Mega软件的使用

MEGA软件的使用引言现代分子生物学所积累的数据库（如美国国家生物信息中心建立的GeneBank等）隐含着大量的生物系统学和生物进化的有用信息。

计算机软件是挖掘这些知识宝藏的最有效的工具，而且这些数据库不断快速扩展，信息量十分庞大。

因此，如果没有计算机软件的帮助，我们简直无法开战分子系统学和分子进化方面的研究工作。

同样，这些数据分析方法和软件在古DNA研究中是必不可少的。

因为有着坚实的分子进化和人类遗传学基础，序列比对分析已经成为重构物种和基因家族进化历史，估算分子进化速率、推断基因和基因组进化过程中自然选择力量的强度等的必不可少的方法和手段。

计算机的应用和统计学的介入大大简化这些工作。

在这些背景下，Sudhir Kumar、Koichiro Tamura和Masatonshi Nei 和在上世纪九十年代初就发展了Mega遗传分析软件，并不断改进。

现在公布了3.0版，增添很多新功能，并使软件使用者能在线取得帮助。

Mega（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个界面友好、操作简便、功能强大的分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的分析软件。

尤其是，Mega的新版本对使用界面做了优化，并有改进了许多统计学和遗传学算法，其支持的文件格式很多，而且可以直接从测序图谱中读取序列。

另外，Mega 软件还内嵌了一个Web浏览器，能直接登录NCBI网站。

Mega软件操作起来很方便，其界面与传统的Windows程序界面很像，即使初学者也很易上手。

Mega软件功能十分强大，尤其在计算遗传距离、构建分子系统树方面。

Mega 软件提供多种计算距离的模型，包括Jukes-Cantor距离模型、Kimura距离模型、Equal-input距离模型、Tamura距离模型、HEY距离模型、Tamura-Nei距离模型、General reversible距离模型、无限制距离模型等。

mega的使⽤MEGA的使⽤产⽣背景及简介随着不同物种基因组测序的快速发展，产⽣了⼤量的DNA序列信息，这时就需要⼀种简便⽽快速的统计分析⼯具来对这些数据进⾏有效的分析，以提取其中包含的⼤量信息。

MEGA就是基于这种需求开发的。

MEGA 软件的⽬的就是提供⼀个以进化的⾓度从DNA和蛋⽩序列中提取有⽤的信息的⼯具，并且，此软件可以免费下载使⽤。

现在我们使⽤的是MEGA4的版本。

它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。

使⽤它我们可以编辑序列数据、序列⽐对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。

此软件的输出结果资源管理器允许⽤户浏览、编辑、打印输⼊所得到的结果⽽且所得到的结果具有不同形式的可视化效果。

此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵，这是他不同与其他分析软件的地⽅。

在计算矩阵⽅⾯有⼀些⾃⼰的特点：1.推测序列或者物种间的进化距离2.根据MCL(Maximum Composite Likeliood method)的⽅法构建系统发育树3.考虑到了不同碱基替换的不同的⽐率，考虑到了碱基转换和颠换的差别。

4.随时可以使⽤标注：所以的结果输⼊都可以使⽤标注，⽽且标注的内容可以被保存，复制。

具体使⽤我们以分析20个物种的⾎红蛋⽩为例来具体说明此软件的具体使⽤情况。

⼀．启动程序1.运⾏环境：在Windows 95/98, NT, ME, 2000, XP, vista等操作系统下均可使⽤。

2.下载安装：可以直接登陆/doc/d5e9bde30722192e4436f6c6.html 进⾏下载安装，另外还可以从/doc/d5e9bde30722192e4436f6c6.html /tools/phylogeny.php中的链接进去。

3.双击桌⾯快捷⽅式图标，进⼊主界⾯；或者从开始菜单，单击图标启动。

⼆．序列分析。

1.启动单击后，会出现如下界⾯：这⾥有三个选项，分别对应三种不同的情况：以下分别予以介绍：Create a new alignment ：是在你没有任何⽐对的时候使⽤，⽐如你只有⼀个fasta 格式的序列就可以选择这个选项。

MEGA软件构建系统发育树摘要：以白色念珠菌属下面的十个种的18s RNA 为例，构建系统发育树来说明MEGA 软件的使用方法。

1背景简介1.1 MEGA（分子进化遗传分析）MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis。

MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, estimating rates of molecular evolution, and testing evolutionary hypotheses. MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。

MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。

最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其结果不用于发表文章)建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。

MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows® operating systems: Windows 95/98, NT, 2000, XP, Vista, version 7, Linux and Mac OS [1].MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。

1.2 系统发育树定义系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。

是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。

在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）1.3 系统发育树的分类根据有根和无根来区分：树可分为有根树和无根树两类。

MEGA软件——系统发育树构建方法（图
文讲解）
一、序列文本的准备
构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行编辑基因序列），序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。

文件名名称可以已经您
的想法随意编辑。

二、序列导入到Mega 5软件
（1）打开Mega 5软件，界面如下
（2）导入需要构建系统发育树的目的序列
OK
选择分析序列类型（如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Prot
ein）
出现新的对话框，创建新的数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功。

（3）序列比对分析
点击工具栏中“W”工具，进行比对分析，比对结束后删除两端不能够完全对齐
碱基
（4）系统发育分析
关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称
三、系统发育树构建
根据不同分析目的，选择相应的分析算法，本例子以N—J算法为例
Bootstrap 选择1000，点击Compute，开始计算
计算完毕后，生成系统发育树。

文档
根据不同目的，导出分析结果，进行简单的修饰，保存。

MEGA软件的使用引言现代分子生物学所积累的数据库（如美国国家生物信息中心建立的GeneBank等）隐含着大量的生物系统学和生物进化的有用信息。

计算机软件是挖掘这些知识宝藏的最有效的工具，而且这些数据库不断快速扩展，信息量十分庞大。

因此，如果没有计算机软件的帮助，我们简直无法开战分子系统学和分子进化方面的研究工作。

同样，这些数据分析方法和软件在古DNA研究中是必不可少的。

因为有着坚实的分子进化和人类遗传学基础，序列比对分析已经成为重构物种和基因家族进化历史，估算分子进化速率、推断基因和基因组进化过程中自然选择力量的强度等的必不可少的方法和手段。

计算机的应用和统计学的介入大大简化这些工作。

在这些背景下，Sudhir Kumar、Koichiro Tamura和Masatonshi Nei 和在上世纪九十年代初就发展了Mega遗传分析软件，并不断改进。

现在公布了3.0版，增添很多新功能，并使软件使用者能在线取得帮助。

Mega（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个界面友好、操作简便、功能强大的分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的分析软件。

尤其是，Mega的新版本对使用界面做了优化，并有改进了许多统计学和遗传学算法，其支持的文件格式很多，而且可以直接从测序图谱中读取序列。

另外，Mega 软件还内嵌了一个Web浏览器，能直接登录NCBI网站。

Mega软件操作起来很方便，其界面与传统的Windows程序界面很像，即使初学者也很易上手。

Mega软件功能十分强大，尤其在计算遗传距离、构建分子系统树方面。

Mega 软件提供多种计算距离的模型，包括Jukes-Cantor距离模型、Kimura距离模型、Equal-input距离模型、Tamura距离模型、HEY距离模型、Tamura-Nei距离模型、General reversible距离模型、无限制距离模型等。

MEGA 的主界面：使用步骤1.序列导入可以通过Data 导入数据也可以通过file 导入数据。

妙Edit.TextRe启匚oovertAleFormattoMEGA.<. 昌Printer Setup …EaitMEGAAlti-X如果打开的文件是比对结果，选择Analyze ；如果打开的文件是序列文件，选择Align 。

広■訂飞testsequen 匚e.fasta1FASTAAleI 」572KBOpen&Filetest.s ■亡quence.fas FASFile572KBFSAFile5.72KE另外双击这些后缀名文件即可自动导入序列，导入后会弹出MEGA比对界面。

如果fasta序列导入报错，多是因为序列长度不同导致：fPTFTCN 黜aVLRLFPGERrHFTDEELWQYLSREVCSSPLPA5IIPEETJVCHMPWDLPS-NLEKEaYrFSTElEJiKYPWRTRSNRftlSSGYWKSLrGLEK^imSHGNQlVGL fbQLSLPPGFRnPTDEfLLVQYLCm^GYHrSL^IGDI&LYKr&FWDLPS^GTCFTin^GEYKCT-YLGKrt^rSEKEKyrFSPRDRKYPHGSRPHRVAGWW IkQ15IZETl3yRETFTE>EELm B Ef ：LCR33iASHI?F5：LQLIA£：IDL¥KEI>E r WVi^5KaXFGEKEWYFi _£E !RB5i K¥F3G5S：PNHVAGSG¥HK5L HGTDKV]^TE ：EREWZ A-PF-SraFHFrDEELILHYLI^t^SSSPVPLSIIftDVDIYKSDPWDLPAKAFrGEKEWYrFSPRD^PWGMPSrRAAASSYWKATSTDKLIAVPNGEGTHE^I百UFF 囲皿民卞亍诜丘1孙爬匸址m-Pt 即虑陀EFT 玳咗bPW 血塞自垃空已MFFM 亍匪站HPM 曲a 服迂弟品YIgm 』買茁二虽買IM 』玄品£MDBTJKLVKNGVIiRLPPGFRFHPTDEELWQYLKRKVCSSPLPASIIPEFDVCRAT-PtfDIxPGNLEKERYFFSTRE TDHIMEEYRLSSSPPSSMGPTQNWV1CRIFLKKRAGNKNDDODGESRNLRHJiNNNN D SDQIEIITT DQTDDKTK>AT4G274LQMGVREKDPLAQLSLPPGFRFYPTDEELLVQYLCRKVAGYHFSLQVIGDIDLYKFDPrJDLPSKQTCFTFVGEYNC GTKKA1VFYAGKAPKGTKTNWIMHEYRLIEHSRSHGSSRLDDWVLCRIYKRTSGSQFtQAVTPVQACREEHSTNGAPTNGLPSYGGYDAFRAAZGEAESGH^ZWRQQNS5GLTQSFGYSSSGFGV5G<JTETFRQ>AT3G1550QMGLQE.LDPLAQLSLPPGFREYPTDEELMVEYLCRKAAGHDFSLQLIAEIDLifKFDP»VLP£KALrGEKEWYFFSKTNWIMHE YRLIEPSRRNGSTKLDDWVLCRIYKKQTSAQKQAYNNLMTSGREYSi™STSSSSHQYDDVLESLELGLSRNVPSIRYGDGGT QQQTEGIPRFNNNSDVSftWQGFSVDPVNGFGYSGQQSS^FeFI如果序列长度不同，可以采用新建文件，将序列文件导入的方法 步骤：Align f Edit/BuildAlignment f createanewalignment f Data f open f RetrievesequencesfromFile将复制输入的序列另存输出看看 步骤:datafExportalignmentffastaformat■•■Fas-tapm 注■riTor^Ewpectedserjuenc -E-characleir,twt fou<id mSequencesaredIffereinilengihE.0**fihec5 EFVGIKK M TPOrarHFF DEELVLMT ：5TEGQR¥C：|'—Irr ■TJ t.：iiZ3曰MAC-3|$-f*£3|kA A-criinH-fl,EepIcrKri'LJ::|WEditsearchgmffflfcWsbheflLienwilLP □匚r»阳触I*Q S Qp«nRacnpar9匚1口“PTylC甘BFMIK斷]MM^iiSE匚fed»Sfc-E®»rlAJ^nrw*e*rtD N*S HMJBW：* PjotewSe^jenceEi',lTranqlriBi/L-nlTAnilfliw■^vlmEOririhraLiTi^rT^lilri* JndrattlMi匚CIl'IjiJtaniSiiE■a R总昌国⑪甜段匙呈髙居屍〒$口>fiT5M37*»riL-q Ml.r'1t±iicii i i HniKD-ii>i I IHI ba■Qim■Lx■KiqQin r i'HMHad.Lki MI*I od I.uIDE SDLVIiFHPhe L FEMrt.¥CEKE?VF FSHRDRtf1FHCERFW%ft*CTn¥M^TGWH卩I GH Hl.I KI I1TH-E IRII YHInWlFII^M：!I FIHIIEF-H«LUUWWI H A：I VFIHHfa I IR KTIF~H4HI M~r I KViri DHWUC^EFKU[K.E.»fiLEIlFI«&TENFS5ECLLQKiAFUFqFQVI^SDFliD-^FOWF EQKP I■-liT^Ll^liiiHhrAiiij.tita NUiriLHLE屮I*HP!纯呂対II MSIJFLI I I WM^IMWLP&NHHEIHVl TU汕VMKiiT；I D*IASUTEIUH]>IUCLKKTLVFYKCHPPIHSiltTDtf[«HEWLSiSF H朋旬朋切沖4UDs.|tHLkl«Hiwi>^Ult I[I I Irk I IrWIHKll-1U卜摘IQ J I M-N，LLrS£D£LTSSilMfSiFA-■■-、口TM空片WHLUEEKSPLAHLELPPCF RFVPTBE[LLUqYLCRKIABYHFELqUJCO I DL Y轴hI引PL P5H L I l；lHi Wil^I'HPH.lYFHIi^UJ'rflCilAGkKYLMA IG K t>M]I mtUIHIII；jKHJI i>i¥HI；KHI'PStiCS^KLRDUULiCRIVKKirTCEiH lAUlTFVq^iCREEH5TH€S¥S5^SSqL D4ULKF PEI Hrn nMn<\iHEI Hrirt nr IHZI i'^vsiEWhAii IMAI EI AI^EIIUMH q^HNKCi ignisiwNs^u^fil3l；l^r.fllfeH[±QELbPI.A4L£LRf£FRFVPT@EfLHI£¥LCRHRACHDFSLQLJAE LDL^FbFWLPSHPmilEHl'BFRLARFinVLHAT l；T"HU I髯W CZIWUni KKII UIV I ILKAP Ifi H HIHUI HMI VRII B-Pkko FSA4k^!rM.MrS；£F£tfSwt£tmfX£HlQyhtOLESLHE EfeHft^LCFflRC^HALPHiAlignByMuscle AAA.AJ&AProteinSequencesMarlc/UnmarkSiteCtrl+M Specie a/Atibrv2+WP011931144.12+CAA44467H2氛A^N16207H1 4.WP_01229^898a AAAK1«222.1B Wr_D1203^132.1 7,KDP92253.1DeleteGap-OnlySites|A|A|AA|A|AAIVALAAA-LLL^VAI AjA|Aft|A|AA||__._.-|A|A|A|AA|AA||VV||V|A|L VL|L序列长度都被用横线补齐了2.池MHAlEgnmentExploreritesLsequEncz&fm硏DataEditSearch|AlignmentWebSequencerDi^pl^yHelpIV Signby匚tustalW选择muscle或者clustalw进行比对：clustalw—般用于DNA,muscle多用于蛋白。

使用mega构建进化树的流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。

文档下载后可定制随意修改，请根据实际需要进行相应的调整和使用，谢谢!并且，本店铺为大家提供各种各样类型的实用资料，如教育随笔、日记赏析、句子摘抄、古诗大全、经典美文、话题作文、工作总结、词语解析、文案摘录、其他资料等等，如想了解不同资料格式和写法，敬请关注!Download tips: This document is carefully compiled by theeditor. I hope that after you download them,they can help yousolve practical problems. The document can be customized andmodified after downloading,please adjust and use it according toactual needs, thank you!In addition, our shop provides you with various types ofpractical materials,such as educational essays, diaryappreciation,sentence excerpts,ancient poems,classic articles,topic composition,work summary,word parsing,copy excerpts,other materials and so on,want to know different data formats andwriting methods,please pay attention!使用 MEGA 构建进化树的流程如下：1. 数据准备：收集需要构建进化树的序列数据，可以是 DNA 序列或蛋白质序列。

用MEGA4做进化树的步骤1、由BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 搜索，获得所需要的序列，并保存为txt格式。

2。

对所搜到的序列名称进行修改:注意种名保留例如:H2-8。

利用CLUSTAL X 软件进行多序列比对，同时进行修饰序列，去掉突出的前段序列和后部序列，使序列变整齐.如下图所示对序列名称进行修改修饰后如下：3、修饰好保存，会有两个格式的文件.aln、。

dnd保存,打开MEGA4.4、MEGA4只能打开meg格式的文件,但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式(Clustal的输出文件)转换meg文件。

点File:Convert to MEGA Format。

.打开转换文件对话框，如下图所示:5、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK。

如下图所示:6、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件,meg文件会和aln文件保存在同一个目录，如下图所示：保存到文件夹7、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file"打开刚才的meg文件 .如下图所示:8、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。

然后点OK 就行了。

如下图所示：有错误的地方可手工删除:可删除9、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型10、现在可以开始做系统进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。

各种算法虽然不同,但是操作方法基本一致.如下图所示：所得系统树如下：也可以切换树的显示模式调整树显示选项,比如树枝的粗细,字体以及字体大小等最后通过得出的系统进化树进行分析,可看出物种之间的亲缘关系,每个节点代表其各分支的最近共同祖先，节点间的线段长度对应演化距离。

使用MEGA6.0软件构建系统发育树所有序列可以在Bioedit里整理成为一个FASTA文件将FASTA格式的文件在MEGA软件里打开123点击Open A File/Session，打开FASTA格式的文件4点击Align56点击Edit，Select All7点击W图标，或者8 点击OK（默认参数）910 删除头尾有空缺的地方11 点击Data，选择phylogenetic Analysis，将这个窗口最小化12 MEGA软件窗口增加了两个方框13 点击Phylogeny，选择需要建树的类型，以NJ树为例14 询问是否使用当前数据继续建树，点击Yes15 数值设置好后，点击Compute16 表示程序正在运行17 原始结果显示如下，可以根据自己的需求进行调整18 View里可以调整数值宽度等1920 图片导出，点击Image，选择Copy to Clipboard，粘贴到word文档2121 选中图片，点击编辑图片，对字体大小及内容能够进行调整与修改AAG51164.1Arabidopsis thalianaAAL35328.1 Oryza sativ aCAA43142.1 Malus domesticaNP 001281081.1 Zea maysGAQ91141.1Klebsormidium flaccidumAAA34144.1 Solanum lycopersicumADD85140.1 Triticum aestiv umNP 031615.1 Mus musculusNP 001286337.1Drosophila melanogaster AES82664.1 Medicago truncatulaCAA55612.1 Saccharomyces cerev isiae。