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一、半索动物的进化地位半索动物（又称隐索动物）是一个种类很少的小门，分为二个纲：肠鳃纲（如柱头虫）和羽鳃纲（如头盘虫和杆壁虫）。
由于它们的胚胎发育与棘皮动物相似，但又有鳃裂及中空的神经，类似于脊索动物。
所以，认为与棘皮动物和脊索动物有一定的亲缘关系。
二、主要结构特征1、体型•典型的种类如柱头虫，身体蠕虫状，多穴居在泥沙中，•分布在浅海和潮间带，体长2~250 cm；•身体可分为吻、领、躯干3部分；•吻和领都有发达的肌内，吻能缩入领内，依赖于吻部和领部的伸缩、柱头虫能在泥沙中掘穴和运动身体。
•躯干部细长，前部两侧向外延伸形成翼状板，内有生殖腺，称为生殖翼。
肛门在躯干部未端。
•动物学上，将凡是分类地位很近的动物，由于分别适应各种生活环境，经长期演变终于在形态结构上造成明显差异的现象，称为适应辐射。
•半索动物门羽鳃纲的动物（如杆壁虫），由于营海底固着的群体生活，形态结构上发生很大的变化，该纲动物体形小，有腕和触手，吻部退化，外形上像苔鲜虫。
二、体壁•体壁层由上皮层和肌肉层构成。
上皮层由表皮细胞、腺细胞和神经细胞等组成，吻部的上皮着生纤毛，为纤毛上皮。
•上皮下为肌肉层，包括环肌层和纵肌层；领部肌肉层更发达，分别由领圈外肌，领圈内肌和领部纵肌组成，躯干部为纵肌层。
三、体腔•体腔包括一个吻体腔、成对的领体腔和成对的躯干体腔，体腔之间有隔膜隔开。
四、鳃裂•柱头虫躯干部前端，背中线两侧各有一行成对（7－700）外鳃裂，其内部为鳃囊或咽囊，鳃囊中有若干对“U”形的内鳃裂。
内鳃裂与外鳃裂一一相对应。
五、中空的领神经索•半索动物的神经系统原始而又特殊：身体头部表皮细胞的基部的一层神经纤维网，或称表皮神经丛，分别在背中线和腹中线处加厚形成背、腹神经索，两神经索在躯干的前端相连成一神经环，背中神经索在领内形成领索，可能为动物的神经中枢。
五、中空的领神经索•特别的是：领索是中空的，而且位于体腔内，这种中空的神经索类似于高等动物的神经管。
