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4种水稻基因组DNA 微量提取方法对ISSR －PCR 试验的影响张静（江汉大学生命科学学院，湖北武汉430056）摘要［目的］找出适用于ISSR 试验的效果好、操作简便的水稻DNA 提取方法。
［方法］采用高盐十二烷基硫酸钠（SDS ）法、十六烷基三甲基溴化铵（CTAB ）法及2种型号试剂盒（DP305、DP320）法提取基因组DNA ，利用核酸蛋白检测仪及琼脂糖电泳法测定其纯度与浓度，并比较其作为模板用于ISSR －PCR 的效果。
［结果］发现SDS 法与CTAB 法提取的DNA 浓度与纯度均不高，在ISSR －PCR 中虽能扩增出条带，但结果不能重复；试剂盒DP305与DP320提取的DNA 浓度与纯度较好，其中试剂盒DP320效果更优，PCR 结果能稳定重复。
［结论］试剂盒DP320提取DNA 的方法是最适合水稻ISSR 试验的DNA 提取方法。
关键词DNA ；ISSR －PCR ；水稻中图分类号S188+．1文献标识码A 文章编号0517－6611（2011）24－14540－02Effect of Four Micro-extraction Methods of Rice Genome DNA on the ISSR-PCR Experiment ZHANG Jing （College of Life Science ，Jianghan University ，Wuhan ，Hiubei 430056）Abstract ［Objective ］The good and simple method of DNA extraction ，which was suitable for the ISSR amplification experiment ，was ex-plored．［Method ］The purity and concentration of the genomic DNA ，extracted with two methods of SDS and CTAB ，and two types of kits （DP305and DP320），were measured with the nucleic acid protein detector and agarose gel electrophoresis ，and then ，the efficiency of the IS-SR-PCR aplification based on them as template was compared．［Result ］It was found that the concentration and purity of DNA extracted with SDS and CTAB were not fine ，which could be amplified the formation of ISSR-PCR bands but there was a poor reliability．The application ofKit DP305and DP320could result in a fine extraction effect on both DNA concentration and purity ，among which ，the better result could be produced from Kit DP320with stable reliability．［Conclusion ］The DNA extracted with the kit DP320was most suitable for the rice ISSR ex-periment．Key words DNA ；ISSR-PCR ；Rice基金项目湖北省中青年人才项目（Q20104504）；武汉市高校科研项目（2009K067）。
土壤dna提取方法土壤DNA提取是指从土壤样本中获取土壤微生物DNA的过程。
它是研究土壤微生物群落结构和功能的关键步骤之一。
土壤微生物是土壤生态系统的重要组成部分，对土壤养分循环、生物地球化学循环和土壤质量具有重要影响。
因此，研究土壤微生物DNA有助于深入了解土壤生态系统的功能和稳定性。
土壤DNA提取方法可以根据不同的研究目的选择不同的方法。
下面我将介绍几种常用的土壤DNA提取方法。
1. CTAB法：CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）法是最经典的土壤DNA提取方法之一。
它的原理是利用CTAB与DNA形成离子对，离子对会与蛋白质、多糖等溶于水的杂质结合，然后通过离心去除杂质，最后用溶剂将DNA沉淀下来。
这种方法的优点是提取得到的DNA质量较高，适用于较小的土壤样本。
但是，它的缺点是操作步骤繁琐，耗时长。
2. 磁珠法：磁珠法是一种常用的高通量土壤DNA提取方法。
它利用表面带电的磁珠与DNA结合，通过磁场将DNA捕获在磁珠上，然后用洗涤缓冲液去除杂质，最后用洗脱缓冲液将DNA从磁珠上溶解下来。
这种方法的优点是操作简单、快速，适用于大规模样本处理。
然而，提取得到的DNA质量可能较低，因为磁珠结合的特异性可能不如其他方法。
3. 快速法：快速法是一种在提取过程中省去DNA纯化步骤的方法。
其中，一种常用的快速法是表面粘贴法。
该方法通过在提取缓冲液中添加琼脂糖，并将土壤样本与缓冲液充分混合，将DNA留在微粒的表面上，然后通过离心将DNA粘在微粒上，最后用洗涤缓冲液去除杂质。
快速法的优点是操作简单、快速，适用于大规模样本处理。
但是，提取得到的DNA可能带有较多的杂质，对后续分析可能产生影响。
除了上述介绍的几种常用的土壤DNA提取方法外，还有其他一些特殊情况下使用的方法。
例如，对于硅酸盐土壤样品，可以使用硅酸盐法提取DNA；对于高含沙量的土壤样品，可以使用聚乙二醇（PEG）沉淀法提取DNA。
这些方法在不同的研究条件和样品类型下都有着特定的优势。
土壤总DNA的几种提取方法SDS 高盐法(方案1)具体步骤:称取1 g 土壤,放入研钵中,倒入适量的液氮,立即研磨;再倒入适量的液氮,研磨,重复3 次,使土壤颗粒研成粉末;将13.5 ml 提取缓冲液(0.1 mol/L磷酸盐[pH = 8.0 ] ,0.1 mol/L EDTA [pH 8.0 ] ,0.1 mol/L Tris-HCl [pH 8.0 ] ,1.5 mol/L NaCl ,1.0 % CTAB) 和50μl 蛋白酶K(10 g/L ) 与 5 g 土壤置于50 ml 的离心管中,放入37 ℃恒温摇床上,225 r·min - 1振荡30 min ;加入1.5 ml20 % SDS ,轻轻混匀,65 ℃水浴加热2 h ,每隔15～30 min 轻轻摇匀1 次;5 000 r·min - 1离心10 min ,将上清液转入新的50 ml 离心管中;取4.5 ml 提取缓冲液加入原离心管,摇匀泥浆,加入0.5 ml 20 % SDS ,65 ℃水浴15 min ,用上述同样的离心速度离心10 min ,将上清液与原上清液合并;再重复此步骤1 次;用与上清液等量的三氯甲烷于离心管中混匀,5000 r·min - 1离心20 min ;收集上清液,并加入0.6 倍体积的异丙醇,室温静置1 h ;25 ℃下12 000 r·min - 1离心20 min ,倒出上清液,干燥后加入500μl 去离子水,溶解粘附于离心管壁的DNA 及其杂质,并收集于1.5 ml 的微型离心管中。
变性剂加SDS 高盐法(方案2)具体步骤：取1 g 土样和等量的灭菌石英砂在研钵中混合,加入1 ml 变性剂(4 mol/L 异硫青酸胍,10mmol/L Tris-HCl [pH 7.0 ] ,1 mmol/L EDTA[pH 8.0 ] ,0.5 % 2-巯基乙醇) ;液氮冰冻,研磨至溶解,重复3 次;转入50 ml 离心管中,加入9 ml 提取缓冲液(0.1 mol/L磷酸钠[pH 7.0 ] , Tris-HCl [ pH 7.0 ] , 0.1 mol /L EDTA [ pH8.0 ] ,1.5 mol/L NaCl ,1 %CTAB ,2 %SDS) ;65 ℃水浴1 h ,每10 min 轻轻混匀1 次;5 000 r·min - 1 离心10 min ,取上清;在原管中加入 5 ml 提取缓冲液,混合后,65 ℃水浴10min ,离心,取上清,合入上述上清液;重复一次;加入等体积的氯仿混合,5 000 r·min - 1离心20 min ,取上清;加入0.6 倍体积的异丙醇,室温沉淀1 h ;20～25 ℃,12 000 r·min - 1离心20 min ,TE 溶解沉淀。
土壤DNA提取方法汇总土壤中的DNA提取是研究土壤微生物群落结构和功能的重要步骤之一、本文将对目前常用的土壤DNA提取方法进行汇总，并介绍其原理、优缺点以及适用性。
1.CTAB法CTAB（氯化己基三甲基铵）法是最常用的土壤DNA提取方法之一、其原理是利用CTAB与蛋白质和多糖发生作用，使DNA与其他组分分离。
该方法的优点是提取得到的DNA纯度高、适用性广。
缺点是操作步骤多，时间长，适用于提取含有较多植物残渣的土壤。
2.基于磁珠的DNA提取方法基于磁珠的DNA提取方法利用磁珠表面修饰特定的配体来提取DNA。
该方法的优点是操作简单、快速，适用于大样本数量的高通量提取。
缺点是DNA提取量可能较少，且磁珠的价格较高。
3.基于柱式纯化的DNA提取方法基于柱式纯化的DNA提取方法利用离心共沉淀、结合柱过滤和洗脱等操作步骤将DNA分离、纯化。
该方法的优点是操作简单、纯度高、适用性广。
缺点是提取过程中可能有一定的DNA损失，适用于土壤中DNA含量较高的样品。
4.基于酚/氯仿的DNA提取方法基于酚/氯仿的DNA提取方法通过酚提取蛋白质，然后用氯仿提取DNA。
该方法的优点是操作简单、时间短。
缺点是提取得到的DNA纯度较低、约30%-50%，适用于低含量的DNA提取。
5.基于快速筛选管的DNA提取方法基于快速筛选管的DNA提取方法是一种快速、高通量的DNA提取方法。
该方法将土壤样品与诸如琼脂、蛋白酶和密度调节溶液等混合，然后离心过滤来净化DNA。
该方法适用于大样本数量，但提取得到的DNA纯度可能较低。
6.基于盐法的DNA提取方法基于盐法的DNA提取方法利用高盐溶液和酒精共同作用来提取DNA。
该方法的优点是操作简单，适用性广。
缺点是提取得到的DNA纯度较低、约60%-70%。
适用于含有较少结构复杂的土壤样品。
7.基于微环境酶法的DNA提取方法基于微环境酶法的DNA提取方法通过添加酶裂解细胞壁和膜来提取DNA。
该方法的优点是提取得到的DNA纯度高、适用性广，适用于含有许多植物遗传物质的土壤。
4 种快速植物基因组DNA 提取方法比较：DNA 是从2 周龄水稻幼苗中提取。
（1）煮沸法：取50 mg 新鲜水稻叶片，剪碎至一干净1.5 mL 离心管中；加入200 μLTE Buffer，用细玻璃棒捣碎混匀；在沸水上煮10 min，冰浴10 min；于室温下13000 r/min 离心5 min；将上清储存在-20 ℃中。
（2）微波炉法：取50 mg 水稻叶片，剪碎至一干净1.5 mL 离心管中；在700 W 家用微波炉中高热处理5 min，加入100 μL TE Buffer，振荡，13000 r/min离心 5 min；将上清液储存在－20℃。
（3）碱处理法：取50 mg 水稻叶片，剪碎至一干净1.5 mL 离心管中；加入配好的NaOH 提取液[(Tris-HCL) = 100 mmol/L (pH8.0)，c(NaOH) =300 mmol/L(TritonX-100)=0.3 %]用玻璃棒捣碎混匀，室温静置片刻后13000 r/min 离心3min。
4）TritonX-100 提取法：取50 mg 嫩叶片，剪碎至一干净1.5 mL 离心管中；加入200 μL 提取缓冲液[c (Tris-HCl) = 20 mmol/L (pH8.0)，c (EDTA) =2mmol/L，c (TritonX-100) = 1.2 %]用细玻璃棒捣碎混匀；65 ℃水浴15 min，13000r/min 离心5 min，将上清储存在－20 ℃。
每个方法做三次重复，分别用上清提取液进行电泳检测。
将提取所得的基因组DNA 用 1.5 %琼脂糖电泳分析，结果表明用试剂盒提取的基因组DNA 最完整，Triton X-100 提取法所得的基因组DNA 条带也较明亮，煮沸法、微波法和碱处理法没有基因组条带。
LAMP检测结果：碱处理法和微波处理法扩增出来的条带亮度低，可能是因为微波和碱破坏了基因组的完整性。
煮沸法和Triton X-100 提取法的检测效果最好，这与提取液的成分能很好的保护基因组的完整性有关，可用于现场LAMP 检测用模板DNA的快速制备。
实验室土壤DNA提取方法引言：土壤DNA提取是土壤微生物研究的重要步骤之一、随着分子生物学和生物技术的飞速发展，土壤DNA提取方法也在不断更新和改进。
本文将介绍几种常用的实验室土壤DNA提取方法，并对其优缺点进行分析。
1.简化版CTAB方法CTAB(Cetyltrimethylammonium bromide)方法是最早用于植物基因组DNA提取的方法之一，后来也被应用于土壤DNA提取。
该方法的主要原理是CTAB与蛋白质结合，沉淀DNA。
该方法适用于各种土壤类型，但操作繁琐，时间长。
在简化版CTAB方法中，可以只使用CTAB和柠檬酸溶液进行土壤细胞破碎和沉淀DNA。
优点：适用于多种土壤类型，提取效果较好。
缺点：操作繁琐，时间长。
2.快速离子交换层析法快速离子交换层析法是一种快速、高效的土壤DNA提取方法。
该方法利用离子交换层析介质的特异性吸附性质，选择性地提取DNA。
该方法不需要昂贵的实验室设备，操作简便，快速。
优点：操作简便快速，不需要昂贵的实验室设备。
缺点：提取效果受土壤样品质量的影响较大。
3.商用土壤DNA提取试剂盒商用土壤DNA提取试剂盒是目前最常用的土壤DNA提取方法之一、这些试剂盒根据不同原理设计，一般包括土壤细胞破碎缓冲液、蛋白酶、DNA结合试剂等。
使用时只需要按照说明书的步骤操作即可，具有方便、快速的特点。
同时，商用试剂盒通常能保证较高的提取效率和较低的污染率。
优点：操作简便快速，提供高效率的DNA提取。
缺点：试剂盒价格较高。
4.冷冻磨砂法冷冻磨砂法是一种相对简单、快速的土壤DNA提取方法。
该方法利用液氮的低温和研钵的摩擦破碎土壤细胞，释放DNA。
提取过程中需要尽快将土壤样品置于液氮中进行冷冻，以避免DNA降解。
优点：操作简便快速。
缺点：需要较多的液氮。
结论：不同的土壤DNA提取方法各有优缺点，选择适合自己实验室的方法需考虑到实验目的、样品类型和实验室条件等因素。
因此，实验人员应了解不同提取方法的原理和应用，并结合实际需要选择合适的方法进行土壤DNA提取。
提取水稻基因组DNA方法__xieCTAB分离缓冲液：2%CTAB，1.4mol/L NaCl，100mmol/L Tris-Hcl, 10 mmol / L EDTA ,pH =8. 0 ；（0.2%巯基乙醇和PVP）洗涤缓冲液：76% 乙醇，10mmol/L 乙酸铵TE缓冲液(10 mmol/ L T ris-HCl ,1 mmol/ L EDT A ,pH 8. 0)氯仿-异戊醇（24：1）一、水稻DNA提取剪切法①取水稻新鲜水稻叶片或幼穗0. 5 g ,液氮研磨（或者用剪刀剪细剪碎）置于1. 5 mL离心管中。
②加入800μL 预热的DNA CTAB提取buffer (2%CTAB ，100 mmol/ L Tris - HCl ,pH = 8. 0 ；10 mmol / L EDTA ,pH =8. 0 ；1.4mol/L NaCl，（可加巯基乙醇和PVP）) ,迅速混匀后置于65 ℃水浴中,温浴30 min ,每隔几分钟摇动一次,以使抽提液与细胞充分混合.取出离心管,冷却至室温.③4 ℃,12 000 r/ min 离心10 min ,将上清液吸出至1.5 mL 的离心管中,加等体积的氯仿:异戊醇(24∶1)混匀.(或者等量冰的异丙醇沉淀1h，④4 ℃,12 000 r/ min 离心15 min)。
④4 ℃,12 000 r/ min 离心15 min ,将上清液吸出至另一个1.5 mL 的离心管中,加入两倍体积的冰冻无水乙醇混匀,于- 20 ℃冰箱冷冻30 min以上.⑤4 ℃,8 000 r/ min 离心10 min后弃上清.用800μL 70 %乙醇洗涤,8 000 r/ min离心5 min后弃上清,风干.加50μL TE溶解, - 20 ℃储存.本实验PCR需要配方：见Takala实验指导引物应高浓度小量分装保存，防止多次冻融或长期放冰箱冷藏部分，导致引物变质降解失效。
土壤DNA的提取方法比较研究作者：刘燕刘娟娟吴晴晴来源：《科技资讯》2016年第34期摘要：PCR扩增检测土壤样品中目标微生物的重要前提之一是获得高质量的微生物基因组总DNA。
但由于土壤样品种类繁多、组成也相对复杂，且微生物细胞常紧紧吸附在土壤的颗粒表面，因此从土壤样品中获取无偏好、高质量的微生物总DNA具有较大难度。
在保证获得高质量土壤微生物总DNA的前提下，有效地将试剂盒与核酸提取仪相结合，以相对较低的成本获得较高质量的土壤微生物总DNA。
关键词：土壤微生物 DNA 提取中图分类号：S15 文献标识码：A 文章编号：1672-3791（2016）12（a）-0095-02现阶段提取土壤样品中总DNA的方法，在微生物生态学不断壮大与发展的过程中逐渐发展了起来。
据报道，现阶段从土壤样品中获得高质量DNA的方法主要有间接提取法和直接提取法。
一般直接提取的效率相对较高，而间接提取的纯度较高。
提取土壤样品中总DNA没有通用的唯一的标准方法，实际工作中需根据具体实验目的、土壤样品的特点、实验室的条件而定。
1 材料与方法1.1 主要试剂盒主要试剂盒：FastDNA SPIN Kit for Soil试剂盒，GENMED土壤DNA分离试剂盒。
1.2 主要仪器主要仪器：S1000TM Thermal Cycler，微量台式离心机IEC Micro CL17，DYY-2C型电泳仪，凝胶成像系统，FastPrepTM FP120核酸提取仪，Mini-BeadBeater-16TM核酸提取仪，NanoDrop ND-1000 Spectrophotometer。
1.3 土壤DNA提取方法方法1：使用FastDNA SPIN Kit for Soil试剂盒、用FastPrepTM FP120核酸提取仪提取DNA。
方法2：使用FastDNA SPIN Kit for Soil试剂盒、用Mini-BeadBeater-16TM核酸提取仪提取DNA。
稻田土壤DNA的提取及nifA基因的PCR扩增魏志琴;宋培勇;杨秀荣;马莉莉【摘要】为弄清茅贡米土壤微生物群落结构和生物固氮等代谢活动机制,采用试剂盒、SDS高盐和土壤预处理+SDS高盐3种土壤DNA提取方法,以从贵州茅贡米基地采集的土样提取的宏基因组DNA为模板,进行nifA基因的PCR扩增,比较了3种土壤DNA提取方法的效果.结果表明,试剂盒提取的DNA扩增到约200 bp和900 bp的nifA基因片段,SDS高盐法、预处理+SDS高盐法提取的DNA仅扩增到约200 bp的nifA基因片段,土壤预处理对提高DNA纯度有一定的效果;3种方法都可以从土壤中提取到约23kb大小的DNA片段,但DNA得率和纯度存在一定的差异.%Three methods of DNA extraction from soils of paddy fields for production of Maogong rice variety were compared by PCR amplification of nifh gene taking DNA of metagenome as the template to study the community structure of soil microorganism and metabolic mechanism of biological nitrogen fixation. The results showed that the nifh. Gene segments with 200 bp and 900 bp could be amplified from the extracted DNA by a kit, but the nifh. Gene segments with 200 bp were amplified from the extracted DNA by SDS and pre-treatment + SDS methods only. The soil pretreatment had the certain effect on improvement of DNA purity. The DNA segments with about 23 kb were extracted from soils of paddy fields for production of Maogong rice variety by three tested extraction methods, but there was difference in DNA acquirement rate and purity between three extraction methods.【期刊名称】《贵州农业科学》【年(卷),期】2011(039)011【总页数】4页(P126-128,132)【关键词】茅贡米;稻田土壤;DNA提取方法;宏基因组;nifA基因;聚合酶链式反应【作者】魏志琴;宋培勇;杨秀荣;马莉莉【作者单位】遵义师范学院,生物系,贵州,遵义563002;遵义师范学院,生物系,贵州,遵义563002;遵义师范学院,生物系,贵州,遵义563002;湄潭求是高级中学,贵州,湄潭,564100【正文语种】中文【中图分类】S151.9+3茅贡米产于贵州省湄潭县永兴镇茅坝乡，具有米粒细长、色泽光亮和晶莹剔透等特点，其炊为米饭油润疏松、清香爽口，因在明嘉庆年间曾作为贡品进奉朝廷而得茅贡米之名。
