通过 CIF 文件获得 晶体分子量步骤

用mercury导出cif格式文件晶体数据摘要：I.引言- 介绍Mercury 软件- 说明导出CIF 格式文件晶体数据的重要性II.Mercury 软件的基本操作- 安装和打开Mercury 软件- 熟悉软件界面和主要功能III.导出CIF 格式文件晶体数据- 准备晶体数据- 了解CIF 格式文件的要求- 使用Mercury 软件导出CIF 格式文件- 检查导出的CIF 文件IV.常见问题及解决方法- 分析可能出现的问题- 提供相应的解决方法V.总结- 概括文章内容- 强调Mercury 软件在晶体数据导出中的重要性正文：Mercury 软件是一款功能强大的晶体结构分析软件，广泛应用于材料科学、化学、物理学等领域。

在使用Mercury 软件进行晶体结构分析时，我们经常需要将分析结果导出为CIF 格式文件，以便进行后续的数据处理和分析。

本文将详细介绍如何使用Mercury 软件导出CIF 格式文件晶体数据。

首先，我们需要安装并打开Mercury 软件。

在安装软件时，请确保您的计算机满足软件的系统要求，并正确安装相关插件。

打开软件后，您会看到一个熟悉的界面，其中包括菜单栏、工具栏和状态栏等。

为了更好地使用Mercury 软件，您需要熟悉这些界面元素以及它们的功能。

接下来，我们需要准备晶体数据。

这包括晶体结构、原子坐标、键长、键角等信息。

您可以从实验数据或文献中获取这些信息。

在Mercury 软件中，您可以使用导入功能将晶体数据导入到软件中，然后进行进一步的分析。

在分析晶体数据之前，我们需要了解CIF 格式文件的要求。

CIF （Crystallographic Information File）是一种通用的晶体结构数据文件格式，可以存储晶体结构、原子坐标、键长、键角等信息。

在Mercury 软件中，您可以通过选择“文件”>“导出”>“晶体数据”>“CIF”来导出CIF 格式文件。

在导出过程中，您需要设置一些参数，如输出文件名、坐标单位等。

mercury晶体结构软件下载安装及使⽤（查找cif、模拟XRD数据）PS：后台查找直接后台输⼊mercury，即可获得本部分内容
免费下载地址：
https:///support-and-resources/downloads?
Legacy=True
1. 打开链接，单击Mercury，打开下拉框，选择合适的版本（⾃⼰喜欢及跟
⾃⼰电脑匹配的版本），点击后⽅Download，选择Agree&Download，进⾏
下载。

2. 双击下载的exe安装包，进⾏安装，点击Next；确定安装位置，点Next；
默认格式设置，直接Next，next；进⾏安装，安装完点击finish，安装结束
（软件打开，显⽰有更新版本，这就看⾃⼰喜好了，可以安可以不安（点OK））。

3. 晶体结构查找，参照前⾯的内容，找到CIF下载下来导⼊到Mercury进⾏编辑即可，亦可将其进⼀步导出VRML或stl格式⽂件转⼊max进⾏渲染美化，具体如下。

4. 利⽤mercury⽣成模拟XRD数据。

注：本内容属原创，转载请标注。

cif文件检索方法CIF文件检索方法CIF（Crystallographic Information File）文件是一种用于描述晶体结构数据的标准格式，广泛应用于晶体学和材料科学领域。

在科研工作中，研究人员常常需要从庞大的CIF文件数据库中检索出特定的晶体结构数据以满足自己的研究需求。

本文将介绍几种常见的CIF文件检索方法，帮助读者快速准确地获取所需数据。

一、关键词检索法关键词检索法是最常用的CIF文件检索方法之一。

研究人员可以根据自己的研究主题和需求，选择与之相关的关键词进行检索。

常见的关键词包括晶体名、化学式、晶体结构类型等。

例如，对于研究氧化铁晶体结构的科学家，可以使用关键词“铁氧化物”、“Fe2O3”等进行检索，以找到相关的CIF文件。

二、晶体参数检索法晶体参数检索法是一种基于晶体结构参数的检索方法。

晶体结构参数包括晶格常数、晶胞参数、原子坐标等。

研究人员可以根据已知的晶体参数，通过在CIF文件数据库中进行匹配，找到与之相符合的晶体结构数据。

例如，如果研究人员已知某晶体的晶格常数为a=4Å，b=4Å，c=5Å，可以通过晶体参数检索法找到相应的CIF 文件。

三、相似结构检索法相似结构检索法是一种基于结构相似性的检索方法。

研究人员可以通过输入已知晶体结构的CIF文件，从数据库中检索出与之相似的晶体结构数据。

相似性通常可以通过晶格常数、晶胞参数、原子坐标等来判断。

这种方法对于研究相似结构的晶体具有较高的效果。

四、作者和出版物检索法作者和出版物检索法是一种基于作者和出版物信息的检索方法。

研究人员可以根据自己关注的作者或出版物的名称，在CIF文件数据库中进行检索，以找到相关的晶体结构数据。

这种方法适用于对某个领域的研究者，帮助他们快速获取最新的研究成果。

总结起来，CIF文件检索方法主要包括关键词检索法、晶体参数检索法、相似结构检索法和作者和出版物检索法。

研究人员可以根据自己的需求选择合适的方法，以快速准确地获取所需的晶体结构数据。

晶体cif中gof值-回复晶体CIF（Crystallographic Information File）是用于存储和共享晶体结构数据的一种常见格式。

它包含了晶体的原子坐标、晶胞参数、结构因子、晶胞对称性等信息。

在晶体学中，一个重要的可用性标准是晶体结构数据的准确性，以及与先前报告的结构数据的一致性。

为了评估晶体结构数据的质量，通常会使用一种叫做GOF（Goodness-of-Fit）值的指标。

本文将逐步回答关于晶体CIF中GOF值的问题，以帮助读者更好地理解和评估晶体结构数据的质量。

首先，我们需要了解GOF值的含义。

GOF值用于描述实验数据和理论模型之间的拟合度。

在晶体学中，GOF值用于衡量实验观测到的结构因子与计算得出的结构因子之间的一致性。

通过计算实验和计算结构因子的差异，并将其与实验噪声进行比较，可以得出GOF值。

GOF值越小，表示实验结果和计算结果之间的一致性越好。

首先，我们需要从CIF文件中提取实验结构因子和计算结构因子。

可以使用晶体学软件或编程语言来解析CIF文件并提取所需数据。

实验结构因子通常以F或I的形式给出，计算结构因子通常以Fo或Fc的形式给出。

这些可以通过搜索CIF文件中的特定键值对或数据区块来获取。

接下来，我们需要计算实验结构因子和计算结构因子之间的差异。

差异可以使用多种方法计算，其中一种常见的方法是计算振幅的差异或相关系数的差异。

在计算差异之前，需要确保实验结构因子和计算结构因子具有相同的尺寸和顺序。

然后，我们需要考虑实验噪声的影响。

实验中存在许多因素可能导致实验数据的噪声，如样品制备过程中的误差、探测器噪声等。

在计算GOF值时，需要将实验噪声与计算差异进行比较。

通常，可以使用重要性抽样或蒙特卡洛模拟来模拟实验噪声，并生成多个差异的模拟数据。

最后，我们可以计算GOF值。

根据实验噪声和计算差异的比较，可以确定一致性判据。

常用的判据包括R-factor、R-work和R-free等。

用Mercury导出CIF格式文件晶体数据1. 什么是晶体数据？晶体数据是描述晶体结构的一组数值和信息。

它包含了晶体的晶格参数、原子坐标、晶胞对称性等重要信息，以及与晶体结构相关的物理和化学性质。

晶体数据的存储格式有很多种，其中CIF（Crystallographic Information File）是一种常用的标准格式，用于表示晶体结构。

2. Mercury软件简介Mercury是一款常用的晶体学软件，它提供了丰富的功能和工具，用于晶体结构的可视化、分析和处理。

其中一个重要的功能是可以将晶体数据导出为CIF格式文件，以便在其他软件中进行进一步的处理和分析。

3. Mercury导出CIF格式文件的步骤下面将介绍使用Mercury软件导出CIF格式文件的详细步骤：步骤1：打开晶体结构首先，打开Mercury软件，并加载要导出的晶体结构文件。

可以通过菜单栏中的”File”->“Open”选项或者快捷键”Ctrl+O”来实现。

步骤2：设置导出选项在打开的晶体结构窗口中，点击菜单栏中的”File”->“Export”选项，然后选择”CIF”作为导出格式。

在弹出的对话框中，可以设置导出选项，包括导出的晶胞参数、原子坐标、晶胞对称性等。

根据需要进行相应的选择和设置。

步骤3：导出CIF文件设置完成后，点击对话框中的”Export”按钮，选择保存CIF文件的路径和名称，并点击”保存”按钮。

Mercury将根据设置的选项将晶体数据导出为CIF格式文件。

4. CIF格式文件的结构CIF格式文件是一种纯文本文件，具有固定的结构和语法规则。

下面是一个简单的CIF格式文件的示例：data_Example_audit_creation_date 2022-01-01_audit_creation_method Mercury_symmetry_space_group_name_H-M P21/c_cell_length_a 10.0_cell_length_b 10.0_cell_length_c 10.0_cell_angle_alpha 90.0_cell_angle_beta 90.0_cell_angle_gamma 90.0loop__atom_site_label_atom_site_fract_x_atom_site_fract_y_atom_site_fract_z_atom_site_occupancy_atom_site_U_iso_or_equiv_atom_site_type_symbolC1 0.000 0.000 0.000 1.0 0.05 CC2 0.500 0.500 0.500 1.0 0.05 CCIF格式文件由多行组成，每行都包含一个数据项。

关于查找晶体晶体结构的方法1.在剑桥晶体数据库上找到cif文件!剑桥晶体数据库网https:///structure-summary-form第二部分：打开cif文件用Mercury 3.6 直接打开这个文件。

Mercury软件的下载地址在这里。

/SupportandResources/Downloads/pages/ProtectedDownloadAgree ment.aspx?d=89&productname=Mercury/SupportandResources/Downloads/pages/ProtectedDownloadProduc t.aspx?pdp=7（有不同的版本好像）https:///Mercury/3.6/mercurystandalone-3.6-windows-installer.exe下载之后是个exe文件，直接点击安装就可以了，好像没有什么其他困难的事情。

安装好了之后打开，直接用file底下的open找到你想打开的cif文件就可以了这个时候你会看到在calculate底下会有一个powder pattern的选项这样就可以看到cif生成的XRD的模拟图，可以保存成xye文件。

直接用origin打开xye文件就可以了。

注意注意！！！！！！不要存成什么raw文件，我就是这样被折腾了好久。

原先以为jade软件很常用，但是我之前也没用过，折腾半天下了软件以后怎么搞也打不开raw文件。

最终机智采用xye文件成功问题。

根本不需要再用jade。

在此非常感谢强大的小木虫上面的牛人。

/html/201310/6491901.html照着这个截图我完成了我人生中第一次cif文件的打开及画图。

唯一不清楚的就是，为什么导出来的数据有三列。

搞不清楚底下的一列是什么？？？基准线吗？？？？Anyway，不影响我拿到数据就直接删掉就好。

晶体解析与精修—晶体学文件(CIF)name.cif—晶体学信息文件(Crystallographic Information File)CIF(Crystallographic Information File)1是Sydney R. Hall等人在1991年定义的基于STAR (Self-defining Text Archive and Retrieval)2格式的一个使用标准ASCII文本的文件，专门用来记录晶体相关信息。

《Crystal Structure Refinement: A Crystallographer’s Guide to SHELXL》3一书中关于该文件描述摘录如下：The interface between the crystallographer and author of a scientific publication involving a crystal structure on one side and the reader of this publication as well as electronic databases on the other side is the ‘Crystallographic Information File’ (also known as the .cif file) as introduced by the International Union of Crystallography (Hall et al. 1991).If the command ACTA appears in the header of an .ins file, SHELXL generates such a .cif file. ACTA automatically sets the BOND, FMAP 2, PLAN and LIST 4 instructions and ACTA cannot be combined with other FMAP or LIST commands. Torsion angles defined by CONF and hydrogen bonds defined by HTAB are also written into the .cif file, while quantities defined by RTAB and MPLA are only tabulated in the .lst file.《晶体结构精修——晶体学者的SHELXL软件指南》4一书中相关翻译如下：一方是晶体学家及包含某个晶体结构的科学出版作品作者，另一方是该出版作品的读者及电子数据库，两者之间的交互界面就是被国际晶体学联合会引入的晶体学信息文件(crystallographic information file)，也就是所谓的.cif文件1。

cfr转换cif的公式CIF（Crystallographic Information File）是国际晶体学界确定的一种标准数据格式，用于描述晶体结构信息。

在进行晶体结构研究时，需要将原始的实验数据转换为CIF格式以便进行分析和存储。

而CFR （Crystallographic Data File）是指晶体结构的数据文件，其中包含了晶体结构的实验数据，如晶体结构中原子的三维坐标、晶体的空间群等重要信息。

将CFR转换为CIF的公式如下：1. 首先，我们需要确定晶体的晶格常数及其对应的晶系。

晶系是指晶体中的原子排列方式，常见的有三方晶系、四方晶系、正交晶系、单斜晶系、三斜晶系和三角晶系。

晶格常数则是指晶体中晶格矢量的长度和夹角等参数。

2. 然后，我们需要根据晶格常数和对应的晶系确定晶体的空间群。

空间群是指晶体中原子排列的对称性，也就是晶体的空间对称性。

空间群共有230种，每种空间群都有其对应的点群及其操作方式。

3. 接着，我们需要将晶体中所有原子的坐标转换为所属晶胞的坐标。

在晶体中，原子的坐标通常是以直角坐标系表示的。

而晶胞则是晶体中最小的重复单元，其形状和大小取决于晶格常数和晶系。

将原子坐标转换为所属晶胞的坐标可以使晶体的信息更加准确。

4. 最后，我们需要将整个数据保存为CIF格式的文件。

CIF格式的文件包含了晶体的完整信息，包括晶格常数、空间群、原子坐标等重要数据。

将整个数据保存为CIF格式的文件可以方便地进行数据分析和存储。

总结：CFR转换为CIF需要确定晶体的晶格常数及其对应的晶系，根据晶格常数和对应的晶系确定晶体的空间群，将晶体中所有原子的坐标转换为所属晶胞的坐标，最后将整个数据保存为CIF格式的文件。

晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用吴平伟中国海洋大学材料科学与工程研究院E-mail: wupingwei@晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用在使用Diamond软件构造晶体模型时，需要知道晶体的结构数据，即晶体的空间群、晶胞参数和原子坐标。

晶体结构数据可以手动输入，也可以直接从晶体信息文件中获得。

我们将通过几个例子来说明软件的使用方法。

一、NaCl晶体结构模型的构造下面我们以NaCl为例手动输入晶体结构数据。

NaCl晶体的结构数据为：空间群Fm-3m(225)；晶胞参数a=5.64Å；原子坐标Na:4a, Cl:4b。

我们将通过这个例子学会如下操作：1、学会手动输入晶体结构数据；2、学会晶体模型的构造；3、学会旋转晶体模型，从不同的角度观察；4、学会改变背景和原子及晶胞的颜色等参数；5、学会以一种原子为中心，另一种原子为配位原子构造配位多面体；6、学会多面体外观的设计。

打开软件，界面如下图所示：点击“File| New”，出现一对话窗口，如下图，选择第二个选项，按“OK”。

结果生成一个名字为Diamond1的空白的页面，同时弹出一个名字为New Structure的对话窗口，点“下一步”，在新弹出的窗口中确认Crystal Structure with cell and Spacegroup被选中，在Cell length中输入5.64，如下图：注意Space group（空间群）后是否我们需要的NaCl晶体的空间群Fm-3m(225)，如果不是，点击Browse钮，在弹出的对话窗口中选中Fm-3m(225)，即在Fm-3m(225)上点击使其变蓝色，如下图。

点“OK”回到前面的对话窗口。

点“下一步”（在出现的如下图的对话框中可以输入原子坐标，即在“Atomic parameters“中输入相应的元素符号和原子坐标值，但我们将在其他的地方做这个工作）点“下一步”，在出现的Completing the new structure Assistant窗口中有三个选项：Start structure picture; Launch the structure picture creation assistant;Create structure picture automaticly。