国家创新体系主要是由“知识创新系统”、“技术创新系统”和“制度创新系统”三部分构成，高等学校是“知识创新系统”的执行主体，在“技术创新系统”、“制度创新系统”中也发挥着不可替代的作用。根据目前我国高等教育发展的现状，要充分发挥高校在国家创新体系建设中的重要作用，仅仅依靠加大对高校各种创新要素的投入是不够的，只有各种创新要素在创新体系中的功能定位恰当、创新体系内各要素之间紧密协调，才能更加有效地提升创新能力和创新效率，使得科学技术与社会经济融为一体，协调发展。也只有紧紧围绕国家创新体系建设这个中心，充分发挥高校的各种资源优势，才能使我国的高等教育真正融入到社会主义现代化建设的伟大事业之中，我国高校的自主创新能力和办学水平才能不断提升，我国高等教育新的跨越式发展目标才能够实现。
坚持服务地方的办学方向
高校应坚持以经济建设和社会发展为主要的服务方向，特别是要根据区域经济和产业结构的特征以及社会文化发展来筹划学科建设，确定专业设置与从事课程开发，这是高校统筹各种办学资源的基础。具体地说，高校为区域经济、社会文化发展服务主要应体现为以下四个方面：一是人才培养。就是要求高校要以培养生产或社会活动一线的人才为主要任务。为了更好地适应社会需要，必须实现人才培养目标的战略转移，即实现从学历教育到能力本位的战略转移，在教学过程中，更加注重提高学生的学习能力、就业能力、转岗能力和创业能力。二是科技创新。高校应当成为科学发现、技术发明、科技转化、科技应用、科技推广的中心。高校应从经济社会发展的需要出发，与区域经济社会发展紧密结合，解决当地经济社会发展中急需解决的科学技术问题；还应在增强高校的社会服务、科技创新能力的同时，使高校自身学术水平和业务能力得到较快提升，促进和支撑学科的发展。三是文化辐射。高校应是传播先进文化的重要阵地，它通过自身的活动对周围的环境产生潜移默化的影响。高校的文化影响力的大小决定于高校的声誉，声誉越高的大学文化辐射能力也越强。四是信息交流。高校是信息交流中心和网络中心。它可以提供科研信息、人才信息、市场信息，对区域的发展有重要价值，在经济欠发达地区尤其如此。
深入开展基础性科学研究
高校的专业学科门类齐全，结构层次丰富，有利于相互间的支持、交叉和渗透，产生新的学术思想和科学成果；高校丰富的信息资源，与国际科技界广泛密切的联系，有利于及时把握当今世界最新科技发展的脉搏。高校作为知识创新系统的主要执行主体，在基础性研究方面具有显著的优势。随着经济和社会的持续发展，高校自身科技储备不足、实力不强，与经济、社会对科技需要迫切的矛盾仍很突出，加强高校知识创新系统建设的任务仍很艰巨。因此，必须充分发挥高校基础性研究力量强的优势，瞄准科学前沿和国家发展中的重大问题，深入开展基础研究和应用基础研究，加强知识创新系统的建设，为国家经济建设和社会发展提供具有积极作用的新理论、新方法和新技术。基础性研究的过程既是知识创新的过程，更是知识积累的过程。只有进一步加强学科梯队和科研基地的建设，促进学科间的交叉与渗透，结合我国的特色与实际，有所为，有所不为，经过持久的努力，才能在诸多领域上实现突破。
积极参与国家技术创新体系建设
高校作为技术创新系统的参与者，掌握当今国际最新科技研究动态，科研起点高，学术梯队整齐，创新思想活跃；又有一批年轻的硕士、博士不断充实到科研队伍中来，他们不拘泥于旧观念，大胆探索，敢于创新，保持着朝气蓬勃的科技开发活力。高校要以参与技术创新系统建设为己任，瞄准国家目标，充分发挥自身的优势，大力推动高新技术的开发研究和成果推广，
促进高新技术及其产业的发展。企业是技术创新的主体，高校作为技术创新系统的参与者，有着很大的潜力，要鼓励高校的科技工作者走出校门，以不同形式进入企业或与企业合作，走产学研结合的道路；要站在高校创新体系建设的高度，促进高校科技成果向现实生产力的转化，变科技成果推广的个人行为为高校技术创新系统有组织、有计划的参与活动，支持企业开展科研、技术开发和技术改造；要抓紧技术创新这条主线，用高新技术来改造、提升传统产业，促进经济、社会的又好又快发展。
进一步加强高校与企业的合作
近几年来，世界各国都非常重视高校创新体系建设，特别是一些发达国家的政府及有关部门为此成立了专门机构，制定政策法规，设立各类基金，实施“产学研”合作计划项目，推动“产学研”合作，力求使“工业界的发展依靠教育界、科技界的人才资源和科技成果优势，教育界、科技界的科研工作能适应工业界的需求”，充分利用各种创新资源，增强国家的创新能力。如美国政府特别重视发挥大学的教学、科研和直接为经济服务的三重作用，同时引导企业转变观念，着眼于长期发展，密切与大学的联系，提出企业要主动为大学的“知识生产”提供“合适的空间”。瑞典政府在大学中建立了由政府、学校和社会企业三方代表组成的“工业联系办公室”，作为学校与企业界合作的专门管理机构。许多大公司和企业联合会在确定本公司、本企业的科研任务或制定科研计划时都邀请高校参与协作，从而使高校与企业界优势互补，共同来发展科技产业，促进经济腾飞。
我们建议各地、各高校建立一个由政府、高校和社会企业等共同组成的“产学研”管理委员会。该委员会主要任务就是研究解决校企合作中的一些重大问题，制定相关政策促进高校高新技术产业化。该委员会主任应由当地的分管科教的领导担任，副主任应由高校的分管科技的领导担任。委员会成员应由地方政府和高校的相关部门的主要负责人组成。委员会下设“产学研”管理办公室具体负责实施“产学研”管理委员会的决议以及在校企合作中的信息沟通收集与发布等日常管理工作。为高校与社会企业全面合作搭建一个相互沟通的信息平台，促进高校的科技工作与经济的发展紧密结合。
不断推进高等教育多样化
当今世界各国的高等学校类型结构都是金字塔型，不同层次、不同类型的学校同等重要。社会劳动分工要求各种层次、类型的学校合理分布，功能互补，相辅相成。不同类型的高校不应有高、低、好、坏之分，一所大学的竞争力最关键的是其学科适应社会需要的能力。高校办学类型定位反映了高等教育系统内教育的分工和协作关系。
目前我国高等教育体系的实际情况是，高校与高校之间办学类型趋同、办学层次“攀升”。在办学类型上，普通高校都想办成综合性、多科性、学术性的大学；在办学层次上，多数高校都想办成本科、硕士、博士一体化国（省）内一流、世界（中国）知名的高水平大学。这种办学定位上的盲目无序令人担忧，不少高校在水平定位上动辄“国际”性，规模上越大越好，专业不“热”的不办，使得办学目标与学科的设置脱离了自身的实际能力，办学质量得不到保证，学生毕业后难以顺利就业。还因服务职能相互重合而导致学校间恶性竞争，造成我国珍贵教育资源被滥用、闲置和浪费现象也非常严重。
因此，我们必须针对不同类型、不同层次的高校分别提出不同要求，执行相应的评价与奖惩制度，实行分类指导与管理。学校的任务不同，要求不同，如果都能按照其职责规定的业绩表现实行相应的奖励与惩罚政策，各高校就能安心于各自定位，并在此基础上追求高质量、高水平。这样，各级各类高校都会出现一批同层次、同类型中的一流学科和人才，条件达不到要求者将无立足之地。应从舆论和认识上把高校的层次、类型与质量、水平脱钩，促使各级各类高校在恰当的位置上努力提高办学水平、实现自己的价值。
