加权网络
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基于加权基因共表达网络分析筛选肝细胞癌预后相关生物标志物及潜在治疗药物张昊军;李泓毅;智鹏;张钧栋;王紫宁;于琦;卢学春【期刊名称】《胃肠病学和肝病学杂志》【年(卷),期】2024(33)1【摘要】目的筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后相关生物标志物,从分子水平探讨HCC可能的发病机制,并预测对HCC具有潜在治疗作用的候选药物。
方法下载TCGA数据库和GEO数据库中HCC的转录组数据及其临床记录信息。
分别对其基因表达谱数据进行加权基因共表达网络分析(weighted geneco-expression network analysis,WGCNA)和差异表达基因分析,选取两个数据集中与疾病正相关性最高的模块基因与差异表达基因取交集作为关键基因。
利用GO 和KEGG对关键基因进行功能富集分析。
利用STRING数据库构建PPI网络,使用Cytoscape软件对关键基因进行相关性分析,筛选核心基因。
使用R语言程序包K-M进行生存分析明确核心基因与HCC患者预后关系。
利用在线数据库DGIdb、DREMIT联合进行HCC潜在治疗药物的筛选,依据药物靶点匹配数量、优选得分、特异性得分对预测结果进行排序,选择排名靠前的药物作为可能的候选治疗药物。
结果最终共得到64个关键基因,主要富集于细胞周期与分裂、DNA复制和损伤修复、病毒感染、P53信号通路等。
PPI分析发现,CDC20、KIF2C、CCNB2、KIF20A、CCNA2、TOP2A、UBE2C、NUSAP1、AURKA和TRX2为核心基因。
K-M生存分析显示,CDC20、KIF20A、CCNA2、TOP2A与HCC的预后显著相关。
DGIdb、DREMI联合筛选对HCC有潜在疗效的候选药物,其中索拉非尼、多维替尼、氟尿嘧啶、米托蒽醌等在DGIdb、DREMI中皆排名靠前。
结论 CDC20、KIF20A、CCNA2、TOP2A可能是HCC预后的潜在生物标志物,但仍需进一步临床研究加以验证。
具有高集群的加权无标度网络建模分析的开题报告1. 研究背景和意义随着大量数据的产生和存储,网络分析已经成为了重要的研究领域。
无标度网络是一类具有高集群、高度中心性和幂律度分布特征的网络结构。
在实际应用中,很多实际网络都具有无标度特征,比如社交网络、互联网、蛋白质相互作用网络等。
加权无标度网络则是一种具有节点间链接权重的无标度网络,其结构与节点重要性更加紧密相关。
因此,对于加权无标度网络的建模和分析具有重要的理论和实际意义。
2. 研究内容和方法本文的研究内容是基于加权无标度网络的建模和分析。
具体来说,我们将从以下两个方面进行研究:(1)加权无标度网络的建模方法。
我们将探索一种新的建模方法,并通过数据实验验证其有效性。
这种方法基于节点属性和链接权重构建模型,以更好地解释节点重要性和网络结构特征。
(2)加权无标度网络的结构特征分析。
我们将使用该模型构建加权无标度网络,并对其网络特征进行分析。
具体包括网络度分布、节点重要性、集群系数等指标,并与实际网络进行比较。
本文的研究方法包括理论分析和实验验证。
理论分析将依据加权无标度网络的结构和特征,提出建模方法和分析指标,并进行理论证明。
实验验证将通过数据采集和分析,构建加权无标度网络,并比较其实际网络与理论模型的一致性和有效性。
3. 研究创新点本文的研究创新点如下:(1)探索一种新的加权无标度网络建模方法,能够更好地描述节点重要性和网络结构特征。
(2)基于新的建模方法,进行加权无标度网络结构特征分析,提出新的网络指标和分析方法。
(3)通过实验验证,证明新的建模方法和分析方法的有效性和实用性。
4. 预期结果本文的预期研究结果包括:(1)提出一种基于节点属性和链接权重的加权无标度网络建模方法。
(2)建立一个有效的加权无标度网络结构特征分析框架,比较其实际网络与理论模型的一致性和有效性。
(3)提出一些新的网络指标和分析方法,在加权无标度网络研究领域上具有一定的推广应用价值。
第3l卷第9期 2011年9月 计算机应用
Journal of Computer Applications V01.31 NO.9
Sep.2011
文章编号:1001—9081(2011)09—2408一o4 doi:10.3724/SP.J.1087.2011.02408 多维加权社会网络中的个性化推荐算法
张华青 ,王 红 ,滕兆明 ,马晓慧 (1.山东师范大学信息科学与工程学院,济南250014;2.山东省分布式计算机软件新技术重点实验室,济南250014) (idkub6@126.eom)
摘要:个性化推荐是解决Internet中信息过载的重要工具,在研究有关个性化推荐的技术和相关动态的基础 上,以用户实际应用为驱动,提出一种多维加权社会网络中的个性化推荐算法。首先,该算法构建了用户之间的多维 加权网络;然后利用复杂网络的聚类方法——CPM算法寻找邻居用户;最后基于用户之间的相似性做出推荐。实验 结果表明,应用该算法的多维网络的推荐系统与基于内容推荐系统和协同过滤推荐系统相比,有较高的查全率和准 确率,个性化推荐质量有了一定程度的提高。 关键词:个性化推荐;社会网络;权重;复杂网络;CPM聚类 中图分类号:TP311.13;TP18 文献标志码:A
Personal recommendation algorithm in multidimensional and weighted social network
ZHANG Hua.qing 一,WANG Hong 一,TENG Zhao.ming 一,MA Xiao.hui ’ (1.School ofInformation Science and Engineering,Shandong Normal Univemiq, №n Shandong 250014,China; 2.Shandong Provincial Key Laboratoryfor Distributed Compu ̄r Software Novel Technology,.1inan Shandong 250014,China)