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《美丽硬仆骨舌鱼的全基因组的微卫星标记的开发及利用》美丽硬仆骨舌鱼的全基因组微卫星标记的开发及利用一、引言美丽硬仆骨舌鱼作为一种重要的观赏鱼和水产资源，其遗传学研究对于保护其种质资源、提高养殖效率以及进行遗传育种等具有重要意义。
全基因组微卫星标记（Microsatellite Markers）的开发和利用为这一研究提供了新的工具。
本文旨在探讨美丽硬仆骨舌鱼全基因组微卫星标记的开发过程及其在遗传学研究中的应用。
二、材料与方法1. 材料本研究所用材料为美丽硬仆骨舌鱼样本，采集自不同地域和种群。
2. 方法（1）基因组DNA提取：提取美丽硬仆骨舌鱼基因组DNA。
（2）微卫星位点筛选：通过生物信息学手段，筛选出全基因组的微卫星位点。
（3）引物设计及合成：根据筛选出的微卫星位点，设计特异性引物，并合成。
（4）PCR扩增及基因分型：利用合成的引物进行PCR扩增，对扩增产物进行基因分型。
（5）数据分析：对基因分型数据进行统计分析，得到微卫星标记的多态性信息。
三、结果与分析1. 全基因组微卫星标记的开发通过生物信息学分析，我们在美丽硬仆骨舌鱼的全基因组中成功筛选出多个微卫星位点，并设计了相应的特异性引物。
这些引物在后续的PCR扩增中表现出良好的扩增效果和特异性。
2. 微卫星标记的多态性分析对扩增产物进行基因分型后，我们得到了大量微卫星标记的多态性信息。
这些信息包括等位基因频率、杂合度、多态信息含量等，为后续的遗传学研究提供了丰富的数据支持。
3. 遗传多样性分析利用开发的微卫星标记，我们对不同地域和种群的美丽硬仆骨舌鱼进行了遗传多样性分析。
结果表明，各地区种群间存在一定的遗传差异，这为保护其种质资源和进行遗传育种提供了重要的参考依据。
4. 亲子鉴定及亲缘关系分析利用微卫星标记，我们成功进行了美丽硬仆骨舌鱼的亲子鉴定及亲缘关系分析。
这有助于了解其繁殖策略、种群结构等方面的信息，为保护和利用这一资源提供有力支持。
四、讨论与展望本研究成功开发了美丽硬仆骨舌鱼的全基因组微卫星标记，并对其在遗传学研究中的应用进行了探讨。
林彦均，杨天燕，朱岚倩，等．龙头鱼ＩＳＳＲ－ＰＣＲ多态性引物最佳退火温度的筛选［Ｊ］．江苏农业科学，２０２０，４８（８）：７０－７３．ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２０．０８．０１２龙头鱼ＩＳＳＲ－ＰＣＲ多态性引物最佳退火温度的筛选林彦均，杨天燕，朱岚倩，郑亦佳，王莹莹，斯舒谨，郭泽豪（浙江海洋大学水产学院，浙江舟山３１６０２２） 摘要：为了开展龙头鱼遗传多样性和近缘物种间的遗传变异分析，建立龙头鱼的简单序列重复区间标记（ｉｎｔｅｒ－ｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔ，简称ＩＳＳＲ）－ＰＣＲ反应体系，拟筛选龙头鱼ＩＳＳＲ－ＰＣＲ多态性引物的最佳退火温度。
参考加拿大哥伦比亚大学（ＵＢＣ）公布的１００条ＩＳＳＲ引物，采用温度梯度ＰＣＲ的方法，得到适用于龙头鱼基因组ＤＮＡ扩增的１２条ＩＳＳＲ分子标记引物，分别为８１１、８３４、８３６、８４０、８４１、８４２、８４４、８５３、８７３、８８０、８８１、８９９。
１２条引物中，最高退火温度为５８．９℃，最低退火温度为４７℃，两者间的差异达到了１１．９℃。
１２条引物的变异系数为７．７１％，相关系数为０．２３。
结果表明，龙头鱼ＩＳＳＲ多态性引物的最佳退火温度与理论退火温度间没有显著相关性，同一种引物的退火温度在不同物种中也存在一定的差异，需要通过温度梯度试验进行具体分析。
关键词：龙头鱼；ＩＳＳＲ－ＰＣＲ；退火温度；引物筛选 中图分类号：Ｓ９１７ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００２－１３０２（２０２０）０８－００７０－０４收稿日期：２０１９－０３－１７基金项目：２０１８年国家级大学生创新创业训练计划（编号：２０１８１０３４００１０）；浙江省大学生科技创新活动计划暨新苗人才计划（编号：２０１９Ｒ４１１０１３）；浙江海洋大学人才引进科研基金（２０１６－２０１７）；浙江省一流学科（Ａ类）大学生创新性科研项目（编号：１１０３４０６０２１６）。
鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼微卫星标记的开发与应用研究的开题报告一、研究背景和意义1.1 背景微卫星标记是一种分子生物学技术，应用广泛，具有体型小、易扩增、遗传多态性高、分辨率高等优点，在物种鉴定、种质资源保护、物种保护、基因定位、种群遗传结构研究等方面发挥了重要作用。
鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼是我国重要的渔业资源，对其进行微卫星标记的开发与应用，有助于分析其遗传多样性和种群遗传结构，提高资源保护和利用水平。
1.2 意义（1）为了解鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的遗传多样性和种群遗传结构提供基础数据（2）为鱼类遗传改良、品种选育提供重要的科学依据（3）为制定可持续的渔业管理政策提供有力的技术支持二、研究内容和方法2.1 研究内容（1）选取鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼为研究对象，设计合适的微卫星引物（2）对样品进行DNA的提取和扩增（3）对所得的微卫星序列进行测序和分析，筛选出可靠的微卫星标记并进行鉴定和验证（4）利用所确定的微卫星标记，分析鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的遗传多样性和种群遗传结构2.2 研究方法（1）样品采集与处理：从野外收集鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的组织样品，如鱼肌肉、克氏钩蟹赤龙脚肢、鱼鳃等，并在条件适宜的情况下，保存样品，以防DNA降解。
（2）DNA提取：利用DNA提取试剂盒对样品进行DNA提取和纯化。
（3）微卫星引物设计：利用NCBI和GenBank数据库中已有的序列，设计合适的微卫星引物，并对其进行体外扩增和优化。
（4）PCR扩增和测序：利用设计好的微卫星引物，进行PCR扩增和测序，得到微卫星标记序列。
（5）数据分析：对所得微卫星标记进行鉴定、验证和分析，了解鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的遗传多样性和种群结构。
三、研究预期结果（1）鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的微卫星序列和标记将得到开发并鉴定验证。
（2）通过微卫星标记，对鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的遗传多样性和种群结构进行分析，为后续的资源保护和利用提供科学依据。
微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用作者：黎玉元姚一彬孙念来源：《湖南饲料》 2013年第2期黎玉元姚一彬孙念（湖南农业大学水生生物学实验室长沙410128）摘要：微卫星分子标记与普通分子标记相比，它具有更多的优点，因其重复性好，多态性高，含量丰富且呈共显性遗传的特点，已成为目前最受欢迎的分子标记之一，并且得到了广泛应用。
本文结合国内外的研究，主要对微卫星的形成机理、特点，以及在水产动物中的应用等方面进行综述，并对其前景进行了展望。
关键词：微卫星标记：水产动物：应用微卫星(Micro-satellite)是一种比小卫星DNA具有更短重复单元的DNA序列，它是由少数几个核苷酸（多数为2-4个）为单位多次串联重复的DNA序列，因此又被称之为简单重复序列(SingleSequence Repeats，SSR)、简短串联重复序列(ShortTandem Repeats，STR)或简单序列长度多态性(Simple sequence length Polymorphism,SSLP)。
在对微卫星的构成与分布的研究中发现重复单元的构成与分布是不一致的，因此可以将微卫星DNA序列分为3种类型：间断型(interrupted)、单一型(pure)和复合型(compound)，由于微卫星具有诸多优点，因此很快就发展为一种新兴的分子标记技术，并得到了广泛应用。
1 微卫星形成的机理关于微卫星形成的机理存在着多种说法，其中主流说法有两种：第一种形成机理是DNA聚合酶滑动，在一个或多个重复单位未配对的构型中，DNA复制期间模板链和新生链瞬间分离，如果由不配对的重复序列引起的变性不断修复，则导致一个或多个重复单位的增加或丢失：第二种形成机理是DNA重组过程中，由于与不同DNA分子简单重复单位，以错位排列的构型配对和发生遗传变换导致重复单位的增加或减少。
2微卫星分子标记的特点微卫星分子标记是一种中性”标记，受生物发育时期和环境”的影响非常小，所以能够更加客观地反映生物之间的本质差异及种群结构和进化历史，微卫星作为一种新兴的分子标记主要具有以下特点：2.1 分析操作简单易行因为微卫星分子标记采用了单位点DNA指纹技术，所以它使取样的范围得到了一定程度的扩大，同时也相应地减轻了取样工作的困难和对研究对象的影响，再加上它具有检测容易、方便，重复性较好的特点，因而使其应用更加大众化。
大黄鱼微卫星标记的富集与筛选郝君;孙效文;梁利群;鲁翠云【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2006(13)5【摘要】根据生物素与链霉亲和素的亲和原理,采用生物素-磁珠富集微卫星,与传统放射性同位素杂交法相结合,构建筛选大黄鱼的微卫星文库.用生物素-微卫星捕捉单链限制性酶切片段(含有接头和大黄鱼微卫星序列),经PCR扩增单链目的片段形成双链,然后连接至T载体上,转化感受态细胞.将移至硝酸纤维素膜的重组菌用32P 标记的放射性同位素探针5'[γ-32p]ATP(CA)15筛选出阳性克隆菌.测序结果发现,阳性克隆率为71.9%,105个微卫星位点.其中选取设计合成30对并筛选出22对可用引物.说明所建大黄鱼微卫星文库是一个高质量的文库,可为大黄鱼基因组结构分析、大黄鱼精密微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、分子标记辅助育种以及经济性状的QTL定位提供大量的微卫星标记.【总页数】5页(P762-766)【作者】郝君;孙效文;梁利群;鲁翠云【作者单位】中国水产科学研究院,黑龙江水产研究所,农业部北方鱼类基因工程育种试验室,黑龙江,哈尔滨,150070;大连水产学院生命科学与技术学院,辽宁,大连,116023;中国水产科学研究院,黑龙江水产研究所,农业部北方鱼类基因工程育种试验室,黑龙江,哈尔滨,150070;大连水产学院生命科学与技术学院,辽宁,大连,116023;中国水产科学研究院,黑龙江水产研究所,农业部北方鱼类基因工程育种试验室,黑龙江,哈尔滨,150070;中国水产科学研究院,黑龙江水产研究所,农业部北方鱼类基因工程育种试验室,黑龙江,哈尔滨,150070【正文语种】中文【中图分类】Q959.483【相关文献】1.大黄鱼群体遗传多样性分析及耐低温性状相关微卫星标记的筛选 [J], 王惠儒;柳敏海;油九菊;罗海忠;许益铵;傅荣兵2.藏酋猴微卫星富集文库的构建及微卫星分子标记的筛选 [J], 贾小东;张修月;王红星;王中凯;尹湧华;岳碧松3.岩原鲤微卫星富集文库的构建及微卫星分子标记的筛选 [J], 袁慧;张修月;宋昭彬;岳碧松4.大黄鱼快长相关微卫星标记的筛选与验证 [J], 刘贤德;隋班良;王志勇;蔡明夷5.微卫星技术筛选大黄鱼耐低温标记 [J], 穆方申;苗亮;李明云;胡谋;陈炯;张浩因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
论文综述微卫星分子标记筛选方法综述摘要：微卫星是一种短的串联重复序列(short tandem repeat, STR)或简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)。
它作为一种重要的分子遗传标记，能较好地反映物种的遗传结构和遗传多样性变化，被广泛应用于实验动物的研究。
本文概述了获得和富集微卫星位点的常用方法。
最简便、最省时的方法是从从公共数据库（如Genbank、EMBL、EST数据库等）或已发表的文献中查找到微卫星位点，但只限于已经有序列数据发布的物种；第二种方法是种间转移扩增，即从相近物种的数据库中查找微卫星位点，或使用已有数据发表的遗传距离相近物种的微卫星标记。
第三种方法是从基因组DNA中筛选微卫星位点，其中用于富集微卫星的方法有引物法、磁珠杂交法、尼龙膜杂交法以及分子标记技术法。
关键词：微卫星；分子标记；实验动物微卫星（Microsatellite），又称为简单序列重复（Simple Sequence Repeat , SSR），短串联重复（Short Tandem Repeat STR），是以少数几个核苷酸（一般1～6个）为重复单位的串联重复DNA序列。
微卫星位点广泛分布于真核生物的基因组中[1]，在植物基因组中平均每33 Kb存在一个20 bp长的微卫星位点，而在哺乳动物中每6 Kb存在一个20 bp长的微卫星位点[2]。
并且SSR的重复次数不同和重复程度不同，使其呈现高度的多态性。
微卫星标记共显性的特点使它能够用于研究等位基因，区分二倍体（或多倍体）的纯合体或杂合体，这是AFLP、RAPD 等显性标记所无法做到的。
另外，微卫星的特异性引物扩增具有良好的重复性和保真性，方便各实验室间的交流。
目前，微卫星标记已被广泛应用到基因连锁与遗传图谱构建、遗传多样性研究、谱系和发育研究、疾病检测以及品种鉴定、亲本分析与个体、纯系检验上。
随着微卫星标记在图谱上的丰富,将显现出更大的优势。
第25卷第11期宿州学院学报Vol .25,No .11 2010年11月Journa l of Suzhou U n iver sity Nov .2010do i :10.3969/j .issn.1673-2006.2010.11.009利用磁珠富集法筛选大银鱼微卫星标记的初步研究赵 亮, 高贵珍, 张兴桃(宿州学院化学与生命科学学院,安徽宿州 234000)摘要:微卫星基因位点是在遗传学各个领域被广泛使用的分子标记,但对于首次研究的物种,必须筛选出可以应用的微卫星位点。
为促进大银鱼保护遗传学的开展,采用磁珠富集微卫星序列技术,提高了微卫星位点的筛选效率,成功获得6个具有多态性的(CA)n 重复序列的大银鱼微卫星位点。
关键词:微卫星;基因组文库;筛选;大银鱼中图分类号:Q953 文献标识码:A 文章编号:1673-2006(2010)11-0024-04收稿日期:2010-09-22基金项目宿州学院硕士启动基金项目(YSS );安徽省教育厅自然科学重点项目(K 5Z)。
作者简介赵亮(65),安徽宿州人,博士,副教授,主要从事保护遗传学研究。
微卫星DNA (m icr osate llite DN A ),又称简单重复序列(si m p le sequence repeat,SS R )或短串联重复序列(short tande m re peat,STR ),是一种以2～6个短核苷酸为基本单位的高度重复序列,如(CA )n 、(ACC)n 等。
广泛存在于真核生物基因组中,在编码区和非编码区均有分布[1]。
以微卫星D NA 两侧特异性序列设计专一引物,通过PCR 技术可以检测不同个体之间核心序列的重复次数不同而产生DNA 多态性。
微卫星D NA 丰度高,分布广,多态信息含量丰富,稳定性好,易于自动化分析,已被证明是非常有价值的遗传标记,在众多遗传学研究领域得到越来越广泛的应用[2-3]。
然而使用传统方法筛选微卫星位点的工作是非常繁琐的,一般须进行基因文库构建、分子杂交、筛选阳性克隆和DNA 序列分析等,成本高,得到的阳性克隆数目只占到总数的0.04%～14%不等[4]。
利用微卫星标记技术对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)家系系谱认证的研究孙建华;马爱军;崔文晓;王广宁;孙志宾;王新安;孟雪松;刘圣聪;张涛【摘要】红鳍东方鲀(Takifugurubri pes)是我国北方地区的一种经济型海水鱼类,但目前对其群体遗传多样性和系谱信息研究成果较少.本文研究了目前红鳍东方鲍养殖群体的遗传多样性情况和系谱信息,为其提供遗传改良的理论基础.从2015年所建的12个红鳍东方鲍家系中随机选取5个家系,采用8个微卫星标记对其遗传多样性进行分析和系谱认证.8个位点共检测得到32个等位基因,每个位点等位基因数为3～6个,平均值为4个.平均观测杂合度(A)范围为0.453 3～0.953 3,平均期望杂合度(He)范围为0.490 8～0.790 1,平均多态信息含量(PIC)范围为0.455 5～0.754 6.不同位点共发现8个特异性等位基因,7 #家系发现3个,3 #和11 #家系各发现2个,1 2 #家系发现1个,10#家系未发现特异性等位基因.根据子代基因型成功推断出5个家系的亲本基因型,据此鉴别各个家系.在fms15位点,可将3#和11#家系与其他家系相区别;TOG01位点可将7 #家系与其他家系相区别;f1497位点可将12#家系相区别.因此,fms15,TOG01,f1497这3个标记可以作为鉴别5个家系的特异性标记.结果说明,所选的8个微卫星标记在这5个家系中多态信息含量较高,且在已选用的8个微卫星标记中,最少用3个标记可鉴别5个红鳍东方鲀家系.综合分析表明微卫星标记能有效地为红鳍东方鲍群体的系谱分析提供技术支持,为今后红鳍东方鲍开展分子标记辅助育种提供了可靠的理论依据.%Takifugu rubripes is one of the ecnomic sea fish in northern coast of China.In recent years,there are few studies on genetic diversity and genealogical information of Takifugu rubripes.In this study the genetic diversity and genealogical information of Takifugu rubripes were investigated,providing the basis oftheory for genetic improvement.Five families were randomly sampled from twelve families which have been established in 2015.Eight pairs of microsatellite primers were used to identify the genealogy and analyze the genetic diversity among five cultured populations of Takifugu rubripes.Thirty-two alleles were detected at eight microsatellite loci.The number of alleles (A) at each locus ranged from three to six with an average of four.The value of average observed heterozygosities was 0.453 3 ～ 0.953 3.The expected heterozygosities(He) was 0.490 8～0.790 1 and the mean polymorphic information content(PIC) ranged from 0.455 5 to 0.754 6.Eight family unique alleles were found out:three in 7# family,two in 3# family,two in 11# family,one in 12# family.Family unique allele was not found in family 10#.Based on the genotypes of offspring,all parental genotypes of the five families were successfully deduced.3# family and 11# family were identified from the other families at locus fms15.7# family was separated from the other families at locus TOG01.12# family was distinguished from the other families at locus f1497.The three microsatellite markers(fms15,TOG01,f1497)could be used to identify five families.Results show that there exists high genetic diversity among the five families.The five families could be identified using at least three microsatellite markers selected from Eight microsatellitemarkers.Microsatellite marker is an useful tool for genealogical identification of Takeifugu rubripes.And it is a reliable basis for molecular marker-assisted breeding in the future.【期刊名称】《海洋科学进展》【年(卷),期】2017(035)003【总页数】12页(P392-403)【关键词】红鳍东方鲀;微卫星;遗传多样性;系谱认证【作者】孙建华;马爱军;崔文晓;王广宁;孙志宾;王新安;孟雪松;刘圣聪;张涛【作者单位】上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;大连天正实业有限公司,辽宁大连116000;大连天正实业有限公司,辽宁大连116000;大连天正实业有限公司,辽宁大连116000【正文语种】中文【中图分类】Q953系谱认证作为一种有效的水产动物遗传育种技术,广泛应用于鱼类[1-8]、甲壳类[9-13]和贝类[14-17]。
水产生物微卫星标记技术研究进展及其应用一、本文概述随着现代生物技术的飞速发展，微卫星标记技术（Microsatellite Markers）已成为水生生物学研究中不可或缺的工具。
本文旨在全面综述水产生物微卫星标记技术的最新研究进展，包括其在水生生物遗传多样性分析、种群遗传结构解析、亲缘关系鉴定、遗传图谱构建、基因定位以及辅助育种等多个领域的应用。
本文还将探讨微卫星标记技术在未来水产生物学研究中的发展趋势和潜在挑战。
我们将对微卫星标记技术的基本原理和特点进行简要介绍，以便读者对该技术有一个清晰的认识。
随后，我们将重点回顾近年来微卫星标记技术在各类水产生物（如鱼类、甲壳类、贝类等）中的研究应用，以及所取得的重要成果。
在此基础上，我们将分析当前研究中存在的问题和不足，并对未来发展方向进行展望。
通过本文的阐述，我们期望能为从事水产生物学研究的学者和技术人员提供有益的参考和启示，推动微卫星标记技术在水产生物学领域的应用和发展。
二、微卫星标记技术的基本原理和方法微卫星标记技术，也称为简单序列重复（Simple Sequence Repeats, SSRs）或短串联重复（Short Tandem Repeats, STRs），是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术。
其基本原理是利用生物基因组中广泛存在的微卫星DNA序列，这些序列由1-6个碱基组成的重复单元串联而成，重复次数在不同个体或品种间存在差异，从而表现出多态性。
微卫星位点的筛选和引物设计：通过生物信息学方法，从已知的基因组序列中筛选出微卫星位点，然后利用这些位点的序列信息设计特异性引物。
PCR扩增：以基因组DNA为模板，利用设计的特异性引物进行PCR 扩增，扩增产物即为包含微卫星序列的DNA片段。
电泳检测和数据分析：将PCR产物进行凝胶电泳，根据DNA片段的大小差异进行分离，然后通过凝胶成像系统观察并记录结果。
通过对电泳图谱的分析，可以计算出微卫星序列的重复次数，从而得到不同个体或品种间的多态性信息。
开题报告
生物科学
龙头鱼微卫星标记的开发及筛选
一、论述龙头鱼微卫星多态标记研究现状，说明选题的依据和意义
目前，国内对龙头鱼的研究主要集中在属间的远缘杂交等方面，但是尚未研究成功。
对龙头鱼微卫星多态标记的开发目前尚未见报道，而本文主要是通过对龙头鱼微卫星进一步研究，希望能够利用远缘杂交所带来的杂交优势获得具有优良性状子代，那在生产上或遗传学上都将有重大意义。
微卫星标记技术是基于基因组DNA水平的差异进行检测，不受组织，器官种类、环境条件等因素影响，因此可作为水生动物种质鉴定、亲缘关系及种质分类等研究的理想标记。
龙头鱼俗称狗母鱼，属于脊索动物门,硬骨鱼纲,灯笼鱼目,狗母鱼科,龙头鱼属。
其形体柔软，长形，略侧扁，头背稍圆。
吻短，钝圆，口甚大。
龙头鱼生活于暖温性海洋的中下层。
运动能力不强。
常栖息于浅海泥底的环境中。
每年春季为产卵期。
杂食性，以小鱼、小虾、底栖动物为食。
分布于印度洋和太平洋、我国南海、东海和黄海南部均产之、尤以浙江的温、台和舟山近海以及福建沿海产量较多。
属暖水性底层近岸鱼类，缓潮时常到上层。
一般只在近海作短距离移动。
属捕食性鱼类，生长甚快。
以3～4月和9～12月渔获为大。
鉴于恢复与保护野生龙头鱼资源的需要,有必要对龙头鱼的种质遗传基础和种质资源鉴定开展深入的研究。
目前,有关龙头鱼群体遗传背景方面的研究很少,仅见于部分学者对龙头鱼野生群体和养殖群体进行了RAPD 分析。
然而,迄今为止,尚未见有关龙头鱼微卫星标记研究方面的报道,这严重制约了微卫星标记在龙头鱼遗传学研究中的应用。
因此,筛选多态信息含量丰富的龙头鱼微卫星标记,分析龙头鱼群体遗传结构用于标记选择育种等,具有重要的理论意义和应用价值。
然而,利用微卫星标记最关键的一步就是微卫星位点的分离和富集。
目前,常用的富集微卫星标记的方法主要有3 种: ①构建目标生物小片段插入基因组DNA 文库,通过含有重复序列的探针筛选含有微卫星的阳性克隆; ②通过生物素探针结合链霉亲和素包被的磁珠进行微卫星DNA 片段的富集; ③从公共核酸序列数据库资源中筛选微卫星。
其中,传统的构建小
片段插入基因组文库和利用磁珠富集技术筛选微卫星的方法非常繁琐,不仅需要大量的时间和经费,而且获得微卫星的效率较低;在当前公共核酸数据库中也没有足够的有用序列来进行微卫星标记的筛选。
这严重阻碍了微卫星技术在许多物种上的推广和应用。
因此,必须发展新的方法来解决这道难题。
二、研究的基本内容，拟解决的主要问题：
研究的基本内容：通过构建龙头鱼基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA 序列并对其特征进行分析。
解决的主要问题：
1. 从龙头鱼样本中提取其总DNA。
2. 建立龙头鱼微卫星富集文库
3. 开发多态的微卫星标记；
4. DNA测序
5.筛选微卫星标记；
三、研究步骤、方法及措施：
研究步骤：1. 查阅相关资料, 构建龙头鱼基因组富集文库；
2. 仔细阅读研究文献资料并翻译相关英文资料；
3. 在老师指导下进行克隆、测序；
4. 设计微卫星引物，最终获得多个个多态的微卫星位点；
5. 对开发龙头鱼的多态进行微卫星标记;
6. 构建遗传连锁图谱；
7. 数据整理和分析，撰写毕业论文；
8. 上交论文初稿；
9. 反复修改论文；
10. 论文定稿。
方法、措施：
查阅文献，参考已知文献中关于龙头鱼类微卫星多态的标记开发，构建龙头鱼小片段部分基因组DNA文库。
经引物的扩增，得到每个个体的微卫星片段，其中引物能扩增出较好的谱带。
用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物，并对扩增结果进行了统计分析。
四、参考文献
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