ICSNPathway 讲解

PathwayAnalysis讨论及基因富集分析软件（GSEA）使用实战在所有物是人非的景色里，我最中意你。

背景：聊一聊 Pathway Analysis本文衔接高通量测序处理学习记录，通过Htseq得到read counts matrix之后，下游使用Deseq2处理得到差异基因。

太多文章介介绍Deseq2的使用了，此处予以推荐hoptop的基因表达分析，上手简单，深入浅出当然所有数据处理的Destination都应该是为实验服务，所以这里主要还是想学习一下后期的一个pathway analysis PLOS CB2012年的一篇文章总结了十年来数据分析方法的进化历程，存有三个方法学上的改进，依次为Over-representation analysis, Functional Class Scoring, Pathway Topology, 每种方法都有着其与时代相适应的能力与特质同时又迭代进步，最早使用的Over-representation analysis 到目前也还是会有使用journal.pcbi.1002375.g001.pngFirst Generation: Over-Representation Analysis曾经的一段时间内，micro array技术的风靡产生了对下游分析的极大需求，这里 over-representation analysis (ORA)应运而生，从一系列基因里根据阈值提取出部分基因进行显著性分析，也就是统计学常见的“2X2 交叉表格法”，对每个pathway进行统计分析，常见tests都建立在hypergeometric distribution、chi-square、binomial distribution等方法上。

limitations：1.只考虑了差异基因列表，并不考虑差异基因的表达情况2.只检验了通过设定阈值筛选标准的基因，对差异微弱的基因并未考虑，但实际上会造成bias3.每个基因会作为独立存在事件考虑，未加入相互影响干扰因素4.Pathway也是作为独立存在事件考虑我们日常分析中最常见的GO/KEGG 分析就是基于这种原理，虽然老旧但实用Second Generation: Functional Class Scoring (FCS) ApproachesFunctional Class Scoring(FCA)的推测设想认为虽然强烈的单个基因的改变可以影响到pathways，但是微弱的相互协同的功能相关基因的变化也可以拥有这种影响，所以这种方法的输入数据是一个基因水平的统计数据（标准化后食用更佳），随后把gene-level的数据输入到pathway-level进行统计，现有方法包括Kolmogorov-Smirnov statistic, sum, mean, or median of gene-level statistic, the Wilcoxon rank sum, and the maxmean statistic等，最后再做一个显著性检验。

kegg pathway通路一级分类注释
KEGG通路一级分类注释主要包括以下几类：
1. Reference pathway：这是一类根据已有的知识绘制的、概括的、详尽
的具有一般参考意义的代谢图。

通路图中的小框都是白色，方便个性化填充颜色。

在KEGG中，这类通路图的名字以“map”开头，节点代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应，比如map00010。

2. species-specific pathway：这是一类物种特有代谢通路图。

绿色小框代表该物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框有更详细的信息。

在KEGG中，这类通路图的名字为特定物种种属英文缩写，比如人的糖酵解通路图，
hsa00010。

3. 以ko/ec/rn开头的Reference pathway：这是另外一类通路图，其中
ko通路中的节点只代表基因；ec通路中的节点只代表相关的酶；rn通路中的节点只表示该点参与的某个反应、反应物及反应类型。

这类通路图的底色以蓝色表示。

以上内容仅供参考，如需更多信息，建议访问KEGG官网或查阅相关文献资料。

kegg pathway通路一级分类注释全文共四篇示例，供读者参考第一篇示例：KEGG Pathway是一种生物信息学工具，用于研究生物体内代谢通路的组织和功能。

KEGG Pathway提供了多种生物体的代谢通路图和相关信息，帮助研究人员了解生物体内不同生物化学反应之间的关联，促进对生物体代谢网络的研究和探索。

在KEGG Pathway中，通路被分为不同级别，其中一级分类是对通路的整体功能进行总结和归类的描述。

下面我们就来详细了解一下KEGG Pathway通路一级分类的注释。

KEGG Pathway通路一级分类的注释是对不同类型的生物通路进行综合分类和描述。

在KEGG数据库中，通路被分为代谢通路、遗传信息处理通路和细胞过程通路三大类。

代谢通路主要涉及生物体内的代谢过程，包括糖酵解、脂肪酸代谢、核苷酸代谢等；遗传信息处理通路包括DNA修复、RNA合成、蛋白质合成等生物过程；而细胞过程通路则涉及细胞的各种功能和复杂的信号传导网络。

在代谢通路的一级分类中，KEGG Pathway提供了多种代谢通路的分类，包括碳水化合物代谢、氮代谢、脂类代谢、能量代谢等。

碳水化合物代谢通路涉及糖类物质在生物体内的代谢过程，包括糖酵解、糖异生、戊二酸循环等；氮代谢通路涉及氮元素在生物体内的运转和利用，包括氨基酸代谢、尿素循环等；脂类代谢通路包括脂肪酸代谢、甘油磷酸代谢、胆固醇代谢等；能量代谢通路涉及生物体内能量的产生和利用，包括糖原分解、氧化磷酸化等。

在遗传信息处理通路的一级分类中，KEGG Pathway提供了DNA 修复、转录、翻译等遗传信息处理过程的分类。

DNA修复通路涉及DNA分子在生物体内的修复和维护，包括直接损害修复、错配修复、双链断裂修复等；转录通路涉及RNA合成和RNA后期修饰等生物过程；翻译通路涉及蛋白质的合成和后期修饰，如蛋白质折叠、修饰和降解等。

在细胞过程通路的一级分类中，KEGG Pathway提供了多种细胞过程的分类，包括信号转导、细胞周期、囊泡运输等。

Pathway通路类型指的是生物体内信号转导的途径，即信号从一个分子传递到另一个分子的过程。

在生物信号转导中，通路类型通常可以分为以下几种：
1.激素信号通路：由激素与受体结合，传递信号到靶细胞或组织。

2.生长因子信号通路：由生长因子与受体结合，激活一系列信号传递蛋白，传递
信号到细胞核内，调控基因表达。

3.神经递质信号通路：由神经递质与突触后膜上的受体结合，引起突触后膜电位
变化，传递信号到靶细胞或组织。

4.细胞因子信号通路：由细胞因子与细胞表面受体结合，传递信号到靶细胞或组
织，影响细胞生长、分化、代谢等生物学过程。

5.胞内第二信使信号通路：由胞内第二信使（如cAMP、Ca2+、cGMP等）调
节细胞内信号转导过程，传递信号到靶细胞或组织。

这些通路类型在生物体内发挥着重要的作用，参与了多种生物学过程，如生长发育、代谢调节、免疫反应等。

澳洲留学pathway和master课程
留学澳洲有很多的途径，其中pathway和master就是其中之二，当然，也还有其他的途径，而今天，小编要聊的就是澳洲留学pathway和master课程了，接下来，小编讲重点介绍两个课程之间的对比，也希望能为各位带来帮助。

pathway是一个预科的课程，有academic和language的课程，当完成pathway的课程后，才能进行Master课程的学习。

澳洲pathway课程特点：
• 全日制、12个月的课程，将综合英语语言课与经济学和数学的学分课程相结合
• 着重于说、读、写和听的英语课
• 大学学术预备课程和澳大利亚文化课程
• 贯穿整个课程的语言支持• 可使用英语语言中心的学习中心和发音矫正诊所
• 学分课程的学术指导。

澳洲master课程情况：
在澳洲master主要有两种教育形式，一个是做research，主要是导师给一个课题，在规定的时间内(1-2年)完成研究任务。

这个难度根据不同学校，不同导师差别比较大，不过research by master一般要求都不会很高，做的东西也不会很深，大部分都是能按时毕业的。

另一种就是大部分国人入读的coursework了，这个是以上课为主，但如果是2年的课程，一般有至少一学期以上的时间用于一些比较浅的研究。

以上就是小编为各位整理的相关资讯了，希望能为各位带来帮助。

mapk signaling pathway的表型-概述说明以及解释1.引言1.1 概述Mapk (Mitogen-activated protein kinase)信号通路是一种重要的细胞信号传导途径，能够调节细胞的生长、分化、存活以及细胞的代谢等过程。

通过一系列的激酶级联反应，Mapk信号通路可以将外部的刺激转化为细胞内的生物学响应。

这种信号通路在许多生命过程中发挥着关键作用，例如发育、组织再生、免疫应答以及细胞的应激反应等。

在Mapk信号通路中，MAPK激酶被磷酸化激活，并通过磷酸化下游靶点分子来传递信号。

其中包括ERK (Extracellular signal-regulated kinase)、JNK (c-Jun NH2-terminal kinase)以及p38 MAPK等重要的成员。

这些成员可以被细胞表面的受体激活，以及其他的内部信号分子的激活。

Mapk信号通路在细胞发育和生理过程中发挥着重要的调控作用。

它参与细胞增殖、分化和凋亡的调节，对于组织发育以及器官形成具有重要作用。

此外，Mapk信号通路还参与细胞代谢、细胞周期调控以及基因表达等多个生物学过程。

除了在正常生理过程中的重要作用外，Mapk信号通路在疾病中也扮演着重要角色。

它在多种疾病的发生和发展过程中起到关键性的调控作用。

例如，某些突变体或过度激活的Mapk信号通路成员可能导致细胞的恶性转化、肿瘤形成以及侵袭转移等。

此外，Mapk信号通路还与中风、炎症和神经退行性疾病等疾病的发生密切相关。

总而言之，Mapk信号通路在生命过程中扮演着重要角色。

它参与调节细胞的生长、分化和存活，并在疾病的发生和发展中发挥关键作用。

对于深入了解Mapk信号通路的功能及其在疾病中的作用机制，可以为疾病的治疗和预防提供重要的理论基础。

未来的研究将重点关注Mapk信号通路的调控网络、相互作用以及其潜在的药物靶点，以期为疾病治疗的开发提供新的途径。

文章结构部分主要介绍整篇文章的组织结构和各个章节的主要内容。