IPP 分析免疫组化图片
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Image pro-Plus6.0 使用教程目录一、入门 (2)二、AOI技巧(1) (9)三、AOI技巧(2) (14)补充:不规则区域计数 (20)四、编制宏 (23)五、计数 (27)六、校正标尺 (33)七、几何测量 (41)八、图象分析策略 (43)九、其他有趣功能 (45)十、光密度 (51)十一、免疫组化光密度测量 (56)十二、macro (58)十三、荧光强度测量 (64)感谢丁香园战友:hbchendl 提供教程畅想先锋-整理2010.07.01一、入门既然是处理图片,当然是先要打开一张要处理的图片嘛。
在你开始学习使用IPP 之前,我假定你是会初步使用office 及photoshop 等常用程序的。
如果一点电脑常识也没有,那还是先学点简单的程序再回来玩IPP。
因此我跳过了打开图片,copy 、paste、象素的概念之类最基础的知识与操作。
这些用不着我来讲。
这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。
处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的的"量"。
对该图片进行观察,可以看到图片中主要有三种主要颜色,一是染成蓝色的细胞核,二是呈现出黄色的胞浆,三是细胞间的空隙区域,呈现出浅蓝色,是为背景。
所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来,然后才是测量这些挑出来的区域的各种测量参数,如面积、平均半径、周长、光密度等等。
这部分需要挑出来进行测量的区域是我们最感兴趣的地方,叫作AOI(area of interest)。
AOI 是IPP 中最有用最重要的概念。
如何能够准确地选取AOI 就是使用IPP 的关键操作。
一旦准确地选取了AOI,下面的测量分析就好办了。
在其他的测量软件中,选择这种不规则的区域一般只能用手拖着鼠标来画,而在IPP 程序里,可以通过设置颜色范围让电脑来帮助你选择这些不规则区域,这样的选择就准确多了。
可以说,使用IPP 的要点就是灵活地使用各种AOI 工具准确地把那些需要测量的区域给挑选出来。
入门Imageproplus(IPP)的主要用途是分析测量图象。
本人使用该程序进行生物图象分析有一段时间,写此帖的主要目的还是与大家交流使用心得,并总结一下使用方法。
如果你是刚接触IPP,最好先从本帖看起,并同时打开你电脑上的IPP程序照着操作。
学会一个软件需要花一段时间的,两分钟不可能学会。
两小时也太短。
但我相信,照着我这几个帖子作下来,至少是可以用IPP干一点事情了。
打开IPP后的界面是这样的,该从何处下手呢?既然是处理图片,当然是先要打开一张要处理的图片嘛这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。
处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的的“量”。
对该图片进行观察,可以看到图片中主要有三种主要颜色,一是染成蓝色的细胞核,二是呈现出黄色的胞浆,三是细胞间的空隙区域,呈现出浅蓝色,是为背景。
所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来,这部分区域是我们最感兴趣的地方,叫作AOI(area of interest)。
AOI是IPP中最有用最重要的概念。
如何能够准确地选取AOI就是使用IPP的关键操作。
一旦准确地选取了AOI,下面的测量分析就好办了。
对不同的图片,需灵活地使用各种适当的AOI工具,就这张图片来说,AOI是黄色区域,因此用颜色分类的AOI工具是最有效的。
点击measure---count/size,弹出分类测量窗口。
在窗口中选中manual,再点击select color,弹出颜色选择窗口segmentation,这个工具是IPP 最有特色的颜色选取工具之一。
用好这个工具是使用IPP的要点于目标颜色鲜明的图片,用吸管工具是最简单的。
点一下吸管图标,在目标区域点一下,就可以选中该点的颜色,当然一下是不可能完全选中所需要指定的全部区域,可以在未选中的地方接着再点,这样多次选取,直到把想选中的区域全部选中为止。
在这张示例图中,选中的蓝色细胞核部分被标上了红色。
Image pro-Plus6.0 使用教程目录一、入门 (2)二、AOI技巧(1) (9)三、AOI技巧(2) (14)补充:不规则区域计数 (20)四、编制宏 (23)五、计数 (27)六、校正标尺 (33)七、几何测量 (41)八、图象分析策略 (43)九、其他有趣功能 (45)十、光密度 (51)十一、免疫组化光密度测量 (56)十二、macro (58)十三、荧光强度测量 (64)感谢丁香园战友:hbchendl 提供教程畅想先锋-整理2010.07.01一、入门既然是处理图片,当然是先要打开一张要处理的图片嘛。
在你开始学习使用IPP 之前,我假定你是会初步使用office 及photoshop 等常用程序的。
如果一点电脑常识也没有,那还是先学点简单的程序再回来玩IPP。
因此我跳过了打开图片,copy 、paste、象素的概念之类最基础的知识与操作。
这些用不着我来讲。
这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。
处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的的"量"。
对该图片进行观察,可以看到图片中主要有三种主要颜色,一是染成蓝色的细胞核,二是呈现出黄色的胞浆,三是细胞间的空隙区域,呈现出浅蓝色,是为背景。
所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来,然后才是测量这些挑出来的区域的各种测量参数,如面积、平均半径、周长、光密度等等。
这部分需要挑出来进行测量的区域是我们最感兴趣的地方,叫作AOI(area of interest)。
AOI 是IPP 中最有用最重要的概念。
如何能够准确地选取AOI 就是使用IPP 的关键操作。
一旦准确地选取了AOI,下面的测量分析就好办了。
在其他的测量软件中,选择这种不规则的区域一般只能用手拖着鼠标来画,而在IPP 程序里,可以通过设置颜色范围让电脑来帮助你选择这些不规则区域,这样的选择就准确多了。
可以说,使用IPP 的要点就是灵活地使用各种AOI 工具准确地把那些需要测量的区域给挑选出来。
节的禁忌制作用Image-Pro Plus分析免疫组化(IHC)染色强度的方法以这两张图为例:眼睛没毛病的都一眼可以看出左边是阴性,右边是阳性,但是就是有些傻X审稿人非要你去把组化的结果做个量化分析好吧,量化就量化吧,但是怎么量化呢?首先,把这两张图合成一张,用PPT啊,PS啊都可以,如下:鬼鬼节的禁忌制作然后,用Image-Pro Plus打开这张图,点这个图标:count and measure objects出来这个框:选Manual,然后点Select Colors,出来这样一个框:点这个图标:节的禁忌制作然后在图上点选棕色的区域,图就变成大概这个鬼样子了:然后点这个键:然后close:然后图片就变成这样了:鬼鬼节的禁忌制作然后用PS或者其他什么软件把这一张图片平均分成两张:然后用Image-Pro Plus 打开这两张图中的其中一张,打开后点这个节的禁忌制作图标:count and measure objects出来这个框:选然后点然后图片变成这个鬼样子:鬼鬼节的禁忌制作然后点这个就会出来这个:看这个数值然后看这个图片的分辨率:473×360=170280(自己百度怎么看)那么这个IHC的染色强度就是49320/170280=28.96%另一幅图片也用同样的处理方法,得出的数据就可以用来做统计分析节的禁忌制作然后作图了。
为什么要先把两张图合并然后又分开呢?这个问题自己去想吧。
That‘s all. Thank you!鬼。