蛋白质二级结构指定和功能分析
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蛋白质结构与功能研究蛋白质是生命体内最重要的基本分子之一,它们在细胞内起着举足轻重的作用。
蛋白质的结构与功能研究是生物化学、生物物理学、分子生物学等学科的重要研究领域。
本文将从蛋白质的基本结构、二级结构、三级结构和四级结构四个方面来介绍蛋白质的结构与功能研究。
一、蛋白质的基本结构蛋白质是由氨基酸组成的长链,每个氨基酸都与相邻氨基酸通过肽键连接起来,形成多肽链。
氨基酸是蛋白质的基本组成单位,一般包括20种不同的氨基酸。
可以通过改变氨基酸序列和长度来构建不同的蛋白质。
二、蛋白质的二级结构蛋白质的二级结构是指氨基酸链在空间中呈现的局部规则性结构。
常见的二级结构有α-螺旋和β-折叠两种。
α-螺旋是由氢键在氨基酸链内部形成的,呈螺旋状。
β-折叠是由氢键在氨基酸链之间形成的,呈折叠状。
二级结构的形成与氨基酸的序列和空间环境密切相关,对蛋白质的功能发挥起着重要的影响。
三、蛋白质的三级结构蛋白质的三级结构是指蛋白质分子整体呈现的立体构型。
蛋白质的三级结构一般由多个二级结构单元组合而成。
蛋白质的折叠方式是由氨基酸的相互作用所决定的,主要包括氢键、范德华力、静电相互作用和疏水作用等。
蛋白质的三级结构决定了其具体的形状和功能。
四、蛋白质的四级结构蛋白质的四级结构是指多个蛋白质分子之间的相互组合形成的复合物。
有些蛋白质由一个或多个蛋白质链组成,通过非共价键相互作用形成四级结构,具有更复杂的功能。
例如,酶是由蛋白质链组成的,通过四级结构的形成能够在细胞内催化特定的化学反应。
蛋白质的结构与功能研究不仅仅依靠实验手段,还需要借助计算机模拟和分析技术。
通过计算机模拟,科学家可以预测蛋白质的结构和功能,这为设计新型药物和生物工程技术提供了重要的理论基础。
蛋白质的结构与功能研究对于生命科学领域的发展具有重要意义。
通过研究蛋白质的结构和功能,可以深入了解生物体内各种生物过程的机制,包括基因表达、细胞信号传导、免疫应答等。
同时,还可以揭示蛋白质与疾病之间的关联,有助于研发新型治疗药物。
蛋白质的结构和功能分析蛋白质是生命体系中非常重要的一个组成部分。
它们是由氨基酸构成的长链分子,通过肽键连接起来。
在生物学中,蛋白质能够担任多种生理学功能,例如酶促反应、结构支持、传递信息、运输分子等等,因此对蛋白质的结构和功能的研究一直是生命科学的重要研究领域。
蛋白质的结构可以从不同层次进行分析,这里我们就分别从其一级、二级和三级结构来阐述。
一级结构: 氨基酸序列一级结构是蛋白质最基本的结构层次,它是由20种不同的氨基酸的序列组成的。
每个氨基酸分子都含有一个氨基基团(NH2)和一个羧基(COOH)以及一个侧链(R)。
氨基酸链的两个羧基与两个氨基之间的化学反应形成的肽键,将氨基酸序列串联在一起。
这个氨基酸序列不仅仅是蛋白质的化学结构基础,同时也决定了蛋白质的生物学功能。
通过改变氨基酸序列,可以改变蛋白质的结构和功能。
例如,精氨酸和半胱氨酸的配合可以形成二硫键,对蛋白质的折叠和稳定具有重要的作用。
二级结构: α螺旋和β折叠二级结构是蛋白质的一种常见结构类型。
蛋白质在空间中可以形成α螺旋或β折叠结构。
α螺旋结构是由氢键形成的一种紧密螺旋结构。
这种结构形式非常紧密,非常适合用于蛋白质分子内部的结构支持和稳定,并且也有一定的水解稳定特性。
β折叠结构则是由一些平行或反平行的β纤维形成的。
这些折叠形式可以强化蛋白质的支撑作用,这些β纤维被不同的蛋白质使用率不等地采用。
三级结构: 复合体和功能区域三级结构是蛋白质的最高结构层次。
它涉及复合体和功能区域。
蛋白质是非常多样化的大分子。
在生物体内,蛋白质可以形成很多与其他生物分子复合体和功能区域。
在蛋白质的结构中,局部化的结构或局部化的氨基酸序列与其他复合体分子的特定部分相互作用,使得复合体结构更加紧密,从而更有效地完成生物活性。
在复合体中,蛋白质通常不仅仅是结构支持功能,它们同样可以作为传递信息通路、酶、运输载体等功能。
蛋白质三级结构与它们在细胞中的生物学角色相吻合。
蛋白质结构的二级结构分析蛋白质是生命体系中的关键分子,是由氨基酸组成的长链分子。
与其它有机分子类似,蛋白质的结构决定了它的功能。
蛋白质的结构可分为四个层次,依次为:原生结构、二级结构、三级结构和四级结构。
二级结构是指蛋白质折叠后的局部结构形态。
它是蛋白质结构中最基本的构造单元之一,是组成三级结构和四级结构的基础。
了解蛋白质的二级结构,对于研究蛋白质的结构和功能具有极其重要的意义。
本文将从蛋白质二级结构的构成、特点、识别和研究方法等方面进行探讨。
一、蛋白质二级结构的构成蛋白质的二级结构是由氨基酸残基中的胺基与羰基之间的氢键作用而形成的。
二级结构通常由α-螺旋和β-折叠簇两种形式组成。
α-螺旋是由氢键交替连接在一起的螺旋状结构。
通常以右旋型(α-Helix)为主要形式出现,其中每当有4个氨基酸残基缠绕成一圈时,就会形成一个模块,可被认为是螺旋的螺旋。
在α-螺旋中,氢键的方向与螺旋轴垂直,α-螺旋通常有10到15个氨基酸残基。
β-折叠簇是由许多β-折叠片段构成的具有规则簇化结构的区域。
在β-折叠结构中,相邻的β-折叠片之间通常通过氢键进行相互联系,另外,也存在被称为β-转角的结构。
β-折叠片段通常由5到10个氨基酸残基组成。
二、蛋白质二级结构的特点蛋白质二级结构具有一些特点,这些特点对于蛋白质的结构和功能起到了决定性的作用。
1. 规则性:蛋白质二级结构具有严格的规则性,主要是由氢键的作用所决定。
二级结构形成时,其结构分子的每一个氨基酸残基都按照特定的规则排列,氢键的结构及方向也都是规律的,使得二级结构具有很好的规则性。
2. 稳定性:由氢键连接在一起的二级结构,更容易对抗蛋白质在水溶液中的热力学扰动,进而使二级结构更为稳定。
这是因为氢键的强度比分子之间的范德华力更大,氢键在水中也会被诱导形成。
三、蛋白质二级结构的识别和研究方法蛋白质的二级结构分析是蛋白质化学和生物学中的一个重要研究方向。
目前,人们已经开发了多种方法来对蛋白质的二级结构进行分析。
蛋白质结构及其功能鉴定方法介绍蛋白质是生物体中重要的分子组成部分,具有各种重要的功能。
了解蛋白质的结构以及如何准确鉴定其功能对于生物学研究和药物开发具有重要意义。
本文将介绍蛋白质的结构以及常用的功能鉴定方法。
蛋白质的结构通常可分为四个层次:一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。
一级结构是蛋白质中氨基酸的排列顺序,二级结构是蛋白质中氨基酸的局部空间排列形式,常见的二级结构有α螺旋和β折叠。
三级结构是整个蛋白质的三维空间结构,可以由蛋白质的二级结构和其他因素共同决定。
四级结构指的是由多个多肽链相互作用而形成的蛋白质复合体。
蛋白质的功能鉴定是指确定蛋白质在生物体中所扮演的具体角色和功能。
常见的蛋白质功能鉴定方法包括结构基因组学、功能基因组学和组学学方法等。
结构基因组学是通过在大规模的、多样化的生物样本中进行蛋白质结构的预测和分类,以了解蛋白质之间的关系以及它们在基因组中的分布情况。
这种方法可以通过比对蛋白质序列和已知结构的蛋白质库,利用生物信息学方法进行结构预测。
结构基因组学的主要目标是预测蛋白质的功能和确定蛋白质家族。
功能基因组学是研究基因组中蛋白质功能的一种方法。
它通过测定蛋白质的特定性状或功能,来揭示蛋白质在细胞和生物体功能中的作用。
功能基因组学的核心是构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,以了解蛋白质之间的相互作用和调控机制。
这可以通过利用蛋白质微阵列和蛋白质交互作用实验等方法来实现。
组学学方法是一种研究基因组中蛋白质功能的综合方法。
它通过测定蛋白质组中的所有蛋白质的表达水平、修饰状态和互作关系等信息,来解析蛋白质功能的整体图景。
这种方法可以利用质谱技术测定蛋白质的表达水平和修饰情况,以及利用高通量测序技术分析蛋白质的相互作用等。
总结起来,蛋白质结构及其功能鉴定方法主要包括结构基因组学、功能基因组学和组学学方法等。
结构基因组学通过蛋白质序列比对和结构预测,揭示蛋白质之间的关系和家族分布。
功能基因组学通过蛋白质特性和相互作用实验,定位蛋白质在细胞和生物体中的功能。
蛋白质结构和功能关系的二级结构预测蛋白质是生命的重要组成部分,在细胞内担任着多种功能的角色。
蛋白质的结构决定了其功能和活性,因此准确预测蛋白质的结构对于理解其功能关系具有重要意义。
蛋白质结构可以分为四个不同的层级:一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。
在这些层级中,二级结构是最基本和常见的一种。
蛋白质的二级结构描述了氨基酸残基之间的局部空间排列方式,主要有α螺旋、β折叠、无规则结构和卷曲结构等几种主要类型。
这种结构的形成通过氢键、范德华力和静电相互作用等相互作用方式维持着。
二级结构在蛋白质结构和功能中起着基础性的作用,对于蛋白质的稳定性和折叠过程具有至关重要的影响。
在过去的几十年里,许多方法和算法被开发出来,用于预测蛋白质的二级结构。
这些方法基于不同的原理和假设,例如统计学、机器学习和模拟等。
统计学方法通过分析已知的蛋白质结构数据集来预测目标蛋白质的二级结构。
机器学习方法则利用已知的蛋白质二级结构进行训练,建立模型并预测目标蛋白质的结构。
模拟方法则使用物理原理和计算机模拟技术来模拟蛋白质的折叠和动力学过程,从而预测蛋白质的二级结构。
其中,最常用的蛋白质二级结构预测方法之一是基于氨基酸序列的机器学习方法。
这种方法通过收集大量的已知蛋白质二级结构数据集,提取相关特征并利用机器学习算法进行训练和预测。
特征可以包括氨基酸序列、物理化学性质、生物信息学特征等。
常用的机器学习算法包括支持向量机、随机森林和深度学习等。
另一种常见的蛋白质二级结构预测方法是基于氨基酸序列的模拟和计算技术。
这些方法通过使用力场模型和分子动力学模拟等技术,模拟蛋白质的折叠过程和结构动力学行为,从而预测蛋白质的二级结构。
这些方法往往需要大量的计算资源和时间,但由于其基于物理原理的优势,能够提供更为准确的预测结果。
最近的研究表明,将不同的预测方法进行组合和集成可以获得更准确的蛋白质二级结构预测结果。
这种组合方法可以充分利用不同方法的优势,并根据不同的蛋白质特征进行灵活调整和选择。
蛋白质二级结构与功能关联分析蛋白质是生物体内大量存在的一类生物分子,起着构建细胞结构、调节生物活动、催化化学反应等重要功能。
蛋白质在我们的身体中扮演着举足轻重的角色,它的功能与其二级结构密切相关。
本文将重点探讨蛋白质的二级结构与功能之间的关联。
蛋白质的二级结构是通过蛋白质分子内部的氢键、电荷相互作用、疏水效应等各种相互作用在局部形成的稳定结构。
常见的二级结构有α-螺旋、β-折叠和无序结构。
α-螺旋是一种形如螺旋状的结构,由蛋白质链中的氢键相互作用稳定;β-折叠是通过氢键和侧链间的相互作用形成的折叠结构。
研究表明,蛋白质的二级结构对其功能发挥起到了非常重要的作用。
首先,二级结构能够决定蛋白质的三维结构,而蛋白质的三维结构是其功能发挥的关键。
例如,α-螺旋结构通常参与蛋白质质构建,如胶原蛋白,具有很好的拉伸和稳定性,可以维持细胞的形态和结构,同时也为细胞提供了强大的支撑力。
而β-折叠结构则常见于蛋白质的功能部位,如酶活性区域、受体结合区等。
二级结构的不同组合形式使蛋白质具有不同的结构属性和功能特点。
其次,蛋白质的二级结构对于蛋白质在细胞内的稳定性和折叠状态起到重要影响。
蛋白质二级结构的稳定性是由其内部的氢键、电荷相互作用和疏水效应等因素决定的。
当蛋白质的二级结构稳定时,它将保持良好的折叠状态,从而保证其正常的功能发挥。
然而,当蛋白质的二级结构发生变化或受到外界因素的干扰时,可能会导致蛋白质的结构失序和功能丧失。
这种失序可能导致蛋白质不能正确地与其他分子相互作用,进而影响细胞的正常功能。
另外,蛋白质的二级结构也与蛋白质的稳定度和抗蛋白质降解的能力相关。
一些具有稳定的二级结构的蛋白质可以抵抗外界环境的变化和降解。
举例来说,β-折叠结构通常比α-螺旋结构更稳定,因为它包含了更多的氢键相互作用。
这种稳定性可以使蛋白质更耐受高温、酸碱性等极端环境,能够更长时间地发挥功能。
最后,蛋白质的二级结构还可以影响蛋白质之间的相互作用。
蛋白二级结构和蛋白二级结构及其意义蛋白质是生命中不可或缺的重要分子。
蛋白质大多数都有复杂的三维结构,这决定了它们的功能和性质。
蛋白质的结构可以分为四个层次,分别是一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。
其中,二级结构是蛋白质结构的重要组成部分,其特点与意义值得探究。
二级结构是指蛋白质主链的局部部分形成的空间构型。
其中最基本的二级结构形式是α-螺旋(alpha helix)和β-折叠(beta sheet)。
α-螺旋是由一条多肽链通过氢键的形成,围绕旋轴自旋形成的一种螺旋状结构。
β-折叠则是由多条多肽链互相平行或交错排列,在平面上形成“酥饼状”或“鲨鱼鳍状”等形状。
另外,还有一些小的二级结构形式,如β-转角、三级螺旋等。
蛋白质的二级结构对其空间构型和性质起着重要的调控作用。
α-螺旋结构使氢键的形成保持在内部,并且极性侧链都导向外部,是相对稳定的结构。
β-折叠的形成受许多因素的影响,如氨基酸序列、环境温度等,较为灵活,容易发生折叠不正等现象。
此外,一些蛋白质中的二级结构还与特定的生理过程密切相关。
例如,激素胰高血糖素中的α-螺旋结构是其结合受体的关键,而肌红蛋白中的α-螺旋和β-折叠的不同比例又使得不同的肌肉组织具有不同的力学特性。
近年来,人们还发现了一些由短链肽组成的抗菌蛋白质中存在多种特殊的二级结构形式,如β-转角等,这些二级结构形式内部排列紧密,具有抗菌能力。
这提醒生命科学家需要考虑设计并且制造这些新型的生物结构材料以及制造新型的医药药品。
总之,蛋白质二级结构是其三维结构中至关重要的部分。
对其结构和意义的研究可以拓宽我们对生物大分子的了解,有助于设计、制造新型的生物功能材料和药物,为人类的健康和福祉做出贡献。
蛋白质结构解析及其功能分析概述蛋白质是生命体内非常重要的分子,它们在细胞结构、信号传导、酶反应和免疫等方面起着关键作用。
蛋白质的结构决定了它们的功能,因此了解蛋白质的结构对于揭示其功能至关重要。
本文将解析蛋白质结构的不同层次,并讨论蛋白质结构与功能之间的关系。
一级结构:氨基酸序列蛋白质的一级结构是由氨基酸组成的线性多肽链。
氨基酸是生命体内的基本构建块,有20种普遍存在的氨基酸。
这些氨基酸通过脱水缩合反应形成多肽链,并且氨基酸的顺序决定了蛋白质的特定序列。
不同的氨基酸具有不同的化学性质,例如侧链的大小、电荷和亲水性等。
这些特性决定了蛋白质的二级结构和整体的折叠状态。
二级结构:α-螺旋和β-折叠蛋白质的二级结构由氢键作用而产生,形成如α-螺旋和β-折叠等特殊的结构模式。
α-螺旋是由多个氨基酸残基的螺旋形成的,其中氢键的形成使得螺旋的形成更加稳定。
β-折叠是由氢键连接不相邻的多肽链片段形成的。
α-螺旋和β-折叠是蛋白质中最常见的二级结构,它们在蛋白质的折叠和稳定性中起着重要的作用。
三级结构:三维空间结构蛋白质的三级结构是指蛋白质分子在空间中所呈现的整体结构。
蛋白质的三级结构由其一级和二级结构决定。
蛋白质通过一系列的非共价键相互作用,包括氢键、疏水相互作用、离子键和范德华力等,从而在细胞内形成稳定的三维结构。
这种折叠状态使蛋白质能够发挥其特定的生物学功能。
四级结构:多个蛋白质的组装并不是所有蛋白质都具有四级结构,但在一些复合蛋白、多亚基蛋白质和纤维蛋白中,蛋白质通过相互作用而组装成更大的结构。
这种结构被称为四级结构。
四级结构决定了蛋白质的稳定性和功能,同时也影响蛋白质与其他分子的相互作用。
蛋白质结构与功能之间的关系蛋白质的结构直接决定其功能。
几乎所有的生物过程都依赖于蛋白质的特定功能。
例如,酶是一类特殊的蛋白质,它们能够催化化学反应并调控代谢途径。
酶的结构决定了其底物的特异性和反应速率。
另外,抗体是免疫系统中的一类蛋白质,它们能够识别并结合特定的分子。
蛋白质结构与功能分析蛋白质是构成生物体的基本组成部分之一,它在维持生物体正常运作中起到了至关重要的作用。
蛋白质的结构与功能密不可分,深入了解蛋白质的结构与功能关系对于揭示生命活动的本质有着重要的意义。
本文将从蛋白质的基本结构、二级结构、三级结构以及功能分析等方面进行探讨。
一、蛋白质的基本结构蛋白质由由氨基酸残基通过肽键连接而成,其基本结构包括多肽链、侧链和背骨。
多肽链由许多氨基酸残基组成,而每个氨基酸残基则由一个氨基组和一个羧基组组成。
侧链是连接在多肽链上的部分,决定了蛋白质的特性和功能。
背骨则由多肽链中的肽键和共价键连接而成,在蛋白质结构中占据重要位置。
二、蛋白质的二级结构蛋白质的二级结构是指多肽链上氢键的形成所产生的空间构型。
其中,α-螺旋和β-折叠是最为常见和典型的二级结构形式。
α-螺旋的特点是多肽链成螺旋状,β-折叠则是多肽链形成平行或反平行的折叠。
这两种二级结构形式的存在对蛋白质的稳定性和结构特性起到了重要作用。
三、蛋白质的三级结构蛋白质的三级结构是指蛋白质分子中各个区域的空间排布关系。
蛋白质的三级结构由二级结构之间的空间排列和相互作用决定,其中最为重要的驱动力是静电相互作用、氢键相互作用、范德华力和疏水相互作用等。
蛋白质的三级结构决定了蛋白质的稳定性和功能表现。
四、蛋白质的功能分析蛋白质的功能多种多样,包括酶作用、结构作用、激素作用、传递作用等。
其中,酶作用是蛋白质的一项重要功能,蛋白质酶通过催化生物体内的化学反应,促进代谢过程的进行。
结构作用是指一些蛋白质通过空间排布和相互作用,为细胞和组织提供机械支持和稳定性。
激素作用则是指一些蛋白质通过与细胞膜上的受体结合,进而调控细胞内的信号传递和生理反应。
传递作用是指一些蛋白质在细胞内负责传递信息和物质,起到了传递信号的作用。
综上所述,蛋白质的结构与功能紧密相关。
蛋白质的基本结构包括多肽链、侧链和背骨,其二级结构主要表现为α-螺旋和β-折叠,而三级结构则由二级结构的空间排列和相互作用决定。
蛋白质结构与功能解析蛋白质是生物体中最为重要的有机分子之一,它们在组织结构、物质转运、代谢调控等方面发挥着重要的作用。
蛋白质的功能与其结构密切相关,因此了解蛋白质的结构特点对于揭示其功能机制具有重要意义。
本文将对蛋白质的结构与功能展开解析。
一、蛋白质的结构层次蛋白质的结构层次分为四个层次:一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。
1. 一级结构:一级结构指的是蛋白质由多个氨基酸残基的线性排列组成,通过肽键相连。
来自于胺基的N端和羧基的C端组成一条线性序列,这种线性序列决定了该蛋白质的氨基酸组成。
2. 二级结构:二级结构是指蛋白质中相邻氨基酸残基之间的非共价相互作用而形成的结构。
其中最为典型的二级结构是α-螺旋和β-折叠。
α-螺旋是由多个氢键构成的螺旋状结构,而β-折叠则是由平行或反平行的β链相互作用而形成的片状结构。
3. 三级结构:三级结构是指蛋白质链上存在的立体空间的整体折叠方式。
蛋白质中的氨基酸残基之间可以通过非共价的相互作用力,如疏水作用、静电相互作用、氢键等,相对稳定地形成具有特定空间的结构。
4. 四级结构:四级结构是指蛋白质通过多肽链的相互组装而形成的复杂结构。
多肽链可以通过非共价相互作用力以及其他辅助因素的参与,形成完整的功能性蛋白质。
二、蛋白质的功能蛋白质的功能多种多样,以下是几个常见的蛋白质功能类型。
1. 结构蛋白质:结构蛋白质主要参与细胞和组织的结构形成,提供细胞内外的支持和保护。
例如胶原蛋白是皮肤、骨骼和肌肉的重要结构组分,肌动蛋白则参与肌肉的收缩。
2. 酶蛋白质:酶蛋白质是调节各种化学反应的催化剂。
它们能够降低反应的能垒,加速生化反应的进行。
例如胰岛素是一种激素蛋白质,能够促进葡萄糖的转运和利用。
3. 抗体蛋白质:抗体蛋白质具有高度特异性,能够与病原体和其他入侵物质结合,触发免疫反应,保护机体免受疾病的侵害。
4. 运输蛋白质:运输蛋白质能够将物质从一个位置转运到另一个位置,例如血红蛋白能够将氧气运输到身体各个组织。
蛋白质二级结构指定和功能分析
蛋白质二级结构是指蛋白质骨架结构中有规律重复的构象。
由蛋白质原子坐标正确地指定蛋白质二级结构是分析蛋白质结构与功能的基础,二级结构的指定对于蛋白质分类、蛋白质功能模体的发现以及理解蛋白质折叠机制有着重要的作用。
并且蛋白质二级结构信息广泛应用到蛋白质分子可视化、蛋白质比对以及蛋白质结构预测中。
而目前蛋白质二级结构指定方法的一致性较差,因此,蛋白质二级结构指定仍然是结构生物信息学中一个比较活跃的课题。
目前有超过20种蛋白质二级结构指定方法,这些方法大体可以分为两大类:基于氢键和基于几何,不同方法指定结果之间的差异较大。
对于蛋白质中最重要的二级结构之一的螺旋而言,这种差异可能是来源于已有的方法指定螺旋时并没有严格地遵循螺旋的几何特征:它们或者使用不能准确计算的氢键能量,或者使用没有准确范围的残基骨架二面角,或者使用的几何特征(如Cα原子之间距离与夹角)不足以定义一条完整的螺旋曲线。
DSSP(Define Secondary Structure of Proteins)是蛋白质二级结构指定领域比较公认的标准,DSSP是基于氢键的指定方法,它利用静电能量代替氢键能量并且通过近似计算得到氢原子坐标。
蛋白质内部疏水环境的介电常数和蛋白质表面的介电常数差异很大,DSSP并没有考虑残基所处的环境而将介电常数作为一个定值,另外由于氢键模式会有交叉重叠(与多个残基形成氢键),因此DSSP会指定出一些在几何上明显异常与不规则的二级结构。
STRIDE(STRuctural IDEntification)可以看做是DSSP的改进,STRIDE统计了螺旋和片层残基骨架二面角在拉氏图上的分布,在指定时将具有异常骨架二面
角的残基排除,即使这些残基形成了螺旋与-片层相应的氢键模式。
但是,STRIDE 关注每个残基局部的几何特征,并没有考虑如何使二级结构整体片段更加一致。
在研究蛋白质二级结构指定时,我们发现,有一些二级结构出现在蛋白质配体结合位点概率很高,并且与蛋白质的功能关系密切,进一步研究发现,拉氏图上不同区域的残基对蛋白质配体结合位点倾向性不同。
蛋白质配体结合位点预测是生物信息领域热门课题之一,但是,尚没有研究将蛋白质残基骨架二面角对配体结合位点的倾向性利用到配体结合位点预测上来。
本文的主要研究内容如下:1.提出了新的蛋白质螺旋指定算法HELIX-F。
我们将螺旋指定问题分为两个子问题:最小化问题与约束满足问题。
HELIX-F通过拟合算法搜索一系列空间螺旋曲线以最佳地拟合到蛋白质连续四个残基的Cα原子上,这部分解决的是第一个最小化问题。
利用最佳拟合的螺旋曲线我们可以得到相应的螺旋参数,这些螺旋参数被我们用于蛋白质中螺旋的指定。
结果显示,HELIX-F可以准确地指定310-螺旋,-螺旋,-螺旋,并且可以指定左手螺旋和PPII螺旋(这两类螺旋在蛋白质功能上具有重要作用,而DSSP和STRIDE不能指定)。
在8个基于几何的螺旋指定程序中,HELIX-F与DSSP符合率最高,且相比较于DSSP,HELIX-F指定的螺旋在结构上更加一致。
HELIX-F可以准确地指定螺旋的精细结构,这有助于蛋白质分类和蛋白质结构-功能的研究。
2.分析残基的螺旋打分(以及螺旋参数)和蛋白质结构功能的关系。
我们分析HELIX-F计算的残基螺旋打分(螺旋参数)和该螺旋残基在蛋白质中结构与功能的关系。
结果发现,HELIX-F指定的-螺旋和蛋白质配体结合位点有
着紧密的联系;螺旋残基的打分越高,残基越倾向于暴露在溶剂中,并且越难与蛋白质中其他残基形成氢键。
HELIX-F拟合的最佳空间螺旋曲线被我们用于大分子中螺旋的可视化(包括蛋白质的螺旋结构和DNA的双螺旋结构),大分子中螺旋的扭曲形变处往往和蛋白质、DNA功能关系密切;我们分析了DNA在不同区域的几何变化:蛋白质DNA相互作用处DNA的双螺旋结构会发生较大的扭曲。
HELIX-F计算的螺旋参数还可以用于分析蛋白质螺旋残基在折叠过程中结构的动态变化。
另外,本文对HELIX-F指定的左手螺旋和PPII螺旋(这两种螺旋在蛋白质中较为稀少但是在功能上很重要且研究较少)做了一些分析。
3.提出蛋白质二级结构指定算法SACF。
SACF的核心思想是找到DSSP指定二级结构片段中的离群Cα片段并将其排除,对剩余片段进行几何聚类,聚类后每个簇的中心Cα片段作为模板,新的指定只需要和模板Cα片段进行比较即可。
SACF与STRIDE相同之处在于都是通过几何特征排除离群的构象,但是我们将二级结构片段看做一个整体结构而不是像STRIDE那样关注残基局部几何特征:?/,这么做的好处是使得SACF指定结果在整体Cα片段上更加一致。
虽然二级结构指定程序很多,但是目前没有研究对这些程序指定结果做过系统地比较,我们对其中11个程序对2,817个蛋白质的指定结果进行比较发现PCASSO与DSSP符合率最高,紧接着是SACF、KAKSI、PROSS这三个程序。
我们分析了不同指定方法差异最大的区域:二级结构的N端和C端处,发现如果以DSSP 作为标准的话,SACF、PCASSO倾向于缩短二级结构的N端与C端,而P-SEA、KAKSI、SEGNO更倾向于延伸两端。
SACF指定二级结构的一致性有助于蛋白质分类和预测,另外,我们发
现,SACF找到离群Cα原子片段和蛋白质的功能联系密切。
4.发现拉氏图上若干区域残基倾向于出现在配体结合位点,分析这些区域残基的物理化学性质以及氨基酸组成和倾向性的差异,并利用MF-PLB预测蛋白质配体结合位点。
II通过一些二级结构经常出现在功能位点我们发现在拉氏图上存在9个区域残基倾向于出现在配体结合位点,这些区域残基的前一位残基会更多的暴露在溶剂中,并且其后一位残基会与配体形成更多的氢键与范德华相互作用。
另外,我们发现,氨基酸残基对配体结合位点的倾向性与残基暴露在溶剂中的程度有关,因此,我们在配体结合倾向指数(PLB)基础上结合残基骨架二面角与溶剂可及面积这两个因素发展了多因素配体结合倾向指数(MF-PLB)。
通过对两个测试集中蛋白质的配体结合位点进行预测我们发现MF-PLB可以提高Ligsite-cs的预测准确率,并且,MF-PLB预测的成功率优于Ligsite-csc和PLB。
另外,空腔周围残基的平均MF-PLB对于研究蛋白质配体结合位点也具有一定的意义。