SNP分型技术简介ppt课件

公开的SNP 数据库： 1. http://www.ensembl.org/index.html 2. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
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根据参考序列，在SNP位点附近设计引物，并检测引物效率。
SNP位点 引物名称
引物序列
产物大小
rs9923231 VKORC1_1F ACAGACGCCAGAGGAAGAG (-1639 G/A) VKORC1_1R CAGGGTTCAAGTGGTTCTC
只能发现含有SNP 确知SNP的位置和碱基
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SNP检测对象 2.已知SNP位点
对不同群体SNP遗传多样性检测或在临床上对已知致病基因 的遗传病进行基因诊断。
研究方法： 等位基因特异寡核苷酸片段分析(ASO) 基因芯片技术(gene chips) 荧光定量PCR技术（Real Time PCR）---Taqman探针 飞行质谱 测序
对中就有 1 个，估计其总数可达 300 万个甚至更多。 人类 30 亿碱基中共有 300 万以上的 SNPs 。 各地各民族人群中特定SNP并非一定都存在，其所占比率也
不尽相同，但大约有85%应是共通的。
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SNP的发生形式 这种变异可能是转换 (C T ，在其互补链上则为 G A) ，也可
rs9923231
T T T T Y T T T Y
rs9934438
A A A A R A A A R
rs7294
G G G G R G G G R
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项目案例 2
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未知SNP位点测序项目案例 CTSL基因Exon 4中未知SNP位点测序项目 生产前准备
306bp
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生产过程
测序模版质控
PCR反应
电泳检测
上机检测
测序反应
PCR产物纯化
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PCR扩增 3730xl测序峰图
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生产后分析 SNP位点分析
Codoncode 软件
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统计信息
Sample name
P1-001 P1-002 P1-003 P1-004 P1-005 P1-006 P1-007 P1-008 P1-009
SNP分型简介
Baidu Nhomakorabea
单核苷酸多态性分型

SNP技术交流QQ群：107750067
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SNP概念
SNP（single nucleotide polymorphisms ）单核苷酸多态性 是指在基因组水平上由单个核苷酸的改变所引起的DNA 序列多态性。 单个？ 核苷酸 ？ 多态性 ？
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突变 与 多态性
1. 多态性是一个群体概念，多态性指这个差异占群体的1%以 上。否则就叫突变（小于1%）。
最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱 去氨基而形成胸腺嘧啶T。
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SNP的影响 编码区SNP有同义和非同义2种，非同义突变由于会导致氨
基酸的变化，从而影响蛋白质的功能，特别是发生在结构功 能区域的SNP尤其重要 非同义突变，虽然没有明显的功能的分子机制，但是在遗传 学上可能因为与附近的其它致病基因的表达或者SNP连锁， 因此在流行病学上形成阳性结果一般以此解释。
大规模，成本高，某些流程还不成熟 等位基因特异的寡聚核苷酸杂交(ASO)
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测序法
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项目案例 1
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已知SNP位点测序项目案例
VKORC1基因-1639 G/A位点测序项目 生产前准备 简单了解VKORC1基因研究背景 VKORC1基因：Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1， 维生素K环氧化物还原酶复合物1 查找SNP 位点参考序列。
能是颠换 (C A ， G T ， C G ， A T) 。
AACGGATCGA TCTGCCTAGGT G
AACGAATCGA TCTGCTTAGGT G
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SNP的发生形式 转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异
的 SNP 约占 2/3 可能是因为 CpG 二核苷酸上的胞嘧啶残基C是人类基因组中
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SNP研究方法
DNA测序 最终的确认标准
单链构象多态性(SSCP) 传统的酶切方法，资金少的实验室做，结果不准确，工作量 大，需测序确认。
TaqMan实时荧光PCR 国内很少做，成本高
MassARRAY飞行质谱SNP 成本高
限制性酶切片段长度多态性(RFLP) 基因芯片
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SNP研究的优势
1. SNP在基因组中每500-1000个碱基就有一个标记。无论是比 较于RFLP还是SSR（6000一个标记），都要广泛得多；
2. SNP在人群中是等位基因性的，在任何人群中其等位基因 频率都可估计出来；
3. 与微卫星位点相比，SNP是高度稳定的，尤其是处于编码 区的SNP，而前者的高突变率容易引起对人群的遗传分析出 现困难；
4. 部分位于基因内部的SNP可能会直接影响产物蛋白质的结构 或基因表达水平，因此，它们本身可能就是疾病遗传机制 的候选位点；
5. 易于自动化、规模化分析，缩短了研究时间。
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功能研究发展与方向 通过测序手段对SNP的存在及频率信息进行确定,对不同人群
进行SNP的基因分型都需借助这些序列信息才能得以进行 SNP连锁分析、单体型构建以及标签SNP寻找 预测启动子SNP位点与转录因子结合的改变,编码区SNP对蛋
2. SNP是多态性中的一种，只是进一步限定了差异只是单碱基。 3. SNP一般来说，是全部体细胞一样的基因型。 4. 突变一般不是一个个体全部体细胞的变化。 5. 如果突变发生在生殖细胞，则可以遗传，但是只要这个突
变群没有达到总群体的1%，它就只是一个突变株/系；达到 了1%就是多态性了。
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SNP多态性 SNP 在人类基因组中广泛存在，平均每 500 ～ 1000 个碱基
白质的空间结构,生物功能的影响等 SNP作为复杂性疾病的遗传标记的关联性研究（吸烟人群中
患肺部疾病的相关连锁性）
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SNP检测对象
1.未知SNP位点 寻找未知的SNP 或确定某一未知SNP 与某遗传病的关系
研究方法： 单链构象多态性(SSCP) 高效液相色谱检测(HPLC) 限制性片段长度多态性(RFLP) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 测序(SEQ)