SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用

杂交水稻种子SSR分子标记纯度鉴定种子质量不仅是决定农作物收成的关键，也是种业企业在竞争中处于不败之地的重要因素，是种业企业生存的根本。

杂交种子纯度是种子质量检测的重要指标之一，加强种子纯度检测对于水稻生产销售至关重要。

种子纯度检测主要有海南鉴定、正季种植鉴定以及SSR分子标记鉴定方法。

海南鉴定具有相对准确、时间相对提前的优点，但海南冬季属短日照低温条件，感光类型及两系不育系均表现为正常结实，对杂交水稻尤其是两系杂交水稻种子纯度的鉴定结果往往失真。

正季鉴定结果与大田生产实际吻合度高的优点，但时间明显滞后。

从历年发生的重大种子纯度事故来看，绝大多数是在得知种子纯度不合格之前，种子已经销售到千家万户无法召回，从而酿成了无法挽回的损失。

SSR分子标记是从DNA 水平上检测生物个体差异，具有多态性高、谱带扩增稳定、技术成熟、检测时间短、不受环境影响等特点，在杂交水稻种子纯度鉴定中得到了越来越广泛的应用。

为此，本研究建立了一种准确、稳定、快捷、规模化检测的流程，为大量检测杂交水稻种子纯度提供高效简便的方法。

1 材料与方法1.1 材料1.1.1 主要试剂48对引物，Taq DNA聚合酶，DNTP，十二烷基磺酸钠，10%SDS，2MTris-HCI，250mMEDTA，乙酸铵，40%聚丙烯酰胺凝胶，5*TBE，过硫酸铵，四甲基乙二胺，甲醛，冰醋酸，无水乙醇，氢氧化钠，硝酸银，琼脂糖，溴酚蓝等化学试剂。

1.1.2 主要仪器研磨仪，高速冷冻离心机，水浴锅，PCR扩增仪，电泳仪，电泳槽，摇床，胶片观察灯，通风橱，超低温冰箱，微波炉，电子天平等仪器。

1.2 方法1.2.1 种子发芽每个样品随机取300粒种子，均匀置于发芽床上，放在30℃的发芽箱6d左右。

1.2.2 DNA提取（一种优化的SDS提取法）随机选取水稻幼苗用镊子放入96孔深孔板中，每个单株在1～5cm，将磁珠放入每个孔中，盖上软盖，做好标记，放入超低温冰箱冷冻1h左右。

SSR分子标记在杂交水稻品种纯度鉴定中的应用研
究的开题报告
一、研究背景
杂交水稻基础种质的管理和保护对于水稻育种的成功至关重要。

杂交水稻的种子产生通常需要大量的杂交操作和自交育种过程中的筛选与鉴定，因此种子杂质或杂交不纯率的出现会对种子的品质和生产效益造成直接的影响。

因此，对于杂交水稻品种纯度的鉴定具有重要意义。

SSR 分子标记作为高度多态性、重复性好和稳定性强的分子标记方法，在杂交水稻品种纯度鉴定中广泛应用。

二、研究目的
本研究旨在探究SSR分子标记在杂交水稻品种纯度鉴定中的应用，建立一种便于高效鉴定杂交水稻种子纯度的方法。

三、研究内容
1. 收集不同水稻杂交种的DNA提取样本，并进行质量检测和扩增优化。

2. 筛选与鉴定用于杂交水稻品种纯度鉴定的SSR分子标记，并进行优化。

3. 基于SSR分子标记，对杂交水稻品种进行纯度鉴定，评估其精度和适用性。

四、研究意义
1. 基于SSR分子标记，建立高效的杂交水稻种子纯度鉴定方法，为杂交水稻育种提供有力的支持。

2. 提高杂交水稻品种纯度鉴定的精度和效率，为种子的生产和管理提供良好的技术手段。

水稻供试实验材料的群体结构分析摘要：利用全基因组的相互间不连锁的60个微卫星标记（simple sequence repeat，SSR），对实验室中的16分水稻材料进行全基因组扫描，利用STRUCRE软件估算群体结构。

基于模型的群体结构SSR分子标记数据的遗传距离聚类和模型分析发现，该群体科划分为2个亚群体。

关键词：水稻；群体结构；SSR；前言由于群体结构会增加染色体间的连锁不平衡，使目的性状与不相关的基因座间表现出关联，即造成假关联，这可能会导致定位错误【Flint-Garcia 2005】。

Cardond等认为群体结构是引起假阳性的最主要因素。

所以在进行关联分析时，群体的结构是必需予以考虑和解决的。

群体结构分析是指遗传变异在群体内和群体间的分布形式及其在时间上的变化。

运用独立遗传标记（如SSR、SNP、RFLP 或AFLP）可以分析群体结构。

SSR (Simple Sequence Repeat) 标记技术以其共显性、多态性高、重复性好、稳定可靠、操作简单等优点成为重要的研究方法之一，目前SSR标记主要在遗传多样性、群体结构、DNA指纹库、遗传图谱构建和基因定位、品种和纯度鉴定等方面具有较大的优势[SSR 分子标记及其在农作物育种中的应用、SSR分子标记在作物遗传育种中的应用]，已广泛应用于育种等农业科研工作。

水稻是世界最重要的栽培粮食作物，养活了世界近一半的人口。

水稻种质资源丰富，分布广泛，对其群体结构情况研究清楚，对新品种的选育具有重要的参考价值。

采用SSR分子标记对水稻的群体结构进行分析，可为水稻品种改良以及抗病育种工作提供新的依据。

1 材料与方法1.1 实验材料供试品种：日本晴、9311、杨辐糯4号、鸭血糯、黄壳糯、苏御糯、明恢63、赣晚籼30、武育粳3号、越光、146B、古426、桂朝2号（F）、桂朝2号、IR36(F)、IR36，共计16个品种。

表1 实验材料及其编号编号名称编号名称编号名称x2 IR36(R) x16 越光x21 桂朝2号（R)x3 146B x17 武育粳3号x22 日本晴x9 黄壳糯x18 古426 x23 赣晚籼30x11 IR36(F) x19 鸭血糯x24 9311x13 苏御糯x20 明恢63 x25 扬辐糯4号x15 桂朝2号（T)1.2 实验方法1.2.1 DNA提取实验采用SDS法提取水稻DNA。

水稻遗传学研究中的分子标记技术应用水稻是全球最重要的粮食作物之一。

水稻遗传学研究对于提高水稻的产量、品质和抗逆能力具有重要作用。

分子标记技术是水稻遗传学研究中重要的工具。

本文将介绍分子标记技术在水稻遗传学研究中的应用。

一、分子标记技术的基本原理分子标记技术是通过特定的酶切位点、多态性DNA序列或基因座来标记和分离物种的DNA片段。

分子标记技术可以在不同个体之间寻找差异性，从而进行遗传分析。

在水稻遗传学研究中，分子标记可以用于鉴定遗传多样性、连锁分析、QTL（数量性状位点）定位和基因克隆等方面。

二、SSR分子标记在水稻遗传学研究中的应用SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记是指重复长度为1-7个碱基的DNA序列。

SSR标记在水稻遗传学研究中广泛应用，已被用于水稻种质资源的品种鉴定和遗传多样性的分析。

SSR技术可以通过异源杂交的方式选育具有优异性状的水稻新品种。

SSR标记还可以帮助水稻研究者在QTL定位、基因克隆和表达分析等方面取得成功。

三、SNP分子标记在水稻遗传学研究中的应用SNP（Single Nucleotide Polymorphism）分子标记是指DNA序列上仅存在单个核苷酸的变异。

SNP标记在水稻遗传学研究中有广泛应用。

SNP技术可以通过筛选SNP标记，帮助水稻育种者进行基因敲除和区域特异表达的分析。

SNP技术还可用于遗传多态性鉴定、遗传地图构建和基因定位。

四、CRISPR/CAS9基因编辑在水稻研究中的应用CRISPR/Cas9是一种基因编辑技术，可用于在水稻基因组中实现精准编辑。

CRISPR/Cas9技术可以用于水稻育种和遗传学研究，如克隆和分析QTL、研究水稻抗逆性等。

在水稻育种方面，CRISPR/Cas9技术可以用于改善水稻品质、提高产量和抗病抗旱等方面。

五、总结分子标记技术在水稻遗传学研究中扮演了重要角色。

SSR、SNP和CRISPR/CAS9技术都是最新的生物技术工具，可用于水稻育种和遗传学研究。

基因组学与应用生物学，2010年，第29卷，第1期，第137－143页Genomics and Applied Biology,2010,Vol.29,No.1,137－143评述与展望Review and ProgressSSR 分子标记在作物遗传育种中的应用罗冉吴委林张旸李玉花*黑龙江哈尔滨东北林业大学生命科学学院,哈尔滨,150040*通讯作者,lyhshen@摘要SSR (simple sequence repeat)是建立在PCR 技术上的一种广泛应用的分子标记，具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。

本文简要介绍了SSR 分子标记技术的原理和特点，重点介绍了SSR 分子标记技术在作物遗传育种中的应用，主要在作物遗传多样性、基因定位、分子辅助标记、遗传图谱构建、品种鉴定和纯度鉴定等方面进行阐述。

关键词SSR,分子标记,作物,遗传育种SSR Marker and its Application to Crop Genetics and BreedingLuo Ran Wu WeilinZhang Yang Li Yuhua *Heilongjiang Harbin College of Life Sciences of Northeast Forestry University,Harbin,150040*Corresponding author,lyhshen@ DOI:/10.3969/gab.029.000137Abstract SSR (simple sequence repeat)is a classic technique for molecular marker based on PCR technique,which had many advantages,such as abundance,high polymorphism,co-dominance etc.This paper has clarified the concept and characteristics of SSR marker,then presents emphatically its application to plant genetics and breeding,and focus on genetic diversity,gene mapping,marker assistant selection,construction of genetic map,varietal identification,purity identification and so on.Keywords SSR (simple sequence repeat),Molecular markers,Crop,Genetics and breeding /doi/10.3969/gab.029.000137基金项目：本研究由国家科技部863项目(2008AA10Z156)和国家自然基金重点项目(30730078)共同资助遗传标记(genetic marker)是指在遗传分析上用作标记的基因，也称为标记基因。

SSR分子标记在植物遗传育种中的应用摘要: SSR ( Simple Sequence Repeat)是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记，具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。

简要介绍了SSR标记技术的原理和特点，并总结了该技术在植物遗传多样性、遗传图谱构建、分子标记辅助选择、种质资源保存、利用评价、植物群体遗传分析等方面的应用。

关键词:SSR ( Simple Sequence Repeat) ；分子标记；遗传多样性；遗传图谱；遗传分析在人类及动植物的基因组中，包括内含子、编码区及染色体上的任一区域，均存在着1-6个核苷酸为基本重复单位的串联重复序列（simple sequence repeats），简称SSR，又称微卫星DNA（microsatellite DNA），其长度大多在100bp 以内。

研究表明，在真核生物中大约每隔10-50kb就存在1个微卫星，其主要以2个核苷酸为重复单位，也有一些微卫星重复单位以3个核苷酸，极少数为4个核苷酸或更多，如（GA）n、（AC）n、（GAA）n、（GATA）n等。

人和动物中的微卫星重复单位主要为（TG），植物基因组中（AT）重复较（AC）重复更为普遍。

而且从进化的角度看，物种间重复序列的差异是自然选择和生物对环境适应的结果，生物进化的水平越高，重复序列占DNA总量的比重就越大，如噬菌体基因组中重复序列占10%，细菌位20%，酵母为30%，小麦为83%，在人的基因组中这一指数高达90%。

遗传标记(Genetic markers)是指与目标性状紧密连锁且与该性状共同分离并易于识别的可遗传等位基因变异。

在遗传育种研究中，遗传标记指的是与目标性状紧密连锁,同该性状共分离的可遗传的标识。

遗传标记已经经历了形态标记,细胞学标记,生化标记和分子标记4个阶段。

前3类遗传标记都是对基因的间接表达,并且标记位点少，多态性差，容易受到季节变化、环境因素等的影响,所以已经逐步被分子标记所代替。

水稻育种的新技术与新方法一、引言水稻是全球重要的食用谷物之一，如何提高水稻产量、优化品质一直是水稻育种的热点问题。

近年来，随着科学技术的不断进步，新技术和新方法的不断涌现，为水稻育种提供了更加丰富的手段和选择。

本文将着重介绍水稻育种中的新技术和新方法，并探讨其应用前景。

二、分子标记技术在水稻育种中的应用分子标记技术是一种基因工程技术，利用分子生物学技术对种质资源进行分子标记，为育种提供一个新的选择手段。

在水稻育种中，分子标记技术主要有两种应用方式：一是对基因型鉴定，即通过酶切片段长度多态性（RFLP）、序列特异性扩增（SSR）和单核苷酸多态性（SNP）等标记技术对水稻种质进行基因型鉴定，实现育种的精准选择；二是对基因功能研究，即通过分子标记技术对水稻主要农艺性状相关基因进行筛选和鉴定，为优异基因的转化和应用提供科学依据。

三、转录组学技术在水稻育种中的应用转录组学技术是一种研究生物体内所有基因表达状况的高通量技术，可以全面解析种质资源的基因表达差异和调控机制，为水稻育种提供一种新的系统性、高效性手段。

通过转录组学技术，可以快速鉴定优质高产的水稻种质，筛选出高表达的关键基因，进而实现农艺性状优化或基因改良。

同时，转录组学技术还可以加速不同基因型之间的功能差异分析，揭示水稻适应环境的分子机制，为选配更优秀的基因组合提供理论基础。

四、基因编辑技术在水稻育种中的应用基因编辑技术是一种新兴的分子生物学技术，可以实现对基因组特定位点进行准确编辑、插入或删除，为育种提供一个高效的基因改良方法。

在水稻育种中，基因编辑技术的应用主要包括电穿孔法、CRISPR-Cas9和TALEN等技术。

此外，基因编辑技术还可以实现优质水稻品种在不同地区的适应性改良、耐盐碱性和耐病性的提高等方面的应用。

五、遗传多样性保护在水稻育种中的应用遗传多样性保护是现代农业发展的重要方向之一，也是水稻育种的需求之一。

在中国，水稻资源种类多样、数量丰富，但同时还受到了基因资源保护不足的问题。

SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用作者：管敏来源：《硅谷》2014年第17期摘要我国最早的引入分子标记技术是在20世纪的80年代，经过近几十年的不断发展，分子标记法也取得了较快进步，不仅应用领域在不断拓展，应用成果也非常显著。

作为世界上最重要粮食作物之一的水稻，对于人类的生存与发展起到了十分关键性的作用，而如何更好的运用生物技术全面提高水稻亩产量，提升水稻品质已经成为了国际社会共同关注的焦点话题。

经过多年的技术研究和发展，遗传标记在识别生物群体的多态性的过程中逐渐充当着重要的角色，通过形态标记可以对生物的形态差异进行比较，分子标记直接检测出生物DNA分子结构上的变化，进而更好的将好的品种和遗传特性保留下来。

在这种情况下，对于SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用进行分析和研究具有重要的现实意义。

关键词 SSR分子标记；水稻；品种鉴定；遗传育种；应用中图分类号：S336 文献标识码：A 文章编号：1671-7597（2014）17-0071-02在水稻品种鉴定和遗传育种以及水稻的遗传作图中，SSR分子标记一直都充当着重要的角色。

以往的育种主要依赖的是植株的表现型进行品种的鉴定和选择的，这对于育种者的经验具有很高的要求，而且需要进行多次技术测定，不仅耗时而且费力，因此需要在此基础上去寻求更好更加准确的标记方式，以此来提高项目育种的质量和效率。

而自从SSR分子标记的出现和发展，对于水稻育种工作和品种的鉴定具有重要的促进作用。

和普通的标记方法相比，SSR 标记是不受到周围的环境条件以及相关的因素影响的，因此具有很好的发展前景。

本文也将从SSR标记的基本原理出发，对于SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用进行了分析和论述，希望给读者一定的启示。

1 SSR标记的基本原理分析无论是水稻还是其他的生物作物都是由特定的基因组组成的，但是由于每一个SSR序列的存在单元存在一定的差异性，因此基因的座位也存在多态性。

SSR分子标记在杂交稻种子纯度精确鉴定中的应用郭承亮(湖北省种子集团有限公司武汉430602）摘要：传统的田间小区种植纯度鉴定方法由于时间滞后不能满足种子企业的需求，而现有的SSR标记检测杂交水稻种子纯度的方法，虽能有效鉴定出杂交种的父、母本，但不能将一些混杂的杂株、串粉所致的杂交种区分开，也无法满足种子企业的全面质量信息需求。

本文结合自身工作实践，介绍了一种利用筛选的多对SSR分子标记深入检测杂交水稻种子纯度及开展杂株类型定量鉴定的方法，这种方法不仅能更精确的检测杂交水稻种子纯度，还能将种子所含的杂株类型及其各自占比鉴定出来，为种子企业提供更准确、更全面的质量信息和可操作性强的加工处理办法。

本方法广泛适用于各种子企业对主营骨干水稻品种的质量监控和生产经营决策。

关键词：SSR分子标记纯度鉴定杂株类型定量鉴定纯度是种子质量的核心指标，既是种子企业生存的根本，也是企业种子加工、销售决策的关键依据。

种子纯度检测主要有海南种植鉴定（以下简称“南鉴”）、正季种植鉴定（以下简称“正鉴”）以及SSR分子标记鉴定等方法。

这三种方法各有特点：南鉴和正鉴是以田间小区种植方式，从植株的典型特性判别、鉴定种子纯度。

南鉴具有鉴定相对准确、时间相对提前的优点，但海南冬季属短日低温条件，感光类型及两系不育系均表现为正常结实，对杂交稻尤其是两系杂交稻种子纯度的鉴定结果往往失真；正鉴具有鉴定准确、鉴定结果与大田生产实际吻合度高的优点，但时间明显滞后。

从历年发生的重大种子纯度事故来看，绝大多数是在得知种子纯度不合格之前种子已经销售到千家万户无法召回，最终酿成无法挽回的损失。

SSR分子标记是从DNA水平上检测生物个体差异，具有多态性高、谱带扩增稳定、技术成熟、检测时间短、不受环境影响等特点，在杂交水稻种子纯度鉴定研究中得到了越来越广泛的应用[1]。

本文详细介绍了SSR分子标记在杂交稻种子纯度及杂株类型定量鉴定中的应用，为种子企业在杂交稻种子纯度的检测上提供更精确的鉴定方法。

SSR分子标记技术在遗传学实验教学中的应用
夏曦中;车婧;章志宏;王建波
【期刊名称】《实验技术与管理》
【年(卷),期】2012(029)006
【摘要】该实验是科研成果转化为实验教学的一个案例.选择位于水稻不同连锁群上的6对SSR引物构建了2个杂交稻及其亲本的SSR指纹图谱,建立了一套适合于本科生实验的杂交水稻亲本鉴定的稳定的SSR技术体系.筛选的6对引物进行PCR扩增得到的杂交稻均有2条带.由SSR指纹图谱分析可得:杂交稻P5的亲本是P2和P4,P6的亲本是P1和P3.通过本实验巩固了学生关于分离定律的学习,并有所延伸.
【总页数】3页(P48-50)
【作者】夏曦中;车婧;章志宏;王建波
【作者单位】武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072
【正文语种】中文
【中图分类】Q3-3;G642.423
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1.微卫星分子标记技术在遗传学实验教学中的应用--科研转化为实验教学的实践和探索 [J], 李洁;梁前进;靳溪;王红芳
2.SSR和ISSR分子标记技术及其在遗传多态性方面的应用 [J], 袁昭岚;沈颂东;黄鹤忠;许璞
3.紫花苜蓿微卫星(SSR)标记技术在草学本科遗传学实验教学中的应用 [J], 王小山; 王炳盛; 刘隆阳
4.紫花苜蓿微卫星(SSR)标记技术在草学本科遗传学实验教学中的应用 [J], 王小山; 王炳盛; 刘隆阳
5.IRAP分子标记技术在林学类专业遗传学实验教学中的应用与探讨 [J], 范付华因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

SS R 分子标记与水稻杂种优势的相关性研究倪先林1,张涛2,蒋开锋2,杨莉2,杨乾华2,曹应江2,游书梅2,郑家奎1,2*(1.重庆大学生物工程学院,重庆400044;2.四川省农业科学院水稻高粱研究所,四川德阳618000)摘要 [目的]探讨SSR 标记遗传距离与水稻杂种优势的相关性。

[方法]以5个不育系和4个恢复系为材料按5 4NC 方法配制20个杂交组合,选取36对与水稻产量相关的特异性SS R 标记(与QTL 连锁的标记)和124对非特异性SS R 标记(一般标记)对9个供试亲本进行多态性分析,研究SS R 标记遗传距离与水稻杂种优势的关系。

[结果]特异性SS R 标记遗传距离与水稻F 1代各性状优势之间的相关性均不显著,而非特异性SSR 标记遗传距离与株高、千粒重优势呈显著和极显著正相关,与结实率优势呈显著负相关,特异性SS R 标记遗传距离与水稻单株产量优势相关更密切。

[结论]SSR 标记遗传距离与水稻杂种优势有一定的相关性,但相关系数较小,不足以预测水稻的杂种优势。

关键词 特异性标记;非特异性标记;水稻;杂种优势;相关性中图分类号 S511 文献标识码 A 文章编号 0517-6611(2009)23-10913-04Study on the Correlation bet ween SSR M olecu l ar M arkers and R ice Heterosis NI X i an li n et al (Coll ege of B i o l ogical Eng i neer i ng ,Chongqi ng U ni versity ,Chongqi ng 400044)Abstract [Objecti ve]The a m i was to di scuss the corre l ati on bet ween genetic distance o f SS R markers and rice heterosi s .[M et hod]W it h 5m ale sterile li nes and 4restorer lines as testedm ater i a l s ,20hybri dized co mb i nati ons were compounded on the basis o f 5 4NC m et hod .Thirt y si x pa irs of spec i fic SS R m arkers (markers li nked t o QTL)re l ated t o rice y iel d and 124pairs of non s pec ific SS R m arkers (genera l m arkers)w ere selected f o r perfor m i ng pol ymorph i s m ana l ysis on 9tested parents so as to st udy the corre l ati on bet ween gene tic di st ance of SSR m arkers and rice heterosis .[Result]The corre l ati ons bet w een genetic distance of specifi c SSR markers and traits heterosis o f ri ce genera ti on F 1were not si gn ifican.t But t he geneti c d i st ance o f non specifi c SS R markers showed si gnificant and ex tre m ely signifi cant positi ve correl a ti ons w it h t he heterosi s i n p l ant hei ght and 1000 grai n we i gh,t res p .and showed si gnifi cantly negative correlation w it h seed setti ng rate .t he genetic di stance of specifi c SSR makers re l ated to t he he t erosis of rice y iel d per pal ntmo re cl ose l y .[Concl usi on]There was a cert a i n correlati on be t ween t he geneti c di st ance of SSR markers and rice heterosis ,but t heir corre l ati on coe fficientw as too s ma ll t o pred i ct rice heterosis .K ey words Specifi c SS R markers ;N on specifi c SSR markers ;R i ce ;H eterosi s ;Corre l ati on基金项目 农业部跨越计划项目;四川省!十一五∀水稻育种攻关项目;四川天府英才创新团队建设计划资助项目。

利用SSR分子标记鉴定水稻品种真实性郭奕生;陆俊;郭奕南【摘要】SSR分子标记鉴定品种真实性具有快速、准确、不受环境影响等特点,解决了田间种植鉴定时间长的难题,是开展品种真实性鉴定的有效途径.利用24对SSR核心引物对2个水稻品种进行鉴定,有4对核心引物扩增产物出现明显差异,另外20对核心引物扩增产物没差异,利用这4对扩增产物有差异的核心引物可有效将这2个品种区分开来.由此可看出,利用SSR分子标记鉴定水稻品种真实性是可行的.【期刊名称】《种子》【年(卷),期】2014(033)006【总页数】4页(P115-118)【关键词】SSR;核心引物;水稻;品种真实性;鉴定【作者】郭奕生;陆俊;郭奕南【作者单位】广东省种子管理总站,广州510500;广东省农业展览馆,广州510080;康采恩集团有限公司, 广州510600【正文语种】中文【中图分类】S511;N33水稻是最重要的粮食作物之一，世界一半以上的人以水稻为主食。

开展水稻品种真实性鉴定对于维护农民合法权益、保障国家粮食安全具有重要意义。

应用分子标记技术鉴定品种真实性，既不受季节和环境因素的制约，也不受组织器官及发育阶段的影响，是一种快速、准确鉴定品种真实性的有效方法。

SSR(simple sequencerepeat)分子标记因其具有多态性高、数量丰富、操作简便等优点，在品种真实性鉴定中发挥着越来越重要的作用。

SSR广泛存在于生物的基因组中，是由1～6个碱基为重复单位组成的串联重复序列，相同座位上的重复序列由于重复次数不同而产生了等位基因的多态性。

SSR侧翼的序列一般是相对保守的序列，通过这段序列可以设计一段互补寡聚核苷酸引物进行PCR扩增，根据扩增产物片段大小的差异可开展品种真实性鉴定。

前人利用分子标记开展品种鉴定上已有过一些研究，彭锁堂等［1～5］利用SSR分子标记对杂交稻种子纯度进行鉴定，肖子发等［6］利用48对SSR引物构建77个杂交水稻品种指纹图谱库，王春喜［7］利用SSR分子标记进行玉米品种鉴定和保护，张彩英等［8］利用SSR分子标记对大豆种质资源的遗传多样性进行分析，孟全业等［9］利用SSR分子标记对杂交向日葵品种纯度进行研究，王志刚［10］利用分子标记开展草莓品种鉴定，郑轶琦等［11］利用SRAP分子标记开展假俭草杂交后代真实性的研究，杨长红等［12］利用PCR-RFLP分子标记对梨品种遗传多态性进行分析，白静等［13，14］利用SSR分子标记对杂交棉品种纯度和真实性进行鉴定，田雷等［15］利用AFLP分子标记对甘蓝种子的真实性和纯度进行鉴定。

SSR分子标记技术及其在农产品品种鉴定中的应用
赵雅楠;王颖;张东杰;沈琰;孙大庆;杨义杰
【期刊名称】《现代农业科技》
【年(卷),期】2015(000)023
【摘要】SSR分子标记技术具有稳定性好、正确性高、定性精准等优点,已被广泛应用于农产品品种鉴定及其真实性和纯度验证之中,对厘清我国农产品不同品种种质间的亲缘关系及种质创新具有重要意义.主要平行比较和分析了同等技术下,SSR 分子标记技术的优越性及局限性,简单介绍其在农产品品种鉴定中的应用情况,并对其发展前景进行展望.
【总页数】3页(P31-32,45)
【作者】赵雅楠;王颖;张东杰;沈琰;孙大庆;杨义杰
【作者单位】黑龙江八一农垦大学食品学院,黑龙江大庆 163319;黑龙江八一农垦大学食品学院,黑龙江大庆 163319;国家杂粮工程技术研究中心;黑龙江八一农垦大学食品学院,黑龙江大庆 163319;黑龙江八一农垦大学食品学院,黑龙江大庆163319;国家杂粮工程技术研究中心;黑龙江八一农垦大学食品学院,黑龙江大庆163319
【正文语种】中文
【中图分类】Q75
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SSR标记及在水稻遗传育种中的应用张桂莲,陈立云,张顺堂,雷东阳(湖南农业大学水稻科学研究所,长沙,410128)摘　要:SSR标记是在PCR基础上发展起来的新型分子标记,已开始应用于基因组研究的各个领域。

概述了SSR类型、特点、原理,总结了其在水稻遗传育种方面的应用,并讨论了其所存在的问题。

关键词:SSR;分子标记;水稻;遗传育种中图分类号:S511.03503 文献标识码:A 文章编号:100125280(2004)0520325204 简单重复序列(Si m p le sequence repeat,SSR)亦称微卫星DNA(m icro satellite DNA),是一类以少数几个核苷酸(一般1～6个)串联重复的DNA序列。

SSR广泛分布于真核生物基因组中。

对SSR的研究始于动物基因组。

1974年Sk inner等在寄居蟹DNA中发现了一类(TA GG)n[1]。

1982年H a m ada等在人心肌肌动蛋白(H a225)的内含子中发现了一个重复25次(T G)序列[2]。

随后在其它生物的研究中也发现了相似的串联重复序列。

由于SSR在不同基因组型间表现高度的多态性,使其很快成为一种新的分子标记[3],在多种作物中广泛应用。

本文拟就SSR标记类型、特点、原理及其在水稻遗传育种中的应用作一简要综述。

1　SSR类型根据SSR核心序列排列方式的不同可将SSR分为完全型(perfect)、不完全型(i m perfect)和复合型(compound)。

完全型SSR是指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA;不完全型SSR是指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复数大于3;复合型SSR是指2个或2个以上的串联核心序列有3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5。

W eber 等[4]研究指出,这3种类型SSR在人类基因组中所占的比例差异很大,分别为64%,25%和11%,3种类型内完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。

利用SSR标记筛选水稻富γ-氨基丁酸后代材料
水稻富γ-氨基丁酸后代材料是指在水稻育种过程中，利用分子标记辅助选择，筛选
出富含γ-氨基丁酸（GABA）的水稻材料。

GABA是一种重要的神经递质，具有镇静、安眠、抗压等作用，因此在食品和保健品领域有广泛的应用前景。

以下将介绍如何利用SSR标记
进行筛选。

1. SSR标记的定义
SSR即简单序列重复，是基因组中的一种重复序列，通常由2-8个碱基重复单元组成。

SSR序列在基因组中广泛分布，具有遗传稳定、多态性高等特点，因此是筛选水稻富GABA
物质的理想分子标记。

利用公开数据库，如NCBI、GenBank等，收集水稻基因序列，利用软件如Primer3、SSRHunter等，设计合适的SSR引物。

将DNA从水稻叶片中提取，并用PCR扩增。

PCR反应体系包括模板DNA、引物、Taq DNA聚合酶、dNTPs等。

PCR反应条件为：95°C预变性10min，95°C变性1min，55°C
退火30s，72°C延伸1min，循环30-40次，最后72°C延伸10min，保存4°C。

5. 筛选水稻富GABA物质
根据PCR产物在不同样品间的差异，选择带型稳定、PCR产物质量和数量充足的样品
作为富GABA材料。

在此基础上，进行GABA含量的测定，选择含量高、稳定的样品作为后
代材料，进行后续的育种工作。

总之，利用SSR标记进行水稻富GABA材料的筛选，可以提高育种效率和成功率，为
后续的产业化生产提供了重要的科学依据。