《Gaussian入门》
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1“零点能”是指:量子在绝对温度的零点下仍会保持震动的能量,这个振动幅度会随着温度增加而加大。
“零点能”就是原子核旋转惯性能。
我们生活生产除核中子间斥力能外都是利用的核旋能,包括身体发热所需能量等,当然也包括燃烧、发光、发热和“磁”线圈产生的“磁力”。
零点能是对分子的电子能量的矫正,表明了在0K 温度下的分子的振动能量对电子能量的影响。
当比较OK 时的热动力学性质时,零点能需要被加到总能量中。
2密度泛函理论的基本原理是: 体系的基态能量是由电子的密度唯一确定的,其基本方程为Kohn-Sham方程, 它与HF方程在形式上完全一样, 只不过是用交换相关泛函代替HF的交换部分而已.在原理上是可以精确计算的,如果可以确定它的精确泛函的话。
但是, 由于其泛函没有一套系统的方法来逼近精确泛函,因此其必须从经验来确定泛函.这就是DFT近似的根源。
3 当体系变的松散时,ab initio 和DFT 基本上得不到最稳定的结构,你可以先用分子力学去优化一下。
或者你需要固定的原子是不是太大,如果可以作为环境处理的话,可以考虑QM/MM。
另外,初次优化基组不要用太大,逐步提高。
4如果你计算freq有个很小的虚频,可以用改变网格来消虚频。
默认的网格是75302,加入这个命令是指定99590网格。
5 L9999 出错就是说在默认的循环次数里未完成所要求的工作,无法写输出文件。
6一般地,优化所得驻点的性质(极小点还是过渡态)要靠频率来确定;而对过渡态,要确定反应路径(即到底是哪个反应的过渡态)必需要做IRC 了,不然靠不住的(往往用QST 找到的过渡态并不一定就是连接输入反应物和产物的过渡态)。
7在我们用QST2 或QST3 来优化过渡态时,需输入反应物和产物,实际上反应物和产物的输入顺序是没有关系的。
就是说,先输反应物后输产物和先输产物后输反应物得到的是同样的过渡态。
这也好理解,QST2 里对过渡态的初始猜测实际上是程序自动将输入的反应物和产物的各变量取个平均,所以输入顺序是没有关系的。
新手入门:Gaussian09通过DFT优化分子结构计算出HOMO/LUMO 轨道基础教程(零基础小白操作指南)所需软件:化学硕士研究生理论计算纯手打经验分享,制作人:坑里的铁蛋菌1.创建打开,File→New→Creat new molecule group在创建面板画出所需计算分子式(以苯环为例)。
图1-1菜单栏图1-2画图界面2.计算菜单栏:依次选择Caculate→Gaussian calculation set up→job type:选择opt+Frep图1-3job type参数Method选择参数如下图:图1-4Method参数其中Basis set中计算方法可根据自身情况选择,图示参数为最简化计算方法。
Method之后的参数系统默认即可,不影响计算结果。
图1-5其它参数界面Submit提交;会提示保存,根据提示界面进行保存(注意保存路径必需全英文);保存文件后弹出转向高斯对话框,点击OK,跳出高斯计算对话框;等待计算结束(计算过程中保持Gauss09Revision计算对话框进行中,Gauss view09可关闭不影响计算)图1-6提交界面图1-7提示保存图1-8保存路径全英文图1-9保存文件后弹出转向高斯对话框图1-10高斯开始计算计算完成,对话框弹出,选择是关闭对话框。
图1-11计算完成弹出对话框3.数据分析打开存储路径,计算完成后,共生成三个文件.图1-12存储路径打开Gauss view09,将后缀为.chk的文件拖入其中。
可以得到经过优化的结构。
图1-13结构优化后的苯环进入菜单栏Edit-->MOs选项,得到窗口如图1-15图1-14MOs选项选中visualize-->单击update,将开始进行电子云渲染。
图1-15MOs点击后呈现页面图1-16电子云渲染4.数据加工渲染结束后,对话框中呈现出HOMO与LUMO轨道的空间电子云分布图,可进行具体分析,单机轨道旁的小方块对HOMO和LUMO轨道进行切换。