(6)用SSR研究栲树群体遗传结构

利用SSR标记分析福建省选育福云半同胞系茶树品种遗传多样性陈志辉;单睿阳;林郑和;游小妹;钟秋生;陈常颂【期刊名称】《茶叶科学技术》【年(卷),期】2015(056)004【摘要】利用SSR分子标记技术对福建省选育的福云半同胞系茶树品种遗传多样性进行研究.通过18对SSR引物PCR扩增13个参试品种,共获得108条谱带,其中多态性谱带占67.59％.遗传相似系数分析发现,半同胞系品种间相似系数在0.75～0.91之间,而对照种相似系数在0.68～0.97之间,说明对照种遗传多样性比半同胞系更丰富.13个参试品种聚类结果表明,早春毫等3个对照种与其它品种遗传距离最远,同时这3个品种由于相互间的遗传距离较远而没有聚合成簇:剩余10个品种聚合成2组,其中5个半同胞系全部聚合于Ⅰ组,而母本福鼎大白茶与其它4个对照种聚合于Ⅱ组.从聚类图中进一步看出对照种的遗传多样性比半同胞系丰富.通过分析聚类结果与遗传相似系数发现遗传距离与品种间的地理距离、品种的亲本来源及品种性状特征具有重要的相关性.茶树遗传多样性分析为茶树分子标记辅助选择、茶树杂交育种及遗传改良提供依据,以及为茶树栽培选种及引种提供指导作用.【总页数】6页(P238-243)【作者】陈志辉;单睿阳;林郑和;游小妹;钟秋生;陈常颂【作者单位】福建省农业科学院茶叶研究所,福建福安355015;福建省农业科学院茶叶研究所,福建福安355015;福建省农业科学院茶叶研究所,福建福安355015;福建省农业科学院茶叶研究所,福建福安355015;福建省农业科学院茶叶研究所,福建福安355015;福建省农业科学院茶叶研究所,福建福安355015【正文语种】中文【中图分类】S571.1【相关文献】1.16个茶树品种(系)遗传多样性及遗传结构的SSR标记分析 [J], 李赛君;王旭;段继华;董丽娟;张曙光2.基于EST-SSR的福云(半)同胞系茶树品种(系)遗传多样性和亲缘关系分析 [J], 余继忠;黄海涛;姚明哲;杨亚军3.利用SSR标记分析福建省选育福云半同胞系茶树品种遗传多样性 [J], 陈志辉;单睿阳;林郑和;游小妹;钟秋生;陈常颂;4.16个茶树品种（系）遗传多样性及遗传结构的SSR标记分析 [J], 李赛君; 王旭; 段继华; 董丽娟; 张曙光5.利用ISSR标记分析福云(半)同胞系茶树品种(系)的遗传多样性和亲缘关系 [J], 余继忠;杨亚军;黄海涛;陈亮;姚明哲因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

江西农业学报㊀２０２０，３２（６）：１１ １６ＡｃｔａＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｅＪｉａｎｇｘｉ㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｊｘｎｙｘｂ．ｃｏｍＤＯＩ：１０．１９３８６／ｊ．ｃｎｋｉ．ｊｘｎｙｘｂ．２０２０．０６．０３基于ＳＳＲ分子标记的７８份核桃种质资源遗传多样性分析敬丹，骆翔，陈利娜，李好先，唐丽颖，曹尚银∗㊀㊀收稿日期：２０２０－０２－１７基金项目：中国农业科学院科技创新工程 特色果树资源与育种 （ＣＡＡＳ－ＡＳＴＩＰ－２０２０－ＺＦＲＩ）㊂作者简介：敬丹（１９９５─），女，河南南阳人，硕士研究生，主要从事果树遗传育种研究㊂∗通信作者：曹尚银㊂（中国农业科学院郑州果树研究所，河南郑州４５０００９）摘㊀要：以７８份核桃农家品种及栽培种为材料，利用ＳＳＲ分子标记技术，从２５对ＳＳＲ引物中筛选出８对引物对７８份核桃资源的遗传多样性进行分析，为核桃种质资源保存和利用㊁培育核桃优良新品种提供参考依据㊂结果显示：共检测到５５个多态性位点，平均每个位点检测到的等位基因数为６．８７５个，等位基因的变化范围为１ １６个，每个ＳＳＲ位点的多肽信息含量（ＰＩＣ）在０．０７５ ０．２２８，平均为０．１５１㊂基于遗传相似系数，利用ＵＰＧＭＡ方法进行聚类分析，结果显示供试材料之间遗传相似系数介于０．６０５ １．０００，当遗传系数为０．７０４时，可将７８份资源分为５部分，分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显，存在相互渗透的现象㊂７８份材料间遗传距离较小，平均为０．２３，遗传相似度高㊂用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ２．２分析群体结构发现最佳亚群体数为２，分别包含２５和５３份核桃资源㊂关键词：核桃；ＳＳＲ分子标记；遗传多样性中图分类号：Ｓ６６４．１㊀文献标志码：Ａ㊀文章编号：１００１－８５８１（２０２０）０６－００１１－０６ＧｅｎｅｔｉｃＤｉｖｅｒｓｉｔｙＡｎａｌｙｓｉｓｏｆ７８ＷａｌｎｕｔｓＢａｓｅｄｏｎＳＳＲＭｏｌｅｃｕｌａｒＭａｒｋｅｒＪＩＮＧＤａｎ，ＬＵＯＸｉａｎｇ，ＣＨＥＮＬｉ－ｎａ，ＬＩＨａｏ－ｘｉａｎ，ＴＡＮＧＬｉ－ｙｉｎｇ，ＣＡＯＳｈａｎｇ－ｙｉｎ∗（ＺｈｅｎｇｚｈｏｕＦｒｕｉｔＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｚｈｅｎｇｚｈｏｕ４５０００９，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆ７８ｗａｌｎｕｔｌａｎｄｒａｃｅｓａｎｄｃｕｌｔｉｖａｒｓｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄｕｓｉｎｇＳＳＲｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｂｙ８ｐａｉｒｓｐｒｉｍｅｒｓｗｉｔｈｃｌｅａｒｂａｎｄｓｓｅｌｅｃｔｅｄｆｒｏｍ２５ｐａｉｒｓｏｆＳＳＲｐｒｉｍｅｒｓ，ｗｈｉｃｈｐｒｏｖｉｄｅｄｒｅｆｅｒｅｎｃｅｉｎｐｒｅｓｅｒｖａｔｉｏｎａｎｄｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎｏｆｗａｌｎｕｔｇｅｒｍｐｌａｓｍｒｅｓｏｕｒｃｅｓａｎｄｔｈｅｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎｏｆｎｅｗｗａｌｎｕｔｖａｒｉｅｔｉｅｓｉｎｔｈｉｓｓｔｕｄｙ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄａｔｏｔａｌｏｆ５５ｐｏｌｙｍｏｒ⁃ｐｈｉｃｌｏｃｉｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄ，ｗｉｔｈ６．８７５ａｌｌｅｌｅｓｐｅｒｌｏｃｕｓａｎｄａｒａｎｇｅｏｆ１ １６．Ｔｈｅｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｃｏｎｔｅｎｔ（ＰＩＣ）ｏｆｅａｃｈＳＳＲｌｏｃｕｓｗａｓ０．０７５ ０．２２８，ｗｉｔｈａｎａｖｅｒａｇｅｏｆ０．１５１．Ｂａｓｅｄｏｎｇｅｎｅｔｉｃｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ，ｇｅｎｅｔｉｃｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇａｎａｌｙｓｉｓｗｉｔｈｔｈｅｍｅｔｈｏｄｏｆＵＰＧＭＡｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔａｍｏｎｇｔｅｓｔｅｄｍａｔｅｒｉａｌｓｗａｓ０．６０５ １．０００．Ｗｈｅｎｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔｗａｓ０．７０４，ｔｈｅｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｗａｓｄｉｖｉｄｅｄｉｎｔｏ５ｐａｒｔｓ．Ｔｈｅｒｅｗａｓａｐｈｅｎｏｍｅｎｏｎｔｈａｔｔｈｅｖａｒｉｅｔｉｅｓｆｒｏｍｄｉｆｆｅｒｅｎｔｇｅｏｇｒａｐｈ⁃ｉｃａｌｓｏｕｒｃｅｓｗｅｒｅｎｏｔｃｌａｓｓｉｆｉｅｄｃｌｅａｒｌｙｗｉｔｈａｍｕｔｕａｌｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ．Ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎ７８ｗａｌｎｕｔｓｗａｓｓｍａｌｌ，ａｎｄｔｈｅａｖｅｒ⁃ａｇｅｗａｓ０．２３．Ｉｔｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｗａｓｈｉｇｈ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｏｆｇｒｏｕｐｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｎａｌｙｓｉｓｕｓｉｎｇｓｔｒｕｃｔｕｒｅ２．２ｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅｏｐｔｉｍａｌｇｒｏｕｐｎｕｍｂｅｒｗａｓ２，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ２５ａｎｄ５３ｗａｌｎｕｔｒｅｓｏｕｒｃｅｓｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｗａｌｎｕｔ；ＳＳＲｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒ；Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙ㊀㊀核桃（ＪｕｇｌａｎｓｒｅｇｉａＬ．）属于胡桃科㊁核桃属的木本树种，是世界著名四大干果之一，也是世界上重要的油料树种，与油桐㊁油茶㊁乌桕并称我国四大木本油料树种［１］㊂核桃具有较高的经济价值，其中叶㊁青皮㊁核仁㊁木材以及核桃林本身的经济价值都很高［２］㊂核桃还具有重要的营养药用价值，核桃仁是上好的滋补品，含有多种营养成分，对人体健康及饮食健康起到了重要作用㊂我国是核桃属植物的起源和分布中心之一，栽培历史悠久，种质资源丰富，分布广泛［３］㊂加强对种质资源的收集和保护，既是对优良基因的一种保护，又是种质资源创新的前提㊂一般来说农家品种对自生境有较强的适应性，含有更多优良基因㊂然而核桃优良的农家品种资源分布较散，往往分布在山地㊁丘陵地区，收集存在着一定的障碍和困难，国内也尚未有专门单位对其进行收集㊂此外，将收集来的农家品种进行鉴定和分类保存不仅需要专门的种质资源圃，也需要耗费大量的人力㊁物力㊂再者由于传统的形态学鉴定方法存在一定的短板之处，随着核桃品种的多样化，一些亲缘关系较为接近的品种仅靠形态学鉴定方法难以鉴别品种间的差异，导致研究者对农家品种的重视程度不高［４］㊂因此，加强核桃优良农家品种的收集，建立一种有效的苗木品种资源鉴定方法，对于核桃种质资源的创新及核桃产业的发展尤为重要和迫切㊂分子标记技术是在形态标记㊁细胞标记和生化标记后出现的一种新兴的技术手段，它以ＤＮＡ多态性为基础，直接反映ＤＮＡ水平上的遗传变异［４］㊂目前常用的分子标记有限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）㊁随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）㊁扩增片段多态性（ＡＦＬＰ）㊁单核苷酸多态性（ＳＮＰ）㊁简单重复序列（ＳＳＲ）等［１］㊂在果树的育种工作中，分子标记技术可用于研究果树种质资源及亲缘关系的远近㊁分析其遗传多样性，这对于果树种质资源的评价和保存具有重要意义，同时还可利用分子标记技术辅助育种，加快育种效率㊂目前，分子标记技术已被广泛应用于植物遗传研究和育种实践中，如桃㊁苹果㊁梨㊁核桃㊁茶树等［４－５］㊂Ｆｒｅｅｍａｎ等利用ＳＳＲ技术对不同地域茶树品种的亲缘关系及居群的分化程度进行了分析［６］㊂张鹏等对４２份云南玉米自交系进行了遗传多样性分析，为云南地区玉米育种提供了参考依据［７］㊂在核桃方面的应用主要集中在核桃种群遗传结构分析㊁遗传标记开发等方面［８－９］㊂目前核桃中已有数百对特异性ＳＳＲ引物，它们已被证明在核桃的多种遗传分析中具有实用价值［１０］㊂但是大部分是针对核桃的优良品种之间的遗传多样性及亲缘关系的研究，而对于核桃农家品种资源的相关研究尚未见报道㊂本研究旨在收集分布在全国各地的核桃农家品种资源，利用ＳＳＲ标记对所收集到的核桃农家品种及部分栽培种进行分子标记遗传多样性分析，以期为核桃农家品种资源的保存和利用以及核桃种质资源的创新奠定一定的工作基础㊂１㊀材料与方法１．１㊀试验材料试验材料为收集来的７８份核桃资源的幼嫩叶片，采后用锡箔纸包裹，在液氮中速冻，然后带回置于－８０ħ超低温冰箱保存，所有材料均采自中国农业科学院郑州果树研究所品种资源圃（表１）㊂１．２㊀试验方法１．２．１㊀ＤＮＡ提取㊀采用ＣＴＡＢ法提取７８份核桃叶片的基因组ＤＮＡ㊂利用１％的琼脂糖凝胶以及Ｂｉｏ－Ｐｈｏｔｏｍｅｔｅｒ核酸检测仪（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）检测ＤＮＡ的质量㊁浓度与纯度，并将ＤＮＡ样品的浓度稀释至５０ｎｇ／μＬ，置于－２０ħ冰箱保存备用㊂１．２．２㊀ＳＳＲ分析㊀以７８份核桃的基因组ＤＮＡ为模板，根据已发表的ＮＣＢＩ公共数据库中核桃的ＳＳＲ引物，在各材料中进行扩增，所有引物均由尚亚生物技术有限公司合成㊂所用反应体系为２０μＬ的ＰＣＲ反应体系，其中１０ˑＰＣＲｂｕｆｆｅｒ２μＬ，２．５ｍｍｏｌ／Ｌ的ＭｇＣｌ２１．６μＬ，２．５ｍｍｏｌ／Ｌ的４ˑｄＮＴＰ１．２μＬ，４μｍｏｌ／Ｌ的上㊁下游引物各０．８μＬ，５Ｕ／μＬ的ＴａｑＤＮＡ聚合酶０．１μＬ，３０ｎｇ／μＬ的ＤＮＡ２μＬ，用ｄｄＨ２Ｏ补至体积为２０μＬ㊂ＰＣＲ反应程序为：９４ħ４ｍｉｎ；９４ħ４０ｓ，４５ ６０ħ４０ｓ，７２ħ１ｍｉｎ，３５个循环；７２ħ１０ｍｉｎ；４ħ保存㊂ＰＣＲ扩增产物用６％非变性聚丙烯酰胺凝胶在ＤＹＹ－Ⅱ型垂直板电泳仪及ＤＹＣ－３０型电泳槽中检测㊂吸取ＰＣＲ产物２μＬ进行加样，上样完毕后在２０ｍＡ电流条件下电泳４０ｍｉｎ㊂电泳结束后进行银染㊂１．２．３㊀谱带的记录及数据统计与分析㊀根据各分子标记在相同电泳迁移率（相同分子量片段）的有无对银染后的凝胶图像进行条带统计，在相同位置上，有ＤＮＡ扩增条带记为 １ ，无带记为 ０ ㊂利用ＰｏｗｅｒＭａｒｋｅｒＶ３．２５软件计算等位基因数（ＮＡ）㊁多态信息含量（ＰＩＣ）及遗传距离（ＧＤ）等信息㊂利用ＮＴｓｙｓ２．１软件采用ＳＡＨＮ功能进行ＵＰ⁃ＧＭＡ（类平均法）聚类分析㊂利用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ２．２软件进行７８份核桃资源群体结构分析，其中 ＬｅｎｇｔｈｏｆＢｕｒｎｉｎＰｅｒｉｏｄ 参数设为１００００， ＮｕｍｂｅｒｏｆＭＣＭＣＲｅｐｓａｆｔｅｒＢｕｒｎｉｎ 设为５００００，Ｋ设置为１ １０，每个Ｋ值重复２０次㊂最佳Ｋ值根据Ｌ（Ｋ）和ΔＫ随Ｋ值的变化确定［１１］，其中Ｌ（Ｋ）及ΔＫ的计算参照曾可为等［１２］的方法进行㊂２㊀结果与分析２．１㊀７８份核桃农家品种资源ＳＳＲ标记多态性分析在７８份核桃农家品种资源中，一共从２５对ＳＳＲ引物中筛选出８对具有一定多态性的ＳＳＲ引物，如表２所示㊂㊀㊀对这８对引物进行分析发现，等位基因（ＮＡ）数量变幅为１ １６，共扩增出了５５个多态性位点，２１江㊀西㊀农㊀业㊀学㊀报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀３２卷平均每对引物扩增出的等位基因数为６．８７５㊂其中引物Ｍ０２的扩增产物最多，扩增出１６条带；最少的为引物Ｗ０８，仅有１条带㊂此外，主等位基因频率（ＭＡＦ）㊁基因多样性（ＧｅｎｅＤｉｖｅｒｓｉｔｙ）㊁多态信息含量（ＰＩＣ）之间也存在一定的差异㊂每个ＳＳＲ位点的ＰＩＣ在０．０７５ ０．２２８，平均为０．１５１㊂ＭＡＦ范围为０．８２３ ０．９５９，平均为０．８９３㊂基因多样性范围为０．０７８ ０．２７１，平均为０．１７３（表３）㊂表１㊀７８份核桃资源汇总品种编号品种名称地理来源品种编号品种名称地理来源Ｈ１陇南Ｌ甘肃Ｈ４０西２－２河南郑州Ｈ２中短０２河南郑州Ｈ４１瓜草地４号北京Ｈ３中短０５河南郑州Ｈ４２郑０河南郑州Ｈ４中短１２河南郑州Ｈ４３万德１号山东济南Ｈ５宋南２东５河南巩义Ｈ４４龙王庙核桃河南洛阳Ｈ６巴格湾１号新疆Ｈ４５安家滩１号北京Ｈ７中短２１河南郑州Ｈ４６秦优２号陕西Ｈ８中短２２河南郑州Ｈ４７客龙早四川成都Ｈ９中短２５河南郑州Ｈ４８南地１２－２河南郑州Ｈ１０中短２６河南郑州Ｈ４９北辛庄核桃１号河北保定Ｈ１１中短２７河南郑州Ｈ５０闫村４号河南洛阳Ｈ１２中短２９河南郑州Ｈ５１北辛庄核桃２号河北保定Ｈ１３中短３０河南郑州Ｈ５２巴格湾７号新疆Ｈ１４中短３１河南郑州Ｈ５３慈母川４号北京延庆Ｈ１５中短３４河南郑州Ｈ５４银河村核桃２号河北保定Ｈ１６中短３５河南郑州Ｈ５５巴格湾６号新疆Ｈ１７宋南３东４河南巩义Ｈ５６ＣＡＯＳＹＬＹＱ００５河北保定Ｈ１８高岭４号北京Ｈ５７巴格湾２号新疆Ｈ１９宋西１北１河南巩义Ｈ５８西１－１河南郑州Ｈ２０郑大果河南郑州Ｈ５９康选３号甘肃陇南Ｈ２１济西１１号河南济源Ｈ６０永州付东沟核桃河南安阳Ｈ２２响水湖怀柔５号北京Ｈ６１中短１８号河南郑州Ｈ２３鸡爪绵核桃２号山东济南Ｈ６２陇南Ｋ甘肃Ｈ２４安家滩５号北京Ｈ６３康选３６号甘肃陇南Ｈ２５安家滩４号北京Ｈ６４陇南Ｘ甘肃Ｈ２６抗晚霜核桃河北阜平Ｈ６５台村１号北京Ｈ２７王河核桃２号河南登封Ｈ６６藏０１２嘎玛村核桃西藏Ｈ２８汾阳绵核桃１０号山西吕梁Ｈ６７郭庄核桃１号河南登封Ｈ２９西扶１号陕西Ｈ６８贵堂核桃湖南Ｈ３０宋房西－２河南巩义Ｈ６９西藏核桃西藏Ｈ３１朗县酥油核桃西藏Ｈ７０十三陵１号北京Ｈ３２周口店３号北京Ｈ７１中核３号河南郑州Ｈ３３周口店１号北京Ｈ７２ＧＬ４北京Ｈ３４北辛庄核桃３号河北保定Ｈ７３ＳＮ３Ｄ４河南巩义Ｈ３５中短１６号河南郑州Ｈ７４宋南２东９河南巩义Ｈ３６黑水县核桃四川Ｈ７５宋南１东９河南巩义Ｈ３７寿长核桃１号河北保定Ｈ７６宋南５东６河南巩义Ｈ３８高岭３号北京Ｈ７７棚内８号河南郑州Ｈ３９银河村核桃１号河北保定Ｈ７８济西１５号河南济源㊀注：划线部分为栽培种，其余为农家品种㊂表２㊀ＳＳＲ标记引物信息引物名称引物序列（５ᶄ－３ᶄ）Ｗ０１Ｆ：ＣＡＴＣＡＡＡＧＣＡＡＧＣＡＡＴＧＧＧＲ：ＣＣＡＴＴＧＧＴＣＴＧＴＧＡＴＴＧＧＧＷ０２Ｆ：ＡＴＴＧＧＡＡＧＧＧＡＡＧＧＧＡＡＡＴＧＲ：ＣＧＣＧＣＡＣＡＴＡＣＧＴＡＡＡＴＣＡＣＷ０３Ｆ：ＴＴＡＧＡＴＴＧＣＡＡＡＣＣＣＡＣＣＣＧＲ：ＡＧＡＴＧＣＡＣＡＧＡＣＣＡＡＣＣＣＴＣＷ０４Ｆ：ＣＴＣＧＧＴＡＡＧＣＣＡＣＡＣＣＡＡＴＴＲ：ＡＣＧＧＧＣＡＧＴＧＴＡＴＧＣＡＴＧＴＡＷ０５Ｆ：ＡＧＣＴＴＣＣＣＣＣＡＴＴＣＴＣＣＴＡＡＲ：ＧＧＡＣＣＴＣＣＡＣＡＡＣＣＡＡＡＡＧＡＷ０６Ｆ：ＣＡＴＧＣＡＴＧＣＡＧＧＣＴＴＴＡＡＡＡＴＲ：ＣＧＣＡＴＣＣＧＧＡＧＴＡＧＴＴＣＴＴＴＷ０７Ｆ：ＣＧＡＣＧＡＴＴＣＧＧＴＧＡＡＧＡＡＡＴＲ：ＧＡＡＡＡＣＣＣＡＧＴＴＴＣＴＧＴＣＧＧＷ０８Ｆ：ＴＧＧＣＴＡＴＴＧＣＡＡＡＡＴＣＡＧＧＴＣＲ：ＣＡＡＡＡＧＣＡＴＧＴＡＧＧＴＣＧＧＧＴ㊀注：Ｆ表示上游引物，Ｒ表示下游引物㊂３１㊀６期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀敬丹等：基于ＳＳＲ分子标记的７８份核桃种质资源遗传多样性分析表３㊀８对ＳＳＲ引物扩增结果及多态性信息标记样本大小等位基因数主等位基因频率基因多样性多态信息含量Ｗ０１７８９０．８２３０．２７１０．２２８Ｗ０２７８１６０．８３００．２４６０．２０７Ｗ０３７８８０．８９６０．１７３０．１５０Ｗ０４７８５０．８４９０．２５２０．２１８Ｗ０５７８３０．８９３０．１６８０．１４２Ｗ０６７８８０．９４６０．１０００．０９３Ｗ０７７８５０．９５９０．０７８０．０７５Ｗ０８７８１０．９４９０．０９７０．０９３平均７８６．８７５０．８９３０．１７３０．１５１２．２㊀７８份核桃品种间遗传多样性分析基于这８对引物，采用ＵＰＧＭＡ方法对７８份资源进行聚类分析㊂７８份核桃品种资源之间的遗传关系较为接近，遗传相似系数在０．６０５和１．０００之间发生变化，其中陇南Ｌ（Ｈ１）和高岭４号（Ｈ１８）㊁宋南３东４（Ｈ１７）和中短０５（Ｈ３）㊁济西１１号（Ｈ２１）和寿长核桃１号（Ｈ３７）㊁响水湖怀柔５号（Ｈ２２）和汾阳绵核桃１０号（Ｈ２８），安家滩４号（Ｈ２５）㊁抗晚霜核桃（Ｈ２６）和王河核桃２号（Ｈ２７）㊁宋南２东５（Ｈ５）和中短２２（Ｈ８）之间的遗传相似系数较大，遗传距离较小，说明这些品种间的差异较小，遗传关系较为接近㊂由图１可知，当Ｎｅｉｓ遗传距离为０．７０４时，可将７８份核桃资源分为５部分，分别为Ⅰ㊁Ⅱ㊁Ⅲ㊁Ⅳ和Ⅴ㊂其中Ⅰ和Ⅱ品种较多，Ⅰ包括６５个品种，占供试材料的８３．３３％㊂Ⅱ包括９个品种，占供试材料的１１．５４％㊂Ⅲ和Ⅳ分别仅包含ＧＬ４（Ｈ７２）㊁西藏核桃（Ｈ６９）一个品种，分别来自北京和西藏㊂Ⅴ包含两个品种，即宋南５东６（Ｈ７６）和宋南２东９（Ｈ７４），两者均来源于河南巩义㊂此外，该群体内的平均遗传距离为０．２３，遗传距离０．２ ０．３所占比例最大，为２６．８６％；遗传距离０．５以内的占９６．３８％（图２）㊂图１㊀７８份核桃资源的ＵＰＧＭＡ聚类结果２．３㊀群体结构分析利用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ２．２软件对７８份核桃资源进行群体结构分析，结果发现随着Ｋ值的增加，对数极大似然值Ｌ（Ｋ）值呈现递增的趋势，无明显的转折点（图３Ａ）；但ΔＫ值随Ｋ值增加呈先增加后下降的趋势㊂根据最大Ｋ值确定最佳亚群数［１３］，当Ｋ＝２时，ΔＫ值出现最大峰值（图３Ｂ），由此说明该群体最适可划分为２个亚群（图４），分别为Ｑ１（红色）和Ｑ２（绿色）㊂其中Ｑ１包含２５份核桃资源，主要来自河南（１０份），其余来源于北京㊁甘肃㊁新疆及河北等地；Ｑ２包含５３份核桃资源㊂７８份资源未明显按照地理来源进行群体划分，该结果与ＵＰＧＭＡ聚类结果相似，说明群体的划分与地理来源不完全相关㊂此外有３１份种质既含有红色部４１江㊀西㊀农㊀业㊀学㊀报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀３２卷分，又包含绿色部分，这些资源可能是两个祖先亚群杂交而来㊂图２㊀７８份核桃资源的遗传距离分布３㊀结论与讨论不同物种适应新环境的基础是具备一定的遗传多样性，遗传多样性水平越高，该物种或种群对新环境的适应能力就越强［１４－１５］㊂目前遗传多样性的研究已从传统的形态学标记研究向分子标记研究转变，利用分子标记技术对多种核桃资源进行品种间的鉴定与分类不断取得进展㊂中国是核桃起源地之一，栽培历史悠久，种质资源丰富，核桃因其较好的食用价值㊁经济价值被推荐为世界各地人类健康饮食的重要资源，受到了广泛的欢迎，但中国核桃产业良种化程度不高，品种㊁类型混杂，难以区分㊂利用分子标记技术对一定群体内的核桃种质资源进行遗传特性分析，对于种质资源的区分㊁评价和保存及优良种质的选育具有重要的意义［１６］㊂ＷａｎｇＨ等［１０］利用ＳＳＲ标记揭示了西藏地区核桃及泡核桃的遗传多样性和杂种优势，发现西藏核桃群体具有平均水平的遗传多样性和大量的稀有等位基因㊂周于波等利用ＳＳＲ技术，对四川２９份核桃良种资源进行了遗传多样性分析和聚类分析，增强了品种间的区分能力［１］㊂与前人研究相比，本研究所选７８份试材大部分为农家品种资源，一般来说，地方性品种对自生境适应性较强，对分散于全国各地的核桃农家品种资源进行遗传多样性分析，了解农家品种现有资源的多样性及其结构，可为遗传资源的保护和优良种质的筛选提供重要信息㊂Ａ为７８份核桃资源的Ｌ（Ｋ）与Ｋ值关系图；Ｂ为ΔＫ与Ｋ值关系图㊂图３㊀７８份核桃资源的Ｌ（Ｋ）㊁ΔＫ与Ｋ值关系图图４㊀当Ｋ＝２时７８份核桃资源的群体结构㊀㊀本研究利用２５对ＳＳＲ引物对７８份核桃资源进行遗传多样性研究，最终筛选出８对引物，可加强对７８份资源的鉴别㊂从７８份供试材料共扩增出５５个多态性条带，平均每对引物扩增出６．８７５个多态性位点㊂杨本芸等［１７］利用１０对引物对２１份核桃品种进行扩增，每对引物平均扩增出６．７个多态性位点，多态性位点的相同与否可能与引物本身的多态性有关㊂７８个不同品种间的遗传相似系数变化范围在０．６０５ １．０００之间，而遗传相似系数可作为判断品种间亲缘关系远近的标准［１］，本研究品种间遗传相似系数较大，遗传距离较小，平均遗传距离为０．２３，由此说明该研究所采用的７８份资源之间亲缘关系较为接近，遗传背景较为相似㊂这与陈良华等［１８］对四川核桃遗传多样性的研究中野生核桃群体亲缘关系相近的结果相似㊂基于遗传相似系数，对７８份材料进行ＵＰＧＭＡ聚类分析，在遗传系数为０．７０４时，将群体分为５部分，分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显，存在相互渗透的现象，也说明遗传聚类组的划分与地理来源不完全相关㊂姚明哲等［１９］对江北地区茶树资源进行研究发现也存５１㊀６期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀敬丹等：基于ＳＳＲ分子标记的７８份核桃种质资源遗传多样性分析在该现象，四川的茶树品种被聚类到重庆茶树群体中㊂此外利用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ２．２软件对核桃群体进行遗传结构分析，发现最佳亚群体数为２，群体结构并不复杂，但存在相互渗透现象，可能存在种质的遗传变异或者基因交流［２０］㊂种质资源的研究是育种工作的一个重要基础，正确评价核桃种质资源的遗传多样性对其种质资源的创新具有重要意义㊂利用分子标记技术，同时结合形态学标记等方法对不同核桃品种的遗传多样性进行系统的研究与评价，可为培育核桃优良新品种㊁提高核桃现有种质资源的品质及抗性提供重要的科学理论依据㊂本研究７８份核桃资源间的遗传关系相似，大部分品种间亲缘关系较为接近，因此应加强品种资源的有效利用，加强材料共享与交流，利用分子标记技术辅助育种，提高育种效率㊂参考文献：［１］周于波，朱鹏，龚伟，等．四川核桃良种ＳＳＲ指纹图谱构建及遗传多样性分析［Ｊ］．西北植物学报，２０１８，３８（７）：１２５４－１２６１．［２］汪文科，鲁维民，杨会光．核桃的经济价值及用途［Ｊ］．中国果菜，２０１７，３７（２）：１１－１４．［３］张力思，陈新，徐丽，等．核桃种质资源工作现状与展望［Ｊ］．落叶果树，２０１７，４９（６）：１７－２１．［４］周于波，朱鹏，龚伟，等．基于ＳＳＲ标记的川西南泡核桃良种ＤＮＡ指纹图谱构建及聚类分析［Ｊ］．分子植物育种，２０１８，１６（１７）：５６８３－５６８９．［５］ＡｒａｎｚａｎａＭＪ，ＡｒｕｓＰ，ＣａｒｂｏＪ，ｅｔａｌ．ＡＦＬＰａｎｄＳＳＲｍａｒｋｅｒｓｆｏｒｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎａｌｙｓｉｓａｎｄｃｕｌｔｉｖａｒｉｄｅｎｔｉｆｉ⁃ｃａｔｉｏｎｉｎｐｅａｃｈ（Ｐｒｕｎｕｓｐｅｒｓｉｃａ（Ｌ．）Ｂａｔｓｃｈ）［Ｊ］．ＡｃｔａＨｏｒｔｉｃｕｌｔｕｒａｅ，２００１，５４６：３６７－３７０．［６］ＦｒｅｅｍａｎＳ，ＷｅｓｔＪ，ＪａｍｅｓＣ，ｅｔａｌ．Ｉｓｏｌａｔｉｏｎａｎｄｃｈａｒａｃ⁃ｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆｈｉｇｈｌｙｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅｓｉｎｔｅａ（Ｃａ⁃ｍｅｌｌｉａｓｉｎｅｎｓｉｓ）［Ｊ］．ＭｏｌｅｃｕｌａｒＥｃｏｌｏｇｙＲｅｓｏｕｒｃｅｓ，２０１０，４（３）：３２４－３２６．［７］张鹏，管俊娇，黄清梅，等．４２份云南玉米自交系基于ＳＳＲ荧光标记的遗传多样性分析［Ｊ］．江西农业学报，２０１９，３１（１０）：２９－３３．［８］ＨａｎＨ，ＷｏｅｓｔｅＫ，ＨｕＹＨ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｃｏｍｍｏｎｗａｌｎｕｔ（Ｊｕｇｌａｎｓｒｅｇｉａ）ｉｎＣｈｉｎａｂａｓｅｄｏｎＥＳＴ－ＳＳＲｓａｎｄｔｈｅｎｕｃｌｅａｒｇｅｎｅｐｈｅｎｙ⁃ｌａｌａｎｉｎｉｅａｍｍｏｎｉａ－ｌｙａｓｅ（ＰＡＬ）［Ｊ］．ＴｒｅｅＧｅｎｅｔｉｃｓ＆Ｇｅｎｏｍｅｓ，２０１６，１２（６）：１１１－１２２．［９］ＶｉｓｃｈｉＭ，ＣｈｉａｂａＣ，ＲａｒａｎｃｉｕｓＳ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆｗａｌｎｕｔ（ＪｕｇｌａｎｓｒｅｇｉａＬ）ｉｎｔｈｅｅａｓｔｅｒｎＩｔａｌｉａｎａｌｐｓ［Ｊ］．Ｆｏｒｅｓｔｓ，２０１７，８（３）：８１－９４．［１０］ＷａｎｇＨ，ＰａｎＧ，ＭａＱ，ｅｔａｌ．ＴｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄｉｎｔｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎｏｆＪｕｇｌａｎｓｒｅｇｉａａｎｄＪｕｇｌａｎｓｓｉｇｉｌｌａｔａｉｎＴｉｂｅｔａｓｒｅｖｅａｌｅｄｂｙＳＳＲｍａｒｋｅｒｓ［Ｊ］．ＴｒｅｅＧｅｎｅｔｉｃｓ＆Ｇｅｎｏｍｅｓ，２０１５，１１（１）：８０４．［１１］ＥｖａｎｎｏＧ，ＲｅｇｎａｕｔＳ，ＧｏｕｄｅｔＪ．ＤｅｔｅｃｔｉｎｇｔｈｅｎｕｍｂｅｒｏｆｃｌｕｓｔｅｒｓｏｆｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓｕｓｉｎｇｔｈｅｓｏｆｔｗａｒｅＳＴＲＵＣＴＵＲＥ：Ａｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓｔｕｄｙ［Ｊ］．ＭｏｌｅｃｕｌａｒＥｃｏｌｏｇｙ，２００５，１４（８）：２６１１－２６２０．［１２］曾可为，宋文，王青云，等．基于微卫星标记的鳜种质遗传多样性与群体遗传结构分析［Ｊ］．华中农业大学学报，２０１９，３８（６）：１０４－１１５．［１３］ＨｕｂｉｓｚＭＪ，ＦａｌｕｓｈＤ，ＳｔｅｐｈｅｎｓＭ，ｅｔａｌ．Ｉｎｆｅｒｒｉｎｇｗｅａｋｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｗｉｔｈｔｈｅａｓｓｉｓｔａｎｃｅｏｆｓａｍｐｌｅｇｒｏｕｐｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ［Ｊ］．ＭｏｌｅｃｕｌａｒＥｃｏｌｏｇｙＲｅｓｏｕｒｃｅｓ，２００９，９（５）：１３２２－１３３２．［１４］Ｏ ＣｏｎｎｅｌＭ，ＷｒｉｇｈｔＪＭ．ＭｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅＤＮＡｉｎｆｉｓｈｅｓ［Ｊ］．ＲｅｖｉｅｗｓｉｎＦｉｓｈＢｉｏｌｏｇｙ＆Ｆｉｓｈｅｒｉｅｓ，１９９７，７（３）：３３１－３６３．［１５］安宗燕，唐红，李婉茹．基于ＥＳＴ－ＳＳＲ的紫斑牡丹品种遗传多样性分析［Ｊ］．分子植物育种，２０１８，１６（２０）：６７４４－６７５２．［１６］ＬｕｏＸ，ＣａｏＳＹ，ＨａｏＺＸ，ｅｔａｌ．Ａｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｅｔｉｃｓｔｒｕｃ⁃ｔｕｒｅｉｎａｌａｒｇｅｓａｍｐｌｅｏｆｐｏｍｅｇｒａｎａｔｅ（ＰｕｎｉｃａｇｒａｎａｔｕｍＬ．）ｕｓｉｎｇｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔＳＳＲｍａｒｋｅｒｓ［Ｊ］．ＪｏｕｒｎａｌｏｆＨｏｒｔｉ⁃ｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１８，９３（６）：６５９－６６５．［１７］杨本芸，杨敏生，梁海永，等．不同核桃品种的ＳＳＲ分析［Ｊ］．河北农业大学学报，２００８（４）：５１－５５．［１８］陈良华，胡庭兴，张帆，等．用ＡＦＬＰ技术分析四川核桃资源的遗传多样性［Ｊ］．植物生态学报，２００８（６）：１３６２－１３７２．［１９］姚明哲，刘振，陈亮，等．利用ＥＳＴ－ＳＳＲ分析江北茶区茶树资源的遗传多样性和遗传结构［Ｊ］．茶叶科学，２００９，２９（３）：２４３－２５０．［２０］罗亦纾，张霞，毛君林，等．３５份重庆大茶树种质资源遗传多样性的ＳＳＲ分析［Ｊ］．分子植物育种，２０１９，１７（１９）：６５４９－６５５７．（责任编辑：许晶晶）６１江㊀西㊀农㊀业㊀学㊀报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀３２卷。

栲树微卫星分子标记的开发付丹丹;王静;刘义飞;黄宏文【期刊名称】《热带亚热带植物学报》【年(卷),期】2010(18)5【摘要】采用基因组DNA富集法FIASCO对我国典型常绿阔叶林建群种栲树(Castanopsis fargesii Franch.)进行了微卫星分子标记的开发.从栲树基因组中分离和筛选了15个微卫星位点,并对江西九连山栲树自然分布居群的遗传多样性进行了分析.结果表明,栲树具有较高水平的遗传多样性,每个位点在28株栲树个体上的平均等位基因数(A)为6.7(4～8个),平均观察杂合度(HO)为0.690(0.250～1.000),平均预期杂合度(HE)为0.698(0.293～0.867).每个位点的第一排除概率值Pr(Ex1)为0.043～0.527,位点综合值为0.9972.单个位点的第二排除概率Pr(Ex2)为0.159～0.694,位点综合值为0.9999.这些微卫星标记可为研究栲树的遗传多样性及居群遗传结构提供有效的遗传工具.【总页数】6页(P541-546)【作者】付丹丹;王静;刘义飞;黄宏文【作者单位】中国科学院武汉植物园,武汉,430074中国科学院研究生院,北京,100049;中国科学院华南植物园植物资源保护与可持续利用重点实验室,广州,510650;中国科学院华南植物园植物资源保护与可持续利用重点实验室,广州,510650;中国科学院武汉植物园,武汉,430074;中国科学院华南植物园植物资源保护与可持续利用重点实验室,广州,510650【正文语种】中文【中图分类】Q75【相关文献】1.中国板栗EST-SSR分子标记在栲树中的通用性分析 [J], 李春;孙晔2.中缅树鼩微卫星分子标记的筛选 [J], 李婧潇;王新兴;王文广;孙晓梅;代解杰3.凡纳滨对虾微卫星分子标记的开发及不同养殖家系遗传多态性分析 [J], 李强勇; 陈晓汉; 李旻; 曾地刚; 朱威霖; 彭敏; 杨春玲; 刘青云; 赵永贞; 陈秀荔4.凡纳滨对虾微卫星分子标记的开发及不同养殖家系遗传多态性分析 [J], 李强勇; 李旻; 曾地刚; 朱威霖; 彭敏; 杨春玲; 刘青云; 赵永贞; 陈秀荔; 陈晓汉5.猪蛔虫全基因组微卫星分子标记开发与特征分析 [J], 何晶晶;黄建华;牛红艳;周春花;吴小平因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

利用EST-SSR分析江北茶区茶树资源的遗传多样性和遗传结构姚明哲;刘振;陈亮;王新超;马春雷;梁月荣【期刊名称】《茶叶科学》【年(卷),期】2009(29)3【摘要】利用25对EST-SSR引物对江北茶区的45份茶树初级核心种质的遗传多样性、遗传结构和亲缘关系进行了分析.25对引物共检测到83个等位位点,平均每对引物可检测到等位位点3.3个,可鉴定的基因型为6个.引物的PIC值平均为0.61,扩增位点的观测杂合度高于期望杂合度.45份供试种质中可观测的等位位点平均为4.2个,有效等位位点为2.8个.等位位点观测杂合度平均为0.73,基因多样性指数为0.61,Shannon信息指数为1.11.江北茶区主要省份间茶树种质的遗传分化程度较低(Gst=0.2),而基因流(Nm=3.9)较高.AMOVA分析显示,95.97%的变异发生于居群内.45份供试种质间的遗传相似系数在0.32～0.89之间,聚类分析表明供试资源在亲缘关系上未表现出明显的地区分化.湖北、安徽和陕西三个主要省份茶树种质间的遗传距离平均为0.048,其中陕西资源在亲缘关系上略远于湖北和安徽.【总页数】8页(P243-250)【作者】姚明哲;刘振;陈亮;王新超;马春雷;梁月荣【作者单位】浙江大学农业与生物技术学院,浙江,杭州310029;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,浙江,杭州310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,浙江,杭州310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,浙江,杭州310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,浙江,杭州310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,浙江,杭州310008;浙江大学农业与生物技术学院,浙江,杭州310029【正文语种】中文【中图分类】S571.1;Q311【相关文献】1.基于EST-SSR的陕西茶树资源遗传多样性分析 [J], 陈熙;李佼;张羽;张颜青;徐凯明2.利用ISSR和EST-SSR标记分析茶树遗传多样性的比较 [J], 刘本英;孙雪梅;李友勇;唐一春;贺巍;汪云刚;王平盛3.广西茶树地方品种遗传多样性和遗传结构的EST-SSR分析 [J], 周炎花;乔小燕;马春雷;乔婷婷;金基强;姚明哲;陈亮4.基于EST-SSR的西南茶区茶树资源遗传多样性和亲缘关系分析 [J], 刘振;王新超;赵丽萍;姚明哲;王平盛;许玫;唐一春;陈亮5.EST-SSR分析云南茶树资源的遗传多样性和亲缘关系 [J], 刘本英;李友勇;孙雪梅;王丽鸳;贺巍;成浩;汪云刚;王平盛因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。