使用mega6做进化树

蛋白质序列进化（protein sequence phylogenetic}，一种用于测定各种生物之间遗传关系的技术。

#百度百科#一般通过蛋白质的氨基酸序列进行比对后建树，方法过程如下：
首先由NCBI或其他查询基因途径获取要比对的目的蛋白氨基酸序列（网站上有很多此类说明）我的由于序列较多，就先把氨基酸序列复制到文本文件中
之后将序列文本文件扩展名改为.fas
之后打开MEGA软件进行序列比对，选择Align---Edit/Build/Alignment---Retrieve sequence from a file---选择文件---确定，输出结果默认以最右端蛋氨酸对齐，如图
在建树之前序列应该以保守序列比对模式进行，选择Alignment---Align by ClustalW，以输出以保守序列比对结果，如图
保存序列比对文件，默认格式为*.mas格式，并选择phylogeny---construct/Test UPGMA Tree进行建树，步骤如图
选择蛋白序列
之后就会输出树，如下
之后可以根据不同要求更改树形，选择下图按钮进行输出设置并输出环形树
之后可以保存到指定文件，同时也可以将树以pdf格式导出，选择image---Save as pdf file或者png file。

利用MEGA 来构建进化树（molecular evolutionary genetics analysis 分子进化遗传分析）打开mega5，选择Align----edit/built alignment----create a new alignment—OK选择DNA/protein出现新的对话框Open------选择已经保存好的用clustalx 经过比对保存的以.aln格式的文件打开之后，出现下面的页面双击文件名可以进行修改的。

我的就是从这里开始修改把A,B,C 都去掉，只留号码就好右键菜单点击delete 删除带※的那一行。

得到下面的图示，点击保存，重新起名字。

之后点击此图内的Alignment 选择Align by clustalW即可。

默认设置即可，点击OK就进行比对了，此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程之后回到初始页面，就是这个页面之后点File---点开，把刚才保留的文件点开然后出现下面的页面多了几个内容，点击TA的那个框框。

之后出现这样的框框图片然后在主程序中选择phylogeny---construct/test neighbor-joining tree,然后出现下面的页面黄色框框处的的参数是可以改变的，该图为我已经改变好的，把Bootstrap 的值改为1000 Methods根据文献上的参考改为了Kimura2-parameter model.之后点击compute,就出现了，而且还带有必需的支持率即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。

简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如果没出现就给0分，这样经过你给定的repetitions 次（至少1000次）重排构树打分后，每个分枝就都得出分值，计算机会给你换算成bootstrap值。

重排的序列有很多组合，值越小说明分枝的可信度越低，最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。

MEGA软件——系统发育树构建方法（图
文讲解）
一、序列文本的准备
构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行编辑基因序列），序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。

文件名名称可以已经您
的想法随意编辑。

二、序列导入到Mega 5软件
（1）打开Mega 5软件，界面如下
（2）导入需要构建系统发育树的目的序列
OK
选择分析序列类型（如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Prot
ein）
出现新的对话框，创建新的数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功。

（3）序列比对分析
点击工具栏中“W”工具，进行比对分析，比对结束后删除两端不能够完全对齐
碱基
（4）系统发育分析
关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称
三、系统发育树构建
根据不同分析目的，选择相应的分析算法，本例子以N—J算法为例
Bootstrap 选择1000，点击Compute，开始计算
计算完毕后，生成系统发育树。

文档
根据不同目的，导出分析结果，进行简单的修饰，保存。

息
➢ The program has been shown to be especially suitable for
学
aligning divergent sequences with only local similarity.
及
应
用
Block-Based Alignment
Match-Box：
PRRN：
➢ web-based program
基
http://prrn.ims.u-tokyo.ac.jp/
础 生
➢ Uses a double nested iterative strategy for multiple alignment.
物
➢ Based on the idea that an optimal solution can be found by
基
➢ 将序列两两比对时的二维动态规划矩阵扩展到多维矩阵。即用
础
矩阵的维数来反映比对的序列数目。这种方法的计算量很大，
生
对于计算机系统的资源要求比较高，一般只有在进行少数的较
物
短的序列的比对的时候才会用到这个方法
信
息
➢ DCA (Divide-and-Conquer Alignment）：a web-based
基
alignment Evaluation）：
础
➢ Progressive alignment method
生
/software/TCoffee.html
物 信
➢ In processing a query, T-Coffee performs both global and
基
➢ web-based server