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ssr分子标记原微卫星DNA又叫简单重复序列，指的是基因组中由1～6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200bp以下。
研究表明，微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核DNA中。
微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。
如果能够将这些变异揭示出来，就能发现不同的SSR 在不同的种甚至不同个体间的多态性，基于这一想法，人们发展起了SSR标记。
SSR标记又称为sequence tagged microsatellite site,简写为STMS，是目前最常用的微卫星标记之一。
由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。
由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP)，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。
由于SSR重复数目变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性，这就是SSR 标记的原理。
RAPD 技术是建立在PCR (Polymerase Chain Reaction)基础之上的一种可对整个未知序列的基因组进行多态性分析的分子技术。
其以基因组DNA为模板, 以单个人工合成的随机多态核苷酸序列( 通常为10 个碱基对) 为引物, 在热稳定的DNA 聚合酶( Taq 酶) 作用下, 进行PCR 扩增。
扩增产物经琼脂糖或聚丙烯酰胺电泳分离、溴化乙锭染色后,在紫外透视仪上检测多态性。
扩增产物的多态性反映了基因组的多态性。
/////////////////////////////////////////////生物的基因组中，特别是高等生物的基因组中含有大量的重复序列〔14〕，根据重复序列在基因组中的分布形式可将其分为串联重复序列和散布重复序列。
《基于SSR标记的小豆品种鉴定体系建立及应用》篇一
一、引言
小豆是我国重要的粮食作物之一，随着小豆品种的不断增加和改良，如何快速、准确地鉴定小豆品种显得尤为重要。
近年来，随着分子标记技术的快速发展，SSR（Simple Sequence Repeat）标记技术因其简单、高效、可靠的特点被广泛应用于作物品种鉴定。
本文旨在建立基于SSR标记的小豆品种鉴定体系，并探讨其应用。
二、材料与方法
1. 材料
本研究所用小豆品种来自不同地区、不同遗传背景的品种资源。
2. 方法
（1）SSR标记的选择与设计
根据小豆基因组信息，选择具有多态性、均匀分布的SSR位点，设计特异性引物。
（2）DNA提取与PCR扩增
采用CTAB法提取小豆品种DNA，进行PCR扩增。
（3）SSR数据分析与品种鉴定
对PCR产物进行电泳、拍照，对得到的谱带进行数据分析，建立小豆品种的SSR指纹图谱，进行品种鉴定。
三、结果与分析
1. SSR标记的选择与分布
本研究共选择XX个SSR位点，设计特异性引物，成功扩增出清晰、可识别的谱带。
这些SSR标记在小豆基因组中分布均匀，具有较好的多态性。
2. SSR指纹图谱的建立
通过对不同小豆品种的SSR标记分析，建立了小豆品种的SSR指纹图谱。
每个品种具有独特的谱带模式，可用于品种鉴定。
3. 品种鉴定结果
利用建立的SSR指纹图谱，对不同小豆品种进行鉴定，准确率达到XX%。
SSR分子标记技术及其在构建玉米DNA指纹库上的应用摘要SSR分子标记技术是在PCR基础上发展起来的一种DNA多态性检测技术，已广泛应用于植物基因组研究的各个领域。
概述了SSR标记的原理、类型、功能及其引物的来源，利用SSR构建玉米DNA指纹库的进展，玉米DNA指纹库在品种鉴定、品种保护及品种监测等方面的应用等，以为玉米品种的研究提供参考。
关键词SSR分子标记;玉米;DNA指纹库;应用AbstractSimple sequence repeat(SSR)markers on the basis of PCR as a technology of detection DNA polymorphism have been widely used in the studies of plant genome research in some fields. In the paper，the theories，types，functions and sources of primers by SSR marker were clarified. Then the processes of maize DNA fingerprinting pool construction by SSR were elaborated. Finally the application of maize DNA fingerprinting pool on cultivar identification，cultivar protection，cultivar detection et al was pointed to take references for maize varieties research.Key wordsSSR molecular marker;maize;DNA fingerprintingdatabase;application玉米是一种重要的饲用、粮用和工业加工作物，在国民经济中占有重要的地位。
微卫星DNA标记技术及其在遗传多样性研究中的应用摘要微卫星DNA的高突变率、中性、共显性及其在真核基因组中的普遍性，使其成为居群遗传学研究、种质资源鉴定、亲缘关系分析和图谱构建的优越的分子标记。
本研究系统介绍了微卫星DNA在结构和功能上的特点，并对微卫星DNA标记技术应用的遗传学机理和一般方法进行了扼要的阐述。
另外，本研究还探讨了微卫星DNA标记技术在遗传多样性研究中的应用现状，并进一步提出其发展前景。
关键词：微卫星DNA；微卫星DNA标记；遗传多样性大量重复序列的存在是真核生物基因组的主要特点之一，而且这些重复序列的拷贝数可高达百万份以上。
真核生物的基因组中，重复序列占有很大比重（＞50%）。
按照重复序列在染色体上的分布方式，分为散布重复和串联重复（VNTR）两种类型。
散布重复序列的拷贝数很多，在重复单位之间彼此常有序列的变化，难以用做分子标记。
串联重复序列根据重复单元数目的大小又分为卫星序列(satellites)、小卫星序列(mini-satellites)和微卫星序列(microsatellites)3种类型。
其中，卫星序列的重复单元大，一般分布在染色体的异染色质区，采用分子标记系统来揭示其多态性有一定的困难；小卫星序列主要存在于染色体近端粒处，通常以15~75个核苷酸为核心序列，长度从几十到几千个碱基不等；微卫星序列一般较短，属于以1~6个核苷酸为基本单元的简单串联重复。
微卫星DNA是真核生物基因组重复序列中的主要组成部分。
微卫星DNA也称简单串联重复序列（SSRs）或简单串联重复序列多态性（STRP）。
这些位点由非常短的串联重复DNA 片段（1-5个碱基）组成。
微卫星DNA 最早是在人类基因组研究中发现的，它极其丰富，分布在整个基因组中[1] 。
人类基因组最普遍的微卫星是那些含有A、AC、AAAN、AAN 或AG（这里N 代表G、C或T）的序列。
这5组重复序列大约占到人类基因组微卫星总量的75%。
㊀㊀2021年第62卷第5期933收稿日期:2021-03-15基金项目:宁波市 科技创新2025 重大专项(2019B10002)作者简介:王群(1994 ),女,湖北武汉人,助理农艺师,本科,从事分子辅助育种工作,E-mail:810838565@㊂通信作者:方小雪(1987 ),女,河南安阳人,农艺师,硕士,从事蔬菜育种及生物技术研究工作,E-mail:961935710@㊂文献著录格式:王群,刘洁,赵道松,等.利用InDel 标记对青梗菜新品种15039进行纯度鉴定[J].浙江农业科学,2021,62(5):933-936.DOI:10.16178/j.issn.0528-9017.20210531利用InDel 标记对青梗菜新品种15039进行纯度鉴定王群,刘洁,赵道松,方小雪∗(宁波微萌种业有限公司,浙江宁波㊀315100)㊀㊀摘㊀要:本研究以青梗菜15039及其亲本为试验材料,通过对亲本进行全基因组重测序,分析设计出12对InDel 标记㊂从12对引物中筛选出1对可用于青梗菜15039进行快速纯度鉴定的InDel 标记jpk-7㊂使用这对引物对304株青梗菜纯度进行检测,有302株青梗菜检测结果与田间表型纯度相一致,比例为99.34%,因此,引物jpk-7可以应用于青梗菜15039植株纯度检测㊂关键词:青梗菜;杂交种;InDel 标记;纯度鉴定中图分类号:S634.3㊀㊀㊀文献标志码:A㊀㊀㊀文章编号:0528-9017(2021)05-0933-04㊀㊀青梗菜(Brassica rapa SSP.Chinensis )为十字花科㊁芸薹属作物,起源于中国㊂青梗菜生长周期短,适应性广,可以随时播种㊁持续采收,对于克服春㊁冬季蔬菜淡季供应不足,保证蔬菜均衡供应,调节市场供应起着重要作用㊂近年来,随着青梗菜栽培面积扩大和国内市场对优质青梗菜品质需求的提升,青梗菜常规品种因整齐度差㊁退化等问题渐渐被淘汰,而青梗菜杂交品种因整齐度高㊁抗病性强㊁商品性好等优势越来越受人们喜欢㊂随着市场对优质青梗菜杂交种的需求量增加,青梗菜杂交种的质量问题逐渐引起人们关注㊂在青梗菜杂交种制种过程中常因混有亲本自交系种子或其他品种种子等生物学混杂问题影响种子纯度,因此,对青梗菜杂交种进行纯度鉴定是保证杂交种质量的必要步骤之一㊂目前我国青梗菜纯度鉴定主要以田间表型鉴定为主,此方法简单㊁直观,但受环境差异影响大㊁鉴定周期长且费工占地㊁表型特征判断不易把握[1],因此,建立青梗菜杂交种纯度室内快速鉴定方法十分必要㊂随着分子标记技术的发展,SSR 分子标记被广泛应用于蔬菜种子纯度鉴定工作中,前人利用SSR 分子标记技术完成黄瓜㊁甜瓜㊁辣椒等作物的纯度鉴定[2-4]㊂SSR 标记在十字花科作物中也得到应用,如青梗菜速俊109杂交种纯度SSR 分子标记鉴定[5]㊂但用于纯度鉴定的SSR 标记需从大量的引物库中进行筛选,耗时耗力,因此,需要一种更高效㊁准确的分子标记技术㊂近几年随着全基因组测序技术的发展,InDel 标记也被成功应用于结球甘蓝㊁大白菜等十字花科蔬菜作物的纯度检测[6-8]㊂本实验通过对青梗菜15039的亲本(W1㊁W2)进行全基因组重测序和数据分析,开发出可用于青梗菜15039纯度鉴定的InDel 分子标记,为以后开展青梗菜大规模㊁高效的室内纯度鉴定奠定基础㊂1㊀材料与方法1.1㊀材料供试材料青梗菜15039(正交组合152株㊁反交组合152株)及其亲本(W1㊁W2)种子由宁波微萌种业有限公司(以下简称微萌种业)提供,均种植于微萌种业育种基地㊂1.2㊀方法1.2.1㊀DNA 提取随机选取青梗菜15039及其父㊁母本植株各10株,用打孔器分别在青梗菜15039及其父㊁母本植株的嫩叶上取样,分别以青梗菜15039及其父㊁母本的嫩叶混合样品为材料提取DNA,获得青梗菜15039及其父本㊁母本的混合基因池㊂934㊀㊀2021年第62卷第5期青梗菜15039(正交组合152株㊁反交组合152株)植株叶片采用CTAB法进行单株DNA提取,用于纯度检测㊂1.2.2㊀全基因组重测序及InDel位点筛选父㊁母本混合基因池送到天津诺禾致源生物信息科技有限公司进行全基因组重测序,利用UltraEdit和Excel软件进行测序数据的对比和分析㊂1.2.3㊀引物设计重测序基因序列与白菜全基因组数据(Bra_ Chromosome_V3.0)进行对比,得到raw date,数据过滤后对比筛选得到具有InDel差异的有效数据㊂从BRAD数据库(/ brad/blastPage.php)中下载白菜全基因组数据(Bra_Chromosome_V3.0),用Primer Premier5.0软件在差异位点两侧保守区设计引物㊂为了确保扩增的特异性,引物设计参数特别考虑GC含量介于40%~50%㊁退火温度介于50~60ħ,引物片段长度介于17~25bp㊂1.2.4㊀PCR体系的构建PCR扩增采用近岸蛋白质科技有限公司的2ˑTaq Master Mix㊂PCR体系为20μL:DNA模板1μL(DNA浓度50ng㊃μg-1),正反向引物各1μL(引物浓度10ng㊃μL-1),2ˑTap Master Mix10μL,超纯水7μL㊂PCR扩增程序为:94ħ预变性5min,94ħ变性20s,54ħ退火20s,72ħ延伸40s,循环32次,72ħ延伸10min,4ħ保存1h㊂PCR产物用2%琼脂糖凝胶检测㊂2㊀结果与分析2.1㊀引物筛选通过对青梗菜15039亲本进行全基因组重测序数据分析设计出12对引物(表1)㊂12对引物对青梗菜15039及其父㊁母本的DNA扩增结果如图1,根据电泳结果筛选出3对具有多态性的引物jpk-1㊁jpk-3和jpk-7㊂其中引物jpk-1和jpk-3虽满足父㊁母本扩增存在差异及F1呈共显性的引物筛选要求,但父㊁母本扩增的条带片段差异较小,需电泳1.5h 后父㊁母本条带才会出现明显差异,耗时太长,因此,不选取这两对引物用于纯度鉴定㊂引物jpk-7母本扩增片段大小为225bp,父本扩增片段大小为184bp,父㊁母本扩增的条带片段差异大,带型清晰稳定,可用于青梗菜15039纯度鉴定㊂表1㊀12对InDel引物的序列引物名称正向引物(5ᶄ~3ᶄ)反向引物(5ᶄ~3ᶄ)jpk-1ATAGGAAACTTGCGGACTT CTTCTTAAACCGTGTATAACTC jpk-2GCAGCGGTCAAGCATAGT GAGGGAGTTTAGGTTCATTT jpk-3GATGCTCGTACTGTTGGATG CTGTCAGATAATGATTGCTTG jpk-4ACGTCTATGTCTACTCTGCC TTTTTCCTTTTGATGTTTTTjpk-5GATCTTCTCTCCAAAACTCTCT AAAGTCCAAGCTAAATTACAAA jpk-6CAAATCTCTCAAGACACATAAACCA CTAAAGCAGCAATTGGGTGTTC jpk-7GTTCCAACATTTCCTCACAA CAGTAGGCTCGACGTATACA jpk-8ATTATTGGTGAAGAGCACGAGGAG CTTGCACGACATGATTAAGGAGC jpk-9CAATCTTAGGGACTGTTGGAAGC CAATCAAGCCATGCAAATGAGATA jpk-10AATGATTGGTGGCCTTAGACTTT AACAATGATTCTACGATGAAGTT jpk-11TAGCAGAACAGATTTCCCCAGTG AGCTTACTCCTTTGTCTGACTTT jpk-12GTGAACAAAAGTTTCAACTACAGCGTG TGCACAACTGGACTTCCGAGTGA2.2㊀引物jpk-7检测青梗菜15039植株纯度利用筛选出的引物jpk-7对田间种植的304株青梗菜15039(正交组合编号1~152,反交组合编号153~304)进行纯度检测,检测纯度率为96.05%㊂其中,正交组合(编号1~152)的152个单株中有9株母本植株,编号分别为57㊁86㊁91㊁102㊁111㊁123㊁131㊁143和150,其余143株都为杂交种,编号47~92单株扩增结果如图2所示,编号57㊁86和91植株只扩增出母本条带,缺少父本条带;反交组合(编号153~304)的152个单株中有3株父本植株,编号分别为188㊁218和279,其余149株都为杂交种,编号183~228单株扩增结果如图3所示,编号188和218号只扩增出父本条带,缺少母本条带㊂2.3㊀田间表型鉴定青梗菜15039植株纯度304株青梗菜15039植株(正交组合编号1~ 152,反交组合编号153~304)定植后20d开始观察记录植株田间表型性状,2~3d观察一次,共观㊀㊀M maker;W1 母本;W2 父本;F1 杂交种15039;jpk-1~8 引物编号㊂图1㊀部分InDel 引物对青梗菜15039及其亲本电泳M maker;W 1 母本;W 2 父本;57㊁86㊁91 青梗菜15039母本㊂图2㊀引物jpk-7对15039正交组合部分植株电泳图察5次㊂青梗菜15039母本植株与F1田间表型区别为株型较矮,叶脉纹路更明显,叶色浅绿无光泽;青梗菜15039父本植株与F1田间表型区别为株型较开展,叶片较小㊂经过田间表型鉴定,304株青梗菜15039植株纯度率为96.71%㊂其中正交组合(编号1~152)的152个单株中有7株母本植株,编号分别为57㊁86㊁91㊁102㊁123㊁143㊁150,其余145株认定为杂交种;反交组合(编号153~304)的152个单株中有3株父本植株,编号分别为188㊁218㊁279,其余149株认定为杂交种㊂M maker;W 1 母本;W 2 父本;188㊁218 青梗菜15039父本㊂图3㊀引物jpk-7对15039反交组合部分植株电泳936㊀㊀2021年第62卷第5期2.4㊀InDel标记检测与田间表型鉴定纯度结果对比InDel标记检测与田间表型鉴定纯度结果如表2,InDel标记检测304株青梗菜15039中有12株亲本株,纯度率为96.05%;田间鉴定304株青梗菜15039中有10株亲本株,纯度率为96.71%㊂青梗菜15039反交组合的152个单株InDel标记检测结果与田间表型鉴定结果完全一致㊂青梗菜15039正交组合的152个单株InDel标记检测结果与田间表型观察鉴定结果基本相符,存在较小差异,田间表型观察结果为亲本的7个单株同时也全部被InDel标记检测为亲本,而编号111和131的植株田间表型鉴定结果为杂交种,但InDel标记检测为亲本㊂表2㊀InDel标记与田间表型观察鉴定纯度结果的比较检测样品样品数检测方法正交组合亲本杂株编号反交组合亲本杂株编号亲本杂株数纯度/%青梗菜15039304分子检测57㊁86㊁91㊁102㊁111㊁123㊁131㊁143㊁150188㊁218㊁2791296.05田间鉴定57㊁86㊁91㊁102㊁123㊁143㊁150188㊁218㊁2791096.713㊀小结与结论近年来,SSR分子标记因引物广谱性㊁操作简单㊁成本低等特点,已经在水稻㊁油菜㊁玉米㊁小麦㊁西瓜㊁甜瓜㊁棉花等作物的种子纯度鉴定中得到广泛应用[9]㊂但随着全基因组测序技术的发展, InDel标记也逐渐进入大家视野并已成功应用于玉米㊁瓠瓜㊁大白菜等蔬菜作物中㊂InDel标记与SSR标记相比具有数量更丰富㊁稳定性和重复性更好㊁扩增产物分离效果更显著等优点[10]㊂并且针对检测材料设计的引物具有更高准确性,可以大大节省引物筛选时间,因此,会越来越受育种者关注㊂本试验从12对InDel引物中筛选出3对具有双亲互补型的引物,选用其中1对条带差异大㊁稳定性高的InDel引物对青梗菜15039杂交种进行纯度鉴定㊂这对引物对304株青梗菜15039植株纯度检测结果与田间表型鉴定结果存在较小差异,检测结果相同的有302株,检测结果不相同的有2株,两者结果相同比例高达99.34%,因此,引物jpk-7可以应用于青梗菜15039植株纯度检测㊂本试验为今后应用InDel标记检测青梗菜纯度积累了一定经验㊂首先,在进行分子检测结果与田间表型鉴定结果比对时,需在植株不同生长期对植株田间表型进行多次鉴定,以保证田间表型鉴定纯度结果的准确性㊂其次,考虑到分子标记纯度鉴定需要高通量快速进行,因此,筛选引物时需要综合考量引物的质量好㊁稳定性高与耗时短等因素㊂参考文献:[1]㊀周会.利用分子生物学技术鉴定农作物品种真实性和纯度[D].雅安:四川农业大学,2012.[2]㊀周胜军,张鹏,朱育强,等.黄瓜 浙秀1号 种子纯度的SSR鉴定[J].分子植物育种,2013,11(5):557-561.[3]㊀武婷,郭诚,巫水钦,等.应用SSR标记鉴定甜瓜流星翡翠的种子纯度[J].浙江农业科学,2020,61(5):841-842,845.[4]㊀卢霞,邓志军,刘梦华,等.辣椒基因组SSR引物的开发及品种纯度分子鉴定[J].江苏农业科学,2020,48(7):65-68.[5]㊀范伟强,王超楠,黄志银,等.青梗菜速俊109杂交种纯度SSR分子标记鉴定[J].种子,2020,39(8):146-148.[6]㊀杨双娟,原玉香,魏小春,等.利用Indel标记鉴定 豫甘3号 结球甘蓝种子纯度[J].分子植物育种,2018,16(8):2519-2524.[7]㊀薛银鸽,原玉香,张晓伟,等.利用InDel标记鉴定大白菜杂交种豫新四号种子纯度[J].农业生物技术学报,2014,22(4):449-456.[8]㊀刘栓桃,张志刚,王立华,等.大白菜杂交新组合ZF006未成熟杂交种纯度分子标记快速鉴定[J].山东农业科学,2020,52(1):31-36.[9]㊀余香.白菜薹杂种一代种子生产技术的研究及纯度鉴定[D].武汉:华中农业大学,2015.[10]㊀杨洁,赫佳,王丹碧,等.InDel标记的研究和应用进展[J].生物多样性,2016,24(2):237-243.(责任编辑:王新芳)。
[收稿日期] 2006203209 [基金项目] 贵州省科技攻关项目[黔科合农社字(2002)1136号] [作者简介] 朱 英(1977-),女,研究实习员,从事贵州优质作物种质资源及重要功能基因的研究。
3通讯作者,liuzuoyi @专论与综述[文章编号]100123601(2006)增刊2018220093203SSR 分子标记的发展及其在动植物遗传育种中的应用朱英1,2,陶刚1,3,刘作易1,43(1.贵州省农业生物技术重点实验室,贵阳550006;2.贵州省农业科学院生物技术研究所,贵阳550006;3.贵州省农业科学院植物保护研究所,贵阳550006;4.贵州省农业科学院,贵阳550006) [摘 要]SSR 是建立在PCR 技术上的一种广泛应用的分子标记,本文对SSR 标记的发展、特点及其在遗传图谱的构建、品种鉴定和在动植物育种等方面的研究进展进行了概述。
[关键词]SSR ;分子标记;育种[中图分类号]Q75;Q78[文献标识码]ADevelopment of SSR Marker and It s Application in Plantand Animal Genetics and BreedingZHU Y ing 1,2,TAO Gang 1,3,L IU Zuo 2yi 1,43(1.The Key L aborator y f or Agriculture Biotechnology of Guizhou ,Guiya ng 550006;2.I nstitute of Biotechnology ,Guizhou Aca demy of Agricultural Sciences ,Guiyang 550006;3.I nstitute of Pla nt Protection ,Guizhou Aca demy of Agricultural Sciences ,Guiya ng 550006;4.Guizhou Aca demy of Agricultural Sciences ,Guiya ng 550006,China ) Abstract :SSR (Simple Sequence Repeats )is a classic technique for molecular marker.The development andcharacteristic of the SSR Marker was reviewed ,and the current research advance of genetic mapping ,identification of variety and molecular marker in plant and animal breeding were also discussed in this paper.K ey w ords :Simple Sequence Repeats (SSR );molecular marker ;breeding 在人类及动植物的基因组中,包括内含子、编码区及染色体上的任一区域,均存在着由1～6个核苷酸为基本重复单位的串联重复序列(simple se 2quence repeat s ),简称SSR ,又称微卫星DNA (mic 2ro satellite DNA ),其长度大多在100bp 以内[1]。
与时俱进的SSR分子标记技术及其在水稻中的应用李筠【摘要】SSR标记又称为微卫星标记,具有共显性、多态性高、易检测等优点,是目前被广泛应用的一种分子标记.随着分子生物技术的不断发展,SSR分子标记技术也日趋成熟完善,有条件的实验室实现了高通量自动化的技术流程.SSR分子标记技术在水稻DNA指纹图谱的构建和品种真实性鉴定、遗传图谱的构建、基因的定位和图位克隆以及分子标记辅助选择育种等方面有着广泛的应用.【期刊名称】《生物技术世界》【年(卷),期】2016(013)005【总页数】2页(P88-89)【关键词】SSR分子标记水稻 DNA指纹图谱【作者】李筠【作者单位】深圳农业科技促进中心,广东深圳518000【正文语种】中文【中图分类】Q75SSR标记（simple sequence repeat）也称为微卫星标记，是分子标记中的一种，是指以少数几个核苷酸（2～4个）为单位的串联重复序列。
SSR分子标记技术在水稻研究中发挥着至关重要的作用，利用该技术构建的DNA指纹图谱数据库，为品种真实性鉴定、种质资源鉴定，育种材料确权等提供了强有力的技术支撑。
同时，利用SSR分子标记技术绘制水稻遗传图谱，进而研究水稻具有重要农艺性状的基因，对这些基因进行QTL分析、精细定位和图位克隆，进行分子标记辅助选择育种等，为水稻分子设计育种奠定了坚实的基础，最终将可实现“想要怎样的稻米，即可创造怎样的稻米”的梦想。
目前，分子标记可分为四大类：一是基于DNA-DNA杂交的分子标记，如RFLP标记；二是基于PCR与限制性酶切技术结合的分子标记，如AFLP标记、CAPS标记等；三是基于PCR的分子标记，包括随机引物PCR标记（如RAPD标记）和特异引物PCR标记（如SSR标记、STS标记）；四是基于DNA测序的标记，如SNP，Indels，EST标记。
与第一、二类分子标记相比，SSR标记具有以下优点：（1）在染色体上覆盖率高，数量多，且是共显性标记；（2）在基因座位上存在着丰富的等位基因，即多态性高。
SSR分子标记的开发技术研究进展
唐荣华;张君诚;吴为人
【期刊名称】《西南农业学报》
【年(卷),期】2002(015)004
【摘要】综述简单重复序列标记(SSR)的特点及在作物遗传图谱构建、品种鉴定及分子标记辅助育种等方面的应用价值.重点描述开发SSR标记的两种方法的基本原理和主要步骤,一种是通过克隆酶切片段和大量测序寻找SSR标记的传统方法,一种是应用SAGE原理不需要克隆的STMP技术.介绍这两种方法在创建小麦或大豆SSR标记中的应用.它们都能有效地开发可扩增出特定位点SSR的PCR引物.【总页数】4页(P106-109)
【作者】唐荣华;张君诚;吴为人
【作者单位】广西农业科学院经济作物研究所,广西,南宁,530007;福建农林大学作物科学学院,福建,福州,350002;福建农林大学作物科学学院,福建,福州,350002【正文语种】中文
【中图分类】S188
【相关文献】
1.SSR分子标记技术及其在蓖麻研究中的应用研究进展 [J], 刘玲;柯皓天;傅晓;吕银;冯超
2.SSR分子标记的研究进展 [J], 杨梦婷;黄洲;干建平;徐君驰;庞基良
3.ISSR分子标记在果蔬资源上的应用及研究进展 [J], 张珺; 孔维鹏; 刘丽平; 王兴腾; 张艺粒; 李霞; 张小艾
4.ISSR分子标记技术在植物中的应用及其研究进展 [J], 邱国俊; 程敏; 郭计华
5.ISSR分子标记技术在植物中的应用及其研究进展 [J], 邱国俊; 程敏; 郭计华因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
![一种高通量的植物器官发育相关SSR分子标记方法[发明专利]](https://img.taocdn.com/s1/m/a0d137e652ea551811a687b2.png)
专利名称：一种高通量的植物器官发育相关SSR分子标记方法专利类型：发明专利
发明人：张钊,戚维聪,方培红,曹晓倩,刘欣童,石少川,陈曦
申请号：CN201710404453.4
申请日：20170601
公开号：CN106987648A
公开日：
20170728
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明公开了分子生物学领域的一种高通量的植物器官发育相关SSR分子标记方法。
通过本发明方法，以月季的花为例，可以一次性得到十几万对SSR引物，并从中找到3387对SSR引物与月季花发育过程中表达的功能基因相关。
选出的SSR分子标记数量多，具有多态性，适合不同应用的选择，能够很好的为分析发掘相关基因提供遗传背景、了解中国古老月季的驯化历史、月季的栽培驯化、月季种质资源多样性，还能为其他蔷薇科蔷薇属植物的亲缘关系鉴定及遗传图谱构建提供一套SSR分子标记体系。
本发明的方法几乎完全依赖计算机的模拟与计算，摆脱了实验室的条件限制与不可控因素的影响，且得到的分子标记数量巨大、可靠、多态性好。
申请人：中国农业大学
地址：100193 北京市海淀区圆明园西路2号
国籍：CN
代理机构：北京众合诚成知识产权代理有限公司
代理人：陈波
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基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记戚维聪;程计华;黄邦全;李坦;林峰【期刊名称】《江苏农业学报》【年(卷),期】2014(000)005【摘要】利用油料作物海甘蓝(十字花科)发育时期种子的RNA-Seq测序数据组装获得186778条cDNA重叠群( Contigs)序列，通过MISA 和Primer 3程序设计了6639个EST-SSR分子标记。
在这些标记中，除了单核苷酸重复(45%)外，三核苷酸重复的 SSR 是最常见的碱基重复类型(29%)，其次是双核苷酸型(10%)、五核苷酸型(7%)、六核苷酸型(5%)和四核苷酸型(2%)型。
采用电子定位的方法将1206个EST-SSR标记定位到近缘种白菜( Brassica napa)的基因组上。
依据引物在白菜基因组中的分布，挑选了20条EST-SSR引物在海甘蓝中进行PCR验证，其结果显示所有引物均能够扩增出符合预期大小的PCR片段。
这些新开发的EST-SSR引物可以作为功能标记应用于海甘蓝的分类鉴定、遗传图谱构建、种质资源鉴定以及分子标记辅助育种工作中。
【总页数】6页(P997-1002)【作者】戚维聪;程计华;黄邦全;李坦;林峰【作者单位】江苏省农业科学院农业生物技术研究所，江苏南京 210014; 荷兰瓦赫宁根大学植物育种系，荷兰瓦赫宁根 6708PB;荷兰瓦赫宁根大学植物育种系，荷兰瓦赫宁根 6708PB; 中国科学院武汉植物园，湖北武汉 430074;湖北大学生命科学院，湖北武汉 430062;江苏省农业科学院农业生物技术研究所，江苏南京210014;江苏省农业科学院农业生物技术研究所，江苏南京 210014【正文语种】中文【中图分类】S565.903.53【相关文献】1.基于沙棘转录组序列开发EST-SSR分子标记 [J], 李珊珊;曾艳飞;何彩云;张建国2.基于胡鲇科和鲇科ESTs序列初步筛选兰州鲇EST-SSR分子标记 [J], 魏大为;连总强;吴旭东;王发新;李力;俞兆曦;杨忠礼3.基于干旱胁迫下杉木转录组序列的EST-SSR分子标记开发 [J], 吴夏雷;董黎;孙宇涵;胡瑞阳;郑会全;胡德活;李云4.基于RNA-seq数据的密斑刺鲀SSR分子标记开发及鉴定 [J], 马军; 刘嘉鑫; 江智景; 周永森; 于振豪; 王海山; 陈燕; 陈攀; 黄海5.基于RNA-seq的崇左金花茶EST-SSR标记开发 [J], 邵阳;范文;黄连冬;高继银;李昕骥;张文驹因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
Botanical Research 植物学研究, 2017, 6(3), 86-95Published Online May 2017 in Hans. /journal/br https:///10.12677/br.2017.63013文章引用: 杨帅, 李慧, 侯欣, 张丽. 大规模开发及特性分析十字花科SSR 分子标记及其数据库的构建[J]. 植物学研究,Large-Scale Development and Character Analysis of SSR Markers and Database Build in BrassicaceaeShuai Yang 1,2*, Hui Li 2, Xin Hou 1, Li Zhang 1*1College of Plant Protection, Shandong Agricultural University, Taian Shandong 2College of Life Sciences, Jinan University, Jinan ShandongReceived: May 4th , 2017; accepted: May 21st , 2017; published: May 24th, 2017AbstractBrassicaceae is an important family in the plant kingdom. The Simple Sequence Repeats (SSRs) play a vital role in the study of Brassicaceae. By using 13 known sequenced Brassicaceae species with bioinformatics and comparative genomics methods, a total of 1,786,619 SSR loci and 1,919,464 pair of primers have been developed. The results show that the SSRs are widely distributed in the Brassicaceae species’ genomes, 1 - 3 bases duplication have a high ratio among these genomes and gene sequences, AT/TA repeats units have a high numbers in all of the 2 base duplication. In addi-tion, 435,414 specific SSR primers could be used to analyze the correlation between the species of Brassicaceae. 11 pairs of universal primers’ developed shows that there exist some consistent base fragments and could be amplified across different species. In this study, we constructed the world’s first SSR molecular marker database platform (BSSRD, Brassicaceae Simple Sequence Re-peats Database /BSSRD ) which will play an important role in the con-struction of genetic map, gene mapping and genetic breeding of Brassicaceae.KeywordsBrassicaceae, SSR, Specific Primers, Universal Primers, Database大规模开发及特性分析十字花科SSR 分子标记及其数据库的构建杨 帅1,2*，李 慧2，侯 欣1，张 丽1*1山东农业大学植物保护学院，山东 泰安 2济南大学生命科学院，山东 济南*通讯作者。
杨帅等收稿日期：2017年5月4日；录用日期：2017年5月21日；发布日期：2017年5月24日摘要十字花科在植物界中是一种极具价值的科，简单重复序列(Simple Sequence Repeats, SSR)在十字花科的研究中发挥着及其重要的作用。
本研究利用已知13个十字花科物种的基因组，借助生物信息学和比较基因组学的方法，获得了1,786,619个SSR位点及1,919,464对SSR引物。
结果显示SSR位点广泛分布于十字花科物种的基因组中，其中1~3单元的重复在基因组和基因序列中占有率较高，二单元重复中的AT/TA 重复单元的数目占总数目的大部分。
利用435,414对物种特异性SSR，可以进行十字花科物种关联分析。
11对通用引物的开发，说明了十字花科物种内存在一致性区段，可以进行引物跨物种扩增。
本研究构建了世界首个十字花科SSR分子标记数据库平台(BSSRD, Brassicaceae Simple Sequence Repeats Data-base /BSSRD)，该平台将会在以后十字花科植物的遗传图谱的构建，基因定位和遗传育种中发挥重要的作用。
关键词十字花科，SSR，特异引物，通用引物，数据库Copyright © 2017 by authors and Hans Publishers Inc.This work is licensed under the Creative Commons Attribution International License (CC BY)./licenses/by/4.0/1. 引言在植物界中，十字花科是一种非常重要的科，其拥有375个属，3200个种，广泛分布于世界各地，其中在中国就有95个属，约411余种[1]。
十字花科植物的种类繁多，既有富含食用价值的蔬菜，如白菜、甘蓝等植物，又有极具观赏价值的紫罗兰等植物，此外还有极高经济价值的油菜，亚麻荠等油料作物，是所有开花植物中最有经济价值的科之一[2]。
更重要的是，由于十字花科植物拟南芥的生长周期短，结实多，广泛生长等优点，成为了植物界内研究最早的模式物种之一，在遗传育种等分子生物学研究中扮演着非常重要的角色[3]。
近年来，在基因水平上通过一些分子标记来提高十字花科对人的营养利用价值，经济价值和科研价值的研究成为了一个热点[4] [5]。
简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)，又称为微卫星DNA序列，是广泛存在于整个基因组中的一类分子标记[6]。
SSR一般定义为1~6个碱基串联重复组成几十bp的序列，其两端的序列是相对保守的单拷贝序列。
SSR具有的广泛分布，共显性高，重复性好，多态性高，易于检测等生物学优点使得其成为一种常用的分子标记，并广泛应用于植物遗传多样性分析、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等领域[7] [8] [9]。
但是据我们查询所知，现在对于十字花科植物SSR的研究仅局限于单个物种，并且仅利用表达序列标签(Express Sequence Tags，EST)序列检测的SSR并不完整[10] [11]。
随着现在第二代测序技术的发展成熟以及测序价格的降低，到目前为止，十字花科植物中阿拉伯岩芥菜[12]，玉山筷子芥[13]，拟南芥[14]，油菜[15]，甘蓝[16]，芜菁[17]，亚麻芥[18]，荠菜[12]，亚拉巴马水芹[12]，盐芥近缘种[19] [20]，水蒜芥[12]，小盐芥[21]等13个物种已经完成了全基因组测序并进行杨帅等了基因的预测，这给本研究提供了丰富的数据基础。
现在分子生物学技术以及生物信息学技术的发展，也给本研究提供了后续个性化分析技术和平台。
本研究将基于十字花科物种的基因组信息，进行SSR标记标记的大规模开发和相关数据库的构建。
2. 材料与方法2.1. 实验材料从十字花科基因组数据库BRAD (/brad/index.php) [22]以及美国生物信息中心NCBI (https:///)等公共数据库中下载到十字花科物种的全基因组序列以及其基因序列，统计各个物种的详细信息(见表1)。
2.2. 方法技术2.2.1. SSR位点扫描利用Micro Satellite identification tool-MISA [23]软件包中的Perl脚本进行批量扫描十字花科物种的SSR位点，本研究设定是否为SSR的标准为：1) 一单元至少十次重复，二单元至少六次重复，三单元至少五次重复，四单元至少五次重复，五单元至少五次重复，六单元至少五次重复。
2) 两个SSR之间距离小于100 bp时组合为一个复合SSR。
2.2.2. SSR位点统计利用Perl脚本对扫描得到的SSR做了以下分类统计：1) 各个基因组和基因序列SSR位点数目；2) 各个物种的1~6重复单元数目；3) 各个物种不同的重复单元前两位的重复片段数目。
2.2.3. 序列截取计算每个SSR位点在基因组序列上的物理位置，利用SSR位置信息从每个十字花科物种的基因组上截取SSR 起始终止位点前后各60 bp的序列，并将截取的序列中N值小于10%的序列筛选出来进行下一步引物的设计。
Table 1. The detail information of Brassicaceae species表1.十字花科物种详细信息表物种名拉丁名版本号基因组总长(Mb) 基因总长(Mb) 发表文献发布日期阿拉伯岩芥菜Aethionema arabicum V1.0 199.4 43.5 Nature Genetics[12]2013.06 玉山筷子芥Arabidopsis lyrata V1.0 206.7 39 Nature Genetics[13]2011.04拟南芥Arabidopsis thaliana TAIR10 119.7 32.1 Nature[14]2000.12油菜Brassica napus V5.0 850.3 100 Science[15]2014.08甘蓝Brassica oleracea V1.1 385 37.4 Nature Communications[16]2014.05芜菁Brassica rapa V1.5 284.9 49.4 Nature Genetics[17]2011.08亚麻芥Camelina sativa V2.0 641.5 113 Nature Communications [18]2014.04荠菜Capsella rubella V1.0 134.8 35.3 Nature Genetics[12]2013.06 亚拉巴马水芹Leavenworthia alabamica V1.0 174.2 45.4 Nature Genetics [12]2013.06 盐芥近缘种1 Schrenkiella parvula V7.0 137.3 34.8 Mitochondrial DNA[17]2015.08 水蒜芥Sisymbrium irio V1.0 259.5 55 Nature Genetics[12]2013.06 盐芥近缘种2 Thellungiella halophila V1.0 243.1 35.7 Plant Physiology[20]2010.11 小盐芥Thellungiella salsuginea V2.0 233.7 34.1 PNAS[21]2012.07杨帅等2.2.4. 引物设计将上述截取的序列利用Emboss (/)软件包中的e-primer3(http://emboss.bioinformatics. nl/cgi-bin/emboss/eprimer3)进行引物的设计，设置参数为：MinTM = 55，MaxTM = 80，MinGC = 40，MaxTM = 60，Product Size = 100~300，numberturn = 5。
