水热法制备磁性微球及其在植物基因组DNA提取分离中的应用杜鲜;孙培培;张虹;张富昌;石峰【摘要】[目的]建立一种适用于多种植物组织快速提取基因组DNA的方法。
[方法]以水热反应制备出Fe3 O4磁性纳米微球,并对其粒径、形貌、磁学性质等进行表征分析,并以此作为核酸提取载体,对多种新疆特色经济作物和植物的叶片、根、茎、籽粒等组织进行DNA的提取分离,并优化分离纯化过程的各环节。
[结果]通过OD260紫外吸收值的检测、琼脂糖凝胶电泳,结果显示,用该方法纯化得到的植物基因组DNA纯度高、完整性好,能够满足下游分子生物学操作对基因组DNA质量的要求。
[结论]建立了一种简便、快速、普适的从多种植物组织中获得高产量和高纯度的基因组DNA,为全自动化、规模化提取DNA提供了理论和实践基础。
%[ Objective] The aim was to establish a method for rapidly extracting genomic DNA from several kinds of plant tissues. [ Method] Fe3 O4 magnetic nano-microsphere was prepared by solvothermal synthesis, the surface features of particle size, morphology, magnetic proper-ties were analyzed. With Fe3 O4 magnetic nano-microsphere as nucleic acid extraction vector, DNA of leaves, roots, stems, grains and other tissues of several kinds of Xinjiang special economic crops and plants were extracted and seperated;links of purification and seperation process were optimized. [ Result] Through detection of OD260 UV absorption value, agarose gel electrophoresis, the results showed that the obtained genomic DNA with high purity and integrity can meet the requirements of the downstream molecular biology operation. [ Conclusion] A simple and rapid method forobtaining high yield and high quality genomic DNA from several kinds of plant tissues is established, which will provide theoretical and practical basis for automation and large-scale extraction of DNA.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2016(044)013【总页数】5页(P149-152,170)【关键词】磁性纳米微球;水热法;基因组DNA;纯化;植物组织【作者】杜鲜;孙培培;张虹;张富昌;石峰【作者单位】石河子大学生命科学学院，新疆石河子832000;石河子大学生命科学学院，新疆石河子832000;石河子大学生命科学学院，新疆石河子832000;石河子大学生命科学学院，新疆石河子832000;石河子大学生命科学学院，新疆石河子832000【正文语种】中文【中图分类】R318.08随着植物分子生物学的快速发展，用简便、快速、普适的方法从多种植物组织中获得高产量和高品质的基因组DNA，是核酸提取需要解决的关键问题[1]。
DNA/RNA浓度测定（Nanodrop仪器检测）实验材料：实验器材：Nanodrop 2000仪器，微量移液器，10微升枪头，擦镜纸实验试剂：ddH2O实验步骤：1.在样本测量臂处于关闭状态，运行NanoDrop软件2.接着会出现几个连续提示框，选择“是”3.左边的界面只需勾选Add to report，其它选项一般情况下不用管。
右边Sample ID里给样品命名，Type里选择样品类型DNA或者RNA4.清洁光纤表面：做Blank前加2µL蒸馏水到下光纤表面，放下检测臂，然后抬起来用滤纸将上下检测臂的水吸干，反复清洗至少3次，如此可保证Blank准确；5.做空白对照：抬起检测臂，用移液枪吸取适量Blank液体（也就是样品对应的溶解液）加到下光纤表面,放下检测臂，点击Blank做空白对照；6.复检：用滤纸擦净上下检测臂，用移液枪再次吸取适量的Blank液，放下检测臂，点击Measure，测量结果若在±0.1范围内可以进行样品的检测，若超出该范围，表明清洗不充分，需要进一步清洗；7.加样测量：抬起检测臂，将上下光纤表面的液体用滤纸吸干，吸取适量样品（核酸1.5-2µL，蛋白2-2.5µL，请先将样品混匀）加到下光纤表面，放下检测臂，两个光纤之间会形成液柱，点击Measure测量，软件右边就会出现测量结果；8.结果判读：260/280－260nm和280nm处的吸光值的比值，这个值用来判定DNA和RNA 的纯度。
纯DNA的比值在1.8左右，纯RNA的比值在2.0左右。
如果这个比值偏小，表明有蛋白，苯酚或者其他污染物存在，这些物质在280nm处有明显的光吸收。
260/230－260nm和230nm处的吸光值的比值，这是一个次要的核酸浓度指示值。
纯核酸的这个比值比260/280比值大，一般在1.8-2.2之间，如果比值偏低，表示核酸中有污染物。
注意事项：1.测量前要用蒸馏水清洗上下光纤端面至少3次，然后再做Blank；2.复检测量在允许±0.1范围内可保证样品测量的准确性；3.全部检测结束后清洗3次，保持原位，清理台面；4.放上光钎时，轻拿轻放，保护仪器的安全，仪器操作不清楚，请联系仪器负责人代检测。
Real-time qPCR 检测操作手册1/ 6一、实验概述Real-time Quantitative PCR Detecting System ，即实时荧光定量核酸扩增检测系统，也叫实时定量基因扩增荧光检测系统，简称qPCR 。
是一种在PCR 反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个PCR 进程，最后通过特定数学原理对未知模板进行定量分析的方法，实现了PCR 从定性到定量的飞跃。
二、实验流程三、实验材料： 1.主要试剂试剂名称 试剂来源 Cat.No. Trizol 上海普飞 3101-100 M-MLV promega M1705 dNTPs promega U1240 oligo dT 上海生工 B0205 Bulge-LoopTM miRNA广州锐博 详见实验报告 qPCR Primer Set Rnase Inhibitor promega N2115 Primer(R&F) 上海生工 详见实验报告 SYBR Master MixtureTAKARADRR041B2/ 6样本收集Trizol 法抽取RNARNA 反转录获取cDNAReal-time qPCR2.主要器材器材名称来源Cat.NoNanodrop 分光光度计Thermo 2000/2000C稳压电泳仪上海天能EPS-600超细匀浆机FLUKO公司F6/10Real time PCR 仪器Agilent公司MX3000p反转录耗材Axygen四、实验步骤：1.总RNA 抽提（1）收取样品，Trizol 裂解。
细胞样品：收集细胞（6 孔板 80%细胞密度），2000 rpm 离心5min，去上清，细胞沉淀中加入1mL Trizol，充分混匀后室温静置 5 min，然后转移至新的 1.5 mL EP 管中；组织样品：将待研磨的组织样品从液氮或者-80℃冰箱中取出，无菌刀片于干冰上将组织样品切割成约 3 mm×3 mm×3 mm 大小，置于装有 1 mL Trizol 裂解液的 1.5mL EP 管中。
中国水产科学 2012年11月, 19(5): 1068−1073 Journal of Fishery Sciences of China研究论文收稿日期: 2012−01−23; 修订日期: 2012−04−25.基金项目: 广东省重大科技计划项目(2009B030600002); 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2010ZD01,2011YD03); 广东省科技计划项目(2011B031100001); 广东省自然科学基金资助项目(9451030002002475).作者简介: 孔啸兰(1986−), 女, 硕士研究生, 研究方向: 渔业生态保护. E-mail: weilankong.2005@ 通信作者: 李纯厚, 研究员. E-mail: scslch@DOI: 10.3724/SP.J.1118.2012.01068福尔马林固定鱼类标本DNA 提取方法的优化孔啸兰1,2, 陈作志1, 林琳1, 李纯厚1, 梁沛文11. 中国水产科学研究院 南海水产研究所, 农业部南海渔业资源开发利用重点实验室, 广东 广州 510300;2. 上海海洋大学 水产与生命学院, 上海 201306摘要: 气候变化和人类活动胁迫致使许多海洋鱼类种群结构发生了显著变化。
为了摸清鱼类种群结构对气候变化和人类胁迫活动的响应机理, 利用福尔马林固定标本研究较早年代海洋鱼类DNA 是一种有效的途径。
为了解决福尔马林固定鱼类样本DNA 提取质量差的难题, 以福尔马林固定近50年的金线鱼(Nemipterus virgatus )标本为例, 研究DNA 提取过程中多个因素对DNA 提取产量的影响。
以取样部位、除甲醛处理、消化时间、抽提方法为考察因素, 以DNA 提取浓度为评价指标, 通过SPSS 软件设计L 8(4×24)正交实验。
结果, 得到的最优处理组为: 肌肉组织样品经GTE 缓冲液浸泡与酒精梯度处理后, 90℃水浴30 min, 真空干燥处理, 加入裂解液与蛋白酶K, 55℃水浴消化3 h, 试剂盒法提取DNA 。
