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半索动物门（Phylum Hemichordata）半索动物，又称隐索动物（Adelochorda），是一个种类很少的小门（约90种）均为海产，生活于海水中或泥质沉积物中。
典型的种类如柱头虫（Balanoglossus）。
一.本门主要特征：⒈具有背神经索，其最前端变为内部有空腔的管状神经索，一般认为这是背神经管的雏形；⒉消化管的前端有鳃裂，为呼吸器官；⒊口腔背面向前伸出一条短盲管，称为“口索”，这是半索动物特有的（半索或隐索动物名称由此而来）。
二.结构和功能的适应1．生物体类型体呈蠕虫状，或固着生活，后口式发育。
半索动物曾经被分在脊索动物门中，也曾被视为无脊椎的脊索动物称为原索动物（protochordata）。
和脊索动物相似，它有由背部上皮发生而来且中空的背神经索。
但现在认为其口索与脊索不是同源器官，因此将其从脊索动物中分出，独立为半索动物。
2．身体结构三胚层，两侧对称，真体腔动物。
身体不分节，只分为吻、领和躯干三个部分（图）。
通常咽上有鳃裂。
身体分为前体、中体和后体，每部分都有分隔的体腔（参考触手冠动物）。
躯干部细长，前部两侧向外延伸形成翼状板，内有生殖腺（生殖翼）。
肛门在躯干部末端。
3．取食羽鳃类用触手冠样器官滤食，肠鳃类取食沉积物，通过鳃裂排除剩余的废物。
4．运动羽鳃类固着生活，而肠鳃类则穴居生活。
5．骨骼羽鳃类在咽的前部盲囊腹面有一棒状物，能够变硬，过去称为口索，曾经被认为是脊索的同源器官。
6．呼吸和循环系统气体交换可以通过鳃裂完成（由于纤毛作用，水由口进入咽，经咽裂、鳃囊及鳃孔流出，在这一过程中完成气体交换），其下有血管分布集中的区域，还可以通过体表完成。
循环系统有可收缩的背血管和腹血管，之间以开放的血窦相连，因此，在循环方式上属于开放式循环。
前体有可搏动的“心脏”驱动血液循环。
7．深透压调节和排泄含氮废物通过体表扩散排泄。
8．动作协调神经系统原始而特殊，身体表皮细胞基部的一层神经纤维网分别在背中线和腹中线加厚形成神经索，两神经索在躯干的前端相连形成一神经环再和位于表皮下的神经网相连。
一、半索动物的进化地位半索动物（又称隐索动物）是一个种类很少的小门，分为二个纲：肠鳃纲（如柱头虫）和羽鳃纲（如头盘虫和杆壁虫）。
由于它们的胚胎发育与棘皮动物相似，但又有鳃裂及中空的神经，类似于脊索动物。
所以，认为与棘皮动物和脊索动物有一定的亲缘关系。
二、主要结构特征1、体型•典型的种类如柱头虫，身体蠕虫状，多穴居在泥沙中，•分布在浅海和潮间带，体长2~250 cm；•身体可分为吻、领、躯干3部分；•吻和领都有发达的肌内，吻能缩入领内，依赖于吻部和领部的伸缩、柱头虫能在泥沙中掘穴和运动身体。
•躯干部细长，前部两侧向外延伸形成翼状板，内有生殖腺，称为生殖翼。
肛门在躯干部未端。
•动物学上，将凡是分类地位很近的动物，由于分别适应各种生活环境，经长期演变终于在形态结构上造成明显差异的现象，称为适应辐射。
•半索动物门羽鳃纲的动物（如杆壁虫），由于营海底固着的群体生活，形态结构上发生很大的变化，该纲动物体形小，有腕和触手，吻部退化，外形上像苔鲜虫。
二、体壁•体壁层由上皮层和肌肉层构成。
上皮层由表皮细胞、腺细胞和神经细胞等组成，吻部的上皮着生纤毛，为纤毛上皮。
•上皮下为肌肉层，包括环肌层和纵肌层；领部肌肉层更发达，分别由领圈外肌，领圈内肌和领部纵肌组成，躯干部为纵肌层。
三、体腔•体腔包括一个吻体腔、成对的领体腔和成对的躯干体腔，体腔之间有隔膜隔开。
四、鳃裂•柱头虫躯干部前端，背中线两侧各有一行成对（7－700）外鳃裂，其内部为鳃囊或咽囊，鳃囊中有若干对“U”形的内鳃裂。
内鳃裂与外鳃裂一一相对应。
五、中空的领神经索•半索动物的神经系统原始而又特殊：身体头部表皮细胞的基部的一层神经纤维网，或称表皮神经丛，分别在背中线和腹中线处加厚形成背、腹神经索，两神经索在躯干的前端相连成一神经环，背中神经索在领内形成领索，可能为动物的神经中枢。
五、中空的领神经索•特别的是：领索是中空的，而且位于体腔内，这种中空的神经索类似于高等动物的神经管。
脊(索)椎动物门特征：一、有脊索（低等终生存在，高等成体为脊柱取代）；二、背神经管；三、鳃裂（水生终生留，陆生只在胚胎期）现分为三亚门：（半索动物亚门作为无脊动物，如柱头虫）尾索、头索（又原索，因无明显头部又称无头类）、脊椎。
尾索亚门（生活在海中）：如海鞘（仅有简单肌肉囊能作蠕动收缩心脏，无瓣膜，无动静脉之分；无固定排泄器官，肠部有分散小肾囊）。
现有三纲：尾海鞘、海鞘（单、双、光海鞘目）、樽海鞘纲。
头索亚门（脊索伸到前端，最接近脊椎）：如文昌鱼（分肾管数十对，分动静脉无心脏，有脑、脊髓、脑及脊神经构成神经系统；有肝）。
现只一科即鳃口或文昌鱼科（分鳃口或文昌鱼属、非对称或偏文昌鱼属。
前者生殖腺和腹褶左右对称。
）脊椎动物特征：还有一、内骨骼出现（是身体内活组织，可随身体而长大故身体长大不受限制，具脊柱、头骨、上下颌出现，口器更加发达）；二、运动器官出现（对鳍或附肢）；三、有发达的神经系统及感觉器官（以联系体内外，适应力增强，同时它需要完善骨骼保护）；四、心脏（血液循环加速）；五、肾脏（能够有效排除代谢产物）。
现有六纲：圆口纲、鱼纲、两栖纲、爬行纲、鸟纲、哺乳纲。
圆口纲：（无颌类）有两目：七鳃鳗目与盲鳗目，共几十种（前有一科数十种，后者二科约十几种）。
如七鳃鳗：寄生性，无鳞皮滑，分头、躯干与尾，骨骼由软骨和结缔组织、脊索、髓弧、颅骨和背鳍与鳍，肌肉除头部较复杂外皆由规则排列肌节组成（原始），消化系统已经形成独立系统（有不显著的胃），心脏分一心耳一心室（有瓣），脑成直线状，小脑不发达，大脑较嗅叶要小，有嗅觉鼻孔一个、听觉内耳，也有中肾。
盲鳗：多个结构退化，活在海中，钻入鱼体内仅留皮骨。
鱼纲：用鳃呼吸，典型水栖，有上下颌，一般有成对偶鳍、发达的尾部，能积极寻捕食物。
1、体型有：纺锤型、侧扁型、平扁型、棍棒型。
2、鳍的尾型：圆尾、多尾、正尾；3、皮肤分表皮、真皮前者薄且滑真表或真皮内有鳞：盾鳞、硬鳞、圆鳞；4、多有鳔5、有胃肠的分化，明显的胰腺6、血液单循环7、脊椎代替脊索、有肋骨；8、有中肾或已有肾脏一对简单分为软骨类和硬骨类，前者有板鳃亚纲和全头亚纲，后者有总鳍亚纲、肺鱼亚纲和辐鳍亚纲：软骨类（鳃隔都很发达，为盾鳞）：（1）板鳃亚纲仅鲨目。
