q u e n c e [J ].P e r i o d i -c a l o fO c e a nU n i v e r s i t y of C h i n a ,2023,53(6):50-58. ❋ 基金项目:国家重点研究发展计划项目(2019Y F D 0901304);浙江省重点研究发展计划项目(2021C 2047)资助S u p p o r t e d b y t h eN a t i o n a l K e y R e s e a r c h a n dD e v e l o p m e n t P r o g r a mo f C h i n a (2019Y F D 0901304);t h eK e y R e s e a r c h a n dD e v e l o pm e n t o f Z h e j i a n g Pr o v i n c e (2021C 2047)收稿日期:2022-04-09;修订日期:2022-06-01作者简介:杨艳艳(1997 ),女,硕士生㊂E -m a i l :442851502@q q.c o m ❋❋ 通讯作者:E -m a i l :s o n gn a 624@163.c o m 黑鲷(A c a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i )隶属鲈形目(P e r -c o i f o r m e s )鲷科(S p a r i d a e )棘鲷属(A c a n t h o p a gr u s ),亦称黑棘鲷[1],俗称黑加吉㊁海鲋等,广泛分布于日本㊁朝鲜及中国沿海地区[2]㊂黑鲷环境适应性强,生长迅速,且不作长距离洄游,是中国重要的增养殖种类[2]㊂由于过度捕捞㊁生态环境变化等原因,黑鲷自然群体资源量下降[3],其增殖放流活动逐步得到应用与推广㊂江苏省海洋水产研究所于1986年开展黑鲷人工增殖放流活动,截至1992年,共放流三次黑鲷幼鱼,数量达54.1万尾[4-5]㊂2018 2020年,在山东省海阳市的增殖放流工作中,共放流黑鲷658.28万尾[6]㊂我国每年的全国 放鱼日 会放流各种水生生物苗种,其中就包括大量的黑鲷放流[7-8]㊂海洋生物增殖放流活动所产生的遗传学影响一直以来备受关注㊂H a m a s a k i 等[9]对鹿儿岛湾(K a go s h i -m aB a y)湾内海域㊁湾外海域以及其他海域的真鲷(P a g r u sm a j o r )群体进行遗传学分析,结果显示湾内野生群体的遗传多样性低于湾外野生群体,推测是长期的增殖放流活动产生的影响㊂G o n z a l e z 等[10]利用微卫星D N A 标记对日本广岛湾(H i r o s h i m aB a y )放流的黑鲷幼鱼以及回捕群体进行了遗传多样性监测,结果发现野生群体和孵化场鱼苗之间有很高的遗传相似性㊂S h a n 等[11]利用线粒体D N A 控制区序列对珠江口流域的亲鱼㊁放流苗种㊁回捕群体等进行遗传多样性分析,结果发现与野生种群相比,亲鱼和放流苗种的遗传多样性指数较低,珠江口流域黑鲷群体的遗传多样性也低于其他海区㊂育苗场在繁育过程中使用亲鱼数量较少的局限性以及亲鱼或放流个体来自其他地区,都可能对野生群体造成遗传学影响㊂因此,放流群体和海捕群体的遗传多样性监测工作对了解种质资源现状Copyright ©博看网. All Rights Reserved.6期杨艳艳,等:基于线粒体D N A控制区序列的黑鲷亲鱼㊁放流及海捕群体遗传多样性比较分析以及研究增殖放流活动对野生群体产生的遗传学影响有重大意义㊂线粒体D N A具有遵循母系遗传且不易发生基因重组的特点,线粒体D N A控制区序列与其他编码区相比,突变比率较高,目前已被广泛应用于海洋鱼类的群体遗传多样性研究中[12-14]㊂例如,赵祥等[15]利用线粒体D N A控制区对黄姑鱼(N i b e a a l b i f l o r a)的养殖群体与野生群体进行比较研究,发现黄姑鱼养殖群体遗传多样性显著偏低㊂I g u c h i等[16]利用线粒体D N A控制区对日本香鱼(P l e c o g l o s s u s a l t i v e l i s)野生群体和放流群体进行研究,结果显示放流群体的遗传多样性低于野生群体,为保护野生群体的遗传多样性,作者建议放流群体的遗传多样性应尽可能与野生群体保持一致㊂目前我国黑鲷放流工作正在大规模开展,但尚未见到监测舟山㊁莱州和南通地区的黑鲷放流群体对野生群体影响的研究㊂因此,本研究基于线粒体D N A控制区序列对采自舟山㊁莱州和南通的黑鲷亲鱼㊁放流苗种及海捕群体进行遗传多样性分析,旨在了解我国近海黑鲷的种质资源现状,评估增殖放流活动可能会对野生群体产生的遗传学影响,为后续的增殖放流活动提供参考㊂1材料与方法1.1样品采集本研究所用舟山亲鱼群体样品采自册子岛育苗场,亲鱼均为舟山近海捕捞,莱州和南通放流群体分别来自莱州顺昌水产有限公司(亲本来自莱州近海)㊁江苏省海洋水产研究所如东养殖基地(亲本来自如东近海),舟山育苗场鱼苗来自册子岛育苗场,舟山放流场鱼苗来自册子岛育苗场以及西轩岛基地㊂样品采集时间均与放流时间相近㊂海捕群体分别来自莱州近海㊁南通近海和舟山近海㊂放流群体放流地点与海捕群体采集地点相近,实验样品共764尾,具体样品采集信息见表1㊂所有样品经形态学鉴定㊁测量后剪取背部肌肉置于冻存管中,加入无水乙醇固定并于-20ħ中保存备用㊂表1本研究中所用的黑鲷样品信息T a b l e1 T h e s a m p l i n g i n f o r m a t i o n o f A c a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i i n t h i s s t u d y采样时间S a m p l i n g t i m e样品S a m p l e数量N u m b e r s体长B o d y l e n g t h/c m范围R a n g e平均值A v e r a g e体质量B o d y w e i g h t/g范围R a n g e平均值A v e r a g e2020年10 11月南通海捕(N T B)269.4~35.718.624.7~1394.5283.9 2020年7月南通鱼苗(N T M)2012.1~5.93.40.2~6.61.4 2020-11-13莱州海捕(L Z B)21612.4~17.414.751.1~134.386.8 2020-07-01莱州鱼苗(L Z M)721.7~3.12.30.1~0.90.3 2020年10月 2021年2月舟山海捕(Z S B)6610.2~18.114.232.3~176.883.4 2020-06-21舟山亲鱼(Z S Q)2226.8~31.828.9559.1~1074.3796.9 2020-06-21舟山育苗场鱼苗(Z S1)812.6~7.34.30.5~12.62.9 2020-06-21舟山放流场鱼苗(Z S2)802.8~6.84.10.5~7.82.1注:舟山育苗场鱼苗全部来自册子岛育苗场,舟山放流场鱼苗部分来自册子岛育苗场,部分来自西轩岛基地㊂T h e l a r v a o f Z h o u s h a nn u r s e r y w e r e a l l f r o mC e z i i s l a n d n u r s e r y,a n d t h e l a r v a o f Z h o u s h a n r e l e a s e s i t e s o m e c o m e f r o mC e z i i s l a n d n u r s e r y a n d s o m e f r o mX i x u a n i s l a n d b a s e.1.2D N A提取及序列扩增将黑鲷的肌肉组织经蛋白酶k消化后采用标准酚-氯仿方法提取样品D N A[17],根据黑鲷线粒体D N A全基因组序列(N C B I登录号:N C_018553.1),使用P r i m e r P r e m i e r6软件[18]设计引物序列并进行线粒体D N A控制区高变区序列的扩增㊂正反引物序列分别为:h d d-F:5 -A C C C T T A C T A T C A A C T C C C A A A-3 ;h d d-R:5 -A T C G C C A C C A T T A A C T T A T G C-3 ,P C R 体系共25μL,1.1ˑT3S u p e rP C R M i x22μL,正㊁反向引物及模板D N A各1μL㊂P C R反应条件参照S h a n 等[11],退火温度改为58ħ㊂P C R扩增产物经1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测后送至北京擎科生物科技有限公司青岛分公司进行双向测序㊂1.3数据分析测序所得序列均利用D N AS t a r(D N AS t a r,I n c. M a d i s o n,U S A)软件包进行比对㊁人工校正,利用A r-l e q u i n软件[19]对黑鲷样品进行遗传多样性参数分析,如单倍型数目㊁多态位点数目㊁单倍型多样度㊁核苷酸多样度等㊂同时利用A r l e q u i n软件计算两两群体间的遗传分化指数F S T并进行A M O V A分析㊂15Copyright©博看网. All Rights Reserved.中国海洋大学学报2023年2结果对本研究中764尾黑鲷样品序列进行比对㊁处理,获得403b p的控制区序列用于遗传学分析㊂这些序列的A㊁T㊁C㊁G碱基的平均含量为39.39%㊁30.46%㊁19.90%和10.25%㊂A+T含量(69.85%)显著高于C+G含量(30.15%),显示出明显的碱基组成偏倚㊂8个群体共检测到54个多态位点,定义了69个单倍型,亲鱼群体㊁放流群体和海捕群体的单倍型分别为7个㊁46个和49个,其中亲鱼群体与放流群体㊁海捕群体的共享单倍型分别为5个和6个,放流群体与海捕群体的共享单倍型为27个(见表2)㊂在本研究中,海捕群体的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.850~ 0.951㊁0.008~0.009,其中南通海捕群体遗传多样性最高㊂亲鱼群体的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.849和0.011,放流群体的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.786~0.935和0.005~0.009,其中舟山放流场的放流群体遗传多样最高(见表3)㊂整体上黑鲷亲鱼群体㊁放流群体以及海捕群体的遗传多样性均较高,海捕群体的遗传多样性高于放流群体的遗传多样性㊂表2黑鲷各群体单倍型数目统计表T a b l e2S t a t i s t i c s o f h a p l o t y p e s i n e a c h p o p u l a t i o n o f A c a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i单倍型H a p l o t y p e群体P o p u l a t i o nN T B N Y M L Z B L Z M Z S B Z S Q Z S1Z S2总计T o t a lH a p134030941134104 H a p20810003012 H a p345174311561612209 H a p41370200013 H a p514210013425 H a p64460250425 H a p7010000001 H a p8030100004 H a p91132101110 H a p10011100014 H a p11030000003 H a p1203500000035 H a p130142105029069 H a p14010000001 H a p150******** H a p16010000001 H a p171660300016 H a p180610103011 H a p191780340831 H a p20011000305 H a p210350200212 H a p22041000005 H a p23223811001238 H a p24014000005 H a p25100220049 H a p26100020025 H a p27100000001 H a p28101110059 H a p29100000001 H a p301032020210 H a p31100000012 H a p32100000001 H a p33006010007 H a p34002000002 H a p35001000001 H a p36001000001 25Copyright©博看网. All Rights Reserved.6期杨艳艳,等:基于线粒体D N A控制区序列的黑鲷亲鱼㊁放流及海捕群体遗传多样性比较分析续表2单倍型H a p l o t y p e群体P o p u l a t i o nN T B N Y M L Z B L Z M Z S B Z S Q Z S1Z S2总计T o t a lH a p37002010003 H a p38004200006 H a p39002000002 H a p40001000001 H a p41001000001 H a p42003000003 H a p43002010003 H a p44002000002 H a p45001000001 H a p46001110014 H a p47001000001 H a p480015200412 H a p49001020014 H a p50003000003 H a p51001000001 H a p52000100001 H a p53000300003 H a p54000100001 H a p55000100001 H a p56000003003 H a p57000011002 H a p58000010001 H a p59000010001 H a p60000010001 H a p61000000011 H a p62000000011 H a p63000000022 H a p64000000011 H a p65000000033 H a p66000000011 H a p67000000011 H a p68000000011 H a p69000000011表3黑鲷群体遗传多样性指数T a b l e3 G e n e t i c d i v e r s i t y i n d e x o f A c a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i p o p u l a t i o n s群体P o p u l a t i o n单倍型数目H a p l o t y p e n u m b e r s多态位点数目N u m b e r o fp o l y m o r p h i c s i t e s单倍型多样度H a p l o t y p e d i v e r s i t y核苷酸多样度N u c l e o t i d e d i v e r s i t y两两序列比较的平均碱基差异数M e a n n u m b e r o fp a i r w i s e d i f f e r e n c e sN T B17220.951ʃ0.0250.009ʃ0.0053.692ʃ1.928 L Z B39370.850ʃ0.0200.008ʃ0.0053.277ʃ1.694 Z S B24270.912ʃ0.0220.009ʃ0.0053.554ʃ1.830 Z S Q7140.849ʃ0.0400.011ʃ0.0064.256ʃ2.193 N T M24210.858ʃ0.0130.008ʃ0.0043.094ʃ1.614 L Z M17220.786ʃ0.0440.005ʃ0.0032.014ʃ1.147 Z S18120.787ʃ0.0260.009ʃ0.0053.654ʃ1.870 Z S226390.935ʃ0.0130.009ʃ0.0053.828ʃ1.94635Copyright©博看网. All Rights Reserved.中 国 海 洋 大 学 学 报2023年基于黑鲷线粒体D N A 控制区序列构建的单倍型网络图表明黑鲷群体不存在明显的谱系结构(见图1)㊂群体间遗传分化指数F S T 值显示(见图2),黑鲷亲鱼群体与放流群体㊁放流群体间以及放流群体与海捕群体间均产生中等程度的遗传分化㊂根据黑鲷群体来源,将黑鲷群体分为几个基因池进行A M O V A 分析(见表4),将8个群体作为一个基因池进行分析,结果显示群体内变异比例为93.76%,将黑鲷群体分为2个基因池(亲鱼群体和海捕群体为一个基因池,放流群体为一个基因池),结果显示群体内变异百分比为94.45%,按来源将黑鲷群体分为3个基因池(亲鱼群体㊁海捕群体和放流群体各为一个基因池),群体内变异百分比为94.39%,按地理区域将黑鲷群体分为3个基因池,群体内变异百分比为94.09%㊂综合以上结果,黑鲷群体的遗传变异主要来源于群体内㊂(连接单倍型的线上的垂直刻度线表示核苷酸替代的数量,圆圈的大小与单倍型频率成正比㊂T h e p e r p e n d i c u l a r t i c km a r k s o n t h e l i n e s j o i n i n g h a pl o -t y p e s r e p r e s e n t t h e n u m b e r o f n u c l e o t i d e s u b s t i t u t i o n s ,a n d t h e s i z e s o f c i r c l e sw e r e p r o p o r t i o n a l t o h a p l o t y p e s f r e q u e n c y.)图1 黑鲷群体的单倍型网络图F i g .1 H a p l o t y p e n e t w o r k d i a g r a mo f A c a n t h o p a g r u s s c h l e ge l ii 图2 黑鲷群体间的遗传分化指数F S T 值F i g .2G e n e t i c d i f f e r e n t i a t i o n F S T a m o n gp o p u l a t i o n s o f A c a n t h o p a g r u s s c h l e ge l i i 3 讨论遗传变异水平高的物种会呈现出高的遗传多样性[20]㊂物种的遗传多样性越高,其进化潜力及环境适应性更强,越有利于保护物种多样性和生态系统的多样性,而遗传的均一性可能影响群体或物种的生存,应充分重视物种的群体遗传结构和遗传多样性的研究[21]㊂在以往的研究中,大多是基于黑鲷野生群体的遗传多样性研究或养殖群体与野生群体的比较研究,而监测放流苗种对黑鲷野生种群影响的研究较少[11]㊂A n 等[22]利用6个微卫星位点对韩国济州岛的黑鲷养殖与野生群体进行遗传多样性分析,结果发现养殖群体有大量稀有等位基因丢失,且养殖与野生群体间存在显著的遗传异质性㊂J e o n g 等[23]采用微卫星技术对日韩海域6个黑鲷野生群体㊁1个养殖群体以及1个回45Copyright ©博看网. All Rights Reserved.6期杨艳艳,等:基于线粒体D N A控制区序列的黑鲷亲鱼㊁放流及海捕群体遗传多样性比较分析表4黑鲷群体的A M O V A分析T a b l e4 A M O V Ao f A c a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i p o p u l a t i o n s变异来源S o u r c e o f v a r i a t i o n变异组分V a r i a n c e c o m p o n e n t s变异百分比P e r c e n t a g e v a r i a t i o n/%一个基因池O n e g e n e p o o l(N T B,N T M,L Z B,L Z M,Z S Q,Z S B,Z S1,Z S2)群体间A m o n g p o p u l a t i o n s0.11V a6.24群体内W i t h i n p o p u l a t i o n s1.64V b93.76两个基因池T w o g e n e p o o l(N T B,L Z B,Z S Q,Z S B)(N T M,L Z M,Z S1,Z S2)组群间A m o n g g r o u p s-0.03V a-1.86组内群体间A m o n g p o p u l a t i o n sw i t h i n g r o u p s0.13V b7.41群体内W i t h i n p o p u l a t i o n s1.64V c94.45三个基因池T h r e e g e n e p o o l(Z S Q)(L Z M,N T M,Z S1,Z S2)(N T B,L Z B,Z S B)组群间A m o n g g r o u p s-0.03V a-1.84组内群体间A m o n g p o p u l a t i o n sw i t h i n g r o u p s0.13V b7.45群体内W i t h i n p o p u l a t i o n s1.64V c94.39三个基因池T h r e e g e n e p o o l(L Z M,L Z B)(Z S1,Z S2,Z S Q,Z S B)(N T B,N T M)组群间A m o n g g r o u p s-0.03V a-1.94组内群体间A m o n g p o p u l a t i o n sw i t h i n g r o u p s0.14V b7.85群体内W i t h i n p o p u l a t i o n s1.64V c94.09捕群体进行了遗传多样性及遗传结构分析,结果显示8个黑鲷群体的遗传多样性水平均较高,回捕群体并未受到增殖放流活动的影响㊂在本研究中,海捕群体的单倍型多样度高于亲鱼群体的单倍型多样度,同时也高于除舟山放流场鱼苗以外的其他放流鱼苗的单倍型多样度㊂结合J e o n g等[23]研究,本研究中黑鲷增殖放流活动或许尚未对海捕群体造成明显的遗传学影响㊂W a n g等[24]在许氏平鲉(S e b a s t e s s c h l e g e l i i)的增殖放流活动研究中也发现类似的现象,结果表明,与野生种群相比,放流种群的遗传多样性没有明显降低,回捕群体的遗传多样性指数在短期内也没有明显变化,推测短期内的增殖放流活动不会对野生种群的遗传多样性造成影响㊂此外,本研究中的舟山放流场鱼苗来自两个不同的育苗场,亲本数量多且杂,所以相比较于其他放流苗种,遗传多样性较高㊂赵林林[25]对黑鲷养殖群体与野生群体的遗传多样性比较分析中也出现过养殖群体的遗传多样性指数(h:0.9127,π:0.0109)高于某些野生群体的遗传多样性指数(h:0.8000~0.9746,π:0.0072~0.0136)的情况,推测是亲本来源复杂导致的㊂大多数育苗场在进行育苗时未对亲本的数量及来源给予关注,导致苗种具有较低的遗传多样性[26]㊂且若亲本与野生群体的遗传多样性差异显著,那么苗种与野生群体的遗传差异会增大[27],一般表现为苗种的遗传多样性较低[28]㊂将育苗场孵化的苗种放流到自然海域中,有利于黑鲷的自然繁殖,使自然海区黑鲷资源量有所提升[4],但同时可能会干扰当地的基因库,对野生群体造成负面影响,例如等位基因或单倍型的损失等[29]㊂如S h a n等[11]的研究结果显示开展黑鲷增殖放流活动的珠江口流域的黑鲷回捕群体的遗传多样性低于其他海域的黑鲷野生群体㊂群体间遗传分化指数F S T显示,黑鲷放流群体间㊁放流群体与亲鱼群体间以及放流群体与海捕群体间均产生显著的遗传分化㊂赵爽等[30]对我国黑鲷北方海域2个群体和南方海域3个群体的比较分析中发现北方海域群体之间㊁南方海域群体之间没有显著的遗传分化,但南北方群体之间存在中等程度的遗传分化,建议将中国近海黑鲷作为两个管理单元㊂Y a m a s h i t a等[31]利用线粒体D N A控制区序列发现中国部分野生群体55Copyright©博看网. All Rights Reserved.中国海洋大学学报2023年之间也存在南北方遗传分化现象,但日本近海的黑鲷野生群体间遗传分化较小㊂本研究中3个海捕群体同属于北方群体,群体间遗传分化较小,与这些研究结果一致㊂此外,我们发现放流群体与海捕群体的遗传分化较大,这可能是由于养殖场在繁育过程中使用较少的亲体导致的㊂W a n g等[32]在对鞍带石斑鱼(E p i-n e p h e l u s l a n c e o l a t u s)养殖群体与野生群体的比较分析中也发现了类似现象㊂当与本地群体遗传差异较大的苗种被放入到自然海域中时,可能会造成本地群体的特有基因丧失[33]㊂同时,黑鲷南北方群体间的遗传分化提示我们在进行增殖放流时应选择当地的苗种,以免外来苗种与当地自然海域的野生群体遗传分化过大而产生负面影响㊂4结语本研究中的黑鲷亲鱼群体㊁放流群体以及海捕群体遗传多样性均较高,但放流群体和海捕群体间存在较大的遗传分化㊂在今后的增殖放流活动中,应注意亲本群体的数量及来源,尽可能选择遗传多样性与野生群体相近的亲本群体,缩小放流苗种与野生群体间的遗传差距,减小放流群体对野生群体可能造成的遗传学影响,保护黑鲷种质资源,实现资源可持续利用㊂参考文献:[1]伍汉霖,邵广昭,赖春福,等.拉汉世界鱼类系统名典[M].青岛:中国海洋大学出版社,2017:238.W uHL,S h a oGZ,L a iCF,e t a l.L a t i n-C h i n e s eD i c t i o n a r y o fF i s hN a m e s b y C l a s s i f i c a t i o nS y s t e m[M].Q i n g d a o:C h i n aO c e a nU n i v e r s i t y P r e s s,2017:238.[2]朱德芬.黑鲷人工养殖技术讲座 第一讲黑鲷生物学特性及增养殖概况[J].水产养殖,1996(1):30-32.Z h uD F.L e c t u r eo na r t i f i c i a lc u l t u r et e c h n o l o g y o fb l a c ks e ab r e a m L ec t u r e1 b i o l o g i c a lc h a r a c t e r i s t i c sa n da q u a c u l t u r eo fb l ac k s e a b r e a m[J].J o u r n a l o fA q u a c u l t u r e,1996(1):30-32.[3] L a wCS W,S a d o v y d eM Y.R e p r o d u c t i v eb i o l o g y o f b l a c ks e a-b r e a m Ac a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i,t h r e ad f i n p o r g y E v y n n i s c a r d i-n a l i s a n d r e d p a r g o P a g r u sm a j o r i n t h e n o r t h e r n S o u t hC h i n a S e aw i t h c o n s i d e r a t i o no f f i s h e r y s t a t u sa n d m a n a g e m e n tn e e d s[J].J o u r n a l o f F i s hB i o l o g y,2017,91(1):101-125.[4]仲霞铭,倪金弟,汤建华,等.黑鲷全人工繁育及其增殖放流[J].水产养殖,1998(5):28-29.Z h o n g X M,N i JD,T a n g JH,e t a l.F u l l a r t i f i c i a l b r e e d i n g a n d p r o l i f e r a t i o n a n d r e l e a s e o f b l a c k s e a b r e a m[J].J o u r n a l o f A q u a c u l-t u r e,1998(5):28-29.[5]时金荣,沈毓秀.江苏南部沿海黑鲷的增殖放流[J].海洋渔业,1994(4):168.S h i JR,S h e nYX.P r o l i f e r a t i o n a n d r e l e a s e o f b l a c k s e a b r e a mi n t h e s o u t hc o a s to fJ i a n g s uP r o v i n c e[J].M a r i n eF i s h e r i e s,1994(4):168.[6]郑亮,杨振宇,崔敬,等.山东省海阳市渔业资源增殖放流概况[J].渔业研究,2021,43(3):322-329.Z h e n g L,Y a n g ZY,C u i J,e t a l.A g e n e r a l s i t u a t i o n o f f i s h e r y r e-s o u r c e s e n h a n c e m e n t i n H a i y a n g C i t y o fS h a n d o n g P r o v i n c e[J]. 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6种笛鲷属鱼类线粒体16SrRNA基因片段的序列比较周发林;江世贵;苏天凤;吕俊霖【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2004(011)002【摘要】对笛鲷属(Lutjanus)的紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)、白星笛鲷(Lutjanus stellatus)、千年笛鲷(Lutjanus sebae)、勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)、红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)线粒体DNA 16S rRNA 基因片段进行了PCR 扩增和测序,得到长度约418 bp的序列.结合GenBank中斜带笛鲷(Lutjanus decussatus)该区段的16S rRNA序列,用Clustal_X排序软件进行16S rRNA序列的对位排列.通过Mega 2.1软件对所得线粒体16S rRNA片段序列进行比较,共检测53个碱基存在变异,其中包括21个简约信息位点,并用"Pairwise distance"计算了各属间的相对遗传距离,结果表明,其序列差异(转换+颠换)在0.027～0.083,其中勒氏笛鲷与斜带笛鲷的序列差异最小, 红鳍笛鲷与勒氏笛鲷的序列差异最大.以高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外类群,采用Mega 2.1软件中的"Neighbore-Joining"法得到唯一1个分子系统树,系统树各分支的置信度由"Bootstrap"1000 循环检验.结果表明,6种笛鲷鱼类聚成明显的3个分支,第1个分支,包括勒氏笛鲷、斜带笛鲷和白星笛鲷;第2个分支,包括紫红笛鲷;第3个分支,包括红鳍笛鲷和千年笛鲷.【总页数】5页(P99-103)【作者】周发林;江世贵;苏天凤;吕俊霖【作者单位】中国水产科学研究院,南海水产研究所,广东,广州,510300;中国水产科学研究院,南海水产研究所,广东,广州,510300;中国水产科学研究院,南海水产研究所,广东,广州,510300;中国水产科学研究院,南海水产研究所,广东,广州,510300【正文语种】中文【中图分类】Q959.483【相关文献】1.6种笛鲷属鱼类Cyt b基因片段序列的比较 [J], 周发林;江世贵;苏天凤;吕俊霖2.紫红笛鲷线粒体全序列与笛鲷属鱼类分化年代的贝叶斯分析 [J], 廖杰;王中铎;郭昱嵩;刘楚吾3.笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析 [J], 刘楚吾;徐田军;刘丽;郭昱嵩;董秋芬4.笛鲷属线粒体基因组编码序列的系统进化分析能力评估 [J], 王中铎;谭围;郭昱嵩;刘丽;刘楚吾;刘筠5.两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较 [J], 张凤英;马凌波;施兆鸿;夏连军;马春艳因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。