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在临床上，胆道镜的应用有以下几种：〔一〕术中纤维胆道镜的应用〔IOC〕[适应证]胆总管结石，肝内结石。
肝外胆管梗阻、胆管癌。
寄生虫、异物以及胆道内其他所见，如良性肿瘤、息肉、应激性溃疡、肉芽肿等。
胆总管壁增厚、增粗超过1cm者；胆汁混浊；胆总管下段可触及硬结或胰腺有硬结者。
梗阻性黄疸、严重胰腺炎或胆石性胰腺炎。
胆道术后综合征；原因不明的胆道出血；胆道测压异常。
胆道狭窄、硬化性胆管炎。
静脉胆道造影、经皮肝穿刺胆道造影、十二指肠镜逆行胰胆管造影及术前超声波显示肝内、外胆管有异常。
对术中造影出现的假阳性，如气泡等进行核实。
[禁忌证]胆总管细，直径小于0.5cm或胆总管壁薄而脆。
[使用方法]纤维胆道镜及其附件以40%甲醛气密闭24小时进行消毒；或0.2%洗必泰浸泡30分钟；或1∶1000新洁尔灭浸泡1小时以上备用；或2%戊二醛浸泡20分，对HBsAg有效。
胆镜消毒后，以盐水纱布拭净。
调整好冷光源高度，备好冲洗装置系统〔普通吊瓶装消毒生理盐水〕。
器械保管：用后应冲洗清洁，清洗胆道镜应特别注意不可使目镜沾水，如有污物时，可用纱布或脱脂棉浸消毒用乙醇，挤干后擦拭、擦干，目镜、物镜用擦镜纸轻擦干净，置通风处凉干〔包括镜内外〕后收藏，不得扭曲，专人保管。
钳子用细毛刷仔细清洗干净。
[操作步骤]切除胆囊后，充分显露胆总管，必要时可别离十二指肠降部，以利窥视胆总管末段。
于胆总管下段前壁作1cm长的直切口，两边各缝一牵引线。
取尽结石后，在无菌操作下，插入胆道镜，同时从冲洗管口灌注生理盐水，并随时吸净。
一般先检视近段胆管，左右肝管，二、三级肝管，有时可达四级肝管，退镜时检查左右肝管集合处，肝总管及胆囊管口。
在窥镜下看清胆管内有结石后，再插入取石篮取出结石。
而后，再检查胆总管远端，直至看清楚乏特壶腹为止。
由胆道镜看到的壶腹括约肌部，半数呈放射状，其他为鱼嘴状、三角形和无定型。
放射状壶腹开口较干净，炎症较轻，纤维胆道镜容易通过。
腹腔镜，胆道镜，十二指肠镜在临床应用基础及意义适应症：十二指肠镜是目前对部分胆管疾病诊断及治疗的重要手段，不仅可以使部分高危患者临床症状得到明确诊断，同时也是一种良好的治疗手段，在临床适应症主要是对胆囊结石并胆总管结石，肝内外胆管结石治疗，可作为临床胆道引流手段，使部分以前需急诊手术患者过渡为择期手术，降低了手术风险。
腹腔镜联合胆道镜治疗结石是微创外科治疗的巨大进步，在术中除应用目前已经推广的腹腔镜胆囊切除处理胆囊结石，并且对既往需开腹手术患者不需开腹治疗，经腹腔镜胆囊切除，结合术中胆道镜取石，可以大大缩短患者住院时间，减轻传统开腹手术易并发切口感染等风险，得到大力推广。
对三者联合治疗1.临床胆囊结石病继发胆总管结石，并胆管炎或重症胆管炎。
患者常常有高热，黄疸，腹痛，保守治疗难以缓解，常常需急诊手术治疗，风险高。
传统方法治疗后切口感染风险大，患者住院时间长，费用大。
对该部分患者，可先行十二指肠镜取出胆总管结石，或予以引流，改善患者胆道感染临床症状，临床重症缓解后择期手术。
使手术风险大大降低。
然后，行腹腔镜胆囊切除及腹腔镜辅助胆道镜胆总管探查取石，腹腔镜切除病变胆囊，胆道镜可再次对胆总管探查，对部分ERCP难以取出巨大结石或多发结石，可以通过胆道镜取出。
因此，对胆囊结石并胆总管结石，梗阻性黄疸病人，或AOSC（急性梗阻性化脓性胆管炎，外科重症之一，死亡率高）患者，可以通过三镜联合治疗，分步骤，以微创手段取得疾病治愈，同时避免传统急诊手术抢救生命，仅能采取置管引流并且需再次手术治疗的命运，是医学治疗胆道结石的巨大进步。
2.对部分胆囊结石病胆总管结石患者，无明显胆总管梗阻患者，有不同治疗方法。
传统方法开腹治疗，创伤大，住院时间长。
三镜联合治疗可考虑先行ERCP取出胆总管结石，然后可在腹腔镜下结合胆道镜完成对胆囊结石疾病治疗及胆总管探查术，效果好，预后好。
对部分胆总管单发结石，经ERCP取石并证实胆总管结石已取尽患者，ERCP治疗结束后采取腹腔镜胆囊切除，可避免再次的胆道探查，患者可免除腹部留置胆道引流管长达30-90天甚至更长时间，同时也大大改善生活质量及长时间带管的各种并发症，如导管意外脱落需再次手术。
