小鼠SNP分型结果
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一、原理SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。
据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP,无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR),都要广泛得多。
SNP是我们考察遗传变异的最小单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。
一般认为,相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。
于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型(haplotype)。
大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。
一个染色体区域可以有很多SNP位点,但是我们一旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。
二、样品准备1. DNA抽提① 1、取新鲜肌肉组织约100mg,PBS漂洗干净,置于离心管中,加入液氮,迅速磨碎。
②加200μl 缓冲液GA,震荡至彻底悬浮。
加入20μl 蛋白酶K(20mg/ml)溶液,混匀③加220μl 缓冲液GB,充分混匀,37℃消化过夜,溶液变清亮。
加220μl 无水乙醇,充分混匀,此时可能会出现絮状沉淀。
④将上述一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB 中,(吸附柱放入废液收集管中)12000rpm 离心30 秒,弃掉废液。
⑤加入500μl 去蛋白液GD(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12000rpm 离心30 秒,弃掉废液。
⑥加入700μl 漂洗液GW(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12000rpm离心30 秒,弃掉废液。
加入500μl 漂洗液GW, 12000rpm 离心30 秒,弃掉废液。
将吸附柱CB 放回废液收集管中,12000rpm 离心2 分钟,尽量除去漂洗液。
一、数据结果说明数据结果均在Data results文件夹中Raw data为原始数据1.结尾为samplesheet.xls文件为样本说明文件2.结尾为样本编号_FinalReport.txt的文件为每个样本的分型结果数据每列的含义:SNP_ID: SNP名称其余列为每个样本的分型数据3.结尾为Samples Table.txt的文件为每个样本的call Rate值情况数据每列的含义:Index: 数据编号Sample ID: 样本编号Call Rate: 样本的call Rate值Gender: 样本的性别p05 Grn: 百分之五分位数时A等位基因的强度p50Grn: 百分之五十分位数时A等位基因的强度p95 Grn: 百分之九十五分位数时A等位基因的强度p05 Red: 百分之五分位数时B等位基因的强度p50Red: 百分之五十分位数时B等位基因的强度p95 Red: 百分之九十五分位数时B等位基因的强度p10 GC: 此样本所有SNP 百分之十分位数的Gen Call scoreP50 GC: 此样本所有SNP百分之五十分位数的Gen Call scoreRep Error Rate,PC Error Rate,PPC Error Rate,Subset结果并不给出所以略过.Aux: 用户自己设置的SNP辅助值Genotype for exm-IND11-102094357: exm-IND11-102094357的基因型Array Info.Sentrix ID: 芯片条形码IDArray Info.Sentrix Position: 样本在芯片上的位置4.DNAReport.csv 包含AA,AB 等位基因频率等5.Plink文件夹中是转化为plink格式的数据。
V 分析说明:此分析为收费项目用penncnv软件做CNV分析包括V,CNVR的区域、CN值、所含SNP位点数、基因注释等。
α-突触核蛋白原纤维诱导的帕金森病小鼠模型的行为表型及病理特征田静;侯志东;任湘鹏【摘要】目的:研究A53T突变型α-突触核蛋白(A53TαS)原纤维诱导的帕金森病(PD)小鼠模型的行为表型及病理学特征。
方法:小鼠脑内黑质致密区(SNpc)定位注射5μgA53TαS建立PD小鼠模型,造模3个月后,通过旷场试验、悬挂试验和Y迷宫检测模型小鼠的运动和认知行为学表型。
分别使用抗磷酸化α-突触核蛋白(pSyn)、抗酪氨酸羟化酶(TH)及小胶质细胞特异性蛋白抗体IBA-1作为评价模型小鼠脑内的路易小体包涵体、多巴胺能神经元变性死亡及神经炎症的分子标记,通过免疫组织化学染色法研究模型小鼠脑内典型的病理特征。
结果:旷场试验中,模型组小鼠的总运动距离较对照组差异无统计学意义(P>0.05);悬挂试验显示模型组小鼠四爪抓杆持续时间较对照组小鼠显著缩短(P<0.05);Y迷宫检测表明模型组小鼠的自发转换正确率较对照组差异无统计学意义(P>0.05)。
与对照组比,模型组小鼠中脑SNpc区的pSyn阳性包涵体数量显著增多(P<0.01),同时TH阳性神经元数量显著减少(P<0.05),IBA-1阳性胶质细胞数量异常增加(P<0.01)。
结论:脑内注射A53TαS原纤维可稳定诱导出PD小鼠模型,该模型小鼠表现出一定程度的肌力和平衡力下降;且可同时模拟出PD的路易小体包涵体、多巴胺能神经元缺失及过度激活的神经炎症等病理特征。
【期刊名称】《温州医科大学学报》【年(卷),期】2019(049)003【总页数】5页(P157-161)【关键词】帕金森病模型;α-突触核蛋白原纤维;行为学;路易小体;多巴胺能神经元;小鼠【作者】田静;侯志东;任湘鹏【作者单位】[1]温州医科大学附属眼视光医院实验室中心,浙江温州325027;[1]温州医科大学附属眼视光医院实验室中心,浙江温州325027;[1]温州医科大学附属眼视光医院实验室中心,浙江温州325027;【正文语种】中文【中图分类】Q953帕金森病(Parkinson’s disease,PD)是第二大常见的进行性神经退行性疾病,其主要临床表现为静止性震颤、肌强直、运动迟缓和姿势不稳等运动症状;典型的病理特征为中脑黑质致密区(substantia nigra pars compacta,SNpc)多巴胺(dopamine,DA)能神经元进行性变性缺失,残存的DA能神经元胞质内出现路易小体(Lewy bodies,LBs),即α-突触核蛋白(α-synuclein,αS)包涵体。
单核苷酸多态性(SNP)实验SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。
据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP,无论是比较于度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR),都要广泛得多。
实验方法原理:SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。
据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP,无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR),都要广泛得多。
SNP是我们考察遗传变异的最小单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。
一般认为,相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。
于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型(haplotype)。
大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。
一个染色体区域可以有很多SNP位点,但是我们一旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。
实验材料:组织样品试剂、试剂盒:液氮、PBS、GA缓冲液、GB缓冲液、蛋白酶K、无水乙醇、蛋白液、漂洗液等仪器、耗材:离心管、离心机、废液收集管、吸附柱、水浴锅、分光光度计、低温冰箱等实验步骤:一、DNA抽提1. 取新鲜肌肉组织约100 mg,PBS漂洗干净,置于1.5 ml离心管中,加入液氮,迅速磨碎。
2. 加200 μl 缓冲液GA,震荡至彻底悬浮。
加入20 μl 蛋白酶K(20 mg/ml)溶液,混匀。
3. 加220 μl 缓冲液GB,充分混匀,37℃消化过夜,溶液变清亮。
SNP标记在动物遗传育种及人类疾病动物模型研究中的应用王晨阳;王璐;张锐虎;余婧婧;宋国华;陈朝阳【摘要】单苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记是一种发生在基因组特定位点的单个核苷酸突变的遗传标记,其丰富度高、密度大、易于进行基因分型,广泛应用于动植物育种、抗病性基因标记、优势品种筛选和疾病相关基因的鉴定中.本文首先对SNP遗传标记在动物群体遗传结构、遗传图谱构建、标记辅助选择、亲缘关系鉴定以及杂种优势等方面的应用进行介绍,其次简述了在人类疾病动物模型中SNP位点与某些疾病的关联性,以期为SNP分子标记技术在动物遗传育种及人类疾病动物模型的建立、遗传学分析等方面的应用提供参考.【期刊名称】《中国比较医学杂志》【年(卷),期】2019(029)004【总页数】6页(P120-125)【关键词】单核苷酸多态性(SNP);遗传标记;动物遗传育种;疾病动物模型【作者】王晨阳;王璐;张锐虎;余婧婧;宋国华;陈朝阳【作者单位】山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原 030001;山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原 030001;山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原030001;山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原 030001;山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原 030001;山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原 030001【正文语种】中文【中图分类】R-33单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是指由单个核苷酸在基因组水平发生变异造成DNA序列多态性,这种变异包括单个碱基的转换、颠换、缺失、插入共四种情况,但主要以转换和颠换为主,二者出现的比例为2∶1[1]。