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Mega软件输入数据的格式Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。
首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。
在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。
4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。
这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。
5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。
在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。
在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。
6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。
7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。
下边是一个数据文件示例：Fig其次，如果输入数据是遗传距离矩阵，则要求如下：1）前4点要求同对上述DNA序列的要求相同；2）在每个距离矩阵的名字之前应该有一个“#”，每个名字占一行；先列出距离矩阵的名字，然后再给出距离矩阵；3）距离矩阵有两种形式，下三角和上三角。
下边是一个数据文件示例：Fig下图是距离矩阵的示意图，左边是下三角矩阵，右边是上三角矩阵。
Fig再次，如果数据是测序图谱的形式，直接导入即可。
下图是测序图谱示例：FigMEGA界面及操作Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。
MEGA软件的使用Mega软件输入数据的格式Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。
首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列,则有如下要求：1）文件扩展名以＊.meg或*。
txt结尾都行;2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行,后边可以跟上一些说明性字符,这些字符在输出结果中会显示出来.在与“Title"同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。
4）在“＃MEGA"和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。
这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息.5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“＃”，名字的下一行是具体的序列。
在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。
在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。
6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。
7）对于DNA或RNA序列,Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符,缺失字符可以用“？"表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。
下边是一个数据文件示例：Fig其次，如果输入数据是遗传距离矩阵，则要求如下：1）前4点要求同对上述DNA序列的要求相同；2)在每个距离矩阵的名字之前应该有一个“＃"，每个名字占一行;先列出距离矩阵的名字，然后再给出距离矩阵；3）距离矩阵有两种形式，下三角和上三角。
下边是一个数据文件示例：Fig下图是距离矩阵的示意图,左边是下三角矩阵，右边是上三角矩阵。
Fig再次，如果数据是测序图谱的形式，直接导入即可。
下图是测序图谱示例:FigMEGA界面及操作Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好,即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等.而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。
MEGA软件的使用Mega软件输入数据的格式Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。
首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。
在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。
4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。
这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。
5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。
在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。
在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。
6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。
7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。
下边是一个数据文件示例：Fig其次，如果输入数据是遗传距离矩阵，则要求如下：1）前4点要求同对上述DNA序列的要求相同；2）在每个距离矩阵的名字之前应该有一个“#”，每个名字占一行；先列出距离矩阵的名字，然后再给出距离矩阵；3）距离矩阵有两种形式，下三角和上三角。
下边是一个数据文件示例：下图是距离矩阵的示意图，左边是下三角矩阵，右边是上三角矩阵。
再次，如果数据是测序图谱的形式，直接导入即可。
下图是测序图谱示例：FigMEGA界面及操作Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。
MEGA的主界面：使用步骤1. 序列导入可以通过Data导入数据也可以通过file导入数据。
如果翻开的文件是比对结果，选择Analyze；如果翻开的文件是序列文件，选择Align。
另外双击这些后缀名文件即可自动导入序列，导入后会弹出MEGA比对界面。
如果fasta 序列导入报错，多是因为序列长度不同导致：如果序列长度不同，可以采用新建文件，将序列文件导入的方法。
步骤：Align →Edit/Build Alignment →create a new alignment →Data →open →Retrieve sequences from File将复制输入的序列另存输出看看。
步骤：data →Export alignment →fasta format序列长度都被用横线补齐了。
2. 多序列比对选择muscle或者clustalw进展比对：clustalw 一般用于DNA ，muscle多用于蛋白。
在比对之前需先选中要进展比对的序列〔Shift〕，还可以对序列或者序列名进展编辑〔双击〕。
比对参数选择：保存比对文件，进化树分析提供数据。
一般导出的比对结果保存为fasta格式，或者直接点击保存按钮将结果，保存为二进制的mas 或meg文件。
3. 构建进化树导入数据：将刚刚另存的meg 文件重新导入到mega程序中〔直接拖入工作界面〕，并选择构建进化树。
参数选择：参数设置，Bootstrap method一般选择1000~1500；第一次绘图时建议选择500，这样运行速度会比价快，结果适宜再调至1000重新进展进化分析。
描述：进化树可视化：View→Tree/Branch style选择树的模式，也可以通过右图菜单进展选择。
发散树环状树进化树简单美化：可视化文件的保存：•Newick——标准树文件，用于下游可视化软件的导入•png——压缩图像文件•pdf——矢量图像文件保存为png/pdf，显示不全怎么办？——将图和图注复制到WORD中保存即可〔Image Copy to Clipboard 粘贴到WORD〕。
MEGA软件的使用Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。
而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。
首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。
单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Sequences（蛋白质序列）、Pairwise Distance（遗传距离矩阵）。
根据输入数据的类型，选择一种，点击“OK”即可。
如果选择“Pairwise Distance”，则操作界面有所不同；如下图所示：根据遗传距离矩阵的类型，如果是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix”即可；如果是上三角矩阵，选择“Upper Right Matrix”即可。
点击“OK”按钮，即可导入数据。
如果是核苷酸数据，则读完之后，会弹出如下对话框：如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则选择“Yes”按钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，则点击“No”按钮。
之后，会弹出如下操作窗口：此作界面的名称是“Sequence Data Explorer”，在其最上方是工具栏“Data”、“Display”、“Highlight”等，然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的左下方是每个序列的名称。
MEGA软件构建系统发育树摘要：以白色念珠菌属下面的十个种的18s RNA 为例，构建系统发育树来说明MEGA 软件的使用方法。
1背景简介1.1 MEGA（分子进化遗传分析）MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis。
MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, estimating rates of molecular evolution, and testing evolutionary hypotheses. MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。
MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其结果不用于发表文章)建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。
MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows® operating systems: Windows 95/98, NT, 2000, XP, Vista, version 7, Linux and Mac OS [1].MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。
1.2 系统发育树定义系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。
是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。
在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）1.3 系统发育树的分类根据有根和无根来区分：树可分为有根树和无根树两类。
MEGA软件的使用Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。
而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。
首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。
单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Sequences（蛋白质序列）、Pairwise Distance（遗传距离矩阵）。
根据输入数据的类型，选择一种，点击“OK”即可。
如果选择“Pairwise Distance”，则操作界面有所不同；如下图所示：根据遗传距离矩阵的类型，如果是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix”即可；如果是上三角矩阵，选择“Upper Right Matrix”即可。
点击“OK”按钮，即可导入数据。
如果是核苷酸数据，则读完之后，会弹出如下对话框：如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则选择“Yes”按钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，则点击“No”按钮。
之后，会弹出如下操作窗口：此作界面的名称是“Sequence Data Explorer”，在其最上方是工具栏“Data”、“Display”、“Highlight”等，然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的左下方是每个序列的名称。
MEGA软件的使用MEGA软件的使用Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP 数据格式等等。
而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。
首先，翻开Mega程序，有如以下图所示的操作界面：单击工具栏中的“File〞按钮，会出现如以下图所示的菜单：从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data〞〔翻开数据〕、“Reopen Data〞〔翻开曾经翻开的数据，一般会保存新近翻开的几个数据〕、“Close Data〞〔关闭数据〕、“Export Data〞〔导出数据〕、“Conver To MEGA Format〞〔将数据转化为MEGA格式〕、“Text Editor〞〔数据文本编辑〕、“Printer Setup〞〔启动打印〕、“Exit〞〔退出MEGA程序〕。
单击“Open Data〞选项，会弹出如下菜单：浏览文件，选择要分析的数据翻开，单击“翻开〞按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences〔核苷酸序列〕、Protein Sequences〔蛋白质序列〕、Pairwise Distance〔遗传距离矩阵〕。
根据输入数据的类型，选择一种，点击“OK〞即可。
如果选择“Pairwise Distance〞，那么操作界面有所不同；如以下图所示：根据遗传距离矩阵的类型，如果是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix〞即可；如果是上三角矩阵，选择“Upper Right Matrix〞即可。
点击“OK〞按钮，即可导入数据。
如果是核苷酸数据，那么读完之后，会弹出如下对话框：如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，那么选择“Yes〞按钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，那么点击“No〞按钮。
MEGA软件的使用Mega软件输入数据的格式Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。
首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。
在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。
4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。
这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。
5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。
在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。
在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。
6）在同一数据文件，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。
7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。
下边是一个数据文件示例：Fig其次，如果输入数据是遗传距离矩阵，则要求如下：1）前4点要求同对上述DNA序列的要求相同；2）在每个距离矩阵的名字之前应该有一个“#”，每个名字占一行；先列出距离矩阵的名字，然后再给出距离矩阵；3）距离矩阵有两种形式，下三角和上三角。
下边是一个数据文件示例：Fig下图是距离矩阵的示意图，左边是下三角矩阵，右边是上三角矩阵。
Fig再次，如果数据是测序图谱的形式，直接导入即可。
下图是测序图谱示例：FigMEGA界面及操作Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。
MEGA软件——系统发育树构建方法1)序列文本构树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
2)序列导入MEGA 5首先打开MEGA 5软件，界面如下：然后，导入需要构建系统进化树的序列：点击OK出现新的对话框，创建新的数据文件导入成功3)序列比对分析点击W，开始比对。
比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。
系统分析然后，关闭该窗口，在弹出的对话框中选择保存文件，文件名随便去，比如保存为1。
4)系统发育树构建以NJ为例Bootstrap选择1000，点Computer，开始计算计算完毕后，生成系统发育树。
以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹brightfuture01的方法5)树的修饰建好树之后，往往需要对树做一些美化。
这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。
点击image，copy to clipboard。
新建一个word文档，选择粘贴。
见下图：在图上点击右键-编辑图片，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。
见下图：这个时候可以通过Adobe professional 对其进行图像导出：先将此word文档打印成PDF，见下图：将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：点击确定，出现下图(把空边切掉了)：点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：OK，结束了，自己玩一把吧。
MEGA软件的使用Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。
而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。
首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。
单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Sequences（蛋白质序列）、Pairwise Distance（遗传距离矩阵）。
根据输入数据的类型，选择一种，点击“OK”即可。
如果选择“Pairwise Distance”，则操作界面有所不同；如下图所示：根据遗传距离矩阵的类型，如果是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix”即可；如果是上三角矩阵，选择“Upper Right Matrix”即可。
点击“OK”按钮，即可导入数据。
如果是核苷酸数据，则读完之后，会弹出如下对话框：如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则选择“Yes”按钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，则点击“No”按钮。
之后，会弹出如下操作窗口：此作界面的名称是“Sequence Data Explorer”，在其最上方是工具栏“Data”、“Display”、“Highlight”等，然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的左下方是每个序列的名称。
显示序列占了操作界面的绝大部分，与第一个序列相同的核苷酸用“.”表示，发生变异的序列则直接显示。
2、遗传距离的计算点击Mega操作主界面的“Distances”按钮，会弹出一个下拉菜单。
如下图所示：从上图易知，此菜单包括如下选项：“Choose Model”（选择模型，即选择计算遗传距离的模型）、“Compute Pairwise”（计算遗传配对差异）、“Compute OverallMean”（计算包括所有样本在内的平均遗传距离）、“Compute With Group Means”（计算组内平均遗传距离）、“Compute Between Groups Means”（计算组间平均遗传距离）、“Compute Net Between Groups Means”（计算组间平均净遗传距离）、“Compute Sequence Diversity”（计算序列分歧度）。
“Compute Sequence Diversity”选项包括四个子菜单：“Mean Diversity Within Subpopulations”（亚群体内部平均序列多态性）、“Mean Diversity for Entire Population”（整个人群平均序列多态性）、“Mean Interpopulaional Diversity”（群体内部平均序列多态性）、“Coefficient of Differentiation”（遗传变异系数）。
点击“Choose Model”选项，会弹出如下操作界面：从上述操作界面可以看出，通过此对话框可以选择计算遗传距离的模型等。
“Data Type”显示数据的类型：Nucleotide（Coding）（编码蛋白质的DNA序列）、Nucleotide（不编码蛋白质的DNA序列）、Amino Acid（氨基酸序列）。
通过“Model”选项可以选择，计算遗传距离的距离模型。
点击“Model”一行末端的按钮会弹出一选择栏。
如上图所示，对于非编码的核苷酸序列Mega程序提供了八种距离模型：“Number of Difference”（核苷酸差异数）、“P-distance”（P距离模型）、“Jukes-Cantor”（Jukes和Cantor距离模型）、“Kimura 2-Parameter”（Kimura双参数模型）、“Tajima-Nei”（Tajima和Nei距离模型）、“Tamura 3-parameter”（Tamura 三参数模型）、“Tamura-Nei”（Tamura和Nei距离模型）、“LogDet（Tamura kumar）”（对数行列式距离模型）。
对于编码的核苷酸序列，其遗传距离模型如下图所示：如上图所示，对于编码蛋白质的DNA序列，Mega程序提供了一下几种模型：“Nei-Gojobori Method”，“Modified Nei-Gojobori Methoed”、“Li-Wu-Luo Method”、“Pamilo-Bianchi-Li Method”、“Kumar Method”。
其中Nei-Gojobori方法和修正的Nei-Gojobori方法都包含三种距离模型：“Number of Differences”、“P-distance”、“Jukes-Cantor”。
对于氨基酸序列，Mega所提供的遗传距离模型如下图所示：如上图所示，对于氨基酸序列，Mega程序提供了一下六种遗传距离模型：“Number of Differences”（氨基酸差异数）、“P-distance”（P距离模型）、“Poisson Correction”（泊松校正距离模型）、“Equal Input”（等量输入距离模型）、“PAM Matrix（Dayhoff）”（PAM距离矩阵模型）、“JTT Matrix（Jones-Taylor-Thornton）”（JTT距离矩阵模型）。
在“Analysis Preference”操作界面中，“Pattern Among Lineages”仅提供了一个选项：“Same（Homogenous）”“，也就是说样本之间是有一定同源性的。
“Rates among sites”提供了两个选项：“Uniform Rates”和“Different（Gamma Distributed）”。
“Uniform Rates”意味着所有序列的所有位点的进化速率是相同的。
选择“Different （Gamma Distributed）”，意味着序列位点之间的进化速率是不相同的，可以利用Gamma参数来校正，系统提供了四个数值可供选择：2.0、1.0、0.5、0.25；软件使用者也可以自行决定Gamma参数的大小。
设置完毕后，在此界面中点击“OK”按钮，即可返回Mega操作主界面。
选择主操作界面“Distance”中的“Compute Pairwise”选项，可以计算样本之间的遗传距离的大小，其操作界面如下图所示：“Data Type”显示数据的类型，图中为“Nucleotide”。
“Analysis”显示计算分分析的类型，图中为“Pairwise Distance Calculation”（配对差异距离计算）。
“Compute”显示所要运行的对象，又两个选项：“Distance only”（仅计算遗传距离）和“Distance&Std.Err”（计算遗传距离和其标准误）。
“Include Sites”显示利用哪些位点来计算，如果数据类型是不编码蛋白质的核苷酸序列，则全部参与计算，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则可以选择哪些位点（如密码子的第2位等）来参与运算。
“Substitution Model”是替代的模型，在下边“Model”中可以进行选择。
“Substitutions to Inclued”选择哪些替代类型（如下图所示）被用于运算，d 选项将转换和颠换全部包括在内，s选项仅包括转换，v选项仅包括颠换，R为转换和颠换的比值，L为所有有效的普通位点的个数。
“Pattern among Lineages”和“Rates among sites”上文已有介绍，不再详述。
点击“Compute”按钮，即可开始计算。
其显示运算结果的界面如下图所示：上图是计算出的各个样本之间的遗传距离的矩阵。
在最下端的状态栏，显示的是所利用的遗传距离模型，如图中所示：Nucleotide：Kimura 2-parameter。
“File”按钮共有四个下拉菜单：“Show Input Data Title”（显示输入数据的标题）、“Show Analysis Description”（显示分析信息的描述）、“Export/Print Distance”（输出或打印距离矩阵）、“Quit viewer”（退出此操作界面）。
“Display”按钮共有四个下拉菜单：“Show Pair Name”（显示配对序列的名字）、“Sort Sequence”（用何种方式对序列进行排序）、“Show Names”（显示序列的名字）、“Change Font”（改变字体）。
“Sort Sequence”有两个选项：“Original”（按原先输入的顺序）和“By Name”（通过序列的名字）。
点击“Average”按钮可以计算平均的遗传距离，此按钮提供了四个下拉菜单：“Overall”（所有样本之间的平均遗传距离）、“Within Groups”（组内平均遗传距离）、“Between Groups”（组间平均遗传距离）、“Net Between Groups”（组间平均净遗传距离）。
在上述按钮下方还有六个按钮，如下图所示。
点击第一个按钮可以使数据以下三角矩阵的方式显示；点击第二个按钮可以使数据以上三角矩阵的方式显示；选中第三个按钮可以显示配对的序列的名字，点击第四个按钮，可以减少数据小数点后的位数；点击第五个按钮，可以增加数据小数点后的位数；拖动第六个按钮中的小竖条可以改变数据显示的宽度。
点击“File”下拉菜单中的“Export/Print Distance”选项，会弹出如下图所示的对话框：“Output Format”选项可以确定输出数据的格式：“Publication”（一般格式）和“Mega”（Mega格式，把此数据保存可直接由Mega程序打开，进行构建系统发育书等遗传分析）。
Decimal Places（小数位的大小），“Max Entries per line”（每一行最多能显示的数据的个数）。
