内参基因的选择及数据初步分析37页PPT

内参基因使用方法
内参基因是在分子生物学和基因表达研究中常用的实验技术。

它是一种可以用作对比和标准化基因表达水平的参考基因。

以下是内参基因的使用方法。

首先，选择一个合适的内参基因。

内参基因应该具有以下特征：在不同样本中表达稳定，不受研究条件的影响，并且其表达水平与感兴趣的基因相对稳定。

常用的内参基因包括β-actin、GAPDH和18S rRNA等。

其次，设计合适的实验方案。

确定研究目的和实验条件，并选择适当的实验方法。

例如，可以使用实时定量PCR（qPCR）技术来测量内参基因和感兴趣的基因的表达水平。

接下来，实施实验。

收集样本，并提取RNA或DNA。

使用逆转录酶将RNA 转录成cDNA，然后用qPCR技术测量内参基因和感兴趣基因的表达水平。

在实验过程中，应该设置技术重复和生物重复来保证实验结果的可靠性。

最后，分析实验结果。

使用合适的统计方法对实验数据进行分析，比较不同样本中内参基因和感兴趣基因的表达水平。

根据实验结果，可以确定内参基因的表达水平，并将其用作标准化感兴趣基因的表达水平。

需要注意的是，在使用内参基因时，应该选择多个内参基因进行验证，以确保结果的可靠性。

此外，内参基因的选择应该根据研究对象和实验条件进行优化，并与其他研究结果进行比较。

总结一下，内参基因是基因表达研究中常用的参考基因。

通过选择合适的内参基因、设计合理的实验方案、实施实验和分析实验结果，可以准确使用内参基因来标准化和对比感兴趣基因的表达水平。

这种方法有助于我们更深入地了解基因的功能和调控机制。

4. Yang J, Mani S A, Donaher J L, et al. Twist, a master regulator of morphogenesis, plays an essential role in tumor metastasis.[J]. Cell, 2015, 117(7):927-939.
7.Haas M J, Plazarte M, Chamseddin A, et al. Inhibition of hepatic apolipoprotein AI gene expression by histamine[J]. European journal of pharmacology, 2018, 823: 49-57.
乳腺癌转BPI基因研究中，qPCR选择了18S rRNA作内参，而Western blot选择了GAPDH为 内参
➢内参基因使用示例 文献3
材料： 1. 人结肠癌组织 2. 人正常结肠粘膜组织 3. EGFR敲除和野生小鼠
小鼠结肠癌表皮生长因子下调miRNA的研究中，qPCR和weatern都选择β-actin作为内参 基因
5. Xu H, Bionaz M, Sloboda D M, et al. The dilution effect and the importance of selecting the right internal control genes for RT-qPCR: a paradigmatic approach in fetal sheep[J]. Bmc Research Notes, 2015, 8(1):1-15.
1rtpcr和qpcr实验内参基因选择内参基因概念和作用内参基因的选择参考示例目录加入标题入标题加入标题内参即为内部参照内参基因则是在检测目的基因从dna到mrna表达过程中可用来当作参照的基因

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26、要使整个人生都过得舒适、愉快，这是不可能的，因为人类必须具备一种能应付逆境的态度。——卢梭
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27、只有把抱怨环境的心情，化为上进的力量，才是成功的保证。——罗曼·罗兰
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28、知之者不如好之者，好之者不如乐之者。——孔子
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29、勇猛、大胆和坚定的决心能够抵得上武器的精良。——达·芬奇
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30、意志是一个强壮的盲人，倚靠在明眼的跛子肩上。——叔本华
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定量PCR方法及数据分析
1、纪律是管理关系的形式。——阿法 纳西耶 夫 2、改革如果不讲纪律，就难以成功。
3、道德行为训练，不是通过语言影响 ，而是 让儿童 练习良 好道德 行为， 克服懒 惰、轻 率、不 守纪律 、颓废 等不良 行为。 4、学校没有纪律便如磨房里没有水。 ——夸 美纽斯
5、教导儿童服从真理、服从集体，养 成儿童 自觉的 纪律性 ，这是 儿童道 德教育 最重要 的部分 。——ZJW
❖ 基线：扩增曲线中的水平部分 ❖ 阈值（Threshold):指扩增曲线的指数增长区域
内适当位置上设定的荧光检测界限。
❖ Ct值：从基数到指数增长的拐点所对应的循环次 数
定量PCR数学原理
定量PCR技术的应用
❖ 定性分析：病毒病原菌检测、生物品种鉴定、SNP 分析等、基因突变分析等
组分
模板cDNA
10uM引物F/R
2x SYBR Green mix ddH2O
加量 2uL 各0.5uL 12.5uL
9.5uL
熔解曲线
绝对定量：从荧光强度到拷贝数
相对定量的数据分析
(2-ΔΔCt法/comparative Ct method)

• 基本局部比对搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool)
• NCBI上BLAST服务的网址： • /blast/ • NCBI上BLAST程序的下载： • ftp:///blast/executables/release//blast
➢ 四个必需参数 -p program_name,程序名，根据数据库及搜索文件序列性质进行选择； -d database_name,数据库名称,比对完成格式化的数据库； -i input_file,搜索文件名称； -o output_file,BLAST结果文件名称；
➢ 两个常用参数 -e expectation，期待值,默认值为10.0，可采用科学计数法来表示，如2e-5； -m alignment view options:比对显示选项，其具体的说明可以用以下的比对实例
生 物
学
蛋白质组学
课程提纲
1. 通过序列比对工具BLAST学习，了解 蛋白编码基因的功能注释原理
2. 介绍多序列联配工具ClustalX 3. 分子进化分析软件MEGA4的基本知
识，掌握系统发生树绘制的基本方法
序列比对的进化基础
• 什么是序列比对： – 将两个或多个序列按照最佳匹配方式排列在一起。 – 对应的相同或相似的符号排列在同一列上。 – 错配与突变相应，空位与插入或缺失对应。
CGG GTA TAA AGC AGA TTG GTC GCT TTT GAT TTA ACT AAT TTA GCG GTA CTC AT 第三位起始：
GGG TAT AAA GCA GAT TGG TCG CTT TTG ATT TAA CTA ATT TAG CGG TAC TCA T
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