3个线粒体基因在红鳍东方鲀和暗纹东方鲀中的比较分析
- 格式:doc
- 大小:1.62 MB
- 文档页数:13
红鳍东方鲀与假睛东方鲀的养殖对比观察孙中之;于宏;孙曙光;陈超【期刊名称】《海洋水产研究》【年(卷),期】1998(19)1【摘要】1996年6月~1997年6月,在基本相同的条件下对红鳍东方与假睛东方的生长速度、饲养成活率、体型与体态和行为习性等方面的差异进行了对比观察试验。
试验结果表明,红鳍东方的生长速度比假睛东方快,饲养成活率比假睛东方高13.2%-15.6%。
外部形态色泽较稳定,而假睛东方变异较大。
红鳍东方平均游速为0.5m/s,集群游动性较强,假睛东方平均游速为为0.33m/s,性较凶残,体型较丰满。
二者都具有广盐性,但都不适于长期在纯淡水中生存。
二者的最适水温均为16-23℃。
【总页数】7页(P24-30)【关键词】红鳍东方tun;假睛东方Tun;对比;差异;养殖【作者】孙中之;于宏;孙曙光;陈超【作者单位】中国水产科学研究院黄海水产研究所【正文语种】中文【中图分类】S965.39【相关文献】1.农业部办公厅国家食品药品监督管理总局办公厅关于有条件放开养殖红鳍东方鲀和养殖暗纹东方鲀加工经营的通知 [J], ;2.红鳍东方鲀与假睛东方鲀的微卫星DNA多态性分析 [J], 崔建洲;申雪艳;杨官品;宫庆礼;顾谦群3.红鳍东方Tun与假睛东方Tun的养殖对比观察 [J], 孙中之;于宏4.红鳍东方鲀与杂交鲀(菊黄东方鲀♀×红鳍东方鲀♂)形态性状的比较 [J], 张钰渤;荆笛;王盛南;苟盼盼;刘圣聪;包玉龙;王秀利;刘海金5.RAPD标记鉴别红鳍东方鲀和假睛东方鲀种群的初步研究 [J], 刘振辉;石拓;柳学周;陈超;孔杰因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
红鳍东方鲀鱼肉、肝脏、鱼皮中营养物质的比较与分析郭芮;王小瑞;苏红;张晓梅;刘红英【摘要】Nutritional compositions in muscle, liver and skin of Takifugu rubripes were determined and analyzed. The results showed that nutritionof 3 parts of muscle, liver and skin have significant differences. Crude protein in skin (27.93%) was significantly higher than that in muscle and liver (P<0.01); Crude fat content in liver was up to 60. 82%, significantly higher than that in muscle and skin (P<0. 01) ; The total amino acids ofskin was higher than that in muscle and liver. Moreover, delicious amino acids were rich in skin, representing 55.06% of the dry weight. In muscle and liver, the ratio of essential amino acids (EAA) to total amino acids (AA) (42.49%, 42.90%) and the ratio of essential amino acids to non-essential amino acids (NEAA) (73.89%, 75.13%) were comparable to the reference values recommended by FAO/WHO. The content of polyunsaturated fatty acids in muscle and skin was high, which accounted for 42.18% and 39.41% of the total fatty acids, with polyunsaturated fatty acids in liver accounting for 24.59% of the total. The content of DHA was up to 15.49%. Therefore, muscle as the main edible part has a high nutrition value; high delicious amino acid content of the fish skin can be used for the extraction of seasonings; the rich collagen content in the skin is a high quality source for extracting collagen. The liver is rich in DHA and EPA can be used to extract fish oil.%对红鳍东方鲀的鱼肉、肝脏、鱼皮的一般营养成分以及氨基酸、脂肪酸的含量进行了测定和分析,结果表明鱼肉、鱼皮、鱼肝3个部位中的营养差异较大.鱼皮蛋白质含量显著高于鱼肉和肝脏(P<0.01),肝脏中的脂肪含量显著高于鱼肉和鱼皮中的脂肪含量(P<0.01),达到60. 82%.鱼皮的氨基酸总量高于鱼肉和肝脏,其鲜味氨基酸含量较高,占干重的55.06%.鱼肉和肝脏中的必需氨基酸与总氨基酸比值达到42.49%、42.90%,必需氨基酸与非必须氨基酸比值为73.89%、75.13%,符合FAO/WHO推荐的理想蛋白模式的氨基酸组成.鱼肉、鱼皮中的ω-3脂肪酸的比例较高,分别占总脂肪含量的42.18%和39.41%,肝脏中的多不饱和脂肪酸含量占总脂肪酸含量的24.59%,其中DHA含量为15.49%.因此,鱼肉作为红鳍东方鲀的主要可食部位具有很高的营养价值,鱼皮中的鲜味氨基酸含量高可用于调味料的提取,且鱼皮中的胶原蛋白含量丰富是提取胶原蛋白的优质来源,肝脏富含DHA、EPA可以用于提取鱼油.【期刊名称】《河北农业大学学报》【年(卷),期】2017(040)006【总页数】6页(P77-82)【关键词】红鳍东方鲀;鱼肉;肝脏;鱼皮;营养成分【作者】郭芮;王小瑞;苏红;张晓梅;刘红英【作者单位】河北农业大学食品科技学院,河北保定071000;河北农业大学海洋学院,河北秦皇岛066000;河北农业大学食品科技学院,河北保定071000;河北农业大学食品科技学院,河北保定071000;河北农业大学海洋学院,河北秦皇岛066000【正文语种】中文【中图分类】S984红鳍东方鲀隶属红鳍东方鲀 (Takifugu rubripes) 属硬骨鱼纲、鲀形目、鲀科、东方鲀属,主要分布在我国的渤海、黄海、东海及日本、朝鲜半岛等沿海域[1-2],是暖水性海洋底栖鱼类。
中国养殖东方鲀养殖情况调查,经济相关生物学特征比较及毒素含量监测1、目前我国东方鲀的养殖技术已相当成熟,为了进一步的安全食用工作的进行,有必要对我国养殖东方鲀的养殖种类,养殖区域和养殖特点进行了调查。
调查结果从辽宁,河北,山东,江苏和福建5省的养殖单位共采集到红鳍东方鲀(Takifugu.rubripes),菊黄东方鲀(Takifugu flavidus),双斑东方鲀(Takifugu bimaculatus)和暗纹东方鲀(Takifugu fascidus,)四种东方鲀565尾,根据调查情况,红鳍东方鲀主要在北方辽宁,河北和山东养殖,菊黄东方鲀则在山东和江苏养殖,双斑东方鲀在山东,江苏和福建均有养殖,而暗纹东方鲀为近海与河川食肉性中、下层洄游种类,仅在江苏养殖。
本次调查未采集到养殖型假睛东方鲀(Takifugu pseudommus)和黄鳍东方鲀(Takifugu xanthopterus)。
在北方辽宁,河北和山东均经过越冬室内封闭养殖,夏季则有海区网箱养殖,南方福建则采用网箱养殖。
调查发现,同种养殖东方鲀不同养殖区域存在体色差异,双斑东方鲀的体色明显从北到南逐渐加深,分析与养殖环境中的光照和温度的差异有关。
2、对采集到的四种养殖东方鲀的生长情况和皮肤,肌肉,肝脏和性腺指数进行了研究比较,分析养殖东方鲀的经济性状差异。
以期为各地区因地制宜的发展东方鲀养殖和加工,品种的选育和形态分类等方面的研究提供科学依据和研究资料。
结果用W= a L<sup>b</sup>拟合体长体重关系,红鳍东方鲀整体为W=0.3516L<sup>2.2818</sup>,(R<sup>2</sup>=0.6406),雌鱼为W=0.5664L<sup>2.1337</sup>(R<sup>2</sup>=0.6394)雄鱼为W=0.2112L<sup>2.4453</sup>(R<sup>2</sup>=0.6426),其它三种东方鲀采集到的样品体长体重范围较小,未进行拟合。
基金项目:辽宁省自然科学基金(201602098)㊁大连市高层次人才创新支持计划(2017R Q 015)㊁国家海水鱼产业技术体系(C A R S -47)和大连市科技创新基金项目(2018J 12S N 070).作者简介:藏林(1994-),女,硕士,研究方向:水产动物基因工程.E -m a i l :z a n gl i n 940114@163.c o m .通讯作者:王秀利(1964-),男,博士,教授,研究方向:水产动物基因工程.E -m a i l :x l w a n g@d l o u .e d u .c n .D O I :10.3969/j.i s s n .1004-6755.2019.03.001红鳍东方鲀(T a k i f u g u r u b r i p e s )V t g 基因实时荧光定量P C R 分析的引物设计与评估藏㊀林1,封㊀岩1,门㊀磊2,仇雪梅1,王秀利1(1.大连海洋大学水产与生命学院,辽宁大连116023;2.大连民族大学生命科学学院,辽宁大连116600)摘㊀要:为应用实时荧光定量P C R (q P C R )技术分析红鳍东方鲀(T a k i f u g u r u b r i pe s )卵黄蛋白原(V i t e l l o g e Gn i n ,V t g )基因的组织表达谱,利用P r i m e r 5.0软件设计了扩增红鳍东方鲀V t g 基因片段的引物并进行了q P C R 评估.结果显示:引物对V t g F -V t gR 在q P C R 扩增时,熔解曲线为单一尖锐峰;标准曲线分析显示:引物的扩增效率为105.32%,R 2值为0.999.上述结果说明该对引物具有良好的扩增特异性和扩增效率,满足了q P C R 扩增的要求.关键词:红鳍东方鲀(T a k i f u g u r u b r i pe s );卵黄蛋白原(V t g )基因;实时荧光定量P C R ㊀㊀红鳍东方鲀(T a k if ug u r u b r i pe s )隶属于鲀形目(T e l r a o d o n t if o r m e s )㊁鲀科(T e t r a d o n t i d a e )㊁东方鲀属(T a k i f ug u ).它是几种重要的海水养殖经济鱼类之一,由于其肉质细腻㊁肉味鲜美,鱼肉中有含量极高的蛋白质,鱼皮含有丰富的胶原蛋白,已在中国㊁韩国及日本等亚洲国家广泛培育[1].野生河豚常含有致命的毒性河豚毒素(T T X ),尤其是在雌鱼的卵巢中[2].河豚毒素是一种极为有效的神经毒素,它特异性地与肌肉和神经组织中的电压门控钠通道结合,并阻断钠离子通道进入神经元[3-5].野生河豚通常通过食物链对毒素进行生物累积,在特定组织(如肝脏㊁卵巢和皮肤)中产生大量的河豚毒素[6].当喂食含河豚毒素的食物时,无毒人工培养的河豚鱼的肝脏㊁卵巢和皮肤中都高水平积累了河豚毒素[7-8].这种河豚毒素最有可能通过饮食口服,然后从肠道吸收,通过血液循环分配,并运输到肝脏[9-10].在雌性河豚鱼的肝脏中有一部分河豚毒素在成熟期被转运到了卵巢中.有研究表明人工经静脉注入河豚毒素时,河豚毒素在肝脏中的含量明显随着河豚毒素注射量的增加而增加,这表明河豚毒素存储在肝脏中是毒化红鳍东方鲀的第一个步骤[11].卵黄蛋白原(V i t e l l o g e n i n ,V t g)是卵黄蛋白(Y o l k p r o t e i n)的前体,存在于几乎所有卵生物种的雌性中,包括鱼类㊁两栖动物㊁爬行动物㊁鸟类,以及大多数无脊椎动物.V t g 主要是在肝脏中的雌激素17β-雌二醇的刺激下产生,通过体循环分布全身,并随血液循环系统进入到卵巢.在进入卵巢的过程中,特异性受体锚定在卵母细胞质膜并与卵黄蛋白原结合,并成为与他们的卵黄蛋白原内化的配体.I k e d a 在日本长崎县使用处于成熟期的野生河豚鱼,在测得促性腺激素指数(G S I)增加的情况下,卵巢中的毒性也随之增加,而同时肝脏毒性显著下降[12].卵黄蛋白原储存在早期卵母细胞体内,然后裂解成脂质细胞(I 和I I ),卵黄蛋白和v W FD 型结构域[13-14].卵黄蛋白原除了有卵黄蛋白的前体的作用外,卵黄生成素还可作为金属㊁无机磷酸盐㊁脂质和碳水化合物的载体蛋白[15-16].实时定量P C R (r e a l -t i m ef l u o r e s c e n c e-1 «河北渔业»2019年第3期(总第303期)㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀ʻ研究与探讨q u a n t i t a t i v eP C R ,qP C R )是一种具有高灵敏度㊁可重复性的基因表达谱分析技术.作为最灵敏㊁精确㊁可重复的定量特异R N A 的技术之一,它现在被广泛应用于各个领域,并成为验证微阵列和R N A-s e q 数据的最常用方法[17-19].本文应用实时定量P C R 的方法,拟获得红鳍东方鲀V t g 基因基于qP C R 表达分析的相关引物,为今后分析红鳍东方鲀的V t g 基因的表达谱㊁深入探讨河豚毒素在肝脏和卵巢中富集与分布奠定基础.1㊀材料与方法1.1㊀材料实验用18月龄的红鳍东方鲀50尾,采自大连天正实业有限公司.麻醉后,采集新鲜的红鳍东方鲀肝脏和尾鳍组织,立即储存在液氮中,然后在-80ħ的超低温冰箱中储存备用.1.2㊀实验方法1.2.1㊀性别鉴定㊀将上述50尾红鳍东方鲀解剖,根据性腺发育的程度㊁形状和颜色进行性别鉴定,具体鉴别方法按照参考文献20㊁21的方法进行.1.2.2㊀总R N A 的提取㊀随机取15尾雌性红鳍东方鲀等量大小的肝脏组织样品,置于有液氮的研钵中进行研磨,直至呈粉末状,混合后用于总R N A 的提取.按照R N A i s o p l u s (T a k a r aB i o Gt e c h n o l o g y (D a l i a n )C o .,L t d .)的说明书进行总R N A 提取,具体步骤如下:取研磨后的粉末状混合物50~100m g 于离心管中,加入1m L 的R N A i s o p l u s ,室温静置10m i n ,12000r /m i n ,4ħ离心15m i n ,取上清移至1.5m L 离心管中;加入200μL 氯仿,剧烈震荡混匀至呈乳白色,室温静置10m i n ,12000r /m i n ,4ħ离心15m i n ,取约400μL 上清转移至新离心管中;加入等体积约400μL 异丙醇,缓慢颠倒混匀10次,于-20ħ条件中静置20m i n ,12000r /m i n ,4ħ离心15m i n,弃去上清留沉淀部分;加入1m L 的75%现配乙醇,于12000r /m i n ,4ħ离心5m i n ,弃乙醇保留沉淀,重复两次;得到的沉淀物在无酶环境下进行沉淀干燥2~5m i n 后,溶于D E P C 水中,暂存于4ħ冰箱中使其充分溶解后,保存于-80ħ超低温冰箱留用.用超微量分光光度计A l i ge n t 2000对溶解完全后的R N A 进行波长长度为260m m 和280m m 的浓度及纯度分析;随后对其进行1%的普通琼脂糖凝胶㊁恒压电泳分离系统进行电泳,通过凝胶成像系统初步测定提取的总R N A 完整性进行观察与拍照.1.2.3㊀c D N A 第一条链的合成㊀选取O D 260/O D 280在1.8~2.0之间的R N A 作为反转录的模板,根据逆转录试剂盒(T a k a r a B i o t e c h n o l o g y(D a l i a n )C o .,L t d .)的说明书进行逆转录反应.具体反应体系如下:2μL5ˑP r i m e S c r i ptB u f f Ge r ㊁0.5μL P r i m e S c r i p tR T E n z ym e M i xI ㊁0.5μL O l i g od T p r i m e r ㊁0.5μL R a n d o m 6m e r s ㊁3μL 模板和3.5μL R N a s e f r e eH 2O .反应条件:37ħ15m i n ,85ħ5s ,4ħ保存.1.2.4㊀引物设计及常规P C R 的筛选㊀下载红鳍东方鲀卵黄蛋白原V t g -1的基因序列(G e n B a n k 号:X M _011614929.1),利用P r i m e r 5.0设计引物,引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成.取雌性红鳍东方鲀肝脏的c D N A 进行常规P C R 扩增V t g -1基因片段.扩增总体积为25μL ,其中上下游引物各0.5μL ,d N T P2μL ,10ˑB u f f e r 2.5μL ,T a q 酶0.4μL ,d d H 2O18.1μL ,c D N A 模板1μL .扩增条件为:94ħ,5m i n 预变性;94ħ,30s 变性;8ħ,30s 退火;72ħ,30s 延伸,35个总循环.P C R 产物经1%的普通琼脂糖凝胶和恒压电泳分离系统上进行电泳,通过凝胶成像系统初步测定提取的总R N A 完整性进行观察与拍照.对得到的V t g -1基因的单个扩增产物进行测序,并通过N C B I B L A S T 程序在线比较和验证测序结果.1.2.5㊀q P C R 引物的设计与评估㊀根据测序后获得的V t g -1基因序列获得的q P C R 扩增的引物设计原理,使用P r i m e r 5.0设计引物,并在常规P C R 检测后进行q P C R 扩增.标准曲线的制备:以逆转录后的c D N A 原液为模板,采用5点10倍稀释法进行实时定量P C R 实验.实验在A B IS t e p On eP l u s 实时定量P C R 仪上利用全式金T r a n s S t a r tT o p G r e e n q P C RS u pe r M i x 的试剂盒进行q P C R 反应.反应体系为20μL :其中包括M I X B uf f e r10μL ,D ye 0.4μL ,R N A s eF r e e d d H 2O7.4μL ,正反向2 «河北渔业»2019年第3期(总第303期)㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀ʻ研究与探讨引物浓度为10μm /L 各0.6μL 和模板1μL ,每个样品3次重复,反应条件为:94ħ,30s ;94ħ,5s ;58ħ,15s ;72ħ,25s ;40个循环.观察熔解曲线及标准曲线,确定C t 值.扩增体系条件与标准曲线的制备条件相同,取上述c D N A 为模板,进行q P C R 定量实验.2㊀结果与分析2.1㊀总R N A 的提取及检测红鳍东方鲀肝组织的总R N A 显示28s r R N A 和18s r R N A 的条带亮度比在1和2之间(图1),O D 260/O D 280均在1.8~2.0之间.2.2㊀常规P C R 引物设计㊁筛选及验证根据红鳍东方鲀卵黄蛋白原V t g -1的基因序列(X M _011614929.1),利用软件P r i m e r 5.0设计引物,筛选出了两对适宜进行P C R 扩增的引物(表1).图1㊀红鳍东方鲀肝脏组织的总R N A 电泳图表1㊀引物序列信息引物名称引物序列(5 -3)扩增产物大小(理论值)/b pT m /ħ扩增产物名称V t g -1F 1T T G G C A G C T C T G G A G T T C C T31859.7V t g F 1-V t g R 1V t g -1R 1G G G C A T C G G G T A T T T C G T T C61.7V t g -1F 2A T G G A C A A A C C C A C G A A C A G 23457.9V t g F 2-V t g R 2V t g -1R 2A A G G G C A T C G G G T A T T T C G T61.0图2㊀常规P C R 扩增产物的电泳结果注:泳道M :D N A 分子标量;泳道1~2:由引物对V t g F 1-V t g R 1扩增的Vt g 基因的P C R 产物;泳道3~4:由引物对V t g F 2-V t g R 2扩增的V t g 基因的PC R 产物㊀㊀将红鳍东方鲀肝脏组织的cD N A 用作模板,对表1中所示的两对引物进行常规P C R 扩增筛选.如图2所示,引物V t g F 1-V t g R 1的扩增产物仅具有约320b p 的一条扩增条带(泳道1㊁2);引物V t g F 2-V t g R 2的扩增产物在240b p 处有清晰的一个扩增条,但在小于100p b 处有较为明显引物带,根据引物设计原则,判断为引物二聚体,不适合表达分析(泳道3㊁4).对上述扩增后所得到的产物V t g -1进行测序,得到长度为316b p 的序列.将获得的序列进行G e n B a n kB L A S T 在线比对,结果显示:与已报报道的红鳍东方鲀V t g -1基因(序列号:X M _011614929.1)相比,本研究测序所得的由引物对V t g F 1-V t g R 1扩增的P C R 产物序列的与V t g-1基因的源性可达99%(图3).3 «河北渔业»2019年第3期(总第303期)㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀ʻ研究与探讨图3㊀由引物对V t g F 1-V t g R 1扩增的P C R 产物序列与V t g-1基因序列的B L A S T 对比结果(B L A S T 比对网页截图)2.3㊀q P C R 引物的设计与评估2.3.1㊀q P C R 引物的设计㊀在常规P C R 扩增引物的筛选中,由引物对V t g F 1-V t g R 1的扩增产物仅具有一个扩增条带,没有非特异性扩增.但在测序后,扩增条带大小为316b p .该对引物不太适用于q P C R 扩增实验.根据得到的由引物对V t g F 1-V t g R 1扩增的P C R 产物序列再设计一对较适于q P C R 扩增反应的引物:V t g F-V t g R ,扩增片段大小约133b p(表2).表2㊀拟用于q P C R 扩增的引物序列信息引物名称引物序列(5 -3)扩增产物大小(理论值)/b p T m /ħV t g F A T G G A C A A A C C C A C G A A C A G 13357.9V t gR A T G C A G C T C C G T A G C C A A T T 59.92.3.2㊀引物的q P C R 评估㊀根据q P C R 扩增反应的引物对V t g F -V t g R 的T m 值,进行退火温度为55ħ㊁58ħ和60ħ这3个温度下的q P C R扩增.结果显示q P C R 扩增的C t 值在58ħ的退火温度下最小(表3).因此在退火温度为58ħ时,进行引物V t g F-V t g R 的q P C R 扩增最为适宜.采用引物对V t g F -V t gR 在58ħ作为退火温度,应用10倍稀释法进行c D N A 模板样品的实时定量P C R 扩增.根据结果显示:在指数扩增区域中彼此相邻的扩增曲线均匀隔开(图4-A ),并且每个反应的熔解曲线在T m 处为82.72是单个尖峰(图4-B ),并且该引物标准曲线的扩增效率为105.32%,标准曲线的相关系数R 2值为0 999(图4-C ).表3㊀引物V t g F -V t gR 在不同退火温度下进行qP C R 扩增时得到的C t 值退火温度/ħC t 值C t 平均值C t 标准差55586030.80830.86730.94530.64230.20630.20731.49930.39330.99530.8730.06930.3520.25131.1280.284 «河北渔业»2019年第3期(总第303期)㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀ʻ研究与探讨图4㊀引物对V t g F-V t g R q P C R的扩增曲线(A)㊁熔解曲线(B)和标准曲线(C)3㊀讨论当使用实时定量q P C R通过基因表达谱分析技术对靶基因表达时,提取的总R N A的完整性和纯度是影响扩增效率的最基本因素.如果提取的总R N A质量差或被污染,则产生的数据会有偏差,导致结果不准确.当提取的R N A样本通过琼脂糖电泳分析时,电泳图上有明显的两条带28s和18s带,并且28s/18s r R N A的带亮度比在1和2之间,表明其具有良好的完整性.通过测定,本研究得到的总R N A的O D260/O D280比值在1.8和2.0之间,表示R N A样品纯度高,不含蛋白质和其他杂质,满足实时定量P C R对总R N A的要求.所设计引物的序列对P C R扩增反应的特异性以及扩增效率至关重要.普通P C R扩增的引物一般长度在15~30个碱基之间最好,G C含量为50%~60%.此外,上游和下游引物的G C含量不应太大,T m为55~65ħ之间,引物自身和引物间不应存在互补序列,从而避免产生发夹结构和引物二聚体.对于q P C R扩增,扩增片段的长度优选为80~250b p,最合适的长度约在150b p左右.本研究基于已公布的红鳍东方鲀卵黄蛋白原V t g-1的基因序列信息(G e n B a n k号: X M_011614929.1),设计出两对引物,即:V t g F1-V t g R1和V t g F2-V t g R2,所得到扩增出的序列大小分别为320b p和240b p.在常规P C R 中,引物对V t g F1-V t g R1的扩增片段大小约为320b p,这与理论值一致,并且扩增产物没有杂质带.与第一对引物相比,引物对V t g F2-V t g R2的扩增产物除了主带之外还具有一条引物带.第一对引物具有很强的扩增特异性,但其扩增片段的大小不符合q P C R扩增的最佳要求.因此,本研究对引物对V t g F1-V t g R1扩增出的产物序列进行重新设计得到适用于实时定量P C R的引物: V t g F-V t g R,扩增片段大小约为133b p,与理论值大小相一致,因此可以通过实时定量P C R对引物对V t g F-V t g R进行进一步评估.在进行实时定量P C R的过程中,设置了阴性对照,且阴性对照无扩增信号;对于每个扩增样品浓度设定三个生物学重复,并且这些重复样品的C t值的标准偏差应小于0.5,否则结果将是不可靠的并且需要重新扩增.在该实验中,阴性对照显示没有扩增信号,并且扩增样品值的标准偏差小于0.5,这证明了测试数据的可靠性.退火温度的高低直接影响P C R结果的好坏,不适宜的退火温度会导致引物非特异性的扩增或者会形成引物二聚体,因此在实验中,要对退火温度进行优化[22].引物扩增的特异性在进行实时定量P C R实验中起关键性作用,在进行退火温度优化的同时要进行熔解曲线的分析,以此判断引物扩增的特异性[23].如果获得的熔解曲线是单峰,则表明引物扩增具有特异性;相反,如果在熔解曲线上不仅存在一个波峰,则表明该引物有非特异性的扩增.依据本实验引物的T m值的结果显示,当退火温度为58ħ时,该引物扩增的C t 值最小,有且只有一个波峰.因此,58ħ的退火温度是本实验较适合于q P C R分析的.除扩增特异性外,引物应具有良好的扩增效率,以便最终用于实验样本的实时定量P C R的分析.扩增效率一般可通过对按照十倍比稀释的c D N A模板进行定量分析建立的标准曲线来确定.优化后的结果有以下特点:1㊁标准曲线的决定系数R2>0.980;2㊁高扩增效率,即扩增效率在90%~105%;3㊁具有一致的重复反应.递减的直线关系等式和标准曲线的决定系数R2常常被用来判断反应条件是否优化.扩增效率接近100%是优化的重复性好的实验的最好标志,在实际操作时,反应扩增效率应在90%~105%之间[24],如果扩增效率低,可能的原因是引物设计的不当,或者是反应条件未优化;扩增效率过高,可能的原因是系列稀释样品加样错误,或者有非特异性扩增,如引物二聚体[25].此次实验引物V t g F-V t g R的标准曲线分析显示:引物的扩增效率为105.32%, R2值为0.999;定量结果表明,当进行扩增时,熔5«河北渔业»2019年第3期(总第303期)㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀ʻ研究与探讨解曲线是单峰值.上述结果说明,该对引物具有良好的扩增特异性和扩增效率,满足了实时定量P C R 扩增的要求.通过引物对V t g F-V t g R 的退火温度优化和标准曲线的建立,结果表明,该对引物适用于红鳍东方鲀V t g 基因的实时定量P C R 分析.本研究结果为红鳍东方鲀V t g 基因的组织表达谱分析及不同发育阶段的定量表达分析奠定了基础.参考文献:[1]Y a m a n o u eY ,M i y aM K ,M i y a z a w a S ,e t a l .E x p l o s i v e S pe c i a Gt i o nof T a k i f u gu :A n o t h e rU s eo fF u g ua s a M o d e l S y s t e m f o r E v o l u t i o n a r y B i o l o g y [J ].M o l e c u l a r B i o l o g y &E v o l u t i o n ,2009,26(3):623.[2]Y o n g YS ,Q u e kLS ,L i m E K ,e t a l .Ac a s e r e po r t o f p u f f e r f i s h p o i s o n i n g i nS i n g a p o r e [J ].C a s e R e po r t si n M e d i c i n e ,2013,(2013-12-4),2013,2013(2013):206971.[3]N a r a h a s h iT.P h a r m a c o l o g y o fT e t r o d o t o x i n [J ].JT o x i c o l -T o x i nR e v i e w ,2001,20(1):67-84.[4]G e f f e n e y SL ,R u b e nPC .T h e S t r u c t u r a l B a s i s a n dF u n c t i o n Ga lC o n s e q u e n c e so fI n t e r a c t i o n sB e t w e e n T e t r o d o t o x i na n d V o l t a g e -G a t e dS o d i u m C h a n n e l s [J ].M a r i n eD r u g s ,2006,4(3):143-156.[5]V a i s h a l i B ,M a r y L ,Ma d h u r i m a D ,e ta l .T e t r o d o t o x i n :C h e m i s t r y ,T o x i c i t y ,S o u r c e ,D i s t r ib u t i o na n d D e t ec t i o n [J ].T o x i n s ,2014,6(2):693-755.[6]T a m a oN ,O s a m uA .T e t r o d o t o x i n –D i s t r i b u t i o n a n dA c c u Gm u l a t i o n i nA q u a t i cO r ga n i s m s ,a n dC a s e so fH u m a nI n t o x i Gc a t i o n [J ].M a r i n eD r u gs ,2008,6(2):220-242.[7]Y a m a m o r iK ,K o n oM ,F u r u k a w aK ,e t a l .T h e t o x i f i c a t i o no fj u v e n i l e c u l t u r e dk u s a f u g u T a k i f u g un i p h o b l e s b y o r a la d Gm i n i s t r a t i o no fc r ys t a l l i n et e t r o d o t o x i n [J ].J o u r n a lo ft h e F o o dH y g i e n i c S o c i e t y o f J a p a n ,2004,45(2):73-75.[8]K o n oM ,M a t s u i T ,F u r u k a w aK ,e t a l .A c c u m u l a t i o n o f t e t r o Gd o t o x i na n d4,9-a n h y d r o te t r o d o t o x i ni nc u l t u r e d j u v e n i l e k u s af ug u F u g u n i ph o b l e s b y d i e t a r y a d m i n i s t r a t i o n o f n a t u r a l t o x i ck o m o n f u g u F u g u p o e c i l o n o t u s l i v e r [J ].T o x i c o n ,2008,51(7):0-1273.[9]M a t s u m o t oT ,N a ga s h i m aY ,K u s u h a r aH ,e t a l .P h a r m a c o k i n e t i c s o f t e t r o d o t o x i n i n p u f f e r f i s h T a k i f u g ur ub r i p e s b y a s i n g l e a d Gm i n i s t r a t i o n t ec h n i q u e [J ].T o x i c o n ,2008,51(6):0-1059.[10]T a t s u n oR ,S h i k i n aM ,S h i r a i Y ,e t a l .C h a n ge i n t h e t r a n sf e r p r o f i l e o f o r a l l y ad m i n i s te r e d t e t r o d o t o x i n t o n o n -t o x i c c u l Gt u r e d p uf f e r f i s h T a k i f ug u r u b r i p e s d e p e n d i n g o f i t sd e v e l Go p m e n t s t a ge [J ].T o x i c o n ,2013,65(2):76-80.[11]Y i nX ,K i r i a k eA ,O h t aA ,e t a l .An o v e lf u n c t i o no f v i t e l l o Gg e n i ns u b d o m a i n ,v W Ft y p eD ,a sat o x i n -b i n d i n gp r o t e i n i n t h e p u f f e r f i s h T a k i f u g u p a r d a l i s o v a r y [J ].T o x i c o nO f Gf i c i a l J o u r n a lo ft h eI n t e r n a t i o n a lS o c i e t y o n T o x i n o l o g y ,2017,136.[12]I k e d aK ,E m o t oY ,T a t s u n oR ,e t a l .M a t u r a t i o n -a s s o c i a t e dc h a n g e s i n t o x i c i t y o f t h e p u f f e r f i s h T a k i f u g u p o e c i l o n o t u s [J ].T o x i c o n ,2010,55(2):289-297.[13]R o m a n oM ,R o s a n o v a P ,A n t e oC ,e t a l .V e r t e b r a t e yo l k p r o Gt e i n s :A r e v i e w [J ].M o l e c u l a r R e p r o d u c t i o n &D e v e l o p Gm e n t ,2004,69(1):109-116.[14]F i n nRN .V e r t e b r a t e y o l k c o m pl e x e s a n d t h e f u n c t i o n a l i m Gpl i c a t i o n so f p h o s v i t i n sa n d o t h e rs u b d o m a i n si n v i t e l l o Gg e n i n s [J ].B i o l o g y o fR e p r o d u c t i o n ,2007,76(6):926-935.[15]G h o s hP ,T h o m a sP .B i n d i n g ofm e t a l s t or e dd r u mv i t e l l o Gg e n i na n di n c o r p o r a t i o ni n t oo o c y t e s [J ].M a r i n eE n v i r o n Gm e n t a lR e s e a r c h ,1995,39(1–4):165-168.[16]S m o l e n a a r sM M ,M a d s e nO ,R o d e n b u r g K W ,e t a l .M o l e c u Gl a r d i v e r s i t y a n d e v o l u t i o nof t h e l a rg e l i p i d t r a n s f e r p r o t e i n s u p e r f a m i l y [J ].J o u r n a l o f L i p i d R e s e a r ch ,2007,48(3):489.[17]N i c o tN ,J e a n F r a n c o i sH a u s m a n ,H o f f m a n nL ,e t a l .H o u s e Gk e e p i n gge n e s e l e c t i o nf o r r e a l -t i m eR T-P C Rn o r m a l i z a Gt i o n i n p o t a t od u r i ng b i o t i c a n da b i o t i c s t r e s s [J ].J o u r n a l o f E x p e r i m e n t a l B o t a n y,2005,56(421):2907-2914.[18]J a i n M ,N i j h a w a nA ,T y a giA K ,e t a l .V a l i d a t i o no fh o u s e Gk e e p i n gg e n e s a s i n t e r n a l c o n t r o l f o r s t u d y i n gg e n ee x p r e s Gs i o n i n r i c eb yq u a n t i t a t i v e r e a l -t i m eP C R [J ].B i o c h e m i c a l &B i o p h y s i c a lR e s e a r c hC o m m u n i c a t i o n s ,2006,345(2):646-651.[19]C a m a r e n aL ,B r u n oV ,E u s k i r c h e nG ,e t a l .M o l e c u l a rM e c h Ga n i s m s o f E t h a n o l -I n d u c e dP a t h o g e n e s i sR e v e a l e db y R N A -S e q u e nc i n g [J ].P l o sP a t h o g e n s ,2010,6(4):1257-1262.[20]孙赛红,王玉芳,姜志强,等.通过性腺形状和颜色鉴定红鳍东方鲀的性别[J ].河北渔业,2014,2:13-15.[21]T a k a s h i K a m i ya 1,W a t a r uK a i 1,S a t o s h i T a s u m i 1,e t a l .A T r a n s -S pe c i e sM i s s e n s e S N P i nA m h r 2I sA s s o c i a t e dw i t h S e x D e t e r m i n a t i o ni nt h e T i g e rP uf f e r f i s h ,T a k i f u gur u Gb r i pe s (F u g u )[J ].P l o sG e n e t i c s ,8(7):e 1002798.[22]刘阳,杨淑霞,李敏惠,等.引物浓度与退火温度不当导致巢式P C R 非特异性扩增[J ].成都医学院学报,2008,3(2):111-114.[23]王香君,李梦茹,段杉.实时荧光定量P C R 法定量微生物的条件及在鱼露和虾油微生物检测中的应用研究[J ].食品与发酵工业,2018,44(2):194-201.[24]王效维,刘海霞,杨颖丽,等.低表达H 蓝花药发育相关基因小体积荧光定量反应体系的建立和可靠性分析[J ].西北农业学报,2011,20(4):111-115.[25]沈维祥,陈春峰,张小燕,等.基于突变阻滞扩增系统的实时荧光P C R 技术检测幽门螺杆菌23S r R N A 基因突变及其评价[J ].中国医药生物技术,2017,12(2):123-128.(收稿日期:2019-01-25)6 «河北渔业»2019年第3期(总第303期)㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀ʻ研究与探讨。
养殖暗纹东方鲀肉中特征性气味物质鉴定研究河豚鱼肉质细嫩、鲜美,曾有“吃了河豚,百味不鲜”以及“拚死吃河豚”之说。
长期以来,我国沿海地区一直有吃河豚鱼的习惯;日本人、韩国人也把河豚鱼视为珍馐佳肴。
近年来由于控毒技术的日益完善,养殖河豚鱼因将毒素控制在安全食用范围之内、肉质细嫩、风味独特、胶原蛋白含量丰富而渐渐受到国内外消费者的欢迎。
人们对开放鲜河豚市场的呼声也越来越高,河豚巨大的市场经济价值越来越显突出。
目前对河豚鱼的研究报道主要集中在毒性及一些营养成分上,但对其口感及风味物质的研究国内外都鲜为报道,因此探究河豚鱼美味奥秘及不同养殖环境下河豚鱼食用口感和风味的差异能够为河豚鱼的养殖和加工食用,以及改善河豚鱼肉品质提供指导,具有十分现实的意义。
这些研究结果如果和市场效益相结合,带来的收益将是十分可观的。
毕竟河豚鱼在亚洲的产量和销售量很大,如果我国在其风味和贮藏方面有独特的技术优势,就能开拓国外市场,出口效益将会大大提高,我国在水产品加工方面也会开辟出更广阔的领域。
本文以养殖暗纹东方鲀为主要研究对象,通过比较同时蒸馏萃取法(SDE)、固相微萃法(SPME)、热脱附(TD)对养殖暗纹东方鲀挥发性成分的提取效果,结合气相色谱-质谱联用(GC-MS)对挥发性成分进行定性和内标定量分析对挥发性成分进行数据挖掘。
从而建立一种快速、准确、简单的挥发性成分提取方法,为养殖暗纹东方鲀的挥发性成分研究奠定基础。
在确认同时蒸馏萃取法为三种方法中较好的方法,二氯甲烷较乙醚有较好的萃取效果的基础上,采用同时蒸馏萃取法提取三种养殖东方鲀肉中的挥发性成分,结合感官评价和电子鼻技术对提取的挥发性成分进行比较,进一步对挥发性成分进行浓缩后,采用气相色谱-质谱联用(GC-MS)和气相色谱-嗅闻技术(GC-O)方法对养殖暗纹东方鲀肉中的特征性挥发性成分进行研究,并采用主成分分析(PCA)对挥发性成分进行数据分析。
旨在为探究河豚鱼美味奥秘及改善河豚鱼肉品质等方面提供有参考意义的基础理论数据。
鱼类增养殖学知到章节测试答案智慧树2023年最新烟台大学绪论单元测试1.20世纪90年代,我国引进了冷温性养殖良种大菱鲆,同时创建了()模式,基本上解决了北方地区的越冬问题。
参考答案:“温室大棚+深井海水”工厂化养殖2.海水鱼类的养殖方式主要有()。
参考答案:池塘养殖;工厂化养殖;网箱养殖;港塭养殖3.港塭养殖是我国最古老的海水鱼类养殖方式,南方称之为鱼塭,最初养殖(),北方叫做港养,最初养殖()。
参考答案:梭鱼;鲻鱼4.海水鱼人工繁育历史上的两次饵料革命指的是()在育苗生产中的培养和成功使用。
参考答案:卤虫幼体;轮虫5.我国海水鱼养殖形成了北方地区以()为主、南方以()为主的养殖格局。
参考答案:大黄鱼;鲆鲽类;石斑鱼6.我国始于20世纪50年代末的“海鱼孵化运动”为以后开展海水鱼育苗打下了广泛的基础。
()参考答案:对7.工业化养殖模式包括集约型的陆基养殖和生态型的海基养殖两个大的发展方向。
()参考答案:对8.明代黄省曾的《异鱼赞闰集》和胡世安的《养鱼经》等著作,对海水鱼类养殖都有较为详尽的记载。
()参考答案:错9.20世纪90年代开始,我国海水鱼类养殖逐渐成为继藻类、贝类、虾类之后崛起的“第四次海水养殖浪潮”。
()参考答案:对10.鱼类病害应采用药物治疗、疫苗增强鱼体抗病力、微生态制剂优化养殖环境等措施,进行综合防控。
()参考答案:对第一章测试1.大菱鲆、鲢、河鲀、六线鱼产卵的生态类型依次为()。
参考答案:浮性、漂流性、沉性微粘性、粘性2.()鱼类种类最多,是主要的海淡水养殖类群。
参考答案:鲈形目3.同年龄的()雄鱼比雌鱼生长速度快,生产中可以进行全雄养殖。
参考答案:罗非鱼4.鱼类有不同的食性类型,牙鲆、鲢、草鱼的食性依次为()。
参考答案:肉食性;浮游生物食性;草食性5.选择养殖鱼类时需考虑鱼种的()。
参考答案:社会效益;生态效益;生产性能;经济效益6.下列鱼类中,()在海、淡水中均能养殖。
参考答案:花鲈;罗非鱼7.即使在溶解氧充足的条件下,水中高浓度的CO2也会使鱼类窒息。
专利名称:暗纹东方鲀和红鳍东方鲀之间的杂交种及生产方法专利类型:发明专利
发明人:成乐天,朴仁锡,金钟燮,林同奎,崔昌植,柳光烈,文温周,金保均
申请号:CN201511017786.9
申请日:20151229
公开号:CN106719114A
公开日:
20170531
专利内容由知识产权出版社提供
摘要:本发明生产暗纹东方鲀和红鳍东方鲀之间的杂交种,具体包括分别从暗纹东方鲀的雌性和红鳍东方鲀的雄性提取卵和精液,并实施它们之间的人工授精而得到受精卵之后,对受精卵进行孵化及培育的步骤。
根据本发明的方法生产的新的杂交种品种具有快速成长的优点,还能够期待由现有的低的生产率和经济性而衰退的河豚的养殖产业的增加。
申请人:忠清南道
地址:韩国忠清南道
国籍:KR
代理机构:北京品源专利代理有限公司
更多信息请下载全文后查看。
暗纹东方鲀与红鳍东方鲀气味成分差异研究邓捷春;王锡昌;刘源【期刊名称】《食品科学》【年(卷),期】2009(030)022【摘要】以淡水和海水两种养殖环境下河豚鱼肉为原料,采用涂有聚二甲基硅氧烷-二乙烯苯(PDMS-DVB)涂层的同相微萃取头萃取新鲜鱼肉及经过蒸煮加热后鱼肉的挥发性成分,在相同的顶空固相微萃取(HS-SPME)条件和气-质联用仪(GC-MS)检测条件下,分别检出暗纹东方鲀背肉加热前后28、25种及红鳍东方鲀背肉加热前后49、50种挥发性成分.醛类占暗纹东方鲀背肉挥发性化合物含量最高,烃类占红鳍东方鲀背肉挥发性化合物含量最高.电子鼻检测结果显示,同种河豚鱼肉加热前后气味差异较相同条件下两种河豚鱼肉气味差异更大.结合感官评定可知,暗纹东方鲀泥土味较重,金属味和青草味是加热前后两种鱼肉变化较大的气味.【总页数】5页(P335-339)【作者】邓捷春;王锡昌;刘源【作者单位】上海海洋大学食品学院,上海,201306;上海海洋大学食品学院,上海,201306;上海海洋大学食品学院,上海,201306【正文语种】中文【中图分类】TS207.3【相关文献】1.菊黄东方鲀(♀)×红鳍东方鲀(♂)F_1代及其亲本肌肉营养成分的比较分析[J], 赵海涛;万玉美;张福崇;吴新民;2.菊黄东方鲀(♀)×红鳍东方鲀(♂)F1代及其亲本肌肉营养成分的比较分析 [J], 赵海涛;万玉美;张福崇;吴新民3.农业部办公厅国家食品药品监督管理总局办公厅关于有条件放开养殖红鳍东方鲀和养殖暗纹东方鲀加工经营的通知 [J], ;4.3个线粒体基因在红鳍东方鲀和暗纹东方鲀中的比较分析 [J], 江驰航; 胡子文; 王智诚; 李鑫; 王秀利5.红鳍东方鲀与杂交鲀(菊黄东方鲀♀×红鳍东方鲀♂)形态性状的比较 [J], 张钰渤;荆笛;王盛南;苟盼盼;刘圣聪;包玉龙;王秀利;刘海金因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
暗纹东方鲀线粒体DNA 16S rRNA基因克隆、测序与在分子系统发育分析中的应用邵爱华;杜建;陈葵;朱江【期刊名称】《江苏农业科学》【年(卷),期】2009(000)002【摘要】以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝脏线粒体DNA为模板,按照红鳍东方鲀线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,获得了暗纹东方鲀线粒体DNA 16S rRNA基因(1 667 bp)及3′端上游的tRNALeu基因(73 bp)的全序列.16S rRNA碱基组成分别为:胸腺嘧啶(T)22.1%,胞嘧啶(C)23.6%,腺嘌呤(A)35.2%,鸟嘌呤(G)19.0%.运用DNA分析软件对暗纹东方鲀与GenBank中鲀形目其他23种鱼类的mtDNA 16S rRNA序列进行核苷酸同源性比较分析,分别在鲀形目和东方鲀属水平上利用多种鱼类DNA 16S rRNA序列构建分子系统树.结果显示,同目不同科间的16S rRNA序列核苷酸相似性在73.6%~87.4%之间,同属间的核苷酸相似性高达约99.0%.在属间、科级、亚目级水平上,利用较长的16S rRNA 序列构建的NJ树和MP树在拓扑图总体趋势相似,各枝的支持率较高.而在东方鲀属内中选取同源性较高的16S rRNA部分序列构建分子系统树拓扑结构虽一致,但各枝的支持率不太高.因此认为,16S rRNA基因较适合于研究鲀形目鱼类中属间、不同种间以及分化较早的种间、科级、亚目级的系统发育分析.本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鲀形目鱼类系统进化关系.【总页数】5页(P15-19)【作者】邵爱华;杜建;陈葵;朱江【作者单位】苏州大学医学部基础医学与生物科学学院,江苏苏州,215123;苏州科技学院化学与生物工程学院,江苏苏州,215009;苏州大学医学部基础医学与生物科学学院,江苏苏州,215123;苏州大学医学部基础医学与生物科学学院,江苏苏州,215123;苏州大学医学部基础医学与生物科学学院,江苏苏州,215123【正文语种】中文【中图分类】Q959.468【相关文献】1.利用16S rRNA基因克隆文库分析东北自然发酵酸菜中细菌多样性 [J], 曹碧璇;胡滨;刘爱平2.16S rRNA测序技术在肠道微生物中的应用研究进展 [J], 李东萍;郭明璋;许文涛3.基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用[J], 何艳霞;向诗非;李浇;何金蕾;张俊荣;袁冬梅;秦翰霄;陈达丽;陈建平4.中国地鼠线粒体DNA 16S rRNA基因序列分析及分子系统发育研究 [J], 宋国华;高继萍;王裕;王春芳;刘田福5.鸡源志贺菌16SrRNA基因克隆、测序及同源性分析 [J], 杨霞;陈陆;许兰菊;刘红英;王川庆因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
3个线粒体基因在红鳍东方鲀和暗纹东方鲀中的比较分析作者:江驰航胡子文王智诚来源:《安徽农业科学》2020年第09期摘要由于形态学无法更精准地鉴别部分红鳍东方鲀和暗纹东方鲀,因此需要通过分子手段鉴别此类无法直观辨认的东方鲀。
该研究以15尾红鳍东方鲀和30尾暗纹东方鲀为材料,使用NCBI上红鳍东方鲀和暗纹东方鲀的线粒体全基因组中3个基因COⅠ、COⅡ、COⅢ保守区域通过Primer 5.0进行引物设计。
将45个样品在摸索得到的最适条件下进行扩增并测序,对测序结果进行检验,分析种间差异并进行碱基组成性分析,得出COⅠ上有9个SNPs,COⅡ上有4个SNPs,COⅢ有10个SNPs,使用MEGA-X进行进化树分析得出,该研究所设计的引物可以有效地鉴别2种东方鲀。
关键词红鳍东方鲀;暗纹东方鲀;种质鉴定;分子标记Abstract Because morphology cannot identify some Takifugu rubripes and Takifugu obscurus more accurately,molecular means must be used to identify such invisible Takifugu.In this study,15 T.rubripes and 30 T.obscurus were used. Three genes COⅠ,COⅡ,and COⅢ in the entire mitochondrial genome of T.rubripes and T.obscurus on NCBI were performed by Primer5.0 designed for primer design.Fortyfive samples were amplified and sequenced under the optimal conditions,and the sequencing results were checked. The differences between species were analyzed and base composition analysis was performed. It was found that there were 9 SNPs on COⅠ,4 SNPs onCOⅡ and 10 SNPs on COⅢ. Using MEGA-X to analyze the phylogenetic tree,we can conclude that the primers designed in this study can effectively identify two Takifugu species.Key words Takifugu rubripes;Takifugu obscurus;Germplasm identification;Molecular marker红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)俗称黑蜡头、虎河豚,与暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)均属于鲀形目(Tetraodontiformes)、鲀科(Tetraodontidae)、东方鲀属(Takifugu),在我国分布于黄海、渤海、东海,是我国比较重要的几种经济养殖鱼类之一,其味道鲜美,肉质细腻,鱼皮富含胶原蛋白,鱼肉蛋白质含量极高,而且其中所含有的河豚毒素也具有很高的价值,已在中国、日本以及韩国等亚洲国家广泛培育[1-2]。
通过动物形态学去鉴别物种,是物种鉴别常见也是最基础的方法,具有简单直观等优点。
生物学具有悠久发展历史,自动物解剖开始,到动物形态学,再到宏观形态学研究,目前已发展成为包括解剖学、比较解剖学、细胞学和组织学、古动物学和胚胎学等的综合性学科[3]。
形态学方法可概括为可数性状、可量性状、结构特征等[4] 。
但因为其判断的主观性强,需要比较专业的系统学知识,而且由于不同发育阶段的形态学和地理隔绝也存在着差异,容易导致判断的错误,因此需要更精确的鉴定方式去鉴别形态学中无法辨认的隐形种。
聚合酶链式反应(PCR)是一种应用分子生物学将目的DNA片段在生物体外放大扩增的一项技术,其利用DNA在高温时破坏氢键变性成单链,降温时复性使引物(能与目的基因互补配对的寡核苷酸片段)与目的基因單链结合,再调温度至DNA聚合酶最适反应温度72 ℃,DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5′—3′)的方向合成互补链[5]。
通过对不同物种基因的保守区段设计引物,可应用该技术获得多个物种的同一基因的类似片段,比较这些基因片段的差异程度可判断这些物种的亲缘关系及区别鉴定这些物种。
线粒体DNA(mtDNA)是一种在进化过程中替换率比DNA的高5~10倍并广泛存在于生物体内的遗传物质,已经被广泛利用于动植物的种群遗传学研究[6-7],其中COⅠ基因是细胞色素氧化酶3个亚基基因中的一个相当保守的蛋白质编码基因,基因组中很少存在插入和缺失,其普遍替代速率为0.016 8~0.023 0每个位点/每百万年[8-9],长为658 bp左右的十分适合解析亲缘关系相近的分类类群[10]。
国内外已经有研究者通过此段序列对未知物种进行系统的分类,并且打破传统形态学的物种分类[11-12],COⅡ与COⅢ同样存在于mtDNA中,其组成也是十分保守。
SNP是单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism),属于第三代分子标记技术,是在基因组水平上的单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性,具有可以稳定遗传的优点,故此通过查找在不同物种间存在的SNP能有效地将这些物种加以区分,同样当某一物种的不同性状出现SNP时,则可以利用对SNP的筛选进行育种。
该方法已有应用的先例,Lin等[13]利用 SNP 成功建立了大黄鱼有效的鉴定遗传性别的方法。
该研究使用多条红鳍东方鲀与暗纹东方鲀,通过查找在两种群间有差异而在群体中无差异的SNP作为鉴定两种群差异的分子标记。
通过设计引物在PCR反应中将这些存在于遗传信息中的差异放大,借助测序技术及生物分析筛出这些可作为分子标记的SNP。
检测这些SNP可鉴别这两群体间难以通过形态学鉴定个体,可应用于养殖育种、食品检疫、生态环保等领域。
1 材料与方法1.1 材料试验用15尾红鳍东方鲀,采自大连天正实业有限公司咀东养殖场;30尾暗纹东方鲀,采自中洋集团股份有限公司。
麻醉后,采集新鲜的红鳍东方鲀与暗纹东方鲀的肌肉和尾鳍组织,立即储存至-20 ℃的冰箱中保存备用。
1.2 方法1.2.1 总DNA的提取。
海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒,购自天根生化科技(北京)有限公司,参照DNA提取试剂盒提供的方法提取2种东方鲀共计45尾鱼的基因组DNA,操作如下:①取肌肉组织30 mg放入DNA提取液中破碎,加入30 μL蛋白酶K溶液在56 ℃中水浴加热后充分消化,振荡离心;②在水浴后的离心管中加入200 μL 的缓冲液GB并在70 ℃的电热恒温水槽中继续加热,使溶液变清亮后加入200 μL 的无水乙醇,轻缓地将其充分颠倒混匀;③将所得液体倒入CB3吸附柱中通过缓冲液分离核酸中的杂质;④使用TE洗脱液将所需的DNA从吸附柱上洗脱出来。
1.2.2 引物的设计及评估。
从NCBI下载红鳍东方鲀线粒体基因组序列(GenBank号为AP_006045.1),暗纹东方鲀线粒体基因组序列(GenBank号为AP_009527.1),查找2个基因组中COⅠ、COⅡ、COⅢ基因的相应位置并进行比对,找出其中共有的保守区域并利用Primer5.0设计引物,交由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。
将设计合成好的引物与提取好的DNA进行PCR,PCR反应体系为25 μL体系:50 ng基因组DNA 1.0 μL,上下游引物各1.0 μL,10×PCR buffer 2.5 μL,dNTPs 2.0 μL,Taq DNA polymerase 0.5 μL,ddH2O 17.0 μL。
PCR反应程序:94 ℃预变性5 min;94 ℃变性30 s,X ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,35个循环;最后72 ℃延伸7 min,得到的PCR产物在1.0%琼脂糖凝胶下电泳检测。
摸索退火温度和PCR批量扩增:根据引物合成单的说明,摸索退火温度并得出53 ℃为设计引物的最佳反应条件。
2 结果与分析2.1 PCR引物设计及验证将红鳍东方鲀和暗纹东方鲀肌肉组织提取的DNA作为模板,对表1中的3对引物进行PCR扩增。
由图1可知,引物COⅠ、COⅡ、COⅢ所扩增的条带均约为500 bp。
2.2 2种东方鲀基因分析及比对将试验所得的PCR产物送到华大基因科技有限公司进行单向测序,并将测序结果在NCBI进行BLAST分析比对,用于结果分析的序列对比匹配度必须大于 97%,从而保证形态鉴定的可靠性和测序序列的准确性。
将测序所得的15条红鳍东方鲀序整合成1条序列(序列间差异部分见图注),30条暗纹东方鲀序列进行相同处理(序列间差异部分见图注)。
COⅠ引物所得长度约为438 bp,COⅡ引物所得长度约为494 bp,COⅢ引物所得长度约为406 bp。
将整合所得的红鳍东方鲀和暗纹东方鲀序列进行GenBank BLAST 在线比对分析(图2~4)。
COⅠ基因排列位点中,修剪后长度均为438 bp,其中红鳍东方鲀有435个不变位点(C),3个变异位点(V),其中有2个发生转换,1个发生颠换;暗纹东方鲀有437个不变位点(C),1个变异位点(V)且为自裔位点(S)发生转换。
红鳍东方鲀与暗纹东方鲀种间差异的SNP有9个,分别为C921T、C996T、C999T、G1074A、C1080T、T1098A、T1137C、T1242C、C1281T(图2)。
COⅡ基因排列位点中,修剪后长度均为494 bp,其中红鳍东方鲀有491个不变位点(C),3个变异位点(V),其中有3个发生转换;暗纹东方鲀有491个不变位点(C),3个变异位点(V),其中有2个自裔位点(S),3个位点均是转换。
红鳍东方鲀与暗纹东方鲀种间差异的SNP有4个,分别为T277C、C301T、A371G、T583C(图3)。
COⅢ基因排列位点中,修剪后长度均为406 bp,红鳍东方鲀有403个不变位点(C),5个变异位点(V),其中有4个发生转换,1个发生颠换;暗纹东方鲀有405个不变位点(C),3個变异位点(V),其中有2个自裔位点(S)均为转换。
红鳍东方鲀与暗纹东方鲀种间差异的SNP有10个,分别为T310G、C354T、C370T、A390C、G411A、G456A、G462T、G483A、T543C、A657G(图4)。