酵母转化手册(译自Yeastmaker
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酵母转化试剂盒使用说明书(第二版)储存条件:Carrier DNA-20℃保存,其它组分可室温保存,有效期1年。
产品内容:Components SK2400-200PEG Solution50mlLiAc Solution50mlCarrier DNA2×1ml说明书1份酵母感受态细胞的制备:1.活化菌种。
-80℃保存的菌种在固体YPDA培养基(YPDA加20g Agar/L)上划线,在30℃培养2-4天。
2.挑取酵母单菌落在固体YPDA培养基上划3-5mm的短线,在30℃培养2-4天。
待酵母单菌落长至2mm长时,接种。
3.首先把酵母细胞接种到3ml液体YPDA培养基中,30℃过夜培养。
4.第二天转接到含有30ml液体YPDA培养基的三角瓶中继续培养,待OD600到0.4-0.5范围内。
收集细胞,1000g,离心5min,去上清。
5.沉淀用30-50ml的无菌的去离子水悬浮。
1000g,离心5min,去上清。
6.沉淀用合适体积的1/10浓度的LiAc悬浮(30ml的酵母菌最多用不超过1mL的1/10浓度的LiAc悬浮,通常100μl的酵母细胞用于转化一个质粒,即一个反应)。
1/10浓度的LiAc稀释方法:100μl LiAc Solution+900μl无菌水。
7.把酵母细胞的悬浮液分装到1.5ml的离心管中,每管分装100μl,用于转化一个质粒即一个反应。
1000g,离心5min,去上清。
制备好的感受态细胞备用。
酵母转化:1.配制预混液,每转化一个质粒即一个反应需要360μl的预混液。
PEG Solution240μlLiAc Solution36μlCarrier DNA10μl质粒(大约200ng/μl)5μl(根据质粒的浓度加入相应的体积)总体积360μl(不足体积用ddH2O补充)2.吸取360μl的预混液加入到感受态细胞中,用枪头反复吹吸沉淀,使离心管底的酵母细胞彻底地悬浮在含有PEG的预混液中。
酵母转化(By HMM)1.取50mL YPD液体培养基于100mL已灭菌的三角锥形瓶中,从中吸取1mL培养基于已灭菌的1.5EP管,挑单克隆接种于1mL YPD培养基中,吹吸混匀(可再vortex继续混匀)后转移至50mL的YPD液体培养基中,过夜培养约11h45min;PS: 晚上21:15开始准备,21:30接种完毕开始摇菌。
(30℃ 250rpm)。
2.第二天早上9:15开始准备,取出1mL菌液用于测OD600,用1mL YPD培养基作为Blank. 9:30测完。
PS: a.要求OD600在0.5至0.6之间。
b.测完OD后打冰盒,将ssDNA置于冰上融化。
3.将菌液分装在2支50mL离心管(蓝色,无菌)中(锥形瓶留用),2500Xg常温离心5min.弃上清于之前的锥形瓶中,各用1mL灭菌ddH2O重悬转移至1.5EP管中,共水洗两次,再各用1mL 灭菌ddH2O重悬后转移至同一个5mL无菌EP管中,吹吸混匀置于冰上。
PS:a.离心期间将灭菌水置于65℃烘箱中预热,将所需平板置于30℃培养箱中预热。
b.为避免菌液浓度差异,故将重悬后的菌液混匀,因重悬后体积大于2mL,因此转移至5mLEP管中,也可在2mL EP管中混匀后分装出一部分在一个1.5EP管中。
4.待ssDNA溶化后根据所需量在1.5EP无菌管中分装几管,各100uL(有助于煮沸后迅速冷却)。
PS: a. ssDNA要尽量多出一些,煮沸和转移过程中均有损失。
b.看ssDNA快融化时即可打开水浴锅,中频煮沸(800即可),煮沸ssDNA时用最低频120.5.将ssDNA沸水浴5min, 然后迅速冰浴5min;PS:a.重复沸水浴5min与冰浴5min可提高转化效率。
b.冰浴ssDNA时将50%PEG与1M LiOAc也置于冰上。
6.在超净台中配制mix,vortex混匀。
Component Amount(for 5 transformation)50 % PEG 1.2 ml1 M LiOAc 180 µlSingle-stranded carrier DNA 125 µlPS: 50 % PEG特别粘稠,在分装时容易损失,因此配制mix时要注意量要足够。
酵母转化方法步骤1.YPD固体培养基Yeast Extract:10 g;Peptone:20 g;葡萄糖:20 g;Agar:20 g2.1M LiAcLiAc:10.2 g;加水到100 ml高压蒸汽灭菌,4℃保存。
100 mM的LiAc只需将1M LiAc稀释10倍即可。
3.50% PEG3350(50% W/V)4.鲑鱼精DNA(2 mg/ml)i.鲑鱼精DNA:2 mg;加TE缓冲液至10 mlii.振荡溶解后用注射器剧烈抽吸30-40次,沸水浴20分钟后马上置于冰上降温,分装100 μl到1.5ml离心管中-80℃保存。
5.SD-Trp培养基(1L, pH6.8)无氨基氮源(含硫胺酸):6.7g;葡萄糖:20g;-Trp DO supplement:0.74g。
调节pH,121℃高压灭菌20分钟。
酵母热激转化1.将酵母XK1-35在YPD固体培养基划线活化,3-4天菌落长到直径大约2-3 mm待用(菌落平板可放在4℃冰箱保存2至3周)。
2.将单菌落挑到含有50 ml YPD的100 ml三角瓶中,30℃, 220 rpm摇12 h。
3.用分光光度计测量OD值到1.0(即5×107个/ml),吸取5ml培养液加入到含有45 ml YPD的100 ml三角瓶中,终浓度约为5×106个/ml。
4.置于30℃摇床中,200rpm摇至OD值为0.4-0.6(即2-3×107个/ml),约用时3小时(2.5小时测一次OD值防止浓度摇过)。
5.将OD值为0.4-0.6的培养物转移到预冷的50ml的离心管中,置于冰上冷却15分钟,3000g离心5分钟。
后面用到的试剂和仪器都要预冷,所有操作都要在冰上或者4℃。
6.倒掉上清液,加入30 ml预冷的无菌水并将酵母悬浮,同上步离心。
7.倒掉上清液,将酵母悬浮于1 ml 100 mM的LiAc中并转移到一个预冷2 ml无菌离心管中。
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毕赤酵母多拷贝表达载体试剂盒用于在含多拷贝基因的毕赤酵母菌中表达并分离重组蛋白综述:基本特征:作为真核生物,毕赤酵母具有高等真核表达系统的许多优点:如蛋白加工、折叠、翻译后修饰等。
不仅如此,操作时与E.coli及酿酒酵母同样简单。
它比杆状病毒或哺乳动物组织培养等其它真核表达系统更快捷、简单、廉价,且表达水平更高。
同为酵母,毕赤酵母具有与酿酒酵母相似的分子及遗传操作优点,且它的外源蛋白表达水平是后者的十倍以至百倍。
这些使得毕赤酵母成为非常有用的蛋白表达系统。
与酿酒酵母相似技术:许多技术可以通用:互补转化基因置换基因破坏另外,在酿酒酵母中应用的术语也可用于毕赤酵母。
例如:HIS4基因都编码组氨酸脱氢酶;两者中基因产物有交叉互补;酿酒酵母中的一些野生型基因与毕赤酵母中的突变基因相互补,如HIS4、LEU2、ARG4、TR11、URA3等基因在毕赤酵母中都有各自相互补的突变基因。
毕赤酵母是甲醇营养型酵母:毕赤酵母是甲醇营养型酵母,可利用甲醇作为其唯一碳源。
甲醇代谢的第一步是:醇氧化酶利用氧分子将甲醇氧化为甲醛,还有过氧化氢。
为避免过氧化氢的毒性,甲醛代谢主要在一个特殊的细胞器-过氧化物酶体-里进行,使得有毒的副产物远离细胞其余组分。
目录(一)介绍 4 (二)试剂盒物品清单 7 (三)额外附加物品列表9 (四)酵母菌株11 (五)酵母载体14 (六)方法简述:单杂交文库的构建和筛选16 方法简述:双杂交文库的构建和筛选17 (七)构建用于酵母单杂交的报告质粒载体18 (八)构建用于酵母双杂交的DNA-BD融合载体19 (九)构建生成cDNA文库21 (十)构建和筛选酵母单杂交和双杂交文库(简述)27 (十一)酵母单杂交文库的构建和筛选28 (十二)酵母双杂交文库的构建和筛选30 方法A:通过酵母配对(Yeast Mating)来筛选目的蛋白30方法B:通过共转化的方法筛选目的蛋白35 (十三)分析阳性相互作用结果38 (十四)问题解决指南44 (十五)参考文献47 (十六)相关产品50 附录A: 双链 cDNA合成的典型结果51 附录B: 酵母感受态的制备—LiAc 法52 附录C:单杂交对照载体信息53 附录D:双杂对照载体信息54 表格列表Table I. BD Matchmaker酵母菌株的基因型11 Table II. BD Matchmaker酵母菌株的表型11 Table III.单杂交系统的载体14 Table IV.双杂交系统的载体15 Table V.各BD-Matchmaker DNA-BD 载体的比较19 Table VI. RNA起始浓度和PCR扩增循环数之间的关系24 Table VII.单杂交共转化的对照实验的设置29 Table VIII.单杂共转化对照实验:期望的结果29 Table IX.双杂交转化的对照实验的设置33 Table X.双杂交配对筛选的对照实验的设置Table XI.双杂交共转化的对照实验的设置Table XII.双杂交共转化的对照实验:期望的结果Table XIII.用于PCR筛选菌落的Assembling Master Mixs图片列表Figure 1.使用BD Matchmaker单杂交系统筛选蛋白-DNA相互作用 4 Figure 2.使用BD Matchmaker单杂交系统筛选蛋白-蛋白相互作用 4 Figure 3.酵母单杂交和双杂交筛选的大致步骤5 Figure 4.构建和筛选BD Matchmaker酵母单杂交和双杂交文库6 Figure 5.酵母菌株AH109和Y187中的报告基因12 Figure 6.BD Matchmaker酵母单杂交文库的构建和筛选16 Figure 7.BD Matchmaker酵母双杂交文库的构建和筛选17 Figure 8.用BD SMART技术合成高质量的ds cDNA 21 Figure 9.BD CHROMA SPIN纯化柱和收集管26 Figure 10.通过酵母重整合作用来构建AD融合文库27 Figure 11.为双杂交筛选AD融合文库32 Figure 12.分析和证明可能的单杂交和双杂交相互作用阳性结果的策略39 Figure 13.通过酵母配对来验证蛋白-蛋白相互作用42 Figure 14.用对照用人胎盘Poly A+ RNA合成双链cDNA 51 Figure 15.p53HIS对照载体的图谱53 Figure 16.pGAD-Rec2-53 AD对照载体的图谱53 Figure 17.pGADT7-RecT AD对照载体的图谱54 Figure 18.pGBKT7-53 DNA-BD 对照载体图谱54 Figure 19.pGBKT7-Lam DNA-BD 对照载体图谱55(一)介绍BD Matchmaker TM Library Construction & Screening试剂盒提供一种简便的方法构建cDNA文库用来进行酵母双杂交和单杂交的筛选,这些试剂盒结合了BD Matchmaker TM Systems和BD SMART TM cDNA Synthesis的技术,只需要用任何组织的1 μg poly A+ RNA 或total RNA就能构建cDNA文库。
酵母双杂交实验方法一)酵母感受态细胞的制备1. 于YPDA平板上划线培养酵母Y2H Gold菌株,30℃培养约3d;2. 挑取单菌落(2-3mm)接种于YPDA液体培养基中,30℃、250rpm摇培8-12h;3. 接种0.5μL至5mL YPDA液体培养基中(1:1W的接种比例),30℃、250rpm 摇培至OD600 = 0.15~0.3(16-20h);4. 700g离心5min,弃上清后用10mL YPDA(2倍体积)重悬;5. 30℃、230rpm摇培至OD600 = 0.4~0.5(3-5h);6. 将10mL菌液分装成2管5mL,700g离心5min,用3mL ddH2O重悬(0.6倍体积);7. 700g离心5min,用150μL 1.1×TE/LiAc重悬(0.05倍体积);8. 转移至1.5mL离心管后,高速离心15s;9. 用60μL 1.1×TE/LiAc重悬(0.02倍体积)。
二)酵母感受态转化方法1. 感受态细胞转化体系:感受态细胞50μLYeastmaker Carrier DNA(10ng/μL)5μL质粒DNA 100ng**共转化时,prey的质粒DNA量两倍于bait于50μL酵母感受态细胞中依次加入5μL Carrier DNA、100ng 质粒DNA,共转化时,猎物蛋白(未知蛋白)质粒DNA量为诱饵蛋白的2倍。
2. 混匀后加入500μL PEG/LiAc,30℃孵育30min,每10min轻微混匀;3. 加入20μL DMSO,42℃水浴15min,每5min轻微混匀;4. 10000rpm离心15s,用1mL YPD Plus重悬;5. 10000rpm离心15s,用1mL 0.9% NaCl重悬;6. 涂布于二缺培养基,30℃培养。
(1)用于酵母转化的菌落,4℃保存,一般为新生长出来的菌落。
划YPDA 平板,28-30℃培养3-4 天。
挑取酵母直径3mm的菌落接种到5mL YPDA 液体培养基中,30℃培养8-12h。
(2)取5μL 菌液到新的50mL YPDA 培养液中,30℃,200rpm,培养16-20h。
(3)测OD 约在0.15-0.3 之间。
用80mL 无菌离心管以3000g 离心5min,弃上清,收集沉淀。
用100mL YPDA 培养液重悬菌体,30℃,200rpm,培养至OD 达到0.4-0.6,通常需要3~5h。
(4)用80mL 无菌离心管以3000g 离心5min,收集细胞。
(5)弃上清,把沉淀悬浮在30mL 无菌水中,同上,离心。
(6)重复步骤(5)一次。
(7)弃上清,把细胞悬浮在1mL 的100mmol/L 醋酸锂中,转移到一个无菌的1.5mL离心管中。
用1.5ml 1×TE/LiAc 重悬。
(8)高速离心15s,沉淀细胞,用微量移液器吸出上清。
(9)重新悬浮细胞到600μL 1×TE/LiAc 中,到此感受态细胞制备完成。
(10)将用于转化的双链载体DNA 样品煮沸5min,快速放入冰水中冷却。
(11)在1.5ml 离心管中加入2μL 10mg/ml 双链DNA,0.1μg 质粒(若共转AD 和BD质粒则总共0.1μg),混合均匀。
(12)加入100μL 上述感受态细胞轻轻混匀。
(13)向离心管中加入600μL 40% PEG/LiAc,完全混匀,30℃,30min。
每10min 混匀一次。
(14)加入70μL DMSO 至终浓度为10%,42℃,热激15min。
每5min 摇匀一次。
(15)高速离心15 秒,用微量移液器除去上清。
(16)向离心管中加入1ml YPDA 液体培养基,30℃,150rpm,90min。
(17)低速离心,用1ml 生理盐水重悬,取200μL 菌液涂对照培养基和选择平板。