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SSR标记荧光毛细管电泳在种子检测中常见问题分析李巧英（山西省种业发展中心，太原030006）摘要：SSR分子标记荧光毛细管电泳在农作物种子质量检测中常用于种子真实性检测、种子纯度鉴定和指纹数据库的构建。
试验过程中模板DNA浓度、特异峰型的统计分析以及仪器设备运行和维护、试验结果与指纹数据库的比对等关键环节都直接影响待测样品的结果判定。
就检测中遇到的问题进行分析，并提出相应的解决方法，以期为农作物种子质量检测荧光毛细管电泳技术平台提供参考。
关键词：SSR标记；荧光毛细管电泳；种子检测；问题；分析分子标记技术是近年来发展较快的基因检测技术，随着新标记方法的开发和试验技术的改进，在基因水平上检测农作物种子信息逐渐成为监控种子质量的一个重要手段。
由于分子标记法不受自然条件和表现性状的约束，实现了种子品种遗传信息室内快速检测，受到大家的青睐。
SSR作为第2代分子标记方法，是一种共显性标记，具有重复性好、等位变异多、数据分析简便、易操作等优点，在农作物种子质量检测中被广泛使用。
荧光毛细管电泳技术将荧光检测的高灵敏度和毛细管电泳的高效性结合，利用电泳和电渗流的电动力学原理，在毛细管中灌满胶分离PCR产物，检测荧光信号，数据软件分析系统将其转化成峰图，显示试验结果。
该技术自动化程度高，检测通量高，试验操作简单，数据统计程序化，避免人为估算的主观性，结果精确到1bp[1]，直接显示扩增产物片段的大小，实现了指纹图谱与碱基序列长短之间的对应转换，易于实验室间结果比对，常用GeneMapper 和GeneMarker分析SSR扩增片段[2]。
本文就试验中遇到的荧光信号强度、特异峰型的统计分析以及毛细管电泳仪运行和维护、试验结果与数据库比对等问题进行分析，为SSR分子标记荧光毛细管电泳检测农作物种子质量试验技术标准化提供参考。
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SSR分子标记鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度摘要：水稻“荃两优2118”是一种具有较高产量和抗逆性的两系杂交稻品种，在种子生产中种子纯度的高低直接影响着该品种的生长发育和产量表现。
本研究使用SSR分子标记技术对“荃两优2118”水稻种子的纯度进行检测，结果表明该种子的纯度较高，具有良好的遗传纯度，适合用于种植生产。
关键词：两系杂交水稻；SSR分子标记；种子纯度；遗传纯度1.引言水稻是世界上最重要的粮食作物之一，对全球的粮食安全起着至关重要的作用。
而在水稻生产中，良种的选育和种子的纯度则是影响水稻产量和质量的重要因素。
两系杂交水稻“荃两优2118”是一种具有较高产量和抗逆性的水稻品种，种子的纯度对其生长发育和产量表现有着重要的影响。
本研究旨在利用SSR分子标记技术对两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度进行检测，为该水稻品种的种子生产提供科学依据和技术支持。
2.材料与方法本研究所用水稻品种为两系杂交水稻“荃两优2118”，种子样品来自于生产基地，并经过初步筛选和清洁处理。
（1）DNA提取：采用CTAB法从水稻种子中提取DNA，提取后的DNA经过纯度和浓度检测，以保证后续实验的顺利进行。
（2）SSR引物筛选：从NCBI数据库中获取多个与水稻基因组中的SSR位点对应的引物序列，并进行筛选，选取适合“荃两优2118”水稻种子的SSR引物。
（3）PCR扩增：使用筛选得到的SSR引物对水稻种子DNA进行PCR扩增，获得扩增产物。
（4）聚丙烯酰胺凝胶电泳：将PCR扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，根据产物的条带图谱，判断水稻种子的纯度情况。
3.结果与分析本研究共选取了20对与水稻基因组中SSR位点相关的引物进行筛选，并最终选取了3对引物用于PCR扩增。
经过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳后得到的结果如下：根据PCR扩增产物和聚丙烯酰胺凝胶电泳结果，本研究表明，“荃两优2118”水稻种子纯度较高，具有较好的遗传纯度。
山西农业科学2022，50（4）：478-485Journal of Shanxi Agricultural Sciences doi:10.3969/j.issn.1002-2481.2022.04.05doi利用SSR创建中国北方黍稷资源DNA身份证胡玉璐1，2，姜百灵1，陈凌2，王海岗2，曹晓宁2，王瑞云1，2，乔治军2（1.山西农业大学农学院，山西太谷030801；2.山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室，山西太原030031）摘要：利用SSR标记，分析中国北方黍稷种质资源的区别与联系，根据DNA碱基的不同，制作出不同的DNA身份证，即构建字符串DNA分子身份证、条形码DNA分子身份证和二维码DNA分子身份证，为黍稷资源管理和保护提供依据。
用14对高基元SSR（六碱基4对、五碱基10对）引物对8个省共20份黍稷资源进行分子身份证的构建，利用PowerMarker3.25、PopGen1.32软件计算遗传多样性参数，利用ID Analysis4.0进行引物组合优化。
结果表明，20份材料在10个位点共检测出等位变异10个；Shannon多样性指数（I）为0.7029（RYW7）~1.0880（RYW2），平均为0.9588；观测杂合度（Ho）为0.5000（RYW7）~0.8235（RYW12），平均为0.6866；有效等位变异（Ne）为1.6623（RYW7）~2.7923（RYW12），平均为2.4553；期望观测杂合度（He）为0.4113（RYW7）~0.6862（RYW2），平均为0.6024；多态性信息含量（PIC）为0.4886（RYW3）~0.7766（RYW8），平均为0.6298；Nei's基因多样性指数（Nei）为0.3984（RYW7）~0.6598（RYW2），平均为0.5828。
SSR和ISSR标记技术应用进展
蒋彩虹;王元英;孙玉合
【期刊名称】《中国烟草科学》
【年(卷),期】2007(028)002
【摘要】介绍了SSR和ISSR标记的原理和特点,综述了这两种技术在种质遗传多样性、基因定位及分子标记辅助育种、遗传图构建及种子纯度和真伪鉴定等研究中的应用进展,并提出了在烟草遗传育种中应用的建议.
【总页数】5页(P1-5)
【作者】蒋彩虹;王元英;孙玉合
【作者单位】中国农业科学院烟草研究所,青岛266101;中国农业科学院烟草研究所,青岛266101;中国农业科学院烟草研究所,青岛266101
【正文语种】中文
【中图分类】S572.035
【相关文献】
1.利用SSR和ISSR标记技术构建西瓜分子遗传图谱 [J], 易克;徐向利;卢向阳;许勇;肖浪涛;王永健;康国斌
2.ISSR分子标记技术在家蚕遗传研究上的应用进展 [J], 吴凡;李德臣;赵春晓;陈登松
3.SSR和ISSR分子标记技术及其在遗传多态性方面的应用 [J], 袁昭岚;沈颂东;黄鹤忠;许璞
4.ISSR分子标记技术在植物中的应用及其研究进展 [J], 邱国俊; 程敏; 郭计华
5.ISSR分子标记技术在植物中的应用及其研究进展 [J], 邱国俊; 程敏; 郭计华因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
SSR分子标记技术在杂交水稻品种鉴定中的应用戴剑;洪德林【期刊名称】《金陵科技学院学报》【年(卷),期】2012(028)001【摘要】主要介绍了SSR分子标记快速检测技术对杂交水稻品种鉴定的重要性和应用情况,并指出了在江苏省及周边地区应用SSR分子标记技术鉴定杂交水稻品种具有重要的现实意义。
%The application of SSR molecular marker on identification of hybrid varieties is introduced.The significance on studying identification technology of hybrid varieties by SSR molecular markers in Jiangsu province and its vicinity is pointed out.【总页数】7页(P45-51)【作者】戴剑;洪德林【作者单位】江苏省农业科学院粮食作物研究所,江苏南京210014／南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏南京210095;南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏南京210095【正文语种】中文【中图分类】S511【相关文献】1.SSR分子标记技术及其在农产品品种鉴定中的应用 [J], 赵雅楠;王颖;张东杰;沈琰;孙大庆;杨义杰2.ISSR分子标记技术在金叶女贞品种鉴定中的应用 [J], 李延龙;张明;曹秀敏;胡青坡;乔宝健3.SSR分子标记技术在玉米品种鉴定中的应用 [J], 贾春兰;刘少坤;柳京国;杨今胜4.SSR分子标记技术在草品种鉴定中的应用探讨 [J], 高秋;王杰;马金星;孙娟5.ISSR分子标记技术在桃品种鉴定中的应用 [J], 孙淑霞;李靖;陈栋;谢红江;涂美艳;江国良因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
黑龙江农业科学2011(7):1~6Heilong jiang Ag ricultural Sciences应用SSR 分子标记评价不同年代东北三省粳稻基因组遗传构成刘 迪1,李红宇2,孙 健1,徐正进1(1.沈阳农业大学水稻研究所/农业部作物生理生态遗传育种重点开放实验室/辽宁省北方粳稻育种重点实验室,辽宁沈阳110866;2.黑龙江八一农垦大学农学院,黑龙江大庆163319)摘要:为进一步明确北方粳型水稻基因组遗传构成,利用52个SSR 分子标记对79份不同时期东北粳稻品种进行遗传多样性与基因组遗传构成的研究。
结果表明:品种遗传多样性在省份间呈现出辽宁>黑龙江>吉林,在年代间呈现出2001~2008>1981~1990>1991~2000>1963~1980的趋势;基因组籼稻成分比例表现为辽宁品种>黑龙江品种>吉林品种,20世纪80年代育成品种的籼性血缘含量最多;遗传构成分析显示出东北地区遗传构成随年代更迭逐渐丰富,3个省份的遗传成分存在一定差异,以辽宁地区最为复杂。
20世纪80年代后籼粳杂交育种实践引入的籼稻基因不仅丰富了东北粳稻的遗传构成,而且 适量 籼稻血缘的应用对今后北方粳稻育种有重要作用。
关键词:东北粳稻;遗传多样性;籼稻成分;遗传构成中图分类号:S511 文献标识码:A 文章编号:1002 2767(2011)07 0001 06收稿日期:2011 04 19基金项目: 十二五 国家科技支撑计划资助项目(2011BAD35B02);教育部博士点基金资助项目(2103110002)第一作者简介:刘迪(1985 ),女,辽宁省彰武县人,硕士,从事分子标记与分子标记辅助育种研究。
E m ail:liudisyau @ 。
通讯作者:徐正进(1958 ),男,辽宁省营口市人,博士,教授,从事遗传基础研究与分子育种研究。
E mail:xuzh engjin @ 。
SSR分子标记技术在遗传学实验教学中的应用
夏曦中;车婧;章志宏;王建波
【期刊名称】《实验技术与管理》
【年(卷),期】2012(029)006
【摘要】该实验是科研成果转化为实验教学的一个案例.选择位于水稻不同连锁群上的6对SSR引物构建了2个杂交稻及其亲本的SSR指纹图谱,建立了一套适合于本科生实验的杂交水稻亲本鉴定的稳定的SSR技术体系.筛选的6对引物进行PCR扩增得到的杂交稻均有2条带.由SSR指纹图谱分析可得:杂交稻P5的亲本是P2和P4,P6的亲本是P1和P3.通过本实验巩固了学生关于分离定律的学习,并有所延伸.
【总页数】3页(P48-50)
【作者】夏曦中;车婧;章志宏;王建波
【作者单位】武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072
【正文语种】中文
【中图分类】Q3-3;G642.423
【相关文献】
1.微卫星分子标记技术在遗传学实验教学中的应用--科研转化为实验教学的实践和探索 [J], 李洁;梁前进;靳溪;王红芳
2.SSR和ISSR分子标记技术及其在遗传多态性方面的应用 [J], 袁昭岚;沈颂东;黄鹤忠;许璞
3.紫花苜蓿微卫星(SSR)标记技术在草学本科遗传学实验教学中的应用 [J], 王小山; 王炳盛; 刘隆阳
4.紫花苜蓿微卫星(SSR)标记技术在草学本科遗传学实验教学中的应用 [J], 王小山; 王炳盛; 刘隆阳
5.IRAP分子标记技术在林学类专业遗传学实验教学中的应用与探讨 [J], 范付华因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于SSR分子标记的延胡索遗传多样性研究徐皓;周天华;张智强;白桥【期刊名称】《西北植物学报》【年(卷),期】2018(038)006【摘要】采用SSR分子标记分析延胡索的遗传多样性,筛选出多态性高、稳定性好的12对引物,对19个居群360份延胡索样品进行了群体遗传分析.结果表明:(1)12对SSR引物共扩增出多态性位点227个,检测到4～9个等位基因,平均等位基因数目为5 .25个,表现出丰富的多态性;延胡索居群具有较高的遗传多样性( Na＝5 .25 ,I＝1 .1926 ,H＝0 .387 9) ,物种间遗传分化程度高(Fst＝0 .388 3) ,基因流较弱(Nm＝0 .393 8). (2)UPGMA聚类分析和贝叶斯距离分析结果表明,19个居群明显聚为4大支;Mantle Test 结果(r ＝ 0 .326 ,P ＝ 0 .01)表明,地理位置相近的种群亲缘关系更近.研究认为,延胡索的遗传结构是该物种自交为主的繁育系统、克隆生长、地理隔离以及居群间有限的基因流共同作用的结果,故对该物种的保护应以就地保护为主.%In this study ,genetic diversity of Corydalis yanhusuo W.T.Wang was analyzed with SSR mo-lecular markers ,twelve pairs of primers with high polymorphism and good stability were screened for pop-ulation genetic analysis for 360 individuals sampled from 19 populations.The results showed that :(1) a total of 227 polymorphic loci were amplified from 12 pairs of SSR primers ,4－9 alleles were detected and average of 5.25 per primer ,which showed the primer pairs were of abundant polymorphism and could be used to analyze the genetic diversity of C.yanhusuo.The study revealed that the genetic diversityamong the population groups was high (Na＝ 5.25 ,I ＝ 1.192 6 ,H ＝ 0.387 9) ,the degree of genetic differenti-ation was high (Fst＝ 0.388 3) ,and the gene flow among species was limited (Nm＝ 0.393 8).(2) The results of cluster analysis used by both UPGMA and Bayes method showed that 19 populations obviously clustered into 4 branches.The result of Mantle test (r ＝ 0.326 ,P ＝ 0.01) indicated the population with shorter geographical distance performed tighter genetic relationship.The genetic structure of C.yanhusuo may be resulted from its predominantly selfing breeding system ,clonal grow th ,geographic isolation and limited gene flow.In situ conservation should be accepted in its protection considering its genetic structure.【总页数】7页(P1032-1038)【作者】徐皓;周天华;张智强;白桥【作者单位】陕西理工大学生物科学与工程学院,陕西汉中 723001;陕南秦巴山区资源生物综合开发协同中心,陕西汉中 723001;陕西理工大学生物科学与工程学院,陕西汉中 723001;陕南秦巴山区资源生物综合开发协同中心,陕西汉中 723001;陕西理工大学生物科学与工程学院,陕西汉中 723001;陕西理工大学生物科学与工程学院,陕西汉中 723001【正文语种】中文【中图分类】Q346+.5;Q789【相关文献】1.河南省花生品种(系)基于SSR分子标记的遗传多样性研究 [J], 杨海棠;胡延岭;李盼;刘软枝;廖先静;朱丽丽;韩华民2.基于SSR分子标记对蒙古韭遗传多样性的研究 [J], 侯燕茹; 宛涛; 张晓明; 王晓栋3.基于SSR分子标记的糯玉米遗传多样性研究 [J], 杨亚桐; 董安忆; 刘松涛; Zenda Tinashe; 段会军4.基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究 [J], 丁永亮; 陈仁霄; 苑举民; 管成伟; 何宽信; 张兴伟; 李卓; 张启明5.基于SSR分子标记对蒙古韭遗传多样性的研究 [J], 侯燕茹; 宛涛; 张晓明; 王晓栋因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于SSR分子标记吉安地区的水稻亲缘关系鉴定分析郑卓;张天舒;李华;王莉莉;吴杨;贺卫东;孙惠敏【期刊名称】《井冈山大学学报(自然科学版)》【年(卷),期】2024(45)1【摘要】稻种亲缘关系分析是生产优质杂交水稻的必要条件。
本研究选取均匀分布于水稻基因组12条染色体的SSR分子标记,对8份水稻样品进行SSR分子标记分析,通过聚类分析法将其归类并计算得出遗传相似系数后,对8份水稻样品的亲缘关系进行了鉴定。
结果表明:所选取的8份水稻样品中,其相似系数为0.65~1.00,在遗传相似系数0.65处,8份水稻样品聚为两大类群,其中5号‘赣迟A04’单独为一类,其他水稻样品聚为一类。
在遗传相似系数0.80处,可划分为三大类群:第一类囊括了6种样品,表明这6个品种亲缘关系较近,其中6号‘赣早A02’与7号‘吉安早A07’疑似同一样品,3号‘井冈山迟A03’与4号‘井冈山早A05’的亲缘关系最近,而6号、7号同时与8号‘吉安迟A09’保持有最近的亲缘关系;第二类只含有2号‘迟-2’样品株;第三类则仅有5号稻株‘赣迟A04’,说明其与其他7份水稻样品的亲缘关系最远。
本研究结果为杂交水稻的应用提供重要信息。
【总页数】6页(P48-53)【作者】郑卓;张天舒;李华;王莉莉;吴杨;贺卫东;孙惠敏【作者单位】井冈山大学生命科学学院;吉安市青原区农业农村局;井冈山大学医学部【正文语种】中文【中图分类】S330.25;S511【相关文献】1.利用SSR分子标记鉴定若干玉米自交系的亲缘关系2.基于EST-SSR标记的南方型黑杨主栽无性系鉴定及亲缘关系分析3.基于SSR分子标记的三组水稻品种真实性鉴定分析4.基于荧光标记SSR基因分析技术的绿海龟人工繁育群体亲缘关系鉴定5.利用SSR分子标记鉴定若干玉米自交系的亲缘关系因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
