分子生物学实验
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感受态细胞:处于容易吸收外源DNA状态的细菌细胞
转化:细菌细胞的生物学特性由于吸收外源DNA而发生遗传特征的改变。
阳性对照:转化实验中应设立一个标准转化管,里面加已知量超螺旋质粒DNA和感受态细胞,以计算本次试验的转化效率。
如没有克隆长出,说明感受菌或转化缓冲液有问题。
阴性对照:在转化实验中,必须设立一份不加DNA只有感受态细胞的对照管,而且独立铺于一个含有适量抗生素的平板,平常情况下不应有克隆长出,如有下列情况,必须引起重视。
载体:基因工程所必须的工具,用于将目的基因运载到宿主细胞内的克隆与表达。
质粒:是细菌或细胞染色质以外的,能自主复制的,与细菌或细胞共生的遗传成分。
拷贝数:是指某目的基因在某一生物群体或个体中存在的个数。
基因组:单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。
限制性内切酶:一种在特殊核甘酸序列处水解双链DNA的内切酶。
酶切图谱:描述限制性内切酶的酶切点的位置和距离信息的图谱。
PCR:多聚酶链式反应的原理类似于DNA的天然复制过程。
在待扩增的DNA片段两侧和与其两侧互补的两个寡核苷酸引物,经变性、退火和延伸后,DNA扩增2n倍。
Tm值:是DNA熔解温度,指把DNA的双螺旋结构降解一半时的温度。
不同序列的DNA,Tm值不同。
DNA中G-C含量越高,Tm值越高,成正比关系。
引物:DNA复制时,由引物酶催化合成的DNA复制的RNA引导序列。
体外人工合成DNA中,可与模板结合的单链核苷酸片段。
模板:其结构作为另一个分子合成的模型或依据的分子。
如转录合成RNA时所依赖的模板DNA。
Taq酶:从水生栖热菌Thermus Aquaticus (Taq )中分离出的具有热稳定性的DNA 聚合酶。
变性:加热使模板DNA在高温(94℃)变性,双链间的氢键断裂而形成两条单链。
退火:使溶液温度降至50-60℃,模板DNA与引物按碱基配对原则互补结合。
延伸:溶液反应温度至72℃,耐热DNA聚合酶以单链DNA为模板,在引物的引导下,利用反应混合物中的4种脱氧核苷酸,按5’3’方向复制出互补DNA。
移液器:
原理是活塞通过弹簧的伸缩运动来实现吸液和放液。
在活塞推动下,排出部分空气,利用大气压吸入液体,再由活塞推动空气排出液体。
使用移液器时,配合弹簧的伸缩性特点来操作,可以很好地控制移液的速度和力度。
注意事项1.当移液器吸嘴有液体时切勿将移液器水平或倒置放置,以防液体流入活塞室腐蚀移液器活塞;
2.正确使用移液器吸液.排液,以达高精准度。
尤其注意排液的2) . 3) 操作;
3.平时检查是否漏液的方法:吸液后在液体中停1-3 秒观察吸头内液面是否下降;如果液面下降首先检查吸头是否有问题,如有问题更换吸头,更换吸头后液面仍下降说明活塞组件有问题,应找专业维修人员修理。
4. 需要高温消毒的移液器应首先查阅所使用的移液器是否适合高消毒后再行处理。
离心机:
原理利用离心机转子高速旋转产生的强大的离心力,加快液体中颗粒的沉降速度,把样品中不同沉降系数和浮力密度的物质分离开。
注意事项1 离心机要放在平坦和结实的地面或实验台上,不允许倾斜;
2 通常离心机都会有登记表,请在使用前确实登记使用者、转头、转速、时间;
3 离心管一定要用天平平衡重量(重量平衡),盖上离心管盖子并旋紧;
4 把平衡好的离心管对称地放入离心陀中(位置平衡),盖上离心陀的盖子,注意有无旋紧;
5 完成离心时,要等离心机自动停止,不允许用手或其他物件迫使离心机停转,待转头完全静止后,才能打开舱门,尽快取出离心管,先观察离心管是否完全,以及沉淀的位置,尽速把上清倒出,小心不要把沉淀弄混浊。
电泳系统:
注意事项进行电泳操作时,一定要戴一次性手套进行操作,注意自我保护;接触过电泳缓冲液或凝胶的手套或用品,不要污染清洁区域,不要污染仪器设备。
PCR仪:多聚酶链式反应的原理类似于DNA的天然复制过程。
在扩增的DNA片段两侧和与其两侧互补的两个寡核苷酸引物,经变性、退火和延伸后,DNA扩增2n倍。
注意事项:1.引物设计要合理,高质量的引物对PCR反应尤其重要。
一般情况下,引物长度在15-25个核苷酸;GC含量40-60%;Tm值高于55℃;引物与模板碱基非特异性配对率<70%;二条引物间的碱基配对数<5个,引物自身配对形成的茎环结构的碱基数不大于3。
2.因PCR反应是高灵敏度的扩增反应,防止其他DNA污染非常重要。
3.实验中有非特异性产物出现时,可通过提高退火温度,适当降低酶、引物和dNTP的用量,或者在两个引物的内侧序列上另外设计一对或一条引物,对已扩增的DNA产物稀释后再做PCR扩增。
4.若PCR扩增不出产物,则可采取的方法:重新设计引物或换一份引物,检测模板质量或换用更高质量的模板;重新换一份酶;调整缓冲液条件,尤其注意Mg2+的浓度;在反应体系中加入2.5-10%的DMSO 以减少二级结构的形成,增加反应的特异性。
5.温度循环参数的设置视NA的性质进行优化设计,若模板DNA片段较大,可延长变性时间,若待扩增产物片段较大,延长延伸时间。
得率低:1)如果RNA污染,可能:菌体过量,RNaseA失效。
2)如果基因组DNA污染,可能:洗脱液pH<7.0;洗脱温度过低;洗脱液未加在吸附膜中央;步骤4将上清移入吸附柱时,吸入了絮状蛋白质。
质量低:1)如果是基因组DNA污染,可能:加入溶液Solution 1后室温放置时间超过5分钟;加入Solution2和Solution 3后混匀动作不温和;吸附柱上的样品离心不下去,样品中有较大量蛋白质。