MEGA使用说明书

MEGA使用说明书1. 简介1.1 MEGA的概述1.2 相关术语解释2. 安装与注册2.1 安装包并进行安装2.2 注册新账号或登录现有账号3. 用户界面导览3.. 主要功能区域介绍- 文件管理器：浏览、和文件。

- 联系人列表：查看已添加联系人信息。

- 消息中心：接收系统通知和消息更新。

4.文件操作指南4.. 浏览及搜索文件a) 使用目录树结构快速定位所需文件夹。

b) 利用搜索框输入关键词，筛选出相关文档。

c）利用标签对重要文档进行分类整理。

5.分享与协作a). 分享i）一个公开可访问的，并发送给他人以便共享特定内容。

ii）设置密码保护来限制只能被授权用户打开该。

6.数据同步a). 同步设备间数据i）在不同设备上同时登陆自己的帐户, 可实时获取最新版本资料；ii ) 手动选择需要离线保存到本地端硬盘空间内之个别项目；7.版本历史记录a). 查看文件的修改历史i）查看特定文档在不同时间点上所做过的更改；ii ) 还原到之前某个具体时刻保存下来的旧版；8. 设置与选项8.1 账户设置- 修改密码、邮箱等账户信息。

8.2 高级选项- 自定义和速度限制，以满足网络环境需求。

9.常见问题解答a) 如何恢复误删除或丢失数据？b) 如何增加存储空间容量？c) MEGA是否支持多人同时编辑一个文件？10.附件- 用户手册.pdf11.法律名词及注释i）用户：指使用MEGA服务并注册帐号进行操作和管理资料者。

ii）分享：通过公开可访问URL地址将内容共享给他人。

iii）授权用户: 指被允许浏览、编辑或已经分享出去资源的其他Mega 帐号所有者。

MEGA软件的使用Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。

1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。

而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。

首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA 格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。

单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Sequences（蛋白质序列）、Pairwise Distance（遗传距离矩阵）。

根据输入数据的类型，选择一种，点击“OK”即可。

如果选择“Pairwise Distance”，则操作界面有所不同；如下图所示：根据遗传距离矩阵的类型，如果是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix”即可；如果是上三角矩阵，选择“Upper Right Matrix”即可。

点击“OK”按钮，即可导入数据。

如果是核苷酸数据，则读完之后，会弹出如下对话框：如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则选择“Yes”按钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，则点击“No”按钮。

之后，会弹出如下操作窗口：此作界面的名称是“Sequence Data Explorer”，在其最上方是工具栏“Data”、“Display”、“Highlight”等，然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的左下方是每个序列的名称。

MEGA软件构建系统发育树摘要：以白色念珠菌属下面的十个种的18s RNA 为例，构建系统发育树来说明MEGA 软件的使用方法。

1背景简介1.1 MEGA（分子进化遗传分析）MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis。

MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, estimating rates of molecular evolution, and testing evolutionary hypotheses. MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。

MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。

最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其结果不用于发表文章)建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。

MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows® operating systems: Windows 95/98, NT, 2000, XP, Vista, version 7, Linux and Mac OS [1].MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。

1.2 系统发育树定义系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。

是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。

在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）1.3 系统发育树的分类根据有根和无根来区分：树可分为有根树和无根树两类。

mega使用手册Mega使用手册欢迎阅读Mega使用手册。

本文档将详细介绍如何使用Mega以及各项功能的使用方法。

请按照以下章节进行阅读。

1.简介1.1 Mega的概述1.2 Mega的优势1.3 Mega的功能2.账户管理2.1 注册Mega账户2.2 登录和注销账户2.3 密码重置和修改2.4 安全性设置3.文件和3.1 文件3.2 文件3.3 文件夹管理和操作3.4 文件共享和协作4.数据同步与备份4.1 同步文件和文件夹4.2 数据备份和恢复4.3 版本控制和历史记录5.文件搜索和过滤5.1 文件搜索功能5.2 文件过滤和筛选6.安全性和隐私6.1 文件加密和解密6.2 权限管理和共享控制6.3 数据安全和隐私保护7.终端与云端互通7.1 Mega客户端的安装和配置 7.2 云端与本地文件同步7.3 终端与云端文件交互8.其他功能8.1 文件预览和编辑8.2 多设备同步8.3 文件批量处理8.4 容量管理和空间优化附件：本文档所涉及的附件可于Mega官方网站的附件页面。

法律名词及注释：1.Mega：一种云存储和文件同步服务，由Mega Limited提供。

2.账户：用户在Mega上注册的个人或企业账户。

3.文件：用户在Mega上和存储的各种类型的文件。

4.文件夹：用户可以在Mega上创建和管理的文件夹，用于组织和管理文件。

5.文件共享：用户可以通过Mega共享，方便他人访问和文件。

6.数据同步：将本地文件同步到云端，并保持文件的最新状态。

7.数据备份：将云端数据备份到其他存储介质，以避免数据丢失。

8.文件加密：使用加密算法对文件进行加密，以保护文件的安全性和隐私性。

感谢阅读本文档，如有任何问题或困惑，请随时联系我们的客户支持团队。

MEGA的使用产生背景及简介随着不同物种基因组测序的快速发展，产生了大量的DNA序列信息，这时就需要一种简便而快速的统计分析工具来对这些数据进行有效的分析，以提取其中包含的大量信息。

MEGA就是基于这种需求开发的。

MEGA 软件的目的就是提供一个以进化的角度从DNA和蛋白序列中提取有用的信息的工具，并且，此软件可以免费下载使用。

现在我们使用的是MEGA4的版本。

它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。

使用它我们可以编辑序列数据、序列比对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。

此软件的输出结果资源管理器允许用户浏览、编辑、打印输入所得到的结果而且所得到的结果具有不同形式的可视化效果。

此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵，这是他不同与其他分析软件的地方。

在计算矩阵方面有一些自己的特点：1.推测序列或者物种间的进化距离2.根据MCL(Maximum Composite Likeliood method)的方法构建系统发育树3.考虑到了不同碱基替换的不同的比率，考虑到了碱基转换和颠换的差别。

4.随时可以使用标注：所以的结果输入都可以使用标注，而且标注的内容可以被保存，复制。

具体使用我们以分析20个物种的血红蛋白为例来具体说明此软件的具体使用情况。

一．启动程序1.运行环境：在Windows 95/98, NT, ME, 2000, XP, vista等操作系统下均可使用。

2.下载安装：可以直接登陆进行下载安装，另外还可以从/tools/phylogeny.php中的链接进去。

3.双击桌面快捷方式图标，进入主界面；或者从开始菜单，单击图标启动。

二．序列分析。

1.启动单击后，会出现如下界面：这里有三个选项，分别对应三种不同的情况：以下分别予以介绍：Create a new alignment ：是在你没有任何比对的时候使用，比如你只有一个fasta格式的序列就可以选择这个选项。

Open a saved alignment session：使用它可以打开一个我们已经比对好的序列文件；Retieve a sequence from a file ：这种情况同第一种情况相似，只是不用选择是DNA 还是蛋白质序列比对，选择的也是fasta格式的文件，打开后的界面都是一样的。

1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。

如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。

3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。

4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。

根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。

最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。

5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。

MEGA使用说明书MEGA使用说明书1、简介MEGA是一款跨平台的云存储和文件共享服务提供商。

它为用户提供了安全、稳定且易于使用的云端存储解决方案。

本文档将详细介绍MEGA的功能和使用方法，以帮助用户快速上手并充分利用该平台。

2、注册和登录2.1 注册账号2.1.1 打开MEGA官方网站2.1.2 注册按钮2.1.3 输入个人信息并创建账号2.2 登录账号2.2.1 打开MEGA官方网站2.2.2 输入注册时所使用的账号和密码2.2.3 登录按钮3、文件和3.1 文件3.1.1 在MEGA界面中找到需要的文件夹3.1.2 按钮3.1.3 选择本地文件并确认3.2 文件3.2.1 在MEGA界面中找到需要的文件3.2.2 右键文件，并选择选项3.2.3 选择本地保存路径并开始4、文件夹管理4.1 创建文件夹4.1.1 在MEGA界面中找到所需文件夹的位置4.1.2 右键文件夹的上级目录，并选择新建文件夹选项 4.1.3 输入文件夹名称并确认创建4.2 移动文件夹4.2.1 在MEGA界面中找到要移动的文件夹4.2.2 右键文件夹，并选择移动选项4.2.3 选择目标位置并确认移动4.3 删除文件夹4.3.1 在MEGA界面中找到要删除的文件夹 4.3.2 右键文件夹，并选择删除选项4.3.3 确认删除操作5、文件共享和权限管理5.1 共享文件5.1.1 在MEGA界面中找到要共享的文件 5.1.2 右键文件，并选择共享选项5.1.3 输入共享和访问权限，并共享5.2 管理共享5.2.1 在MEGA界面中找到需要管理的共享 5.2.2 右键共享，并选择管理选项5.2.3 根据需要修改共享权限或取消共享5.3 接受/拒绝共享5.3.1 在接收到共享的通知邮件中5.3.2 登录MEGA账号5.3.3 根据需求接受或拒绝共享请求6、安全和隐私设置6.1 修改密码6.1.1 登录MEGA账号6.1.2 进入个人设置界面6.1.3 找到密码修改选项并进行修改操作6.2 启用二次验证6.2.1 登录MEGA账号6.2.2 进入个人设置界面6.2.3 找到二次验证选项并进行配置6.3 隐私设置6.3.1 登录MEGA账号6.3.2 进入个人设置界面6.3.3 根据需求修改隐私设置7、恢复和备份7.1 回收站7.1.1 在MEGA界面中找到回收站选项7.1.2 找到需要恢复的文件或文件夹7.1.3 右键文件或文件夹并选择还原选项7.2 历史版本7.2.1 在MEGA界面中找到历史版本选项7.2.2 找到需要恢复的文件7.2.3 右键文件并选择历史版本选项7.2.4 选择要恢复的版本并确认恢复8、常见问题解答9、附件本文档涉及附件：- MEGA用户手册：pdf- MEGA常见问题与解答：docx10、法律名词及注释- MEGA：MEGA是MEGA Limited公司的注册商标，是一家提供云存储和文件共享服务的公司。

m e g a使用教程-CAL-FENGHAI.-(YICAI)-Company One1MEGA的主界面：使用步骤1. 序列导入可以通过Data导入数据也可以通过file导入数据。

如果打开的文件是比对结果，选择Analyze；如果打开的文件是序列文件，选择Align。

另外双击这些后缀名文件即可自动导入序列，导入后会弹出MEGA比对界面。

如果fasta 序列导入报错，多是因为序列长度不同导致：如果序列长度不同，可以采用新建文件，将序列文件导入的方法。

步骤：Align → Edit/Build Alignment → create a new alignment → Data → open → Retrieve sequences from File将复制输入的序列另存输出看看。

步骤：data → Export alignment → fasta format序列长度都被用横线补齐了。

2. 多序列比对选择muscle或者clustalw进行比对：clustalw 一般用于DNA ，muscle多用于蛋白。

在比对之前需先选中要进行比对的序列（Shift），还可以对序列或者序列名进行编辑（双击）。

比对参数选择：保存比对文件，进化树分析提供数据。

一般导出的比对结果保存为fasta格式，或者直接点击保存按钮将结果，保存为二进制的mas或meg文件。

3. 构建进化树导入数据：将刚刚另存的meg 文件重新导入到mega程序中（直接拖入工作界面），并选择构建进化树。

参数选择：参数设置，Bootstrap method一般选择1000~1500；第一次绘图时建议选择500，这样运行速度会比价快，结果合适再调至1000重新进行进化分析。

描述：进化树可视化：View→Tree/Branch style选择树的模式，也可以通过右图菜单进行选择。

发散树环状树进化树简单美化：可视化文件的保存：?Newick——标准树文件，用于下游可视化软件的导入?png——压缩图像文件?pdf——矢量图像文件保存为png/pdf，显示不全怎么办——将图和图注复制到WORD中保存即可（Image Copy to Clipboard 粘贴到WORD）。

MEGA使用说明书MEGA是一款提供云存储服务的应用，它可以帮助用户上传、存储和共享文件。

本文将介绍如何在不同平台上使用MEGA。

第一步：注册帐号在使用MEGA之前，首先需要注册一个帐号。

用户可以通过MEGA官网或者应用程序进行注册。

注册流程1.打开MEGA官网或者应用程序；2.点击“注册”；3.输入电子邮件地址和密码；4.通过电子邮件验证注册帐号。

注意事项1.MEGA仅支持使用电子邮件进行注册，不支持使用手机号注册；2.为了保障帐号的安全，建议使用不易被猜测的密码，并开启双重身份验证。

第二步：下载MEGA应用在注册完帐号后，用户可以下载MEGA应用。

目前MEGA提供了桌面客户端和移动端应用。

用户可以根据自己的需求选择下载。

下载流程下面将介绍如何在不同平台上下载MEGA应用。

Windows1.打开MEGA官网；2.点击“立即下载”；3.在弹出的下载页面中，选择Windows版本；4.下载完后，双击MEGA安装程序，按照提示完成安装。

macOS1.打开MEGA官网；2.点击“立即下载”；3.在弹出的下载页面中，选择macOS版本；4.下载完后，双击DMG文件，将MEGA拖动到应用程序中。

Android1.打开Google Play商店；2.搜索“MEGA”应用；3.点击“安装”；4.下载、安装完成后，打开应用程序。

iOS1.打开App Store；2.搜索“MEGA”应用；3.点击“获取”，输入指纹或密码；4.下载、安装完成后，打开应用程序。

注意事项1.在下载安装应用程序时，需要保障网络通畅，同时保障设备空间充足；2.应用程序可能会因地区、设备、系统等因素而有所不同。

用户在下载安装时需要根据自己的实际情况进行选择。

第三步：上传文件在安装完成MEGA应用后，用户可以开始使用了。

下面将介绍如何上传文件。

上传流程1.打开MEGA应用程序；2.点击“上传”按钮；3.选择要上传的文件；4.点击“上传”。

注意事项1.上传的文件格式应符合MEGA规定，不支持上传非法内容；2.上传的文件大小应符合MEGA规定，如果超过限制，建议将文件分割成较小的部分。