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pdb百科名片PDB文件物理结构PDB文件物理结构在我们目前使用的掌上电脑中，Palm操作系统由于其功能强大、应用软件多等特点，占有很大的比例。
PDB文件是Palm OS操作系统上数据文件类型。
一般我们在使用Palm系统的电子书时都会遇到这种文件，一般用于电子书或手机电子书 pdb是Palm DataBase的缩写,Palm OS所用文件的扩展名为.pdb。
还表示碳氧同位素标准样品以及可编程延迟模块，是DSP中的一种模块，可以用来计数和延时。
目录PDB文件阅读器文件的结构1. PDB文件组成2. PDB文件文件头3. PDB文件记录入口4. AppInfo和SortInfo结构碳氧同位素标准样品在计算机数据手册中含义PDB文件阅读器文件的结构1. PDB文件组成2. PDB文件文件头3. PDB文件记录入口4. AppInfo和SortInfo结构碳氧同位素标准样品在计算机数据手册中含义.NET Framework PDB文件PDB—Protein Data Bank—蛋白质数据库?展开编辑本段PDB文件阅读器可以使用PalmReader打开。
如果想把PDB文件转换成TXT文件查看，可以使用WavePDB转。
一. 设计思路PC端的PDB文件查看软件不多，PDBingo1.504是英文界面，中文内容也显示不出，这样就很不方便。
并且一些电子图书也只能在模拟器上看，如果碰到不同内码的汉字更是麻烦，鉴于此，我利用工作之余写了这个免费程序，方便各位朋友查看PDB文件结果和查看电子图书，希望我的劳动能给各位带来方便。
二. 功能介绍1. 查看PDB文件头信息，可以修改名称，模拟器不支持中文PDB名称文件使用此功能修改比较方便；2. 查看所有记录，并显示各个记录的偏移地址、长度、属性、标识等信息；3. 记录可以分文本方式、十六进制单记录以及浏览全部方式查看，并可以快速定位；4. 可以浏览标准的电子书文件(包括压缩格式)；5. 可以转换BIG5的电子书为GB格式；6. 可以转换GB的电子书为BIG5格式；7. 可以设置、保存看书的前后景颜色和字体；8. 可以保存PDB文件内容到文本文件；三. 软件特点1. 完全免费；2. 完全支持中文；3. 软件支持文件拖拽，拖住PDB文件往里扔即可显示该文件信息；四. 程序下载：见扩展阅读编辑本段文件的结构下面着重分析该文件的结构，及其在PC机上生成的方法。
PDB数据库蛋白结合位点简介蛋白结合位点是指蛋白质与其他分子相互作用的区域，它在生物学中起着重要的作用。
了解蛋白结合位点的信息可以帮助我们理解蛋白质的功能和相互作用网络，从而有助于药物设计、蛋白工程等领域的研究。
PDB（Protein Data Bank）数据库是一个收集并存储蛋白质结构信息的国际性数据库。
它包含了大量蛋白质的三维结构数据，其中包括蛋白质的结合位点信息。
通过访问PDB数据库，我们可以获取并分析蛋白结合位点的相关信息。
本文将介绍PDB数据库蛋白结合位点的相关内容，包括PDB数据库的概述、蛋白结合位点的定义和分类、蛋白结合位点的分析方法等。
PDB数据库概述PDB数据库是一个由多个国际组织共同维护的数据库，旨在存储和发布蛋白质、核酸和其他生物大分子的结构信息。
该数据库提供了蛋白质结构的三维坐标数据、结合位点的信息以及相关的文献引用等内容。
PDB数据库中的每个结构都有一个唯一的标识符，称为PDB ID。
该ID由四个字母组成，代表了蛋白质结构的来源和类型。
通过PDB ID，我们可以在数据库中检索和查找特定的蛋白质结构。
蛋白结合位点的定义和分类蛋白结合位点是指蛋白质与其他分子相互作用的区域。
蛋白结合位点通常由一系列的氨基酸残基组成，这些残基能够与其他分子发生相互作用。
根据蛋白结合位点的性质和功能，可以将其分为以下几类：1.基质结合位点：用于结合小分子基质，如药物、阳离子等。
这些位点通常位于蛋白质的凹陷区域，通过非共价键或离子键与基质相互作用。
2.蛋白结合位点：用于结合其他蛋白质。
这些位点通常位于蛋白质的表面区域，通过非共价键形成蛋白质间的相互作用。
3.DNA/RNA结合位点：用于结合DNA或RNA分子。
这些位点通常位于蛋白质的凹陷区域，通过氢键、离子键或范德华力与核酸相互作用。
4.金属结合位点：用于结合金属离子。
这些位点通常由蛋白质中的残基提供配位位点，通过配位键与金属离子相互作用。
蛋白结合位点的分析方法为了分析蛋白结合位点的特征和性质，可以使用多种方法和工具。
蛋白质pdb
蛋白质结构数据库(ProteinDataBank,简称PDB)是美国纽约Brookhaven国家实验室于1971年创建的。
为适应结构基因组和生物信息学研究的需要，1998年10月由美国国家科学基金委员会、能源部和卫生研究院资助，成立了结构生物学合作研究协会(ResearchCollaboratoryforStructuralBioinformat，ics,简称RCSB)。
PDB数据库改由RCSB管理，目前主要成员为拉特格斯大学(RutgersUniversity)、圣地亚哥超级计算中心(SanDiegoSupercomputerCen，ter,简称SDSC)和国家标准化研究所(NationalInsti，tutesofStandardsandTechnology,简称NIST)。
和核酸序列数据库一样，可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。
PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。
随着晶体衍射技术的不断改进，结构测定的速度和精度也逐步提高。
90年代以来，随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟，使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能。
蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。
据2000年5月统计，PDB数据库中已经存放了1万2千多套原子坐标，其中大部分为蛋白质，包括多肽和病毒。
此外，还有核
酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子。
核酸三维结构测定进展迅速。
PDB数据库中已经收集了800多套核酸结构数据。
pdb数据库名词解释
PDB(Protein Data Bank) 是一个蛋白质数据库，它包含了世界上大部分已知蛋白质的三维结构数据。
这些数据是由 X 光晶体衍射、NMR 等技术手段获得的，包括蛋白质分子的原子坐标、空间结构等信息。
PDB 数据库是一个关键性的资源，对于结构生物学、药物设计等领域具有重要的意义。
PDB 数据库所使用的文件格式称为“.pdb”,是一种二进制文件格式。
在 PDB 文件中，蛋白质分子的原子坐标、空间结构等信息被存储在文件的头部信息部分，而其它相关信息，如蛋白质序列、注释等则存储在文件的数据部分。
PDB 数据库的用法有多种，用户可以根据自身需求使用 PDB 数据库中的数据，例如通过查询蛋白质序列、结构信息等方式来研究蛋白质分子的结构与功能。
此外，PDB 数据库还支持用户自定义注释、模型等操作，用户可以通过这些操作来提高自己的研究水平。
需要注意的是，PDB 数据库中的数据一般是收费的，但也有一些免费的数据可以使用。
同时，由于 PDB 数据库中的数据量庞大，用户需要根据自己的需求来有选择地使用，以免浪费不必要的资源。
pdb数据库使用指南Protein Data Bank（PDB）是一个生物化学数据库，它收集了全球范围内研究者发布的由蛋白质、核酸和糖结构组成的生物大分子的三维结构信息。
本文旨在介绍PDB 数据库的使用指南，以帮助研究者更好地使用PDB数据库。
首先，要了解PDB数据库的功能。
PDB数据库是一个全球性资源，它提供了来自各种生物体的蛋白质、核酸和糖结构的三维结构信息。
它还提供了一些其他类型的结构信息，如分子结构图、衍生结构、结合位点等。
此外，它还提供了一些额外的信息，如结构分析、结构准确性评估、蛋白质表征等。
其次，要学习PDB数据库的使用方法。
PDB数据库的使用方法相对简单，主要有以下几种：1. 通过网页浏览器搜索PDB数据库：可以通过网页浏览器访问PDB数据库，然后输入所需的结构信息进行搜索，可以快速找到想要的数据。
2. 通过FTP服务器访问PDB数据库：可以通过FTP服务器连接PDB数据库，然后通过命令行输入所需的结构信息进行搜索，可以快速找到想要的数据。
3. 通过程序访问PDB数据库：可以使用Python或Perl等脚本语言来编写程序，并通过API接口访问PDB数据库，可以快速获取想要的结构信息。
最后，要了解PDB数据库的数据格式。
PDB数据库存储的结构信息是以PDB格式存储的，它是一种文本文件格式，由若干行组成，每行以空格分隔，每行前6个字段是必须填写的，其中前4个字段是表明原子类型的，最后2个字段是原子的坐标。
此外，还可以使用PDB Viewer来查看PDB文件的内容。
总之，PDB数据库是一个重要的生物化学数据库，它提供了蛋白质、核酸和糖结构的三维结构信息，可以帮助研究者更好地理解生物大分子的结构和功能。
本文介绍了PDB数据库的使用指南，希望能帮助研究者更好地使用PDB 数据库。
cdb和pdbOracle 12C引⼊了CDB与PDB的新特性，在ORACLE 12C数据库引⼊的多租⽤户环境（Multitenant Environment）中，允许⼀个数据库容器（CDB）承载多个可插拔数据库（PDB）。
CDB全称为Container Database，中⽂翻译为数据库容器，PDB全称为Pluggable Database，即可插拔数据库。
在ORACLE 12C之前，实例与数据库是⼀对⼀或多对⼀关系（RAC）：即⼀个实例只能与⼀个数据库相关联，数据库可以被多个实例所加载。
⽽实例与数据库不可能是⼀对多的关系。
当进⼊ORACLE 12C后，实例与数据库可以是⼀对多的关系。
下⾯是官⽅⽂档关于CDB与PDB的关系图。
CDB组件（Components of a CDB） ⼀个CDB数据库容器包含了下⾯⼀些组件： ROOT组件 ROOT⼜叫CDB$ROOT, 存储着ORACLE提供的元数据和Common User,元数据的⼀个例⼦是ORACLE提供的PL/SQL包的源代码，Common User 是指在每个容器中都存在的⽤户。
SEED组件 Seed⼜叫PDB$SEED,这个是你创建PDBS数据库的模板，你不能在Seed中添加或修改⼀个对象。
⼀个CDB中有且只能有⼀个Seed. 这个感念，个⼈感觉⾮常类似SQL SERVER中的model数据库。
PDBS CDB中可以有⼀个或多个PDBS，PDBS向后兼容，可以像以前在数据库中那样操作PDBS，这⾥指⼤多数常规操作。
这些组件中的每⼀个都可以被称为⼀个容器。
因此，ROOT(根)是⼀个容器，Seed(种⼦)是⼀个容器，每个PDB是⼀个容器。
每个容器在CDB中都有⼀个独⼀⽆⼆的的ID和名称。
怎么查看数据库是否为CDB？ 执⾏下⾯这条语句： select CDB from v$database; 如果得到的结果为YES，那么就是CDB的数据库，否则，则不是。
