水稻组蛋白去乙酰化酶基因的分离和功能鉴定
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组蛋白去乙酰化酶3(HDAC3)ELISA试剂盒说明书本试剂仅供研究使用标本:体液组蛋白去乙酰化酶3(HDAC3)ELISA试剂盒试验原理:BFGF试剂盒是固相夹心法酶联免疫吸附实验(ELISA).已知BFGF浓度的标准品、未知浓度的样品加入微孔酶标板内进行检测。
先将BFGF和生物素标记的抗体同时温育。
人碱性成纤维细胞生长因子ELISA 检测试剂盒洗涤后,加入亲和素标记过的HRP。
再经过温育和洗涤,去除未结合的酶结合物,然后加入底物A、B,和酶结合物同时作用。
产生颜色。
颜色的深浅和样品中BFGF的浓度呈比例关系。
组蛋白去乙酰化酶3(HDAC3)ELISA试剂盒自备材料1.蒸馏水。
2.加样器:5ul、10ul、50ul、100ul、200、500ul、1000ul。
3.振荡器及磁力搅拌器等。
安全性1.避免直接接触终止液和底物A、B。
一旦接触到这些液体,请尽快用水冲洗。
2.实验中不要吃喝、抽烟或使用化妆品。
3.不要用嘴吸取试剂盒里的任何成份。
操作注意事项1.试剂应按标签储存,使用前恢复到室温。
稀稀过后的标准品应丢弃,不可保存。
2.实验中不用的板条应立即放回包装袋中,密封保存,以免变质。
3.不用的其它试剂应包装好或盖好。
不同批号的试剂不要混用。
保质前使用。
4.使用一次性的吸头以免交叉污染,吸取终止液和底物A、B液时,避免使用带金属部分的加样器。
5.使用干净的塑料容器配置洗涤液。
使用前充分混匀试剂盒里的各种成份及样品。
6.洗涤酶标板时应充分拍干,不要将吸水纸直接放入酶标反应孔中吸水。
7.底物A应挥发,避免长时间打开盖子。
底物B对光敏感,避免长时间暴露于光下。
避免用手接触,有毒。
实验完成后应立即读取OD值。
8.加入试剂的顺序应一致,以保证所有反应板孔温育的时间一样。
9.按照中标明的时间、加液的量及顺序进行温育操作。
样品收集、处理及保存方法1、血清-----操作过程中避免任何细胞刺激。
使用不含热原和内毒素的试管。
植物组蛋白乙酰基转移酶的研究进展夏德安;刘春娟;吕世博;张彦妮;刘奕佳;马旭俊【摘要】组蛋白乙酰化是一个动态的、可逆的过程,包括组蛋白乙酰化和去乙酰化两个过程.组蛋白乙酰基转移酶催化组蛋白乙酰化,与组蛋白去乙酰化酶共同作用来调节组蛋白乙酰化状态.组蛋白乙酰化状态影响染色质的结构,进而影响基因的转录,在植物的生长、发育和胁迫反应过程中具有十分重要的调节作用.对组蛋白乙酰基转移酶的细胞内分布、分类、底物特异性以及在发育和胁迫反应中的功能进行了综述.【期刊名称】《生物技术通报》【年(卷),期】2015(031)007【总页数】8页(P18-25)【关键词】组蛋白乙酰化;组蛋白乙酰基转移酶;发育;胁迫【作者】夏德安;刘春娟;吕世博;张彦妮;刘奕佳;马旭俊【作者单位】东北林业大学林学院林木遗传育种国家重点实验室,哈尔滨150040;东北林业大学林学院林木遗传育种国家重点实验室,哈尔滨150040;东北林业大学林学院林木遗传育种国家重点实验室,哈尔滨150040;东北林业大学园林学院,哈尔滨150040;东北林业大学园林学院,哈尔滨150040;东北林业大学林学院林木遗传育种国家重点实验室,哈尔滨150040【正文语种】中文在真核细胞中,染色体的基本组成单位是核小体。
核小体主要是由核心组蛋白八聚体(核心组蛋白H2A、H2B、H3和H4组成)与其上缠绕的146 bp的DNA组成。
核心组蛋白的N端尾部可发生多种翻译后修饰,如甲基化、乙酰化、磷酸化、泛素化和糖基化等。
乙酰化是目前研究得较早和较清楚的一种组蛋白修饰。
组蛋白乙酰化是一个动态的和可逆的过程,由组蛋白乙酰基转移酶(Histone acetyltransferase,HAT)和组蛋白去乙酰化酶(Histone deacetyltransferase,HDAC)共同调节。
HAT能够将乙酰辅酶A的乙酰基(CH3COO-)转移到核心组蛋白(主要是H3和H4)N末端特定的赖氨酸残基的ε-氨基基团上。
中国免疫学杂志2021年第37卷组蛋白去乙酰化酶3调控免疫细胞的发育和功能①张婷郑全辉(华北理工大学基础医学院,唐山063210)中图分类号R392.3文献标志码A文章编号1000-484X (2021)18-2292-04[摘要]组蛋白去乙酰化酶3(HDAC3)是一种表观遗传蛋白,通过抑制组蛋白和非组蛋白的乙酰化调节基因表达。
HDAC3在人体组织和细胞中广泛表达,近年来研究发现,HDAC3在多种类型免疫细胞的发育、分化和功能发挥中具有重要调控作用。
此文针对HDAC3敲除对淋巴细胞、固有免疫细胞发育和功能的影响进行综述。
[关键词]组蛋白乙酰化酶3;淋巴细胞;固有免疫细胞HDAC3regulates development and function of immune cellsZHANG Ting ,ZHENG Quan -Hui.Basic Medicine College ,North China University of Science and Technology ,Tangshan 063210,China[Abstract ]Histone deacetylase 3(HDAC3)is an epigenectic protein ,which regulates gene expression by repressing acetyla‐tion of histones and non -histones.HDAC3is ubiquitously expressed in human tissues and cells ,and it was found to play an important role in development ,differentiation and function of several immune cells in recent years.In this article ,we summarized the effects ofHDAC3deletion on the development and function of lymphocytes and innate immune cells.[Key words ]Histone deacetylase 3;Lymphocytes ;Innate immune cells组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylases ,HDACs )是一组表观遗传修饰蛋白,通过催化组蛋白或非组蛋白赖氨酸残基的去乙酰化调节基因表达,一般来说,组蛋白乙酰化导致染色质呈开放状态,基因转录活跃,而组蛋白去乙酰化导致染色质呈致密状态,抑制基因转录。
组蛋白去乙酰化酶研究进展组蛋白去乙酰化酶抑制剂作为抗肿瘤药,在一定程度上抑制肿瘤的增长,使其进一步分化并凋亡,在治疗肿瘤上很相当大的发展前景。
目前在治疗恶性实体肿瘤和血液肿瘤方面,已经有超过二十种的组蛋白去乙酰化酶抑制剂可供选择,并且还进行着上百个相关的临床实验。
标签:组蛋白去乙酰化酶;组蛋白去乙酰化酶抑制剂;抗肿瘤人体染色体是由很多基本单位组成的,组蛋白就是其中之一,而基因的表达过程中起着决定性作用的就是组蛋白转录后的修饰作用,其修饰方法中最重要的就是乙酰化。
很多研究都发现,肿瘤的发生与乙酰化失衡有关系,组蛋白去乙酰化酶在癌细胞中过量表达是导致乙酰化失衡的重要原因,所以要想抑制肿瘤增长可以先抑制HDAC[1]。
最近几年,研究HDAC越来越深入,尤其国内外已经把抗肿瘤药物的研究热点锁定在组蛋白去乙酰化酶的抑制剂。
相比从前的抗肿瘤药物,HDAC是一种全新的靶向抗肿瘤药物,在低细胞毒性上具有明显优势。
世界上第一个HDACi药物是2006年美国FDA批准上市的vorinostat,可以紧急治疗急性的皮肤T细胞淋巴瘤。
另外天然产物FK228在2009年和2011年分别被批准上市及被批准用于T细胞淋巴瘤的治疗。
现在进入临床试验的HDACi更是举不胜举,本文综述了有关HDACi在临床实验进展的相关情况。
1 组蛋白去乙酰化酶分类HDAC的种类繁多,现在已经分离出来了18个品种,根据他们的大小、包含的催化位点、在细胞中分布部位和酵母HDAC蛋白的同源性可以将其分为4个类型:和酵母RPD3最相似的为Ⅰ型,他们都处于细胞核中并具有相同的催化位点;催化位点与HDAC1相同的属于Ⅱa型,可以存在于细胞核或细胞质中,但是Ⅱb型的只能存在于细胞质中,可以有两个催化位点;Ⅳ型同时含有Ⅰ型和Ⅱ型的催化位点,有HDACⅡ独自构成。
研究分析其晶体发现,以上三者只有在与AN离子螯合后才能发挥其催化作用,不一样的是Ⅲ型具有特殊的催化机制[2]。
组蛋白去乙酰化酶的研究进展组蛋白去乙酰化酶(HDACs)是一类重要的酶类蛋白质,在细胞核内对染色质修饰起着重要的作用,调节基因的表达。
在过去的几十年中,对HDACs的研究取得了重大进展,深化了人们对这些蛋白质的认知和理解。
一、HDACs的分类HDACs主要分为四类:I、II、III和IV类。
其中I、II类又分为A、B、C、D子型。
这四类HDACs在受体结构及功能上都有所不同。
从结构上来看,HDACs主要由三个结构域组成,包括一个催化结构域、一个辅酶A结合结构域和一个维持结构稳定的结构域。
二、HDACs的生物学功能HDACs主要通过催化组蛋白的去乙酰化反应来调节基因的表达。
在生物体内,组蛋白去乙酰化是一个非常关键的生物过程,能够帮助细胞调节基因转录的水平,从而影响细胞的生长、分化、凋亡和代谢等生物过程。
HDACs通过去掉组蛋白的乙酰基,使其变得更加紧密结合,从而抑制相应的基因表达。
三、HDACs在疾病治疗上的应用近年来,越来越多的研究表明,在很多重要的疾病中,包括癌症、炎症和神经系统疾病等,HDACs扮演着非常重要的角色。
特别是在抗癌治疗方面,HDACs已经成为了一个非常重要的领域。
很多针对HDACs的抗癌药物,如美罗华(Merck)、法诺司汀(Novartis)等,已经被广泛使用,并取得了很好的治疗效果。
四、HDACs与DNA甲基化的关系HDACs在细胞内还与DNA甲基化过程密切相关。
DNA甲基化是一种常见的表观修饰形式,在基因表达、DNA复制和细胞分化等生物过程中起着非常重要的作用。
通过调节HDACs的表达和活性,可以进一步影响细胞内DNA甲基化修饰,从而调节基因的表达。
总结起来,HDACs是一类非常重要的酶类蛋白质,对于细胞核内染色质修饰和基因转录调节起着重要的作用。
在细胞内,通过调节HDACs的表达和活性,可以进一步影响基因的表达和细胞的生物过程,具有广泛的研究和应用前景。
组蛋白去乙酰化酶(HDACs)的研究进展【摘要】在肿瘤的表观遗传学研究中,组蛋白的乙酰化修饰对肿瘤的发生发展起重要作用。
正常细胞体一旦出现核内组蛋白乙酰化与去乙酰化的失衡,即会导致正常的细胞周期与细胞代谢行为的改变而诱发肿瘤。
组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylases,HDACs)催化组蛋白的去乙酰化,维系组蛋白乙酰化与去乙酰化的平衡状态,与癌相关基因转录表达、细胞增殖分化及细胞凋亡等诸多过程密切相关。
从组蛋白去乙酰化酶HDACs的结构分类及其与肿瘤发生发展关系两方面对HDACs做一综述。
【关键词】组蛋白去乙酰化酶(HDACs);肿瘤;表观遗传学Abstract:The modification for histone acetylation is of great importance for formulation and development oftumors in the epigenetic study of tumors. The disequilibrium of histone acetylation and deacetylation may cause some changes of cell cycle and cell metabolism. Histone deacetylases (HDACs) catalyze the deacetylation of histones,and maintain the equilibrium between histone acetylation and deacetylation as well. They are related to many regulation processes containing transcription of oncogene,cell cycle,apoptosis and so on. The structure classification of HDACs and the relationship between the HDACs and the formation and advancement of tumor were reviewed in this paper.Key words:histone feacetylases (HDACs); tumor; epigenetics肿瘤的发生是一个复杂的病理过程,受多重因素的影响,包括个体遗传因素、环境因素、物理化学因素、分子生物学因素等等。
组蛋白去乙酰化酶在基因表达调控中的作用研究组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDAC)是一种重要的酶类,其主要作用是去除组蛋白上的乙酰基,从而调控基因的表达。
随着研究的深入,人们对于HDAC的功能和调控机制也有了越来越深入的了解。
本文将就组蛋白去乙酰化酶在基因表达调控中的作用研究进行探讨。
一、HDAC的功能组蛋白是一类质粒基因组DNA包裹的蛋白质,其主要作用是为DNA提供稳定的结构,防止其在离开核质时受到损伤。
而HDAC则是一种负责去除组蛋白上的乙酰基的酶类,其作用主要有以下几个方面:1. 调节基因表达。
去除组蛋白上的乙酰基可以使其更加紧密地包裹DNA,从而阻碍转录因子的结合,从而抑制基因的转录。
而HDAC的主要功能就是去除组蛋白上的乙酰基,进而调节基因表达。
2. 参与细胞分化。
细胞分化是一种复杂的过程,其包括许多的转录调控和表观修饰。
HDAC通过去除组蛋白上的乙酰基,控制了基因表达和染色质结构,参与了细胞分化和发育过程。
3. 参与细胞周期控制。
细胞周期是指在生命活动中,细胞从分裂到再生产生的一系列连续变化。
HDAC可以在细胞周期中起到重要的作用,参与了细胞的增殖和凋亡。
二、HDAC的调控机制HDAC的活性受到多种因素的调控,其中包括以下几种:1. 神经递质和激素。
某些神经递质和激素可以通过直接作用于HDAC,从而影响其活性和有选择地调节某些基因的表达。
2. 过氧化物酶体增强子(Peroxisome Proliferator-Activated Receptor,PPAR)。
PPAR是一种转录因子,可以与HDAC结合形成一个复合物,从而共同作用于某些基因的表达和调控。
3. 微小RNA(miRNA)。
miRNA是一类短链非编码RNA,可以与mRNA结合并靶向性地调控基因表达。
HDAC可以通过干扰miRNA的表达或活性,进而参与基因表达的调控。
三、HDAC在肿瘤发生和发展中的作用HDAC与许多疾病的发生和发展密切相关,其中包括了肿瘤。
分子机制研究套路(九)组蛋白(去)乙酰化课题:组蛋白乙酰转移酶A在B基因转录调控中的作用1.概念介绍:表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下,基因表达了可遗传的变化的一门遗传学分支学科。
表观遗传的现象很多,主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA。
染色质的基本组成单位是核小体,核小体是由146bp碱基对缠绕由H2A、H2B、H3、H4各2个组成的组蛋白八聚体构成的,各个核小体之间由H1连接,最终组成染色质。
组蛋白修饰指对组蛋白N端尾部氨基酸的修饰,包括乙酰化、磷酸化、甲基化和泛素化等。
在组蛋白的各种修饰方式中,组蛋白乙酰化的研究较为透彻。
组蛋白的乙酰化主要发生在赖氨酸残基上,赖氨酸侧链含有氨基,在生理条件下带正电荷,从而能够和含有磷酸基团的DNA紧密结合,被乙酰化后使得正电荷被中和,无法和DNA紧密结合使得染色质结构松散,促进基因的表达。
组蛋白的乙酰化动态平衡由大量不同的组蛋白去乙酰转移酶(HDAC)和组蛋白乙酰化酶(HAT)调节。
如前所述,组蛋白的乙酰化能够促进某些基因的激活,因此通过使用HDAC抑制剂相对提高组蛋白乙酰化的程度,能够显著上调大量具有保护作用的基因,达到治疗某些疾病的目的。
目前临床使用的HDAC抑制剂包括丙戊酸(VPA)、曲古菌素A、丁酸苯酯等。
早期,人们认为组蛋白修饰只是提供一个信号,指导与染色体功能相关的非组蛋白与染色体的结合。
随着研究的深入,人们越来越清楚地认识到这些修饰的某种组合对转录调控具有极其深刻的影响,“组蛋白修饰密码”假说诞生了。
这个假说推测特定的组蛋白修饰是同一个组蛋白或另一个组蛋白分子进一步修饰的决定因素,特定的共价修饰,修饰发生的顺序特征以及各种修饰的组合模式形成了复杂的“组蛋白密码”,这种密码决定了基因的转录状态,这种密码会被调控染色体结构和基因转录的蛋白质解读。
2.示意图:图1:组蛋白乙酰化的动态调节过程图2:核心组蛋白八聚体的结构和组蛋白尾部可能的共价修饰3.研究思路:3.1HDAC抑制剂使B基因mRNA上调,且使B基因启动子组蛋白H4乙酰化水平升高 .. 3 3.2组蛋白乙酰转移酶A过表达增强B基因启动子的转录活性 (3)3.3B基因启动子上有A蛋白的结合,过表达A蛋白能升高细胞内源性B基因mRNA水平.4 3.4B基因启动子上的两个Sp1结合位点被确认 (4)3.5乙酰转移酶A和转录因子GATA-1协同激活B基因启动子转录,B基因启动子上两个GATA-1位点对于A的功能是必要的 (5)3.6乙酰转移酶A与转录因子GATA-1和Sp1协同增强B基因启动子的转录活性 (7)3.1HDAC抑制剂使B基因mRNA上调,且使B基因启动子组蛋白H4乙酰化水平升高为弄清楚组蛋白乙酰化是否与B基因的转录调控有关,用HDAC抑制剂丁酸钠aBu和TSA 处理cell-1细胞,培养24h后,进行RT-PCR分析。
2019年第11期广东化工第46卷总第397期·107·组蛋白去乙酰化酶(SIRT1)抑制剂的研究进展杨利生,舒志豪,张齐玉,王德传*(中国药科大学理学院,江苏南京211198)[摘要]SIRT1是一种依赖NAD+辅酶的组蛋白去乙酰化酶,通过对组蛋白进行去乙酰化修饰,调控基因的的表达。
SIRT1与代谢,炎症和肿瘤等多种疾病有关,有望成为肿瘤治疗的新靶点。
本文对近些年SIRT1抑制剂的发展,以及它们存在的问题作了概述,并对SIRT1抑制剂的未来进行展望,将为以后SIRT1抑制剂的开发提供一些参考。
[关键词]SIRT1;组蛋白去乙酰化酶;SIRT1抑制剂[中图分类号]TQ[文献标识码]A[文章编号]1007-1865(2019)11-0107-02Advances in Research of Histone Deacetylase InhibitorsYang Lisheng,Shu Zhihao,Zhang Qiyu,Wang Dechuan*(College of Science,China Pharmaceutical University,Nanjing211198,China)Abstract:SIRT1are coenzyme NAD+-dependent histone deacetylases.It regulates gene expression by deacetylating histone.SIRT1is associated with many diseases,such as metabolism,inflammation and cancer,and is expected to become a new target for cancer treatment.In this paper,the development of SIRT1 inhibitors in recent years and their problems are summarized,which will provide some references for the future development of SIRT1inhibitors Keywords:SIRT1;Histone deacetylases;SIRT1inhibitorsSirtuin蛋白是酵母菌中的沉默信息调节因子2(Sir2)的同系物[1],在人类中一共有七种sirtuin蛋白,它们广泛分布于细胞的不同亚结构中[2]。
水稻组蛋白去乙酰化酶基因的分离和功能鉴定
黄利民
【摘要】:表观遗传学是指在DNA序列不改变的情况下,碱基序列以外的各种修饰和与之相关的各种蛋白质或RNA协同作用下,调控基因的表达,以完成生命周期或适应环境变化,且可以在世代之间传递。
表观遗传学涉及的机制包括DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质变构等方面。
组蛋白乙酰化是真核生物表观遗传调控的重要组成部分。
水稻是世界上重要的粮食作物,有关水稻表观遗传学的研究报道目前很少。
本研究主要以水稻中的组蛋白去乙酰化酶(HDAC)基因为对象,通过生物信息学、基因克隆和转化等方法研究了水稻HDAC基因的结构、表达及其生理功能,阐述了HDAC基因在植物的表观遗传调控及其环境适应中的重要意义。
本研究主要有以下结果: 1.通过同源序列法研究发现,水稻基因组数据库中存在着19个组蛋白去乙酰化酶的基因,其中RPD3/HDA1超家族的组蛋白去乙酰化酶基因14个,HD2家族3个,SIR2家族2个。
2.对水稻HDAC的三个不同家族基因成员分别进行了序列分析比较和系统进化分析。
3.共构建了10个基因的RNAi抑制表达载体,5个基因的超量表达载体,并获得转基因植株。
4.以SIR2家族的OsSRT1基因为重点展开研究。
通过Northern杂交对其表达模式研究发现,OsSRT1在快速分化的器官和组织中高水平表达。
OsSRT1蛋白定位于细胞核内。
5.Western杂交证据显示,OsSRT1抑制表达家系的组蛋白H3K9(lysine-9 of H3)的乙酰化程度增加,而H3K9的双甲基化程度降低。
OsSRT1 RNAi转基因植株中发生H_2O _2的产生,DNA片段化和细胞死亡,产生假病斑表型变异,属于超敏反应类型的程序性细胞死亡。
6.OsSRT1的超量表达不产生明显的形态变异,但能增强植株对于百草枯的耐受能力,提高超量表达转基因家系对氧化胁迫的抗性。
7.为了进一步分析OsSRT1所调控的下游基因以及其调控方式,本研究采用Affymetrix水稻全基因组生物芯片对抑制表达植株中基因表达状况进行了分析。
结果表明,抑制表达植株中转座子和反转座子以及超敏反应相关的基因和细胞程序性死亡有关的基因的转录被激活。
8.对抑制表达植株芯片分析中所获得的差异表达基因进行了深入的分析。
差异表达基因的Gene Ontology(GO)分类显示OsSRT1正调控防御反应、DNA修复和苯丙醇代谢过程,这些基因大都涉及胁迫相关细胞程序性死亡信号途径相关的基因。
9.通过RT-PCR验证了RNAi植株中一些衰老相关基因、病程相关蛋白基因等标志基因的表达,进一步证实了其与PCD的关系。
10.通过染色质免疫沉淀技术和Real-ti me PCR检测发现,这些上升表达的转座子和反转座子以及细胞程序性死亡相关基因的启动子区域组蛋白H3K9乙酰化程度明显上升,因此推测这些基因是OsSRT1的直接靶基因。
11. DNA甲基化分析结果暗示,OsSRT1的下降表达很可能是以一种随机的方式作用于DNA甲基化。
12.分别对HD2家族的OsHDT702基因和RPD3/HDA1超家族的OsHDA710基因的R NAi转基因家系进行了初步观察,发现它们可能分别与植株叶片形态和植株高度有关。
通过对上述问题的研究,揭示了水稻组蛋白去乙酰化酶基因OsSRT1在保护基因组稳定和防止DN A损伤,维持植物细胞的正常生长方面具有重要的作用。
加深了表观遗传调控网络对生物发育、疾病、植物抗逆等许多重要生命现象调控的理解和认识。
【关键词】:水稻组蛋白修饰组蛋白去乙酰化酶转座因子细胞程序性死亡超敏反应DNA片段化芯片。