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线粒体DNA在动植物进化中的作用进化是生物学中极为重要的概念，其过程中有许多因素影响了不同物种的发展方向。
而线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）就是其中一个会影响动植物进化的因素。
线粒体DNA是一种特殊的DNA，存在于细胞质中的小器官—线粒体内。
本文将系统地探讨线粒体DNA在动植物进化中的作用。
线粒体基因组特点线粒体是真核生物特有的细胞器官之一，其内部含有独立的线粒体DNA。
线粒体DNA呈圆环状，基因组大小与结构与细菌相似，长度为16-17 kb，含有37个基因和一些调控序列。
线粒体的特点是其遗传信息的来源是母本，即只有母体遗传，而雄性无法向下一代传递线粒体基因，这也被称为内源性遗传。
mtDNA的分子进化线粒体DNA具有高度的分子进化速率，也就是说其发生突变的速率相对于核DNA要快。
有研究表明，线粒体DNA中核苷酸的突变率大约是核DNA的10-20倍。
这是因为线粒体DNA没有同源重组的机制，因此只能通过突变的方式进行进化。
此外，mtDNA的突变模式也与核DNA不同，其突变不会被重组局限于固定的区域。
这样一来，mtDNA的进化速率就会加快，且避免了复杂的重组过程。
mtDNA的多样性由于mtDNA的快速进化速率，其多样性在不同物种之间是非常显著的。
在同一物种当中，不同亚种、不同群体以及不同个体之间也存在很高的mtDNA多样性。
这个特点可以用于物种检测、生物地理学、进化关系研究等应用领域。
比如，mtDNA的多样性可用来推测某些物种的遗传演化历程，也可用于鉴定某些已经灭绝或难以野外调查的物种。
mtDNA的遗传演化线粒体DNA的独特性质赋予了它在遗传演化中的重要作用。
如前所述，mtDNA的遗传是以母系进行的，因此mtDNA位点的演化会反映物种历史中有母系遗传关系的人口结构。
通过mtDNA序列分析，可以推测不同亚种间的演化关系，确定种群分化程度及时期，以及界定物种的地理分布范围等等。
植物线粒体基因组结构及其演化分析1、植物线粒体基因组结构概述线粒体是细胞内负责进行能量代谢和氧化呼吸的重要器官。
作为一个独立的细胞器，线粒体被覆盖着一个双层膜，并具有自己的基因组和细胞内核的DNA。
植物线粒体基因组包含在线粒体内部的循环DNA中，通常包含有37-102个基因，其中约60-70%编码的是线粒体酶和蛋白质，剩余的编码的是tRNA和rRNA。
当我们对植物线粒体基因组进行结构分析时，可以发现该基因组由两段的DNA组成：环状线粒体DNA和线性DNA。
环状线粒体DNA是由单个双链环状DNA组成的，通常长度为100-250 kb；线性DNA是由多个线性DNA片段组成的，通常以长度为3-10 kb的终止子序列（telomeric sequence）为末端。
2、植物线粒体基因组演化分析植物线粒体基因组的演化可以分为三个阶段：线性DNA化阶段、基因缩减和基因拼凑阶段。
在线性DNA化阶段，植物线粒体基因组从环状基因组转变为线性基因组，这个过程存在两种不同的机制：复制缺失和复制折断。
这两种机制都可导致线性片段的产生。
在基因缩减阶段，基因组中的大量基因丢失。
这些基因编码了线粒体的功能蛋白和其他类型的分子。
在研究中，发现集一些线粒体基因在种间高度可变，但一些重要的线粒体基因在植物具有高度保守性。
例如，ATP酶亚基和呼吸链的一部分是高度保守的。
这表明植物线粒体基因组的保守性与其重要性有关。
在基因拼凑阶段，一些基因片段扮演了减少线粒体基因组大小的角色。
这些基因片段产生于逆转录过程，并在植物线粒体基因组中扮演了拼凑器（joiner）的角色，使得其他线粒体基因片断能够在大量的序列缺失的情况下被组装起来。
3、总结植物线粒体基因组是进行线粒体生物学研究中极其重要的物质基础，而其结构及演化分析则是进行这一领域研究的前提和核心内容。
通过对植物线粒体基因组的结构和演化分析，我们可以更好地了解线粒体的基本生物学过程，帮助我们更好地研究如何利用植物线粒体基因组改良作物。
利用基因突变多样性构建生物进化树的方法以Shannon熵理论结合Mark等人提出的AMI图形的算法包含了基因组的特有信息。
生物在漫长的进化过程中要适应多种多样的环境，进而发生基因突变，这是生物进化的基础。
通过提取基因序列的AMI变化结果来描述其在群体中的进化程度。
本文选取了具有代表性的64种脊椎动物线粒体的基因数据，构建了生物进化树，取得了较为准确的结果。
标签：基因突变；多样性；生物进化树根据已知的DNA序列来构造生物进化树是伴随着计算机技术和信息科学的发展而成长起来的新兴学科。
通过近几年的发展，发开出一系列软件如PAUP、PHYLIP和MEGA等。
但是通常在运用这些方法之前，都要对序列进行对比（sequence alignment），常用的软件有CLUSTRALW等软件。
本文拟提取出不同DNA序列的平均互信息AMI作为特征参数，通过统计学对其进行聚类，从而得到它们的进化关系。
此种方法没有对序列的排列进行分析对比，计算简单且速度较快，对大量数据的处理非常方便且准确率较高。
一、理论与方法1.平均互信息AMIDNA序列为4种核苷酸A、C、G、T的集合，如果固定X在基因序列上的某一位置，则Y为X下游方向间隔k个位置的核苷酸。
p（X）和p（Y）是核苷酸为X和Y的概率。
其中表示nk（X，Y）前一个核苷酸为X，下游方向间隔k个位置为Y的组合的个数，这样pk（X，Y）就表示X和Y间隔为k的联合分布概率。
当k=0时，就表示了紧邻二联体核苷酸的概率，k=1时表示次紧邻二联体核苷酸的分布率[1]。
根据上述算法，我们可以计算出基因序列的平均互信息[2]（AMI）：Ik，不同的k值对应不同的Ik，对于每一个基因组，我们都能够得到一组向量I0，I1，I2，…，Ik，不同的基因序列，我们则可以得到不同的向量Ik，Jk，Lk…。
2.相关系数在本文中我们选择的是pearson相关系数，它能反映两个数据集之间的线性相关程度。
这是一个范围在[-1，+1]之间的数值，若相关系数为+1，表示两个数据集合之间呈现完美的正线性相关；若相关系数为-1，则表示量数据集之间是负线性相关；若相关系数为0，则表示两组数据之间没有线性相关性。
《线粒体DNA含量与冠心病患病相关性研究》篇一一、引言近年来，冠心病已经成为危害人类健康的重要疾病之一。
而关于其发病机理的探讨和早期预防治疗措施的寻求成为研究的热点。
在遗传因素与环境因素的相互作用中，线粒体在细胞代谢及疾病发病过程中的角色越来越受到关注。
本文旨在探讨线粒体DNA（mtDNA）含量与冠心病患病之间的相关性，以期为冠心病的预防和治疗提供新的思路。
二、研究背景线粒体是细胞内的重要细胞器，主要功能是产生能量供应给细胞活动。
其内部含有mtDNA，对于维持细胞功能起着至关重要的作用。
而冠心病作为一种复杂的心血管疾病，其发病机制尚未完全明确，但越来越多的研究表明，线粒体功能异常与冠心病的发病密切相关。
三、研究方法本研究采用病例对照研究方法，收集冠心病患者和健康人群的样本，比较两者之间的mtDNA含量差异。
并分析年龄、性别、生活习惯等因素对mtDNA含量和冠心病患病风险的影响。
同时结合医学统计方法进行数据处理和结果分析。
四、研究结果（一）基本情况分析本研究的对照组（健康人群）与实验组（冠心病患者）的年龄、性别分布相似，且在生活习惯方面没有显著差异，具有良好的可比性。
（二）mtDNA含量差异分析研究结果显示，冠心病患者群体的mtDNA含量相较于健康人群普遍较低，表明冠心病患者的线粒体功能可能存在异常。
经过统计软件处理，我们发现mtDNA含量与冠心病患病风险之间存在显著的负相关关系。
（三）其他因素影响分析在对年龄、性别等因素的进一步分析中，我们发现这些因素虽然对mtDNA含量有一定影响，但并不影响mtDNA含量与冠心病患病风险之间的相关性。
此外，我们还发现不良的生活习惯如长期吸烟、缺乏运动等也会对mtDNA含量造成影响。
五、讨论根据本研究结果，我们可进一步推断，线粒体DNA含量的减少可能参与了冠心病的发病过程。
线粒体功能异常可能导致能量供应不足，影响心肌细胞的正常功能，从而增加冠心病的风险。
因此，监测线粒体DNA含量可能为早期发现冠心病提供新的途径。
野生动物学报 Chinese Journal of Wildlife 2021, 42 (1) ： 071 -080Chinese Journal of Wildlife野生动物学扌艮http : //ysdw. paperopen, com塔里木兔线粒体基因组 全序列分析与系统进化研究黄娅琳3黄捷'时玉1徐燕红2周用武1侯森林彳(1.南京森林警察学院刑事科学技术学院，南京，210023；2.野生动植物物证技术国家林业与草原局重点实验室，南京，210023；3.广西壮族自治区森林公安局物证鉴定所，南宁，530028)稿件运行过程摘要:收稿日期：2020-04-13修回日期：2020-10-09发表日期：2021 -02-10关键词：塔里木兔；线粒体基因组；特征分析；遗传多样性Key words : Lepus yarkandensis ；Mitochondrial genome ；Feature analysis ；Genetic diversity中图分类号：Q953文献标识码：A文章编号：2310 - 1490 ( 2021) 01 -071 -10塔里木兔是我国新疆地区特有物种，已被列为国家II 级重点保护动物。
本研究基于所测定的塔里木兔线粒体全基因组序列(全长17 011 bp),进行了全序列的结构分析,结果表明塔里木兔线粒体基因组包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA 基因、2个rRNA 基因和1个控制区。
除了翻在L 链上以外，其他的蛋白质编码基因都在H 链上。
基于线粒体基因序列，通过生物信息学预测发现除了 trnM 和tmSl 以外，其余tRNA都有经典的三叶草二级结构。
线粒体全基因组具有AT 偏好性，其结构与目前兔属其他 物种线粒体基因组结构类似。
并基于塔里木兔和GeneBank 已有的12种兔属物种线粒体全基因组序列，分别用ML 法和NJ 法构建系统进化树，对其系统发生进行了探讨，结果表明塔里木兔与蒙古兔的亲缘关系较近。
凹线仙女蚬Cytb基因片段序列分析及系统进化树初步构建作者：徐其建黄镇林岗来源：《福建农业科技》2020年第10期摘要：初步探究凹線仙女蚬的系统发育地位，为凹线仙女蚬的分子遗传学研究提供前期数据。
采用PCR方法扩增得到凹线仙女蚬Cyrenobatissa subsulcata线粒体细胞色素b（Cytb）基因片段序列，序列长为624 bp，并在NCBI上使用NT数据库进行Blast比对分析，进而构建系统进化树，探讨凹线仙女蚬的分类地位。
结果显示NT数据库中未见凹线仙女蚬的Cytb基因信息。
研究扩增获得的序列与蚬属其他种的Cytb基因片段有88%的相似性，与其他帘蛤目贝类的相似度77.02%～78.53%，表明扩增出的片段是凹线仙女蚬所特有的Cytb基因片段。
基于Kimura′s 2-Parameter模型计算得出，3个样本个体的遗传距离仅为0～0.0016，远小于蚬属内种间遗传距离（0.002～0.114），与蚬属的遗传距离为0.127～0.144、与帘蛤目帘蛤科种类遗传距离为0.282～0.335。
进化树显示，凹线仙女蚬样品独立聚为一支，与蚬属聚为一大支，支持度为99，表明仙女蚬属与蚬属的亲缘关系较近，与帘蛤科的遗传距离较远。
关键词：凹线仙女蚬;Cytb基因片段;进化树;遗传距离中图分类号：S917.4文献标志码：A文章编号：0253-2301（2020）10-0001-09DOI： 10.13651/ki.fjnykj.2020.10.001Abstract： The phylogenetic status of Cyrenobatissa subsulcata was preliminarily explored in this study to provide preliminary data for the molecular genetics research of Cyrenobatissa subsulcata. The PCR method was used to amplify the mitochondrial cytochrome b （Cytb） gene fragment sequence of Cyrenobatissa subsulcata. The sequence length was 624 bp. The Blast comparison analysis was performed on the NCBI by using the NT database to construct a phylogenetic tree and discuss the taxonomic status of Cyrenobatissa subsulcata. The results showed that there was no Cytb gene information of Cyrenobatissa subsulcata in the database. The sequence amplified in this study had 88% similarity with the Cytb gene fragments of other species of the Corbicula， and had 77.02%-78.53% similarity with other clam shellfish， indicating that the fragments amplified by PCR were from the Cytb gene fragment of Cyrenobatissa subsulcata. Based on Kimura′s 2-parameter model，the genetic distance between the three individuals of Cyrenobatissa subsulcata was only 0-0.0016，which was far less than that between the species in Corbicula （0.002-0.114） and with Corbicula was 0.127-0.144， and the genetic distance between the three individuals of Corbicula and the species of Veneridae was 0.282-0.335. The phylogenetic tree showed that the samples of Cyrenobatissa subsulcata were clustered into one branch independently and clustered with Corbicula into a largebranch with a support degree of 99， which indicated that Cyrena was closely related to Corbicula，while had a long genetic distance from Veneridae.Key words： Cyrenobatissa subsulcata;Cytb gene fragment;Phylogenetic tree;Genetic distance凹线仙女蚬Cyrenobatissa subsulcata隶属于软体动物门Mollusca、双壳纲Bivalvia、异齿亚纲Heterodonta、帘蛤目Veneroida、蚬科Corbiculidae、仙女蚬属Cyrenobatissa。
遗传与进化研究中的线粒体DNA分析遗传学是现代生物学中的一个重要分支，可分为分子遗传学、细胞遗传学、进化遗传学等。
进化遗传学研究种群遗传变异和遗传漂变的规律、解释种群演化过程和形成的机制，为了更好地理解种群遗传学问题，肯定要利用现代分子技术对数据进行分析。
其中线粒体DNA分析是一种非常重要的手段，对于研究人类进化、动植物演化等领域，都具有不可替代的作用。
一、线粒体DNA的特点线粒体是一个存在于细胞质内的细胞器，它是自由基的主要来源和细胞的能量生产中心。
线粒体除了含有自己的膜、蛋白、脂肪等物质外，还含有自己的DNA，称为线粒体DNA。
线粒体DNA（mtDNA）与细胞核DNA不同，最显著的一个特点是mtDNA具有高度的变异性，这种变异性可以被利用来分析生物种群的演化和历史。
线粒体DNA的另一个特点是它在每次细胞分裂过程中都被传递给下一代，传递过程是由卵细胞贡献的。
二、线粒体DNA的应用1. 人类进化人类进化过程中，线粒体DNA变异可以作为重要证据来研究人的起源、迁徙和群体发展等方面的问题。
通过对不同地区人群进行线粒体DNA的遗传分析，可以揭示出人群之间的遗传差异、人种分布的演化历程。
例如，1997年荷兰的Paleo-Eskimo人的遗骸被发现，通过对其mtDNA的分析表明，这些古代人被认为是来自东部亚洲，而不是从库页岛（现在的阿拉斯加）迁移到加拿大北极。
2. 动植物演化动植物的mtDNA变异可以作为物种和生态保护研究方面的工具。
线粒体DNA变异可以揭示物种形成和演化的过程，描绘生物群体的时空变化，为环境污染和生物多样性保护提供重要信息。
例如，2019年中国科学家耗时4年之久，利用线粒体DNA数据重建了牦牛的遗传演化树，为揭示牦牛演化历程提供了重要的证据。
此外，线粒体DNA上的变异还被用于鱼类、鸟类、昆虫等生物物种的分类和分类修订中。
三、线粒体DNA分析1. 提取线粒体DNA线粒体DNA提取和细胞核DNA提取有所不同。
基于线粒体DNA 序列分析金虎尾目在蔷薇亚纲中的地位卿华，覃佳佳，靳燕，马政，姚慧鹏*（四川农业大学生命科学学院，四川雅安625014）摘要:【目的】探讨金虎尾目在蔷薇亚纲中的植物学地位。
【方法】以金虎尾目，豆类以及锦葵类植物12条线粒体基因作为研究对象，利用最大似然法、最大简约法、近邻法分别构建系统发生树，对金虎尾目的植物学地位进行分析。
【结果】最大似然法结果表明12条线粒体基因中，有9条线粒体基因支持金虎尾目属于锦葵类，支持率为29%~79%；有3条线粒体基因支持金虎尾目属于豆类，支持率为17%~52%。
最大简约法结果表明12条线粒体基因中，有8条线粒体基因支持金虎尾目属于锦葵类，支持率为36%~85%；而支持金虎尾目属于豆类的仅有2条基因，支持率为25%和66%；其余的2条基因支持金虎尾目既不属于锦葵类也不属于豆类,支持率为77%和99%。
近邻法结果表明12条线粒体基因中，有8条线粒体基因支持金虎尾目属于锦葵类，支持率为14%~82%；而只有3条基因表明金虎尾目属于豆类，支持率为36%~66%；其余的1条基因表明金虎尾目属于豆类和锦葵类分支之外,支持率为44%。
【结论】上述3种模型分析结果表明，大多数基因的分类支持金虎尾目归属于锦葵类分支，同时具有高支持率。
这个结果可为金虎尾目不完全谱系分选提供一定的证据。
关键词:金虎尾目；线粒体同源基因；系统发生树；不完全谱系分选中图分类号:Q941+2文献标志码:Ａ文章编号:1000-2650（2020）06-0708-07The Botanical Status of the Malpighiales in RosidaeQING Hua ，QIN Jiajia ，JIN Yan ，MA Zheng ，YAO Huipeng *（College of Life Science ，Sichuan Agricultural University ，Ya 'an 625014，Sichuan ，China ）Abstract:【Objective 】To explore the status of Malpighiales in Rosidae.【Method 】12mitochondrial genes were performed on phylogenetic analysis by using maximum likelihood method(ML)，maximum parsimo -ny method (MP)and neighbor joining method (NJ)，for 27species including to 6Malpighiales ，12Mal -vales and 9Fabales.【Result 】The results of the maximum likelihood method showed that among the 12mitochondrial genes ，9mitochondrial genes indicate that Malpighiales belongs to Malvales with the sup -port rate of 29%to 79%；3mitochondrial genes indicate that Malpighiales belongs to Fabales with the support rate of 17%to 52%.According to the maximum parsimony method ，8mitochondrial genes indi -cate that Malpighiales belongs to Malvales with the support rate of 36%to 85%；2genes indicate that Malpighiales belongs to Fabales with the support rates of 25%and 66%.The remaining 2genes indicate that Malpighiales is neither Malvales nor Fabales with the support rate of 77%and 99%.From neighbor joining method ，it is shown that 8mitochondrial genes indicate Malpighiales belongs to Malvales with the support rate of 14%to 82%，while only 3genes indicate that Malpighiales belongs to Fabales withthe support rate of 36%to 66%.The remaining 1gene indicates that Malpighiales is neither Malvales nor Fabales with the support rate of 44%.【Conclusion 】Based on most genes ，it is found that Malpighialesbelongs to the Malvales branch ，and has high confidence by three different analysis models.?This result第38卷第6期2020年12月收稿日期:2020-07-11基金项目:四川农业大学双支计划（2021993090）。
1、前言（Introduction）英国《自然》杂志网络版2006年5月18日报道，科学家已对含有2.23亿个碱基对，占人类基因组中碱基对总量的8%左右的人类第一号染色体完成测序，宣告持续16年的人类基因组计划全部完成。
作为人类自然科学史上重要的里程碑，“人类基因组”的研究已从“结构基因组”阶段进入“功能基因组”阶段。
在人类基因组计划后相继推出的水稻基因组计划、马铃薯基因组计划、草鱼基因组计划等，和快速增长的微生物基因测序，“海量”的基因信息的积累，催生了“功能基因组”时代的来临。
针对充分利用“海量”基因组信息的生物信息学不仅应运而生，而且为以注释、阐明基因功和利用基因生物学功能的“后基因组时代”的研究发挥了重大作用。
生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头,在获得了蛋白质编码区的信息后,进行蛋白质空间结构的预测和模拟,然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。
就是说,生物信息学的主要任务是组织和分析生物学数据,而生物学数据的分析离不开计算机算法的运用。
因此,可以说生物信息学是一门集生命科学、计算机科学、数学、物理学为一身的多学科交叉的前沿学科。
动物mtDNA属母系遗传，是共价闭合的双链DNA分子，核酸序列和组成比较保守，基因的排列顺序比较稳定而且紧密，无重组和单拷贝。
由于其结构和进化上的特点，mtDNA已成为研究动物起源进化以及群体遗传分化的理想对象。
昆虫mtDNA大小约为15．4~16．3kb，其基因组大小的变化受A+T-rich区长度变化的影响十分显著。
A+T-rich 区(A+T丰富区)的长度最短为399 bp，最长达4601 bp，两者相差4202bp，前者见于Tricholepidion gertschi，后者见于黑尾果蝇Drosophila melanogaster。
昆虫线粒体基因组由2个rRNA基因(1rRNA和srRNA)、22个tRNA基因、13个蛋白编码基因[Cytb基因(细胞色素b基因，cytochrome oxidase b)，ATPase6和ATPase8(ATP酶亚基基因6和8，ATP synthase subunits 6 and 8)，COⅠ、COⅡ和COⅢ(细胞色素氧化酶亚基基因Ⅰ-Ⅲ，cytochrome oxidasesubunit Ⅰ-Ⅲ)，NDl-6和ND4L(NADH降解酶基因1~6和4L，NADH dehydrogenase subunit 1-6 and 4L)]，共37个基因和1个包含复制启动子的非编码区(A+T-rich区)组成。
Aloni 和Attardi将mtDNA两条链中密度较小者命名为轻链(L链)，另一条命名为重链(H链)。
考虑到昆虫mtDNA没有明显的L链与H链之分，Simon等根据昆虫mtDNA中多数基因都是从一条链上转录的特点，将这一条链定义为J链，另一条链定义为N链[1-3]。
自Wolstenholme和Clary第一个报道了果蝇Drosophila yakuba mtDNA全序列以来，GenBank已收录了80余种昆虫mtDNA全序列，其中双翅目昆虫有15个种。
在双翅目实蝇科昆虫中，地中海实蝇Ceratis capitata和油橄榄果实蝇Bactrocera oleae的线粒体基因组全序列已有报道[4]。
梨小食心虫，学名Grapholitha molesta (Busck)，简称“梨小”，别名有梨小蛀果蛾、东方果蠹蛾、梨姬食心虫、桃折梢虫、小食心虫、桃折心虫。
属于鳞翅目(Lepidoptera)，小卷叶蛾科(Olethreutidae )。
梨小在各地果园均有发生，是梨树的重要害虫，在梨、桃树混栽的果园为害尤为严重。
梨小除为害梨、桃树外，也为害李、杏、苹果、山楂等，严重影响果品质量及梨果产量，尤其是长江、黄河流域最严重[5]。
因此，我的论文是通过NCBI 下载的梨小食心虫的全线粒体基因，并对其结构和功能进行分析。
2、材料和方法（Marerials and Methods ）2.1、研究思路2.2、搜索基因2.2.1、在NCBI 中搜索梨小食心虫线粒体全基因序列方法：首先进入NCBI 的官网，在Search 中选择All Databases,在查询框中输入Grapholita molesta mitochondrion ，点击Search,然后选择Geneome,总共出现一条记录，即选择NC 014806, Display 选择为Genbank,选择Download 中的Genbank 格式，即可下载得到梨小食心虫的线粒体全基因序列。
2.2.2、用DNAMAN 分析其基因结构对于获取的海量数据，我们要先进行一些基本的分析，确定基因的分子量、碱基的组成等信息。
方法：选取梨小食心虫的线粒体基因，选取显示的方式为包含cds,点击确认，即可。
2.2.3、碱基同源性分析的方法方法：进入网址：，在序列中提交NC 014806，其他选项默认设置。
通过在线的BLAST的比对，可以找到与梨小食心虫线粒体同源性最高的物种，从而可通过研究其同源性高的物种，间接研究该物种，为该物种的进一步研究提供一定的理论依据。
2.2.4、开放性阅读框（ORF）分析的方法方法：利用NCBI的ORF Finder程序对NC 014806做开放性阅读框分析。
网址如下：参数选择：Genetic Codes：1 Standard开放阅读框[open reading frame,0RF] 是结构基因的正常核苷酸序列，从起始密码子到终止密码子的阅读框可编码完整的多肽链，其间不存在使翻译中断的终止密码子。
ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件[6]。
通过ORF的分析，我们可以确定全基因中哪段基因片段可以翻译为蛋白质，从而为特定蛋白质的功能的确定提供依据。
2.3、基因编码蛋白质的理化性质分析利用ExPaSy中的Protparam和Protscale进行蛋白质的氨基酸组成、分子质量、等电点以及疏水性分析[7]。
2.3.1、氨基酸组成、分子质量、等电点分析方法利用ExPaSy软件包中的Protparam工具进行氨基酸组成、分子质量、等电点分析网址如下：通过氨基酸组成、分子质量、等电点分析，我们可以确定编码蛋白的最基本性质，为进一步研究蛋白质的二级结构、三级结构提供依据。
2.3.2、亲疏水性分析方法利用瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics，SIB）的ExPASy服务器上的ProtScale程序对ORF 翻译后的氨基酸序列SEQUENCE进行亲疏水性分析网址如下：参数选择：Hphob. / Kyte & Doolittle正值表明疏水，负值表明亲水。
通过疏水性分析，可以让我们了解蛋白质是否属于亲水蛋白。
2.4、基因编码蛋白质的结构分析2.4.1、蛋白质的二级结构分析方法：利用Expasy服务器下的SWISS-MODEL中的Psipred进行蛋白序列的二级结构分析网址：/workspace/index.php?func=tools_targetidentification1蛋白质二级结构:指蛋白质肽链本身的折叠和盘绕的方式。
二级结构主要有α-螺旋、β-折叠、β-转角。
常见的二级结构有α-螺旋和β-折叠。
二级结构是通过骨架上的羰基和酰胺基团之间形成的氢键维持的，氢键是稳定二级结构的主要作用力。
蛋白质二级结构预测，是通过氨基酸序列，预测蛋白质二级结构的过程。
氨基酸序列具有不同的长度，不同的氨基酸排列顺序。
实验分析表明这种差异能够形成不同的蛋白质结构。
研究蛋白质的结构意义重大，不但有助于了解蛋白质的作用，了解蛋白质如何行使其生物功能，认识蛋白质与蛋白质之间的相互作用，而且对生物学、医学和药学都有非常重要的作用[8]。
2.4.2、蛋白质的三级结构分析方法：将分析的结果向蛋白质立体结构数据库PDB ( Protein Data Bank)提交该蛋白质序列，利用RasMol软件显示该蛋白的三维分子结构蛋白质三级结构（protein tertiary structure）: 蛋白质分子处于它的天然折叠状态的三维构象。
三级结构是在二级结构的基础上进一步盘绕，折叠形成的。
三级结构主要是靠氨基酸侧链之间的疏水相互作用，氢键，和盐键（离子键）维持的。
此外共价二硫键在稳定某些蛋白质的构象方面也起着重要作用。
通过研究蛋白质的三级结构，可以让我们更直观的通过其结构了解其功能性，从而为蛋白质功能的确定提供有力的依据[9]。
2.5、基因编码蛋白质的功能分析2.5.1、信号肽预测的方法方法：利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器蛋白质序列的信号肽（signal peptide）预测，进入Prediction Serves 页面。
网址如下：参数选择：Eukaryotes；Both；GIF (inline)；Standard信号肽，常指新合成多肽链中用于指导蛋白质的跨膜转移（定位）的N-末端的氨基酸序列（有时不一定在N端）。
信号肽位于的N端。
一般由15~30个氨基酸组成。
包括三个区：一个带正电的N 末端，称为碱性氨基末端：一个中间疏水序列．以中性氨基酸为主，能够形成一段d螺旋结构，它是信号肽的主要；一个较长的带的C末端，含小分子氨基酸，是信号序列切割位点．也称加工区。
信号肽的作用，可使正在翻译的核糖体附着到RER膜上，还可以在信号肽指引下蛋白质在细胞内[10]。
通过信号肽的预测，可以让我们知道蛋白质是如何跨膜转移的。
2.5.2、磷酸化位点分析的方法方法：磷酸化和去磷酸化是细胞内信号传导的重要方式，利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的NetPhos2.0 Server程序做磷酸化位点分析。
NetPhos2.0 Server程序是基于神经网络算法，对蛋白序列中的Ser、Thr和Tys三种氨基酸残基可能成为的磷酸化位点作出预测。
网址如下：蛋白质磷酸化是最常见、最重要的一种蛋白质翻译后修饰方式,它参与和调控生物体内的许多生命活动.通过蛋白质的磷酸化与去磷酸化,调控信号转导、基因表达、细胞周期等诸多细胞过程.随着蛋白质组学技术的发展和应用,蛋白质磷酸化的研究越来越受到广泛的重视[11]。
2.5.3、亚细胞定位的方法方法：通过WoLF PSORT工具基于其氨基酸序列预测蛋白质亚细胞定位点网址如下：参数选择：Fungi；From Text Area亚细胞定位是指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位。
例如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。
GFP是绿色荧光蛋白，在扫描共聚集显微镜的激光照射下回发出绿色荧光，从而可以精确地定位蛋白质的位置[12-14]。
2.5.4、二硫键分析的方法运用scratch protein Predictor 对蛋白质的二硫键做出分析。
