SNP分型技术简介高遄

1.SNP概念
依据排列组合原理一共可以有6种替换情况： A-G、A-T、A-C、C-G、C-T 和G-T 但事实上，转换的发生频率占多数，而且是C-T 转换为主。 其原因是CpG的C是甲基化的，容易自发脱氨基 形成T SNP在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的： （1）非转录序列要多于转录序列 （2）在转录区非同义突变的频率，比其他方式突 变的频率低得多。
4.3药物设计和应用
SNP 多态性的研究,表明遗传多态性与个体对药物 的敏感性或反应性之间存在关联 药物基因组学 (Pharmacogenomics) 。 通过比较服药后副作用严重个体与无此反应的对照 的DNA ，确立一个易感个体的SNP 简图，在通过 比较具有良好作用个体与无作用个体的DNA，建立 一个正效应个体cSNP 简图。两者共同组成一个综 合的药物反应模型，有助于患者选取有效而副作用 少的疗法。
4.2疾病的关联分析
心脏病、癌症、糖尿病、精神病等的遗传变异是 人类遗传学家面临的一个主要挑战。 这类疾病通常隔代遗传，结果使曾经成功运用于 孟德尔疾病的传统的家系连锁分析在此使用受限， 复杂性疾病是遗传和环境综合作用的结果。 目前，发现这些多基因疾病微效基因最有力的方 法是利用与疾病基因关联的DNA 标记，对病例 组和对照组的标记的等位基因频率进行统计学比 较，SNP是这种分析很好的一种标记。
4.SNP研究意义
SNPs作为第三代遗传标记-路标的作用。 传统研究策略（表征、蛋白、基因） 逆向遗传学（表型、基因、蛋白）
4.1 4.2
基因组制图 疾病的关联分析
4.3 4.4
药物设计和应用 个体识别和亲权鉴定
4.1基因组制图
“遗传图谱”、“物理图谱”、“放射杂交图谱” 将SNP与人类基因组序列、物理和遗传图谱结合 起来以期在序列变异、疾病关联基因、种族遗传 和基因组扫描等方面作出进一步研究，将会对疾 病的深入了解、诊断方法和新型有效的治疗方法 的发展产生深远的影响。 2000年，SNP图谱，2730个SNPs 定位和作 图。 2001年，国际SNP图谱工作组124万个SNP的 图谱。
变性梯度凝胶电泳 （DGGE）
5.1.1限制性片段长度多态性法 PCR- RFLP
定义：
由于碱基的变异可能导致酶切点的消失或新的切点出现，
从而引起不同个体在用同一限制酶切时，DNA片段长度 出现差异，这种因内切酶切点变化所导致的DNA片段长
度的差异，称限制性片段长度多态性（restriction
fragment length polymporphism, RFLP）。 该技术应用的前提是SNP的位点必须含有该限制内切酶 的识别位点，它是SNP筛查中最经典的方法之一。
Hale Waihona Puke Baidu
3.SNP特性
遗传稳定性 与微卫星等重复序列多态性标记相 比，SNP具有更高的遗传稳定性。 分布不均匀 由于选择压力的存在，SNP在整个 基因组中的分布不均匀，在3’表达序列标签 (express sequence tags, ESTs)中的分布 比在其他基因组区域中的少，在非编码区的数目 远远大于编码区。 易实现分析的自动化 由于每个SNP位点通常仅 含两个等位基因—双等位基因(biallele)，在检 测时能通过一个简单的“+/-”分析进行基因型 分型，而无需分析片段的长度，因而易于自动化。
3.SNP特性
密度高 SNP在人类基因组的平均密度估计为 1/1000 bp ，在整个基因组的分布达 3×106 个，遗传距离为 2～3CM ，其中约有2×105个 存在于编码区。密度比微卫星标记更高，可以在 任何一个待研究基因的内部或附近提供一系列标 记。 具有代表性 虽然SNP在编码区的分布要低于其 他位置，某些位于基因内部的SNP有可能直接影 响蛋白质结构或表达水平，因此，它们可能代表 疾病遗传机理中的某些作用因素。
2.SNP分类
一是遍布于基因组的大量单碱基变异； 二是分布在基因编码区(coding region)内， 称其为cSNP，属功能性突变。 从对生物的遗传性状上来看，cSNP又可分为两 种： （1）同义cSNP，SNP所致的编码序列的改变 并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变 碱基与未突变的含义相同。 （2）非同义cSNP，指碱基序列的改变可以使 其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响 了蛋白质的功能。
5.SNP分型技术
5.1
经典检测方法
5.2
基于PCR 的方法
5.3
基于杂交荧光检测
5.4
光谱或电子信号
基因分型（Genotyping）：利用生物学检测方法测定个体基因型 （Genotype）的技术。
5.1经典检测方法
5.1.1限制性片段长度多态性法（PCR- RFLP） 5.1.2单链构象多态性法（ PCR- SSCP）
4.4个体识别和亲权鉴定
虽然SNPs 位点提供的信息相对较少，但分布的 高密度弥补了信息量的不足。 3～4 个相邻的SNPs 位点构成的单倍型可达 8～16 种，相当于一个STR 位点的多态性， 1000 个SNPs 与400 个STR 扫描得出的连锁 信息量等同。 SNPs 较STR 等多态标记具有更高的遗传稳定 性。 已有许多SNPs 用于法医学： polymarker 系统用于亲子鉴定个体识别。
SNP
1. SNP概念
2. SNP分类 4. SNP特性 5. SNP研究意义 6. SNP分型技术
1.SNP概念
SNP，single nucleotide polymorphism，单核苷 酸多态性。主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所 引起的DNA 序列多态性。 一个SNP 的含义是给定的一个群体中，超过1 %的个体 在给定的遗传区域内发生一次核苷酸改变，是一个物种中 不同个体表型的主要遗传来源。 包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等 转换是指同型碱基之间 G-A，T-C 颠换是指发生在嘌呤与嘧啶之间A-T、A-C、C-G、G-T