SSR分子标记在作物遗传育种中的应用_罗冉

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《2024年基于SSR标记的小豆品种鉴定体系建立及应用》范文

《基于SSR标记的小豆品种鉴定体系建立及应用》篇一一、引言小豆作为我国重要的粮食作物之一，其品种繁多，品质差异大。

为了准确鉴定小豆品种，保障农业生产及市场流通的顺利进行，建立一套高效、准确的小豆品种鉴定体系显得尤为重要。

本文旨在介绍基于SSR（Simple Sequence Repeat）标记的小豆品种鉴定体系的建立及其应用。

二、SSR标记技术简介SSR标记，即简单重复序列标记，是一种基于DNA多态性的分子标记技术。

其优点在于操作简便、重复性好、信息量大等，因此在作物品种鉴定、遗传图谱构建等方面得到了广泛应用。

SSR标记通过分析特定基因座上的重复序列的变异情况，可实现作物品种的快速、准确鉴定。

三、小豆品种鉴定体系的建立1. 样品采集与DNA提取：从各地收集小豆品种样品，采用合适的DNA提取方法获取高质量的DNA。

2. SSR引物设计：根据小豆基因组信息，设计特异性高、多态性好的SSR引物。

3. PCR扩增及数据分析：以提取的DNA为模板，进行PCR 扩增，通过电泳、测序等方法获取SSR标记的基因型数据。

4. 品种鉴定模型的构建：利用统计软件对基因型数据进行处理，建立小豆品种鉴定模型。

四、小豆品种鉴定体系的应用1. 品种纯度鉴定：通过SSR标记技术，可快速鉴定小豆种子的纯度，为种子质量检测提供依据。

2. 品种资源保护：利用SSR标记技术对小豆种质资源进行鉴定，为种质资源的保护和利用提供支持。

3. 遗传育种研究：SSR标记技术可用于小豆遗传图谱的构建，为小豆遗传育种研究提供有力工具。

4. 农业执法与市场监管：通过SSR标记技术，可对市场上的小豆品种进行快速、准确的鉴定，为农业执法与市场监管提供支持。

五、结论本文建立了基于SSR标记的小豆品种鉴定体系，通过样品采集、DNA提取、SSR引物设计、PCR扩增及数据分析等步骤，成功构建了小豆品种鉴定模型。

该体系具有操作简便、重复性好、信息量大等优点，可广泛应用于小豆品种的纯度鉴定、资源保护、遗传育种研究以及农业执法与市场监管等领域。

SSR标记在植物遗传育种中的应用

１３ＳＲ标记的主要特点．Ｓ
ＳＲ标记具有的主要优点：① 数量丰富，均匀、随机、广泛地分布于植物基因组中，Ｓ
覆盖整个基因组；② 每个位点均有许多等位形式，多态性丰富，信息含量高；③ 以孟德
尔方式遗传，呈共显性，能够鉴别出纯合基因型和杂合基因型。揭示等位位点的差异，
遗传学家Ｉｔ１Ｊｔ研究了几个ＳＲ位点上的ｌ个等位基因时发现，这些序列中有３个ｉ￣Ｉｙｔ］ｕＳ２
２８
小
麦
研
究
３卷２
（ＡＡＴ或４（）ｎ个ＡＧＡ）ｎ核苷酸重复的序列，Ｔ并将其命名为Ｍｉｒｓｔｌｔ即微卫星。Ｓｃ０ａｅｌｅｉＳＲ这一技术一经问世，便很快在动植物的遗传分析中得到广泛应用。１２ＳＲ标记的原理．Ｓ由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的ＤＮ片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合Ａ成引物进行ＰＲ扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。由于单个微卫星位点重复单元Ｃ
由于ＳＲ标记具有诸多优点，Ｓ使得其在构建植物遗传图谱、传多样性、因定位、遗基抗病基因的筛选等方面广泛应用。２１建遗传图谱．构
ＳＲ是共显性标记，多态性高，适宜构建高密度的遗传图谱。白Ｒｄｒ “ 发表了Ｓｏｅ等

16分水稻实验材料的群体结构分析

水稻供试实验材料的群体结构分析摘要：利用全基因组的相互间不连锁的60个微卫星标记（simple sequence repeat，SSR），对实验室中的16分水稻材料进行全基因组扫描，利用STRUCRE软件估算群体结构。

基于模型的群体结构SSR分子标记数据的遗传距离聚类和模型分析发现，该群体科划分为2个亚群体。

关键词：水稻；群体结构；SSR；前言由于群体结构会增加染色体间的连锁不平衡，使目的性状与不相关的基因座间表现出关联，即造成假关联，这可能会导致定位错误【Flint-Garcia 2005】。

Cardond等认为群体结构是引起假阳性的最主要因素。

所以在进行关联分析时，群体的结构是必需予以考虑和解决的。

群体结构分析是指遗传变异在群体内和群体间的分布形式及其在时间上的变化。

运用独立遗传标记（如SSR、SNP、RFLP 或AFLP）可以分析群体结构。

SSR (Simple Sequence Repeat) 标记技术以其共显性、多态性高、重复性好、稳定可靠、操作简单等优点成为重要的研究方法之一，目前SSR标记主要在遗传多样性、群体结构、DNA指纹库、遗传图谱构建和基因定位、品种和纯度鉴定等方面具有较大的优势[SSR 分子标记及其在农作物育种中的应用、SSR分子标记在作物遗传育种中的应用]，已广泛应用于育种等农业科研工作。

水稻是世界最重要的栽培粮食作物，养活了世界近一半的人口。

水稻种质资源丰富，分布广泛，对其群体结构情况研究清楚，对新品种的选育具有重要的参考价值。

采用SSR分子标记对水稻的群体结构进行分析，可为水稻品种改良以及抗病育种工作提供新的依据。

1 材料与方法1.1 实验材料供试品种：日本晴、9311、杨辐糯4号、鸭血糯、黄壳糯、苏御糯、明恢63、赣晚籼30、武育粳3号、越光、146B、古426、桂朝2号（F）、桂朝2号、IR36(F)、IR36，共计16个品种。

表1 实验材料及其编号编号名称编号名称编号名称x2 IR36(R) x16 越光x21 桂朝2号（R)x3 146B x17 武育粳3号x22 日本晴x9 黄壳糯x18 古426 x23 赣晚籼30x11 IR36(F) x19 鸭血糯x24 9311x13 苏御糯x20 明恢63 x25 扬辐糯4号x15 桂朝2号（T)1.2 实验方法1.2.1 DNA提取实验采用SDS法提取水稻DNA。

不同抽薹性萝卜遗传多样性的SSR分子标记分析

不同抽薹性萝卜遗传多样性的SSR分子标记分析关键词：萝卜;抽薹;SSR标记;遗传多样性萝卜（RaphanuativuL.）在世界各地均有种植，其中欧美国家主要栽培小型四季萝卜，亚洲国家则主要栽培大型萝卜[1]。

萝卜是我国重要的十字花科蔬菜作物，年种植面积在120万hm2左右，位居全国各类蔬菜种植面积第3位，在蔬菜生产和供应上起到了重要作用[2]。

在生产上，萝卜比较容易发生“未熟抽薹”或“先期抽薹”現象，即萝卜肉质根在未完全膨大时就抽薹，从而降低或失去商品价值，造成经济损失。

我国拥有众多萝卜种质资源，但开始耐抽薹品种选育的研究较晚，导致日本和韩国的耐抽薹品种大量进入国内，占据主要市场。

因此，加强对耐抽薹萝卜种质资源的研究，不断培育新的种质资源，是加快耐抽薹萝卜育种进程的重要途径。

简单序列重复（impleequencerepeat，SSR）通常又称为微卫星或者STMS（equence-taggedmicroatellite），是基于PCR的分子标记，普遍分布于真核生物基因组中，具有信息含量高、稳定性好、多态性高、操作和分析简单等优点，现被广泛用于蔬菜种质资源遗传多样性分析[3]及种质资源鉴定[4]等研究。

近几年以萝卜为材料利用SSR标记进行的研究，主要包括图谱构建[5-7]、基因组学[8]、转录组学[9]、表观遗传学[10]、纯度鉴定[11-12]、育性鉴定[13]和肉质根色[14]等方面。

本研究对57份不同抽薹性萝卜材料进行SSR分析，旨在从分子水平上研究各材料遗传背景和亲缘关系，为选育耐抽薹萝卜品种提供理论依据，以期实现分子标记辅助育种。

1材料与方法1.1材料1.2方法1.2.1DNA提取2022年2月26日，在蔬菜种质与品种创新四川省重点实验室进行萝卜穴盘育苗，待幼苗长至3张真叶时采嫩叶，用天根生化科技（北京）有限公司生产的高效植物基因组DNA提取试剂盒提取基因组DNA，微量分光光度计（NanoDrop2000）检测DNA浓度和质量，将DNA浓度调至10ng/μL，-20℃冰箱（海尔医用低温保存箱）保存备用。

利用SSR标记筛选水稻富γ-氨基丁酸后代材料

利用SSR标记筛选水稻富γ-氨基丁酸后代材料SSR标记是一种常用的分子标记技术，可以用来筛选水稻富含γ-氨基丁酸（GABA）的后代材料。

GABA是一种非常重要的生物活性物质，具有许多医疗和保健功能，如抗氧化、抗老化和抗糖尿病等。

培育富含GABA的水稻品种对于提高水稻的营养价值和经济效益具有重要意义。

为了利用SSR标记筛选富含GABA的水稻后代材料，我们首先需要了解水稻的基因组结构和GABA合成相关基因的位置。

然后，通过SSR技术测定水稻后代材料中的特定区域的基因多态性。

具体步骤如下：1. DNA提取：从水稻后代材料中提取DNA。

可以利用商业化的DNA提取试剂盒进行提取，遵循相应的操作步骤。

2. 设计引物：根据已知的水稻基因组序列和GABA合成相关基因的信息，设计能够特异性扩增目标基因区域的引物。

确保引物的特异性和合适的引物长度。

3. PCR扩增：将设计好的引物与提取出的DNA样品进行PCR扩增反应。

PCR反应体系和反应条件根据具体实验条件进行优化，确保扩增反应的特异性和效率。

4. 扩增产物分析：将PCR扩增产物进行电泳分析。

可以选择使用琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳。

根据不同PCR产物的大小和浓度，选择合适的电泳条件。

5. 数据分析：根据电泳结果，分析每个样品在特定区域的扩增产物条带情况。

通过比对扩增产物的大小和浓度，筛选出富含GABA的后代材料。

通过以上步骤，我们可以筛选出富含GABA的水稻后代材料。

在筛选过程中，可以根据需要选择不同的引物和扩增条件，以提高筛选的准确性和效率。

也可以通过扩大样品数量和进行重复实验，进一步验证筛选结果的可靠性。

这种利用SSR标记筛选富含GABA的水稻后代材料的方法，可以为水稻育种提供重要的参考和指导，为培育高品质、高营养价值的水稻品种奠定基础。

SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用

SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用作者：管敏来源：《硅谷》2014年第17期摘要我国最早的引入分子标记技术是在20世纪的80年代，经过近几十年的不断发展，分子标记法也取得了较快进步，不仅应用领域在不断拓展，应用成果也非常显著。

作为世界上最重要粮食作物之一的水稻，对于人类的生存与发展起到了十分关键性的作用，而如何更好的运用生物技术全面提高水稻亩产量，提升水稻品质已经成为了国际社会共同关注的焦点话题。

经过多年的技术研究和发展，遗传标记在识别生物群体的多态性的过程中逐渐充当着重要的角色，通过形态标记可以对生物的形态差异进行比较，分子标记直接检测出生物DNA分子结构上的变化，进而更好的将好的品种和遗传特性保留下来。

在这种情况下，对于SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用进行分析和研究具有重要的现实意义。

关键词 SSR分子标记；水稻；品种鉴定；遗传育种；应用中图分类号：S336 文献标识码：A 文章编号：1671-7597（2014）17-0071-02在水稻品种鉴定和遗传育种以及水稻的遗传作图中，SSR分子标记一直都充当着重要的角色。

以往的育种主要依赖的是植株的表现型进行品种的鉴定和选择的，这对于育种者的经验具有很高的要求，而且需要进行多次技术测定，不仅耗时而且费力，因此需要在此基础上去寻求更好更加准确的标记方式，以此来提高项目育种的质量和效率。

而自从SSR分子标记的出现和发展，对于水稻育种工作和品种的鉴定具有重要的促进作用。

和普通的标记方法相比，SSR 标记是不受到周围的环境条件以及相关的因素影响的，因此具有很好的发展前景。

本文也将从SSR标记的基本原理出发，对于SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用进行了分析和论述，希望给读者一定的启示。

1 SSR标记的基本原理分析无论是水稻还是其他的生物作物都是由特定的基因组组成的，但是由于每一个SSR序列的存在单元存在一定的差异性，因此基因的座位也存在多态性。

SSR和ISSR分子标记及其在植物遗传育种研究中的应用

文章编号:1000-1573(2002)01-0090-05SSR 和ISSR 分子标记及其在植物遗传育种研究中的应用张立荣,徐大庆,刘大群(河北农业大学植保学院,河北保定071001)摘要:SSR(Si mple Seq uence Repeat)和ISSR (Inter-Si mple Seq uence Repeat)技术是在PCR 基础上发展起来的两种DNA 多态性检测技术,已开始应用于基因组研究的各个领域。

概述了SSR 、ISSR 反应的原理、特点,总结了其在植物亲缘关系和遗传多态性研究、DNA 指纹库的建立、遗传图谱的构建和基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用,并肯定了SSR 、ISSR 在植物遗传育种领域的广阔应用前景。

关键词:SSR;ISSR;分子标记;遗传育种中图分类号:S 435 文献标识码:ASSR marker,ISSR marker and their applicationto plant genetics and breedingZHAN G L -i rong,XU Da -qing,LIU Da -qun(College of Plant Protection,Agricultural University of Hebei,Baoding 071001,China)Abstract:Simple sequence repeats (SSR)and Inter-simple sequence repeats (ISSR)are two kinds of DNA markers based on the polymerase chain reaction (PCR).They have been applied in many aspects of genome re -search.This paper has clarified the theories and characteristics of SSR as well as ISSR.The authers also sum -marized their applications in genetic polymorphisim and genetic relationship,establishment of DNA fingerprinting pool,construction of genetic map,gene localization and marker-aided selection.The two methods of DNA ec -ular marker open up broad prospec ts for the studies of plant genetics and breeding.Key words:SSR;ISSR;molecular marker;genetics breeding近年来,分子标记的研究与利用得到了迅速的发展。

SSR分子标记在作物种质资源鉴定中的应用

SSR分子标记在作物种质资源鉴定中的应用山东农业科学2012，44（10）：11 18Shandong Agricultural Sciences收稿日期：2012－04－27基金项目：国家自然科学基金项目（30971546）；山东省科技发展计划项目（2012GNC1101）作者简介：王燕龙（1988－），女，在读硕士研究生，研究方向：分子遗传学。

E －mail ：wangyanlong0000@/doc/ac92eece8bd63186b cebbc66.html *通讯作者：单雷，博士，研究员，研究方向：植物分子生物学。

E －mail ：shlei1025@/doc/ac92eece8bd63186bcebbc66. htmlSSR 分子标记在作物种质资源鉴定中的应用王燕龙1，2，姜言生3，曲志才1，单雷2*（1.曲阜师范大学生命科学学院，山东曲阜273165；2.山东省农业科学院高新技术研究中心/山东省作物与畜禽遗传改良重点实验室，山东济南250100；3.潍坊市农业科学院，山东潍坊261031）摘要：介绍了SSR 分子标记的特点及其在作物种质资源鉴定中的应用，主要包括亲缘关系鉴定、品种鉴定、真实性鉴定及纯度鉴定；提出了改进方法，并对其应用前景作了展望。

关键词：SSR 标记；作物；指纹图谱；种质鉴定中图分类号：Q599；S338文献标识号：A文章编号：1001－4942（2012）10－0011－08Application of SSR Markers in Crop Germplasm Identification Wang YanLong 1，2，Jiang YanSheng 3，Qu ZhiCai 1，Shan Lei 2*（1．College of Life Science ，Qufu Normal University ，Qufu 273165，China ；2．Hi －Tech Research Center ，Shandong Academy of Agricultural Sciences /Key Laboratory for Genetic Improvement of Crop ，Animal and Poultry of Shandong Province ，Jinan 250100，China ；3．Weifang Academy of Agricultural Sciences ，Weifang 261031，China ）Abstract The characterizations of SSR markers were introduced and its application in crop germplasm i-dentification was also reviewed ，which included the relation evaluation of different germplasms ，variety identi-fication ，authenticity and purity identification of varieties．In addition ，the improving methods for SSR were put forward and its application prospect was discussed in this paper．Key wordsSSR analysis ；Crop ；Fingerprinting map ；Germplasm identification种质资源鉴定是作物育种的重要基础，国内外已从形态学、细胞学以及生理生化等方面进行了大量的研究。

SSR分子标记的发展及其在动植物遗传育种中的应用

[收稿日期]　2006203209　[基金项目]　贵州省科技攻关项目[黔科合农社字(2002)1136号]　[作者简介]　朱　英(1977-),女,研究实习员,从事贵州优质作物种质资源及重要功能基因的研究。

　3通讯作者,liuzuoyi @专论与综述[文章编号]100123601(2006)增刊2018220093203SSR 分子标记的发展及其在动植物遗传育种中的应用朱英1,2,陶刚1,3,刘作易1,43(1.贵州省农业生物技术重点实验室,贵阳550006;2.贵州省农业科学院生物技术研究所,贵阳550006;3.贵州省农业科学院植物保护研究所,贵阳550006;4.贵州省农业科学院,贵阳550006) [摘　要]SSR 是建立在PCR 技术上的一种广泛应用的分子标记,本文对SSR 标记的发展、特点及其在遗传图谱的构建、品种鉴定和在动植物育种等方面的研究进展进行了概述。

[关键词]SSR ;分子标记;育种[中图分类号]Q75;Q78[文献标识码]ADevelopment of SSR Marker and It s Application in Plantand Animal Genetics and BreedingZHU Y ing 1,2,TAO Gang 1,3,L IU Zuo 2yi 1,43(1.The Key L aborator y f or Agriculture Biotechnology of Guizhou ,Guiya ng 550006;2.I nstitute of Biotechnology ,Guizhou Aca demy of Agricultural Sciences ,Guiyang 550006;3.I nstitute of Pla nt Protection ,Guizhou Aca demy of Agricultural Sciences ,Guiya ng 550006;4.Guizhou Aca demy of Agricultural Sciences ,Guiya ng 550006,China ) Abstract :SSR (Simple Sequence Repeats )is a classic technique for molecular marker.The development andcharacteristic of the SSR Marker was reviewed ,and the current research advance of genetic mapping ,identification of variety and molecular marker in plant and animal breeding were also discussed in this paper.K ey w ords :Simple Sequence Repeats (SSR );molecular marker ;breeding 在人类及动植物的基因组中,包括内含子、编码区及染色体上的任一区域,均存在着由1～6个核苷酸为基本重复单位的串联重复序列(simple se 2quence repeat s ),简称SSR ,又称微卫星DNA (mic 2ro satellite DNA ),其长度大多在100bp 以内[1]。

SSR标记在玉米研究中的应用研究进展

SSR标记在玉米研究中的应用研究进展SSR标记是短串重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR）的标记，也叫微卫星标记。

SSR标记在玉米研究中具有广泛的应用价值，因为它具有高度多态性、稳定性、可重复性等特点，已经成为了描绘遗传多样性、构建遗传图谱、探讨种质资源开发利用方向等方面的主要工具。

一、SSR在遗传多样性分析方面的应用SSR标记已成为了玉米遗传多样性分析的主要手段之一，因为它具有高度多态性和稳定性。

随着SSR技术的发展，越来越多的SSR标记被应用于玉米遗传多样性分析中，已经被广泛应用于各种不同品种和种群的遗传多样性分析。

通过SSR标记的应用，可以描绘玉米的遗传多样性分布、不同品种之间的遗传差异等，为玉米的保护与发展提供了有力的基础支撑。

构建遗传图谱是研究玉米遗传进化和遗传多样性的重要手段，也是探究玉米品种间亲缘关系的重要途径。

SSR标记的高度多态性、可重复性和稳定性，使其成为构建玉米遗传图谱的重要工具。

在构建玉米遗传图谱的过程中，SSR标记提供了一种快速而容易的方法，可以高效地确定基因的遗传距离和亲缘关系，从而为进一步的玉米种质资源开发提供基础支撑。

三、SSR在玉米品种分类中的应用SSR标记可以描绘不同品种之间的遗传差异，为玉米品种分类提供了有力的支撑，使其成为了玉米品种鉴定的重要工具。

通过SSR标记的分析，可以鉴别出不同品种之间的遗传差异和亲缘关系，进而为玉米品种分类提供参考，从而指导玉米种质资源的保护和留种。

种质资源是作物育种研究的基础，SSR标记可以描绘不同品种之间的遗传差异与亲缘关系，为种质资源的鉴定、保护和开发提供了重要的手段。

SSR标记在玉米种质资源开发与利用中的应用，具有以下几个方面的特点：（1）种质资源的鉴定和鉴别。

通过SSR标记分析种质资源的遗传差异和亲缘关系，可以确定不同品种或不同来源的种质资源的遗传差异和亲缘关系，为玉米育种研究提供了基础数据。

（2）新品种的创制和筛选。

SSR技术及其在植物遗传育种中的应用

ＳＲ的操作技术．究其在植物遗传育种上的应用效果。Ｓ研 · ·
１材料和方法
ｌＩ供试材料＿
Ｂ４Ｂ６Ｂ４和Ｂ８４个玉米自交系。其中Ｂ４和Ｂ６为美国衣阿华坚秆综合种ＢＳＩ，９，６６１９ＳＳ轮回选择群体中选出的自交系；６Ｂ４和Ｂ８为（４９）１６Ｂ１ ×Ｂ６ ×Ｂ４群体中选出的妹妹系。
维普资讯
｛８）３ … １７９，（：￣９３７。３
７ｊ７一
了弓
ＳＲ技术及其在植物遗传育种中的应用Ｓ
赵元明 Leabharlann （河南省农业科学院经济作物研究所，郑州４００）５０２
型堡
由于Ｂ４Ｂ６同为ＢＳ１和９ＳＳ综合种轮回选择群体中分离出的自交系，如此高的多态性显示了
ＳＲ标记的高度变异性。Ｂ４和Ｂ８与回交亲本Ｂ１Ｓ６６４的遗传差异较小，别为ｎ．和分７５８，和非回交亲本Ｂ６的遗传差异较大，别为３．和４．。该结果和自交系间的．而９分７２３１系谱关系完全吻台，显示ＳＲ标记在揭示自交系间遗传差异上的可靠性和精确性（３。Ｓ表）
关词墨：己焦造蔓键业拯．塑生苎土
ｇ｝）卫星
分子标记能够反映植物在遗传物质ＤＮＡ水平上的差异，是植物遗传育种领域内的一项新兴技术。ＲＦＰ标记白Ｐｔｒｏ（８在着茄上首次应用以来．Ｌａｅｓｎ１８）９一直居重要地位，因其但技术操作复杂，耗时多且花费较大等原因，又相继出现了其它许多类型的分子标记，ＲＡＰ如Ｄ、ＡＦＰ和ＳＬＴＳ等，这些分子标记虽各有特点，均不理想。理想的分子标记应具备如下条件：但遗传上呈共显性，有高度变异性，析简便，于实现自动化，具分易便于交换和传播等。ＳＲ（ｉｌＳｑｅｃｅｅｔ）ＳＳｍｐｅｅｕｎｅＲｐａ又称微卫星ＤＮＡ（ｃｏａｅｉ）是一种由２Ｍｉｓｔｌｔ，ｒｌｅ～５个核苷酸为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列，它广泛分布于整个真核生物基因组的不同座位上，个座位重复单位的数量可能不完全相同，每因而形成多态性，ｓＲ分子标即Ｓ

ISSR分子标记技术在作物遗传育种中的应用

基金项目:国家重点研发计划（2017YFD0100505）；天津市水稻产业技术体系（ITTRRS2018027、ITTRRS2018014）。

作者简介:孙玥（1982-），女，汉，吉林榆树人，博士，副研究员，从事作物遗传育种工作。

通讯作者:孙林静（1971-），女，汉，黑龙江人，本科，副研究员，从事作物遗传育种工作。

文章编号:1005-2690(2019)12-0026-02中图分类号:S336文献标志码:BISSR 分子标记技术在作物遗传育种中的应用孙玥，苏京平，王胜军，闫双勇，孙林静*（天津市农作物研究所，天津300384）摘要:ISSR 分子标记是目前生物标记上新型的标记技术模式，通过引用设计简单的SSR 技术，按照两端碱基础序列，实施高重复性操作，完成多信息的综合重组。

在作物的种植鉴定、遗传定位、多样性区分上具有良好的标记作用，可以实现多态化的操作。

针对ISSR 分子标记技术的相关特点进行了分析，研究作物实验操作上，通过遗传育种技术领域的操作，完成作物遗传育种的整体应用操作过程。

关键词:ISSR 分子标记；遗传作物；育种；应用通过SSR 技术标记，对卫星序列两侧的保守序列进行引物设计分析，完成PCR 扩容和卫星序列的增序操作。

通过SSR 序列的拷贝，可以重点分析其中的差异，依照技术的稳定和重复情况，分析遗传种质标准，明确SSR 技术两侧引物的操作和特异性，依照引物设计费用消耗比例关系，分析一定程度上技术的广泛应用。

1ISSR 技术标准特点分析ISSR 技术是以多分子标记为基础，通过组建内的扩容，实现微卫星序列的单一设计操作。

依据两侧的反向序列对DNA 进行SSR 排列，完成单引物的扩增。

通过染色体、色谱、色带电泳等相对位置，判断相同ISSR 品间标记下的多态数据内容；通过ISSR 的碱基数据引物操作分析，判断串联重复组建序列下的组成标准。

按照3端、5端的锚定位碱基分析，确保ISSR 引物下SSR 的DNA 数据序列扩增水平；通过卫星基因的增效分布判断，对灯位变异状态进行分析，明确ISSR 技术检测的多态性操作；通过物种的特异性判断，将ISSR、SSR 进行特异性的研究；通过与动植物等各类基因的对比分析，可以从不同角度进行设计要求分析，判断产物的多态水平，提供必要的基因组数据信息。

SSR分子标记及其在农作物育种中的应用

ＳＲ分子标记及其在农作物育种中的应用Ｓ
汪由１吴禹１李兆波王岩，，，，王光霞
（．１辽宁省农业科学院创新中心，沈阳１０６；．１１１２沈阳市东陵区白塔街道办事处，沈阳１０６）１１７摘要：在概述简单重复序列（ｓ）ｓＲ标记的发现过程、结构特征、理和方法、原技术优缺点的基础上，详细介绍此技术在遗传多样性、ＤＡ指纹库、Ｎ遗传图谱构建和基因定位及分子标记辅助选择等研究上的应用情况，分析了ＳＲ技术在农作物育种领域的广阔并Ｓ
每个反应）质量低，ＳＲ标记的可重复性好，作、且Ｓ操技术难度低：在理论上，ＳＳＲ标记是一种单一基用限制
性内切酶或超声波处理获得ＤＡ片段．Ｎ并将ＤＡ片Ｎ
了一种新的分子标记方法— —ＳＲ分子标记［］Ｓ。
１２ＳＲ标记的原理和方法．Ｓ
人类遗传学家Ｌｔ和Ｌｔｉｔｕｙ在心肌肌动蛋白基因中发
现了一种（Ｇ）核苷酸重复。Ｔｎ二首次提出了 “ 卫星微
收稿日期：０００ — ４２１— ９２
术建立的ＳＲ引物设计技术。其过程为：以基因组ＳＤＡ为模板．用５锚定简并ＳＲ引物对其扩增，ＮＳ得
到的产物连进Ｔ载体．一然后对克隆直接测序，据测根
序结果设计引物［］ “。
应用前景。
关键词：传多样性；Ｎ遗ＤＡ指纹库；遗传图谱构建；因定位；基分子标记辅助选择中图分类号：９３Ｑ４文献标识码：Ａ文章编号：６４１６（０１２０１ — ５１７ — １１１） — ０７０２ｏ

SSR分子标记及其在植物遗传育种中的应用

●综述●1引言伴随着遗传学的发展,遗传标记(genetic marker)经历了形态标(morphological maker)、细胞标记(cytological maker)、生化标记(biochemical maker)和分子标记(molecular maker)四个阶段[1]。

其中DNA 分子标记的独特优势在于它信息量大、在植物不同组织及不同发育时间均可以进行检测[2]、多数标记呈共显性、经济方便和易于观察记录[3]等。

目前,应用于植物DNA 分子标记技术主要有RFLP 、RAPD 、SSR 、ISSR 、AFLP 、SNP 等。

本文主要对SSRs 的发现过程、结构特征、原理和类型、技术优缺点、产生多态性的机理等方面,以及在植物遗传育种中的应用进行概述。

1.1SSR 简介SSR (Simple sequence repeats ,简单重复序列)又称微卫星DNA(microsatellite DNA)标记。

SSR 序列是指由1~6个碱基组成的基序(motif )串联重复而成的DNA 序列,其长度大多在100~200bp 。

SSR 广泛分布于真核生物基因组中的非编码区、3′、5′非翻译区及内含子中,也有少量分布于外显子、启动子或基因组的其它位置中。

1.2SSR 分布1.2.1SSR 序列在植物中广泛存在随着结构基因组学和功能基因组学的发展,大规模基因组和EST 序列的测定,为研究SSR 序列在基因组中的分布提供了丰富资源。

近年来相关研究表明,SSR 分布于植物整个基因组,包括编码区和非编码区,平均23.3kb 就有一个SSR ;随着SSR 分子标记的发展,在大豆、玉米、小麦、高粱、番茄、水稻、马铃薯、葡萄、桑树、蔬菜、棉花、花生、人参、拟南芥、黑松、云杉、杨树等基因组DNA 序列中都已发现大量的SSR 位点。

1.2.2SSR 序列在基因组中的分布差异SSR 序列在不同基因组中的分布具有很大差异。

SSR分子标记在作物遗传育种中的应用

SSR M arker and Its Applica tion to Plan t Genetics and Breed ing
L I L i,WAN G Hai2gang, ZHAN G X iao2li, PEN G Suo2tang
( College of A g ricu ltu re, S hanxi A g ricu ltu ra l U n iversity, Ta igu 030801, Ch ina)
SSR标记的优越性体现在 : ( 1 )遗传信息量大 ,一个 SSR 座位最多可以检测到 26个等位基因 ; (2)呈孟德尔共显性遗传 ,可以鉴别纯合基因型和杂合基因型 ,提供完整的遗传信息 ; ( 3 ) 态性丰富 ,数量充足 ; ( 4 )可靠性强 ,仅需要少量的 DNA ,受外界因素干扰小等 ; ( 5 )实验程序简单 ,耗时短 ,结果重复性好。
在确定了引物的基础上就可以在 PCR 仪上对基因组中的 SSR 序列进行扩增。由于不同引物、不同材料的扩增条件存在着差异 ,这就需要对引物浓度、Tag 酶、M g2 + 浓度、pH 值、变性温度、退火温度等进行优化 ,以便获得清晰、准确、便于统计的电泳图谱。在这里值得一提的是最好选用一家公司同一批次的 Tag 酶以便增加可比性 , 减小不必要的误差。由于 M g2 + 是 Tag DNA 聚合酶的激活剂 ,所以它的浓度不仅影响酶的活性和合成的可靠性而且还影响引物与模板的结合效率和产物的特异性 [ 9 ] 。高浓度的 M g2 +虽然可以保证 PCR 反应的顺利进行 ,但有时产物带有明显的背景 ,适当降低 M g2 + 浓度则可以有效地消除背景 ,其作用比提高退火温度更明显 [ 10 ] ;在实验时要根据引物、材料的不同确定合适的 M g2 +浓度。退火温度是指引物与模板特异结合的最佳温度 ,是任何 PCR 反应最重要的参数 [ 11 ] 。退火温度对 SSR 影响也较大 ,退火温度低 ,引物和模板结合特异性较差 ,出现的条带可能增多 ;退火温度高 ,引物和模板结合特异性增加 [ 4 ] 。并且在 SSR 扩增反应中 ,不同的材料 , 引物浓度不相同 ;相同的材料 ,由于引物浓度的差异 ,退火温度也是不相同的 ,所以在试验时要设计几个不同的温度梯度 ,反复调试 ,选择最佳退火温度。目前 ,一般 SSR试验采用的退火温度在 55 ℃左右。 3. 4 电泳及染色

微卫星(SSR)分子标记在杂交水稻不育系不同株系遗传差异分析中的应用

微卫星(SSR)分子标记在杂交水稻不育系不同株系遗传差异分
析中的应用
欧立军
【期刊名称】《江苏农业科学》
【年(卷),期】2009(000)005
【摘要】以杂交水稻两用核不育系628S衍生的5个株系为材料,用SSR分子标记进行遗传差异分析.供试材料中株系11S和628S带型相同,即基因型相同,其植株形态差异为表现型差异;株系21S、20S、6S、29S则各有特异谱带,其形态差异为基因型差异.试验表明SSR分子标记能鉴别真正可遗传的基因型差异,可在杂交水稻三系辅助育种中充分利用.
【总页数】2页(P45-46)
【作者】欧立军
【作者单位】怀化学院生命科学系/怀化市生物育种与加工技术实验,湖南怀
化,418008
【正文语种】中文
【中图分类】S511.035.4
【相关文献】
1.基于SSR标记的中籼型两系杂交水稻亲本遗传差异分析 [J], 徐世龙;严天泽;钟日超;秦鹏;王凯;杨远柱
2.滇-型杂交水稻质核雄性不育恢复基因的SSR分子标记 [J], 赵银河;张雪梅;谭亚
林;谭学林
3.红麻雄性不育系的选育和不育基因的ISSR分子标记 [J], 李辉;李德芳;陈安国;唐慧娟;李建军;霍光
4.寒兰株系间遗传多样性和亲缘关系的SSR分子标记分析 [J], 徐晓薇;江南;杨俊波;杨燕萍;王丽芳
5.用ISSR分析四川苎麻品种(系)间的遗传关系及雄性不育分子标记的建立 [J], 丁明忠;潘光堂;张中华;杨燕;李立安
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蚕豆EST-SSR分子标记的建立及其应用的开题报告

蚕豆EST-SSR分子标记的建立及其应用的开题报告一、研究背景蚕豆是一种重要的农业作物，其种子具有高蛋白、低脂肪和多种维生素的特点，被广泛应用于食品、饲料等领域。

然而，蚕豆也存在一些问题，如裂荚、矮性、低产等，严重影响了其生产效益。

因此，开展蚕豆遗传改良研究势在必行。

分子标记技术是分子遗传学的重要手段之一，可以快速、准确地鉴定、分析、筛选物种中的相关基因，在遗传改良中具有重要作用。

EST-SSR分子标记是一种基于EST（表达序列标签）序列的SSR（简单序列重复）标记，由于其具有相对较高的保守性和多态性，因此被广泛应用于植物遗传育种中。

因此，本研究旨在建立蚕豆EST-SSR分子标记库，并应用于蚕豆遗传变异分析和育种研究中，以期为蚕豆遗传改良提供有力的分子遗传学依据。

二、研究内容1. 收集蚕豆EST序列数据，建立EST-SSR分子标记库。

2. 使用PCR技术对EST-SSR标记进行验证和优选，并进行电泳检测，筛选出具有高多态性的EST-SSR标记。

3. 应用优选出的EST-SSR标记对蚕豆不同基因型进行遗传变异分析。

4. 在选育材料中应用EST-SSR标记进行育种研究，探讨标记在蚕豆育种中的应用价值。

三、研究意义1. 通过建立蚕豆EST-SSR分子标记库，可以为蚕豆遗传改良提供重要的分子遗传学依据。

2. 优选出的高多态性EST-SSR标记可以用于蚕豆遗传变异分析和育种研究，有望为蚕豆育种提供新的思路和方法。

3. 本研究对于推进我国蚕豆遗传育种研究，提高蚕豆生产效益，具有一定的实际应用价值。

四、研究方法1. 获取蚕豆EST序列数据并进行处理。

2. 设计EST-SSR引物，进行PCR扩增。

3. 对PCR扩增产物进行电泳检测和分析，筛选出多态性较高的EST-SSR标记。

4. 应用多态性较高的EST-SSR标记对蚕豆进行遗传变异分析和育种研究。

五、预期结果1. 获得一批具有高多态性的蚕豆EST-SSR分子标记。

SSR标记及其在水稻遗传育种中的研究进展

SSR标记及其在水稻遗传育种中的研究进展
吴朝晖
【期刊名称】《湖南农业科学》
【年(卷),期】2007(000)003
【摘要】SSR标记广泛应用于作物遗传育种,呈共显性,具有多态性丰富、重复性好、技术难度较低等优点.就SSR标记的原理、特点以及SSR标记在水稻遗传育种中的研究状况进行了综述.
【总页数】4页(P36-39)
【作者】吴朝晖
【作者单位】国家杂交水稻工程技术研究中心,湖南,长沙,410125;中南大学生物科
学与技术学院,湖南,长沙,410083
【正文语种】中文
【中图分类】S511.032
【相关文献】
1.SSR标记在水稻遗传育种中的应用 [J], 程保山;杨加银;徐卫军
2.SSR标记在水稻遗传育种中的应用 [J], 黄国庆;郭加沅;肖国樱
3.SSR标记技术在水稻遗传育种中的应用 [J], 吕桂兰;丁芬;沈枫;马秀芳;唐志强
4.SSR标记技术在水稻遗传育种中的应用浅议 [J], 梅嘉沼;张金珠
5.SSR标记及在水稻遗传育种中的应用 [J], 张桂莲;陈立云;张顺堂;雷东阳
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植物SSR标记的发展及其在遗传育种中的应用

植物SSR标记的发展及其在遗传育种中的应用
郭瑞星;刘小红;荣廷昭;孙东发;谭振波
【期刊名称】《玉米科学》
【年(卷),期】2005(13)2
【摘要】SSR(simple sequence repeat)作为第二代基于PCR的一种新型DNA 分子遗传标记,广泛分布于整个植物基因组。

对SSR产生的机理、SSR分子标记在植物遗传图谱构建及基因或QTL的定位、物种进化与分类、品种遗传多样性、品种保护与亲子鉴定、纯度鉴定、杂种优势的机理及其预测等方面的研究进展进行了综述。

【总页数】4页(P8-11)
【关键词】SSR;遗传;育种
【作者】郭瑞星;刘小红;荣廷昭;孙东发;谭振波
【作者单位】北京大北农农业科技研究院;四川农业大学玉米研究所;华中农业大学植物科技学院
【正文语种】中文
【中图分类】S513.03
【相关文献】
1.SSR分子标记的发展及其在动植物遗传育种中的应用 [J], 朱英;陶刚;刘作易
2.SSR分子标记的发展及其在动植物遗传育种中的应用 [J], 朱英;陶刚;刘作易
3.SSR和ISSR分子标记及其在植物遗传育种研究中的应用 [J], 张立荣;徐大庆;刘
大群
4.SSR标记在植物遗传育种中的应用 [J], 马勇
5.SSR分子标记及其在植物遗传育种中的应用 [J], 李珊珊;孙春玉;蒋世翠;王康宇;王义;张美萍
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基因组学与应用生物学，2010年，第29卷，第1期，第137－143页Genomics and Applied Biology,2010,Vol.29,No.1,137－143评述与展望Review and ProgressSSR 分子标记在作物遗传育种中的应用罗冉吴委林张旸李玉花*黑龙江哈尔滨东北林业大学生命科学学院,哈尔滨,150040*通讯作者,lyhshen@摘要SSR (simple sequence repeat)是建立在PCR 技术上的一种广泛应用的分子标记，具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。

本文简要介绍了SSR 分子标记技术的原理和特点，重点介绍了SSR 分子标记技术在作物遗传育种中的应用，主要在作物遗传多样性、基因定位、分子辅助标记、遗传图谱构建、品种鉴定和纯度鉴定等方面进行阐述。

关键词SSR,分子标记,作物,遗传育种SSR Marker and its Application to Crop Genetics and BreedingLuo Ran Wu WeilinZhang Yang Li Yuhua *Heilongjiang Harbin College of Life Sciences of Northeast Forestry University,Harbin,150040*Corresponding author,lyhshen@ DOI:/10.3969/gab.029.000137Abstract SSR (simple sequence repeat)is a classic technique for molecular marker based on PCR technique,which had many advantages,such as abundance,high polymorphism,co-dominance etc.This paper has clarified the concept and characteristics of SSR marker,then presents emphatically its application to plant genetics and breeding,and focus on genetic diversity,gene mapping,marker assistant selection,construction of genetic map,varietal identification,purity identification and so on.Keywords SSR (simple sequence repeat),Molecular markers,Crop,Genetics and breeding /doi/10.3969/gab.029.000137基金项目：本研究由国家科技部863项目(2008AA10Z156)和国家自然基金重点项目(30730078)共同资助遗传标记(genetic marker)是指在遗传分析上用作标记的基因，也称为标记基因。

它可追踪染色体、染色体的某一节段或某一个基因座在家系中传递的任何一种遗传特性。

目前，应用较为广泛的遗传标记主要有形态标记(morphological maker)、细胞标记(cytological maker)、生化标记(biochemical maker)和分子标记(molecular maker)。

前3类遗传标记都是对基因的间接表达，并且标记位点少，多态性差，容易受到环境因素、季节变化等影响，因此发展比较缓慢。

分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种较为理想的遗传标记形式，它以蛋白质、核酸分子的突变为基础，检测生物遗传结构及其变异。

分子标记技术从本质上讲都是以检测生物个体在基因或基因型上所产生的变异来反映生物个体之间的差异。

广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA 序列或蛋白质，狭义的分子标记指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA 片段。

目前广泛应用的DNA 分子标记有三代，分别为第一代的限制性片段长度多态性(RFLP)，随机扩增多态性DNA (RAPD)，第二代的扩增酶切片段长度多态性(AFLP)，简单序列重复长度多态性(SSR)，第三代的单核苷酸多态性(SNP)等。

本文主要对SSR 分子标记技术的原理、特点以及在作物遗传育种中的应用进行概述。

1SSR 分子标记技术的原理和特点SSR 也称为微卫星DNA (microsatellite DNA)、短串联重复(tendom-repeats)或简单序列长度多态性(simple sequence length porlymorphism)，它通常是指以2~5个核甘酸为单位多次串联重复的DNA 序列，基因组学与应用生物学Genomics and Applied Biology也有少数以1~6个核甘酸为串联重复单位。

串联重复次数一般为10~50次，如(A)n、(TC)n、(TAT)n、(GA-TA)n、(GA)n、(AC)n以及(GAA)n等。

同一类微卫星DNA可分布在基因组的不同位置上，长度一般在100bp以下。

由于重复次数不同，从而造成了每个位点的多态性(Akkaya et al.,1992;Wang et al.,1994;向道权等,2001)。

每个SSR两端的序列一般是相对保守的单拷贝序列，通过这段序列可以设计一段互补寡聚核苷酸引物，对SSR进行PCR扩增，由于SSR 多态性多由简单序列重复次数的差异引起，通常表现为共显性。

SSR扩增产物通常采用高浓度的琼脂糖胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。

目前，在所应用的标记中，RFLP标记所需DNA 量较大，步骤较多，周期长，制备探针及检测中要用到放射性同位素，成本高(邢晋祎和帅素容,2001)；RAPD标记因使用的引物比较短，对反应条件极为敏感，稍有改变便影响扩增产物的重现，重复性较差，稳定性不好。

另外，RAPD是显性标记，不能区分纯合基因型与杂合基因型，无法直接用于基因型分析(刘世涛等,2003)；AFLP标记费用比较昂贵，且方法需经多步操作，统计分析困难，对DNA的纯度和内切酶的质量要求很高(姚红伟等,2009)；SNP提供的信息较少，且费用较高(李伟等,2009)。

相比之下SSR标记具有了以下优点：(1)数量丰富，覆盖整个基因组，揭示的多态性高。

(2)具有多等位基因的特性，提供的信息量高。

(3)共显性遗传，不易被自然选择和人工选择所淘汰，符合孟德尔遗传定律(David and Michael.,1994;Devey et al.,1996)。

(4)易于利用PCR 技术分析，对DNA质量要求低，用量少，不需使用同位素，即使是部分降解的样品也可进行分析。

(5)每个位点由设计的引物顺序决定，便于不同的实验室相互交流合作开发引物。

2SSR分子标记技术在遗传多样性中的应用遗传多样性是生物多样性的重要组成部分，蕴藏在各种生物的基因组中。

在作物育种过程中，无论采用选择或杂交等常规手段，还是依靠细胞杂交、原生质体融合和转基因等生物技术辅助手段改良作物的遗传特性，都离不开对遗传资源进行系统化的遗传多样性的研究。

利用SSR标记的高多态性，结合相关分析、聚类分析等数量遗传分析手段，可以对不同亲缘物种进行分类，判断其亲缘关系，评价不同品种的异质性，并进而划分杂交优势群。

Manifesto等(1999)对阿根廷的105份小麦品种用位于不同染色体上的探针检测后发现亲缘关系越近的品种，指纹谱的相关系数越高。

Zhang等(2006)用30个SSR标记对来自阿曼的6个小麦品种间的遗传联系和多样性水平的调查表明,3个硬质小麦总的遗传多样性高于3个面包小麦，聚类分析还发现阿曼面包小麦不同于其它品种，然而2个巴基斯坦品种有点接近阿曼品种，可能存在某种未知的联系。

在小麦遗传多样性变化动态研究中，Wang等(2007)利用206对SSR引物检测中国西部三省小麦的遗传多样性，通过遗传距离以及聚类分析显示发现云南与西藏小麦品种亲缘关系比云南与新疆以及西藏与新疆的都要近。

王利锋等(2009)利用表型和SSR标记基因型，对88份有代表性的河南省玉米地方品种进行遗传多样性分析，发现这些地方品种农艺性状表现出较大差异，表型聚类将其划分为7个类群，大部分品种聚在一个类群内，但仍有部分品种独立成群。

吕广磊等(2009)采用64个SSR标记对96份云南水稻(Oryza sativa)地方品种和选育品种的遗传多样性进行比较分析，结果表明SSR标记能较好地区分云南栽培稻品种，且云南水稻地方品种遗传多样性丰富，存在大量的优质性状可供育种实践选择。

徐静静等(2009)用FastPCR软件在大豆疫霉全基因组中搜索到1234个含2~4个重复基元精确SSRs。

选择260个SSRs设计引物，经对大豆疫霉5个分离物的基因组DNA检测，有212对(81.5%)有效扩增出SSR特征条带，112对(52.8%)扩增多态性。

用18对多态性SSR引物分析了来自美国、中国黑龙江省和福建省大豆疫霉分离物的遗传多样性，发现黑龙江省和福建省分离物的遗传距离最近，美国和福建省分离物的遗传距离最远，大豆疫霉中国分离物与美国分离物可能具有共同的祖先，中国分离物可能为外来种。

中棉所陈光和杜雄明(2006)人利用SSR分子标记对20世纪50年代我国引入海岛棉以来培育的45个国内品种(系)及8个国外品种的遗传多样性进行研究，结果53个品种被分为两大类，与系谱来源一致。

3SSR分子标记技术在基因定位及分子辅助标记中的应用3.1基因定位SSR技术是寻找与目标基因紧密连锁的分子标记为遗传育种早期选择提供不受环境影响的遗传标DOI:10.3969/gab.029.000137138记。

同时对目标基因进行精确的定位，也是进一步分离、克隆和导入目标基因的前提。

唐媛等(2008)以感白粉病小麦品种中国春与101－3杂交后代F2为材料，用65对6B染色体上和9对6A染色体上小麦微卫星引物，进行连锁分析，发现小麦微卫星标记Xgwm570与PmX有(9.72±2.40)cM的遗传距离，该结果表明，PmX位于小麦染色体6BL上。

陈立军等(2009)针对中国大豆灰斑病1号生理小种，以抗所有生理小种的品系东农40566为母本，以感所有生理小种的品种东农410为父本配制杂交组合，杂交得到F2代后连续自交3代得到F5代群体。

该群体经人工接种灰斑病1号生理小种后，利用BSA法对500个SSR标记进行筛选，其中3个标记Satt565、SOYGPATR和Satt396在抗、感池间表现出稳定的多态性，并且在F2代个体中表现出抗性与多态性协同分离的趋势。