Gaussian入门
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1“零点能”是指:量子在绝对温度的零点下仍会保持震动的能量,这个振动幅度会随着温度增加而加大。
“零点能”就是原子核旋转惯性能。
我们生活生产除核中子间斥力能外都是利用的核旋能,包括身体发热所需能量等,当然也包括燃烧、发光、发热和“磁”线圈产生的“磁力”。
零点能是对分子的电子能量的矫正,表明了在0K 温度下的分子的振动能量对电子能量的影响。
当比较OK 时的热动力学性质时,零点能需要被加到总能量中。
2密度泛函理论的基本原理是: 体系的基态能量是由电子的密度唯一确定的,其基本方程为Kohn-Sham方程, 它与HF方程在形式上完全一样, 只不过是用交换相关泛函代替HF的交换部分而已.在原理上是可以精确计算的,如果可以确定它的精确泛函的话。
但是, 由于其泛函没有一套系统的方法来逼近精确泛函,因此其必须从经验来确定泛函.这就是DFT近似的根源。
3 当体系变的松散时,ab initio 和DFT 基本上得不到最稳定的结构,你可以先用分子力学去优化一下。
或者你需要固定的原子是不是太大,如果可以作为环境处理的话,可以考虑QM/MM。
另外,初次优化基组不要用太大,逐步提高。
4如果你计算freq有个很小的虚频,可以用改变网格来消虚频。
默认的网格是75302,加入这个命令是指定99590网格。
5 L9999 出错就是说在默认的循环次数里未完成所要求的工作,无法写输出文件。
6一般地,优化所得驻点的性质(极小点还是过渡态)要靠频率来确定;而对过渡态,要确定反应路径(即到底是哪个反应的过渡态)必需要做IRC 了,不然靠不住的(往往用QST 找到的过渡态并不一定就是连接输入反应物和产物的过渡态)。
7在我们用QST2 或QST3 来优化过渡态时,需输入反应物和产物,实际上反应物和产物的输入顺序是没有关系的。
就是说,先输反应物后输产物和先输产物后输反应物得到的是同样的过渡态。
这也好理解,QST2 里对过渡态的初始猜测实际上是程序自动将输入的反应物和产物的各变量取个平均,所以输入顺序是没有关系的。
Gaussian⼊门技巧⼀(⾃旋多重度)
关于⾃旋多重度
定义: 多重度=2S+1, S=n*1/2,n为单电⼦数。
所以,关键是单电⼦的数⽬是多少。
当有偶数个电⼦时,例如 O2,共有16个电⼦,那么单电⼦数⽬可能是0,即8个alpha和8个beta电⼦配对,对应单重态,但是也可能是有9个α电⼦和7个β电⼦,那么能成对的是7对,还剩2个α没有配对,于是n=2,对应的是多重度3。
同理还可以有多重度5,7,9, ...⼀般⽽⾔,是多重度低的能量低,最稳定,所以,⼀般来说,偶数电⼦的体系多重度就是1。
但是也有例外,例如O2就是⼀个⼤家都知道的例⼦,它的基态是三重态,其单重态反⽽是激发态。
所以对于未知的体系,还是算⼏个保险⼀点,看哪个能量更低。
总结⼀下:
电⼦数⽬是偶数,未成对电⼦数⽬n=0,2,4,6,...⾃旋多重度是1,3,5,7,...
电⼦数⽬是奇数,未成对电⼦数⽬n=1,3,5,7,...⾃旋多重度是2,4,6,8,...
多数情况是多重度低的能量低,有时(特别是有“磁”性的时候,例如顺磁的O2,以及Fe啊什么的),可能会⾼多重度的能量低,所以需要都算算,看哪个能量更低。