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cytoscape用法
Cytoscape是一款常用的网络可视化工具，可以用于展示和分析复杂网络数据。
以下是Cytoscape的一些常见用法：
1.导入网络数据：Cytoscape支持导入多种格式的网络数据，包括sif、
csv、txt、xml、json等。
可以通过菜单栏中的File菜单或者Plugins 菜单导入数据。
2.创建网络：如果还没有现成的网络数据，可以使用Cytoscape的
图形界面创建一个新的网络。
在菜单栏中选择New菜单，可以创建一个空的或者基于现有网络的网络。
3.编辑网络：通过Cytoscape的图形界面，可以对网络进行编辑，
包括添加/删除节点、添加/删除边、修改节点/边的属性等。
可以通过菜单栏中的Edit菜单进行编辑。
4.可视化网络：Cytoscape提供了多种可视化网络的方式，包括布局、
颜色、形状、大小等。
可以通过菜单栏中的View菜单进行可视化设置。
5.分析网络：Cytoscape提供了多种网络分析工具，包括网络拓扑分
析、社区发现、网络中心度等。
可以通过菜单栏中的Analyze菜单进行分析。
6.插件管理：Cytoscape支持通过插件扩展其功能，可以通过Plugins
菜单安装和管理插件。
总之，Cytoscape是一款功能强大的网络可视化工具，可以用于展示
和分析复杂网络数据，支持多种数据格式导入、可视化设置、网络分析和插件扩展等功能。
cytoscape hub基因选取标准-回复题目：cytoscape hub基因选取标准摘要：在生物信息学中，基因选取是一项关键任务，它能够帮助研究人员在大规模基因表达数据中识别出与特定生物过程相关的基因。
Cytoscape Hub 是一个功能强大的网络分析工具，旨在辅助用户对基因进行筛选、分析与可视化。
本文将一步一步回答如何使用Cytoscape Hub进行基因选取，并介绍基因选取的主要标准。
第一步：安装Cytoscape Hub首先，要使用Cytoscape Hub进行基因选取，我们需要在计算机上安装Cytoscape软件。
可以在Cytoscape官方网站上下载相应的安装程序，并按照安装向导进行安装。
第二步：导入基因表达数据在Cytoscape软件中，我们需要导入基因表达数据集，以便进行进一步的分析和选取。
通常，这些数据集以Excel或CSV格式存储，并包含多个样本和基因的表达值。
在Cytoscape的菜单栏中，选择“导入数据”选项，并根据指示将基因表达数据导入到软件中。
第三步：进行数据预处理在进行基因选取之前，我们需要对导入的基因表达数据进行一些预处理步骤。
这包括数据的标准化、缺失值的处理和离群值的去除。
Cytoscape Hub 提供了一系列的插件和工具来帮助用户进行数据预处理，如“DataImporter”、“Missing Value Imputation”和“OutliersHandling”。
第四步：进行差异表达基因分析差异表达基因分析是基因选取的一个重要步骤，它能够帮助我们识别在不同条件下表达显著变化的基因。
Cytoscape Hub提供了多个插件来进行差异表达基因分析，其中最常用的是“edgeR”和“DESeq2”。
这些插件基于统计方法，能够对基因进行差异表达分析，并生成差异表达基因列表。
第五步：基于生物学意义进行基因筛选确定差异表达基因后，我们可以利用生物学意义进行进一步的基因筛选。
Cytoscape Quick Start1.安装JDK1.632位下载地址：/webapps/download/AutoDL?BundleId=8338364位下载地址：/webapps/download/AutoDL?BundleId=833852.安装Cytoscape2.8.3下载下址：/download.html3.打开Cytoscape 软件，根据菜单导入*.ppi.txt 文件数据：File —> Import —> import network from table（Text/MS Excel）会弹出导入文件的对话框，在对话框中做设置如下：（1）Input file: 选择文件路径（2）Source interaction: column 1（3）Target interaction: column 2（4）Preview: 单击 column 3，此列会变绿，说明此列已可用（5）单击 Import4. 根据菜单调整网络打开互作数据后，点击如下菜单，调整过程如下（可根据自己的爱好或要表达的信息来调整网络）：1）view ——> Show Graphics Details ####将基因的名字显示在节点上2）Layout ——> Cytoscape Layouts —> Force-Directed Layout —> unweighted3）Plugins ——> Network Analysis —> Analyze Network，弹出如下窗口：4）如图所选，Treat the network as undirected —> OK ，会弹出如下窗口：5）如上图，点击 Visualize Parameters（用户也可了解网络的其他属性，如Node Degree Distribution 等，具体信息和意义可以参考cytoscape 的在线帮助或联机帮助），弹出如下图：（1）Map node size to: degree（2）Map node color to: Clustering Coefficient（3）Map edge size to: column 35. 结果说明互作网络中节点(node)的大小与此节点的度(degree)成正比，即与此节点相连的边越多，它的度越大，节点也就越大。
Cytoscape史上最全攻略今天还是讲Cytoscape，虽然已经写了很多相关的⽂章，但是依然有童鞋在问哪⾥可以下载Cytoscape这样没有营养的问题，这让本宫⽆⽐⽆⽐的痛⼼！！！所以今天本宫会很详细、⾮常详细、巨详细、史⽆前例地详细、前⽆古⼈，后⽆来者地详细讲解如何使⽤Cytoscape。
Cytoscape是⽤于可视化⽹络数据的⼀个⾮常强⼤的⼯具，⽐如说表现⼀组基因间的相互关系，数据的表现⼒上孰优孰劣⼀⽬了然。
⽂本形式和⽹络图形式，在数据的表现⼒上点（node）和线（edge）是⽹络图的两个核⼼要素。
我们做各种各样的⽹络图，归根结是⽹络图的两个核⼼要素。
我们做各种各样的⽹络图，归根结底是对图中的点和线进⾏注释，我们通过改变点和线的样式来对点和线赋予各种各样的信息，从⽽实现数据的可视化。
息，从⽽实现数据的可视化很多童鞋可能在下载这⼀步就放弃了，因为下载速度可能会很慢，200M的宽带可能只有2kb的见⽂末⽹盘链接）。
下载速度。
本宫送佛送到西，翻过去给你们把⽕种带回来（见⽂末⽹盘链接）安装的时候先安装java，安装好了之后需要设置环境变量在环境变量中，要修改两个地⽅，⼀个是添加JAVA_HOME。
选择“新建”，变量名填上JAVA_HOME，变量值填上C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_151，在java的安装过程中，默认⼀直下⼀步安装，所以装在C盘，如果你在安装过程中改了，那可能是D盘或者E盘，那么变量值要做相应的更改。
还要修改⼀个地⽅，就是Path，添加JAVA的变量值到Path中，选择Path，然后点“编辑”，在最后⾯添加如下语句;%JAVA_HOME%\bin;打开命令提⽰符cmd，输⼊java -version，如果能正常显⽰，那表明装好了，你就可以装Cytoscape了虽然⽹盘⾥的是最新版本3.60，但是不知道重新安装需不需要重新下载插件什么的，时间所如果⼤家在使⽤过程中发现什么差别，请在迫，今天给⼤家所做的演⽰都是基于3.42版本，如果⼤家在使⽤过程中发现什么差别，请在⽂末留⾔。
Cytoscape新⼿看过来!分享⽣物信息分析的使⽤⽅法、软件、数据库，分析思路Cytoscape 是⼀个专注于开源⽹络可视化和分析的软件。
Cytoscape的核⼼是⽹络（图），其中的节点（node）是基因、蛋⽩质或分⼦，其中的连接则是这些⽣物结构之间的相互作⽤。
其最强⼤的功能还是⽤于⼤规模蛋⽩质--蛋⽩质相互作⽤、蛋⽩质--DNA和遗传交互作⽤的分析。
通过Cytoscape，你可以在可视化的环境下将这些⽣物⽹络跟基因表达、基因型等各种分⼦状态信息整合在⼀起，还能将这些⽹络跟功能注释数据库链接在⼀起（可以通过插件架构进⾏扩展，开发新功能）。
让我们⼀起来探索吧！1）安装2）运⾏可以选⽤软件下载时⾃带的sampleData⽂件下的数据进⾏测试。
数据背景信息介绍如下：Gal1、Gal4和Gal80都是酵母转录因⼦，在相互作⽤⽹络⾥分别对应YBR020W、YPL248C和YML051W。
相互作⽤有两种类型：protein-protein (pp)和protein-DNA(pd)。
表达量信息分别是Gal1、Gal4和Gal80的表达异常情况下的值。
galFiltered.csv是互作⽹络⽂件，galExpData.csv 是表达量信息（属性）⽂件。
现在我们要看这三个转录因⼦表达异常影响到的基因。
a) 数据⽂件导⼊互作⽹络数据⽂件按照File → Import → Network或者使⽤快捷键导⼊，之后按照要求导⼊互作⽹络数据⽂件；属性⽂件按照File → Import → Node Attributes或者使⽤快捷键导⼊，快捷键导⼊⽂件如下图所⽰：b) 调整node显⽰c) 调整node填充⾊（基于基因表达量）d) 调整node形状（Pvalue）e) 过滤数据（基于互作关系）f) 结合⽬的选择：i. 点击选中3个核⼼基因（Gal1、Gal4和Gal80）；ii. 进⼀步选出与核⼼基因相关的周边点和边（Frist Neighbors of Selected Nodes），单独显⽰被选中的点和边；g) 导出图⽚位图：jpg和png，⽮量图：pdf和svg。
Cytoscape⼗讲之下载安装及使⽤Cytoscape⼗讲之⽹络图的认知Cytoscape的功能集中于两点，⼀个是展⽰蛋⽩/其他features间的⽹络图，⼀个使⽤app⾥的⼩⼯具分析，界⾯操作性相对简单(肯定⽐PS简单)。
软件最好更新⼀下，因为不同软件版本，相同按钮的软件中的位置不太⼀样。
直接点击Download 3.7.1，可以下载最新版本。
软件有点⼤，⼏百M。
JAVA安装：java8是否已安装？如果没有安装或环境变量的配置等，安装Cytoscape时候点击提⽰出：是否安装java，点击是即可。
其他默认安装就可以，可以更改安装⽬录。
（但不建议瞎改）如图。
open source：可以找到不同系统(mac/Linux/Wins)释放的不同版本Release Notes：找到释放的不同版本Samples Visualizations：展⽰出软件可视化图的类型，让你看看不同版本，软件能做什么图cytoscape-tutorials：重点！Cytoscape manual：可以查看Cytoscape的⽹页端学习⼿册Cytoscape YouTube channel：你们可以试试能不能打开Documentation for users：可以获得更多学习材料，如3.x PDF Version：本地下载帮助⼿册，⽬前3.6版本的⼿册249页（⾃学）其他软件内启动Cytoscape等Cytoscape 的核⼼是⽹络，简单的⽹络图包括节点（node）和线/边/连接（edge）。
全部适⽤于点/线的参数，我们可以称之为默认参数。
根据某些属性调节的参数带来的渐变或者离散的变化（这个属性，你可以在⽂件中⾃⼰添加⼀列）。
选中某些/个/条调节后适⽤的变化，如特定⼀条线型需要设置为波浪线。
节点：就是线线焦点 形状：圆型、正⽅形等 填充：Fill color ⾼度：Height 宽度：Width边界：节点周围是否再涂边，⽐如⼀个圆，如果边界线全是灰⾊实线，现可调整为不同粗细线，不同颜⾊线，不同形状线条的属性。
C y t o s c a p e软件画图说明-CAL-FENGHAI.-(YICAI)-Company One1Cytoscape软件画图说明1、画图前，先准备两个输入文件。
2、打开cytoscape软件，导入数据。
导入文件点击File ----Import ----Network点击ok得到原始图形节点1，文件中第一列节点2，文件中第2列连接类型，文件中第3列点击layout ----Apply Preferred Out 改变图形排列方式此处可以用鼠标在画布中拖动图形到合适的位置。
改变画布背景。
点击左侧Contro Panel ----Style---network ---Backgroud paint设置节点之间连线的宽度和颜色Contro Panel ----Style---Edge颜色宽度导入个文件点击File ----Import ----Table设置节点图形属性Contro Panel ----Style---Node1、node大小通过设置Height和Width来控制大小2、Node性状通过设置Shape来控制3、Node填充色通过设置Fill Color来控制4、Node标签的设置点击Properties -- Label Position点击Label Position来设置标签位置。
这里是一个示范操作，要细致调整标签位置还是要设置Column和Mapping Type两个参数。
设置完成之后图形调节节点之间的距离点击layout ----Scale鼠标拖动最后，画图导出成pdf文件点击File ----Export----Network View as Graphics11。
Cytoscape2.6使用手册郑国毅译目录目录 (1)一、Cytoscape介绍及其安装的一些要求： (2)Cytoscape2.6的新特点 (2)Cytoscape的安装 (3)系统性能的要求 (3)安装过程 (3)开始应用 (3)内存的消耗说明 (4)栈的大小分配 (4)Cytoscape的界面 (5)菜单 (6)File（文件） (6)Edit（编辑） (7)View（视图） (7)Select(选择) (7)Layout（布局） (7)Plugins（插件） (8)Help（帮助） (8)二、入门Cytoscape (9)三、Cytoscape中基本的数据表达分析 (16)一、Cytoscape介绍及其安装的一些要求：Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。
它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。
它可以通过插件扩展的，为了适应快速发展的附加的计算分析和和其他功能。
他最先用于生物学，为了整合分子间相互作用的网络（高复杂的，和其他的分子状态信息）。
虽然适应任何分子系统的结构和相互关系。
他是非常强大的，在于联合大的数据库（蛋白质，DNA，和对人类和生物日益重要的遗传）。
Cytoscape允许可视化的网络与文件，显型，其它分子状态信息，和链接网络到功能注释。
Cytoscape的重要组织方式是网络，因子，蛋白质和分子用点表示，两点间的交互关系用链接也就是边Cytoscape的发展Cytoscape软件是由以下的机构联合完成的：Institute for Systems Biology (Leroy Hood lab), theUniversity of California San Diego (Trey Ideker lab), Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (ChrisSander lab), the Institut Pasteur (Benno Schwikowski lab), Agilent Technologies (Annette Adler lab) andthe University of California, San Francisco (Bruce Conklin lab).可以访问 得知详细情况许可Cytoscape是受the GNU LGPL (Lesser General Public License)保护的。
