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鱼类分子系统学研究摘要：鱼类的进化地位非常重要，鱼类是最低等的脊椎动物,是无脊椎动物向脊椎动物进化的重要一环。
鱼类系统进化的方法有分子系统学的方法及形态学的方法，本文介绍了分子系统学的相关研究，根据多年来的研究详细介绍与总结了主要的分子系统学研究方法，包括基于线粒体全基因组的系统进化，基于细胞色素b片段序列分析系统进化的方法，短散在核重复序列SINEs在鱼类系统进化的研究及鱼类微卫星标记的应用等，并对分子系统学在鱼类系统进化中的作用及前途做了展望。
关键字：鱼类；分子系统学；线粒体全基因组；细胞色素b；SINEs；微卫星；前言现代鱼类生活在地球上的各种类型的水域中，是现存数量最多、动物进化研究中最重要的脊椎动物。
它们是数量最多的脊椎动物，其次颌的产生是脊椎动物发生巨大的变化，到末期，鱼类的登陆更为脊椎动物的进化开创了许多新的可能性。
尽管如此，这也只是鱼类突出的一部分。
从整个鱼类进化的系统树上来看，仅仅是很小的分支，也是适应现代生活环境最成功的类群。
在大约五亿年前的寒武纪晚期的地层中，就发现了鱼类化石。
系统发育（phylogeny）也称系统发展，是与个体发育相对而言的，它是指某一个类群的形成和发展过程。
大类群有大类群的发展史，小类群有小类群的发展史，从大的方面看，如果研究整个植物界的发生与发展，便称之为植物界的系统发育。
系统发育学研究的是进化关系，系统发育分析就是要推断或者评估这些进化关系。
通过系统发育分析所推断出来的进化关系一般用分枝图表（进化树）来描述，这个进化树就描述了同一谱系的进化关系，包括了分子进化（基因树）、物种进化以及分子进化和物种进化的综合。
1分子系统学（molecular systematics）概述1.1分子系统学定义及原理分子系统学[1]是新近发展的一门综合性前沿学科，它以分子生物学、系统学、遗传学、分类学和进化论为理论基础，以分子生物学、生物化学和仪器分析技术的最新发展为研究手段，具有很强的交叉性。
摘要摘要大刺鳅(Mastacembelus armatus)隶属合鳃目(Symbranchiformes)、刺鳅科(Mastacembelidae)、刺鳅属(Mastacembelus)，是一种广泛分布在我国南部各水系的重要的经济鱼类。
近年来，随着经济的迅猛发展，人为过度捕捞和生存条件恶化等原因，促使大刺鳅野生资源下降，因此，保护大刺鳅的野生资源迫在眉睫。
物种的遗传多样性(genetic diversity)是其适应环境和保持演化潜力的基础，目前有关大刺鳅遗传多样性的研究较少，因此，本研究以不同水系的大刺鳅为研究对象，利用微卫星标记(microsatellite marker)和EPIC(exon-primed intron-crossing)分子标记，对大刺鳅的遗传多样性和遗传结构(genetic structure)进行研究，为其遗传资源保护和利用奠定基础。
本研究的主要内容如下：1.通过PIMA(PCR isolation of microsatellite arrays)法和RAD-seq(restriction-site associated DNA tags sequencing)法两种方法筛选了66对大刺鳅微卫星引物。
每对引物经过聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳进行筛选。
PIMA法开发的6对引物中有4对为多态引物，平均等位基因数N A为2.333，平均期望杂合度H E和观测杂合度H O分别为0.272和0.139，平均多态信息含量(PIC)值为0.234，有4个位点经校正后仍偏离哈迪温伯格(Hardy-Weinberg)平衡(P<0.05)。
RAD-seq开发的60个位点中有30个偏离Hardy-Weinberg平衡，其中有58个位点表现出多态性，平均等位基因数为6.383，平均期望杂合度H E和观测杂合度H O分别为0.602和0.760，平均PIC值为0.537。
2.利用10个微卫星分子标记对中国南部10个大刺鳅群体共283个个体进行了遗传多样性分析。
第26卷 第6期水生生物学报V ol.26,N o.6 2002年11月ACT A HY DROBI O LOGIC A SI NIC A N ov.,2002 铲鲟微卫星引物对中华鲟的适用性研究邵昭君 赵 娜 朱 滨 周发林 常剑波(中国科学院水生生物研究所,武汉 430072)摘要:将21对铲鲟(Scaphirhynchus platorynchus Rafinesque)的微卫星引物在中华鲟(Acipensersinensis G ray)基因组DNA上进行PCR扩增,14对(约占67%)引物得到了扩增产物,其中有10对(约占48%)表现为多态性,但只有2对(915%)引物S pl2100和S pl2168的多态性较高,且带型清晰,可直接作为分子标记应用于相关的研究。
此外,对具有特异性扩增,但有S tutter band现象的4对引物的部分可分离PCR产物进行了回收和测序,并对其中的3对引物的序列进行了重新设计,最后得到两对可应用于中华鲟的引物As2100和S pl2170b。
研究结果表明,对相近种的微卫星引物进行优化设计来获得一个物种的微卫星引物是一条简捷有效的途径。
关键词:中华鲟;铲鲟;微卫星引物;引物重新设计中图分类号:59651215 文献标识码:A 文章编号:100023207(2002)0620577208在鲟鱼类微卫星的研究中,May等在湖鲟的基因组文库中筛选出11个微卫星位点,并在6种鲟属鱼类和2种铲鲟属鱼类上进行了测试[1]。
随后,McQuown等又在铲鲟的3个亚基因组富集文库中选取172个克隆进行测序,对其中的113个序列进行了引物设计,最终得到108对特异性的微卫星引物,并分别在苍铲鲟(Scaphirhynchus albus F orbes& Richards on),高首鲟(Acipenser transmontanus Richards on),湖鲟(A1f ulvescens Rafinesque)和中吻鲟(A1medirostris Ayres)上进行了测试[2]。
蟹类微卫星DNA标记的筛选及其在遗传学研究中的应用刘萍;宋来鹏;李健;刘振辉【期刊名称】《中国海洋大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2008(038)005【摘要】微卫星DNA标记是近年来最受研究者青睐的分子标记之一.由于其具有高度多态性、共显性遗传、基因组中含量丰富且随机分布等特点,已被应用于种群分化研究、亲缘分析、基因连锁分析、进化以及生态学研究等许多领域.近年来,蟹类微卫星的研究报道日益增多.文中对蟹类微卫星分离方法、引物设计、遗传学特性以及在种群遗传、家系分析、遗传多样性评价等方面的最新研究进展进行综述,并分析微卫星分析中无效等位基因(null allele)、"结巴"带(stutter bands)和上游等位基因"扩增丢失"现象(upper allelic dropout)的产生原因以及对微卫星基因型判读带来的影响.【总页数】7页(P712-718)【作者】刘萍;宋来鹏;李健;刘振辉【作者单位】中国海洋大学海洋生命学院,山东,青岛,266003;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国海洋大学海洋生命学院,山东,青岛,266003;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国海洋大学海洋生命学院,山东,青岛,266003【正文语种】中文【中图分类】S917;Q343【相关文献】1.微卫星筛选及其在对虾遗传学研究中的应用 [J], 张留所;相建海2.微卫星DNA标记开发技术进展及其在经济植物研究中的应用 [J], 王娟娟;赵明;韩雨威;吴蒙蒙;刘瑞振;沈超;祁哲晨3.应用微卫星DNA标记对Wistar和SD大鼠封闭群的遗传学研究 [J], 商海涛;魏泓;岳秉飞;徐平4.蟹类育苗中亲体消毒药物的筛选与应用研究 [J], 袁思平;戴海平;吴仲宁;蔡惠凤;薛聪顺;王小波5.海洋贝类微卫星DNA标记的开发及其在遗传学研究中的应用 [J], 李琪因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
分子生物学技术在水产动物中的研究与应用摘要: 分子生物学技术作为生命科学中发展最为迅速的学科之一,其对水产动物产生的影响也越来越深远。
对分子生物学技术在水产动物中的应用,如PCR技术、转基因技术、DNA指纹图谱技术、核酸杂交技术等,在促进水产动物的生长、增强水产动物的抗病力、培育优良品种及生产新品系等方面进行了综述,并阐述了其在水产养殖中的潜在影响。
关键词:PCR；DNA指纹图谱；转基因；核酸杂交；水产动物水产业是目前中国大农业中发展较快的产业之一,我国的水产品总产量在世界上占有举足轻重的地位。
然而,水产科学技术的相对落后成了制约其进一步增长的重要因素。
要彻底摆脱水产技术与生产的不平衡性,大力发展水产业的高新技术是至关重要的。
分子生物学技术的迅猛发展,是近年来生命科学中最为突出的特征之一。
目前,分子生物学理论与技术已广泛的应用于动植物品种的改良、鉴定以及人类疾病诊断与治疗等领域。
近些年,分子生物学技术逐步涉入水产领域,并体现出极高的应用价值和经济价值。
它对解决水产业的技术难题、开创新的领域、改造产业的传统模式起着十分重要的作用。
许多国家都在大力研发与水产业有关的分子生物学技术,着力于开发新的优良养殖种类、培育高产抗逆的良种以及探寻检测和防治病害的新技术新方法等。
因此应用分子生物学技术进行水产养殖品种的改良和疾病的预防很有发展潜力。
现就分子生物学技术在水产动物中的应用作简要介绍。
1 PCR技术的应用PCR即聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR),是以待扩增为目的DNA的两条链为模板,由一对人工合成的寡核苷酸为引物所介导,通过DNA聚合酶酶促反应,快速扩增特异DNA序列。
PCR出现的时间虽短,但它却迅速而广泛地应用于分子生物学各个领域。
目前,PCR技术逐渐应用于水产养殖领域,如吴中华等(1998)利用PCR技术成功的对中国对虾的病毒进行了检测;庞耀珊等(2004)利用二温式反转录PCR(reverse transcriptio npolymerase chainreaction,RT-PCR)技术进行了对虾桃拉病毒(taurasyn dromevirus,TSV)的研究,显示了RT-PCR在TSV临床检测中具有较高的实用性。
基于遗传标记的鱼类品种鉴定与遗传多样性分析遗传标记是分子生物学领域中一种重要的工具，用于鉴定物种的亲缘关系以及评估种群的遗传多样性。
在鱼类研究中，遗传标记的应用也得到了广泛的认可和应用。
本文将重点探讨基于遗传标记的鱼类品种鉴定与遗传多样性分析的方法和应用。
一、遗传标记的选择在鱼类研究中，常用的遗传标记包括微卫星、单核苷酸多态性（SNP）和线粒体DNA序列等。
微卫星是一种重复序列，其长度多态性较高，具有较高的遗传变异性，适用于种群遗传结构和亲缘关系的分析。
SNP是基因组中最常见的遗传变异形式，具有广泛的分布，适用于大规模的遗传分析。
线粒体DNA序列多用于进行物种鉴定，因为其具有高度的保守性和种间变异性。
二、鱼类品种鉴定的方法1.微卫星分析法微卫星分析是一种常用的鱼类品种鉴定方法。
该方法通过PCR扩增目标基因区域，并利用凝胶电泳分离扩增产物，根据不同品种之间的微卫星位点差异来进行鉴定。
通过构建微卫星位点谱图，可以准确鉴定不同鱼类品种。
2.SNP分析法SNP分析是一种高通量的分析方法，可以同时分析多个SNP位点。
该方法通过基因芯片或下一代测序技术，将样品中的DNA序列与参考基因组进行比对，根据SNP位点的差异来进行品种鉴定。
SNP分析具有高度的准确性和灵敏度，在鱼类品种鉴定中发挥着重要作用。
三、遗传多样性分析的方法1.多态性指数分析法多态性指数是衡量种群内遗传多样性的重要指标。
常用的多态性指数包括希尔指数、皮尔逊指数和多样性指数等。
通过对不同种群的多态性指数进行比较，可以评估不同种群之间的遗传多样性差异。
2.遗传结构分析法遗传结构是指种群内个体之间的亲缘关系和遗传分化程度。
常用的遗传结构分析方法包括AMOVA分析和PCA分析。
AMOVA分析可以通过计算不同种群之间的遗传变异占总变异的比例，来评估种群之间的遗传分化程度。
PCA分析则可以将多个遗传标记的数据转化为坐标轴上的坐标，直观地展示种群之间的亲缘关系。
微卫星标记技术及其应用
陈锡文;管敏强
【期刊名称】《实验动物与比较医学》
【年(卷),期】2005(25)3
【摘要】微卫星标记具有数量多、在基因组中分布广、多态性丰富、呈孟德尔共显性遗性、检测快速方便等特点.本文简述了微卫星技术基本原理、优点和检测方法以及在实验动物科技等领域中的应用,例如遗传连锁图谱、分子标记辅助育种、遗传多样性分析、遗传质量检测等.
【总页数】4页(P182-185)
【作者】陈锡文;管敏强
【作者单位】温州医学院实验动物中心,温州,325027;温州医学院实验动物中心,温州,325027
【正文语种】中文
【中图分类】Q95-33
【相关文献】
1.微卫星分子标记技术在水产养殖行业的应用 [J], 杨子拓;刘丽
2.微卫星分子标记技术在遗传学实验教学中的应用--科研转化为实验教学的实践和探索 [J], 李洁;梁前进;靳溪;王红芳
3.微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用 [J], 黎玉元;姚一彬;孙念
4.微卫星DNA标记技术的特点及其在动物研究中的应用 [J], 徐兴莉;杨虎
5.紫花苜蓿微卫星(SSR)标记技术在草学本科遗传学实验教学中的应用 [J], 王小山; 王炳盛; 刘隆阳
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利用微卫星标记技术对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)家系系谱认证的研究孙建华;马爱军;崔文晓;王广宁;孙志宾;王新安;孟雪松;刘圣聪;张涛【摘要】红鳍东方鲀(Takifugurubri pes)是我国北方地区的一种经济型海水鱼类,但目前对其群体遗传多样性和系谱信息研究成果较少.本文研究了目前红鳍东方鲍养殖群体的遗传多样性情况和系谱信息,为其提供遗传改良的理论基础.从2015年所建的12个红鳍东方鲍家系中随机选取5个家系,采用8个微卫星标记对其遗传多样性进行分析和系谱认证.8个位点共检测得到32个等位基因,每个位点等位基因数为3～6个,平均值为4个.平均观测杂合度(A)范围为0.453 3～0.953 3,平均期望杂合度(He)范围为0.490 8～0.790 1,平均多态信息含量(PIC)范围为0.455 5～0.754 6.不同位点共发现8个特异性等位基因,7 #家系发现3个,3 #和11 #家系各发现2个,1 2 #家系发现1个,10#家系未发现特异性等位基因.根据子代基因型成功推断出5个家系的亲本基因型,据此鉴别各个家系.在fms15位点,可将3#和11#家系与其他家系相区别;TOG01位点可将7 #家系与其他家系相区别;f1497位点可将12#家系相区别.因此,fms15,TOG01,f1497这3个标记可以作为鉴别5个家系的特异性标记.结果说明,所选的8个微卫星标记在这5个家系中多态信息含量较高,且在已选用的8个微卫星标记中,最少用3个标记可鉴别5个红鳍东方鲀家系.综合分析表明微卫星标记能有效地为红鳍东方鲍群体的系谱分析提供技术支持,为今后红鳍东方鲍开展分子标记辅助育种提供了可靠的理论依据.%Takifugu rubripes is one of the ecnomic sea fish in northern coast of China.In recent years,there are few studies on genetic diversity and genealogical information of Takifugu rubripes.In this study the genetic diversity and genealogical information of Takifugu rubripes were investigated,providing the basis oftheory for genetic improvement.Five families were randomly sampled from twelve families which have been established in 2015.Eight pairs of microsatellite primers were used to identify the genealogy and analyze the genetic diversity among five cultured populations of Takifugu rubripes.Thirty-two alleles were detected at eight microsatellite loci.The number of alleles (A) at each locus ranged from three to six with an average of four.The value of average observed heterozygosities was 0.453 3 ～ 0.953 3.The expected heterozygosities(He) was 0.490 8～0.790 1 and the mean polymorphic information content(PIC) ranged from 0.455 5 to 0.754 6.Eight family unique alleles were found out:three in 7# family,two in 3# family,two in 11# family,one in 12# family.Family unique allele was not found in family 10#.Based on the genotypes of offspring,all parental genotypes of the five families were successfully deduced.3# family and 11# family were identified from the other families at locus fms15.7# family was separated from the other families at locus TOG01.12# family was distinguished from the other families at locus f1497.The three microsatellite markers(fms15,TOG01,f1497)could be used to identify five families.Results show that there exists high genetic diversity among the five families.The five families could be identified using at least three microsatellite markers selected from Eight microsatellitemarkers.Microsatellite marker is an useful tool for genealogical identification of Takeifugu rubripes.And it is a reliable basis for molecular marker-assisted breeding in the future.【期刊名称】《海洋科学进展》【年(卷),期】2017(035)003【总页数】12页(P392-403)【关键词】红鳍东方鲀;微卫星;遗传多样性;系谱认证【作者】孙建华;马爱军;崔文晓;王广宁;孙志宾;王新安;孟雪松;刘圣聪;张涛【作者单位】上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东青岛266071;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛266071;大连天正实业有限公司,辽宁大连116000;大连天正实业有限公司,辽宁大连116000;大连天正实业有限公司,辽宁大连116000【正文语种】中文【中图分类】Q953系谱认证作为一种有效的水产动物遗传育种技术,广泛应用于鱼类[1-8]、甲壳类[9-13]和贝类[14-17]。
基于分子标记的鱼类遗传多样性与保护研究鱼类是水生生物中数量最多、形态最为丰富的一类动物，而其基因组多样性、遗传分化和地理分布变异等方面也体现着其极高的适应性和生存能力。
然而，随着人类活动的不断加剧，许多湖泊、河流和海洋等生态系统中的鱼类数量不断减少，物种多样性也越来越低下，这无疑是对生态平衡和人类未来生存环境的严重威胁。
因此，对于鱼类遗传多样性的研究和保护显得更为迫切。
遗传标记是由遗传物质中的特定基因片段或位点组成的遗传信息，它是研究物种基因演化、系统发育和种群遗传结构等方面的重要工具。
其中，分子标记的应用最为广泛，如限制性片段长度多态性（RFLP）、随机扩增多态性（RAPD）、微卫星标记（SSR）和单倍型标记等，它们能够被用于描述在物种、种群和个体遗传结构上的多样性变化和演化，为鱼类遗传多样性研究提供了有力的支撑。
其中，微卫星标记被广泛应用于鱼类遗传多样性的研究中。
微卫星是在基因组中包含短的、高度变异的重复序列序列的DNA片段。
鱼类多种多样的微卫星标记已经被开发出来，因为它们能够用于估计鱼类种群的遗传多样性、分离和分化程度以及基因流交换的频率等基本参数。
同时，微卫星标记还可以从系统分子遗传学的角度，为鱼类的系统发育关系和种群结构提供支撑，并且在保护性育种和遗传资源保护等方面也能发挥巨大的作用。
一些研究表明，鱼类的遗传多样性与其生境有着很大的关系。
不同栖息水体的鱼类种群之间、不同流域内的种群之间以及环境变化引起的不同种群发生了遗传多样性的变化。
这些变化可能是多样的、细节的，或者是相对较大、全放式的。
同时，气候变化、水体污染等因素的加剧会加剧鱼类基因的变异，使其遗传多样性下降，由于生态适应性不足而导致物种面临灭绝的风险也日益加大，因此对于鱼类遗传多样性的研究和保护显得尤为重要。
总的来说，鱼类遗传多样性与其生态环境紧密相关，分子标记技术能够借助样品组织采集、DNA提取、PCR扩增和测序等手段破译其基因信息，为物种保护与利用提供科学依据。
水产生物微卫星标记技术研究进展及其应用一、本文概述随着现代生物技术的飞速发展，微卫星标记技术（Microsatellite Markers）已成为水生生物学研究中不可或缺的工具。
本文旨在全面综述水产生物微卫星标记技术的最新研究进展，包括其在水生生物遗传多样性分析、种群遗传结构解析、亲缘关系鉴定、遗传图谱构建、基因定位以及辅助育种等多个领域的应用。
本文还将探讨微卫星标记技术在未来水产生物学研究中的发展趋势和潜在挑战。
我们将对微卫星标记技术的基本原理和特点进行简要介绍，以便读者对该技术有一个清晰的认识。
随后，我们将重点回顾近年来微卫星标记技术在各类水产生物（如鱼类、甲壳类、贝类等）中的研究应用，以及所取得的重要成果。
在此基础上，我们将分析当前研究中存在的问题和不足，并对未来发展方向进行展望。
通过本文的阐述，我们期望能为从事水产生物学研究的学者和技术人员提供有益的参考和启示，推动微卫星标记技术在水产生物学领域的应用和发展。
二、微卫星标记技术的基本原理和方法微卫星标记技术，也称为简单序列重复（Simple Sequence Repeats, SSRs）或短串联重复（Short Tandem Repeats, STRs），是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术。
其基本原理是利用生物基因组中广泛存在的微卫星DNA序列，这些序列由1-6个碱基组成的重复单元串联而成，重复次数在不同个体或品种间存在差异，从而表现出多态性。
微卫星位点的筛选和引物设计：通过生物信息学方法，从已知的基因组序列中筛选出微卫星位点，然后利用这些位点的序列信息设计特异性引物。
PCR扩增：以基因组DNA为模板，利用设计的特异性引物进行PCR 扩增，扩增产物即为包含微卫星序列的DNA片段。
电泳检测和数据分析：将PCR产物进行凝胶电泳，根据DNA片段的大小差异进行分离，然后通过凝胶成像系统观察并记录结果。
通过对电泳图谱的分析，可以计算出微卫星序列的重复次数，从而得到不同个体或品种间的多态性信息。
本技术公开了大麻哈鱼的微卫星分子标记位点及多态性引物和应用。
本技术从大麻哈鱼基因组DNA中筛选出10个微卫星位点，并根据这些位点在微卫星位点两端的侧翼序列设计特异性引物，使用所获得引物的扩增结果具有多态性和稳定性，可适用于大麻哈鱼亲缘关系鉴定，种群遗传多样性检测，以及分子辅助育种领域。
权利要求书1.大麻哈鱼微卫星分子标记位点的序列，其特征在于，该序列为SEQ ID：1-10。
2.如权利要求1所述微卫星分子标记位点序列，其特征在于，该微卫星分子标记位点两端的侧翼序列上设计的引物序列为SEQ ID：11-30。
3.权利要求2所述的引物序列SEQ ID：11-30的筛选方法，其特征在于，该筛选方法基于全基因组的简化基因组测序后进行多态性筛选。
4.如权利要求3所述的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法具体为：先用酶切法建库，然后进行测序，对读到的序列进行微卫星分析，先选出微卫星重复单元比较多的序列，再对比基因组文库筛选得到了多个微卫星分子标记位点，并根据相关位点，设计引物并予以合成；再在大麻哈鱼多个个体中进行PCR扩增验证，筛选出扩增产物正确的引物对，再对产物正确的引物对进行筛选，最终从中筛选出10对多态性良好的微卫星引物序列SEQ ID：11-30。
5.权利要求1所述的微卫星分子标记位点序列SEQ ID：1-10在大麻哈鱼亲缘鉴定中的应用。
6.权利要求2所述的引物序列SEQ ID：11-30在大麻哈鱼亲缘鉴定中的应用。
7.如权利要求7所述的应用，其特征在于，该应用的具体亲缘鉴定方法包括以下步骤：1)样品基因组DNA提取；2)荧光引物合成：对得到的10对引物序列SEQ ID：11-30进行荧光引物合成；3）PCR扩增，产物分析检测；4）对上述检测数据分析，计算等位基因、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量，多态性分析鉴定亲缘关系。
技术说明书大麻哈鱼微卫星分子标记位点及多态性引物和应用技术领域本技术属于分子生物学DNA分子标记技术领域，具体涉及大麻哈鱼微卫星分子标记的开发技术。
微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用
作者：黎玉元姚一彬孙念
来源：《湖南饲料》 2013年第2期
黎玉元姚一彬孙念
（湖南农业大学水生生物学实验室长沙410128）
摘要：微卫星分子标记与普通分子标记相比，它具有更多的优点，因其重复性好，多态性高，含量丰富且呈共显性遗传的特点，已成为目前最受欢迎的分子标记之一，并且得到了广泛应用。
本文结合国内外的研究，主要对微卫星的形成机理、特点，以及在水产动物中的应用等方面进行综述，并对其前景进行了展望。
关键词：微卫星标记：水产动物：应用
微卫星(Micro-satellite)是一种比小卫星DNA具有更短重复单元的DNA序列，它是由少数几个核苷酸（多数为2-4个）为单位多次串联重复的DNA序列，因此又被称之为简单重复序列(SingleSequence Repeats，SSR)、简短串联重复序列(ShortTandem Repeats，STR)或简单序列长度多态性(Simple sequence length Polymorphism,SSLP)。
在对微卫星的构成与分布的研究中发现重复单元的构成与分布是不一致的，因此可以将微卫星DNA序列分为3种类型：间断型(interrupted)、单一型(pure)和复合型(compound)，由于微卫星具有诸多优点，因此很快就发展为一种新兴的分子标记技术，并得到了广泛应用。
1 微卫星形成的机理
关于微卫星形成的机理存在着多种说法，其中主流说法有两种：第一种形成机理是DNA聚合酶滑动，在一个或多个重复单位未配对的构型中，DNA复制期间模板链和新生链瞬间分离，如果由不配对的重复序列引起的变性不断修复，则导致一个或多个重复单位的增加或丢失：第二种形成机理是DNA重组过程中，由于与不同DNA分子简单重复单位，以错位排列的构型配对和发生遗传变换导致重复单位的增加或减少。
2微卫星分子标记的特点
微卫星分子标记是一种中性”标记，受生物发育时期和环境”的影响非常小，所以能够更加客观地反映生物之间的本质差异及种群结构和进化历史，微卫星作为一种新兴的分子标记主要具有以下特点：
2.1 分析操作简单易行
因为微卫星分子标记采用了单位点DNA指纹技术，所以它使取样的范围得到了一定程度的扩大，同时也相应地减轻了取样工作的困难和对研究对象的影响，再加上它具有检测容易、方便，重复性较好的特点，因而使其应用更加大众化。
2.2丰富的多态性
在同一物种的不同基因型间微卫星(Micro -satellite)的重复数差别很大，具有十分丰富的多态性微卫星分析可以精确到分辨率仅一个碱基对的差异且等位基因扩增出的条带易于识别
和分析。
Ratu Siti Aliah等利用微卫星位点对野生型鲤鱼扩增得到的结果比K．Sumantadinata等用蛋白基因位点扩增出的基因多态性高得多。
Panaud通过实验研究证明，微卫星重复次数的多少与多态性不相关。
Smulders研究发现重复次数较少的微卫星，仅能在种
间产生多态性。
2.3样品需要量极少
在所有的样品分析方法中，微卫星分析使用的样品量是最少的，使得用非损伤取样法获得
样品成为可能，例如在水产动物的黏液、精液、粪便中都能获得微卫星位点。
2.4引物的通用性
在不同物种间微卫星位点具有保守性，这就导致了微卫星最大的优点即引物的通用性，例
如在一种鲸鱼基因库中确认的微卫星位点引物已经成功地应用于其它相关物种中。
Zardoya等
通过用微卫星引物测试鲶鱼的微卫星位点的保守性来证明绝大多数引物能够对同一科的不同种
进行扩增，即微卫星引物具有通用性。
3微卫星标记在水产动物中的应用
3.1 制作DNA指纹图
近20年来，微卫星分子标记技术取得了长足发展，微卫星作为第二代分子遗传标记在DNA
指纹图制作方面也得到了广泛应用。
夏军红从其它鲸类中筛选出14个微卫星标记，对天鹅洲保护区内捕获的所有江豚的样本进行了指纹分析，确定了4个多态性水平高、扩增效果非常稳定
的微卫星标记，初步构建了保护区江豚群体内每个个体的特征DNA指纹图谱，并能准确识别保
护区所有江豚个体。
白东清等利用人源微卫星分子探针对花鲢进行DNA指纹的初步研究。
刘占
江等[21]对适合于鲶鱼基因组研究的DNA指纹技术，进行了评估。
3.2物种遗传多样性检测及鉴定
因为系谱记录在育种中占有十分重要的地位，但由于生态环境的恶化，导致物种濒危灭绝，遗传多样性骤减，致使物种多样性成为研究热点，所以有效技术分子标记技术得以长足发展。
随着微卫星序列研究的深入，许多研究表明，利用微卫星来检测和鉴定物种的遗传多样性，有
其它分子标记技术无法比拟的优越性。
陈万光等应用微卫星标记分析及检测一个日本锦鲤人工养殖群体的遗传多样性，发现此群
体存在明显杂合子丢失，需进一步完善养殖规划：张天时利用微卫星技术对中国对虾人工选育
群体中的第1代和第6代群体的遗传多样性进行分析，发现群体内绝大部分的遗传多样性能够
检测到，说明人工选育群体的遗传多样性没有显著下降：杜博等利用微卫星分子标记分析，发
现皱纹盘鲍和盘鲍遗传多样性较高，有利于遗传选育，但相比野生群体，等位基因有所丧失：
陈金平等采用微卫星标记对中国东北部3个大麻哈鱼洄游群体进行了遗传多样性的检测，发现
大麻哈鱼的遗传多样性比较丰富，表明其资源恢复前景乐观：袁希平等采用微卫星标记技术，
检测到长江流域铜鱼未出现种群遗传分化，且得到SSR标记对圆口铜鱼群体间遗传差异的检测
更为灵敏。
3.3基因遗传图谱构建
自上世纪末期以来，微卫星标记已经广泛应用于重要模式生物基因遗传图谱的绘制与构建，近几年来也在某些水产动物的连锁群的构建等方面做出了贡献。
李琪等采用PCR筛选技术和磁
珠杂交选择技术，从长牡蛎DNA选择片段文库中，获得含有微卫星序列的阳性克隆。
马海涛等
采用微卫星富集法与放射性同位素杂交法相结合的方式对草鱼基因组中微卫星分子标记进行制
备及筛选，获得了草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组中存在的55个微卫星核心序列。
徐
鹏等以菌液为模版筛选到中国对虾31个微卫星DNA。
夏军红等利用生物素标记探针与磁珠富集
相结合的方法，对斑节对虾基因组微卫星富集文库进行分离及其序列分析的研究，筛选254个
随机挑选的克隆，获得了40个具有特异微卫星序列的阳性克隆，为进一步开展斑节对虾分子育种及资源评价分析提供了基础资料。
3.4家养群体与野生群体遗传差别
尹绍武等通过对海南近海点带石斑鱼野生和养殖群体微卫星多态分析，得出结论：点带石
斑鱼野生群体的杂合度与养殖群体的杂合度相当，而两者的等位基因数、平均有效等位基因数、多态位点比例相等。
以上结论说明海南近海点带石斑鱼野生群体与养殖群体的种质资源都较好，这就为海南近海点带石斑鱼的种质资源的保护提供了有力的分子水平依据。
Allan等进行了遗
传分子实验，即：从一个鲤鱼基因组文库中分离3个微卫星位点，并据此设计引物，对nishikigoi的6个科和野生型鲤鱼进行基因分型。
家养品系在天然水系的繁殖行为及组成比例
可以通过家养群体与野生群体的特异的遗传标记来检测，这就可以防止天然基因库的遗传污染。
3.5 管理和保护濒危物种
在濒危物种的保护和管理方面，微卫星分子标记技术为其提供了有力的工具。
由于生态
环境的破坏和恶化，许多物种已经或正在消失，还有一些物种由于长期用于人工引种、驯化和
杂交，其原产地和不同性系之间的界限用传统的方法很难确定。
如今人工繁育技术已经发展到
了分子水平，在人工繁育时为避免自我繁育的发生，通常需要在分子水平上进行血亲鉴定。
M．A．Banks等用微卫星对冷水性大鳞大麻哈鱼(chinook salmon)在人工繁育和捕获育种过程
进行描述和管理，证明微卫星在管理和保护濒危物种方面具有较高的可靠性。
袁慧等用磁珠富
集法构建了易危物种岩原鲤(Procypris rabaudi)AC重复和GATA重复的微卫星富集文库，获得
的20个岩原鲤微卫星座位可以用于岩原鲤及近缘物种的遗传多样性、种群遗传结构等的进一步研究。
郑劲松等[35]通过对种群数量骤减的长江江豚微卫星DNA分离进行初步研究，获得了长
江江豚的第一批物种特异性微卫星座位及其扩增引物，这些微卫星标记将在后续的保护遗传学
研究中发挥重要作用。
4结语与展望
由于微卫星分子标记具有在基因组中广泛而随机分布、检测简便、可重复性好、引物通用性、多态性高等优点，使得其已经成为当代生物科学研究中最重要的分子标记之一。
我们研究
微卫星分子标记的目的是利用先进的微卫星分子标记技术，在DNA分子水平上鉴别不同的遗传
差异，为水产养殖业和天然水域渔业管理及资源保护服务。
微卫星在水产动物中的应用远远不
止本文所介绍的这些，它还广泛应用于基因定位、进化研究、发育研究、遗传疾病诊断等许多
领域。
虽然近20年来我们对微卫星的研究取得了不少成果，但是当代水产业的快速发展对水产研究技术提出了更高的要求，而微卫星分子标记技术是一门富有研究前景的分子标记技术，它
值得我们投入更多的财力、人力、物力对其进一步研究。
参考文献（略）。
