基于线粒体CO+Ⅱ和Cytb基因序列的8种漠甲系统发育关系

1909年,Boulenger [1]发现棕黑腹链蛇(Am-phiesma sauteri )。

1962年,Malnate [2]厘定了棕黑腹DOI:10.16605/ki.1007-7847.2023.07.0177湖南省爬行动物新纪录———华西腹链蛇及其系统发育分析收稿日期:2023-07-21;修回日期:2023-10-01;网络首发日期:2024-01-22基金项目:湖南高望界国家级自然保护区陆生脊椎动物调查与小灵猫种群监测与研究(GWJ202301);湖南省古丈县域生物多样性调查与研究(GZ202201)作者简介:黄杰(2001—),男,湖南邵阳人,学生,E-mail:*****************;*通信作者:吴涛(1992—),男,苗族,湖南湘西土家族苗族自治州人,讲师,主要从事动物分类及行为生态研究,E-mail:****************;张佑祥(1966—),男,苗族,湖南湘西土家族苗族自治州人,副教授,主要从事动物学研究,E-mail:*****************。

黄杰1,张自亮2,李辉3,杨鑫宇1,胡小龙1,唐依萍1,刘昕1,刘慧1,张佑祥1*,吴涛1*(1.吉首大学生物资源与环境科学学院,中国湖南吉首416000;2.湖南高望界国家级自然保护区管理局,中国湖南湘西自治州416308;3.湖南师范大学生命科学学院脊椎动物学实验室,中国湖南长沙410081)摘要:2023年5月24日于湖南省高望界国家级自然保护区(28°41′36″N,110°09′30″E;212m)采集到东亚腹链蛇属(Hebius )一雌性物种标本,经形态特征比较,符合华西腹链蛇(Hebius maximus )形态描述;基于线粒体cytb 基因构建的东亚腹链蛇属部分物种的贝叶斯系统发育树显示,该标本与华西腹链蛇(H.maximus )聚为一支,其遗传距离为1.7%~2.2%。

胭脂鱼细胞色素b基因序列测定及亚口鱼科系统进化分析张丽丽;万全;程起群【摘要】为了解胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)的遗传变异及哑口鱼(Catostomidae fish)的分子系统学,测定了3尾胭脂鱼的细胞色素b基因序列,并结合GenBank上5条亚口鱼科鱼类的相应序列一并分析.结果如下:1)共获得3尾胭脂鱼的细胞色素b基因1144 bp的一致序列,三条序列完全相同,无变异位点.2)构建的系统发育树显示,颈棱亚口鱼属( Xyrauchen texanus)和吸口鱼属(Moxostoma robustum)构成1支,胭脂鱼属(Myxocyprinus)、长背亚口鱼属( Cycleptus elongatus)和牛胭脂鱼属(Ictiobus)构成另1分支.3)自然选择检验显示,该基因在进化过程中主要受到负选择的作用.4)胭脂鱼属和牛胭脂鱼属的分歧时间最短(大约3.725百万年),颈棱亚口鱼属和长背哑口鱼属的分歧时间最长(大约5.375百万年).%In order to study genetic variation of Myxocyprinus asiaticus and phylogeny of family Catostomidae, the raitochondrial cytochrome b ( mt DNA cytb) gene of three individuals of M. Asiaticus were sequenced, and analysed with five mt DNA cytb gene sequences of Catostomidae which downloaded from CenBank. The results were as follows: 1 ) 1144 base pairs of consensus sequence was obtained from three M. Asiaticus individuals, and these three sequences were identical without variation positions. 2) Phylogenetic tree showed that genus Xyrauchen and Moxostoma formed one monophyletic clade, and genus Myxocyprinus, Cycleptus and Ictiobus formed another clade. 3 ) mtDNA cytb gene of Catostomidae fishes was mainly acted by purifying selection.4) The divergence time between genus Myxocyprinus and genus Ictiobuswas the shortest about 3. 725 million years. And the divergence time between genus Xyrauchen and Cycleptus was the longest about 5. 375 million years.【期刊名称】《淡水渔业》【年(卷),期】2011(041)004【总页数】6页(P55-60)【关键词】胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus);细胞色素b;亚口鱼科(Catostomidae);系统发育;分歧时间【作者】张丽丽;万全;程起群【作者单位】南京农业大学无锡渔业学院,江苏无锡214081;农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,中国水产科学研究院东海水产研究所,上海200090;安徽农业大学动物科技学院,合肥230036;农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,中国水产科学研究院东海水产研究所,上海200090【正文语种】中文【中图分类】S917.4;Q951胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)隶属于亚口鱼科(Catostomidae)胭脂鱼属(Myxocyprinus)。

凹线仙女蚬Cytb基因片段序列分析及系统进化树初步构建作者：徐其建黄镇林岗来源：《福建农业科技》2020年第10期摘要：初步探究凹線仙女蚬的系统发育地位，为凹线仙女蚬的分子遗传学研究提供前期数据。

采用PCR方法扩增得到凹线仙女蚬Cyrenobatissa subsulcata线粒体细胞色素b（Cytb）基因片段序列，序列长为624 bp，并在NCBI上使用NT数据库进行Blast比对分析，进而构建系统进化树，探讨凹线仙女蚬的分类地位。

结果显示NT数据库中未见凹线仙女蚬的Cytb基因信息。

研究扩增获得的序列与蚬属其他种的Cytb基因片段有88%的相似性，与其他帘蛤目贝类的相似度77.02%～78.53%，表明扩增出的片段是凹线仙女蚬所特有的Cytb基因片段。

基于Kimura′s 2-Parameter模型计算得出，3个样本个体的遗传距离仅为0～0.0016，远小于蚬属内种间遗传距离（0.002～0.114），与蚬属的遗传距离为0.127～0.144、与帘蛤目帘蛤科种类遗传距离为0.282～0.335。

进化树显示，凹线仙女蚬样品独立聚为一支，与蚬属聚为一大支，支持度为99，表明仙女蚬属与蚬属的亲缘关系较近，与帘蛤科的遗传距离较远。

关键词：凹线仙女蚬;Cytb基因片段;进化树;遗传距离中图分类号：S917.4文献标志码：A文章编号：0253-2301（2020）10-0001-09DOI： 10.13651/ki.fjnykj.2020.10.001Abstract： The phylogenetic status of Cyrenobatissa subsulcata was preliminarily explored in this study to provide preliminary data for the molecular genetics research of Cyrenobatissa subsulcata. The PCR method was used to amplify the mitochondrial cytochrome b （Cytb） gene fragment sequence of Cyrenobatissa subsulcata. The sequence length was 624 bp. The Blast comparison analysis was performed on the NCBI by using the NT database to construct a phylogenetic tree and discuss the taxonomic status of Cyrenobatissa subsulcata. The results showed that there was no Cytb gene information of Cyrenobatissa subsulcata in the database. The sequence amplified in this study had 88% similarity with the Cytb gene fragments of other species of the Corbicula， and had 77.02%-78.53% similarity with other clam shellfish， indicating that the fragments amplified by PCR were from the Cytb gene fragment of Cyrenobatissa subsulcata. Based on Kimura′s 2-parameter model，the genetic distance between the three individuals of Cyrenobatissa subsulcata was only 0-0.0016，which was far less than that between the species in Corbicula （0.002-0.114） and with Corbicula was 0.127-0.144， and the genetic distance between the three individuals of Corbicula and the species of Veneridae was 0.282-0.335. The phylogenetic tree showed that the samples of Cyrenobatissa subsulcata were clustered into one branch independently and clustered with Corbicula into a largebranch with a support degree of 99， which indicated that Cyrena was closely related to Corbicula，while had a long genetic distance from Veneridae.Key words： Cyrenobatissa subsulcata;Cytb gene fragment;Phylogenetic tree;Genetic distance凹线仙女蚬Cyrenobatissa subsulcata隶属于软体动物门Mollusca、双壳纲Bivalvia、异齿亚纲Heterodonta、帘蛤目Veneroida、蚬科Corbiculidae、仙女蚬属Cyrenobatissa。

中国兽类新纪录——耐氏大鼠Leopoldamys neilli陈鹏;王应祥;林苏;蒋学龙【摘要】记述了来自中国云南的耐氏大鼠Leopoldamys neilli中国新纪录,分别测量了5号中国新纪录标本的外形量度和26项头骨指标;利用已有的线粒体Cytb基因序列推算了耐氏大鼠、小泡巨鼠和沙巴长尾大鼠三者之间的遗传距离,并通过Cyt b基因和核基因IRBP合并基因数据集进行了系统发育树的构建.研究结果表明,云南地区的耐氏大鼠与泰国地区的耐氏大鼠为同一个种,为中国鼠科动物新纪录.【期刊名称】《四川动物》【年(卷),期】2014(033)006【总页数】7页(P858-864)【关键词】耐氏大鼠;中国新纪录;Cyt b基因;核基因IRBP;系统发育分析【作者】陈鹏;王应祥;林苏;蒋学龙【作者单位】成都大熊猫繁育研究基地,成都610086;中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室,昆明650223;中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室,昆明650223;中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室,昆明650223【正文语种】中文【中图分类】Q959.82011年在查看中国科学院昆明动物研究所标本馆馆藏的啮齿动物标本时，发现5号疑似长尾大鼠属Leopoldamys物种皮张及头骨，皮张标本为填充标本，形态完整、逼真，与头骨均完好无损。

标本与Marshall和Lēkhakun(1976)、Corbet和Hill(1992)所描述的耐氏大鼠Leopoldamys neilli(泰国产)极为相似。

该批标本系昆明动物研究所2006年2月在云南省文山壮族苗族自治州麻栗坡县老君山林场(22°56'31″N，104°35'52″E)进行动物考察时，于该林场的针阔混交林中采集所得(海拔1325 m)，该批标本与昆明动物所2010年4月赴云南大理下关荷花村宝林寺(25°36'20″N，100°11'36″E)的阔叶林进行动物资源调查所捕获的一标本极为相似(现保存于大理学院)(海拔2240 m)(图1)，以上标本都有肌肉和肝脏组织保存于95%酒精并冻存于－70℃的冰箱中。

野生动物学报 Chinese Journal of Wildlife 2021, 42 (1) ： 143-150Chinese Journal of Wildlife野生动物学扌艮http : //ysdw. paperopen, com基于CO/和Cytb 基因的黄腰响蜜鸯系统发育分析和分歧时间估算元青苗V 段玉宝(1.西南林业大学，云南省高校极小种群野生动物保育重点实验室，昆明，650224；2.西南林业大学生物多样性保护学院，昆明，650224)稿件运行过程摘要:收稿日期：2020-03 -18修回日期：2020 - 05 -14发表日期：2021 -02-10关键词：黄腰响蜜鸳；COZ 基因；Cytb 基因； 系统发育； 分歧时间Key words : Yellow-rumped honeyguide ；COI gene ；Cytb gene ；Phylogeny ；Divergence time中图分类号：Q951.3文献标识码：A文章编号：2310 -1490 (2021) 01 -143 -08随着分子生物技术的迅速发展，物种分化的过程及原因成为进化生物学和生态学研究的热点之一。

黄腰响蜜W (Indicator xanthonotus )是中国分布的唯一的响蜜鸳科鸟类,其系统发生关系和分化时间尚不清楚。

本文运用细胞色素c 氧化酶I 亚基(CO?)和细胞色素b(Cytl>)基因作为分子标记，结合NCBI 获取到的19个物种的C0I 和Cytb 基因序列，采用最大似然法及贝叶斯法构建系统发育树，探讨了黄腰响蜜鸯的系统发育及起源 的问题，通过分子定时的方法估算黄腰响蜜鸯的分化时间。

结果表明：黄腰响蜜鸯与响 蜜鸯科其余3个物种聚为一支，是此科中最先分化出来的物种，位于响蜜鸯科分支的基部；黄腰响蜜鸯与鳞喉响蜜鸯(/■ variegatus )类群的遗传距离最小，与小响蜜鸯(I. exilis)类群的遗传距离最大；黄腰响蜜鸯的分化时间可以追溯到中新世阶段(时间节点为20. 44 Ma)。

烟台大学学报(自然科学与工程版)Journal of Yantai University ( Natural Science and Engineering Edition)第34卷第1期2021年1月Vol. 34 No. 1oln ．0201文章编号：1024-8820 (2221) 21-0094-27卩•氥5研究简报j0・<>・<> ・<>・<>•"dU ：12.13451/j. 3)0 37T213/n. 202222高原鍬属鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息李瑶瑶22,刘云国2,刘凌霄7,韩庆典2,马 超2,全先庆2,张海光2,张如华2(/临沂大学生命科学学院，山东临沂276025；.山东大学(威海)海洋学院，山东威海22-209；.临沂 市农业科学院，山东临沂276-12)摘要：为了深入开展高原鳅属(Triplophysa )鱼类的分类鉴定、系统进化等研究，利用生物 信息学的方法分析了 -6种高原鳅属鱼类的线粒体全基因组序列及系统发育信息。

通过 Clustal X 对线粒体DNA(mtUNA )全基因组序列进行对比，然后用MEGA6分析mtUNA 的序列差异，并用邻接法生成系统进化树。

结果发现：(2)高原鳅属鱼类线粒体基因组的全长在12 562 -12 682 bp 之间，其基因组结构和基因排列顺序与其他硬骨鱼类的线粒体 基因组特征相同；(2)在所有编码基因中，ND2基因的序列变异程度最大(52.5%),且Kimura 双参数(K2P )遗传距离最大(0.234),而16S rRNA 的变异程度最小(19. 9%) ,2S rRNA 基因的K2P 遗传距离最小(0.034) ；(3)系统进化树显示高原鳅属中除叶尔羌高原 M( Triplophysa yarRandensia 外，绝大多数物种能够聚为一支，未描述种(T. sp.)、玫瑰高 原鳅(T. rosa)和湘西盲高原鳅(T. xiangxpnsiii 聚为一支并处于该属的基部位置。

8种经济鲍COⅠ基因全序列比较及系统发育分析王礼闪;薛艳洁;房沙沙;刘晓【摘要】In order to study the phylogenetic relationships of eight species of abalone in different geographical populations, and to provide molecular biological basis for the identification of the species and the genetic breeding of abalone, this study used 8 kinds of abalone as the experimental materials.The whole sequences of 8 CO I genes were obtained by PCR amplification technique, the other 10 were found from GenBank.Through comparative analysis, it was found that the total length of CO I gene was 1542 bp, which encoded 513 amino acids, and the content of A + T was more than G + C.There were 526 mutation sites, and the mutation rate was 34.11%, while the variation rate of amino acid was 7.8%.From the analysis of genetic distance, it was found that the genetic distance of the same species was less than 0.010.The average genetic distance among different species of abalone was between 0.159-0.196.The phylogenetic tree was constructed to get the followingconclusions.Abalone genetic evolution was affected by the influence of geographical distribution, but there was no obvious geographical distribution characteristic between different abalone;and Haliotis rufescens and Haliotis fulgens, which were distributed in the Americas, had a close relationship with Haliotis discus hannai distributing in Asia.%为了研究不同地理种群的8种鲍的系统发育关系,以期为鲍属的种间鉴定与鲍的遗传育种提供分子生物学依据,以8种不同的鲍为实验材料.利用PCR扩增技术得到8条COⅠ基因全序列,10条其他鲍种的COⅠ基因全序列来源于GenBank.对18条的COⅠ基因全序列的比对分析表明,COⅠ基因的全序列共1542 bp,编码513个氨基酸;A+T的含量大于G+C的含量;在1542个碱基位点中存在526个变异位点,变异率为34.11%,氨基酸的变异率为7.8%.从遗传距离的分析中发现,同种鲍的遗传距离小于0.010;不同的鲍种之间的平均遗传距离在0.159~0.196之间;构建的遗传进化树分析得出:鲍的遗传进化受到地理分布的影响,但是不同地理种群的鲍之间并不存在明显的地理分布差异,其中美洲分布的红鲍和绿鲍与亚洲分布的皱纹盘鲍亲缘关系较近.【期刊名称】《生物学杂志》【年(卷),期】2017(034)002【总页数】5页(P36-39,81)【关键词】鲍;COⅠ基因;系统发育树【作者】王礼闪;薛艳洁;房沙沙;刘晓【作者单位】宁波大学海洋学院, 宁波 315211;宁波大学海洋学院, 宁波 315211;宁波大学海洋学院, 宁波 315211;宁波大学海洋学院, 宁波 315211【正文语种】中文【中图分类】Q78;S917.4鲍是隶属于软体动物门(Mollusca)腹足纲(Gastropoda)原始腹足目(Archaeogastropoda)鲍科(Haliotidae)鲍属(Haliotis)的一种具有极高食用和药用价值的贝类。

眼蝶亚科分子系统发育暨中国区系研究（鳞翅目：蛱蝶科）眼蝶亚科Satyrinae隶属于鳞翅目Lepidoptera蛱蝶科Nymphalidae,是蝶类中物种多样性最为丰富的类群之一。

中国共有眼蝶57属364种。

本论文首先回顾了眼蝶亚科在系统发育及区系分类的研究历史,在此基础上提出了有关眼蝶亚科系统学研究的问题,说明了本论文的研究目的和意义。

从研究内容上论文包括三方面内容:中国眼蝶亚科族级单元分子系统发育,眼蝶族分子系统发育及中国眼蝶亚科区系研究。

首先基于核基因EF-1α,28s r DNA和线粒体基因COI,COII,Cytb,16s r DNA 等6种基因的联合序列,利用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian Inference,BI)法对分布在中国的5个族进行了系统发育分析;其次,以核基因EF-1α,GAPDH,Rp S5,wingless,28s r DNA及线粒体基因COI,COII,Cytb,16s r DNA等9种基因为分子标记,基于最大简约法(Maximum Parsimony,MP)、ML和BI法对眼蝶族代表种类的系统发育关系进行了重建;最后,在前人研究的基础上,对中国眼蝶亚科区系进行了补充描记。

本研究得到的主要结果如下:(1)获得上述9种基因,并向Gen Bank数据库提交了461条基因片段。

(2)系统发育分析结果支持将环蝶族Amathusiini归入眼蝶亚科;眼蝶亚科中国分布的5个族的系统发育关系解析为眼蝶族Satyrini+(环蝶族+(帻眼蝶族Zetherini+(锯眼蝶族Elymniini+暮眼蝶族Melanitini)))。

(3)眼蝶族系统发育分析共取样11个亚族,分成三个分支,分支I位于树内群种类的基部,分支II和分支III呈姐妹群关系。

其中分支I包括珥眼蝶亚族Eritina和珍眼蝶亚族Coenonymphina;分支II 包括的亚族及它们的关系为帕眼蝶亚族Parargina+(眉眼蝶亚族Mycalesina+黛眼蝶亚族Lethina);分支III包括釉眼蝶亚族Euptychiina+((白眼蝶亚族Melanargiina+眼蝶亚族Satyrina)+(红眼蝶亚族Erebiina+(莽眼蝶亚族Maniolina+矍眼蝶亚族Ypthimina)))。

基于线粒体cyt b序列的拟小鲵属(有尾目：小鲵科)物种的系
统发育关系
杨朝钊;王超;田应洲;李松;谷晓明
【期刊名称】《六盘水师范学院学报》
【年(卷),期】2013(025)001
【摘要】采集了拟小鲵属5个已知物种和普雄原鲵共15个个体的mtDNA序列数据(cytb,755bp),使用贝叶斯(BI)和最大似然(MP)法重建了拟小鲵属的系统发育关系.结果表明:拟小鲵属的5种形成一个单系群;贵州拟小鲵为独立有效物种,是宽阔水拟小鲵的姊妹种;普雄原鲵是拟小鲵属5种的姊妹分支,普雄原鲵应更名为普雄拟小鲵.
【总页数】5页(P39-43)
【作者】杨朝钊;王超;田应洲;李松;谷晓明
【作者单位】贵州师范大学生命科学学院,贵阳550001;贵州师范大学生命科学学院,贵阳550001;六盘水师范学院生命科学系,贵州六盘水553001;六盘水师范学院生命科学系,贵州六盘水553001;贵州师范大学生命科学学院,贵阳550001
【正文语种】中文
【中图分类】Q959.5+2
【相关文献】
1.拟小鲵属(有尾目:小鲵科)一新种--水城拟小鲵 [J], 田应洲;李松;谷晓明
2.基于核基因RAG2部分序列探索菊头蝠总科、蝙蝠科和鞘尾蝠科物种的系统发
育关系 [J], 袁小爱;田东;谷晓明
3.中国拟小鲵属(有尾目,小鲵科)一新种记述 [J], 徐宁;曾哓茂;傅金钟
4.基于线粒体Cyt b基因和CO Ⅰ基因序列研究豹蛱蝶亚科(鳞翅目,蛱蝶科)10属间的系统发生关系 [J], 张大秀;郝家胜;邹方振;朱国萍;潘鸿春;张小平
5.贵州省拟小鲵属(有尾目:小鲵科)一新种——水城拟小鲵 [J], 田应洲;谷晓明;孙爱群;李松
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